View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19508_low_1 (Length: 652)

Name: NF19508_low_1
Description: NF19508
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19508_low_1
NF19508_low_1
[»] chr1 (12 HSPs)
chr1 (1-652)||(9228768-9229419)
chr1 (1-289)||(9161337-9161625)
chr1 (507-652)||(9228721-9228866)
chr1 (1-277)||(9118827-9119103)
chr1 (1-289)||(9170163-9170451)
chr1 (131-289)||(9199730-9199888)
chr1 (131-289)||(9218246-9218404)
chr1 (131-289)||(9155425-9155583)
chr1 (28-289)||(1815515-1815776)
chr1 (28-289)||(1843257-1843518)
chr1 (123-289)||(1857363-1857529)
chr1 (123-289)||(1868961-1869127)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 572; Significance: 0; HSPs: 12)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 572; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 652
Target Start/End: Complemental strand, 9229419 - 9228768
Alignment:
Q  1 agcttcggggtagtgctggcagagatcctaacgggggagaaacctatttcttttaatagaccagaagagaacagaagccttgcaattcacttcttatctt 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9229419 agcttcggggtagtactggcagagctcctaacgggggagaaacctatttcttttaatagaccagaagaaaacagaagccttgcaattcacttcttatctt 9229320  T
Q  101 gtttaagagagaatcatgtgtctgaagttcttcaagttggtattttgaatgatgagaacaaggaggagattaaggaagttgctattcttgcagcaaggtg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  9229319 gtttaagagagaatcatgtgtctgaagttcttcaagttggtattttgaatgatgagaacaaggaggagattaaggaagttgctattcttgctgcaaggtg 9229220  T
Q  201 cttgagacttaaaggcgaggaaagacctagcatgaaagaagtggctatggagctagagggcttaaggttaatggagaagcacccttggacaaaatcagag 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9229219 cttgagacttaaaggcgaggaaagacctagcatgaaagaagtggctatggagctagaggggttaaggttaatggagaagcacccttggacaaaatcagag 9229120  T
Q  301 ataaatctcgatgaaactcaatccttgcttcaggggatgtcatccaactttaattatgaaactggtgatagcagcagcaaccatgaatttagtgggtacg 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9229119 ataaatctcgatgaaactcaatccttgcttcagggggtgtcatccaactttaattatgaaactggtgatagcagcagcaaccatgaatttagtgggtacg 9229020  T
Q  401 acagcttgaaagtccatgcaccaatgtccttggatgatggaagatgattatgagtgacacgtccaatctatcgctttcattttgatttatgttagattgt 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||    
T  9229019 acagcttgaaagtccatgcaccaatgtccttggatgatggaagatgattatgagtgacacgtcgaatctatcactttgattttaatttatgttagattgt 9228920  T
Q  501 gtattgtgtattatacatgtatgaatgatccaataagttctggaaatagactttgtattatatatgtaatcatgatccaataagttgtgtaactagactt 600  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  9228919 gtattgtgtattatacatgtatgaatgatccaataagttctggaaatagactttgtattatatatgtaatcatgatccaataagttttgtaactagactt 9228820  T
Q  601 tgtattatatatgtatcaataatccaataaaattagtaaaaagactttgtat 652  Q
    ||||||||||| |||| ||| ||| |||||  |  ||||| |||||||||||    
T  9228819 tgtattatatacgtataaatgatctaataagttctgtaaatagactttgtat 9228768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 93; E-Value: 6e-45
Query Start/End: Original strand, 1 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 9161625 - 9161337
Alignment:
Q  1 agcttcggggtagtgctggcagagatcctaacgggggagaaacctatttcttttaatagaccagaagagaacagaagccttgcaattcacttcttatctt 100  Q
    ||||| || ||||| || |||||| | || ||||| || |||||| ||||||||||||| ||||||||||| |  || ||||| || ||||| || ||||    
