View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19490_high_14 (Length: 380)

Name: NF19490_high_14
Description: NF19490
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19490_high_14
NF19490_high_14
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (18-298)||(42632885-42633165)
chr5 (243-290)||(3383410-3383457)
chr5 (52-96)||(3383091-3383135)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (20-298)||(39676735-39677001)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (22-298)||(38176505-38176770)
chr2 (18-298)||(15047305-15047574)
[»] chr6 (4 HSPs)
chr6 (18-298)||(20786756-20787025)
chr6 (153-298)||(24184681-24184825)
chr6 (243-296)||(8532261-8532314)
chr6 (22-96)||(8532595-8532669)
[»] chr3 (7 HSPs)
chr3 (92-290)||(49962281-49962480)
chr3 (20-290)||(6458051-6458309)
chr3 (20-290)||(6758539-6758797)
chr3 (153-298)||(408199-408343)
chr3 (153-298)||(415599-415743)
chr3 (221-290)||(38792572-38792641)
chr3 (22-74)||(49962223-49962275)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (153-298)||(24357454-24357598)
chr1 (153-298)||(24345076-24345220)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 241; Significance: 1e-133; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 18 - 298
Target Start/End: Complemental strand, 42633165 - 42632885
Alignment:
Q  18 tttcttagctatcaaattattgatgggactaggacacaagatagtattcaagtaaaccagatttattactttcattcttactttcatttaattaaaaatg 117  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42633165 tttcttagctattaaattattgatgggactgggacacaagatagtattcaagtaaatctgatttattactttcattcttactttcatttaattaaaaatg 42633066  T
Q  118 attggctttttgttatttgaaatattcaatatgatattgcatactagttatctatgttttgtatgttaatatctataacaggagcataactatgtttgta 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42633065 attggctttttgttatttgaaatatttaatatgatattgcatactagttatctatgttttgtatgttaatatctataacaggagcataactatgtttgta 42632966  T
Q  218 gtagtgaaaatggtattgtgaatactttagctcccttcaatccaattcaagaacattttggtcaagtaaacaatgtgcaaa 298  Q
    | ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  42632965 gcagtgaaaatggtaatgtgaatactttaactcccttcaatccaaatcaagaacattttggtcaagtaaacaaggtgcaaa 42632885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 243 - 290
Target Start/End: Original strand, 3383410 - 3383457
Alignment:
Q  243 tttagctcccttcaatccaattcaagaacattttggtcaagtaaacaa 290  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||||||||||| | ||||||||||    
T  3383410 tttagctcccttgaatccaaatcaagaacattttgctaaagtaaacaa 3383457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 52 - 96
Target Start/End: Original strand, 3383091 - 3383135
Alignment:
Q  52 cacaagatagtattcaagtaaaccagatttattactttcattctt 96  Q
    ||||||| ||||||||||||| | | |||||||||||||||||||    
T  3383091 cacaagagagtattcaagtaagcaaaatttattactttcattctt 3383135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 186; Significance: 1e-100; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 20 - 298
Target Start/End: Complemental strand, 39677001 - 39676735
Alignment:
Q  20 tcttagctatcaaattattgatgggactaggacacaagatagtattcaagtaaaccagatttattactttcattcttactttcatttaattaaaaatgat 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||            ||||||||| ||||    
T  39677001 tcttagctatcaaattattgatgggactgggacacaagatagtattcaaataaacctgatttattactttcatt------------taattaaaattgat 39676914  T
Q  120 tggctttttgttatttgaaatattcaatatgatattgcatactagttatctatgttttgtatgttaatatctataacaggagcataactatgtttgtagt 219  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||     
T  39676913 tggctttttgttatttgaaatattcaatatgatattgcatactagttatctatgttttgtatgttaatatctataacaagagcagaactatgtttgtagc 39676814  T
Q  220 agtgaaaatggtattgtgaatactttagctcccttcaatccaattcaagaacattttggtcaagtaaacaatgtgcaaa 298  Q
