View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19493_low_5 (Length: 550)

Name: NF19493_low_5
Description: NF19493
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19493_low_5
NF19493_low_5
[»] chr2 (10 HSPs)
chr2 (1-540)||(16657638-16658177)
chr2 (25-542)||(16662111-16662628)
chr2 (74-511)||(43624993-43625430)
chr2 (121-529)||(14703036-14703444)
chr2 (77-507)||(11998992-11999421)
chr2 (105-507)||(12245560-12245962)
chr2 (338-539)||(7542071-7542272)
chr2 (154-539)||(12234351-12234735)
chr2 (170-524)||(12258718-12259072)
chr2 (124-227)||(7541857-7541960)
[»] chr7 (42 HSPs)
chr7 (27-540)||(8658897-8659410)
chr7 (76-540)||(10494495-10494959)
chr7 (16-540)||(8666942-8667466)
chr7 (27-540)||(1300998-1301507)
chr7 (75-540)||(8654032-8654497)
chr7 (85-530)||(27831006-27831451)
chr7 (104-519)||(17267550-17267965)
chr7 (104-529)||(17259852-17260277)
chr7 (77-511)||(6789096-6789530)
chr7 (75-540)||(3146846-3147311)
chr7 (304-540)||(13333577-13333813)
chr7 (72-517)||(8569890-8570335)
chr7 (85-540)||(8646469-8646924)
chr7 (16-196)||(13333833-13334010)
chr7 (79-287)||(7878107-7878315)
chr7 (95-399)||(8537638-8537942)
chr7 (78-410)||(8575911-8576243)
chr7 (137-286)||(8102311-8102460)
chr7 (74-507)||(8545214-8545647)
chr7 (71-512)||(8585855-8586296)
chr7 (147-287)||(8590292-8590432)
chr7 (74-401)||(8616259-8616589)
chr7 (76-280)||(29578053-29578257)
chr7 (115-269)||(29582233-29582387)
chr7 (78-287)||(8581285-8581494)
chr7 (76-287)||(8609500-8609711)
chr7 (4-151)||(8671608-8671755)
chr7 (137-286)||(8017788-8017937)
chr7 (319-386)||(8673896-8673963)
chr7 (460-542)||(7877852-7877934)
chr7 (460-542)||(29581960-29582042)
chr7 (460-500)||(8609884-8609924)
chr7 (160-292)||(8636712-8636844)
chr7 (208-287)||(8383250-8383329)
chr7 (76-175)||(8558966-8559065)
chr7 (352-410)||(8664919-8664977)
chr7 (16-58)||(17259762-17259804)
chr7 (16-58)||(17267465-17267507)
chr7 (460-542)||(29577791-29577873)
chr7 (460-521)||(8576293-8576354)
chr7 (26-58)||(6789048-6789080)
chr7 (355-415)||(8609779-8609839)
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (75-540)||(4678679-4679143)
chr1 (85-509)||(34466945-34467364)
chr1 (108-540)||(15594649-15595081)
chr1 (328-409)||(52549264-52549345)
[»] chr4 (6 HSPs)
chr4 (16-505)||(9336047-9336536)
chr4 (71-540)||(30774830-30775299)
chr4 (77-431)||(35132040-35132395)
chr4 (139-286)||(54396069-54396216)
chr4 (137-286)||(23588108-23588257)
chr4 (139-289)||(23596957-23597107)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (127-540)||(43744450-43744863)
chr8 (132-280)||(12528143-12528291)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (75-540)||(28219500-28219965)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 500; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 500; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 540
Target Start/End: Complemental strand, 16658177 - 16657638
Alignment:
Q  1 cgttttgtctttgccacaggtatggaagtgttcctaggaatcacaacactcatgacatgatcaacatcggctgagataccaagcgacaatggggtaacat 100  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  16658177 cgttttatctttgccacaggtatggaagtgttcctaggaatcacaacactcatgacatgatcaacatcggctaagataccaagcgacaatggggtaacat 16658078  T
Q  101 ctctcaacaccaagtctgggacattcttaaagccttcactcaaaatagcagcttgaacagctgcaccgtaagcaacagcttcatccgggttgatactttt 200  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16658077 ctctcaacaccaaatctgggacattcttaaagccttcactcaaaatagcagcttgaacagctgcaccgtaagcaacagcttcatccgggttgatactttt 16657978  T
Q  201 gcataaatccttccccttgaaaaagtcttgcaatagatcctgcactttgggaatcctagatgagccacccacaagaacaacgtcatcaatatcaccaatg 300  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16657977 gcataaatccttgcccttgaaaaagtcttgcaatagatcctgcactttgggaatcctagatgagccacccacaagaacaacgtcatcaatatcaccaatg 16657878  T
Q  301 tgcatctttgaatcaccgagacaattctcaacagttttcatacactcattgaaaaggtccatattaatttcctcaaacttggcacgggtgattgatgaag 400  Q
    ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16657877 tgcatctttgaatcacgaagacaattctcaacagttttcatacactcattgaaaagatccatattaatttcctcaaacttggcacgggtgattgatgaag 16657778  T
Q  401 aaaagtcaattccctgaaataaagaatctacctctacagtggtgacaaaagcaaaagagagtgtcctctttgccctctcacatgcagttctcaacctcct 500  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16657777 aaaagtcaattccctgaaataaagaatctacctcaacagtggtgacaaaagcaaaagagagtgtcctctttgccctctcacatgcagttctcaacctcct 16657678  T
Q  501 caaggctcttggattcccacttatgtccaccttattcttc 540  Q
    |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  16657677 caaggctcttgagttcccacttatgtccaccttattcttc 16657638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 134; E-Value: 2e-69
Query Start/End: Original strand, 25 - 542
Target Start/End: Complemental strand, 16662628 - 16662111
Alignment:
Q  25 gaagtgttcctaggaatcacaacactcatgacatgatcaacatcggctgagataccaagcgacaatggggtaacatctctcaacaccaagtctgggacat 124  Q
    |||||||||||||||| ||| ||| |||| | | ||||| |||   | ||||||||||| |||||||||||||| |||| || |||||||| ||| ||||    
T  16662628 gaagtgttcctaggaaccaccacattcataatacgatcatcatgtaccgagataccaagtgacaatggggtaacgtctcgcagcaccaagtttggaacat 16662529  T
Q  125 tcttaaagccttcactcaaaatagcagcttgaacagctgcaccgtaagcaacagcttcatccgggttgatacttttgcataaatccttccccttgaaaaa 224  Q
     ||||| |||||||||||| | ||||||||| |||||||| || ||||||||||| ||||| |||||||| || ||||| || |||||||| ||||| ||    
T  16662528 ccttaatgccttcactcaacacagcagcttgcacagctgccccataagcaacagcctcatcagggttgatgctcttgcacaactccttcccattgaagaa 16662429  T
Q  225 gtcttgcaatagatcctgcactttgggaatcctagatgagccacccacaagaacaacgtcatcaatatcaccaatgtgcatctttgaatcaccgagacaa 324  Q
    ||   ||||||  ||||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||||||||  ||||  | | | ||  ||| ||||||||||||  | | ||||    
T  16662428 gttacgcaataattcctgcacttttggaatcctagacgagcccccgacaagaacaatatcatgtacaccccccttgtccatctttgaatccacaaaacaa 16662329  T
Q  325 ttctcaacagttttcatacactcattgaaaaggtccatattaatttcctcaaacttggcacgggtgattgatgaagaaaagtcaattccctgaaataaag 424  Q
     |||||||| | ||||||||||| || |||||| ||||||| ||||| ||||||||| |||| |||| ||||| ||| ||||||||  |||   |||||     
T  16662328 ctctcaacaatcttcatacactcgttaaaaaggcccatattgatttcttcaaacttgacacgagtgagtgatgtagagaagtcaatgtcctcgtataaat 16662229  T
Q  425 aatctacctctacagtggtgacaaaagcaaaagagagtgtcctctttgccctctcacatgcagttctcaacctcctcaaggctcttggattcccacttat 524  Q
    |||| | ||| | || |||||| ||    |||||||||||||| || ||| | ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||    
T  16662228 aatcaatctcaatagcggtgaccaatttgaaagagagtgtccttttcgccttttcacaagaagttctcaacctcctcaaggctcttggattcctagtgat 16662129  T
Q  525 gtccaccttattcttcct 542  Q
     ||||| || ||||||||    
T  16662128 atccactttgttcttcct 16662111  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 126; E-Value: 1e-64
Query Start/End: Original strand, 74 - 511
Target Start/End: Original strand, 43624993 - 43625430
Alignment:
Q  74 agataccaagcgacaatggggtaacatctctcaacaccaagtctgggacattcttaaagccttcactcaaaatagcagcttgaacagctgcaccgtaagc 173  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||||| || |||||| | ||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||| || ||||||||||| |||||    
T  43624993 agataccaagtgacaaaggggtaacatctcgcagcaccaattttggaacattcttaatgcctttactcaaaatagcagcctggacagctgcaccataagc 43625092  T
Q  174 aacagcttcatccgggttgatacttttgcataaatccttccccttgaaaaagtcttgcaatagatcctgcactttgggaatcctagatgagccacccaca 273  Q
    |||||| ||||| ||||| || |||| |||| | ||||||||||||||||| || ||||| || |  |  ||||| ||||| ||||| ||||| || |||    
T  43625093 aacagcctcatcagggtttatgctttcgcatgattccttccccttgaaaaactcctgcaacagctgttttacttttggaattctagaggagccgccaaca 43625192  T
Q  274 agaacaacgtcatcaatatcaccaatgtgcatctttgaatcaccgagacaattctcaacagttttcatacactcattgaaaaggtccatattaatttcct 373  Q
    || ||||| || |  ||| |||   ||| || ||| | ||||   |||||| ||| ||||||||||| |||||| |||||||| |||||||| ||||| |    
T  43625193 aggacaacatcgtggatagcactcttgtccaacttggcatcaataagacaactcttaacagttttcaaacactcgttgaaaagatccatatttatttcat 43625292  T
Q  374 caaacttggcacgggtgattgatgaagaaaagtcaattccctgaaataaagaatctacctctacagtggtgacaaaagcaaaagagagtgtcctctttgc 473  Q
    |||| |||||||| |||||||||||| | |||||||| ||  | ||||||||||||||||| | |||| |||   |||||||||| |||||||| ||| |    
T  43625293 caaatttggcacgagtgattgatgaaaagaagtcaataccacggaataaagaatctacctcaatagtgctgaacgaagcaaaagacagtgtcctttttcc 43625392  T
Q  474 cctctcacatgcagttctcaacctcctcaaggctcttg 511  Q
     ||||| ||||| ||||||||||| || | ||||||||    
T  43625393 tctctcgcatgccgttctcaaccttcttatggctcttg 43625430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 101; E-Value: 8e-50
Query Start/End: Original strand, 121 - 529
Target Start/End: Original strand, 14703036 - 14703444
Alignment:
Q  121 acattcttaaagccttcactcaaaatagcagcttgaacagctgcaccgtaagcaacagcttcatccgggttgatacttttgcataaatccttccccttga 220  Q
    |||||||| | | |||||||||| | |||||| ||||||||||| || ||||| ||||||||||| ||||| || || ||||| || |||||||||| ||    
T  14703036 acattcttgacgtcttcactcaacaaagcagcctgaacagctgccccataagctacagcttcatcagggttaatgctgttgcacaactccttcccctgga 14703135  T
Q  221 aaaagtcttgcaatagatcctgcactttgggaatcctagatgagccacccacaagaacaacgtcatcaatatcaccaatgtgcatctttgaatcaccgag 320  Q
    ||||||| || ||||  | ||| ||||||||||||| ||| || ||||| ||||||||||| ||||| |    ||   ||| |||||| | ||||   ||    
T  14703136 aaaagtcctgtaataattgctgtactttgggaatccgagaagacccaccgacaagaacaacatcatctactctactcttgtccatcttagcatcaataag 14703235  T
Q  321 acaattctcaacagttttcatacactcattgaaaaggtccatattaatttcctcaaacttggcacgggtgattgatgaagaaaagtcaattccctgaaat 420  Q
    |||| |||||||| | |||| ||||||||| |||| ||||||||| ||||| ||||||||||| |   |||| ||||||||||||||||| |  ||||||    
T  14703236 acaactctcaacaatcttcacacactcattaaaaaagtccatattcatttcttcaaacttggccctattgatcgatgaagaaaagtcaatgcattgaaat 14703335  T
Q  421 aaagaatctacctctacagtggtgacaaaagcaaaagagagtgtcctctttgccctctcacatgcagttctcaacctcctcaaggctcttggattcccac 520  Q
    |||| ||||||||| | ||||| |||||     ||||| ||||| || ||||||||||| || || |||||||| ||||| |||||| ||||||| ||||    
T  14703336 aaagcatctacctcaatagtggcgacaacttggaaagaaagtgttctttttgccctctcgcaagcggttctcaagctccttaaggcttttggatttccac 14703435  T
Q  521 ttatgtcca 529  Q
    | |||||||    
