View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19488_high_6 (Length: 551)

Name: NF19488_high_6
Description: NF19488
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19488_high_6
NF19488_high_6
[»] chr1 (11 HSPs)
chr1 (21-551)||(1857129-1857659)
chr1 (21-551)||(1868727-1869257)
chr1 (21-551)||(1843118-1843648)
chr1 (74-546)||(1815437-1815910)
chr1 (167-550)||(9161353-9161736)
chr1 (167-551)||(9218262-9218646)
chr1 (167-551)||(9170179-9170563)
chr1 (167-551)||(9199746-9200130)
chr1 (151-551)||(9229131-9229531)
chr1 (167-547)||(9155441-9155821)
chr1 (169-551)||(9118715-9119097)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 467; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 467; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 551
Target Start/End: Complemental strand, 1857659 - 1857129
Alignment:
Q  21 atcagtacgtgatctttcaagctgtcatatctgatatctccatgtgtgctgctatcaccaggttcataaaggctagatgatgattcatgaagcaagtacc 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  1857659 atcagtacgtgatctttcaagctgtcatatccgatatctccatgtttgttgctatcaccaggttcataaatgctagatgatgattcatgaagcaagtacc 1857560  T
Q  121 gactctcctctacatttgagtcatcattgatccaagagtgcttattcattaacctcattccctccaattccatagccacttccttcatgcttggtctttc 220  Q
     |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1857559 tactctcctctacatttgagtcatctttgatccaagagtgcttattcattaacctcattccctccaattccatagccacttccttcatgcttggtctttc 1857460  T
Q  221 ttcccctctaagtctcaaacacttcgccgcaagaatagctacctccatgacctcttgtttgttttcttcattccacataccatcttgaataacttcaaat 320  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  1857459 ttcccctctaagtctcaaacacttcgccgcaagaacagccacctccttgatctcttgtttgttttcttcattccacaaaccatcttgaataacttcaaat 1857360  T
Q  321 acattatcctttttcaagcaagatagaaaatgcatagcaagacttcttctttcctccggcctaccaaaacaaaaaggcttctcccccgtcagcaactcca 420  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  1857359 acattatcctttttcaagcaagatagaaaatgcatagcaagacttcttctttcttccggcctaccaaaacaaaaaggtttctcccccgtcagcaactcca 1857260  T
Q  421 cgagaactactccaaagctatagacatcacttttttcagttaattggcttgtttgcatatactctggatctaagtagccaatagttccttgcaccattgt 520  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1857259 caagaactactccaaagctatagacatcacttttttcagttaattgacttgtttgcatatactctggatctaagtagccaatagttccttgcaccattgt 1857160  T
Q  521 ggctacttcagtttgatcaagtggaaccaat 551  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  1857159 ggctatttcagtttgatcaagtggaaccaat 1857129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 447; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 551
Target Start/End: Complemental strand, 1869257 - 1868727
Alignment:
Q  21 atcagtacgtgatctttcaagctgtcatatctgatatctccatgtgtgctgctatcaccaggttcataaaggctagatgatgattcatgaagcaagtacc 120  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||    
T  1869257 atcagtacatggtctttcaagctgtcatatccgatatctccatgtgtgatgctatcaccaggttcataaaagctagatgatgattcatgaagcaagaacc 1869158  T
Q  121 gactctcctctacatttgagtcatcattgatccaagagtgcttattcattaacctcattccctccaattccatagccacttccttcatgcttggtctttc 220  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1869157 gactctcctctacatttgagtcatcattgatccaagagtgcttattcattaacctcattccctccaattccatagccacttccttcatgcttggtctttc 1869058  T
