View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19488_low_17 (Length: 446)

Name: NF19488_low_17
Description: NF19488
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19488_low_17
NF19488_low_17
[»] chr1 (13 HSPs)
chr1 (1-434)||(1856697-1857130)
chr1 (3-434)||(1815916-1816347)
chr1 (1-434)||(1868292-1868728)
chr1 (1-434)||(1842683-1843119)
chr1 (1-337)||(9170562-9170901)
chr1 (1-434)||(9200129-9200565)
chr1 (213-434)||(9218860-9219081)
chr1 (6-322)||(9155829-9156148)
chr1 (202-385)||(9118329-9118512)
chr1 (202-337)||(9161940-9162075)
chr1 (202-328)||(9229734-9229860)
chr1 (1-115)||(9229530-9229644)
chr1 (43-108)||(9161778-9161843)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (264-431)||(37567642-37567809)
chr7 (142-269)||(37572119-37572246)
chr7 (245-289)||(30105892-30105936)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (207-286)||(40597787-40597866)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 426; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 426; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 434
Target Start/End: Complemental strand, 1857130 - 1856697
Alignment:
Q  1 atcttgaagctccaaaatctgacactttggcggtgttggttccatctaagagaatgttatcactcttgacatctctatggatgatgggtgttgaggcata 100  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1857130 atcttgaagctccaaaatccgacactttggcggtgttggttccatctaagagaatgttatcactcttgacatctctatggatgatgggtgttgaggcata 1857031  T
Q  101 tgaatgtagatatgacagagcctcagctacctctgcggctatcttaagacgagtcttccaagttggatcattcgtcttaccttttgtgtgaataaattca 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1857030 tgaatgtagatatgacagagcctcagctacctctgcggctatcttaagacgagtcttccaagttggatcattcgtcttaccttttgtgtgaataaattca 1856931  T
Q  201 gaaagagtaccattgctaacaaactcataaaccaacaaaggaacttctgtttctagacaacaccctaagagtttgaccacattcctgtgatttatttgag 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  1856930 gaaagagtaccattgctaacaaactcataaaccaacaaaggaacttctgtttctagacaacaccctaagagtttgaccacatttctgtgatttatttgag 1856831  T
Q  301 agacaacatccacctcattaatgaattgttcaatttggcttttgtctattgttttagactttttgatagcaacaattctattatcatcaagttccccttt 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1856830 agacaacatccacctcattaatgaattgttcaatttggcttttgtctattgttttagactttttgatagcaacaattctattatcatcaagttccccttt 1856731  T
Q  401 gtaaactgtaccaaaacctcctttacctatgatt 434  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1856730 gtaaactgtaccaaaacctcctttacctatgatt 1856697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 320; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 3 - 434
Target Start/End: Original strand, 1815916 - 1816347
Alignment:
Q  3 cttgaagctccaaaatctgacactttggcggtgttggttccatctaagagaatgttatcactcttgacatctctatggatgatgggtgttgaggcatatg 102  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||  ||    
T  1815916 cttgatgctccaaaatctgacactttagcggtgttggttccatctaagagaatgttagcactcttgacatctctatggataatgggtattgaggcagctg 1816015  T
Q  103 aatgtagatatgacagagcctcagctacctctgcggctatcttaagacgagtcttccaagttggatcattcgtcttaccttttgtgtgaataaattcaga 202  Q
    |||| ||||||||||||||  ||||||||||  | |||||| |||||||||| ||||||||  |||| ||||||||||||| |||| ||| |||||||||    
T  1816016 aatgcagatatgacagagctccagctacctcaacagctatcctaagacgagttttccaagtaagatcgttcgtcttaccttgtgtgcgaagaaattcaga 1816115  T
Q  203 aagagtaccattgctaacaaactcataaaccaacaaaggaacttctgtttctagacaacaccctaagagtttgaccacattcctgtgatttatttgagag 302  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1816116 aagagtaccattgctaacaaactcataaaccaacaaaggaacttctgtttctagacaacaccccaagagtttgaccacattcctgtgatttatttgagag 1816215  T
