View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19481_low_5 (Length: 315)

Name: NF19481_low_5
Description: NF19481
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19481_low_5
NF19481_low_5
[»] chr4 (7 HSPs)
chr4 (19-303)||(38252573-38252857)
chr4 (21-251)||(38237132-38237362)
chr4 (19-300)||(38247545-38247826)
chr4 (21-251)||(38225713-38225943)
chr4 (19-251)||(38213228-38213460)
chr4 (26-214)||(38242369-38242557)
chr4 (19-229)||(38219648-38219858)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (19-229)||(17453562-17453772)
chr6 (54-229)||(17432676-17432851)
[»] scaffold0083 (1 HSPs)
scaffold0083 (26-143)||(49017-49134)
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (18-136)||(11475189-11475307)
chr2 (73-224)||(11486477-11486628)
chr2 (27-132)||(11463305-11463410)
chr2 (73-162)||(11480655-11480744)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (27-136)||(21547836-21547945)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 273; Significance: 1e-152; HSPs: 7)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 273; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 19 - 303
Target Start/End: Complemental strand, 38252857 - 38252573
Alignment:
Q  19 cttctataccaaattatggaaagggaagtgaagcaggaaatgaatcaggctacattgtaggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttctgttaagat 118  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38252857 cttctataccaaattacggaaagggaagtgaagcaggaaatgaatcaggctacattgtaggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttctgttaagat 38252758  T
Q  119 aattgatggtgaaactttgactctacagtctaactacaacagcaccaaggagcacaccggagtaatggggcttttctacatattggtggcagaacagctc 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38252757 aattgatggtgaaactttgactctagagtctaactacaacagcaccaaggagcacaccggagtaatggggcttttctacatattggtggcagaacagctc 38252658  T
Q  219 ccatatcaacaactcagacttttttctcgttctgcttttgtcgccgacgtaaatttttctgatagttagttacatatatgatgat 303  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38252657 ccatatcaacaactcagacttttttctcgttcttcttttgtcgccgacgtaaatttttctgatagttagttacatatatgatgat 38252573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 155; E-Value: 3e-82
Query Start/End: Original strand, 21 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 38237362 - 38237132
Alignment:
Q  21 tctataccaaattatggaaagggaagtgaagcaggaaatgaatcaggctacattgtaggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttctgttaagataa 120  Q
    |||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |    
T  38237362 tctataccaagttatggaaatggaagcgaagcaggaaatgaagcgggatacattgtaggaatgtccacttgttatcctaaaccaggttctgtcaagatta 38237263  T
Q  121 ttgatggtgaaactttgactctacagtctaactacaacagcaccaaggagcacaccggagtaatggggcttttctacatattggtggcagaacagctccc 220  Q
    |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  38237262 ttgatggtgaaactttaactctagagtctaactacaacagcaccaaggagcacaccggagtaatgggacttttctacctattggtggcagaacagctccc 38237163  T
Q  221 atatcaacaactcagacttttttctcgttct 251  Q
    ||| |||||  |||||| || | ||||||||    
T  38237162 ataccaacacttcagacattctactcgttct 38237132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 154; E-Value: 1e-81
Query Start/End: Original strand, 19 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 38247826 - 38247545
Alignment:
Q  19 cttctataccaaattatggaaagggaagtgaagcaggaaatgaatcaggctacattgtaggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttctgttaagat 118  Q
    |||||||||||| ||||||||  |||| |||||||||||||||  ||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  38247826 cttctataccaagttatggaaccggaaatgaagcaggaaatgaggcaacctatattgtaggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttctgtcaagat 38247727  T
Q  119 aattgatggtgaaactttgactctacagtctaactacaacagcaccaaggagcacaccggagtaatggggcttttctacatattggtggcagaacagctc 218  Q
     ||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||    
T  38247726 tattgatggtgaaactttaaccctagagtctaactacaacagcaccagggagcacactggagtaatgggacttttctacctattggtggcagaacaactc 38247627  T
Q  219 ccatatcaacaactcagacttttttctcgttctgcttttgtcgccgacgtaaatttttctgatagttagttacatatatgat 300  Q
    ||||| |||||||| ||||||  |||||||||| ||||||| |  || ||||| ||||| |||| ||||||||| |||||||    
T  38247626 ccataccaacaacttagacttacttctcgttcttcttttgtagtggatgtaaagttttcagataattagttacacatatgat 38247545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 21 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 38225943 - 38225713
Alignment:
Q  21 tctataccaaattatggaaagggaagtgaagcaggaaatgaatcaggctacattgtaggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttctgttaagataa 120  Q
    |||||||||| ||| ||||| |||| |||||| || |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||     
T  38225943 tctataccaagttacggaaatggaaatgaagctgggaatgagacaggctacattgtaggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttctgtcaagatag 38225844  T