Q  221 ttcccctctaagtctcaaacacttcgccgcaagaatagctacctccatgacctcttgtttgttttcttcattccacataccatcttgaataacttcaaat 320  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  1869057 ttcccctctaagtctcaaacacttcgccgcaagaacagccacctccttgatctcttgtttgttttcttcattccacaaaccatcttgaataacttcaaat 1868958  T
Q  321 acattatcctttttcaagcaagatagaaaatgcatagcaagacttcttctttcctccggcctaccaaaacaaaaaggcttctcccccgtcagcaactcca 420  Q
    |||||||| |||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |    
T  1868957 acattatcttttttcaatcaagatagtaaatgcattgcaagacttcttctttcttccggcctaccaaaacaaaaaggtttctcccccgtcagcaactcta 1868858  T
Q  421 cgagaactactccaaagctatagacatcacttttttcagttaattggcttgtttgcatatactctggatctaagtagccaatagttccttgcaccattgt 520  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1868857 caagaactactccaaagctatagacatcacttttttcagttaattgacttgtttgcatatactctggatctaagtagccaatagttccttgcaccattgt 1868758  T
Q  521 ggctacttcagtttgatcaagtggaaccaat 551  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  1868757 ggctatttcagtttgatcaagtggaaccaat 1868727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 423; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 551
Target Start/End: Complemental strand, 1843648 - 1843118
Alignment:
Q  21 atcagtacgtgatctttcaagctgtcatatctgatatctccatgtgtgctgctatcaccaggttcataaaggctagatgatgattcatgaagcaagtacc 120  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  1843648 atcagtacatggtctttcaagctgtcatatccgatatctccatgtgtgatgctatcaccaggttcataaatgctagatgatgattcatgaagcaagtacc 1843549  T
Q  121 gactctcctctacatttgagtcatcattgatccaagagtgcttattcattaacctcattccctccaattccatagccacttccttcatgcttggtctttc 220  Q
     |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1843548 tactctcctctacatttgagtcatctttgatccaagagtgcttattcattaacctcattccctccaattccatagccacttccttcatgcttggtctttc 1843449  T
Q  221 ttcccctctaagtctcaaacacttcgccgcaagaatagctacctccatgacctcttgtttgttttcttcattccacataccatcttgaataacttcaaat 320  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||     
T  1843448 ttcccctctaagtctcaaacacttcgccgcaagaacagccacctccttgatctcttgtttgttttcttcattccacaaaccatcttgaataacttcaaac 1843349  T
Q  321 acattatcctttttcaagcaagatagaaaatgcatagcaagacttcttctttcctccggcctaccaaaacaaaaaggcttctcccccgtcagcaactcca 420  Q
    |||||||| |||||||| |||||||| |||| ||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |    
T  1843348 acattatcttttttcaatcaagatagtaaattcattgcaagacttcttctctcttccggcctaccaaaacaaaaaggtttctcccccgttagcaactcta 1843249  T
Q  421 cgagaactactccaaagctatagacatcacttttttcagttaattggcttgtttgcatatactctggatctaagtagccaatagttccttgcaccattgt 520  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1843248 caagaactactccaaagctatagacatcacttttttcagttaattgacttgtttgcatatactctggatctaagtagccaatagttccttgcaccattgt 1843149  T
Q  521 ggctacttcagtttgatcaagtggaaccaat 551  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  1843148 ggctatttcagtttgatcaattggaaccaat 1843118  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 338; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 74 - 546