T  14703436 taatgtcca 14703444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 77 - 507
Target Start/End: Original strand, 11998992 - 11999421
Alignment:
Q  77 taccaagcgacaatggggtaacatctctcaacaccaagtctgggacattcttaaagccttcactcaaaatagcagcttgaacagctgcaccgtaagcaac 176  Q
    ||||||| ||||| || ||||||||   ||||||||| | ||| ||||||||||   |||||||||| | |||||||||||||||||| || ||||| ||    
T  11998992 taccaagagacaaaggagtaacatcctgcaacaccaaatttggaacattcttaacatcttcactcaacaaagcagcttgaacagctgccccataagctac 11999091  T
Q  177 agcttcatccgggttgatacttttgcataaatccttccccttgaaaaagtcttgcaatagatcctgcactttgggaatcctagatgagccacccacaaga 276  Q
    ||| ||||| ||||| || || ||||| || |||||||| ||||||||||| || ||||| |  || |||||||| |||||||| || ||||| |||||     
T  11999092 agcctcatcagggttaatgctcttgcacaactccttcccgttgaaaaagtcatgtaatagctgttggactttggg-atcctagaagatccaccaacaagt 11999190  T
Q  277 acaacgtcatcaatatcaccaatgtgcatctttgaatcaccgagacaattctcaacagttttcatacactcattgaaaaggtccatattaatttcctcaa 376  Q
    ||||| ||||| |||  ||   ||| |||||||| |||    | |||| |||||||||| || ||||| ||||| | ||| || | ||| | ||||||||    
T  11999191 acaacatcatctatagtactcttgtccatctttgcatccataatacaactctcaacagtctttatacaatcattaagaagatctaaattcaattcctcaa 11999290  T
Q  377 acttggcacgggtgattgatgaagaaaagtcaattccctgaaataaagaatctacctctacagtggtgacaaaagcaaaagagagtgtcctctttgccct 476  Q
    |||| || ||  |||| ||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||| | ||| |  |||| |  ||| || ||| | || ||||||||    
T  11999291 actttgcccgattgatggatgaagaaaaatcaatgccttgaaataaagaatctacctcaatagttgcaacaacaagaaatgatagtattctttttgccct 11999390  T
Q  477 ctcacatgcagttctcaacctcctcaaggct 507  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  11999391 ctcacaagcagttctcaacctcctcaaggct 11999421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 105 - 507
Target Start/End: Complemental strand, 12245962 - 12245560
Alignment:
Q  105 caacaccaagtctgggacattcttaaagccttcactcaaaatagcagcttgaacagctgcaccgtaagcaacagcttcatccgggttgatacttttgcat 204  Q
    ||||||||| | ||| ||||||||||   ||| |||||| | |||||||||||||||||| || ||||||||||| || || ||||| || || |||||     
T  12245962 caacaccaaatttggaacattcttaacatctttactcaacaaagcagcttgaacagctgccccataagcaacagcctcgtcagggttaatgctcttgcac 12245863  T
Q  205 aaatccttccccttgaaaaagtcttgcaatagatcctgcactttgggaatcctagatgagccacccacaagaacaacgtcatcaatatcaccaatgtgca 304  Q
    || |||||||| ||||||||||| || ||||| |  || ||||||||||||||||| || ||||| ||||| ||||  ||||| |||  ||   ||| ||    
T  12245862 aattccttcccgttgaaaaagtcctgtaatagctgttggactttgggaatcctagaagatccaccaacaagtacaaaatcatctatagtactcttgtcca 12245763  T
Q  305 tctttgaatcaccgagacaattctcaacagttttcatacactcattgaaaaggtccatattaatttcctcaaacttggcacgggtgattgatgaagaaaa 404  Q
    |||||| |||    | |||| |||||||||| || ||||| ||||| | ||| || | ||| | |||||||||||| || ||  |||| |||||||||||    
T  12245762 tctttgcatccataatacaactctcaacagtctttatacaatcattaagaagatctaaattcaattcctcaaactttgcccgattgatggatgaagaaaa 12245663  T
Q  405 gtcaattccctgaaataaagaatctacctctacagtggtgacaaaagcaaaagagagtgtcctctttgccctctcacatgcagttctcaacctcctcaag 504  Q
     ||||| || |||||||||||||||||||| | ||| |  |||| |  ||| || ||| | || |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  12245662 atcaatgccttgaaataaagaatctacctcaatagttgcaacaacaagaaacgaaagtattctttttgccctctcacaagcagttctcaatctcctcaag 12245563  T
Q  505 gct 507  Q
    |||    
T  12245562 gct 12245560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 86; E-Value: 7e-41
Query Start/End: Original strand, 338 - 539
Target Start/End: Original strand, 7542071 - 7542272
Alignment:
Q  338 tcatacactcattgaaaaggtccatattaatttcctcaaacttggcacgggtgattgatgaagaaaagtcaattccctgaaataaagaatctacctctac 437  Q
    |||||||||| || ||||| |||||||| || |||||||||||||| |   |||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |     
T  7542071 tcatacactcgttaaaaagatccatattcatctcctcaaacttggccctattgatcgatgaagaaaagtcaatgccttgaaataaagaatctacctcaat 7542170  T
Q  438 agtggtgacaaaagcaaaagagagtgtcctctttgccctctcacatgcagttctcaacctcctcaaggctcttggattcccacttatgtccaccttattc 537  Q
    |||||  |||| |   ||||| ||||  || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| || |||    
T  7542171 agtggcaacaacaaggaaagaaagtgatctttttgccctctcacaagcagttctcaacctcctcaaggcttttggattcccactaatgtccactttgttc 7542270  T
Q  538 tt 539  Q
    ||    
T  7542271 tt 7542272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 154 - 539
Target Start/End: Original strand, 12234351 - 12234735
Alignment:
Q  154 tgaacagctgcaccgtaagcaacagcttcatccgggttgatacttttgcataaatccttccccttgaaaaagtcttgcaatagatcctgcactttgggaa 253  Q
    |||||||||||  | |||||||| || || || ||||| ||||| ||||| |  ||||||||||||||||| || |||||||| | ||||||||||||||    
T  12234351 tgaacagctgcctcataagcaaccgcctc-tcagggttaatactcttgcacagctccttccccttgaaaaaatcctgcaatagttgctgcactttgggaa 12234449  T
Q  254 tcctagatgagccacccacaagaacaacgtcatcaatatcaccaatgtgcatctttgaatcaccgagacaattctcaacagttttcatacactcattgaa 353  Q
    ||||||| || || || | ||| ||||| ||||| |    ||   ||| |||||| | |||||  |||||| |||||||| | |||||||||||| | |     
T  12234450 tcctagaggacccgccaataaggacaacttcatccaccctacttttgtccatcttagcatcactaagacaactctcaacaatcttcatacactcaataag 12234549  T
Q  354 aaggtccatattaatttcctcaaacttggcacgggtgattgatgaagaaaagtcaattccctgaaataaagaatctacctctacagtggtgacaaaagca 453  Q
    ||| |||||||| ||||||||||||||||| |   |||| ||||||||||| ||||| || | |||||||||||||||||| |  || |  |||| |       
T  12234550 aagatccatattcatttcctcaaacttggccctattgatcgatgaagaaaaatcaatgccttcaaataaagaatctacctcaatggttgcaacaacaagg 12234649  T
Q  454 aaagagagtgtcctctttgccctctcacatgcagttctcaacctcctcaaggctcttggattcccacttatgtccaccttattctt 539  Q
    ||||| | ||  || |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||| || |||||    
T  12234650 aaagacaatgatctttttgccctctcacaagcagttcttaacctcctcaaggcttttggatttccactcatgtccacttttttctt 12234735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 170 - 524
Target Start/End: Complemental strand, 12259072 - 12258718
Alignment:
Q  170 aagcaacagcttcatccgggttgatacttttgcataaatccttccccttgaaaaagtcttgcaatagatcctgcactttgggaatcctagatgagccacc 269  Q
    |||| ||||| ||||| || || || || ||||| || || |||||||||||||| || || ||||| | |||||||||| |||||||||| || |||||    
T  12259072 aagctacagcctcatcaggattaatgctcttgcacaactctttccccttgaaaaaatcctgtaatagctgctgcactttgagaatcctagaagacccacc 12258973  T
Q  270 cacaagaacaacgtcatcaatatcaccaatgtgcatctttgaatcaccgagacaattctcaacagttttcatacactcattgaaaaggtccatattaatt 369  Q
     ||||| ||||| ||||| | || ||   ||| | | || | |||    |||||| |||||||||| ||||| || ||||||||||| |||| ||| |||    
T  12258972 tacaaggacaacatcatctacattactcttgtccgtgttagcatccgtaagacaactctcaacagtcttcatgcattcattgaaaagttccaaatttatt 12258873  T
Q  370 tcctcaaacttggcacgggtgattgatgaagaaaagtcaattccctgaaataaagaatctacctctacagtggtgacaaaagcaaaagagagtgtcctct 469  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||| |||||| ||||| || | | |||||||||||| ||| | ||| |  |||| |  | |||| ||||  || |    
T  12258872 tcctcaaacttggcacgattgattgatgcagaaaaatcaatgccatcacataaagaatctatctcaatagttgcaacaacaagataagaaagtgatcttt 12258773  T
Q  470 ttgccctctcacatgcagttctcaacctcctcaaggctcttggattcccacttat 524  Q
    |||| |||||||| || ||| |||| |||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  12258772 ttgcactctcacaagctgttttcaatctcctcaaagctcttggatttccacttat 12258718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 124 - 227
Target Start/End: Original strand, 7541857 - 7541960
Alignment:
Q  124 ttcttaaagccttcactcaaaatagcagcttgaacagctgcaccgtaagcaacagcttcatccgggttgatacttttgcataaatccttccccttgaaaa 223  Q
    ||||||| |||| ||||||| |  ||||| ||||||||||| || ||||||||||| ||||| || || || || ||||| || ||||| || |||||||    
T  7541857 ttcttaacgcctccactcaacaatgcagcctgaacagctgccccataagcaacagcctcatcaggattaatgctcttgcacaagtcctttccattgaaaa 7541956  T
Q  224 agtc 227  Q
    ||||    
T  7541957 agtc 7541960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 266; Significance: 1e-148; HSPs: 42)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 266; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 27 - 540
Target Start/End: Original strand, 8658897 - 8659410
Alignment:
Q  27 agtgttcctaggaatcacaacactcatgacatgatcaacatcggctgagataccaagcgacaatggggtaacatctctcaacaccaagtctgggacattc 126  Q
    ||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||  ||| ||||||||| ||||||||||||||||||  || |||||||| ||||||||||    
T  8658897 agtgttccttggaatcactacacccatgacatgatcaacatctactgcgataccaagtgacaatggggtaacatcttgcagcaccaagtttgggacattc 8658996  T
Q  127 ttaaagccttcactcaaaatagcagcttgaacagctgcaccgtaagcaacagcttcatccgggttgatacttttgcataaatccttccccttgaaaaagt 226  Q
    ||||||||||  || |||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| ||| ||||| |||||     ||||| ||    
T  8658997 ttaaagcctttgcttaaaacagcagcttgaagagctgcaccataagcaacagcctcatctgggttgatactcttgtataaaaccttctttgggaaaaggt 8659096  T
Q  227 cttgcaatagatcctgcactttgggaatcctagatgagccacccacaagaacaacgtcatcaatatcaccaatgtgcatctttgaatcaccgagacaatt 326  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||  || ||||||||||  || || || |||||||| |  |||||| |    
T  8659097 cttgcaatagatcttgcactttgggaatcctagacgaaccacccacaagaacaatatcgtcaatatcactcatctgtatttttgaatcgctaagacaact 8659196  T
Q  327 ctcaacagttttcatacactcattgaaaaggtccatattaatttcctcaaacttggcacgggtgattgatgaagaaaagtcaattccctgaaataaagaa 426  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||| ||||||| |||||| ||||| | ||||| ||||||||||||||||||    
T  8659197 ctcaacagttttcatacactcattaaaaagatccatattcatttcctcaaacctggcacgagtgattaatgaacagaagtctattccctgaaataaagaa 8659296  T
Q  427 tctacctctacagtggtgacaaaagcaaaagagagtgtcctctttgccctctcacatgcagttctcaacctcctcaaggctcttggattcccacttatgt 526  Q
    || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| | |||| || ||||| ||||    
T  8659297 tcgacctcaacagtggtgacaaaagcaaaagagagtgtcctctttgccctctcacaggcagttctcaacctccttaaggattttgggttaccactaatgt 8659396  T
Q  527 ccaccttattcttc 540  Q
    |||| |||||||||    
T  8659397 ccactttattcttc 8659410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 249; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 76 - 540
Target Start/End: Complemental strand, 10494959 - 10494495
Alignment:
Q  76 ataccaagcgacaatggggtaacatctctcaacaccaagtctgggacattcttaaagccttcactcaaaatagcagcttgaacagctgcaccgtaagcaa 175  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||  | ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  10494959 ataccaagtgacaatggggtaacatctcgtagcaccaagttcgggacattcttaaagccttcactcaaaatagcagcctgaacagctgcaccataagcaa 10494860  T
Q  176 cagcttcatccgggttgatacttttgcataaatccttccccttgaaaaagtcttgcaatagatcctgcactttgggaatcctagatgagccacccacaag 275  Q
    |||| ||||| ||||||||||   || |||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  10494859 cagcctcatctgggttgatacgcatgaataattccttccccttgaaaaattctagcaatagatcctgcactttgggaatcctagacgagccacccacaag 10494760  T
Q  276 aacaacgtcatcaatatcaccaatgtgcatctttgaatcaccgagacaattctcaacagttttcatacactcattgaaaaggtccatattaatttcctca 375  Q
    |||||  ||||||||||||    |||  ||||||||||| | ||||||| | |||||| | |||||||||||  |||||| ||| |||||||||||||||    
T  10494759 aacaatatcatcaatatcattcttgtatatctttgaatccctgagacaactgtcaacaatattcatacactcgatgaaaaagtctatattaatttcctca 10494660  T
Q  376 aacttggcacgggtgattgatgaagaaaagtcaattccctgaaataaagaatctacctctacagtggtgacaaaagcaaaagagagtgtcctctttgccc 475  Q
    || |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||  |||||||| ||| ||||| || ||||||||||||| |||||||||| |||| |||||||    
T  10494659 aatttggcacgagtgattgatgaagaaaagtcgattcccataaataaagcatcgacctcaacggtggtgacaaaagaaaaagagagtatcctttttgccc 10494560  T
Q  476 tctcacatgcagttctcaacctcctcaaggctcttggattcccacttatgtccaccttattcttc 540  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  10494559 tctcacaggcagttctcaacctccttaaggattttggattcccactgatgtccacgttattcttc 10494495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 213; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 16 - 540
Target Start/End: Original strand, 8666942 - 8667466
Alignment:
Q  16 acaggtatggaagtgttcctaggaatcacaacactcatgacatgatcaacatcggctgagataccaagcgacaatggggtaacatctctcaacaccaagt 115  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||| |||| |    | || |||||||| ||||| ||||| |||||||  | ||||||||    
T  8666942 acaggtatggaagtgtttctaggaatcaccacactcatgatatgttcaatacttacagaaataccaagtgacaaaggggtcacatctcgtagcaccaagt 8667041  T
Q  116 ctgggacattcttaaagccttcactcaaaatagcagcttgaacagctgcaccgtaagcaacagcttcatccgggttgatacttttgcataaatccttccc 215  Q
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || || ||||||||||   || |||| ||||||||    
T  8667042 tggggacattcttacagccttcactcaaaatagcagcctgaacagctgcaccataagcaacagcctcgtctgggttgatacccatgaataattccttccc 8667141  T
Q  216 cttgaaaaagtcttgcaatagatcctgcactttgggaatcctagatgagccacccacaagaacaacgtcatcaatatcaccaatgtgcatctttgaatca 315  Q
    ||||||| | ||| ||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||||||||||    |||  |||||||||||     
T  8667142 cttgaaatattctagcaattgttcctgcactttgggaatcctagacgagccaccgacaagtacaacatcatcaatatcattcttgtatatctttgaatcc 8667241  T
Q  316 ccgagacaattctcaacagttttcatacactcattgaaaaggtccatattaatttcctcaaacttggcacgggtgattgatgaagaaaagtcaattccct 415  Q
    | ||||||  | |||||  | ||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||| || ||||| || ||||||||| ||||||| ||||||     
T  8667242 ctgagacaggtgtcaactatattcatacactcattgaaaaagtccatgttaagttcctcaaatttagcacgagtaattgatgaacaaaagtcgattcccg 8667341  T
Q  416 gaaataaagaatctacctctacagtggtgacaaaagcaaaagagagtgtcctctttgccctctcacatgcagttctcaacctcctcaaggctcttggatt 515  Q
     |||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| | |||| ||    
T  8667342 taaataaagcatctacctcaacagtggtaacaaaagcaaaagagagtatcctttttgccctctcacaggcagttctcaacctccttaaggattttgggtt 8667441  T
Q  516 cccacttatgtccaccttattcttc 540  Q
    |  ||| |||||||| |||||||||    
T  8667442 ctgactgatgtccactttattcttc 8667466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 27 - 540
Target Start/End: Original strand, 1300998 - 1301507
Alignment:
Q  27 agtgttcctaggaatcacaacactcatgacatgatcaacatcggctgagataccaagcgacaatggggtaacatctctcaacaccaagtctgggacattc 126  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| |  | ||   ||||||||| ||||||||||||||||||  || |||||||| ||||||||||    
T  1300998 agtgttccttggaatcaccacactcatgacatgatcacctactgc---gataccaagtgacaatggggtaacatcttgcagcaccaagtttgggacattc 1301094  T
Q  127 ttaaagccttcactcaaaatagcagcttgaacagctgcaccgtaagcaacagcttcatccgggttgatacttttgcataaatccttccccttgaaaaagt 226  Q
    || || ||||  || |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| || || ||||||||||| ||| ||||| | ||| ||  ||||| ||    
T  1301095 ttgaatcctttgcttaaaatagcagcttgaatagctgcaccataagcaacagcctcgtc-gggttgatactcttgtataaaactttctccgggaaaatgt 1301193  T
Q  227 cttgcaatagatcctgcactttgggaatcctagatgagccacccacaagaacaacgtcatcaatatcaccaatgtgcatctttgaatcaccgagacaatt 326  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||| |||||||  |||   || |||||||| |  |||||| |    
T  1301194 cttgcaatatatcttgcactttgggaatcctagacgagccacccacaagaacaatatcatcgatatcactcatgcatatttttgaatcgctaagacaact 1301293  T
Q  327 ctcaacagttttcatacactcattgaaaaggtccatattaatttcctcaaacttggcacgggtgattgatgaagaaaagtcaattccctgaaataaagaa 426  Q
    |||||| |||||  |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| | ||||| ||||||||||||||||||    
T  1301294 ctcaacggtttttgtacactcattaaaaagatccatattaatttcctcaaacttggcacgagtgattaatgaacagaagtcgattccctgaaataaagaa 1301393  T
Q  427 tctacctctacagtggtgacaaaagcaaaagagagtgtcctctttgccctctcacatgcagttctcaacctcctcaaggctcttggattcccacttatgt 526  Q
    || ||||| || |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||| | |  | || ||||| ||||    
T  1301394 tcgacctcaacggtggtgactaaagcaaaagagagtgtcctttttgccctctcacacgcaattctcaacctccttaaggatttctggttaccactaatgt 1301493  T
Q  527 ccaccttattcttc 540  Q
    |||| |||||||||    
T  1301494 ccactttattcttc 1301507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 75 - 540
Target Start/End: Original strand, 8654032 - 8654497
Alignment:
Q  75 gataccaagcgacaatggggtaacatctctcaacaccaagtctgggacattcttaaagccttcactcaaaatagcagcttgaacagctgcaccgtaagca 174  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| |  | ||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| || || || |||    
T  8654032 gataccaagtgacaatggggtaacatcacgtagcaccaagttggggacattcttaaagtcttcactcaaaatagcagcctgaacagcagcgccatatgca 8654131  T
Q  175 acagcttcatccgggttgatacttttgcataaatccttccccttgaaaaagtcttgcaatagatcctgcactttgggaatcctagatgagccacccacaa 274  Q
    | ||| ||||| ||||||||| |  |  | ||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |    
T  8654132 atagcctcatctgggttgatattcataaacaaagccttccccttgaaaaactctagcaatagatcctgcactttgggaatcctagacgagccacccacga 8654231  T
Q  275 gaacaacgtcatcaatatcaccaatgtgcatctttgaatcaccgagacaattctcaacagttttcatacactcattgaaaaggtccatattaatttcctc 374  Q
    | ||||| ||||||||||||    |||  ||||||||||| | ||||||| | |||||| | || |||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  8654232 gtacaacatcatcaatatcattcttgtatatctttgaatctctgagacaactgtcaacaatattgatacactcattgaaaaagtccatattaatttcctc 8654331  T
Q  375 aaacttggcacgggtgattgatgaagaaaagtcaattccctgaaataaagaatctacctctacagtggtgacaaaagcaaaagagagtgtcctctttgcc 474  Q
    ||| || ||||| |||||||||||||||||||| ||||||  |||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||    
T  8654332 aaatttagcacgagtgattgatgaagaaaagtcgattcccataaataaagcatctacctcaacagtggtgacaaaagtaaaagagagtatcctttttgcc 8654431  T
Q  475 ctctcacatgcagttctcaacctcctcaaggctcttggattcccacttatgtccaccttattcttc 540  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| |||| | |||| || || || || ||||| |||||||||    
T  8654432 ctctcacaggcagttctcaacctccttaaggattttgggttaccgctaatttccactttattcttc 8654497  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 146; E-Value: 1e-76
Query Start/End: Original strand, 85 - 530
Target Start/End: Complemental strand, 27831451 - 27831006
Alignment:
Q  85 gacaatggggtaacatctctcaacaccaagtctgggacattcttaaagccttcactcaaaatagcagcttgaacagctgcaccgtaagcaacagcttcat 184  Q
    |||| ||| ||||||||  |||||||||||| ||| |||||| ||| | | |||||||| | |||||| || |||||||||||  |||||||||| ||||    
T  27831451 gacagtggagtaacatcgatcaacaccaagtttggaacattcataatgtcatcactcaacaaagcagcctgcacagctgcaccaaaagcaacagcctcat 27831352  T
Q  185 ccgggttgatacttttgcataaatccttccccttgaaaaagtcttgcaatagatcctgcactttgggaatcctagatgagccacccacaagaacaacgtc 284  Q
    | || ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||||   |||||| | |||||||||||||||||| || |||||||| ||||| ||||| ||    
T  27831351 caggattgatgctcttgcacaaatcctttcccttgaaaaagtccgccaatagctgctgcactttgggaatccttgaagagccaccaacaaggacaacatc 27831252  T
Q  285 atcaatatcaccaatgtgcatctttgaatcaccgagacaattctcaacagttttcatacactcattgaaaaggtccatattaatttcctcaaacttggca 384  Q
    ||| |||  ||   ||| |||||| || |||  ||||||| |||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||    
T  27831251 atctatactactcttgtccatcttagagtcagtgagacaactctcaacagtctccatacattcattgaaaaggtccatattgatttcctcaaactttgca 27831152  T
Q  385 cgggtgattgatgaagaaaagtcaattccctgaaataaagaatctacctctacagtggtgacaaaagcaaaagagagtgtcctctttgccctctcacatg 484  Q
    || |||||   |||| | |||||||| |||| |||||| | ||||| ||| | ||| ||| ||| || ||||||||||||||| |||||| ||||||||     
T  27831151 cgagtgatcattgaaaagaagtcaatgccctcaaataaggcatctatctcaatagtagtgtcaacagaaaaagagagtgtcctttttgccttctcacatt 27831052  T
Q  485 cagttctcaacctcctcaaggctcttggattcccacttatgtccac 530  Q
      ||||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  27831051 aggttctcagcctcctcaaggctcttgggttcccactaatgtccac 27831006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 136; E-Value: 1e-70
Query Start/End: Original strand, 104 - 519
Target Start/End: Original strand, 17267550 - 17267965
Alignment:
Q  104 tcaacaccaagtctgggacattcttaaagccttcactcaaaatagcagcttgaacagctgcaccgtaagcaacagcttcatccgggttgatacttttgca 203  Q
    |||||||||||| ||| |||||||| | || | |||| || | |||||| |||||||| ||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  17267550 tcaacaccaagtttggaacattcttgacgcttccacttaacaaagcagcctgaacagcagcaccataagcaacagcctcatcagggttgatacttttgca 17267649  T
Q  204 taaatccttccccttgaaaaagtcttgcaatagatcctgcactttgggaatcctagatgagccacccacaagaacaacgtcatcaatatcaccaatgtgc 303  Q
    ||| |||||||||||||| ||||  |||||||| | ||||||||| ||||||||||| || ||||| ||||| ||||| |||||||     |   |||      
T  17267650 taattccttccccttgaagaagttctgcaatagttgctgcactttcggaatcctagaagacccaccaacaaggacaacatcatcaactctgctcttgtca 17267749  T
