View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19475_high_53 (Length: 338)

Name: NF19475_high_53
Description: NF19475
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19475_high_53
NF19475_high_53
[»] chr1 (11 HSPs)
chr1 (17-320)||(9118580-9118883)
chr1 (17-311)||(9170404-9170698)
chr1 (21-320)||(9199962-9200261)
chr1 (17-320)||(9218478-9218781)
chr1 (17-311)||(9161578-9161872)
chr1 (17-310)||(9155667-9155960)
chr1 (30-308)||(9229375-9229653)
chr1 (42-308)||(1843008-1843274)
chr1 (26-308)||(1868601-1868883)
chr1 (42-282)||(1857019-1857259)
chr1 (26-308)||(1815759-1816041)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (237-298)||(40573369-40573430)
chr3 (237-295)||(40579826-40579884)
chr3 (240-289)||(40602327-40602376)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (202-283)||(11845445-11845526)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (237-274)||(41703820-41703857)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 292; Significance: 1e-164; HSPs: 11)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 292; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 17 - 320
Target Start/End: Original strand, 9118580 - 9118883
Alignment:
Q  17 agcagagacagctggagctttatcgtatctacattcatctgcatcatttccaattatccatagagatgttaagagtaccaacattctcttggatgacaat 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9118580 agcagagacagctggagctttatcgtatctacattcatctgcatcatttccaattatccatagagatgttaagagtaccaacattctcttggatgacaat 9118679  T
Q  117 tacactgcaaaagtttccgattttggagcttccaaattggttccacttgatcaaaccgagatagcaacagtggtgcaaggaacacttggatacttagacc 216  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  9118680 tacactgcaaaagtttccgatttcggagcttccaaattggttccacttgatcaaaccgagatagcaacagtggtacaaggaacacttggatacttagacc 9118779  T
Q  217 cagagtacatgcaaacgcatcaattaaccgagaaaagtgatgtttatagctttggagtagttcttgcagagcttctaacaggggacaaacctcttgattt 316  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  9118780 cagagtacatgcaaacgcatcaattaaccgagaaaagtgatgtttatagctttggagtagttcttgcagagcttctaacaggtgacaaacctcttgattt 9118879  T
Q  317 taac 320  Q
    ||||    
T  9118880 taac 9118883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 235; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 17 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 9170698 - 9170404
Alignment:
Q  17 agcagagacagctggagctttatcgtatctacattcatctgcatcatttccaattatccatagagatgttaagagtaccaacattctcttggatgacaat 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9170698 agcagagacagctggagctttatcgtatctacattcatctgcatcaattccaattatccatagagatgttaagagtaccaacattctcttggatgacaat 9170599  T
Q  117 tacactgcaaaagtttccgattttggagcttccaaattggttccacttgatcaaaccgagatagcaacagtggtgcaaggaacacttggatacttagacc 216  Q
    |||||||| ||||||||||| || |||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |    
T  9170598 tacactgccaaagtttccgacttcggagcttcaagattggttccacttgatcaaacagagatagcaacaatggtgcaaggaacacttggatacttagatc 9170499  T
Q  217 cagagtacatgcaaacgcatcaattaaccgagaaaagtgatgtttatagctttggagtagttcttgcagagcttctaacaggggacaaacctctt 311  Q
    | ||||| |||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  9170498 ccgagtatatgcaaacacataaattaaccgaaaaaagtgatgtttatagctttggagtagttcttgcagagcttctaacaggtgacaaacctctt 9170404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 21 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 9200261 - 9199962
Alignment:
Q  21 gagacagctggagctttatcgtatctacattcatctgcatcatttccaattatccatagagatgttaagagtaccaacattctcttggatgacaattaca 120  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9200261 gagacagctggagctttatcatatctacattcagctgcatcaattccaattatccacagagatgttaagagtaccaacattctcttggatgacaattaca 9200162  T
Q  121 ctgcaaaagtttccgattttggagcttccaaattggttccacttgatcaaaccgagatagcaacagtggtgcaaggaacacttggatacttagacccaga 220  Q
    | ||||||||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||    
