View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19486_high_17 (Length: 393)

Name: NF19486_high_17
Description: NF19486
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19486_high_17
NF19486_high_17
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (7-375)||(5990889-5991257)
[»] chr3 (10 HSPs)
chr3 (1-375)||(11494959-11495333)
chr3 (7-375)||(5968181-5968549)
chr3 (49-375)||(2921891-2922220)
chr3 (11-366)||(11488727-11489082)
chr3 (65-375)||(10080050-10080360)
chr3 (65-375)||(10187020-10187330)
chr3 (77-347)||(3872515-3872786)
chr3 (56-141)||(4132862-4132947)
chr3 (94-143)||(909088-909137)
chr3 (93-141)||(4057663-4057711)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (8-375)||(16449151-16449518)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (10-375)||(18390417-18390782)
[»] scaffold0603 (1 HSPs)
scaffold0603 (1-373)||(2202-2574)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (72-273)||(17314225-17314426)
chr1 (317-369)||(13936120-13936172)
chr1 (338-374)||(17314133-17314169)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 297; Significance: 1e-167; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 297; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 7 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 5991257 - 5990889
Alignment:
Q  7 cagtaatggacagcaagtcatatttataactgaaagccaggaaggcaatccctttttcggcaacgacttaagtttgggagcgttcacaatctcaaggttt 106  Q
    |||||||||||| | ||| ||| |||  ||||||||  ||||||||||||| | ||| ||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||    
T  5991257 cagtaatggacaacgagtaatacttagtactgaaagagaggaaggcaatccttcttttggcaatgacttgagtttgggagcgttaacaatctcaaggttt 5991158  T
Q  107 tggagagagatgagatgttgaaaccacttcccatcaatgcttttatcattaagaccacggatgcatagtgttacaagtgatttaggtagcaatggccgca 206  Q
    |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5991157 tggagaaaggtgagatgttgaaaccacttcccatcaatgcttttatcattaagaccacggatgcatagtgttacaagtgatttaggtagcaatggccgca 5991058  T
Q  207 tcagggttttcaccgtatcaacaccgttgattcgcaacactgaaagacaagtgagatgctcccaagttgtgtcagtattccacataatccctccaacaga 306  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  5991057 tcagggttttcaccgtatcagcaccgttgattcgcaacactgaaagacaagtgagatgctcccaagttgtgtcggtattccacataatccctccaacaga 5990958  T
Q  307 gccgacagtaagttcacgtaaactgcttggtaaatcatctatggcaaaagattgaagatttggtagatt 375  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5990957 gccgacagtaagttcacgtaaactgcttggtaaatcatctatggcaaaagattgaagatttggtagatt 5990889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 247; Significance: 1e-137; HSPs: 10)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 247; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 1 - 375
Target Start/End: Original strand, 11494959 - 11495333
Alignment:
Q  1 tgctttcagtaatggacagcaagtcatatttataactgaaagccaggaaggcaatccctttttcggcaacgacttaagtttgggagcgttcacaatctca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11494959 tgctttcagtaatggacagcaagtcatatttataactgaaagccaggaaggcaatccctttttcggcaacgacttaagtttgggagcgttcacaatctca 11495058  T
Q  101 aggttttggagagagatgagatgttgaaaccacttcccatcaatgcttttatcattaagaccacggatgcatagtgttacaagtgatttaggtagcaatg 200  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||| | ||    
