View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19488_low_12 (Length: 477)

Name: NF19488_low_12
Description: NF19488
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19488_low_12
NF19488_low_12
[»] chr7 (19 HSPs)
chr7 (10-460)||(4711592-4712042)
chr7 (10-453)||(4845532-4845975)
chr7 (10-459)||(4696710-4697156)
chr7 (10-464)||(4672827-4673278)
chr7 (10-337)||(4637105-4637432)
chr7 (10-448)||(4864062-4864500)
chr7 (95-459)||(4667067-4667431)
chr7 (10-337)||(4783355-4783682)
chr7 (10-337)||(4815784-4816111)
chr7 (96-459)||(4631056-4631416)
chr7 (92-447)||(4643848-4644200)
chr7 (282-453)||(4663126-4663294)
chr7 (10-146)||(4653935-4654071)
chr7 (240-460)||(4653648-4653865)
chr7 (10-64)||(4644216-4644270)
chr7 (389-455)||(4783731-4783797)
chr7 (389-455)||(4816160-4816226)
chr7 (10-64)||(4631451-4631505)
chr7 (389-455)||(4636990-4637056)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (25-459)||(18925280-18925708)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 447; Significance: 0; HSPs: 19)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 447; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 460
Target Start/End: Original strand, 4711592 - 4712042
Alignment:
Q  10 aagaatattgcattcaaatcaaaccaaatgagaagctaagcataactttcattccaaacaacataaatcattcaaatccttattatgctttcattaacgg 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4711592 aagaatattgcattcaaatcaaaccaaatgagaagctaagcataactttcattccaaacaacataaatcattcaaatccttattatgctttcattaacgg 4711691  T
Q  110 aatcgaaattgtgtctatgccttcttttctctattacacggaccttaatgacccaaaataccttttgaaatcacttgactttgacaacacggaataccaa 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4711692 aatcgaaattgtgtctatgccttcttttctctattacacggaccttaatgacccaaaataccttttgaaatcacttgactttgacaacacggaataccaa 4711791  T
Q  210 attcataacgacaaagctttggaaatggtatatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttccaccaaaccaagatacaggtatgtttcgtaattgggaca 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4711792 attcataacgacaaagctttggaaatggtatatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttccaccaaaccaagatacaggtatgtttcgtaattgggaca 4711891  T
Q  310 gtgattttcctctttacctggaaaaagaatatccacaaagtgtatcaactgtttatggaagtgatcatccaaactatttaaacaataccattcccaaata 409  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  4711892 gtgattttcctctttacctggaaaaagaatatccacaaagtgtatcaactgtttatggaagtgatcatccaaactatttaaacaataccattcccaatta 4711991  T
Q  410 cactgcaccagaagctgtatactttactgcaagaagttatggaatggatgt 460  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4711992 cactgcaccagaagctgtatactttactgcaagaagttatggaatggatgt 4712042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 10 - 453
Target Start/End: Original strand, 4845532 - 4845975
Alignment:
Q  10 aagaatattgcattcaaatcaaaccaaatgagaagctaagcataactttcattccaaacaacataaatcattcaaatccttattatgctttcattaacgg 109  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||| |||| |||||||||||  | |  ||||||| |||||||||| |||||||    
T  4845532 aagaatattgcattcagatcaaaccaaatgggaagctaaacataactttctttccgaacaacataaacgaattgaatcctttttatgctttcgttaacgg 4845631  T
Q  110 aatcgaaattgtgtctatgccttcttttctctattacacggaccttaatgacccaaaataccttttgaaatcacttgactttgacaacacggaataccaa 209  Q
    ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||  |||   |||||  ||| ||   ||| |||| | ||| |||||||||||  |||||| ||    
T  4845632 aatcgaagttgtgtcgatgccttcttttctctattacacaaacccagatgacttaaattattatttcaaattaattggctttgacaacagagaatacgaa 4845731  T