Q  121 ttgatggtgaaactttgactctacagtctaactacaacagcaccaaggagcacaccggagtaatggggcttttctacatattggtggcagaacagctccc 220  Q
    |||||||||||||||| ||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||    
T  38225843 ttgatggtgaaactttaactctagtgtctaactacagcagcaccaaggagcacactggagtaatgggacttttctacttgttggtggcagaacagctccc 38225744  T
Q  221 atatcaacaactcagacttttttctcgttct 251  Q
    | |||||||  |||||| || | ||||||||    
T  38225743 agatcaacacttcagacattctactcgttct 38225713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 129; E-Value: 9e-67
Query Start/End: Original strand, 19 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 38213460 - 38213228
Alignment:
Q  19 cttctataccaaattatggaaagggaagtgaagcaggaaatgaatcaggctacattgtaggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttctgttaagat 118  Q
    |||||||||||| ||||||||  |||| |||||||||||||||  ||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  38213460 cttctataccaagttatggaactggaaatgaagcaggaaatgaggcaaactatattgtaggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttctgtcaagat 38213361  T
Q  119 aattgatggtgaaactttgactctacagtctaactacaacagcaccaaggagcacaccggagtaatggggcttttctacatattggtggcagaacagctc 218  Q
     ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| || || |||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||    
T  38213360 tattgatggtgaaactttgactctagtgtctaactacagcaacagcaaggagcacactggagtaatgggacttttctacttattggtggcagaacaactc 38213261  T
Q  219 ccatatcaacaactcagacttttttctcgttct 251  Q
    ||||| |||||  |||||| || | ||||||||    
T  38213260 ccataccaacacttcagacattctactcgttct 38213228  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 26 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 38242557 - 38242369
Alignment:
Q  26 accaaattatggaaagggaagtgaagcaggaaatgaatcaggctacattgtaggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttctgttaagataattgat 125  Q
    ||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||   || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||| ||||||    
T  38242557 accaagttatggaaatggaagcgaagcaggaaatgaagtgggatacattgtaggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttcaatcaagattattgat 38242458  T
Q  126 ggtgaaactttgactctacagtctaactacaacagcaccaaggagcacaccggagtaatggggcttttctacatattggtggcagaaca 214  Q
    ||||||||||| |||||| |||||||||||||||  | | | || ||||| || ||||||||  |||||||| ||||||||||||||||    
T  38242457 ggtgaaactttaactctagagtctaactacaacaatagccaagaacacactggtgtaatgggatttttctacctattggtggcagaaca 38242369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 19 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 38219858 - 38219648
Alignment:
Q  19 cttctataccaaattatggaaagggaagtgaagcaggaaatgaatcaggctacattgtaggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttctgttaagat 118  Q
    |||| |||||||  |||||||| ||||  ||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||    
T  38219858 cttcaataccaagatatggaaatggaaacgaagctggaaatgagacaggctacattgtaggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttctatcaagat 38219759  T
Q  119 aattgatggtgaaactttgactctacagtctaactacaacagcaccaaggagcacaccggagtaatggggcttttctacatattggtggcagaacagctc 218  Q
     ||||||||||||||||| ||| ||   |||| ||||||||  | | | || ||||  || |||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||    
T  38219758 tattgatggtgaaactttaactttagtctctatctacaacaatagccaagaacacaatggtgtaatgggacttttctacctattggtggcagaacaactc 38219659  T
Q  219 ccatatcaaca 229  Q
    ||| |||||||    
T  38219658 ccagatcaaca 38219648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 111; Significance: 5e-56; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 111; E-Value: 5e-56
Query Start/End: Original strand, 19 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 17453772 - 17453562
Alignment:
Q  19 cttctataccaaattatggaaagggaagtgaagcaggaaatgaatcaggctacattgtaggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttctgttaagat 118  Q
    ||||| |||||| ||||||| | |||| |||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  17453772 cttctgtaccaagttatggacatggaaatgaagcaggaaatgaggcagggtacattgtaggaatgtctacttgttatcctaaaccaggttctgtcaagat 17453673  T
Q  119 aattgatggtgaaactttgactctacagtctaactacaacagcaccaaggagcacaccggagtaatggggcttttctacatattggtggcagaacagctc 218  Q
    |||||||||||||| ||| ||||   | ||||||||||||| |||||| ||||| || ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||    
T  17453672 aattgatggtgaaattttaactcatgaatctaactacaacaacaccaaagagcatactggagtaatgggacttttctacctattggtggcagaacaactc 17453573  T
Q  219 ccatatcaaca 229  Q
    ||||| |||||    
T  17453572 ccataccaaca 17453562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 54 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 17432851 - 17432676