    ||||||||||||| |||| ||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  39676813 agtgaaaatggtaatgtggatatttttgctcccttcaatccaaatcaagaacattttggtcaagtaaacaaggtgcaaa 39676735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 185; Significance: 1e-100; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 22 - 298
Target Start/End: Complemental strand, 38176770 - 38176505
Alignment:
Q  22 ttagctatcaaattattgatgggactaggacacaagatagtattcaagtaaaccagatttattactttcattcttactttcatttaattaaaaatgattg 121  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| | |||||| ||||||| |||||            ||||||||||||||||||||||||||||    
T  38176770 ttaggtatcaaattattgatgggactgggacacaagacaatattcatgtaaacctgattt------------cttactttcatttaattaaaaatgattg 38176683  T
Q  122 gctttttgttatttgaaatattcaatatgatattgcatactagttatctatgtttt-gtatgttaatatctataacaggagcataactatgtttgtagta 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  38176682 gctttttgttatttgaaatattcaatatgatattgcatactagttatctatgtttttgcatgttaatatctataacaggagcataactatgtttgtagca 38176583  T
Q  221 gtgaaaatggtattgtgaatactttagctcccttcaatccaattcaagaacattttggtcaagtaaacaatgtgcaaa 298  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  38176582 gtgaaaatggtagtgtgaatactttagctcccttcaatccaaatcaagaacattttggtcaagtaaacaaggtgcaaa 38176505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 173; E-Value: 6e-93
Query Start/End: Original strand, 18 - 298
Target Start/End: Complemental strand, 15047574 - 15047305
Alignment:
Q  18 tttcttagctatcaaattattgatgggactaggacacaagatagtattcaagtaaaccagatttattactttcattcttactttcatttaattaaaaatg 117  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||| |||||            ||||||||||||||||||||||||    
T  15047574 tttcttaggtatcaaatttttgatgggactgggacacaagacaatattcaagtaaacctgattt------------cttactttcatttaattaaaaatg 15047487  T
Q  118 attggctttttgttatttgaaatattcaatatgatattgcatactagttatctatgtttt-gtatgttaatatctataacaggagcataactatgtttgt 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  15047486 attggctttttgttatttgaaatattcaatatgatattgcatactatttatctatgtttttgcatgttaatatctattacaggagcataactatgtttgt 15047387  T
Q  217 agtagtgaaaatggtattgtgaatactttagctcccttcaatccaattcaagaacattttggtcaagtaaacaatgtgcaaa 298  Q
    || ||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  15047386 agcagtgaaaatggtagtgtgaatactgtagcttccttcaatccaaatcaagaacattttggtcaagtaaacaaggtgcaaa 15047305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 177; Significance: 3e-95; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 177; E-Value: 3e-95
Query Start/End: Original strand, 18 - 298
Target Start/End: Complemental strand, 20787025 - 20786756
Alignment:
Q  18 tttcttagctatcaaattattgatgggactaggacacaagatagtattcaagtaaaccagatttattactttcattcttactttcatttaattaaaaatg 117  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||| |||||            ||||||||||||||||||||||||    
T  20787025 tttcttaggtatcaaatttttgatgggactgggacacaagacaatattcaagtaaacctgattt------------cttactttcatttaattaaaaatg 20786938  T
Q  118 attggctttttgttatttgaaatattcaatatgatattgcatactagttatctatgtttt-gtatgttaatatctataacaggagcataactatgtttgt 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20786937 attggctttttgttatttgaaatattcaatatgatattgcatactatttatctatgtttttgcatgttaatatctataacaggagcataactatgtttgt 20786838  T
Q  217 agtagtgaaaatggtattgtgaatactttagctcccttcaatccaattcaagaacattttggtcaagtaaacaatgtgcaaa 298  Q
    || ||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  20786837 agcagtgaaaatggtagtgtgaatactgtagcttccttcaatccaaatcaagaacattttggtcaagtaaacaaggtgcaaa 20786756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 54; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 153 - 298
Target Start/End: Complemental strand, 24184825 - 24184681
Alignment:
Q  153 attgcatactagttatctatgttttgtatgttaatatctataacaggagcataactatgtttgtagtagtgaaaatggtattgtgaatactttagctccc 252  Q
    |||||||||||   ||| ||||||| ||||| ||||| | || |||||||| ||| |||| || ||| |||||||||||| ||| |||||| ||||||||    