T  9200161 ccgcaaaagtttctgactttggagcttccagattggttccacttgatcaaacagagatagcaacaatggtgcaaggaacacttggatacttagatcccga 9200062  T
Q  221 gtacatgcaaacgcatcaattaaccgagaaaagtgatgtttatagctttggagtagttcttgcagagcttctaacaggggacaaacctcttgattttaac 320  Q
    ||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||    
T  9200061 gtatatgcaaacacatcaactaaccgagaaaagtgatgtttatagctttggagtggttcttgcagagcttctaacaggtgacaaacctctttcttttaac 9199962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 17 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 9218781 - 9218478
Alignment:
Q  17 agcagagacagctggagctttatcgtatctacattcatctgcatcatttccaattatccatagagatgttaagagtaccaacattctcttggatgacaat 116  Q
    ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9218781 agcagagacagctggtgctttatcatatctacattcagctgcatcaattccaattatccatagagatgttaagagtaccaacattctcttggatgacaat 9218682  T
Q  117 tacactgcaaaagtttccgattttggagcttccaaattggttccacttgatcaaaccgagatagcaacagtggtgcaaggaacacttggatacttagacc 216  Q
    |||||||||||||||||||| || |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||| |||||||||||||| |    
T  9218681 tacactgcaaaagtttccgacttcggagcttcaagattggttccacttgatcaaaccgagatagcgacaatggtacaaggaactcttggatacttagatc 9218582  T
Q  217 cagagtacatgcaaacgcatcaattaaccgagaaaagtgatgtttatagctttggagtagttcttgcagagcttctaacaggggacaaacctcttgattt 316  Q
    ||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||  |||    
T  9218581 cagagtatatgcaaacacatcaattaaccgaaaaaagtgatgtgtatagctttggagtagttcttgcagagcttctaacaggtgccaaacctctttcttt 9218482  T
Q  317 taac 320  Q
    ||||    
T  9218481 taac 9218478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 17 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 9161872 - 9161578
Alignment:
Q  17 agcagagacagctggagctttatcgtatctacattcatctgcatcatttccaattatccatagagatgttaagagtaccaacattctcttggatgacaat 116  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  9161872 agcagagacagccggagctttatcgtatttacattcatctgcatcaatacctattatccatagagatgttaagagtaccaacattctcttagatgacaat 9161773  T
Q  117 tacactgcaaaagtttccgattttggagcttccaaattggttccacttgatcaaaccgagatagcaacagtggtgcaaggaacacttggatacttagacc 216  Q
    |||| |||||||||||| |||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||| |||||||| |    
T  9161772 tacaatgcaaaagtttctgattttggagcttcgaggttggttccacttgatcaaaccgagatagcaacaatggtacaaggaactcttggttacttagatc 9161673  T
Q  217 cagagtacatgcaaacgcatcaattaaccgagaaaagtgatgtttatagctttggagtagttcttgcagagcttctaacaggggacaaacctctt 311  Q
    | ||||| |||||||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || || ||||||||||||    
T  9161672 cggagtatatgcaaacacatcaactaacagagaaaagtgatgtttatagctttggtgtagttcttgcagagcttcttacgggagacaaacctctt 9161578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 17 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 9155960 - 9155667
Alignment:
Q  17 agcagagacagctggagctttatcgtatctacattcatctgcatcatttccaattatccatagagatgttaagagtaccaacattctcttggatgacaat 116  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||    
T  9155960 agcagagacagccggagctttatcgtatctacattcatctgcatcaataccgattatccatagagatgtcaaaagtaccaacattctcttggatgacaat 9155861  T
Q  117 tacactgcaaaagtttccgattttggagcttccaaattggttccacttgatcaaaccgagatagcaacagtggtgcaaggaacacttggatacttagacc 216  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||||| |  || |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||| |||| |    
T  9155860 tacacagcgaaagtttccgattttggagcttcgaggttagttccacttgatcaaaccgagatagcaacaatggttcaaggaactcttggatacctagatc 9155761  T
Q  217 cagagtacatgcaaacgcatcaattaaccgagaaaagtgatgtttatagctttggagtagttcttgcagagcttctaacaggggacaaacctct 310  Q
    ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| || ||||||||    