Target Start/End: Original strand, 1815437 - 1815910
Alignment:
Q  74 atcaccaggttcataaaggctagatgatgattcatgaagcaagtaccg-actctcctctacatttgagtcatcattgatccaagagtgcttattcattaa 172  Q
    |||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||   |||  ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  1815437 atcaccaaattcataaatgctagatgatgattcatgaagcaagtagtggactctcctctacattaaggtctgcattgatccaagagtgcttatccattaa 1815536  T
Q  173 cctcattccctccaattccatagccacttccttcatgcttggtctttcttcccctctaagtctcaaacacttcgccgcaagaatagctacctccatgacc 272  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||| |    
T  1815537 cctcattccctccaattccatagccacttccttcatgcttggtctttcctcccctataagtctcaaacagttcgccgcaagaacagccacctccatgatc 1815636  T
Q  273 tcttgtttgttttcttcattccacataccatcttgaataacttcaaatacattatcctttttcaagcaagatagaaaatgcatagcaagacttcttcttt 372  Q
     |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||| |    
T  1815637 acttgtttgttttcttcattccacaaaccatcttgaataacttcaaacacattatcctttttcaagcaagataaaaagtgcgtagcaagacttcttctct 1815736  T
Q  373 cctccggcctaccaaaacaaaaaggcttctcccccgtcagcaactccacgagaactactccaaagctatagacatcacttttttcagttaattggcttgt 472  Q
    | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  1815737 cttccggcctaccaaaacaaaaaggtttctcccccgttagcagctccacaagaactactccaaagctatatacatcacttttctcagttaattggcttgt 1815836  T
Q  473 ttgcatatactctggatctaagtagccaatagttccttgcaccattgtggctacttcagtttgatcaagtggaa 546  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1815837 ttgcatatactctggatccaagtagccaatagttccttgcaccattgtggctacttcagtttgatcaagtggaa 1815910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 96; E-Value: 8e-47
Query Start/End: Original strand, 167 - 550
Target Start/End: Original strand, 9161353 - 9161736
Alignment:
Q  167 cattaacctcattccctccaattccatagccacttccttcatgcttggtctttcttcccctctaagtctcaaacacttcgccgcaagaatagctacctcc 266  Q
    ||||||||| || || ||||| ||||| ||||||||||||||||| || ||||| |||||||| |||||||||||| | || ||||||||||| ||||||    
T  9161353 cattaaccttataccatccaactccattgccacttccttcatgctaggcctttcatcccctcttagtctcaaacaccttgctgcaagaatagcaacctcc 9161452  T
Q  267 atgacctcttgtttgttttcttcattccacataccatcttgaataacttcaaatacattatcctttttcaagcaagatagaaaatgcatagcaagacttc 366  Q
     | | ||| |  |||||||| |||||  | |||||| |||||||| ||||||| |   |||| | ||| || ||||| | ||| ||||||||||||||      
T  9161453 ttaatctcctccttgttttcatcatttaaaataccaacttgaatagcttcaaaaattctatcttgttttaaacaagacaaaaagtgcatagcaagactga 9161552  T
Q  367 ttctttcctccggcctaccaaaacaaaaaggcttctcccccgtcagcaactccacgagaactactccaaagctatagacatcacttttttcagttaattg 466  Q
    |  | || || ||||||  |||| ||| ||| || || ||||| || | |||  | |||||||| ||||||||||| ||||||||||| || |||| |||    
T  9161553 tattctcttctggcctattaaaagaaagaggtttgtctcccgtaagaagctctgcaagaactacaccaaagctataaacatcacttttctctgttagttg 9161652  T
Q  467 gcttgtttgcatatactctggatctaagtagccaatagttccttgcaccattgtggctacttcagtttgatcaagtggaaccaa 550  Q
       ||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||| |||||||| ||||  || ||||||||||||||||||||    
