View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19505_high_2 (Length: 689)

Name: NF19505_high_2
Description: NF19505
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19505_high_2
NF19505_high_2
[»] chr1 (12 HSPs)
chr1 (21-535)||(48043227-48043734)
chr1 (163-413)||(48056587-48056836)
chr1 (309-530)||(48051481-48051701)
chr1 (164-344)||(48051312-48051480)
chr1 (172-366)||(48037329-48037528)
chr1 (619-671)||(48043874-48043926)
chr1 (185-319)||(48045200-48045331)
chr1 (21-102)||(48051132-48051209)
chr1 (446-523)||(48056891-48056968)
chr1 (467-534)||(48045485-48045552)
chr1 (579-617)||(48043794-48043832)
chr1 (21-100)||(48056456-48056532)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 446; Significance: 0; HSPs: 12)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 446; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 535
Target Start/End: Original strand, 48043227 - 48043734
Alignment:
Q  21 gaagaatattgtgaacctgtatggtaggtaaataagtataatactctctttgatacctttgttggtaaacctagttatcacaggctatcagattggattt 120  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  48043227 gaagaatattgtgaacctgtatggtaggtaaataagtataatactctctttgatacctttgttggtaaacctagttattacaagctatcagattggattt 48043326  T
Q  121 aaagccagtcaaatatggaaaagaaaaactagtagtatgatacaccaatatcatcccttcgatgaccttgatatcagtctgcaatgtaacattcaaatag 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48043327 aaagccagtcaaatatggaaaagaaaaactagtagtatgatacaccaatatcatcccttcaatgaccttgatatcagtctgcaatgtaacattcaaatag 48043426  T
Q  221 attcatatggcagaagttgagagcttcagttgtttgctttagaatgttttacaaaccgacaaattactgagtcaatgttgttggagtttttacatgagat 320  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48043427 attcatatggcagaagttgagagcttcagttgtttgctttagaatgttttacaaaccgacaaattactgagtcaatgttgttggagtttttacatgagat 48043526  T
Q  321 catgatgtaacaaacttccctcccattgattgatttcagtcccctgctcatgtgaaacaacatcatatgaatggaaagtacgagcacatcctgnnnnnnn 420  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||           
T  48043527 catgatgtaacaaacttccctcccattgattgatttcagtcccctgctcatgtgaaacaacatcatatgaatg--------gagcacatcctgaaaaaaa 48043618  T
Q  421 gcaaattttttgaaatcaaaggatcacacactacttaaatcttttttgtcaggtcttgcttagacaaatccccaggtttgtcaatcttatt-acctagaa 519  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  48043619 gcaaattttttgaaatcaaaggatcacacactacttaaatcttttttgtcaggtcttgcttagacaaatccccaggtttgtcaatcttattaacctagaa 48043718  T
Q  520 ccagcagtggaatccc 535  Q
    ||||||||||||||||    
T  48043719 ccagcagtggaatccc 48043734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 155; E-Value: 6e-82
Query Start/End: Original strand, 163 - 413
Target Start/End: Original strand, 48056587 - 48056836
Alignment:
Q  163 caccaatatcatcccttcgatgaccttgatatcagtctgcaatgtaacattcaaatagattcatatggcagaagttgagagcttcagttgtttgctttag 262  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  48056587 caccaatatcatcccttcaatgaccttgatatcagtctgcaatgtaacattcaaatagaatcctagggcagaagttgagagcttcagttctttgcgttag 48056686  T
Q  263 aatgttttacaaaccgacaaattactgagtcaatgttgttggagtttttacatgagatcatgatgtaacaaacttccctcccattgattgatttcagtcc 362  Q
    ||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||| |||| |||||||||||||     
T  48056687 aatgttttacaaaccaacaaataactgagtcgatgttggtggagtttttacttgagatcatgatgcaacaaacttctctctcatttattgatttcagtct 48056786  T
Q  363 cctgctcatgtgaaacaacatcatatgaatggaaagtacgagcacatcctg 413  Q
    || |  || |||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||    
T  48056787 ccagtgcacgtgaaacaacatca-atgaaaggaaagtacaagcacatcctg 48056836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 121; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 309 - 530
Target Start/End: Original strand, 48051481 - 48051701
Alignment:
Q  309 tttacatgagatcatgatgtaacaaacttccctcccattgattgatttcagtcccctgctcatgtgaaacaacatcatatgaatggaaagtacgagcaca 408  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||  ||||    
T  48051481 tttacacgagatcatgatgtaacaaacttccttcccatatattgatttcagtcccctgcacatgtgaaacaacatcatatgaaaggcaagtacggacaca 48051580  T
Q  409 tcctgnnnnnnngcaaattttttgaaatcaaaggatcacacactacttaaatcttttttgtcaggtcttgcttagacaaatccccaggtttgtcaatctt 508  Q
    |||||       || ||  ||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  48051581 tcctgattaaaagctaaaattt-gaaatcataggatcacacactacttaaaccttttctgtcaggtcttgcttagacaaatccccaggtttatcaatctt 48051679  T
Q  509 attacctagaaccagcagtgga 530  Q
     |||| ||||||||||||||||    
T  48051680 gttacttagaaccagcagtgga 48051701  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 96; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 164 - 344