T  24184825 attgcatactaagcatccatgttttctatgtaaatattt-tagcaggagcagaacaatgtatggagtggtgaaaatggtagtgtaaatactgtagctccc 24184727  T
Q  253 ttcaatccaattcaagaacattttggtcaagtaaacaatgtgcaaa 298  Q
    |||||||||| |||||||||| ||||| ||| |||||| |||||||    
T  24184726 ttcaatccaaatcaagaacatcttggtgaagaaaacaaggtgcaaa 24184681  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 243 - 296
Target Start/End: Complemental strand, 8532314 - 8532261
Alignment:
Q  243 tttagctcccttcaatccaattcaagaacattttggtcaagtaaacaatgtgca 296  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||| | |||||||||| |||||    
T  8532314 tttagctcccttcaatccaaatcaagaacattttgctgaagtaaacaaggtgca 8532261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 22 - 96
Target Start/End: Complemental strand, 8532669 - 8532595
Alignment:
Q  22 ttagctatcaaattattgatgggactaggacacaagatagtattcaagtaaaccagatttattactttcattctt 96  Q
    |||| ||| ||||| |||||||||||   |||||||| ||||||||||||| | | |||||||||| ||||||||    
T  8532669 ttagatatgaaatttttgatgggactgacacacaagagagtattcaagtaagcaaaatttattactctcattctt 8532595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 176; Significance: 1e-94; HSPs: 7)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 176; E-Value: 1e-94
Query Start/End: Original strand, 92 - 290
Target Start/End: Original strand, 49962281 - 49962480
Alignment:
Q  92 ttcttactttcatttaattaaaaatgattggctttttgttatttgaaatattcaatatgatattgcatactagttatctatgtttt-gtatgttaatatc 190  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||    
T  49962281 ttcttactttcatttaattaaaaatgattggctttttgttatttgaaatattcaatatgatattgcatactagttatttatgtttttgcatgttaatatc 49962380  T
Q  191 tataacaggagcataactatgtttgtagtagtgaaaatggtattgtgaatactttagctcccttcaatccaattcaagaacattttggtcaagtaaacaa 290  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  49962381 tataacaggagcataactatgtttgtagtagtgaaaatggtagtgtgaatactttagctcccttcaatccaaatcaagaacattttggtcaagtaaacaa 49962480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 170; E-Value: 4e-91
Query Start/End: Original strand, 20 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 6458309 - 6458051
Alignment:
Q  20 tcttagctatcaaattattgatgggactaggacacaagatagtattcaagtaaaccagatttattactttcattcttactttcatttaattaaaaatgat 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||            ||||||||| ||||    
T  6458309 tcttagctatcaaattattgatgggaatgggacacaagatagtattcaagtaaacctgattcattactttcatt------------taattaaaattgat 6458222  T
Q  120 tggctttttgttatttgaaatattcaatatgatattgcatactagttatctatgttttgtatgttaatatctataacaggagcataactatgtttgtagt 219  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||     
T  6458221 tggctttttgttatttgaaaaattcaatatgatattgcatactagttatctatgttttgtatgttaatatctataacaagagcagaactatgtttgtagc 6458122  T
Q  220 agtgaaaatggtattgtgaatactttagctcccttcaatccaattcaagaacattttggtcaagtaaacaa 290  Q
    ||||||||||||| |||| ||| ||| ||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||    
T  6458121 agtgaaaatggtaatgtggatatttttgctcccttcaatctaaatcaagaacattttggtcaagtaaacaa 6458051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 150; E-Value: 3e-79
Query Start/End: Original strand, 20 - 290
Target Start/End: Original strand, 6758539 - 6758797
Alignment:
Q  20 tcttagctatcaaattattgatgggactaggacacaagatagtattcaagtaaaccagatttattactttcattcttactttcatttaattaaaaatgat 119  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||  |||   |||||||||||||||||||| || |||||||            |||||||||||||||| ||||    
T  6758539 tcttagctatcaaattattgataggactgagaccttagatagtattcaagtaaacctgaattattac------------tttcatttaattaaaattgat 6758626  T
Q  120 tggctttttgttatttgaaatattcaatatgatattgcatactagttatctatgttttgtatgttaatatctataacaggagcataactatgtttgtagt 219  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||     
T  6758627 tggccttttgttatttgaaatattcaatatgatattgcatactagttatctatgttttgtatgttaatatctataacaagggcagaactatgtttgtagc 6758726  T
Q  220 agtgaaaatggtattgtgaatactttagctcccttcaatccaattcaagaacattttggtcaagtaaacaa 290  Q