Q  304 atctttgaatcaccgagacaattctcaacagttttcatacactcattgaaaaggtccatattaatttcctcaaacttggcacgggtgattgatgaagaaa 403  Q
    ||||| | |||||  ||||| ||||||||| | | ||| |||||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||    
T  17267750 atcttagcatcactaagacacttctcaacaatctccatgcactcatcaaaaaggtccatattgatttcctcaaacttggcacgagtgattgacgaagaaa 17267849  T
Q  404 agtcaattccctgaaataaagaatctacctctacagtggtgacaaaagcaaaagagagtgtcctctttgccctctcacatgcagttctcaacctcctcaa 503  Q
    | ||||  |||| ||||||||  |||||||| ||| |||| ||| | || ||||| |||||||| |||||  | |||||||||||||||||||||||||     
T  17267850 aatcaacacccttaaataaagcgtctacctcaacattggtcacagaggcgaaagaaagtgtcctttttgctttttcacatgcagttctcaacctcctcat 17267949  T
Q  504 ggctcttggattccca 519  Q
    |||| |||| ||||||    
T  17267950 ggcttttgggttccca 17267965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 104 - 529
Target Start/End: Original strand, 17259852 - 17260277
Alignment:
Q  104 tcaacaccaagtctgggacattcttaaagccttcactcaaaatagcagcttgaacagctgcaccgtaagcaacagcttcatccgggttgatacttttgca 203  Q
    |||||||||||| ||| |||||||| | || | |||| || | |||||| |||||||| ||||| ||||||||||| ||||| |||||||| || |||||    
T  17259852 tcaacaccaagtttggaacattcttgacgcttccacttaacaaagcagcctgaacagcagcaccataagcaacagcctcatcagggttgatgctcttgca 17259951  T
Q  204 taaatccttccccttgaaaaagtcttgcaatagatcctgcactttgggaatcctagatgagccacccacaagaacaacgtcatcaatatcaccaatgtgc 303  Q
    ||| ||||| |||||||| || || |||||||| | ||||||||| ||||||||||| || ||||| ||||| ||||| ||||||||    |   |||      
T  17259952 taattccttacccttgaagaaatcctgcaatagttgctgcactttcggaatcctagaagatccaccaacaaggacaacatcatcaattctgctcttgtca 17260051  T
Q  304 atctttgaatcaccgagacaattctcaacagttttcatacactcattgaaaaggtccatattaatttcctcaaacttggcacgggtgattgatgaagaaa 403  Q
    |||||   |||||  ||||| ||||||||| | | ||| |||||||  |||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||    
T  17260052 atcttaccatcactaagacacttctcaacaatctccatgcactcataaaaaaggtccatattgatttcttcaaacttggcacgagtgattgacgaagaaa 17260151  T
Q  404 agtcaattccctgaaataaagaatctacctctacagtggtgacaaaagcaaaagagagtgtcctctttgccctctcacatgcagttctcaacctcctcaa 503  Q
    | | ||  |||| ||||||||  |||||||| ||| |||| ||| | |||||||| |||||||| |||||  | ||||||||||||||||||||||| ||    
T  17260152 aattaacacccttaaataaagcgtctacctcaacattggtcacagaggcaaaagaaagtgtcctttttgctttttcacatgcagttctcaacctccttaa 17260251  T
Q  504 ggctcttggattcccacttatgtcca 529  Q
    |||| |||| |||||| | |||||||    
T  17260252 ggcttttgggttcccaataatgtcca 17260277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 115; E-Value: 4e-58
Query Start/End: Original strand, 77 - 511
Target Start/End: Original strand, 6789096 - 6789530
Alignment:
Q  77 taccaagcgacaatggggtaacatctctcaacaccaagtctgggacattcttaaagccttcactcaaaatagcagcttgaacagctgcaccgtaagcaac 176  Q
    ||||||| ||||| || |||||||||  || |||||||| ||| ||| ||||| ||||||| ||||| | |||||| || ||||||||||||||||||||    
T  6789096 taccaagagacaacggtgtaacatcttgcagcaccaagtttggaacactcttagagccttcgctcaacaaagcagcctggacagctgcaccgtaagcaac 6789195  T
Q  177 agcttcatccgggttgatacttttgcataaatccttccccttgaaaaagtcttgcaatagatcctgcactttgggaatcctagatgagccacccacaaga 276  Q
    ||| ||||| |||||||| ||  |||| |||||||| ||| ||||||  ||||||||||| |  |||||||||||||| ||||| || ||||| |||||     
T  6789196 agcctcatcagggttgatgctcatgcacaaatcctttcccatgaaaacttcttgcaatagttgttgcactttgggaattctagaagacccaccaacaagg 6789295  T
Q  277 acaacgtcatcaatatcaccaatgtgcatctttgaatcaccgagacaattctcaacagttttcatacactcattgaaaaggtccatattaatttcctcaa 376  Q
    ||||| ||||  | |  ||   ||| |||||| |  ||| | |||||| ||||||| || |||||||||||||| ||||  |||||||| ||||||||||    
T  6789296 acaacatcatttacaatactcttgtccatcttagcgtcaacaagacaactctcaacggtcttcatacactcattaaaaatatccatattgatttcctcaa 6789395  T
Q  377 acttggcacgggtgattgatgaagaaaagtcaattccctgaaataaagaatctacctctacagtggtgacaaaagcaaaagagagtgtcctctttgccct 476  Q
    ||||||| || || | |||||||   ||||| || |||||||||||||| |||||||| | ||| ||||| | | |||||||||||  ||| || |||||    
T  6789396 acttggcccgagtaagtgatgaaatgaagtcgatgccctgaaataaagagtctacctcaatagtagtgacgacaacaaaagagagtacccttttggccct 6789495  T
Q  477 ctcacatgcagttctcaacctcctcaaggctcttg 511  Q
     ||||| |||||||||||||| || ||||| ||||    
T  6789496 ttcacacgcagttctcaaccttcttaaggcccttg 6789530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 111; E-Value: 9e-56
Query Start/End: Original strand, 75 - 540
Target Start/End: Original strand, 3146846 - 3147311
Alignment:
Q  75 gataccaagcgacaatggggtaacatctctcaacaccaagtctgggacattcttaaagccttcactcaaaatagcagcttgaacagctgcaccgtaagca 174  Q
    ||||||||| ||||| || | |||||||  || |||||||| ||| ||||| |||||| |||||||||| | ||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  3146846 gataccaagagacaaaggagcaacatcttgcaccaccaagtttggaacatttttaaagtcttcactcaacaaagcagcttgcacagctgcaccataagca 3146945  T
Q  175 acagcttcatccgggttgatacttttgcataaatccttccccttgaaaaagtcttgcaatagatcctgcactttgggaatcctagatgagccacccacaa 274  Q
    || || ||||| |||||||| || || || | || ||||||    ||||| || |||||||| |  |||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||    
T  3146946 acggcctcatcagggttgatgctgttacacagatgcttccctgcaaaaaattcctgcaatagttgttgcacttttggaattctagacgagccaccgacaa 3147045  T
Q  275 gaacaacgtcatcaatatcaccaatgtgcatctttga-atcaccgagacaattctcaacagttttcatacactcattgaaaaggtccatattaatttcct 373  Q
    | || || ||||  ||| |||   ||| ||| || || |||| ||| |||| ||| |||||||| || ||||||| ||||||| |||||||| |||||||    
T  3147046 ggacgacatcatgtatagcacttttgtccat-ttcgacatcagcgaaacaactcttaacagtttccaaacactcagtgaaaagatccatattgatttcct 3147144  T
Q  374 caaacttggcacgggtgattgatgaagaaaagtcaattccctgaaataaagaatctacctctacagtggtgacaaaagcaaaagagagtgtcctctttgc 473  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| | ||||||| |||||||||||||||||||| ||| |  |||||||  | ||||||||| ||| | |  |||||    
T  3147145 caaacttggcacgagtgattgatgaaaataagtcaaatccctgaaataaagaatctatctcaatggtggtgatgacagcaaaagatagtattcgttttgc 3147244  T
Q  474 cctctcacatgcagttctcaacctcctcaaggctcttggattcccacttatgtccaccttattcttc 540  Q
     || ||||| || ||| |||||||||| ||||||||||  ||| |||| ||||| ||||| ||||||    
T  3147245 tctttcacacgccgttttcaacctccttaaggctcttgagttctcactaatgtctaccttgttcttc 3147311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 304 - 540
Target Start/End: Complemental strand, 13333813 - 13333577
Alignment:
Q  304 atctttgaatcaccgagacaattctcaacagttttcatacactcattgaaaaggtccatattaatttcctcaaacttggcacgggtgattgatgaagaaa 403  Q
    ||||||||||| | ||||||| | |||||| | |||||||||||  |||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  13333813 atctttgaatccctgagacaactgtcaacaatattcatacactcgatgaaaaagtctatattaatttcctcaaatttggcacgagtgattgatgaagaaa 13333714  T
Q  404 agtcaattccctgaaataaagaatctacctctacagtggtgacaaaagcaaaagagagtgtcctctttgccctctcacatgcagttctcaacctcctcaa 503  Q
    |||| ||||||  |||||||| |||||| || |||||||||||||||| ||| |||||| |||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||    
T  13333713 agtcgattcccataaataaagcatctacttcaacagtggtgacaaaagaaaaggagagtatccttttttccctctcacaggcagttctcaacctccttaa 13333614  T
Q  504 ggctcttggattcccacttatgtccaccttattcttc 540  Q
    || | |||| |||||||| || || || |||||||||    
T  13333613 ggattttgggttcccactgatatcgacgttattcttc 13333577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 86; E-Value: 7e-41
Query Start/End: Original strand, 72 - 517
Target Start/End: Original strand, 8569890 - 8570335
Alignment:
Q  72 tgagataccaagcgacaatggggtaacatctctcaacaccaagtctgggacattcttaaagccttcactcaaaatagcagcttgaacagctgcaccgtaa 171  Q
    ||||| |||||| |||||||| |||||||||| ||| ||||||| ||| ||| |||||| || ||||||    | | |||| |||| |||||||||||||    
T  8569890 tgagacaccaagtgacaatggtgtaacatctcgcaaaaccaagtttggaacactcttaacgctttcactatgcaaaacagcctgaatagctgcaccgtaa 8569989  T
Q  172 gcaacagcttcatccgggttgatacttttgcataaatccttccccttgaaaaagtcttgcaatagatcctgcactttgggaatcctagatgagccaccca 271  Q
    |||||||| ||||| ||||| || || |||||||| |||||||||| |||||| ||||| ||||| | |  |||||| ||||||||||| || ||||| |    
T  8569990 gcaacagcctcatcagggttaatgctgttgcataattccttcccctggaaaaactcttgtaatagctgcctcactttaggaatcctagaagaaccaccaa 8570089  T
Q  272 caagaacaacgtcatcaatatcaccaatgtgcatctttgaatcaccgagacaattctcaacagttttcatacactcattgaaaaggtccatattaatttc 371  Q
    |||| ||||| ||||| | |  |    | | |||||| | |||| | |||||| | | |||||||| ||||||||  |  || |||| |||||| |||||    
T  8570090 caaggacaacatcatctacactattcttttccatcttagcatcagcaagacaactattaacagtttccatacacttttcaaagaggttcatattcatttc 8570189  T
Q  372 ctcaaacttggcacgggtgattgatgaagaaaagtcaattccctgaaataaagaatctacctctacagtggtgacaaaagcaaaagagagtgtcctcttt 471  Q
    |||||||||||| ||||| |||||||||   ||||||||||||| | ||| || ||||| ||| |  ||||   ||  | || | || |||||||| |||    
T  8570190 ctcaaacttggcccgggttattgatgaactgaagtcaattcccttatatatagcatctagctcaattgtggcctcagtatcatatgaaagtgtccttttt 8570289  T
Q  472 gccctctcacatgcagttctcaacctcctcaaggctcttggattcc 517  Q
    ||||||||||| || ||||| ||||||||||||||| |||| ||||    
T  8570290 gccctctcacaagctgttcttaacctcctcaaggcttttgggttcc 8570335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 85 - 540
Target Start/End: Original strand, 8646469 - 8646924
Alignment:
Q  85 gacaatggggtaacatctctcaacaccaagtctgggacattcttaaagccttcactcaaaatagcagcttgaacagctgcaccgtaagcaacagcttcat 184  Q
    ||||||||||| ||||||   |||||||||| |||  ||||||||||||| ||||  || | |||||| ||||| ||||| || |||||||| ||  |||    
T  8646469 gacaatggggtgacatcttgaaacaccaagtttggagcattcttaaagccatcacataataaagcagcctgaacggctgcgccataagcaacggccacat 8646568  T
Q  185 ccgggttgatacttttgcataaatccttccccttgaaaaagtcttgcaatagatcctgcactttgggaatcctagatgagccacccacaagaacaacgtc 284  Q
    | |||||||| || | |||||| |||||| | |||||||| || | ||  |  |  || ||||| ||||| ||||| |||||||| ||||||||||| ||    
T  8646569 cagggttgatgctctcgcataattccttctcattgaaaaactccttcagcatctgttgtacttttggaattctagaggagccaccaacaagaacaacatc 8646668  T
Q  285 atcaatatcaccaatgtgcatctttgaatcaccgagacaattctcaacagttttcatacactcattgaaaaggtccatattaatttcctcaaacttggca 384  Q
    ||  |||  ||   ||| |||||| | ||||    ||||| |||||||||||| || ||| ||  |||| || |||||||| ||| | ||||| ||||||    
T  8646669 atggatagaactcttgtccatcttggcatcattatgacaactctcaacagtttccaaacattcgatgaacagatccatattgattgcgtcaaatttggca 8646768  T