Target Start/End: Original strand, 48051312 - 48051480
Alignment:
Q  164 accaatatcatcccttcgatgaccttgatatcagtctgcaatgtaacattcaaatagattcatatggcagaagttgagagcttcagttgtttgctttaga 263  Q
    ||||| |||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  48051312 accaacatcatctcttcaaagaccttgatatcagtctgcaatgtaacattcaaattgattcatatggcaagagttgagagcttcaattgtttgctttaga 48051411  T
Q  264 atgttttacaaaccgacaaattactgagtcaatgttgttggagtttttacatgagatcatgatgtaacaaacttccctccc 344  Q
    |||||||            || |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  48051412 atgtttt------------ataactgagtccatgttgttggagtttttacacgagatcatgatgtaacaaacttccctccc 48051480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 172 - 366
Target Start/End: Original strand, 48037329 - 48037528
Alignment:
Q  172 catcccttcgatgaccttgatatcagtctgcaatgtaacattcaaatagattcatatggcagaag-ttgagagcttcagttgtttgctttagaatgtttt 270  Q
    ||||||| | ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||| |||| |||||||||||||| |||    
T  48037329 catccctaccatgacattgatatcagtctgcaatgcaacattcaaatagattcacagggcagaagtttgagagcttaagttctttgctttagaatgcttt 48037428  T
Q  271 acaaaccgacaaattactgagtc----aatgttgttggagtttttacatgagatcatgatgtaacaaacttccctcccattgattgatttcagtcccctg 366  Q
    ||||| | || ||| ||||||||    ||||||| || ||||||||||||||||||||| | |||||||||| ||  ||||||| |||| ||||||||||    
T  48037429 acaaatcaactaataactgagtcaattaatgttggtgaagtttttacatgagatcatgaagcaacaaacttctctttcattgatggattccagtcccctg 48037528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 53; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 619 - 671
Target Start/End: Original strand, 48043874 - 48043926
Alignment:
Q  619 aagtcatggagttcacttcttgaagcaggtaaattctcataagcggctgcatc 671  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48043874 aagtcatggagttcacttcttgaagcaggtaaattctcataagcggctgcatc 48043926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 185 - 319
Target Start/End: Original strand, 48045200 - 48045331
Alignment:
Q  185 accttgatatcagtctgcaatgtaacattcaaatagattcatatggcagaagttgagagcttcagttgtttgctttag---aatgttttacaaaccgaca 281  Q
    |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||      |||| ||||||||||   ||||||||||||| | ||     
T  48045200 accttgatatcaatctgcaatgcaacattcaaatagattcatagggcaggagttgag------agttctttgctttagaaaaatgttttacaaagcaacg 48045293  T
Q  282 aattactgagtcaatgttgttggagtttttacatgaga 319  Q
     || |||||| |||||||| || |||||||||||||||    
T  48045294 cataactgagccaatgttggtgtagtttttacatgaga 48045331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 21 - 102
Target Start/End: Original strand, 48051132 - 48051209
Alignment:
Q  21 gaagaatattgtgaacctgtatggtaggtaaataagtataatactctctttgatacctttgttggtaaacctagttatcaca 102  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||    
T  48051132 gaagaatgttgtgaacctgaatggta----aataagtataatactctctttgatacctttgttggtaaaccaagctatcaca 48051209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 46; E-Value: 7e-17
Query Start/End: Original strand, 446 - 523
Target Start/End: Original strand, 48056891 - 48056968
Alignment:
Q  446 acacactacttaaatcttttttgtcaggtcttgcttagacaaatccccaggtttgtcaatcttattacctagaaccag 523  Q
    ||||| |||||| ||||||| ||||  |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  48056891 acacagtacttacatcttttctgtcgtgtcttgcttagacaaagcaccaggtttgtcaatcttattaccaagaaccag 48056968  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 467 - 534
Target Start/End: Original strand, 48045485 - 48045552
Alignment:
Q  467 tgtcaggtcttgcttagacaaatccccaggtttgtcaatcttattacctagaaccagcagtggaatcc 534  Q
    |||| ||||||||||||||||||   ||||||||||||| |||||||||| |||||||| | ||||||    
T  48045485 tgtcgggtcttgcttagacaaattgtcaggtttgtcaattttattacctaaaaccagcaattgaatcc 48045552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 579 - 617
Target Start/End: Original strand, 48043794 - 48043832
Alignment:
Q  579 ggaattgaatctgagatcacccttatcactccattcttt 617  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48043794 ggaatcgaatctgagatcacccttatcactccattcttt 48043832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 21 - 100
Target Start/End: Original strand, 48056456 - 48056532
Alignment:
Q  21 gaagaatattgtgaacctgtatggtaggtaaataagtataatactctctttgatacctttgttggtaaacctagttatca 100  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||  ||| |||||| |   |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  48056456 gaagaatattgtgaatctgaatggtatataagtaagtaga---ctctctttgatacctttgatggtaaaccaagttatca 48056532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University