T  11495059 aggttttggagagaggtgagatgttcaaaccacttctcatcaatgcttttatcattaagaccacagatgcatagtgtttcaagcgatttaggtagaagtg 11495158  T
Q  201 gccgcatcagggttttcaccgtatcaacaccgttgattcgcaacactgaaagacaagtgagatgctcccaagttgtgtcagtattccacataatccctcc 300  Q
    ||| |||||| || |||||| |||||   || || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||   |||||||||||||||||||||||    
T  11495159 gccccatcagtgtgttcaccatatcattgccattaattcgcaacactgaaagacaagtgagatgttcccaagtttgctcagtattccacataatccctcc 11495258  T
Q  301 aacagagccgacagtaagttcacgtaaactgcttggtaaatcatctatggcaaaagattgaagatttggtagatt 375  Q
    |||| |||| ||||| | ||   |||||||| | || |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  11495259 aacatagccaacagtcaatttctgtaaactgataggaaaatcatctatgacaaaagattgaagatttggtagatt 11495333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 141; E-Value: 8e-74
Query Start/End: Original strand, 7 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 5968549 - 5968181
Alignment:
Q  7 cagtaatggacagcaagtcatatttataactgaaagccaggaaggcaatccctttttcggcaacgacttaagtttgggagcgttcacaatctcaaggttt 106  Q
    |||||| ||||||  ||||||| |||  ||||||||  ||||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||    
T  5968549 cagtaacggacagtgagtcatacttagtactgaaagagaggaaggcaatcctttttttggcaatgactttagtttgggagcgttaacaatctcaaggttt 5968450  T
Q  107 tggagagagatgagatgttgaaaccacttcccatcaatgcttttatcattaagaccacggatgcatagtgttacaagtgatttaggtagcaatggccgca 206  Q
    ||||||||  | |||||||||| ||||||||||||||| ||| || ||||||||||||  ||||||||| | ||||| |||   |||||||||||   ||    
T  5968449 tggagagaagtcagatgttgaagccacttcccatcaattcttgtaccattaagaccacaaatgcatagtctcacaagcgataccggtagcaatggaacca 5968350  T
Q  207 tcagggttttcaccgtatcaacaccgttgattcgcaacactgaaagacaagtgagatgctcccaagttgtgtcagtattccacataatccctccaacaga 306  Q
    ||||  | ||||||||||||  || |||||||||||||||||||||| | | |||||| ||||||||||  ||| | ||||| |||||||||||||||||    
T  5968349 tcagcttgttcaccgtatcattactgttgattcgcaacactgaaagataggggagatgttcccaagttggctcattcttccaaataatccctccaacaga 5968250  T
Q  307 gccgacagtaagttcacgtaaactgcttggtaaatcatctatggcaaaagattgaagatttggtagatt 375  Q
     || ||||| |||||  |||||||| | || |||||||||||| |||||||||||||||| || |||||    
T  5968249 accaacagtcagttcctgtaaactgataggcaaatcatctatgacaaaagattgaagattcggaagatt 5968181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 140; E-Value: 3e-73
Query Start/End: Original strand, 49 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 2922220 - 2921891
Alignment:
Q  49 aggcaatccctttttcggcaacgacttaagtttgggagcgttcacaatctcaaggttttggagagagatgagatgttgaaaccacttcccatcaatgctt 148  Q
    ||||||||| ||||| |||||||| || ||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||    
T  2922220 aggcaatcctttttttggcaacgaattgagtttgggagcattaacaatctcaagcttttggagagaggtgagatgttgaagccacttcccatcaattctt 2922121  T
Q  149 ttatcattaagaccacggatgcatagtgttacaagtgatttaggtagcaatggccgcatcagggttttcaccgtatcaacaccgttgattcgcaacactg 248  Q
     || |||||| |||||||||||||||  | ||||| |||   ||||| ||||||  |||||| || |||||||||||| | ||||| |||| ||||||||    
T  2922120 gtaccattaaaaccacggatgcatagcatcacaagcgatgctggtagtaatggcaccatcagcgtgttcaccgtatcatcgccgtttattctcaacactg 2922021  T
Q  249 aaagacaagtgagatgctcccaagttgtgtcagta---ttccacataatccctccaacagagccgacagtaagttcacgtaaactgcttggtaaatcatc 345  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||  | ||||   |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||  |||||||| | || ||||||||    