Q  385 cgggtgattgatgaagaaaagtcaattccctgaaataaagaatctacctctacagtggtgacaaaagcaaaagagagtgtcctctttgccctctcacatg 484  Q
    || ||||||||||||  ||||||||| || | ||||||||||||||  || |  ||||||  | |||||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||    
T  8646769 cgagtgattgatgaaataaagtcaatgccattaaataaagaatctaattcaatggtggtgcaagaagcaaaagatagtgtcctttttgctctctcgcatg 8646868  T
Q  485 cagttctcaacctcctcaaggctcttggattcccacttatgtccaccttattcttc 540  Q
    | |||||||||||||| ||||||||||  || ||| | ||||||||||| ||||||    
T  8646869 ccgttctcaacctccttaaggctcttgagtttccagtaatgtccaccttgttcttc 8646924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 83; E-Value: 5e-39
Query Start/End: Original strand, 16 - 196
Target Start/End: Complemental strand, 13334010 - 13333833
Alignment:
Q  16 acaggtatggaagtgttcctaggaatcacaacactcatgacatgatcaacatcggctgagataccaagcgacaatggggtaacatctctcaacaccaagt 115  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||   |   |||| |||||||| || |||||| |||||||||  | ||||||||    
T  13334010 acagggatggaagtgttcctaggaatcacaacattcatgatatgttca---tatactgaaataccaagtgataatgggataacatctcgtagcaccaagt 13333914  T
Q  116 ctgggacattcttaaagccttcactcaaaatagcagcttgaacagctgcaccgtaagcaacagcttcatccgggttgatac 196  Q
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  13333913 tcgggacagtcttaaagccttcactcaaaatagcagcctgaacagctgcaccataagcaacagcctcatctgggttgatac 13333833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 81; E-Value: 7e-38
Query Start/End: Original strand, 79 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 7878315 - 7878107
Alignment:
Q  79 ccaagcgacaatggggtaacatctctcaacaccaagtctgggacattcttaaagccttcactcaaaatagcagcttgaacagctgcaccgtaagcaacag 178  Q
    ||||| |||||||| |||||||||  ||||||||| |  || ||||||||||  || ||||  |  | |||||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  7878315 ccaagagacaatggagtaacatcttgcaacaccaaattaggaacattcttaataccatcacaaagcagagcagcctgaacagctgcaccataagcaacag 7878216  T
Q  179 cttcatccgggttgatacttttgcataaatccttccccttgaaaaagtcttgcaatagatcctgcactttgggaatcctagatgagccacccacaagaac 278  Q
    |||||||||||||||| ||  |||| | |||||||||||| |||||||| |||||||| | |||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||| ||    
T  7878215 cttcatccgggttgatgctactgcaaatatccttccccttaaaaaagtcctgcaatagctgctgcactttgagaatcctagatgatccaccaacaagtac 7878116  T
Q  279 aacgtcatc 287  Q
    ||| |||||    
T  7878115 aacatcatc 7878107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 95 - 399
Target Start/End: Original strand, 8537638 - 8537942
Alignment:
Q  95 taacatctctcaacaccaagtctgggacattcttaaagccttcactcaaaatagcagcttgaacagctgcaccgtaagcaacagcttcatccgggttgat 194  Q
    ||||||||| || ||||||||  || ||| |||||| |||| | ||||| | |||||| || ||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  8537638 taacatctcgcagcaccaagttcggaacagtcttaatgcctccgctcaacaaagcagcctggacagcagcaccataagcaacagcttcatcagggttgat 8537737  T
Q  195 acttttgcataaatccttccccttgaaaaagtcttgcaatagatcctgcactttgggaatcctagatgagccacccacaagaacaacgtcatcaatatca 294  Q
     |||||  | | |||||||||| ||||||||| |||||  |||  ||||||||||||||||||||| |||||||| || || ||||| ||||| |||  |    
T  8537738 gcttttaaaaatatccttccccctgaaaaagttttgcagcagactctgcactttgggaatcctagaagagccaccaactagtacaacatcatccatacta 8537837  T
Q  295 ccaatgtgcatctttgaatcaccgagacaattctcaacagttttcatacactcattgaaaaggtccatattaatttcctcaaacttggcacgggtgattg 394  Q
    | | ||| |||||| | ||||   | |||| ||| |||||||||||||||||  |  || |||||||| || | || |||||||||||| || |||||||    
T  8537838 ctactgtccatcttagcatcattaaaacaactcttaacagttttcatacacttttcaaagaggtccatgttgagttgctcaaacttggcccgagtgattg 8537937  T
Q  395 atgaa 399  Q
    |||||    
T  8537938 atgaa 8537942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 78 - 410
Target Start/End: Original strand, 8575911 - 8576243
Alignment:
Q  78 accaagcgacaatggggtaacatctctcaacaccaagtctgggacattcttaaagccttcactcaaaatagcagcttgaacagctgcaccgtaagcaaca 177  Q
    ||||| |||||| || ||||||||||  |||||||||| ||| |||||||||  |||||||||||| | ||||||||| ||| | ||||| |||||||||    
T  8575911 accaaacgacaacggtgtaacatctcgtaacaccaagtttggaacattcttactgccttcactcaacaaagcagcttggacaacagcaccataagcaaca 8576010  T
Q  178 gcttcatccgggttgatacttttgcataaatccttccccttgaaaaagtcttgcaatagatcctgcactttgggaatcctagatgagccacccacaagaa 277  Q
    || ||||| |||||||| || || ||||| ||||||||||||||||  || || ||||| |    |||||| ||||||||||| || ||||| ||||| |    
T  8576011 gcctcatcagggttgatgctcttacataattccttccccttgaaaacctcctgtaatagctgtctcactttaggaatcctagaagaaccaccaacaagga 8576110  T
Q  278 caacgtcatcaatatcaccaatgtgcatctttgaatcaccgagacaattctcaacagttttcatacactcattgaaaaggtccatattaatttcctcaaa 377  Q
    |||| ||||| | |  |    ||| |||||| | |||| | |||||| | | |||||| ||||||||||  |  || |||| |||||| |||||||||||    
T  8576111 caacatcatctacactattcttgtccatcttagcatcagcaagacaaatattaacagtattcatacacttttcaaagaggttcatattcatttcctcaaa 8576210  T
Q  378 cttggcacgggtgattgatgaagaaaagtcaat 410  Q
    |||||| ||||| ||||| ||| | ||||||||    
T  8576211 cttggcccgggttattgaggaacagaagtcaat 8576243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 137 - 286
Target Start/End: Original strand, 8102311 - 8102460
Alignment:
Q  137 cactcaaaatagcagcttgaacagctgcaccgtaagcaacagcttcatccgggttgatacttttgcataaatccttccccttgaaaaagtcttgcaatag 236  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| || || |||||||| ||||||||||  ||||| || ||||| ||||||||||| ||    
T  8102311 cactcaagatagcagcttgaacagcggcaccataagcaacagcctcgtcggggttgatgcttttgcatagctccttaccattgaagaagtcttgcaacag 8102410  T
Q  237 atcctgcactttgggaatcctagatgagccacccacaagaacaacgtcat 286  Q
     | ||| |||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||| ||||    
T  8102411 ttgctgaactttgggaatcctagttgaaccaccaacaagaacaacatcat 8102460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 74 - 507
Target Start/End: Original strand, 8545214 - 8545647
Alignment:
Q  74 agataccaagcgacaatggggtaacatctctcaacaccaagtctgggacattcttaaagccttcactcaaaatagcagcttgaacagctgcaccgtaagc 173  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||||||  | ||||| || |||||||||||||  | |||||||||  | |||||| || ||||||||||| |||||    
T  8545214 agataccaagtgacaaaggggtaacatctcgtagcaccatgtttgggacattcttattgtcttcactcagcaaagcagcctggacagctgcaccataagc 8545313  T
Q  174 aacagcttcatccgggttgatacttttgcataaatccttccccttgaaaaagtcttgcaatagatcctgcactttgggaatcctagatgagccacccaca 273  Q
    |||||| ||||| ||||| || || |||||||| ||||||||||| ||||| || || ||||| |    |||||| ||||||||||| || || || |||    
T  8545314 aacagcctcatcagggttaatgctcttgcataattccttccccttaaaaaactcctgtaatagctgtctcactttaggaatcctagaagaaccgccaaca 8545413  T
Q  274 agaacaacgtcatcaatatcaccaatgtgcatctttgaatcaccgagacaattctcaacagttttcatacactcattgaaaaggtccatattaatttcct 373  Q
    || ||||| ||||| | |  |||  ||| |||||| | |||| | ||||||   | |||||| | ||||||||  |  || ||||||||||| | || ||    
T  8545414 aggacaacatcatctacactacccttgtccatcttagcatcaacaagacaacaattaacagtgtccatacacttttcaaagaggtccatattcaattgct 8545513  T
Q  374 caaacttggcacgggtgattgatgaagaaaagtcaattccctgaaataaagaatctacctctacagtggtgacaaaagcaaaagagagtgtcctctttgc 473  Q
    |||||||||| || |||||  ||||| |||||||||| || ||| |||||| |||||  || |  ||||   ||    |  | || |||||||| |||||    
T  8545514 caaacttggcccgagtgatgcatgaacaaaagtcaataccttgatataaagcatctaggtcaattgtggcctcagtgtcgtatgaaagtgtcctttttgc 8545613  T
Q  474 cctctcacatgcagttctcaacctcctcaaggct 507  Q
    | ||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  8545614 cttctcacaggcagttctcaacctcctcaaggct 8545647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 71 - 512
Target Start/End: Complemental strand, 8586296 - 8585855
Alignment:
Q  71 ctgagataccaagcgacaatggggtaacatctctcaacaccaagtctgggacattcttaaagccttcactcaaaatagcagcttgaacagctgcaccgta 170  Q
    ||||||||||||| ||||  ||||||||||||| || |||||||| ||| || ||||||||| ||| || ||  | || ||| ||||| || || ||       
T  8586296 ctgagataccaagtgacagaggggtaacatctcgcagcaccaagtttggaactttcttaaagtctttacacagcaaagaagcctgaactgcagccccact 8586197  T
Q  171 agcaacagcttcatccgggttgatacttttgcataaatccttccccttgaaaaagtcttgcaatagatcctgcactttgggaatcctagatgagccaccc 270  Q
    ||||||||| ||||| || |||||  | ||||||||||| ||||| ||||| |||||   |||||| ||||| ||||||||||| || || ||||||||     
T  8586196 agcaacagcctcatcaggattgatgttcttgcataaatctttcccattgaagaagtcactcaatagttcctgtactttgggaattctggacgagccaccg 8586097  T
Q  271 acaagaacaacgtcatcaatatcaccaatgtgcatctttgaatcaccgagacaattctcaacagttttcatacactcattgaaaaggtccatattaattt 370  Q
    ||||| ||||  || || | | ||    | |  ||||| |||||    |||||| |||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  8586096 acaaggacaatatcgtctacaccattcttctctatcttagaatcggtaagacaactctcaacagtatttatacactcattaaaaaggtccatattgattt 8585997  T
Q  371 cctcaaacttggcacgggtgattgatgaagaaaagtcaattccctgaaataaagaatctacctctacagtggtgacaaaagcaaaagagagtgtcctctt 470  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||||||| || || |  |||| | ||||| |||| |  || | ||| ||||| ||    ||||| |||||||| ||    
T  8585996 cctcaaacttgacacgcgtgattgatgaagagaaatcgacgccctcacataaataatcaatttcaatagtagtgaccaatttgaaagaaagtgtcctttt 8585897  T
Q  471 tgccctctcacatgcagttctcaacctcctcaaggctcttgg 512  Q
    |||| | |||||||| ||||| |||| |||||| ||||||||    
T  8585896 tgccttttcacatgccgttcttaaccgcctcaaagctcttgg 8585855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 147 - 287
Target Start/End: Original strand, 8590292 - 8590432
Alignment:
Q  147 agcagcttgaacagctgcaccgtaagcaacagcttcatccgggttgatacttttgcataaatccttccccttgaaaaagtcttgcaatagatcctgcact 246  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||| || ||| | | |||||||||| | ||||||||||||||||| | |||||||    
T  8590292 agcagcttgaacagctgcaccataagcaacagcctcatctggattgatgctattgtaaagatccttccccataaaaaagtcttgcaatagctgctgcact 8590391  T
Q  247 ttgggaatcctagatgagccacccacaagaacaacgtcatc 287  Q
    |||||||||||||| || ||||| ||||| ||||| |||||    
T  8590392 ttgggaatcctagaagaaccaccaacaagtacaacatcatc 8590432  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 74 - 401
Target Start/End: Original strand, 8616259 - 8616589
Alignment:
Q  74 agataccaagcgacaatggggtaacatctctcaacaccaagtctgggacattcttaaagccttcact---caaaatagcagcttgaacagctgcaccgta 170  Q