T  9161625 agctttggtgtagttcttgcagagcttcttacgggagacaaacctctttcttttaataggccagaagagaatatcagtcttgctatgcactttttgtctt 9161526  T
Q  101 gtttaagagagaatcatgtgtctgaagttcttcaagttggtattttgaatgatgagaacaaggaggagattaaggaagttgctattcttgcagcaaggtg 200  Q
    |||||| | |  ||    | | ||||| | |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  9161525 gtttaaaacaagatagaatttttgaagctattcaagttggtattttaaatgatgaaaacaaggaggagattaaggaggttgctattcttgcagcaaggtg 9161426  T
Q  201 cttgagacttaaaggcgaggaaagacctagcatgaaagaagtggctatggagctagagggcttaaggttaatggagaagcacccttgga 289  Q
     |||||||| | ||| || ||||| ||||||||||| |||||||| |||||| | || ||  |||||||||||||||| || |||||||    
T  9161425 tttgagactaagaggggatgaaaggcctagcatgaaggaagtggcaatggagttggatggtataaggttaatggagaaccatccttgga 9161337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 507 - 652
Target Start/End: Complemental strand, 9228866 - 9228721
Alignment:
Q  507 tgtattatacatgtatgaatgatccaataagttctggaaatagactttgtattatatatgtaatcatgatccaataagttgtgtaactagactttgtatt 606  Q
    ||||||||| |||||   ||||||||||||||| || || |||||||||||||||||| |||   |||||| |||||||| ||||| |||||||||||||    
T  9228866 tgtattatatatgtaatcatgatccaataagttttgtaactagactttgtattatatacgtataaatgatctaataagttctgtaaatagactttgtatt 9228767  T
Q  607 atatatgtatcaataatccaataaaattagtaaaaagactttgtat 652  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  9228766 atatatgtatgaataatccaataaaattagtaaaaatactttgtat 9228721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 1 - 277
Target Start/End: Original strand, 9118827 - 9119103
Alignment:
Q  1 agcttcggggtagtgctggcagagatcctaacgggggagaaacctatttcttttaatagaccagaagagaacagaagccttgcaattcacttcttatctt 100  Q
    ||||| || ||||| || |||||| | ||||| || || |||||| ||  |||||| || |||||||||| ||  || ||||| || |||||||| ||||    
T  9118827 agctttggagtagttcttgcagagcttctaacaggtgacaaacctcttgattttaacaggccagaagagaccattagtcttgctatgcacttcttgtctt 9118926  T
Q  101 gtttaagagagaatcatgtgtctgaagttcttcaagttggtattttgaatgatgagaacaaggaggagattaaggaagttgctattcttgcagcaaggtg 200  Q
    |||||| | |  || |  | | ||||| | |||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  9118927 gtttaaaacaagataaactttttgaagctattcaagttggaattttgaatgatgataacaaggaagagattaaggaggttgctattcttgcagcaaggtg 9119026  T
Q  201 cttgagacttaaaggcgaggaaagacctagcatgaaagaagtggctatggagctagagggcttaaggttaatggaga 277  Q
     |||||||||  ||| |||||||||||||| ||||| ||| | ||||||||| | || ||  ||||||||| |||||    
T  9119027 tttgagacttcgaggagaggaaagacctagtatgaaggaaatagctatggagttggatggtataaggttaaaggaga 9119103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 73; E-Value: 5e-33
Query Start/End: Original strand, 1 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 9170451 - 9170163
Alignment:
Q  1 agcttcggggtagtgctggcagagatcctaacgggggagaaacctatttcttttaatagaccagaagagaacagaagccttgcaattcacttcttatctt 100  Q
    ||||| || ||||| || |||||| | ||||| || || |||||| ||||||||||||| |||||||||| ||  || ||||| || ||||| || ||||    
T  9170451 agctttggagtagttcttgcagagcttctaacaggtgacaaacctctttcttttaataggccagaagagaccattagtcttgctatgcactttttgtctt 9170352  T
Q  101 gtttaagagagaatcatgtgtctgaagttcttcaagttggtattttgaatgatgagaacaaggaggagattaaggaagttgctattcttgcagcaaggtg 200  Q
    |||||| | |  || |  | | ||||| | ||||||||||  || |||| ||||| |||||| | ||||||||||| ||||||||||||||  |||||||    