Q  210 attcataacgacaaagctttggaaatggtatatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttccaccaaaccaagatacaggtatgtttcgtaattgggaca 309  Q
    |||| ||| || ||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||| |||||   | ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  4845732 attcgtaatgataaagctttggagatggtttatagagtcaatgttggtgaaaatcaagttcaaccaagtgatgatacaggtatgtttcgcaattgggaca 4845831  T
Q  310 gtgattttcctctttacctggaaaaagaatatccacaaagtgtatcaactgtttatggaagtgatcatccaaactatttaaacaataccattcccaaata 409  Q
     ||||||||||| |||| |||| |||||||||||||  |||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| || ||    
T  4845832 atgattttcctcgttacttggagaaagaatatccacttagtgtatcaagtttttatggaagtgatcatctaaactatttaaacaatactattccaaatta 4845931  T
Q  410 cactgcaccagaagctgtatactttactgcaagaagttatggaa 453  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  4845932 cactgcaccagaagctgtatacttaactgcaagaagttatggaa 4845975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 10 - 459
Target Start/End: Original strand, 4696710 - 4697156
Alignment:
Q  10 aagaatattgcattcaaatcaaaccaaatgagaagctaagcataactttcattccaaacaacataaatcattcaaatccttattatgctttcattaacgg 109  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| | ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  4696710 aagaatattgcattcaaaccaaaccaaatgagaagttaaacataactttcattcccagcaacataaaccagtcaaatccttattatgctttcattaacgg 4696809  T
Q  110 aatcgaaattgtgtctatgccttcttttctctattacacggaccttaatgacccaaaataccttttgaaatcacttgactttgacaacacggaataccaa 209  Q
    ||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||  |||| | |||||||||||| | ||||| |||||||||||| ||||||| ||| ||||||    
T  4696810 aatagaagttgtgtcaatgccttcttttctctattacacaaacctcagtgacccaaaatatcatttgatatcacttgacttagacaacagggactaccaa 4696909  T
Q  210 attcataacgacaaagctttggaaatggtatatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttccaccaaaccaagatacaggtatgtttcgtaattgggaca 309  Q
     ||| |||||||||||| || || | ||| ||||||||||| || |||   |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  4696910 gttcttaacgacaaagcgttagagacggtttatagagtcaatgtgggtggcaatcaagttccaccaaaccaagatactggtatgtttcgtaactgggaca 4697009  T
Q  310 gtgattttcctctttacctggaaaaagaatatccacaaagtgtatcaactgtttatggaagtgatcatccaaactatttaaacaataccattcccaaata 409  Q
     ||||||||||| |||| |||| ||| |||||||||||||  |||||| || || |   |   ||||||  ||||||  |||||| |||||||  || ||    
T  4697010 atgattttcctcgttacttggagaaacaatatccacaaagcatatcaagtgatttt---aaacatcatcttaactatgaaaacaacaccattcaaaatta 4697106  T
Q  410 cactgcaccagaagctgtatactttactgcaagaagttatggaatggatg 459  Q
    |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||  |||| ||||||    
T  4697107 cactgcaccagaagctgtgtacttaactgcaagaagtcgtggattggatg 4697156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 10 - 464
Target Start/End: Complemental strand, 4673278 - 4672827
Alignment:
Q  10 aagaatattgcattcaaatcaaaccaaatgagaagctaagcataactttcattccaaacaacataaatcattcaaatccttattatgctttcattaacgg 109  Q
    |||||| ||| || |||||||| || ||||||||||||| ||||| ||||||||||| || ||| ||  | ||||||  | | |||||||||||||||||    
T  4673278 aagaattttgtatccaaatcaagcccaatgagaagctaaacataaatttcattccaagcatcatgaacaaatcaaatgttaaatatgctttcattaacgg 4673179  T
Q  110 aatcgaaattgtgtctatgccttcttttctctattacacggaccttaatgacccaaaataccttttgaaatcacttgactttgacaacacggaataccaa 209  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||| | ||||||||| || | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  4673178 aatcgaaattgtgtcaatgccttcttttctctattacacaaacctcagtgacccaaattatcatttgaaatcacttgacttagacaacacggaataccaa 4673079  T
