View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19490_low_8 (Length: 424)

Name: NF19490_low_8
Description: NF19490
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19490_low_8
NF19490_low_8
[»] chr6 (4 HSPs)
chr6 (10-424)||(6865907-6866321)
chr6 (105-413)||(6088169-6088477)
chr6 (10-424)||(6133182-6133605)
chr6 (10-70)||(6088041-6088101)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 383; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 383; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 424
Target Start/End: Complemental strand, 6866321 - 6865907
Alignment:
Q  10 attatactcttggccagataagaaattgtgtaacagcacaagaggcctggaatcagttaaaggccacttttagcgaaaatttaaatgcagaccaagatat 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6866321 attatactcttggccagataagaaattgtgtaacagcacaagaggcctggaatcggttaaaggccgcttttagcgaaaatttaaatgcagaccaagatat 6866222  T
Q  110 tgagcaaggaggtcttcaaactgacattgacaagtttcatgtggcactgaagaaaggcatgtggaatgatgcaattctgtttatcagacaagatggagat 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  6866221 tgagcaaggaggtcttcaaactgacattgacaagtttcatgtggcactgaagaaaggcatgtggaatgatgcaattctgtttatcagccaagatggagat 6866122  T
Q  210 attatttctcaaaagtcgtcctctaaaggctggacttctcttcacgttgcagttgatgcaggacaagataaaatcatgaaggagttggttgaaatggggg 309  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6866121 attatttctcaaaagtcgtcctcgaaaggctggacttctcttcatgttgcagttgatgcaggacaagataaaatcatgaaggagttggttgaaatggggg 6866022  T
Q  310 cattgctgacagaggaagattgggagggctacacaccttttgctcttgctgttaaatcaaccgacgatatacaaattgttgagtggatgcttaacaaagg 409  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  6866021 cattgctgacagaggaagattgggagggctacacaccttttgctcttgctgttaaatcaaccgacgatattaaaattgtcgagtggatgcttaacaaagg 6865922  T
Q  410 aggaaatgatctact 424  Q
    |||||||||||||||    
T  6865921 aggaaatgatctact 6865907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 105 - 413
Target Start/End: Original strand, 6088169 - 6088477
Alignment:
Q  105 gatattgagcaaggaggtcttcaaactgacattgacaagtttcatgtggcactgaagaaaggcatgtggaatgatgcaattctgtttatcagacaagatg 204  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||| | || |||||||  ||||    
T  6088169 gatattgagcaaggaggtcttcaaactgacattgacatgtttcatgtggcagtgaagaaaggcatgtggaacgacgcaattttcttcatcagacgtgatg 6088268  T
Q  205 gagatattatttctcaaaagtcgtcctctaaaggctggacttctcttcacgttgcagttgatgcaggacaagataaaatcatgaaggagttggttgaaat 304  Q
    ||||||||||||| |||||||| |||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  6088269 gagatattatttcacaaaagtcatcctttaatggttggacttctcttcacgttgcagttgatgctggacaagataaaatcatgaaggagttggttaaaat 6088368  T
Q  305 gggggcattgctgacagaggaagattgggagggctacacaccttttgctcttgctgttaaatcaaccgacgatatacaaattgttgagtggatgcttaac 404  Q
    |||||||||| ||||||||  |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||     
T  6088369 gggggcattgttgacagagagagattgggagggatacacaccctttgctcttgctgttaaatcaactaatgatatacaaattgttgagtggatgcttaat 6088468  T
Q  405 aaaggagga 413  Q
    |||||||||    
T  6088469 aaaggagga 6088477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 10 - 424
Target Start/End: Complemental strand, 6133605 - 6133182
Alignment:
Q  10 attatactcttggccagataagaaattgtgtaacagcacaagaggcctggaatcagttaaaggccacttttagcgaaaatttaaatgcagaccaa----- 104  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| ||   |||||||||| ||||||  |||||| ||         
T  6133605 attatactcttcgccaaataagaaattgtgtgacagcacaagaggcttggaatcacttaaaagctgtttttagcgaagatttaagagcagacaaatctta 6133506  T
Q  105 ----gatattgagcaaggaggtcttcaaactgacattgacaagtttcatgtggcactgaagaaaggcatgtggaatgatgcaattctgtttatcagacaa 200  Q
        ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||  |     
T  6133505 caatgatattgagcaaggaggtcttcaaagtgatattgacaagtttcatgtagcagtgaagaaaggcatgtggaatgacgcgattttgtttatcaggaat 6133406  T
Q  201 gatggagatattatttctcaaaagtcgtcctctaaaggctggacttctcttcacgttgcagttgatgcaggacaagataaaatcatgaaggagttggttg 300  Q
    || |||||||||||||| ||||||||  ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||    
T  6133405 gacggagatattatttcgcaaaagtcaccctctaatggttggacttctcttcacgttgcagttgatgcaggacaagataaaatcatgcagaagttggttg 6133306  T
Q  301 aaatgggggcattgctgacagaggaagattgggagggctacacaccttttgctcttgctgttaaatcaaccgacgatatacaaattgttgagtggatgct 400  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||| |||||||| |||| ||||||||| || |||| | |||| ||| ||||||||||    
T  6133305 aaatgggggcattgctgacagagaaagactgggagggatacacaccgtttgctctcgctgctaaatcaacagatgatacaaaaatggttaagtggatgct 6133206  T
Q  401 taacaaaggaggaaatgatctact 424  Q
    |   || |||||||||||||||||    
T  6133205 tgctaagggaggaaatgatctact 6133182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 10 - 70
Target Start/End: Original strand, 6088041 - 6088101
Alignment:
Q  10 attatactcttggccagataagaaattgtgtaacagcacaagaggcctggaatcagttaaa 70  Q
    |||||| |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||    
T  6088041 attataatcttcgccaaataagaaattgtgtaacagcacaagaggcttggaatcacttaaa 6088101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University