Q  303 acaacatccacctcattaatgaattgttcaatttggcttttgtctattgttttagactttttgatagcaacaattctattatcatcaagttcccctttgt 402  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||     
T  1816216 acaacatccacctcgttaatgaattgttcaatttggctttcgtctattgttttggactttttgatagccacaattctattatcatcaagttcccctttga 1816315  T
Q  403 aaactgtaccaaaacctcctttacctatgatt 434  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  1816316 aaactgtaccaaaacctcctctacctatgatt 1816347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 1 - 434
Target Start/End: Complemental strand, 1868728 - 1868292
Alignment:
Q  1 atcttgaagctccaaaatctgacactttggcggtgttggttccatctaagagaatgttatcactcttgacatctctatggatgatgggtgttgaggcata 100  Q
    ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  1868728 atcttgaagctccaaaatccgatactttggcggtgttggttctatctaagagaatgttatcactcttgacatctctatggatgatgggtattgaggcata 1868629  T
Q  101 tgaatgtagatatgacagagcctcagctacctctgcggctatcttaagacgagtcttccaagttggatcatt---cgtcttaccttttgtgtgaataaat 197  Q
    ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||  || |||   | | |||| || |||||| |||||     
T  1868628 tgaatgtagatatgacaaagcttcagctacctctgcggctatcttaagacgagttttccatgtttcattattcaccttattactttgtgtgtgtataaaa 1868529  T
Q  198 tcagaaagagtaccattgctaacaaactcataaaccaacaaaggaacttctgtttctagacaacaccctaagagtttgaccacattcctgtgatttattt 297  Q
     ||||||| || |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  1868528 ccagaaagggtgccattggtaacaaattcataaaccaacaaaggaacttctgtctctaaacaacaccccaagagtttgacaacattcctatgatttattt 1868429  T
Q  298 gagagacaacatccacctcattaatgaattgttcaatttggcttttgtctattgttttagactttttgatagcaacaattctattatcatcaagttcccc 397  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||||||| || ||||||||| | |||||| |||| || |||||||||||||| ||||| |||||||| ||    ||    
T  1868428 gagagagaacaaccacctcattaatgaattgatcgatttggcttctatctattatttttgattttttgatagcaacgattcttttatcatctagaagtcc 1868329  T
Q  398 tttgtaaactgtaccaaaacctcctttacctatgatt 434  Q
    |||| |||| ||||||||||| ||||| || ||||||    
T  1868328 tttgaaaacggtaccaaaaccacctttgccaatgatt 1868292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 1 - 434
Target Start/End: Complemental strand, 1843119 - 1842683
Alignment:
Q  1 atcttgaagctccaaaatctgacactttggcggtgttggttccatctaagagaatgttatcactcttgacatctctatggatgatgggtgttgaggcata 100  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||    
T  1843119 atcttgaagctccaaaatctgatactttggctgtgttggttctatctaagagaatgttatcactcttgacatctctatggattattggtattgaggcata 1843020  T
Q  101 tgaatgtagatatgacagagcctcagctacctctgcggctatcttaagacgagtcttccaagttggatcatt---cgtcttaccttttgtgtgaataaat 197  Q
    ||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||  || |||   | | |||| || |||||| |||||     
T  1843019 tgaatgtagatatgacaaagtttcagctacctctgcggctatcttaagacgagttttccatgtttcattattcaccttattactttgtgtgtgtataaaa 1842920  T
Q  198 tcagaaagagtaccattgctaacaaactcataaaccaacaaaggaacttctgtttctagacaacaccctaagagtttgaccacattcctgtgatttattt 297  Q
     ||||||| || |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  1842919 ccagaaagggtgccattggtaacaaattcataaaccaacaaaggaacttctgtctctaaacaacaccccaagagtttgacaacattcctatgatttattt 1842820  T
Q  298 gagagacaacatccacctcattaatgaattgttcaatttggcttttgtctattgttttagactttttgatagcaacaattctattatcatcaagttcccc 397  Q
    |||||| || |   ||||||||||||||||| |  ||||||||| | |||||| |||| || |||||||||||||| ||||| |||||||| ||    ||    
T  1842819 gagagagaataattacctcattaatgaattgattgatttggcttctatctattatttttgattttttgatagcaacgattcttttatcatctagaaatcc 1842720  T