T  9170351 gtttaaaacaagataaattttttgaagctattcaagttggatttgtgaacgatgataacaagaaagagattaaggaggttgctattcttgcttcaaggtg 9170252  T
Q  201 cttgagacttaaaggcgaggaaagacctagcatgaaagaagtggctatggagctagagggcttaaggttaatggagaagcacccttgga 289  Q
     || ||||||| ||| || ||||||||| | ||||| |||||||| |||||| | || ||| ||||||||||||||||||| |||||||    
T  9170251 tttaagacttagaggggatgaaagaccttgtatgaaggaagtggcaatggagttggatggcataaggttaatggagaagcatccttgga 9170163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 71; E-Value: 8e-32
Query Start/End: Original strand, 131 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 9199888 - 9199730
Alignment:
Q  131 ttcaagttggtattttgaatgatgagaacaaggaggagattaaggaagttgctattcttgcagcaaggtgcttgagacttaaaggcgaggaaagacctag 230  Q
    |||||||||| |||||| ||||||| |||||| | ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| || ||||||| ||| || |||||||||||    
T  9199888 ttcaagttggaattttggatgatgaaaacaagaaagagattaaggaggttgctattcttgctgcaaggtgtttaagacttagaggtgatgaaagacctag 9199789  T
Q  231 catgaaagaagtggctatggagctagagggcttaaggttaatggagaagcacccttgga 289  Q
     ||||  ||||| ||||||||| | || ||  ||||||||||||||||||| |||||||    
T  9199788 tatgagggaagtagctatggagttggatggtataaggttaatggagaagcatccttgga 9199730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 71; E-Value: 8e-32
Query Start/End: Original strand, 131 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 9218404 - 9218246
Alignment:
Q  131 ttcaagttggtattttgaatgatgagaacaaggaggagattaaggaagttgctattcttgcagcaaggtgcttgagacttaaaggcgaggaaagacctag 230  Q
    |||||||||| ||||| |||||||| |||||| | ||||||||||| ||| |||||||||| |||||||| || ||||||| ||| || |||||||||||    
T  9218404 ttcaagttggaattttcaatgatgaaaacaagaaagagattaaggaggtttctattcttgctgcaaggtgtttaagacttagaggtgatgaaagacctag 9218305  T
Q  231 catgaaagaagtggctatggagctagagggcttaaggttaatggagaagcacccttgga 289  Q
     ||||  ||||| ||||||||| | || ||| ||||||||||||||||||| |||||||    
T  9218304 tatgagggaagtagctatggagttggatggcataaggttaatggagaagcatccttgga 9218246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 63; E-Value: 5e-27
Query Start/End: Original strand, 131 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 9155583 - 9155425
Alignment:
Q  131 ttcaagttggtattttgaatgatgagaacaaggaggagattaaggaagttgctattcttgcagcaaggtgcttgagacttaaaggcgaggaaagacctag 230  Q
    ||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||| |||| ||  |||||  ||| ||||||||||||||    
T  9155583 ttcaagttggtatcttaaatgatgaaaacaaggaggagattaaagaggttgctattctggcagcacggtgtttacgacttcgaggtgaggaaagacctag 9155484  T
Q  231 catgaaagaagtggctatggagctagagggcttaaggttaatggagaagcacccttgga 289  Q
     ||||| ||| | ||||||||| | || ||  |||||||||||||||| || |||||||    
T  9155483 tatgaaggaaatagctatggagttggatggtataaggttaatggagaaacatccttgga 9155425  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 28 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 1815776 - 1815515
Alignment:
Q  28 ctaacgggggagaaacctatttcttttaatagaccagaagagaacagaagccttgcaattcacttcttatcttgtttaagagagaatcatgtgtctgaag 127  Q
    |||||||||||||||||| ||| ||||  ||| || |||||||  ||||| ||||| |  ||||| |||||||| || | | || || |||||| |||||    
T  1815776 ctaacgggggagaaacctttttgttttggtaggccggaagagagaagaagtcttgctacgcactttttatcttgcttgaaaaaggataatgtgtttgaag 1815677  T