Q  210 attcataacgacaaagctttggaaatggtatatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttccaccaaaccaagatacaggtatgtttcgtaattgggaca 309  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||     | ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  4673078 attcataacgaaaaagctttggaaatggtttatagagtcaacgttggtgaaagtcaagttccaccgggtgacgatactggtatgtttcgtaattgggaca 4672979  T
Q  310 gtgattttcctctttacctggaaaaagaatatccacaaagtgtatcaactgtttatggaagtgatcatccaaactatttaaacaataccattcccaaata 409  Q
     |||||||| |  |||| |||| ||| |||||||||  |||||||||| ||  |||   |   ||||||  |||| |||||||||||||||||| || ||    
T  4672978 atgattttcatggttacttggagaaacaatatccacttagtgtatcaagtgagtat---atgcatcatctcaactttttaaacaataccattccaaatta 4672882  T
Q  410 cactgcaccagaagctgtatactttactgcaagaagttatggaatggatgttgat 464  Q
    |||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  4672881 cactgcaccagaagctgtttacgtaactgcaagaagttatggaataaatgttgat 4672827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 176; E-Value: 1e-94
Query Start/End: Original strand, 10 - 337
Target Start/End: Complemental strand, 4637432 - 4637105
Alignment:
Q  10 aagaatattgcattcaaatcaaaccaaatgagaagctaagcataactttcattccaaacaacataaatcattcaaatccttattatgctttcattaacgg 109  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||| |||| |||||| || |||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  4637432 aagaatattgcatacaaatcaaaccaaatgaaaagttaaacataactttcattcctaacagcataaaccaatcaaatccttgttatgcttttattaacgg 4637333  T
Q  110 aatcgaaattgtgtctatgccttcttttctctattacacggaccttaatgacccaaaataccttttgaaatcacttgactttgacaacacggaataccaa 209  Q
     |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||| |||  ||||||| || ||||||  ||  |||||||||||| |    
T  4637332 gatcgaagttgtgtcaatgccttcttttctctattacacaaacctcaatgacccaaattactatttgaaaccagttgactcagagtacacggaataccga 4637233  T
Q  210 attcataacgacaaagctttggaaatggtatatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttccaccaaaccaagatacaggtatgtttcgtaattgggaca 309  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||   | ||||||||||||||||| ||||||| ||    
T  4637232 attcataaagacaaagctttggagatggtttatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttccaccaagtgatgatacaggtatgtttcgcaattggggca 4637133  T
Q  310 gtgattttcctctttacctggaaaaaga 337  Q
     |||||||||||||||| |||| |||||    
T  4637132 atgattttcctctttacttggagaaaga 4637105  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 166; E-Value: 1e-88
Query Start/End: Original strand, 10 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 4864500 - 4864062
Alignment:
Q  10 aagaatattgcattcaaatcaaaccaaatgagaagctaagcataactttcattcca---aacaacataaatcattcaaatccttattatgctttcattaa 106  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||    || || |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  4864500 aagaatattgcattcaaatcaaatcaaatgagaagctaaacataactttcattccggccaataatataaatcaatcaaatccttattatgccttcattaa 4864401  T
Q  107 cggaatcgaaattgtgtctatgccttcttttctctattacacggaccttaatgacccaaaataccttttgaaatcacttgactttgacaacacggaatac 206  Q
     ||||| ||| | |||||||||||||||||||| ||||||||  |||| ||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||| | |||    
T  4864400 tggaatagaagtcgtgtctatgccttcttttctatattacacaaacctcaatgacccaaaatattatttgaaatcacttgactttgacaacacgaactac 4864301  T
Q  207 caaattcataacgacaaagctttggaaatggtatatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttccaccaaaccaagatacaggtatgtttcgtaattggg 306  Q
    ||| ||| |||||||||||| || || | ||| ||||||||||| || ||| ||| ||||||||||||     | ||||| |||||||||||||||||||    