T  9155760 cagagtatatgcaaactcatcaattaaccgagaaaagtgatgtctatagctttggagtagtgcttgcggagcttctgacaggagataaacctct 9155667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 30 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 9229653 - 9229375
Alignment:
Q  30 ggagctttatcgtatctacattcatctgcatcatttccaattatccatagagatgttaagagtaccaacattctcttggatgacaattacactgcaaaag 129  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9229653 ggagctttatcatatctacattcatctgcatccttaccaattatccatagagatgtcaaaagtgccaacattctcttggatgacaattacactgcaaaag 9229554  T
Q  130 tttccgattttggagcttccaaattggttccacttgatcaaaccgagatagcaacagtggtgcaaggaacacttggatacttagacccagagtacatgca 229  Q
    | || |||||||| ||||| | |||||||||||||||||| ||   |||||| || ||||| |||||||| ||||| || ||||| ||||| || |||||    
T  9229553 tgtctgattttggtgcttcaagattggttccacttgatcatactatgatagccactgtggtacaaggaactcttggctatttagatccagaatatatgca 9229454  T
Q  230 aacgcatcaattaaccgagaaaagtgatgtttatagctttggagtagttcttgcagagcttctaacaggggacaaacct 308  Q
    ||| || ||| |||| ||||||||||||||||||||||| || ||||| || |||||||| ||||| ||||| ||||||    
T  9229453 aacacaccaactaacagagaaaagtgatgtttatagcttcggggtagtactggcagagctcctaacgggggagaaacct 9229375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 42 - 308
Target Start/End: Original strand, 1843008 - 1843274
Alignment:
Q  42 tatctacattcatctgcatcatttccaattatccatagagatgttaagagtaccaacattctcttggatgacaattacactgcaaaagtttccgattttg 141  Q
    ||||||||||||| ||| ||| | ||||| |||||||||||||| ||||||   ||||||||||| |||   |   |||| || ||||| || |||||||    
T  1843008 tatctacattcatatgcctcaataccaataatccatagagatgtcaagagtgataacattctcttagatagaaccaacacagccaaagtatcagattttg 1843107  T
Q  142 gagcttccaaattggttccacttgatcaaaccgagatagcaacagtggtgcaaggaacacttggatacttagacccagagtacatgcaaacgcatcaatt 241  Q
    ||||||| | |||||||||| |||||||||| || ||||| ||| |||||||||||||  |||| |||||||| |||||||| ||||||||   ||||||    
T  1843108 gagcttcaagattggttccaattgatcaaactgaaatagccacaatggtgcaaggaactattggctacttagatccagagtatatgcaaacaagtcaatt 1843207  T
Q  242 aaccgagaaaagtgatgtttatagctttggagtagttcttgcagagcttctaacaggggacaaacct 308  Q
    ||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| | ||||| ||||| ||||||    
T  1843208 aactgaaaaaagtgatgtctatagctttggagtagttcttgtagagttgctaacgggggagaaacct 1843274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 26 - 308
Target Start/End: Original strand, 1868601 - 1868883
Alignment:
Q  26 agctggagctttatcgtatctacattcatctgcatcatttccaattatccatagagatgttaagagtaccaacattctcttggatgacaattacactgca 125  Q
    ||||| |||||| || ||||||||||||| ||| ||| | || || |||||||||||||| ||||||   ||||||||||| |||   |   |||| ||     
T  1868601 agctgaagctttgtcatatctacattcatatgcctcaatacccatcatccatagagatgtcaagagtgataacattctcttagatagaaccaacaccgcc 1868700  T
Q  126 aaagtttccgattttggagcttccaaattggttccacttgatcaaaccgagatagcaacagtggtgcaaggaacacttggatacttagacccagagtaca 225  Q
    ||||| || |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| || ||||| ||| |||||||||||||  |||| |||||||| |||||||| |    
T  1868701 aaagtatcggattttggagcttcaagattggttccacttgatcaaactgaaatagccacaatggtgcaaggaactattggctacttagatccagagtata 1868800  T
Q  226 tgcaaacgcatcaattaaccgagaaaagtgatgtttatagctttggagtagttcttgcagagcttctaacaggggacaaacct 308  Q
    |||||||   ||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| | || || ||||| ||||||    
T  1868801 tgcaaacaagtcaattaactgaaaaaagtgatgtctatagctttggagtagttcttgtagagttgctgacgggggagaaacct 1868883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 89; E-Value: 7e-43
Query Start/End: Original strand, 42 - 282
Target Start/End: Original strand, 1857019 - 1857259
Alignment:
Q  42 tatctacattcatctgcatcatttccaattatccatagagatgttaagagtaccaacattctcttggatgacaattacactgcaaaagtttccgattttg 141  Q
    ||||||||||||| ||| |||   || || |||||||||||||| ||||||   ||||||||||| ||||  |   |||| || ||||| || |||||||    
T  1857019 tatctacattcatatgcctcaacacccatcatccatagagatgtcaagagtgataacattctcttagatggaaccaacaccgccaaagtgtcggattttg 1857118  T