Q  128 ttcttcaagttggtattttgaatgatgagaacaaggaggagattaaggaagttgctattcttgcagcaaggtgcttgagacttaaaggcgaggaaagacc 227  Q
    || |||||| |||| | | |||||| || |||||  | | ||| | ||| || ||| ||||||| || |  || |||||||||| ||| |||||||||||    
T  1815676 ttattcaagatggtttgtggaatgaagaaaacaaacaagtgatcatggaggtggctgttcttgcggcgaactgtttgagacttataggggaggaaagacc 1815577  T
Q  228 tagcatgaaagaagtggctatggagctagagggcttaaggttaatggagaagcacccttgga 289  Q
     |||||||| ||||||||||||||  | |||||  | ||||||||||| |||||| ||||||    
T  1815576 aagcatgaaggaagtggctatggaattggagggaatgaggttaatggataagcactcttgga 1815515  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 46; E-Value: 7e-17
Query Start/End: Original strand, 28 - 289
Target Start/End: Original strand, 1843257 - 1843518
Alignment:
Q  28 ctaacgggggagaaacctatttcttttaatagaccagaagagaacagaagccttgcaattcacttcttatcttgtttaagagagaatcatgtgtctgaag 127  Q
    |||||||||||||||||| ||| ||||  ||| || |||||||  ||||| ||||||||  | ||  ||||||| || | | |  || |||||| |||||    
T  1843257 ctaacgggggagaaacctttttgttttggtaggccggaagagagaagaagtcttgcaatgaatttactatcttgattgaaaaaagataatgtgtttgaag 1843356  T
Q  128 ttcttcaagttggtattttgaatgatgagaacaaggaggagattaaggaagttgctattcttgcagcaaggtgcttgagacttaaaggcgaggaaagacc 227  Q
    || |||||| |||| | | |||||| || |||||  | ||||| ||||| || ||| ||||||| || | ||| |||||||||| ||| || ||||||||    
T  1843357 ttattcaagatggtttgtggaatgaagaaaacaaacaagagatcaaggaggtggctgttcttgcggcgaagtgtttgagacttagaggggaagaaagacc 1843456  T
Q  228 tagcatgaaagaagtggctatggagctagagggcttaaggttaatggagaagcacccttgga 289  Q
     |||||||| ||||||||||||||  | |||||  | ||||||||| | |||||| ||||||    
T  1843457 aagcatgaaggaagtggctatggaattggagggaatgaggttaatgaataagcactcttgga 1843518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 123 - 289
Target Start/End: Original strand, 1857363 - 1857529
Alignment:
Q  123 tgaagttcttcaagttggtattttgaatgatgagaacaaggaggagattaaggaagttgctattcttgcagcaaggtgcttgagacttaaaggcgaggaa 222  Q
    ||||||| |||||| |||| | | |||||| || |||||  | ||||| ||||| || ||| ||||||| || | ||| |||||||||| ||| || |||    
T  1857363 tgaagttattcaagatggtttgtggaatgaagaaaacaaacaagagatcaaggaggtggctgttcttgcggcgaagtgtttgagacttagaggggaagaa 1857462  T
Q  223 agacctagcatgaaagaagtggctatggagctagagggcttaaggttaatggagaagcacccttgga 289  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||||  | |||||  | ||||||||| | |||||| ||||||    
T  1857463 agaccaagcatgaaggaagtggctatggaattggagggaatgaggttaatgaataagcactcttgga 1857529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 123 - 289
Target Start/End: Original strand, 1868961 - 1869127
Alignment:
Q  123 tgaagttcttcaagttggtattttgaatgatgagaacaaggaggagattaaggaagttgctattcttgcagcaaggtgcttgagacttaaaggcgaggaa 222  Q
    ||||||| |||||| |||| | | |||||| || |||||  | ||||| ||||| || ||| ||||||| || | ||| |||||||||| ||| || |||    
T  1868961 tgaagttattcaagatggtttgtggaatgaagaaaacaaacaagagatcaaggaggtggctgttcttgcggcgaagtgtttgagacttagaggggaagaa 1869060  T
Q  223 agacctagcatgaaagaagtggctatggagctagagggcttaaggttaatggagaagcacccttgga 289  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||||  | |||||  | ||||||||| | |||||| ||||||    
T  1869061 agaccaagcatgaaggaagtggctatggaattggagggaatgaggttaatgaataagcactcttgga 1869127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University