Q  398 tttgtaaactgtaccaaaacctcctttacctatgatt 434  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||||    
T  1842719 tttgtaaacagtaccaaaaccacctttgccaatgatt 1842683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 1 - 337
Target Start/End: Original strand, 9170562 - 9170901
Alignment:
Q  1 atcttgaagctccaaaatctgacactttggcggtgttggttccatctaagagaatgttatcactcttgacatctctatggatgatgggtgttgaggcata 100  Q
    ||||||||||||| || || || |||||||| ||||   |  |||| |||||||||||   |||||| |||||||||||||| || ||  |||| ||| |    
T  9170562 atcttgaagctccgaagtcggaaactttggcagtgtaattgtcatccaagagaatgttggtactcttaacatctctatggataattggaattgatgcaga 9170661  T
Q  101 tgaatgtagatatgacagagcctcagctacctctgcggctatc-ttaagacgagtcttccaagttggatcattcgtcttaccttttgtg---tgaataaa 196  Q
    |||||||||||| || | |||  |||||  |||||| |||||| ||||| || || ||||| ||||||| ||| || ||| |||| |||   || || ||    
T  9170662 tgaatgtagatacgataaagctccagctgtctctgctgctatccttaag-cgggttttccatgttggattatttgttttatctttagtgctttgtatgaa 9170760  T
Q  197 ttcagaaagagtaccattgctaacaaactcataaaccaacaaaggaacttctgtttctagacaacaccctaagagtttgaccacattcctgtgatttatt 296  Q
     ||  |||| ||||| ||||||||||| || || |||||  ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||    
T  9170761 atcgaaaagtgtaccgttgctaacaaattcgtacaccaatgaaggaacttctgtctctagacaacaccctaggagtttgacaacattcctatgatttatt 9170860  T
Q  297 tgagagacaacatccacctcattaatgaattgttcaatttg 337  Q
    || |  | |||| | ||||||||||||||||| ||||||||    
T  9170861 tgggtcagaacaactacctcattaatgaattgctcaatttg 9170901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 1 - 434
Target Start/End: Original strand, 9200129 - 9200565
Alignment:
Q  1 atcttgaagctccaaaatctgacactttggcggtgttggttccatctaagagaatgttatcactcttgacatctctatggatgatgggtgttgaggcata 100  Q
    |||| ||||||||||| || || ||||| |||||||   |  |||| |||||||||||   |||||| |||||||| ||||| || ||  |||| |||      
T  9200129 atctggaagctccaaagtcagaaacttttgcggtgtaattgtcatccaagagaatgttggtactcttaacatctctgtggataattggaattgatgcagc 9200228  T
Q  101 tgaatgtagatatgacagagcctcagctacctctgcggctatcttaagacgagtcttccaagttggatcattcgtcttaccttttgtg---tgaataaat 197  Q
    ||||||||||||||| | |||  |||||  ||| || |||||| | | ||| || ||||| ||||||| ||| || ||| |||| |||   || || ||     
T  9200229 tgaatgtagatatgataaagctccagctgtctccgctgctatccttaaacgtgttttccatgttggattatttgttttatctttagtgctttgtatgaaa 9200328  T
Q  198 tcagaaagagtaccattgctaacaaactcataaaccaacaaaggaacttctgtttctagacaacaccctaagagtttgaccacattcctgtgatttattt 297  Q
    ||  |||| ||||| ||||||||||| || || || ||  ||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  9200329 tcgaaaagtgtaccgttgctaacaaattcgtacactaatgaaggaacttctgtctctagacaacagcctaggagtttgacaacattcctatgatttattt 9200428  T
Q  298 gagagacaacatccacctcattaatgaattgttcaatttggcttttgtctattgttttagactttttgatagcaacaattctattatcatcaagttcccc 397  Q
    | |  | |||| | ||||||||||||||||| ||||||||  ||  ||| ||| |||| || ||||| | ||| |||||| | ||||||   |   | ||    
T  9200429 gggtcagaacaactacctcattaatgaattgctcaatttgatttgcgtcaattattttggatttttttacagcgacaattttgttatcaggtaaaactcc 9200528  T
Q  398 tttgtaaactgtaccaaaacctcctttacctatgatt 434  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||    
T  9200529 tttgtaaactgtaccaaaacctcctctaccgatgatt 9200565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 213 - 434
Target Start/End: Original strand, 9218860 - 9219081
Alignment:
Q  213 ttgctaacaaactcataaaccaacaaaggaacttctgtttctagacaacaccctaagagtttgaccacattcctgtgatttatttgagagacaacatcca 312  Q
    ||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||| || | |||||||||||| |||||||| || ||||| ||||||||||| || | |||| | |    