T  2922020 aaagacaagtgagatgtttccaagttggcttagtatacttccacataatccctccaacagagccaacagtcagttcctgtaaactgataggcaaatcatc 2921921  T
Q  346 tatggcaaaagattgaagatttggtagatt 375  Q
    |||| ||||| ||| |||||||||||||||    
T  2921920 tatgacaaaatatttaagatttggtagatt 2921891  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 11 - 366
Target Start/End: Original strand, 11488727 - 11489082
Alignment:
Q  11 aatggacagcaagtcatatttataactgaaagccaggaaggcaatccctttttcggcaacgacttaagtttgggagcgttcacaatctcaaggttttgga 110  Q
    ||||| |||| |||||||||||  ||||||||  ||||||||||||| ||||| ||||| ||||| ||||||||||| || | |||||||||||||||||    
T  11488727 aatgggcagcgagtcatatttagtactgaaagagaggaaggcaatcctttttttggcaatgacttgagtttgggagcattaataatctcaaggttttgga 11488826  T
Q  111 gagagatgagatgttgaaaccacttcccatcaatgcttttatcattaagaccacggatgcatagtgttacaagtgatttaggtagcaatggccgcatcag 210  Q
    ||||  |||||||||||| |||||||||||||| |||| ||| |||||||| || | |||||||||| ||||| |||  |||||||| | ||  ||||||    
T  11488827 gagaagtgagatgttgaagccacttcccatcaaggcttgtattattaagactactggtgcatagtgtaacaagcgatgcaggtagcagttgcaccatcag 11488926  T
Q  211 ggttttcaccgtatcaacaccgttgattcgcaacactgaaagacaagtgagatgctcccaagttgtgtcagtattccacataatccctccaacagagccg 310  Q
     || |||||| || ||   || || ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||| ||| ||  | || |||||     
T  11488927 cgtgttcaccatagcattgccattaattcgcaacacagaaagacaagtgagatgttcccaagttggctcagtattccacaaaataccctctaccgagcca 11489026  T
Q  311 acagtaagttcacgtaaactgcttggtaaatcatctatggcaaaagattgaagatt 366  Q
    ||||| ||||| || |||||  | || |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  11489027 acagtcagttcccgcaaactcataggcaaatcatctatgacaaaagattgaagatt 11489082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 123; E-Value: 4e-63
Query Start/End: Original strand, 65 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 10080360 - 10080050
Alignment:
Q  65 ggcaacgacttaagtttgggagcgttcacaatctcaaggttttggagagagatgagatgttgaaaccacttcccatcaatgcttttatcattaagaccac 164  Q
    ||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||  ||||||||  ||||||||||||||| | | || ||||| |||||||||    
T  10080360 ggcaacgactcgagtttgggagcgttaacaatctcaaggtttcggagagaactgagatgtaaaaaccacttcccatccaagtttgtatcagtaagaccac 10080261  T
Q  165 ggatgcatagtgttacaagtgatttaggtagcaatggccgcatcagggttttcaccgtatcaacaccgttgattcgcaacactgaaagacaagtgagatg 264  Q
      | || |||| | | ||| |||  ||||||||||| |  ||| || |  |||||| |||||  |||| | |||||||||||||||||||||||||||||    
T  10080260 aaacgcgtagtctcagaagagatgcaggtagcaatgacgccattagcgagttcaccatatcattaccgcttattcgcaacactgaaagacaagtgagatg 10080161  T
Q  265 ctcccaagttgtgtcagtattccacataatccctccaacagagccgacagtaagttcacgtaaactgcttggtaaatcatctatggcaaaagattgaaga 364  Q
     ||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||  |||||||||| || |||||||||||| |||||||||||| |    
T  10080160 ttcccaagttggctcagttttccacataatccctccaacagagccaacagtcagttcctgtaaactgctaggcaaatcatctatgacaaaagattgaaca 10080061  T
Q  365 tttggtagatt 375  Q
    |||||||||||    
T  10080060 tttggtagatt 10080050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 123; E-Value: 4e-63
Query Start/End: Original strand, 65 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 10187330 - 10187020
Alignment:
Q  65 ggcaacgacttaagtttgggagcgttcacaatctcaaggttttggagagagatgagatgttgaaaccacttcccatcaatgcttttatcattaagaccac 164  Q
    ||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||  ||||||||  ||||||||||||||| | | || ||||| |||||||||    
T  10187330 ggcaacgactcgagtttgggagcgttaacaatctcaaggtttcggagagaactgagatgtaaaaaccacttcccatccaagtttgtatcagtaagaccac 10187231  T
Q  165 ggatgcatagtgttacaagtgatttaggtagcaatggccgcatcagggttttcaccgtatcaacaccgttgattcgcaacactgaaagacaagtgagatg 264  Q
      | || |||| | | ||| |||  ||||||||||| |  ||| || |  |||||| |||||  |||| | |||||||||||||||||||||||||||||    
T  10187230 aaacgcgtagtctcagaagagatgcaggtagcaatgacgccattagcgagttcaccatatcattaccgcttattcgcaacactgaaagacaagtgagatg 10187131  T
Q  265 ctcccaagttgtgtcagtattccacataatccctccaacagagccgacagtaagttcacgtaaactgcttggtaaatcatctatggcaaaagattgaaga 364  Q
     ||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||  |||||||||| || |||||||||||| |||||||||||| |    
T  10187130 ttcccaagttggctcagttttccacataatccctccaacagagccaacagtcagttcctgtaaactgctaggcaaatcatctatgacaaaagattgaaca 10187031  T
Q  365 tttggtagatt 375  Q
    |||||||||||    
T  10187030 tttggtagatt 10187020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 77 - 347
Target Start/End: Complemental strand, 3872786 - 3872515
Alignment:
Q  77 agtttgggagcgttcacaatctcaaggtttt-ggagagagatgagatgttgaaaccacttcccatcaatgcttttatcattaagaccacggatgcatagt 175  Q
    |||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||  |||||||||||| |||||||||||| |||||| ||| | |||||||||  |||||||||    
T  3872786 agtttgggagcgttaacaatctcaaagtttttggagagaagtgagatgttgaagccacttcccatcgatgcttgtattaataagaccacaaatgcatagt 3872687  T
Q  176 gttacaagtgatttaggtagcaatggccgcatcagggttttcaccgtatcaacaccgttgattcgcaacactgaaagacaagtgagatgctcccaagttg 275  Q
    || |  || |||  |||||||||||||  |||||  |  ||||||||||||  |||||| ||| |||||||  ||||||||||||| || |||||| ||     
T  3872686 gtcatgagagatgcaggtagcaatggcaccatcaacgagttcaccgtatcattaccgttaatttgcaacacaaaaagacaagtgagttgttcccaatttt 3872587  T
Q  276 tgtcagtattccacataatccctccaacagagccgacagtaagttcacgtaaactgcttggtaaatcatcta 347  Q
      |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||| |||||||||| || ||||||||||    
T  3872586 gctcagtattccacataatccctccaacagagccaacagtcagctcatgtaaactgctaggcaaatcatcta 3872515  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 56 - 141
Target Start/End: Complemental strand, 4132947 - 4132862
Alignment:
Q  56 ccctttttcggcaacgacttaagtttgggagcgttcacaatctcaaggttttggagagagatgagatgttgaaaccacttcccatc 141  Q
    |||||||| ||||||||||| || |||||||| |  | ||| ||||  | |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  4132947 cccttttttggcaacgacttgagcttgggagcatcaataatatcaaaatgttggagagaggtgagatgttgaagccacttcccatc 4132862  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 94 - 143
Target Start/End: Original strand, 909088 - 909137
Alignment:
Q  94 aatctcaaggttttggagagagatgagatgttgaaaccacttcccatcaa 143  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||| |  | ||||||||||||||    
T  909088 aatctcaaggttttggagagaggtgagatggtcgagccacttcccatcaa 909137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 93 - 141
Target Start/End: Original strand, 4057663 - 4057711
Alignment:
Q  93 caatctcaaggttttggagagagatgagatgttgaaaccacttcccatc 141  Q
    |||||| ||| |||||||||||| |||||||||||| |||||| |||||    