    ||||||||||||| |||| ||| ||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  6758727 agtgaaaatggtaatgtggatatttttgctcctttcaatccaaatcaagaacattttggtcaagtaaacaa 6758797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 54; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 153 - 298
Target Start/End: Complemental strand, 408343 - 408199
Alignment:
Q  153 attgcatactagttatctatgttttgtatgttaatatctataacaggagcataactatgtttgtagtagtgaaaatggtattgtgaatactttagctccc 252  Q
    |||||||||||   ||| ||||||| ||||| ||||| | || |||||||| ||| |||| || ||| |||||||||||| ||| |||||| ||||||||    
T  408343 attgcatactaagaatccatgttttctatgtaaatattt-tagcaggagcagaacaatgtatggagtggtgaaaatggtagtgtaaatactgtagctccc 408245  T
Q  253 ttcaatccaattcaagaacattttggtcaagtaaacaatgtgcaaa 298  Q
    |||||||||| |||||||||| ||||| ||| |||||| |||||||    
T  408244 ttcaatccaaatcaagaacatcttggtgaagaaaacaaggtgcaaa 408199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 54; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 153 - 298
Target Start/End: Original strand, 415599 - 415743
Alignment:
Q  153 attgcatactagttatctatgttttgtatgttaatatctataacaggagcataactatgtttgtagtagtgaaaatggtattgtgaatactttagctccc 252  Q
    |||||||||||   ||| ||||||| ||||| ||||| | || |||||||| ||| |||| || ||| |||||||||||| ||| |||||| ||||||||    
T  415599 attgcatactaagcatccatgttttctatgtaaatattt-tagcaggagcagaacaatgtatggagtggtgaaaatggtagtgtaaatactgtagctccc 415697  T
Q  253 ttcaatccaattcaagaacattttggtcaagtaaacaatgtgcaaa 298  Q
    |||||||||| |||||||||| ||||| ||| |||||| |||||||    
T  415698 ttcaatccaaatcaagaacatcttggtgaagaaaacaaggtgcaaa 415743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 221 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 38792641 - 38792572
Alignment:
Q  221 gtgaaaatggtattgtgaatactttagctcccttcaatccaattcaagaacattttggtcaagtaaacaa 290  Q
    |||||||||||| |||||||| | |||||||||||||||||| | |||| ||| ||||| ||||||||||    
T  38792641 gtgaaaatggtagtgtgaatattgtagctcccttcaatccaaattaagatcatcttggtgaagtaaacaa 38792572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 22 - 74
Target Start/End: Original strand, 49962223 - 49962275
Alignment:
Q  22 ttagctatcaaattattgatgggactaggacacaagatagtattcaagtaaac 74  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| || ||||||| | |||||| ||||||    
T  49962223 ttaggtatcaaattattgatgggactgggtcacaagacaatattcatgtaaac 49962275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 54; Significance: 6e-22; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 153 - 298
Target Start/End: Original strand, 24357454 - 24357598
Alignment:
Q  153 attgcatactagttatctatgttttgtatgttaatatctataacaggagcataactatgtttgtagtagtgaaaatggtattgtgaatactttagctccc 252  Q
    |||||||||||   ||| ||||||| ||||| ||||| | || |||||||| ||| |||| || ||| |||||||||||| ||| |||||| ||||||||    
T  24357454 attgcatactaagcatccatgttttctatgtaaatattt-tagcaggagcagaacaatgtatggagtggtgaaaatggtagtgtaaatactgtagctccc 24357552  T
Q  253 ttcaatccaattcaagaacattttggtcaagtaaacaatgtgcaaa 298  Q
    |||||||||| |||||||||| ||||| ||| |||||| |||||||    
T  24357553 ttcaatccaaatcaagaacatcttggtgaagaaaacaaggtgcaaa 24357598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 153 - 298
Target Start/End: Original strand, 24345076 - 24345220
Alignment:
Q  153 attgcatactagttatctatgttttgtatgttaatatctataacaggagcataactatgtttgtagtagtgaaaatggtattgtgaatactttagctccc 252  Q
    |||||||||||   ||| ||||||| ||||| ||||| | || |||||||| ||| ||||  | ||| |||||||||||| ||| |||||| ||||||||    
T  24345076 attgcatactaagcatccatgttttctatgtaaatattt-tagcaggagcagaacaatgtacggagtggtgaaaatggtagtgtaaatactgtagctccc 24345174  T
Q  253 ttcaatccaattcaagaacattttggtcaagtaaacaatgtgcaaa 298  Q
    |||||||||| ||||||| || ||||| ||| |||||| |||||||    
T  24345175 ttcaatccaaatcaagaatatcttggtgaagaaaacaaggtgcaaa 24345220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University