T  9218860 ttgctaacaaattcatacaccaacgaaggaacttctgtctccaaacaacaccctaaaagtttgacaacgttcctatgatttatttgggacagaacaacta 9218959  T
Q  313 cctcattaatgaattgttcaatttggcttttgtctattgttttagactttttgatagcaacaattctattatc-atcaagttcccctttgtaaactgtac 411  Q
    |||||||||||||||| || || ||  ||  ||||||| |||| |||||||||| ||| |||||| | |||||   |||  |  |||||| |||||||||    
T  9218960 cctcattaatgaattgctcgatctgatttgcgtctattattttggactttttgacagcgacaattttgttatcgggcaaaat-tcctttgaaaactgtac 9219058  T
Q  412 caaaacctcctttacctatgatt 434  Q
    ||||||||||| |||| ||||||    
T  9219059 caaaacctcctctaccgatgatt 9219081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 6 - 322
Target Start/End: Original strand, 9155829 - 9156148
Alignment:
Q  6 gaagctccaaaatctgacactttggcggtgttggttccatctaagagaatgttatcactcttgacatctctatggatgatgggtgttgaggcatatgaat 105  Q
    |||||||||||||| || ||||| || ||||   |  |||| |||||||||||   ||| ||||||||||||||||| || ||| |||| ||| ||||||    
T  9155829 gaagctccaaaatcggaaactttcgctgtgtaattgtcatccaagagaatgttggtacttttgacatctctatggataatcggtattgatgcagatgaat 9155928  T
Q  106 gtagatatgacagagcctcagctacctctgcggctatcttaagacgagtcttccaagttggatcattcgtcttaccttttgtg---tgaataaattcaga 202  Q
    ||||||| || | |||  | |||  |||||| |||||||| | ||| || ||||| |||||||  || || ||| |||| ||    || || || ||| |    
T  9155929 gtagatacgataaagctccggctgtctctgctgctatctttaaacgggttttccatgttggattgtttgttttatctttagtactatgtatgaaatcaaa 9156028  T
Q  203 aagagtaccattgctaacaaactcataaaccaacaaaggaacttctgtttctagacaacaccctaagagtttgaccacattcctgtgatttatttgagag 302  Q
    ||| |||||||||||||| || |||||||||||  ||||||||||||| |||| |||||| || ||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||     
T  9156029 aagtgtaccattgctaacgaattcataaaccaaggaaggaacttctgtctctaaacaacatcccaagagtttgacaacatttctgtgatttatttgggat 9156128  T
Q  303 acaacatccacctcattaat 322  Q
    |  ||| | |||||||||||    
T  9156129 aggacaactacctcattaat 9156148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 202 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 9118512 - 9118329
Alignment:
Q  202 aaagagtaccattgctaacaaactcataaaccaacaaaggaacttctgtttctagacaacaccctaagagtttgaccacattcctgtgatttatttgaga 301  Q
    |||| ||||| | |||||| || ||||| |||||  ||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| ||    
T  9118512 aaagtgtaccgtggctaacgaattcatagaccaaggaaggaacttctgtctctaaacaacaccctaaaagtttgacaacattcctatgatttatttggga 9118413  T
Q  302 gacaacatccacctcattaatgaattgttcaatttggcttttgtctattgttttagactttttgatagcaacaattctattatc 385  Q
     | || | | ||||||||||||||||| || |||||  ||  ||||||| || | |||||||||| ||| || ||||| |||||    
T  9118412 cagaataactacctcattaatgaattgctcgatttgatttgcgtctattattctggactttttgacagccacgattctgttatc 9118329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 202 - 337
Target Start/End: Original strand, 9161940 - 9162075
Alignment:
Q  202 aaagagtaccattgctaacaaactcataaaccaacaaaggaacttctgtttctagacaacaccctaagagtttgaccacattcctgtgatttatttgaga 301  Q
    |||| |||||||||||||| || ||||| |||||| ||||||||||||| |||| |||||| || ||||||||||| ||||| || ||||||||||| ||    
T  9161940 aaagtgtaccattgctaacgaattcatacaccaacgaaggaacttctgtctctaaacaacatcccaagagtttgacaacatttctatgatttatttggga 9162039  T
Q  302 gacaacatccacctcattaatgaattgttcaatttg 337  Q
     | |||| | ||||| |||||||| || ||||||||    
T  9162040 cagaacaactacctcgttaatgaactgctcaatttg 9162075  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 202 - 328
Target Start/End: Original strand, 9229734 - 9229860
Alignment:
Q  202 aaagagtaccattgctaacaaactcataaaccaacaaaggaacttctgtttctagacaacaccctaagagtttgaccacattcctgtgatttatttgaga 301  Q