T  4057663 caatcttaagtttttggagagaggtgagatgttgaagccacttgccatc 4057711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 156; Significance: 9e-83; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 156; E-Value: 9e-83
Query Start/End: Original strand, 8 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 16449518 - 16449151
Alignment:
Q  8 agtaatggacagcaagtcatatttataactgaaagccaggaaggcaatccctttttcggcaacgacttaagtttgggagcgttcacaatctcaaggtttt 107  Q
    ||||||||||| | ||||||| |||  ||||||||  ||||||| ||||| ||||| || |||  ||| ||||||||||| || | ||||||||| ||||    
T  16449518 agtaatggacaccgagtcatacttagcactgaaagagaggaaggaaatccttttttaggaaacatcttgagtttgggagcattaataatctcaagttttt 16449419  T
Q  108 ggagagagatgagatgttgaaaccacttcccatcaatgcttttatcattaagaccacggatgcatagtgttacaagtgatttaggtagcaatggccgcat 207  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||| ||||||||| |||||||||||| | ||| |||  ||||||  |||||| |||    
T  16449418 ggagagagacgagatgttgaagccacttcccatcaatgcgtgtatcagtaagaccacagatgcatagtgtcagaagcgatgcaggtagagatggccccat 16449319  T
Q  208 cagggttttcaccgtatcaacaccgttgattcgcaacactgaaagacaagtgagatgctcccaagttgtgtcagtattccacataatccctccaacagag 307  Q
    ||| || |||||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||  || ||||||||||||||| |||||||||||    
T  16449318 cagtgtcttcaccgtatcagcaccattaattcgcaacactgaaagacaagtcagatgttcccaagttggctccgtattccacataatcactccaacagag 16449219  T
Q  308 ccgacagtaagttcacgtaaactgcttggtaaatcatctatggcaaaagattgaagatttggtagatt 375  Q
    || |||||||||||  ||||||||   || ||||||||||||   |||||||||||||||||||||||    
T  16449218 ccaacagtaagttcctgtaaactgacaggcaaatcatctatgattaaagattgaagatttggtagatt 16449151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 98; Significance: 4e-48; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 98; E-Value: 4e-48
Query Start/End: Original strand, 10 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 18390782 - 18390417
Alignment:
Q  10 taatggacagcaagtcatatttataactgaaagccaggaaggcaatccctttttcggcaacgacttaagtttgggagcgttcacaatctcaaggttttgg 109  Q
    ||||||||| ||||||| |||||  ||||||||  ||||| ||||| | ||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||     
T  18390782 taatggacaacaagtcacatttagtactgaaagagaggaaagcaattctttttttggcaacgacttgagtttgggagcgttaacaatctcaaggttttga 18390683  T
Q  110 agagagatgagatgttgaaaccacttcccatcaatgcttttatcattaagaccacggatgcatagtgttacaagtgatttaggtagcaatggccgcatca 209  Q
    |||||    |||||||||| ||||||||||||||  ||| |||||| ||||||   |||||||||||| |  || |||   ||||||||||||  ||| |    
T  18390682 agagaaggaagatgttgaagccacttcccatcaaatcttgtatcatcaagaccggagatgcatagtgtcatgagagatgctggtagcaatggctccatga 18390583  T
Q  210 gggttttcaccgtatcaacaccgttgattcgcaacactgaaagacaagtgagatgctcccaagttgtgtcagtattccacataatccctccaacagagcc 309  Q
      || || ||||||||| |||| || |||||||||||    || ||| | ||| | ||||||||||  ||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  18390582 atgtgtttaccgtatcaccacctttaattcgcaacaccaccaggcaattcagaagttcccaagttggatcagtattccacaaaaaccctccaacagagcc 18390483  T
Q  310 gacagtaagttcacgtaaactgcttggtaaatcatctatggcaaaagattgaagatttggtagatt 375  Q
     | ||| ||||| || |||||  | || ||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  18390482 aatagtcagttcccgcaaactagtaggcaaatcatttatgacaaaagattgaagatttggaagatt 18390417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0603 (Bit Score: 97; Significance: 1e-47; HSPs: 1)