    |||||||||| ||||  ||||||||||||| || | |||||| ||| |||||||||||| ||  | |   ||| | |||||| ||||| ||||| ||       
T  8616259 agataccaagtgacagaggggtaacatctcgcagcgccaagtttggaacattcttaaagtctgtagtacccaacaaagcagcctgaactgctgccccact 8616358  T
Q  171 agcaacagcttcatccgggttgatacttttgcataaatccttccccttgaaaaagtcttgcaatagatcctgcactttgggaatcctagatgagccaccc 270  Q
    ||||||||| ||||| || |||||  | ||||| ||||||||||| | |||||||||   |||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||     
T  8616359 agcaacagcctcatcaggattgatgttcttgcacaaatccttcccatcgaaaaagtcactcaatagttcctgcactttaggaatcctagacgagccaccg 8616458  T
Q  271 acaagaacaacgtcatcaatatcaccaatgtgcatctttgaatcaccgagacaattctcaacagttttcatacactcattgaaaaggtccatattaattt 370  Q
    ||||||||||  ||||| | |  ||   | |  ||||| ||||||   | |||| |||||||||| || |||||||| || |||||||||||||| ||||    
T  8616459 acaagaacaatatcatctacactactcttctctatcttagaatcattaaaacaactctcaacagtctttatacactcgttaaaaaggtccatattgattt 8616558  T
Q  371 cctcaaacttggcacgggtgattgatgaaga 401  Q
    ||||||||||  |||| ||||||||||||||    
T  8616559 cctcaaacttaacacgagtgattgatgaaga 8616589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #23
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 76 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 29578257 - 29578053
Alignment:
Q  76 ataccaagcgacaatggggtaacatctctcaacaccaagtctgggacattcttaaagccttcactcaaaatagcagcttgaacagctgcaccgtaagcaa 175  Q
    |||||||||||||| || |||| ||||| ||| ||||| | ||| |||||||||| ||| ||| |||| | |||||| || ||||||||||| |||||||    
T  29578257 ataccaagcgacaagggtgtaatatctcgcaagaccaaatttggaacattcttaatgccatcaatcaacaaagcagcctgcacagctgcaccataagcaa 29578158  T
Q  176 cagcttcatccgggttgatacttttgcataaatccttccccttgaaaaagtcttgcaatagatcctgcactttgggaatcctagatgagccacccacaag 275  Q
    |||| || || ||||| || ||  |||| |||||| | ||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||||| |||||||| || || |||||    
T  29578157 cagcctcgtcagggtttatgctcatgcacaaatccctacccttgaaaaagtcttgcaatagtttccgcactttgggaattctagatgaacctccaacaag 29578058  T
Q  276 aacaa 280  Q
     ||||    
T  29578057 gacaa 29578053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #24
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 115 - 269
Target Start/End: Complemental strand, 29582387 - 29582233
Alignment:
Q  115 tctgggacattcttaaagccttcactcaaaatagcagcttgaacagctgcaccgtaagcaacagcttcatccgggttgatacttttgcataaatccttcc 214  Q
    ||||| ||||||| || ||||||| |||  | |||||| || ||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| ||  |||| ||||||||||    
T  29582387 tctggaacattctcaatgccttcaatcagcaaagcagcctgcacagctgcaccataagcaacagcctcatcagggttgatgctcatgcacaaatccttcc 29582288  T
Q  215 ccttgaaaaagtcttgcaatagatcctgcactttgggaatcctagatgagccacc 269  Q
    |||||||||| ||||||||||| |  |||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  29582287 ccttgaaaaattcttgcaatagctgatgcactttgggaattctagaagagccacc 29582233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #25
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 78 - 287
Target Start/End: Original strand, 8581285 - 8581494
Alignment:
Q  78 accaagcgacaatggggtaacatctctcaacaccaagtctgggacattcttaaagccttcactcaaaatagcagcttgaacagctgcaccgtaagcaaca 177  Q
    |||||| |||||||| |||||||||| ||| | ||||| ||| ||| |||||| ||||||||| |  | |||||| |||| ||| ||||| |||||||||    
T  8581285 accaagtgacaatggtgtaacatctcgcaaaatcaagtttggaacactcttaatgccttcactaaccaaagcagcctgaatagcagcaccataagcaaca 8581384  T
Q  178 gcttcatccgggttgatacttttgcataaatccttccccttgaaaaagtcttgcaatagatcctgcactttgggaatcctagatgagccacccacaagaa 277  Q
    || ||||| |||||||| || |||||||| |||||||||| |||||| || || ||||| |    |||||| ||||||||||| || ||||| ||||| |    
T  8581385 gcctcatcagggttgatgctcttgcataattccttcccctggaaaaactcctgtaatagctgtctcactttaggaatcctagaagaaccaccaacaagga 8581484  T
Q  278 caacgtcatc 287  Q
    |||| |||||    
T  8581485 caacatcatc 8581494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #26
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 76 - 287
Target Start/End: Original strand, 8609500 - 8609711
Alignment:
Q  76 ataccaagcgacaatggggtaacatctctcaacaccaagtctgggacattcttaaagccttcactcaaaatagcagcttgaacagctgcaccgtaagcaa 175  Q
    |||||||| ||||| || |||||||||| || |||||||| ||| ||    || | |||||||| ||| | |||||| || ||||| ||||| |||||||    
T  8609500 ataccaagtgacaaaggtgtaacatctcgcagcaccaagtttggaactgatttgatgccttcacccaacaaagcagcctggacagcagcaccataagcaa 8609599  T
Q  176 cagcttcatccgggttgatacttttgcataaatccttccccttgaaaaagtcttgcaatagatcctgcactttgggaatcctagatgagccacccacaag 275  Q
    | || ||||| |||||||| ||  | || |||||||| || |||||||||||||||| ||| | || |||||| ||||||||||| || || || |||||    
T  8609600 ccgcctcatcagggttgatgctcatacacaaatcctttccattgaaaaagtcttgcagtagctgcttcactttcggaatcctagaagaacctccaacaag 8609699  T
Q  276 aacaacgtcatc 287  Q
    |||||| |||||    
T  8609700 aacaacatcatc 8609711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #27
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 4 - 151
Target Start/End: Complemental strand, 8671755 - 8671608
Alignment:
Q  4 tttgtctttgccacaggtatggaagtgttcctaggaatcacaacactcatgacatgatcaacatcggctgagataccaagcgacaatggggtaacatctc 103  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||| ||| ||||     || |  |||||||| |||||||| ||||||||||    
T  8671755 tttgtctttgtgacaggtatggaagtgtttcttggaatcaccacactcatgatatgttcaatccttgcagcaataccaagtgacaatggcgtaacatctc 8671656  T
Q  104 tcaacaccaagtctgggacattcttaaagccttcactcaaaatagcag 151  Q
      | ||||||||  |||||||||||||||||||  |||||||||||||    
T  8671655 gtagcaccaagttggggacattcttaaagcctttgctcaaaatagcag 8671608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #28
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 137 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 8017937 - 8017788
Alignment:
Q  137 cactcaaaatagcagcttgaacagctgcaccgtaagcaacagcttcatccgggttgatacttttgcataaatccttccccttgaaaaagtcttgcaatag 236  Q
    |||||||||| || ||||| ||||| ||||| ||||||||||| || || ||||||||||| ||||| |  || || || ||||| || |||||||| ||    
T  8017937 cactcaaaattgctgcttgtacagcggcaccataagcaacagcctcgtctgggttgatactcttgcaaagctctttaccattgaagaaatcttgcaacag 8017838  T
Q  237 atcctgcactttgggaatcctagatgagccacccacaagaacaacgtcat 286  Q
     | ||| ||||||||||| |||| ||| || || ||||||||||| ||||    
T  8017837 ttgctgaactttgggaattctagttgaaccgccaacaagaacaacatcat 8017788  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #29
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 319 - 386
Target Start/End: Complemental strand, 8673963 - 8673896
Alignment:
Q  319 agacaattctcaacagttttcatacactcattgaaaaggtccatattaatttcctcaaacttggcacg 386  Q
    ||||||||||||||||||| || |||||| |||||||| |  ||||| ||||||||||||||||||||    
T  8673963 agacaattctcaacagtttccaaacactcgttgaaaagattgatattgatttcctcaaacttggcacg 8673896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #30
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 460 - 542
Target Start/End: Complemental strand, 7877934 - 7877852
Alignment:
Q  460 agtgtcctctttgccctctcacatgcagttctcaacctcctcaaggctcttggattcccacttatgtccaccttattcttcct 542  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| | ||| || || || ||||  |||||||| |||||||||||    
T  7877934 agtgtccttttagccctctcacatgcagttctcaacctcctaagggccctcgggtttccaccaatgtccactttattcttcct 7877852  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #31
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 460 - 542
Target Start/End: Complemental strand, 29582042 - 29581960
Alignment:
Q  460 agtgtcctctttgccctctcacatgcagttctcaacctcctcaaggctcttggattcccacttatgtccaccttattcttcct 542  Q
    ||||||||||||||||||||||| || ||||||| | |||| || ||| |||| |||||||| |||||||  || ||||||||    
T  29582042 agtgtcctctttgccctctcacaagctgttctcagcttccttaaagcttttgggttcccactaatgtccaaattgttcttcct 29581960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #32
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 460 - 500
Target Start/End: Original strand, 8609884 - 8609924
Alignment:
Q  460 agtgtcctctttgccctctcacatgcagttctcaacctcct 500  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  8609884 agtgtcctctttgccctctcacaagcagtcctcaacctcct 8609924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #33
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 160 - 292
Target Start/End: Complemental strand, 8636844 - 8636712
Alignment:
Q  160 gctgcaccgtaagcaacagcttcatccgggttgatacttttgcataaatccttccccttgaaaaagtcttgcaatagatcctgcactttgggaatcctag 259  Q
    ||||| || ||||||||||| ||||| | |||||| || || || |  |||||| |||| |||| ||| || ||||| | |||||| || ||||||||||    
T  8636844 gctgctccataagcaacagcctcatcagcgttgatgctcttacacagttccttcgccttaaaaatgtcctgtaatagttgctgcacctttggaatcctag 8636745  T
Q  260 atgagccacccacaagaacaacgtcatcaatat 292  Q
    | |||||||| ||||| ||||| ||||| ||||    
T  8636744 aggagccaccaacaaggacaacatcatctatat 8636712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #34
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 208 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 8383329 - 8383250
Alignment:
Q  208 tccttccccttgaaaaagtcttgcaatagatcctgcactttgggaatcctagatgagccacccacaagaacaacgtcatc 287  Q
    |||||||  |||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||| || || ||||| |  |||||||| |||||    
T  8383329 tccttccaattgaaaaagtgttgcaatagctcttgcactttgggaatcctcgaagaaccaccgatgagaacaacatcatc 8383250  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #35
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 76 - 175
Target Start/End: Original strand, 8558966 - 8559065
Alignment:
Q  76 ataccaagcgacaatggggtaacatctctcaacaccaagtctgggacattcttaaagccttcactcaaaatagcagcttgaacagctgcaccgtaagcaa 175  Q
    |||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||| || ||| |||||||||  | ||||||| |  | | |||| || ||||||||||| |||||||    
T  8558966 ataccaagggacaaaggggtaacatctctcagcaccatgtttggaacattcttagtgtcttcactaagcaaaacagcctggacagctgcaccataagcaa 8559065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #36
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 352 - 410
Target Start/End: Original strand, 8664919 - 8664977
Alignment:
Q  352 aaaaggtccatattaatttcctcaaacttggcacgggtgattgatgaagaaaagtcaat 410  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| | ||||| || ||||||||| |||| |||||    