    |||| ||||||||||||| ||| |||||||| |  |||||||||| ||| || | |||||| || ||||||||||| ||||| || ||||||||||| ||    
T  9229734 aaagggtaccattgctaataaattcataaactagtaaaggaacttgtgtctccaaacaacatcccaagagtttgacaacatttctatgatttatttggga 9229833  T
Q  302 gacaacatccacctcattaatgaattg 328  Q
     | |||| |||||||||| ||||||||    
T  9229834 caaaacaaccacctcatttatgaattg 9229860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 115
Target Start/End: Original strand, 9229530 - 9229644
Alignment:
Q  1 atcttgaagctccaaaatctgacactttggcggtgttggttccatctaagagaatgttatcactcttgacatctctatggatgatgggtgttgaggcata 100  Q
    |||||||||| |||||||| |||||||| || ||||   |  |||| |||||||||||  |||| ||||||||||||||||| || |||   || ||| |    
T  9229530 atcttgaagcaccaaaatcagacacttttgcagtgtaattgtcatccaagagaatgttggcacttttgacatctctatggataattggtaaggatgcaga 9229629  T
Q  101 tgaatgtagatatga 115  Q
    |||||||||||||||    
T  9229630 tgaatgtagatatga 9229644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 43 - 108
Target Start/End: Original strand, 9161778 - 9161843
Alignment:
Q  43 catctaagagaatgttatcactcttgacatctctatggatgatgggtgttgaggcatatgaatgta 108  Q
    ||||||||||||||||   |||||| |||||||||||||| || ||| |||| ||| |||||||||    
T  9161778 catctaagagaatgttggtactcttaacatctctatggataataggtattgatgcagatgaatgta 9161843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 116; Significance: 7e-59; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 116; E-Value: 7e-59
Query Start/End: Original strand, 264 - 431
Target Start/End: Complemental strand, 37567809 - 37567642
Alignment:
Q  264 cctaagagtttgaccacattcctgtgatttatttgagagacaacatccacctcattaatgaattgttcaatttggcttttgtctattgttttagactttt 363  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||| || ||||    
T  37567809 cctaagagtttgaccacattcctatgatttatttgagagacaatgtccacctcattaatgaattgttcattttggctttcatctattgttttggattttt 37567710  T
Q  364 tgatagcaacaattctattatcatcaagttcccctttgtaaactgtaccaaaacctcctttacctatg 431  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  37567709 tgatagcaacagttctattatcatctagtttccctttgaaaactgtaccaaaacctcctctacctatg 37567642  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 142 - 269
Target Start/End: Complemental strand, 37572246 - 37572119
Alignment:
Q  142 tcttaagacgagtcttccaagttggatcattcgtcttaccttttgtgtgaataaattcagaaagagtaccattgctaacaaactcataaaccaacaaagg 241  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  37572246 tcttaagacgagttttctaagttggatcattcatcttaccttgtgtgtgtataaattcagaaagagtaccattgctaacaaactcataaaccaaccgagg 37572147  T
Q  242 aacttctgtttctagacaacaccctaag 269  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  37572146 aacttctgtttctagacaacaccctaag 37572119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 245 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 30105936 - 30105892
Alignment:
Q  245 ttctgtttctagacaacaccctaagagtttgaccacattcctgtg 289  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||||||| | |||||||||    
T  30105936 ttctgtttcaagacaacagcctaagagtttgacaatattcctgtg 30105892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000001; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 207 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 40597866 - 40597787
Alignment:
Q  207 gtaccattgctaacaaactcataaaccaacaaaggaacttctgtttctagacaacaccctaagagtttgaccacattcct 286  Q
    |||||||||  || ||| |||||||| | ||| |||||||||||||||| |||||| ||||  ||||| |||||||||||    
T  40597866 gtaccattgggaataaattcataaacaagcaatggaacttctgtttctaaacaacaacctacaagttttaccacattcct 40597787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University