Alignment:
Q  54 ggaaatgaatcaggctacattgtaggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttctgttaagataattgatggtgaaactttgactctacagtctaact 153  Q
    ||||||||  |||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| |||||| | |||||||    
T  17432851 ggaaatgaggcagggtacattgtaggaatgtctacttgttatcctaaaccaggttctgtcaagataaatgatggtgaaattttaactctagaatctaact 17432752  T
Q  154 acaacagcaccaaggagcacaccggagtaatggggcttttctacatattggtggcagaacagctcccatatcaaca 229  Q
    ||| || |||||| || ||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| | || ||||| |||||    
T  17432751 acaccaacaccaaagaccacactggagtaatgggacttttctacctattggtggcagaagaacttccataccaaca 17432676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0083 (Bit Score: 54; Significance: 5e-22; HSPs: 1)
Name: scaffold0083
Description:

Target: scaffold0083; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 26 - 143
Target Start/End: Original strand, 49017 - 49134
Alignment:
Q  26 accaaattatggaaagggaagtgaagcaggaaatgaatcaggctacattgtaggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttctgttaagataattgat 125  Q
    |||||| |||||||| ||||  |||||||||||||||  ||| ||  |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| | |||||| || ||    
T  49017 accaaaatatggaaatggaaaggaagcaggaaatgaaaaaggatatgttgtaggaatgtccacttgttatcctcaaccaggttctatcaagatatttaat 49116  T
Q  126 ggtgaaactttgactcta 143  Q
    ||||||||||| ||||||    
T  49117 ggtgaaactttaactcta 49134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 47; Significance: 8e-18; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 8e-18
Query Start/End: Original strand, 18 - 136
Target Start/End: Original strand, 11475189 - 11475307
Alignment:
Q  18 acttctataccaaattatggaaagggaagtgaagcaggaaatgaatcaggctacattgtaggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttctgttaaga 117  Q
    ||||| || ||||| || ||||| |||||  |||||||||||||   ||| || |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| | ||||    
T  11475189 acttcaatcccaaagtacggaaaaggaaggaaagcaggaaatgagaaagggtatattgtaggaatgtcaacatgttaccctaaaccaggttctatcaaga 11475288  T
Q  118 taattgatggtgaaacttt 136  Q
    || |||||||||| |||||    
T  11475289 tatttgatggtgagacttt 11475307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 73 - 224
Target Start/End: Original strand, 11486477 - 11486628
Alignment:
Q  73 ttgtaggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttctgttaagataattgatggtgaaactttgactctacagtctaactacaacagcacca-aggagc 171  Q
    ||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||| | |||||| |||||||||||| ||| ||  || || |||||||||  |||| || | || |    
T  11486477 ttgtaggcatgtcaacatgttaccctaaaccaggttctatcaagatatttgatggtgaaaatttaacattagagactaactacagtagcaacataaga-c 11486575  T
Q  172 acaccggagtaatggggcttttctacatattggtggcagaacagctcccatat 224  Q
    || | ||||||||||| ||||||||  | |||||||||||| |||| ||||||    
T  11486576 actctggagtaatgggacttttctatttcttggtggcagaaaagctaccatat 11486628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 27 - 132
Target Start/End: Original strand, 11463305 - 11463410
Alignment:
Q  27 ccaaattatggaaagggaagtgaagcaggaaatgaatcaggctacattgtaggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttctgttaagataattgatg 126  Q
    ||||| |||||||  ||||  ||||||||||||||   ||| ||  ||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||| | ||| || ||||||    
T  11463305 ccaaaatatggaactggaatggaagcaggaaatgagaaagggtatgttgtaggaatgtcaacttgttaccctaaaccaggttctatcaagttatttgatg 11463404  T
Q  127 gtgaaa 132  Q
    ||||||    
T  11463405 gtgaaa 11463410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 73 - 162
Target Start/End: Original strand, 11480655 - 11480744
Alignment:
Q  73 ttgtaggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttctgttaagataattgatggtgaaactttgactctacagtctaactacaacagca 162  Q
    ||||||||||||| || ||||| |||| |||||||||| | |||||| |||||||||||| ||| ||| || || ||||| ||| |||||    
T  11480655 ttgtaggaatgtcaacttgttaccctataccaggttctatcaagatatttgatggtgaaattttaactttagaggctaaccacagcagca 11480744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 46; Significance: 3e-17; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 27 - 136
Target Start/End: Original strand, 21547836 - 21547945
Alignment:
Q  27 ccaaattatggaaagggaagtgaagcaggaaatgaatcaggctacattgtaggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttctgttaagataattgatg 126  Q
    ||||| |||||||| ||||  |||||||||||||||  ||| ||  ||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||| | |||||| || |||    
T  21547836 ccaaaatatggaaatggaaaggaagcaggaaatgaaaaagggtatgttgtaggaatgaccacttgttatcctcaaccaggttctatcaagatacttaatg 21547935  T
Q  127 gtgaaacttt 136  Q
    ||||||||||    
T  21547936 gtgaaacttt 21547945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University