T  9161653 atgtgtttgcatatactccggatctaagtaaccaagagttccttgtaccattgttgctatctcggtttgatcaagtggaaccaa 9161736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 167 - 551
Target Start/End: Original strand, 9218262 - 9218646
Alignment:
Q  167 cattaacctcattccctccaattccatagccacttccttcatgcttggtctttcttcccctctaagtctcaaacacttcgccgcaagaatagctacctcc 266  Q
    ||||||||| || || ||||| |||||||| |||||| |||| || |||||||| || ||||||||||| |||||| | || ||||||||||  ||||||    
T  9218262 cattaaccttatgccatccaactccatagctacttccctcatactaggtctttcatcacctctaagtcttaaacaccttgcagcaagaatagaaacctcc 9218361  T
Q  267 atgacctcttgtttgttttcttcattccacataccatcttgaataacttcaaatacattatcctttttcaagcaagatagaaaatgcatagcaagacttc 366  Q
     | | |||||  |||||||| |||||  | || ||| |||||||| | ||||| |  ||||| | ||| || ||||| | ||| ||||||||||||||      
T  9218362 ttaatctctttcttgttttcatcattgaaaattccaacttgaatagcatcaaaaagtttatcttgttttaaacaagacaaaaagtgcatagcaagactaa 9218461  T
Q  367 ttctttcctccggcctaccaaaacaaaaaggcttctcccccgtcagcaactccacgagaactactccaaagctatagacatcacttttttcagttaattg 466  Q
    |  | || || |||||   |||| ||| ||| ||  | || || || | |||  | |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  9218462 tggtctcttctggcctgttaaaagaaagaggtttggcacctgttagaagctctgcaagaactactccaaagctatacacatcacttttttcggttaattg 9218561  T
Q  467 gcttgtttgcatatactctggatctaagtagccaatagttccttgcaccattgtggctacttcagtttgatcaagtggaaccaat 551  Q
       ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||| ||||  || |||||||||||||||||||||    
T  9218562 atgtgtttgcatatactctggatctaagtatccaagagttccttgtaccattgtcgctatctcggtttgatcaagtggaaccaat 9218646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 86; E-Value: 7e-41
Query Start/End: Original strand, 167 - 551
Target Start/End: Original strand, 9170179 - 9170563
Alignment:
Q  167 cattaacctcattccctccaattccatagccacttccttcatgcttggtctttcttcccctctaagtctcaaacacttcgccgcaagaatagctacctcc 266  Q
    ||||||||| || || ||||| ||||| |||||||||||||| |  |||||||| |||||||||||||| |||||| | |  ||||||||||| ||||||    
T  9170179 cattaaccttatgccatccaactccattgccacttccttcatacaaggtctttcatcccctctaagtcttaaacaccttgaagcaagaatagcaacctcc 9170278  T
Q  267 atgacctcttgtttgttttcttcattccacata-ccatcttgaataacttcaaatacattatcctttttcaagcaagatagaaaatgcatagcaagactt 365  Q
     | | |||||  ||||| || || ||| ||| | ||| |||||||| ||||||| |  ||||| | ||| || ||||| | ||| ||||||||||||||     
T  9170279 ttaatctctttcttgttatcatcgttc-acaaatccaacttgaatagcttcaaaaaatttatcttgttttaaacaagacaaaaagtgcatagcaagacta 9170377  T
Q  366 cttctttcctccggcctaccaaaacaaaaaggcttctcccccgtcagcaactccacgagaactactccaaagctatagacatcacttttttcagttaatt 465  Q
     |  | || || ||||||  |||| ||| ||| || || || || || | |||  | |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  9170378 atggtctcttctggcctattaaaagaaagaggtttgtcacctgttagaagctctgcaagaactactccaaagctataaacatcacttttttcggttaatt 9170477  T
Q  466 ggcttgtttgcatatactctggatctaagtagccaatagttccttgcaccattgtggctacttcagtttgatcaagtggaaccaat 551  Q
        ||||||||||||||| ||||||||||| ||||  ||||||||||||||||| ||||  || |||||||||||||||||||||    
T  9170478 tatgtgtttgcatatactcgggatctaagtatccaagtgttccttgcaccattgttgctatctctgtttgatcaagtggaaccaat 9170563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 81; E-Value: 7e-38
