View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19496_low_8 (Length: 251)

Name: NF19496_low_8
Description: NF19496
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19496_low_8
NF19496_low_8
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (18-251)||(7623484-7623717)
chr1 (18-251)||(7629793-7630026)
chr1 (18-251)||(7636576-7636809)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 226; Significance: 1e-125; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 226; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 18 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 7623717 - 7623484
Alignment:
Q  18 ttacaatggtttagatttgggttttgcaccttatagctcttattggagagatatgaaaaagctttgtgctcttcacctttttagccctaaaagtctacat 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  7623717 ttacaatggtttagatttgggttttgcaccttatagctcttattggagagatatgaaaaagctttgtgctcttcacctctttagccctaaaagtctacat 7623618  T
Q  118 tcttttaggcctattagagaaaatgaagtggctgaattgattcaaaagctgtcacagaatgatggtgatgaaaaaggtgtaaacttgagtgaaatattga 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7623617 tcttttaggcctattagagaaaatgaagtggctgaattgattcaaaagctgtcacagtatgatggtgatgaaaaaggtgtaaacttgagtgaaatattga 7623518  T
Q  218 tatctttcacaaatgcaattatatgtaagatagc 251  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7623517 tatctttcacaaatgcaattatatgtaagatagc 7623484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 18 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 7630026 - 7629793
Alignment:
Q  18 ttacaatggtttagatttgggttttgcaccttatagctcttattggagagatatgaaaaagctttgtgctcttcacctttttagccctaaaagtctacat 117  Q
    |||||||||||||||| ||| || ||||||||||||  ||||||||||||| |||| ||| ||||||| || |||||| |||||| || || ||   |||    
T  7630026 ttacaatggtttagatctggcttgtgcaccttatagtccttattggagagagatgagaaaactttgtgttcatcacctctttagctctcaacgtgcccat 7629927  T
Q  118 tcttttaggcctattagagaaaatgaagtggctgaattgattcaaaagctgtcacagaatgatggtgatgaaaaaggtgtaaacttgagtgaaatattga 217  Q
    |||||||||||  |||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||| ||  ||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  7629926 tcttttaggcccgttagagaaaatgaagtggcccaattgattcaaaagttgtcgcaatatggtggtgatgaaaaaggtgcgaacttgagtgaaatattga 7629827  T
Q  218 tatctttcacaaatgcaattatatgtaagatagc 251  Q
    | ||| |||||||| |||||||||||||||||||    
T  7629826 tgtctctcacaaatacaattatatgtaagatagc 7629793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 18 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 7636809 - 7636576
Alignment:
Q  18 ttacaatggtttagatttgggttttgcaccttatagctcttattggagagatatgaaaaagctttgtgctcttcacctttttagccctaaaagtctacat 117  Q
    |||||||||||||||| | | |||||||||||||||  ||||||||||||| |||| ||| ||||||| ||  || || |||||| || || || | |||    
T  7636809 ttacaatggtttagatcttgcttttgcaccttatagtccttattggagagagatgagaaaactttgtgttcaacatctctttagctctcaacgtgtccat 7636710  T
Q  118 tcttttaggcctattagagaaaatgaagtggctgaattgattcaaaagctgtcacagaatgatggtgatgaaaaaggtgtaaacttgagtgaaatattga 217  Q
    |||||||||||  |||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||| ||  ||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  7636709 tcttttaggcccgttagagaaaatgaagtggcccaattgattcaaaagttgtcgcaatatggtggtgatgaaaaaggtgcgaacttgagtgaaatattga 7636610  T
Q  218 tatctttcacaaatgcaattatatgtaagatagc 251  Q
    | ||| |||||||| |||||||||||||||||||    
T  7636609 tgtctctcacaaatacaattatatgtaagatagc 7636576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University