T  4864300 caagttcttaacgacaaagcgttagagacggtttatagagtcaatgtcggtgaaagtcaagttccaccgggtgatgatactggtatgtttcgtaattggg 4864201  T
Q  307 acagtgattttcctctttacctggaaaaagaatatccacaaagtgtatcaactgtttatggaagtgatcatccaaactatttaaacaataccattcccaa 406  Q
    ||| ||||||||||| |||| |||| ||| |||||||||||||  |||||| || || |   |   ||||||  ||||||  |||||| |||||||  ||    
T  4864200 acaatgattttcctcgttacttggagaaacaatatccacaaagcatatcaagtgatttt---aaacatcatcttaactatgaaaacaacaccattcaaaa 4864104  T
Q  407 atacactgcaccagaagctgtatactttactgcaagaagtta 448  Q
     |||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||    
T  4864103 ttacactgcaccagaagttgtgtacttaactgcaagaagtta 4864062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 149; E-Value: 2e-78
Query Start/End: Original strand, 95 - 459
Target Start/End: Complemental strand, 4667431 - 4667067
Alignment:
Q  95 tgctttcattaacggaatcgaaattgtgtctatgccttcttttctctattacacggaccttaatgacccaaaataccttttgaaatcacttgactttgac 194  Q
    ||||||||| |||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||  |||| | ||||||||| || | ||||| || |||||||||||||    
T  4667431 tgctttcatcaacggaattgagattgtgtctatgccgtcttttctctattacacaaacctcagtgacccaaattatcatttgacattacttgactttgac 4667332  T
Q  195 aacacggaataccaaattcataacgacaaagctttggaaatggtatatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttccaccaaaccaagatacaggtatgt 294  Q
    | ||  |||||||| |||| |||| |||||||| |||| | ||| |||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||     | ||||| |||||||    
T  4667331 agcaatgaataccatattcctaacaacaaagctatggagacggtttatagagtcagcgttggtgaaagtcaagttccacctggtgacgatactggtatgt 4667232  T
Q  295 ttcgtaattgggacagtgattttcctctttacctggaaaaagaatatccacaaagtgtatcaactgtttatggaagtgatcatccaaactatttaaacaa 394  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||| ||| |||||||||||||  |||||| |  || ||||  ||||||||||||||||||| | ||    
T  4667231 ttcgtaattgggacaatgattttcctcgttacttggagaaacaatatccacaaagcatatcaagttattttggacctgatcatccaaactatttacaaaa 4667132  T
Q  395 taccattcccaaatacactgcaccagaagctgtatactttactgcaagaagttatggaatggatg 459  Q
    ||| ||||| || |||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  4667131 tactattccaaattacactgcaccagaagttgtgtacttaactgcaagaagttatggaatggatg 4667067  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 148; E-Value: 6e-78
Query Start/End: Original strand, 10 - 337
Target Start/End: Original strand, 4783355 - 4783682
Alignment:
Q  10 aagaatattgcattcaaatcaaaccaaatgagaagctaagcataactttcattccaaacaacataaatcattcaaatccttattatgctttcattaacgg 109  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||| || |  | ||||  ||||||||||||||||||    
T  4783355 aagaatattccatccaaatcaaaccaaacgagaagctaaacataactttcattcccaacaacacaaaccaattgattcctagttatgctttcattaacgg 4783454  T
Q  110 aatcgaaattgtgtctatgccttcttttctctattacacggaccttaatgacccaaaataccttttgaaatcacttgactttgacaacacggaataccaa 209  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  |||| | ||||| | | || ||| | || | || ||  |||||||||||||| || |||    
T  4783455 aatcgaagttgtgtctatgccttcttttctctattacacaaacctcagtgaccaagattatcttatcaatttacctggttttgacaacacggattatcaa 4783554  T
Q  210 attcataacgacaaagctttggaaatggtatatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttccaccaaaccaagatacaggtatgtttcgtaattgggaca 309  Q
     ||| |||| |||||||||| || | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  4783555 gttcttaactacaaagctttagagacggtttatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttccagcaaaccaagatacaggcatgtttcgtaattgggaca 4783654  T