Query Start/End: Original strand, 167 - 551
Target Start/End: Original strand, 9199746 - 9200130
Alignment:
Q  167 cattaacctcattccctccaattccatagccacttccttcatgcttggtctttcttcccctctaagtctcaaacacttcgccgcaagaatagctacctcc 266  Q
    ||||||||| || || ||||| |||||||| |||||| |||| || |||||||| || ||||||||||| |||||| | || ||||||||||| ||||||    
T  9199746 cattaaccttataccatccaactccatagctacttccctcatactaggtctttcatcacctctaagtcttaaacaccttgcagcaagaatagcaacctcc 9199845  T
Q  267 atgacctcttgtttgttttcttcattccacataccatcttgaataacttcaaatacattatcctttttcaagcaagatagaaaatgcatagcaagacttc 366  Q
     | | |||||  |||||||| |||| | | || ||| |||||||| | ||||| |  ||||| | ||| || ||||| | ||| ||||||||||||||      
T  9199846 ttaatctctttcttgttttcatcatccaaaattccaacttgaatagcatcaaaaagtttatcttgttttaaacaagacaaaaagtgcatagcaagactaa 9199945  T
Q  367 ttctttcctccggcctaccaaaacaaaaaggcttctcccccgtcagcaactccacgagaactactccaaagctatagacatcacttttttcagttaattg 466  Q
    |  |||| ||  ||||   |||| ||| ||| || || || || || | |||  | ||||| |||||||||||||| ||||||||||| || |||| |||    
T  9199946 tggtttcttcttgcctgttaaaagaaagaggtttgtcacctgttagaagctctgcaagaaccactccaaagctataaacatcacttttctcggttagttg 9200045  T
Q  467 gcttgtttgcatatactctggatctaagtagccaatagttccttgcaccattgtggctacttcagtttgatcaagtggaaccaat 551  Q
       ||||||||||||||| ||||||||||| ||||  ||||||||||||||||| ||||  || |||||||||||||||||||||    
T  9200046 atgtgtttgcatatactcgggatctaagtatccaagtgttccttgcaccattgttgctatctctgtttgatcaagtggaaccaat 9200130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 151 - 551
Target Start/End: Original strand, 9229131 - 9229531
Alignment:
Q  151 tccaagagtgcttattcattaacctcattccctccaattccatagccacttccttcatgcttggtctttcttcccctctaagtctcaaacacttcgccgc 250  Q
    |||||| |||||| | ||||||||| |  ||||| |  |||||||||||||| |||||||| |||||||| || ||| |||||||||| ||| | || ||    
T  9229131 tccaagggtgcttctccattaaccttaacccctctagctccatagccacttctttcatgctaggtctttcctcgcctttaagtctcaagcaccttgcagc 9229230  T
Q  251 aagaatagctacctccatgacctcttgtttgttttcttcattccacataccatcttgaataacttcaaatacattatcctttttcaagcaagatagaaaa 350  Q
    ||||||||| || ||| | | ||| |  ||||| || |||||| | |||||| |||||| ||||||| | |||| || || | | || |||||||  ||     
T  9229231 aagaatagcaacttccttaatctcctccttgttctcatcattcaaaataccaacttgaagaacttcagacacatgattctctcttaaacaagataagaag 9229330  T
Q  351 tgcatagcaagacttcttctttcctccggcctaccaaaacaaaaaggcttctcccccgtcagcaactccacgagaactactccaaagctatagacatcac 450  Q
    || || ||||| |||||  |||| || || |||  |||| ||| ||| ||||||||||| || | |||  | || ||||| || |||||||| |||||||    
T  9229331 tgaattgcaaggcttctgttttcttctggtctattaaaagaaataggtttctcccccgttaggagctctgccagtactaccccgaagctataaacatcac 9229430  T
Q  451 ttttttcagttaattggcttgtttgcatatactctggatctaagtagccaatagttccttgcaccattgtggctacttcagtttgatcaagtggaaccaa 550  Q
    |||| || |||| ||||  |||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||  |||||||    ||| |||||||||||||||||    
T  9229431 ttttctctgttagttggtgtgtttgcatatattctggatctaaatagccaagagttccttgtaccacagtggctatcatagtatgatcaagtggaaccaa 9229530  T