T  8664919 aaaaggtccatattgatttcctcaaacctcgcacgagttattgatgaacaaaattcaat 8664977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #37
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 16 - 58
Target Start/End: Original strand, 17259762 - 17259804
Alignment:
Q  16 acaggtatggaagtgttcctaggaatcacaacactcatgacat 58  Q
    ||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  17259762 acaggaattgaagtgttcctaggaatcaccacactcatgacat 17259804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #38
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 16 - 58
Target Start/End: Original strand, 17267465 - 17267507
Alignment:
Q  16 acaggtatggaagtgttcctaggaatcacaacactcatgacat 58  Q
    ||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  17267465 acaggaattgaagtgttcctaggaatcaccacactcatgacat 17267507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #39
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 460 - 542
Target Start/End: Complemental strand, 29577873 - 29577791
Alignment:
Q  460 agtgtcctctttgccctctcacatgcagttctcaacctcctcaaggctcttggattcccacttatgtccaccttattcttcct 542  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||||| | |||| || ||| |||| |||  ||| |||||||| || ||||||||    
T  29577873 agtgccctctttgccctctcacaagcagttctcagcttccttaaagcttttgggttcaaactaatgtccacattgttcttcct 29577791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #40
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 460 - 521
Target Start/End: Original strand, 8576293 - 8576354
Alignment:
Q  460 agtgtcctctttgccctctcacatgcagttctcaacctcctcaaggctcttggattcccact 521  Q
    |||||||| |||||| | ||||| ||||||||||||||||| |||||| ||| |||| ||||    
T  8576293 agtgtcctttttgccttttcacaagcagttctcaacctccttaaggcttttgaattctcact 8576354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #41
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 26 - 58
Target Start/End: Original strand, 6789048 - 6789080
Alignment:
Q  26 aagtgttcctaggaatcacaacactcatgacat 58  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  6789048 aagtgttcctaggaatcaccacactcatgacat 6789080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #42
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 355 - 415
Target Start/End: Original strand, 8609779 - 8609839
Alignment:
Q  355 aggtccatattaatttcctcaaacttggcacgggtgattgatgaagaaaagtcaattccct 415  Q
    |||||||| |||| || ||||||||| ||||| |||||||||||| |||| ||||| ||||    
T  8609779 aggtccatgttaagttgctcaaacttcgcacgagtgattgatgaacaaaaatcaataccct 8609839  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 254; Significance: 1e-141; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 254; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 75 - 540
Target Start/End: Complemental strand, 4679143 - 4678679
Alignment:
Q  75 gataccaagcgacaatggggtaacatctctcaacaccaagtctgggacattcttaaagccttcactcaaaatagcagcttgaacagctgcaccgtaagca 174  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||| || ||| || |  |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||    
T  4679143 gataccaagtgacaatggggtaacatctcgcagcacaaaattcgggacattcttaaaaccttcgctcaaaatagcagcttggatagctgcaccataagca 4679044  T
Q  175 acagcttcatccgggttgatacttttgcataaatccttccccttgaaaaagtcttgcaatagatcctgcactttgggaatcctagatgagccacccacaa 274  Q
    ||||| ||||| ||||||||||| ||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  4679043 acagcctcatctgggttgatactcttgcacaaatccttccgcttaaaaaagtcttgcaatagatcctgcactttgggaatcctcgatgaaccacccacaa 4678944  T
Q  275 gaacaacgtcatcaatatcaccaatgtgcatctttgaatcaccgagacaattctcaacagttttcatacactcattgaaaaggtccatattaatttcctc 374  Q
    ||||||| |||||||||| ||    | |||||||||||||||  |||||| ||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  4678943 gaacaacatcatcaatattactcccgcgcatctttgaatcactaagacaactcttaacagtttccatacactcgttgaaaaggtccatattaatttcctc 4678844  T
Q  375 aaacttggcacgggtgattgatgaagaaaagtcaattccctgaaataaagaatctacctctacagtggtgacaaaagcaaaagagagtgtcctctttgcc 474  Q
    |||||||||||| || || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||    
T  4678843 aaacttggcacgagtaatagatgaagaaaagtctattccctgaaataaagaatcta-ctcaacagtggtgacaaaggcgaaagagagtgtcctctttgcc 4678745  T
Q  475 ctctcacatgcagttctcaacctcctcaaggctcttggattcccacttatgtccaccttattcttc 540  Q
    ||||| || ||||||||||||||||| |||| | |||  |||  ||| |||||||| |||||||||    
T  4678744 ctctcgcaggcagttctcaacctccttaagggttttgcgttcttactaatgtccacattattcttc 4678679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 85 - 509
Target Start/End: Complemental strand, 34467364 - 34466945
Alignment:
Q  85 gacaatggggtaacatctctcaacaccaagtctgggacattcttaaagccttcactcaaaatagcagcttgaacagctgcaccgtaagcaacagcttcat 184  Q
    |||||||| |||||||||| || |||||||| ||| ||||| |||||||||| |||||| | ||||||||| ||||||||  | ||||| ||||| ||||    
T  34467364 gacaatggtgtaacatctcgcagcaccaagtttggaacattgttaaagcctttactcaacaaagcagcttgcacagctgcgacataagcgacagcctcat 34467265  T
Q  185 ccgggttgatacttttgcataaatccttccccttgaaaaagtcttgcaatagatcctgcactttgggaatcctagatgagccacccacaagaacaacgtc 284  Q
    | |||||||| || ||||||| |||||| || |||||||||||  ||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||| || ||||| ||| | ||    
T  34467264 cagggttgatgctattgcatagatccttaccattgaaaaagtcccgcaatagctgctgcactttgggaatcctagaagagcccccgacaaggacagcatc 34467165  T
Q  285 atcaatatcaccaatgtgcatctttgaatcaccgagacaattctcaacagttttcatac---actcattgaaaaggtccatattaatttcctcaaacttg 381  Q
    ||  | |  ||   ||| |||||| | |||| | |||||| || ||||| |  |||| |   | || || || | ||||||||| |||||||||||||||    
T  34467164 atgcacactactcgtgtccatcttagcatcaacaagacaactcacaacaatcctcatgcattaatctttaaagaagtccatattgatttcctcaaacttg 34467065  T
Q  382 gcacgggtgattgatgaagaaaagtcaattccctgaaataaagaatctacctctacagtggtgacaaaagcaaaagagagtgtcctctttgccctctcac 481  Q
    ||||| |||||||| |||   ||||||||| ||| | ||||||||||||  || ||||| | ||||||        ||||||||||||||||  |||| |    
T  34467064 gcacgagtgattgacgaatggaagtcaattacctcatataaagaatctatttcaacagtagcgacaaa--------agagtgtcctctttgcattctcgc 34466973  T
Q  482 atgcagttctcaacctcctcaaggctct 509  Q
    | |||||||||||||||||||| |||||    
T  34466972 acgcagttctcaacctcctcaaagctct 34466945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 81; E-Value: 7e-38
Query Start/End: Original strand, 108 - 540
Target Start/End: Original strand, 15594649 - 15595081
Alignment:
Q  108 caccaagtctgggacattcttaaagccttcactcaaaatagcagcttgaacagctgcaccgtaagcaacagcttcatccgggttgatacttttgcataaa 207  Q
    |||||||| ||| ||||| ||||| ||||||||||| | |||||| || ||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| ||  |||| ||     
T  15594649 caccaagtttggaacatttttaaaaccttcactcaacaaagcagcctggacagctgcaccataagcaacagcctcatcagggttgatgctcatgcacaat 15594748  T
Q  208 tccttccccttgaaaaagtcttgcaatagatcctgcactttgggaatcctagatgagccacccacaagaacaacgtcatcaatatcaccaatgtgcatct 307  Q
    ||||| |||| |||||| || | |||||| |  |||||||||||||||||||| || ||||| ||||  ||||  ||||  | |  ||   | | |||||    
T  15594749 tcctttccctcgaaaaaatccttcaatagttgttgcactttgggaatcctagaagacccaccaacaatgacaatatcatttacactactcttattcatct 15594848  T
Q  308 ttgaatcaccgagacaattctcaacagttttcatacactcattgaaaaggtccatattaatttcctcaaacttggcacgggtgattgatgaagaaaagtc 407  Q
    | | |||| | |||||| |||||||  | |||||||| || || |||| |||||| || ||||| |||||||||| ||| || |  |||||| | |||||    
T  15594849 tagcatcatcaagacaactctcaactatcttcatacaatccttaaaaaagtccatgttgatttcttcaaacttggaacgagtaaccgatgaaaagaagtc 15594948  T
Q  408 aattccctgaaataaagaatctacctctacagtggtgacaaaagcaaaagagagtgtcctctttgccctctcacatgcagttctcaacctcctcaaggct 507  Q
    ||| || | ||||||| |||||||||| |  || ||||||  || ||||||||||  ||| |||||||| || || ||||||||||| |||||||||||     
T  15594949 aataccgttaaataaacaatctacctcaatggtagtgacagtagtaaaagagagtaccctttttgccctttcgcacgcagttctcaatctcctcaaggcc 15595048  T
Q  508 cttggattcccacttatgtccaccttattcttc 540  Q
    ||||| |||||| | || ||||| || ||||||    
T  15595049 cttgggttcccagtaatatccactttgttcttc 15595081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 328 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 52549345 - 52549264
Alignment:
Q  328 tcaacagttttcatacactcattgaaaaggtccatattaatttcctcaaacttggcacgggtgattgatgaagaaaagtcaa 409  Q
    |||||| | ||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||| |   |||| ||||||||||| ||||    
T  52549345 tcaacaatcttcatacactccttaaaaaggtccatattcatttcctcaaacttggccctattgatcgatgaagaaaaatcaa 52549264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 230; Significance: 1e-127; HSPs: 6)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 16 - 505
Target Start/End: Complemental strand, 9336536 - 9336047
Alignment:
Q  16 acaggtatggaagtgttcctaggaatcacaacactcatgacatgatcaacatcggctgagataccaagcgacaatggggtaacatctctcaacaccaagt 115  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||  ||   ||  | || ||||||||| |||||||||||||||||||  | ||||||||    
T  9336536 acaggtatggaagtgtttctaggaatcaccacactcatgatattttccttatatgttgcgataccaagtgacaatggggtaacatctcgtagcaccaagt 9336437  T
Q  116 ctgggacattcttaaagccttcactcaaaatagcagcttgaacagctgcaccgtaagcaacagcttcatccgggttgatacttttgcataaatccttccc 215  Q
      ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||   || |||| ||||||||    
T  9336436 tgggcgcattcttaaagccttcactcaaaatagcagcttgaacagctgcaccataagcaacagcctcatctgggttgatacccatgaataattccttccc 9336337  T
Q  216 cttgaaaaagtcttgcaatagatcctgcactttgggaatcctagatgagccacccacaagaacaacgtcatcaatatcaccaatgtgcatctttgaatca 315  Q
    ||||||||| ||| ||||||| || |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||||| ||   |||  |||||||||||     
T  9336336 cttgaaaaattctagcaatagttcttgcactttcggaatcctagacgagccacccacaagaacaatatcatcaatattactcttgtatatctttgaatcc 9336237  T
Q  316 ccgagacaattctcaacagttttcatacactcattgaaaaggtccatattaatttcctcaaacttggcacgggtgattgatgaagaaaagtcaattccct 415  Q
    | ||||||  | |||||| | ||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||     
T  9336236 ctgagacaggtgtcaacaatattcatacactcattgaaaaagtccatgttaagttcctcaaatttggcacgagtgattgatgaagaaaagtcgattccca 9336137  T
Q  416 gaaataaagaatctacctctacagtggtgacaaaagcaaaagagagtgtcctctttgccctctcacatgcagttctcaacctcctcaagg 505  Q