Q  310 gtgattttcctctttacctggaaaaaga 337  Q
     ||||| ||||| |||| |||| |||||    
T  4783655 atgattctcctcgttacttggagaaaga 4783682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 148; E-Value: 6e-78
Query Start/End: Original strand, 10 - 337
Target Start/End: Original strand, 4815784 - 4816111
Alignment:
Q  10 aagaatattgcattcaaatcaaaccaaatgagaagctaagcataactttcattccaaacaacataaatcattcaaatccttattatgctttcattaacgg 109  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||| || |  | ||||  ||||||||||||||||||    
T  4815784 aagaatattccatccaaatcaaaccaaacgagaagctaaacataactttcattcccaacaacacaaaccaattgagtcctagttatgctttcattaacgg 4815883  T
Q  110 aatcgaaattgtgtctatgccttcttttctctattacacggaccttaatgacccaaaataccttttgaaatcacttgactttgacaacacggaataccaa 209  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  |||| | ||||| | | || | | | || | || ||  | |||||||||||||||||||    
T  4815884 aatcgaagttgtgtctatgccttcttttctctattacacaaacctcagtgaccaagattatcgtatcaagttacctggttctgacaacacggaataccaa 4815983  T
Q  210 attcataacgacaaagctttggaaatggtatatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttccaccaaaccaagatacaggtatgtttcgtaattgggaca 309  Q
     ||| |||| |||||||||| || | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  4815984 gttcttaacaacaaagctttagagacggtttatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttccagcaaaccaagatacaggcatgtttcgtaattgggaca 4816083  T
Q  310 gtgattttcctctttacctggaaaaaga 337  Q
     ||||| ||||| |||| |||| |||||    
T  4816084 atgattctcctcgttacttggagaaaga 4816111  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 96 - 459
Target Start/End: Complemental strand, 4631416 - 4631056
Alignment:
Q  96 gctttcattaacggaatcgaaattgtgtctatgccttcttttctctattacacggaccttaatgacccaaaataccttttgaaatcacttgactttgaca 195  Q
    |||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||  | || | |||| | || |||| ||| ||   |||||| |||||||    
T  4631416 gctttcatcaacggaattgagattgtgtctatgccttcttttctctattacactaatctcagtgacacgaactaccatttaaagatacttgattttgaca 4631317  T
Q  196 acacggaataccaaattcataacgacaaagctttggaaatggtatatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttccaccaaaccaagatacaggtatgtt 295  Q
     |   |||||||| |||| |||| |||||||| ||||||  || ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||  | ||||||||||||||    
T  4631316 gcggtgaataccagattcttaacaacaaagctatggaaacagtttatagagtcaacgctggtgaaaatcaagttccaccaaattatgatacaggtatgtt 4631217  T
Q  296 tcgtaattgggacagtgattttcctctttacctggaaaaagaatatccacaaagtgtatcaactgtttatggaagtgatcatccaaactatttaaacaat 395  Q
    ||| |||||||||| ||||||||||| |||| |||| |||||||||||||  |||||||||| |  || ||||    |||||| ||||||||||||||||    
T  4631216 tcgcaattgggacaatgattttcctcgttacttggagaaagaatatccacttagtgtatcaagttattttgga---catcatctaaactatttaaacaat 4631120  T
Q  396 accattcccaaatacactgcaccagaagctgtatactttactgcaagaagttatggaatggatg 459  Q
    |||||| | || |||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  4631119 accatttcaaattacactgcaccagaagctgtttacttaactgcgagaagttatggaatggatg 4631056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 92 - 447
Target Start/End: Complemental strand, 4644200 - 4643848
Alignment:
Q  92 ttatgctttcattaacggaatcgaaattgtgtctatgccttcttttctctattacacggaccttaatgacccaaaataccttttgaaatcacttgacttt 191  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  |||| | ||||| | | || | | | || | |  || || |    
T  4644200 ttatgctttcattaacggaatcgaagttgtgtctatgccttcttttctctattacacaaacctcagtgaccaagattatcgtatcaagttagatggctct 4644101  T