Q  551 t 551  Q
    |    
T  9229531 t 9229531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 167 - 547
Target Start/End: Original strand, 9155441 - 9155821
Alignment:
Q  167 cattaacctcattccctccaattccatagccacttccttcatgcttggtctttcttcccctctaagtctcaaacacttcgccgcaagaatagctacctcc 266  Q
    ||||||||| || || ||||| |||||||| | ||||||||| || |||||||| || |||| |||||  ||||||   || || |||||||| |||||     
T  9155441 cattaaccttataccatccaactccatagctatttccttcatactaggtctttcctcacctcgaagtcgtaaacaccgtgctgccagaatagcaacctct 9155540  T
Q  267 atgacctcttgtttgttttcttcattccacataccatcttgaataacttcaaatacattatcctttttcaagcaagatagaaaatgcatagcaagacttc 366  Q
     | | ||| |  |||||||| |||||  | |||||| |||||||| ||||||| |   |||| | ||| || ||||| | ||| ||||| ||||||||      
T  9155541 ttaatctcctccttgttttcatcatttaagataccaacttgaatagcttcaaaaattctatcttgttttaaacaagacaaaaagtgcattgcaagactaa 9155640  T
Q  367 ttctttcctccggcctaccaaaacaaaaaggcttctcccccgtcagcaactccacgagaactactccaaagctatagacatcacttttttcagttaattg 466  Q
    | || || || ||||||  |||| | | ||| || || || ||||| | |||| | || ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  9155641 tactctcttctggcctattaaaagatagaggtttatctcctgtcagaagctccgcaagcactactccaaagctatagacatcacttttctcggttaattg 9155740  T
Q  467 gcttgtttgcatatactctggatctaagtagccaatagttccttgcaccattgtggctacttcagtttgatcaagtggaac 547  Q
        |||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||| |||||||| ||||  || |||||||||||||||||    
T  9155741 atgagtttgcatatactctggatctaggtatccaagagttccttgaaccattgttgctatctcggtttgatcaagtggaac 9155821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 169 - 551
Target Start/End: Complemental strand, 9119097 - 9118715
Alignment:
Q  169 ttaacctcattccctccaattccatagccacttccttcatgcttggtctttcttcccctctaagtctcaaacacttcgccgcaagaatagctacctccat 268  Q
    ||||||| || || ||||| |||||||| | ||||||||| || |||||||| || |||| ||||||||||||| | || ||||||||||| |||||| |    
T  9119097 ttaaccttataccatccaactccatagctatttccttcatactaggtctttcctctcctcgaagtctcaaacaccttgctgcaagaatagcaacctcctt 9118998  T
Q  269 gacctcttgtttgttttcttcattccacataccatcttgaataacttcaaatacattatcctttttcaagcaagatagaaaatgcatagcaagacttctt 368  Q
     | |||||  ||||| || |||||| | || ||| |||||||| ||||||| |  ||||| | ||| || ||||| |  || ||||||||||||||  |     
T  9118997 aatctcttccttgttatcatcattcaaaattccaacttgaatagcttcaaaaagtttatcttgttttaaacaagacaagaagtgcatagcaagactaatg 9118898  T
Q  369 ctttcctccggcctaccaaaacaaaaaggcttctcccccgtcagcaactccacgagaactactccaaagctatagacatcacttttttcagttaattggc 468  Q
     | || || |||||   ||||  || ||| || || || || || | |||  | |||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||      
T  9118897 gtctcttctggcctgttaaaatcaagaggtttgtcacctgttagaagctctgcaagaactactccaaagctataaacatcacttttctcggttaattgat 9118798  T
Q  469 ttgtttgcatatactctggatctaagtagccaatagttccttgcaccattgtggctacttcagtttgatcaagtggaaccaat 551  Q
      |||||||| |||||||| |||||||| ||||  |||||||| |||| ||| ||||  || |||||||||||||||||||||    
T  9118797 gcgtttgcatgtactctgggtctaagtatccaagtgttccttgtaccactgttgctatctcggtttgatcaagtggaaccaat 9118715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University