     |||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  9336136 taaataaagcatctacctcaacagtggtaacaaaagcaaaagacagtatcctttttgccctctcacaggcagttctcaacctccttaagg 9336047  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 134; E-Value: 2e-69
Query Start/End: Original strand, 71 - 540
Target Start/End: Original strand, 30774830 - 30775299
Alignment:
Q  71 ctgagataccaagcgacaatggggtaacatctctcaacaccaagtctgggacattcttaaagccttcactcaaaatagcagcttgaacagctgcaccgta 170  Q
    |||| |||||||| ||||| ||||| ||||||| || |||||| | |||| ||||||||| |||||||||||| | |||||| || |||||||| ||||     
T  30774830 ctgaaataccaagtgacaaaggggtgacatctcgcagcaccaactttggggcattcttaatgccttcactcaatagagcagcctggacagctgccccgtg 30774929  T
Q  171 agcaacagcttcatccgggttgatacttttgcataaatccttccccttgaaaaagtcttgcaatagatcctgcactttgggaatcctagatgagccaccc 270  Q
    |||||| || ||||| || ||||| || ||||| ||||||||||| ||||| || |   ||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||     
T  30774930 agcaactgcctcatcaggattgatgctcttgcacaaatccttcccattgaagaaattacgcaatagttcctgcactttgggaatcctagaagaaccaccg 30775029  T
Q  271 acaagaacaacgtcatcaatatcaccaatgtgcatctttgaatcaccgagacaattctcaacagttttcatacactcattgaaaaggtccatattaattt 370  Q
    ||||||||||  ||||| | |  ||   |||  | ||||||||||   |||||| |||||||||| |  ||||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  30775030 acaagaacaatatcatctacactactcttgtctacctttgaatcagtaagacaactctcaacagtctgtatacactcattaaaaaggtccatattgattt 30775129  T
Q  371 cctcaaacttggcacgggtgattgatgaagaaaagtcaattccctgaaataaagaatctacctctacagtggtgacaaaagcaaaagagagtgtcctctt 470  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||  | |||||||||  ||||| ||| |||   |||| |||    || ||||||||||| ||    
T  30775130 cctcaaacttgacacgagtgattgatgaagaaaagtcaatgtcttgaaataaattatctatctcaacaaatgtgagaaacttgaaggagagtgtcctttt 30775229  T
Q  471 tgccctctcacatgcagttctcaacctcctcaaggctcttggattcccacttatgtccaccttattcttc 540  Q
    |||| | ||||||||||||||||||   ||||| ||||||||||||||  | |||||||| || ||||||    
T  30775230 tgccttttcacatgcagttctcaactgtctcaaagctcttggattcccggtaatgtccacgttgttcttc 30775299  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 88; E-Value: 5e-42
Query Start/End: Original strand, 77 - 431
Target Start/End: Original strand, 35132040 - 35132395
Alignment:
Q  77 taccaagcgacaatggggtaacatctctcaacaccaagtctgggacattcttaaagccttcactcaaaatagcagcttgaacagctgcaccgtaagcaac 176  Q
    ||||||| ||||| || ||||||||    |||||||| | ||| ||||| || | ||||| |||||| | |||||| ||||| ||||| || ||||| ||    
T  35132040 taccaagagacaaaggtgtaacatcctgtaacaccaactttggaacattttttatgcctttactcaacaaagcagcctgaactgctgccccataagctac 35132139  T
Q  177 agcttcatccgggttgatacttttgcataaatccttccccttgaaaaagtcttgcaatagatcctgcactttgggaatcctagatgagccacccacaaga 276  Q
    ||| ||||| ||||| || || ||||| || |||||||| |||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||| || || || ||||||    
T  35132140 agcctcatcggggttaatgctcttgcacaactccttccctttgaaaaagttttgcaatagctgctgcactttgggaatcctagaagaccctccaacaaga 35132239  T
Q  277 acaacgtcatc-aatatcaccaatgtgcatctttgaatcaccgagacaattctcaacagttttcatacactcattgaaaaggtccatattaatttcctca 375  Q
    ||||| ||||| |   |  |   ||| |||||| | ||||  ||||||| |||| || || |||||||||||||| ||||||||   ||| |||||||||    
T  35132240 acaacatcatctacccttgctcttgtccatcttagcatcaatgagacaactctctacggtattcatacactcattaaaaaggtctgcattcatttcctca 35132339  T
Q  376 aacttggcacgggtgattgatgaagaaaagtcaattccctgaaataaagaatctac 431  Q
    |||||||| ||  |||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||    
T  35132340 aacttggcgcgattgattgatgaagaaaaatcaatgccttgaaataaagaatctac 35132395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 44; E-Value: 9e-16
Query Start/End: Original strand, 139 - 286
Target Start/End: Original strand, 54396069 - 54396216
Alignment:
Q  139 ctcaaaatagcagcttgaacagctgcaccgtaagcaacagcttcatccgggttgatacttttgcataaatccttccccttgaaaaagtcttgcaatagat 238  Q
    |||||||| || ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| |  || ||||| ||||| || || ||||| || |    
T  54396069 ctcaaaatcgctgcttgaacagcagcaccataagcaacagcttcatcagggttaatactcttgcaaagctctttcccattgaagaaatcctgcaaaagct 54396168  T
Q  239 cctgcactttgggaatcctagatgagccacccacaagaacaacgtcat 286  Q
      || ||||| |||||||| | ||| ||||| ||||||||||| ||||    
T  54396169 gttgaacttttggaatccttgttgatccaccaacaagaacaacttcat 54396216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 137 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 23588257 - 23588108
Alignment:
Q  137 cactcaaaatagcagcttgaacagctgcaccgtaagcaacagcttcatccgggttgatacttttgcataaatccttccccttgaaaaagtcttgcaatag 236  Q
    ||||||||||||||||||| || ||||| || || |||||||||||||| |||||||| || || || |  ||||| || ||||| || |||||||| ||    
T  23588257 cactcaaaatagcagcttggacggctgccccatatgcaacagcttcatcggggttgatgctcttacaaagctcctttccattgaagaaatcttgcaaaag 23588158  T
Q  237 atcctgcactttgggaatcctagatgagccacccacaagaacaacgtcat 286  Q
     |  || || |||||||||||||  || ||||| ||||||||||| ||||    
T  23588157 ttgttgaaccttgggaatcctagtggatccaccaacaagaacaacatcat 23588108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 139 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 23597107 - 23596957
Alignment:
Q  139 ctcaaaatagcagcttgaacagctgcaccgtaagcaacagcttcatccgggttgatacttttgcataaatccttccccttgaaaaagtcttgcaatagat 238  Q
    ||||||||||||||||| || || || || ||||||||||| ||||| |||||||| || || || |  |||||||| ||||| || |||||||| || |    
T  23597107 ctcaaaatagcagcttggactgcagcgccataagcaacagcctcatcagggttgatgctcttacaaagttccttcccattgaagaaatcttgcaaaagtt 23597008  T
Q  239 cctgcactttgggaatcctagatgagccacccacaagaacaacgtcatcaa 289  Q
      || || |||||||||||||  || || || ||||||||||| |||||||    
T  23597007 gttgaaccttgggaatcctagtcgatccgccaacaagaacaacatcatcaa 23596957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 106; Significance: 9e-53; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 106; E-Value: 9e-53
Query Start/End: Original strand, 127 - 540
Target Start/End: Original strand, 43744450 - 43744863
Alignment:
Q  127 ttaaagccttcactcaaaatagcagcttgaacagctgcaccgtaagcaacagcttcatccgggttgatacttttgcataaatccttccccttgaaaaagt 226  Q
    ||||||||||||||||| | |||||| || |||||||||||   |||||| || ||||| ||||| ||  | || || |||||||||||    ||||| |    
T  43744450 ttaaagccttcactcaacaaagcagcctgcacagctgcaccaatagcaactgcctcatcagggttaatgttcttacacaaatccttccctgcaaaaaatt 43744549  T
Q  227 cttgcaatagatcctgcactttgggaatcctagatgagccacccacaagaacaacgtcatcaatatcaccaatgtgcatctttgaatcaccgagacaatt 326  Q
    | |||||||| |  || ||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||  ||| | |   ||| |||||| | ||||   |||||| |    
T  43744550 cctgcaatagttgttgtacttttggaatcctagaggagccaccaacaagaacaacatcatgtatagcgctcttgtccatcttggcatcagtaagacaact 43744649  T
Q  327 ctcaacagttttcatacactcattgaaaaggtccatattaatttcctcaaacttggcacgggtgattgatgaagaaaagtcaattccctgaaataaagaa 426  Q
    ||||||| |||||| |||||| ||||| || |||||||| |||||||||||||| | ||| ||||||| || | | || ||||| |||| ||||||||||    
T  43744650 ctcaacaattttcaaacactcgttgaagagatccatattgatttcctcaaacttagtacgagtgattgttgtaaagaaatcaatgccctcaaataaagaa 43744749  T
Q  427 tctacctctacagtggtgacaaaagcaaaagagagtgtcctctttgccctctcacatgcagttctcaacctcctcaaggctcttggattcccacttatgt 526  Q
    |||||||| | ||||||||||| ||||||||| | |||||| ||||| || || ||||| |||||||||||||| || |||||||| || ||| | ||||    
T  43744750 tctacctcaatagtggtgacaacagcaaaagataatgtcctttttgctctttcgcatgctgttctcaacctccttaatgctcttgggtttccagtaatgt 43744849  T
Q  527 ccaccttattcttc 540  Q
    ||||||| ||||||    
T  43744850 ccaccttgttcttc 43744863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 132 - 280
Target Start/End: Original strand, 12528143 - 12528291
Alignment:
Q  132 gccttcactcaaaatagcagcttgaacagctgcaccgtaagcaacagcttcatccgggttgatacttttgcataaatccttccccttgaaaaagtcttgc 231  Q
    |||||||||||| | |||||| |||||||| ||||| ||||||||||| ||||| |||||||| || ||| |||| ||||| ||||||||||| || |||    
T  12528143 gccttcactcaacaaagcagcctgaacagcggcaccataagcaacagcctcatcagggttgatgctcttgtataactccttgcccttgaaaaactcctgc 12528242  T
Q  232 aatagatcctgcactttgggaatcctagatgagccacccacaagaacaa 280  Q
    ||||| | || |||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||    
T  12528243 aatagctgcttcactttgggaatcctagacgagccaccaacaagtacaa 12528291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 106; Significance: 9e-53; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 106; E-Value: 9e-53
Query Start/End: Original strand, 75 - 540
Target Start/End: Original strand, 28219500 - 28219965
Alignment:
Q  75 gataccaagcgacaatggggtaacatctctcaacaccaagtctgggacattcttaaagccttcactcaaaatagcagcttgaacagctgcaccgtaagca 174  Q
    ||||||||| ||||| || |||||||||  || |||||| |  || || || ||||||||||||||||| | |||||| || ||||||||||| ||||||    
T  28219500 gataccaagagacaaaggtgtaacatcttgcagcaccaacttcggaacttttttaaagccttcactcaacaaagcagcctgcacagctgcaccataagca 28219599  T
Q  175 acagcttcatccgggttgatacttttgcataaatccttccccttgaaaaagtcttgcaatagatcctgcactttgggaatcctagatgagccacccacaa 274  Q
    ||||| ||||| ||||| || || || || || ||||||||    ||||| || |||| ||| |  || ||||| ||||| ||||| ||||| || ||||    
T  28219600 acagcctcatcagggttaatgctcttacacaattccttccctccaaaaaattcctgcagtagttgttgtacttttggaattctagaggagcctccaacaa 28219699  T
Q  275 gaacaacgtcatcaatatcaccaatgtgcatctttgaatcaccgagacaattctcaacagttttcatacactcattgaaaaggtccatattaatttcctc 374  Q
    ||||||| || |  | | | |   ||| ||| || | ||||  ||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  28219700 gaacaacatcgtgtacagccctcttgtccatattggcatcagtgagacacctctcaacagttttcaaacactcattgaaaagatccatattgatttcctc 28219799  T
Q  375 aaacttggcacgggtgattgatgaagaaaagtcaattccctgaaataaagaatctacctctacagtggtgacaaaagcaaaagagagtgtcctctttgcc 474  Q
    |||||| ||||| || ||||||||| | || ||||| || | |||||||||||||||||| |  |||| ||||| ||||||||| |||||||| |||||     
T  28219800 aaacttagcacgagtaattgatgaaaagaaatcaatgccttcaaataaagaatctacctcaatggtggcgacaacagcaaaagatagtgtcctttttgct 28219899  T
Q  475 ctctcacatgcagttctcaacctcctcaaggctcttggattcccacttatgtccaccttattcttc 540  Q
    ||||  || || |||||||||||||| ||||||||||  || ||| | ||||||||||| ||||||    
T  28219900 ctcttgcacgctgttctcaacctccttaaggctcttgagtttccagtaatgtccaccttgttcttc 28219965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University