Q  192 gacaacacggaataccaaattcataacgacaaagctttggaaatggtatatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttccaccaaaccaagatacaggta 291  Q
    ||  | |    ||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  4644100 gaagatataccataccaaattcttaatgacaaagctttggagatggtttatagagtcaacgttggtcgaattcaagttccaccaaaccaagatacaggta 4644001  T
Q  292 tgtttcgtaattgggacagtgattttcctctttacctggaaaaagaatatccacaaagtgtatcaactgtttatggaagtgatcatccaaactatttaaa 391  Q
    |||||||||||||||||| ||||| ||||| |||| |||| ||| ||||||| | ||| ||||||| || ||||| |    |||||| ||||||||||||    
T  4644000 tgtttcgtaattgggacaatgattatcctcgttacttggagaaacaatatccgctaagcgtatcaaatgattatgaa---catcatctaaactatttaaa 4643904  T
Q  392 caataccattcccaaatacactgcaccagaagctgtatactttactgcaagaagtt 447  Q
     ||| ||||||| || |||||||||||||||||||| || || |||||||||||||    
T  4643903 aaatgccattccaaattacactgcaccagaagctgtttatttaactgcaagaagtt 4643848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 282 - 453
Target Start/End: Complemental strand, 4663294 - 4663126
Alignment:
Q  282 gatacaggtatgtttcgtaattgggacagtgattttcctctttacctggaaaaagaatatccacaaagtgtatcaactgtttatggaagtgatcatccaa 381  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| | ||||| ||||| |||| |||| | ||||||||||||||||||||||| || || ||||   ||||||| ||    
T  4663294 gatacaggtatgtttcgttattgggaaaatgattctcctcgttacttggagatagaatatccacaaagtgtatcaagtgattttgga---gatcatctaa 4663198  T
Q  382 actatttaaacaataccattcccaaatacactgcaccagaagctgtatactttactgcaagaagttatggaa 453  Q
    |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| ||||||||    
T  4663197 actatttaaacaataccattccaaattacactgcaccagaaactgtatacttaactgcaagaaattatggaa 4663126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 10 - 146
Target Start/End: Complemental strand, 4654071 - 4653935
Alignment:
Q  10 aagaatattgcattcaaatcaaaccaaatgagaagctaagcataactttcattccaaacaacataaatcattcaaatccttattatgctttcattaacgg 109  Q
    ||||||||||||| ||| || |||| ||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  4654071 aagaatattgcatccaagtccaaccgaataagaagctaaacataactttcattcccaacaacacaaaccattcaaatccttattatgctttcattaatgg 4653972  T
Q  110 aatcgaaattgtgtctatgccttcttttctctattac 146  Q
    ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  4653971 aattgaagttgtgtctatgccttcttttctctattac 4653935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 240 - 460
Target Start/End: Complemental strand, 4653865 - 4653648
Alignment:
Q  240 tatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttccaccaaaccaagatacaggtatgtttcgtaattgggacagtgattttcctctttacctggaaaaagaat 339  Q
    ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||||||||||||||| |  |||| ||||| |||| | || ||| |||    
T  4653865 tatagtgtcaacgttggtgaaaatcaagttccaccaaacctagatactggtttgtttcgtaattgggataacgattatcctcgttacttagagaaacaat 4653766  T
Q  340 atccacaaagtgtatcaactgtttatggaagtgatcatccaaactatttaaacaataccattcccaaatacactgcaccagaagctgtatactttactgc 439  Q
    |||||| ||||||||||| || || || ||   ||||||  ||||||  ||||||||| ||||| || ||||  |||||||||||||||||| | |||||    
T  4653765 atccactaagtgtatcaagtgattttgtaa---atcatctcaactataaaaacaatacaattccaaattacatcgcaccagaagctgtatacctaactgc 4653669  T
Q  440 aagaagttatggaatggatgt 460  Q
     ||||||||||||||| ||||    
T  4653668 gagaagttatggaatgaatgt 4653648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 10 - 64
Target Start/End: Complemental strand, 4644270 - 4644216
Alignment:
Q  10 aagaatattgcattcaaatcaaaccaaatgagaagctaagcataactttcattcc 64  Q
    |||| |||||||| ||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  4644270 aagagtattgcatccaaattaaaacaaatgagaagctaaacataactttcattcc 4644216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 389 - 455