Name: scaffold0603
Description:

Target: scaffold0603; HSP #1
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 1 - 373
Target Start/End: Original strand, 2202 - 2574
Alignment:
Q  1 tgctttcagtaatggacagcaagtcatatttataactgaaagccaggaaggcaatccctttttcggcaacgacttaagtttgggagcgttcacaatctca 100  Q
    ||||| |||||||||||||  |||||||||||  ||| ||||  ||||||| ||||| || || |||||| || | |||||  |||| || |||||||||    
T  2202 tgcttccagtaatggacagtgagtcatatttagcactaaaagagaggaaggaaatcctttctttggcaacaacctgagtttcagagcattaacaatctca 2301  T
Q  101 aggttttggagagagatgagatgttgaaaccacttcccatcaatgcttttatcattaagaccacggatgcatagtgttacaagtgatttaggtagcaatg 200  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||| |||||||| ||||||||||||| || ||| ||||| |||||||||||| || || |||  |||||||| ||    
T  2302 aggttttggagagaagtgagatgttgaagccacttccaatcaatgcttttaccactaaaaccacagatgcatagtgtcacgagagatgcaggtagcattg 2401  T
Q  201 gccgcatcagggttttcaccgtatcaacaccgttgattcgcaacactgaaagacaagtgagatgctcccaagttgtgtcagtattccacataatccctcc 300  Q
    ||  ||| |  |  | |||| ||||| |||| || ||||||| |||||| |||||| ||||| | ||||||||||  | ||||||||||| ||||  |||    
T  2402 gcaccatgaacgagtccaccatatcaccacccttaattcgcagcactgacagacaattgagacgttcccaagttggcttagtattccacaaaatcgatcc 2501  T
Q  301 aacagagccgacagtaagttcacgtaaactgcttggtaaatcatctatggcaaaagattgaagatttggtaga 373  Q
    || |||||| ||||| | ||| |||||||||   || |||||||||||  ||||  |||||||||||||||||    
T  2502 aagagagccaacagtcaattcccgtaaactgaaaggcaaatcatctatatcaaagtattgaagatttggtaga 2574  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 90; Significance: 2e-43; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 72 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 17314426 - 17314225
Alignment:
Q  72 acttaagtttgggagcgttcacaatctcaaggttttggagagagatgagatgttgaaaccacttcccatcaatgcttttatcattaagaccacggatgca 171  Q
    |||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||  |||||    
T  17314426 acttcagtttgggggcgttaacaatctcaaggttttggagagaagtgagatgttgaagccacttctcatcaatgcttgtattattaagaccacctatgca 17314327  T
Q  172 tagtgttacaagtgatttaggtagcaatggccgcatcagggttttcaccgtatcaacaccgttgattcgcaacactgaaagacaagtgagatgctcccaa 271  Q
    |||||| ||||| |||  |||||||| ||||  |||||| || |||||||||| |   || || |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  17314326 tagtgtaacaagcgatgcaggtagcagtggcaccatcagcgtgttcaccgtattatttccattaattcgcaacactgaaagacaggtgagatgttcccaa 17314227  T
Q  272 gt 273  Q
    ||    
T  17314226 gt 17314225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 317 - 369
Target Start/End: Complemental strand, 13936172 - 13936120
Alignment:
Q  317 agttcacgtaaactgcttggtaaatcatctatggcaaaagattgaagatttgg 369  Q
    ||||| ||||||||| | || |||||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  13936172 agttcccgtaaactgataggcaaatcatctatggcaaaatattgcagatttgg 13936120  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 338 - 374
Target Start/End: Complemental strand, 17314169 - 17314133
Alignment:
Q  338 aaatcatctatggcaaaagattgaagatttggtagat 374  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||    
T  17314169 aaatcatctatgacaaatgattgaagatttggtagat 17314133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University