View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19486_high_1 (Length: 1204)

Name: NF19486_high_1
Description: NF19486
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19486_high_1
NF19486_high_1
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (9-1187)||(7904897-7906063)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 1009; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 1009; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 1187
Target Start/End: Original strand, 7904897 - 7906063
Alignment:
Q  9 acatcatcaaagggaggtccatcatcaatgtggagacgacaagcataatcaagaggagtactaaccggtttacaagtggttaggcctgcatctgaaagta 108  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7904897 acatcatcaaagggaggtccatcatcaatgtgaagaagacaagcataatcaagaggagtactaaccgatttacaagtggttaggcctgcatctgaaagta 7904996  T
Q  109 agtcgaggcaatatttgcgttgacagagggatatacctttaaaccttttgaggaatgagcaacctccaagccaagaaagaacttgagctggccaaggtct 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  7904997 agtcgaggcaatatttgcgttgacagagggatataccttt--------tgaggaatgagcaacctccaagccaagaaagaacttgagctagcctaggtct 7905088  T
Q  209 ttgatacgaaaatgatgatcaagcaattgcttaatctcagcaaaagcagcaaggcagtcaccagccaatataatgtcattcacgtatattaataaagctg 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7905089 ttgatacgaaaatgatgatcaagcaattgcttaatctcagcaaaagcagcaaggcagtcaccagccaatataatgtcattcacgtatattaataaagctg 7905188  T
Q  309 tgaaagaagttggagaagcacgaattaaaaaggagtgatcagctgaagcttgcacaaaaccaatggtcaggaggagtgaaataagcttttcaaaccaacg 408  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7905189 tgaaagaagttggagaagcacgaattaaaaaggagtgatcagctgaagcttgcacaaaaccaatggtcaggaggagtgaaataagcttttcaaaccaacg 7905288  T
Q  409 ccggctggcatgtttgaggccgtataaggacttgagcagcttacaaacctgcccaggcctaggaggagaaacaccttgaggagggtgcatgtagacatcc 508  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7905289 ccggctggcttgtttgaggccgtataaggacttgagcagcttacaaacctgcccaggcctaggaggagaaacaccttgaggagggtgcatgtagacatcc 7905388  T
Q  509 tcttgaagatcaccgtgcaagaaggcgttgttaacgtctaattggtggagatgccatcgttttatagaagcaacaacaagcaacaatcaaacagttgaca 608  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  7905389 tcttgaagatcaccgtgcaagaaggtgttgttagcgtctaattggtggagatgccatcgtttaatagaagtaacagcaagcaacaatcaaacaattgaca 7905488  T
Q  609 gtttttccaccagagagagtgcnnnnnnnnnnntccacgccttcgatttgattgtaacccttggctacaagacgtgctctatagcgctcaatagaaccat 708  Q
    ||||| |||||||||||||||            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||    
T  7905489 gttttgccaccagagagagtg-taaaaaaaaaatccacgccttcgatttgattgtaacccttggctacaagacatgcattatagcgctcaatagaaccat 7905587  T
Q  709 tggcatgccgtttaatcttgaagacccatttgcttccaatgggagaaatattggggggaggatctacaaatatccatgttccagttgcttccaaagcact 808  Q
    |||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7905588 tggcataccgtttaatct-gaagatccatttgcttccaatgggagaaatattggggggaggatctacaaatatccatgttccagttgcttccaaagcact 7905686  T
Q  809 aaagctcaggagacatagcaagttgccaacgtggatcactttgggcctgtttaaaagaagaaggttcaatgtctgatgagatggcaagagtgaagctaca 908  Q
    || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7905687 aa-gctcaggggacatagcaagttgccaacgtggatcactttgggcctgtttaaaagaagaaggttcaatgtctgatgagatggcaagagtgaagctaca 7905785  T
Q  909 atatgagggagataacgggtgataagacaaggaagcggagatgggaaagagctgagcaaacaaagtcttgaagatgagctggtgttgtacgagtacgagt 1008  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7905786 atatgagggagataacgggtgataagacaaggaagcggagatgggaa-gagctgagcaaacaaagtcttgaagatgagctggtgttgtacgagtacgagt 7905884  T
Q  1009 ggaatggcgagcctgagtaagggcagaaacaagaggagcatgtggttgagatgttgatatggaaggatctggtgtggcaggttcagtggtaaatatggga 1108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7905885 ggaatggcgagcctgagtaagggcagaaacaagaggagcatgtggttgagatgttgatatggaaggatctggtgtggcaggttcagtggtaaatatggga 7905984  T
Q  1109 gtattatcgaaataaatttgtggagtattgtgaggtgtgttatgtggatttgtgtgttgatgatgaaaggggaataagt 1187  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7905985 gtattatcgaaataaatttgtggagtattgtgaggtgtgttatgtggatttgtgtgttgatgatgaaaggggaataagt 7906063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University