Target Start/End: Original strand, 4783731 - 4783797
Alignment:
Q  389 aaacaataccattcccaaatacactgcaccagaagctgtatactttactgcaagaagttatggaatg 455  Q
    |||||||  |||||| || |||| ||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||    
T  4783731 aaacaatgtcattccaaattacattgcaccagaaggtgtttacttaactgcaagaagttatggaatg 4783797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 389 - 455
Target Start/End: Original strand, 4816160 - 4816226
Alignment:
Q  389 aaacaataccattcccaaatacactgcaccagaagctgtatactttactgcaagaagttatggaatg 455  Q
    |||||||  |||||| || |||| ||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||    
T  4816160 aaacaatgtcattccaaattacattgcaccagaaggtgtttacttaactgcaagaagttatggaatg 4816226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 10 - 64
Target Start/End: Complemental strand, 4631505 - 4631451
Alignment:
Q  10 aagaatattgcattcaaatcaaaccaaatgagaagctaagcataactttcattcc 64  Q
    ||||||||||||| |||||    |||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  4631505 aagaatattgcatacaaattgctccaaatgagaagctaaacataactttcattcc 4631451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 389 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 4637056 - 4636990
Alignment:
Q  389 aaacaataccattcccaaatacactgcaccagaagctgtatactttactgcaagaagttatggaatg 455  Q
    |||||||  |||||| || |||| ||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||| ||||||    
T  4637056 aaacaatgtcattccaaattacattgcaccagaagttgtgtacttaactgcaagaagttacggaatg 4636990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 103; Significance: 5e-51; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 103; E-Value: 5e-51
Query Start/End: Original strand, 25 - 459
Target Start/End: Original strand, 18925280 - 18925708
Alignment:
Q  25 aaatcaaaccaaatgagaagctaagcataactttcattccaaacaacataaatcattcaaatccttattatgctttcattaacggaatcgaaattgtgtc 124  Q
    |||| ||||||| ||||||| |||  ||||||||||||||||||| |||||||||  ||||  |||||   |||||||| |||||||| || || |||||    
T  18925280 aaatgaaaccaactgagaagttaaatataactttcattccaaacaccataaatcaaccaaaggcttat---gctttcatcaacggaattgagatcgtgtc 18925376  T
Q  125 tatgccttcttttctctattacacggaccttaatgacccaaaataccttttgaaatcacttgactttgacaacacggaataccaaattcataacgacaaa 224  Q
     |||||||||||||||||||||||  |||| |||||| ||||  | | ||| || | ||||| | |||| |||| | ||||| ||||    |  ||||||    
T  18925377 catgccttcttttctctattacacaaacctcaatgactcaaatcatcatttaaagttacttggccttgaaaacatgaaatacaaaatcagcagtgacaaa 18925476  T
Q  225 gctttggaaatggtatatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttccaccaaaccaagatacaggtatgtttcgtaattgggacagtgattttcctcttt 324  Q
    |  || || | ||| |||||||||| ||||||| | ||||||||||||| ||   | || ||||||||||||||| |||||||||  |||||||||| ||    
T  18925477 gtgttagagacggtttatagagtcagcgttggtgataatcaagttccacgaagtaatgacacaggtatgtttcgttattgggacaacgattttcctcgtt 18925576  T
Q  325 acctggaaaaagaatatccacaaagtgtatcaactgtttatggaagtgatcatccaaactatttaaacaataccattcccaaatacactgcaccagaagc 424  Q
    || |||| ||| ||||||||| ||||||||||| || || |  |    || |||  |||||| |||||||||||||||| || ||||| ||||||||||     
T  18925577 acttggagaaacaatatccactaagtgtatcaaatgattttacac---ataatctcaactatataaacaataccattccaaactacacggcaccagaagt 18925673  T
Q  425 tgtatactttactgcaagaagttatggaatggatg 459  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  18925674 tgtatacttaactgcaagaagttatggaatggatg 18925708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University