Q  142 gagcttccaaattggttccacttgatcaaaccgagatagcaacagtggtgcaaggaacacttggatacttagacccagagtacatgcaaacgcatcaatt 241  Q
    ||||||| | ||||||||||||||||||||| || ||||| ||| |||||||||||||  |||| |||||||| |||||||| ||||||||   ||||||    
T  1857119 gagcttcaagattggttccacttgatcaaactgaaatagccacaatggtgcaaggaactattggctacttagatccagagtatatgcaaacaagtcaatt 1857218  T
Q  242 aaccgagaaaagtgatgtttatagctttggagtagttcttg 282  Q
    ||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  1857219 aactgaaaaaagtgatgtctatagctttggagtagttcttg 1857259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 26 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 1816041 - 1815759
Alignment:
Q  26 agctggagctttatcgtatctacattcatctgcatcatttccaattatccatagagatgttaagagtaccaacattctcttggatgacaattacactgca 125  Q
    |||||||||| | || ||||| |||||| |||| ||| | || ||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||| ||||  |   |||| ||     
T  1816041 agctggagctctgtcatatctgcattcagctgcctcaatacccattatccatagagatgtcaagagtgctaacattctcttagatggaaccaacaccgct 1815942  T
Q  126 aaagtttccgattttggagcttccaaattggttccacttgatcaaaccgagatagcaacagtggtgcaaggaacacttggatacttagacccagagtaca 225  Q
    ||||| || ||||||||||| || |  ||| |||||||||||||||| ||  |||| ||| |||||||||||||  |||| ||||| || |||||||| |    
T  1815941 aaagtgtcagattttggagcatcaaggttgattccacttgatcaaactgaagtagccacaatggtgcaaggaactattggctacttggatccagagtata 1815842  T
Q  226 tgcaaacgcatcaattaaccgagaaaagtgatgtttatagctttggagtagttcttgcagagcttctaacaggggacaaacct 308  Q
    |||||||    |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||| ||||| ||||| ||||||    
T  1815841 tgcaaacaagccaattaactgagaaaagtgatgtatatagctttggagtagttcttgtggagctgctaacgggggagaaacct 1815759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 34; Significance: 0.0000000005; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 237 - 298
Target Start/End: Original strand, 40573369 - 40573430
Alignment:
Q  237 caattaaccgagaaaagtgatgtttatagctttggagtagttcttgcagagcttctaacagg 298  Q
    |||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||| || |||||||| || |||||    
T  40573369 caattaacagagaagagtgatgtttatagatttggagtagtcctagcagagctactgacagg 40573430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 237 - 295
Target Start/End: Original strand, 40579826 - 40579884
Alignment:
Q  237 caattaaccgagaaaagtgatgtttatagctttggagtagttcttgcagagcttctaac 295  Q
    |||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||  | |||||||| |||||    
T  40579826 caattaacagagaagagtgatgtttatagatttggagtagtcatagcagagctactaac 40579884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 240 - 289
Target Start/End: Original strand, 40602327 - 40602376
Alignment:
Q  240 ttaaccgagaaaagtgatgtttatagctttggagtagttcttgcagagct 289  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||    
T  40602327 ttaactgagaagagtgatgtttatagctttggggttgttctagcagagct 40602376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 34; Significance: 0.0000000005; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 202 - 283
Target Start/End: Original strand, 11845445 - 11845526
Alignment:
Q  202 ttggatacttagacccagagtacatgcaaacgcatcaattaaccgagaaaagtgatgtttatagctttggagtagttcttgc 283  Q
    |||| ||||||||||| |||||| | || ||   |||||| ||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||    
T  11845445 ttggttacttagaccctgagtactttcatacaagtcaatttaccgagaaaagtgatgtatttagcttcggagtagttcttgc 11845526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000001; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 237 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 41703857 - 41703820
Alignment:
Q  237 caattaaccgagaaaagtgatgtttatagctttggagt 274  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||    
T  41703857 caattaaccgataaaagtgatgtttatagctatggagt 41703820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University