View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19510_low_13 (Length: 479)

Name: NF19510_low_13
Description: NF19510
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19510_low_13
NF19510_low_13
[»] chr3 (9 HSPs)
chr3 (16-444)||(10079568-10079996)
chr3 (20-469)||(3871989-3872438)
chr3 (16-444)||(10186538-10186966)
chr3 (16-471)||(2921382-2921837)
chr3 (20-444)||(5967700-5968123)
chr3 (19-429)||(11495390-11495800)
chr3 (83-430)||(11489212-11489559)
chr3 (160-459)||(7489106-7489406)
chr3 (153-331)||(4132253-4132431)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (16-458)||(5990393-5990835)
[»] scaffold0603 (1 HSPs)
scaffold0603 (21-471)||(2635-3088)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (16-459)||(18389923-18390366)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (16-471)||(16448636-16449097)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (71-429)||(17313668-17314023)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (48-183)||(42506631-42506765)
chr2 (283-361)||(42506504-42506582)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 273; Significance: 1e-152; HSPs: 9)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 273; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 16 - 444
Target Start/End: Complemental strand, 10079996 - 10079568
Alignment:
Q  16 aatgaagcttctcacacttccataatgcaatataaacaaggtttgaagttgccattccacttgagggaaatgactccagtgcattacaatcccatatttt 115  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||| |||||||||||| || ||| ||||||| |||||||||||    
T  10079996 aatgaagcttctcacacttccacaatgcaatataaacaaggtttggagtagccaatccacctgagggaaatgattcaagttcattacagtcccatatttt 10079897  T
Q  116 aatgcttctaagaaatgagagactcttttttgacgcgtcttctgcaattgatatcgatttcagatttctacaaccctcaataaacagaatcttgaggaca 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| | ||||||||| |    
T  10079896 aatgcttctaagaaatgagagactcttctctgacgcgtcttctgcaattgatatcgatttcagatttttacaaccctcaaaaaacatactcttgaggata 10079797  T
Q  216 gggagagcgcccaaattaaatgatatcattgaattacagctataagatattttcaattcctcaagggatgtgcaattgtccaagtattcatgaggaagga 315  Q
    |||||||  |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  10079796 gggagagatcccaaggtaaatgatatcattgaattacagctataagatattgttaattcctcaagatatgtggaattgtccaagtattcatgaggaagga 10079697  T
Q  316 actctagatactcacaattactgattatgagaaatttcaaagtttttggtagaccgtctgctgggaaagacatcggagatggaaagccgtctatgatcaa 415  Q
    ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||| ||  |||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||    
T  10079696 actctagattctcacagttactgattatgagaaatttcaaggtgtttggaagaccgcctattgggaaagacatcggagatgaaaaaccgtctatggtcaa 10079597  T
Q  416 ctgttgaagagaattaaaagggaacatca 444  Q
    || ||||||||| | ||||||||||||||    
T  10079596 cttttgaagagagtaaaaagggaacatca 10079568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 262; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 20 - 469
Target Start/End: Complemental strand, 3872438 - 3871989
Alignment:
Q  20 aagcttctcacacttccataatgcaatataaacaaggtttgaagttgccattccacttgagggaaatgactccagtgcattacaatcccatattttaatg 119  Q
    |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||| ||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||    
T  3872438 aagcttttcacacttccacaatgcaatataaacaaggtttgaagtcgccaatccacctgaaggaaatgactccagttcattatagtcccatattttaatg 3872339  T
Q  120 cttctaagaaatgagagactcttttttgacgcgtcttctgcaattgatatcgatttcagatttctacaaccctcaataaacagaatcttgaggacaggga 219  Q
    ||||||||| |||| |||||||||| | | || | ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||    
T  3872338 cttctaagatatgaaagactcttttctaatgcattttctgcaattgatatcgatttcaaatttctacagccctcaataaacagactcttgagaacaggga 3872239  T
Q  220 gagcgcccaaattaaatgatatcattgaattacagctataagatattttcaattcctcaagggatgtgcaattgtccaagtattcatgaggaaggaactc 319  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||       
T  3872238 gagcacccaagttaaatgatatcattgaattatagctataagatattttcaattcctcaagtgatgtgtaattgtccaagtattcatgaggaaggaatgt 3872139  T
Q  320 tagatactcacaattactgattatgagaaatttcaaagtttttggtagaccgtctgctgggaaagacatcggagatggaaagccgtctatgatcaactgt 419  Q
    ||||| |||||| ||||  ||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||| |||||||||| | ||| || |||||| | ||||||    
T  3872138 tagattctcacagttacatattatgagaaatttctacgtatttggtagaccgtctgctgggaaaaacatcggagacgaaaaaccatctatggtaaactgt 3872039  T
Q  420 tgaagagaattaaaagggaacatcaagtgcctgaatacatgatttgatga 469  Q
    ||||| |||||||||||||||||||   |||| |||||||||||||||||    
T  3872038 tgaagcgaattaaaagggaacatcagtagcctcaatacatgatttgatga 3871989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 261; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 16 - 444
Target Start/End: Complemental strand, 10186966 - 10186538
Alignment:
Q  16 aatgaagcttctcacacttccataatgcaatataaacaaggtttgaagttgccattccacttgagggaaatgactccagtgcattacaatcccatatttt 115  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||| |||||||||||| || ||| ||||||| |||||||||||    
T  10186966 aatgaagcttctcacacttccacaatgcaatataaacaaggtttggagtagccaatccacctgagggaaatgattcaagttcattacagtcccatatttt 10186867  T
Q  116 aatgcttctaagaaatgagagactcttttttgacgcgtcttctgcaattgatatcgatttcagatttctacaaccctcaataaacagaatcttgaggaca 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| | ||||||||| |    
T  10186866 aatgcttctaagaaatgagagactcttctctgacgcgtcttctgcaattgatatcgatttcagatttttacaaccctcaaaaaacatactcttgaggata 10186767  T
Q  216 gggagagcgcccaaattaaatgatatcattgaattacagctataagatattttcaattcctcaagggatgtgcaattgtccaagtattcatgaggaagga 315  Q
    |||||||  |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  10186766 gggagagatcccaaggtaaatgatatcattgaattacagctataagatattgttaattcctcaagatatgtggaattgtccaagtattcatgaggaagga 10186667  T
Q  316 actctagatactcacaattactgattatgagaaatttcaaagtttttggtagaccgtctgctgggaaagacatcggagatggaaagccgtctatgatcaa 415  Q
    ||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||| || ||||| |||| | ||  |||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||    
T  10186666 actctagattctcacagttactaattatgagaaatttcaaggtgtttggaagactgcctattgggaaagacatcggagatgaaaaaccgtctatggtcaa 10186567  T
Q  416 ctgttgaagagaattaaaagggaacatca 444  Q
     | ||||||||| | ||||||||||||||    
T  10186566 tttttgaagagagtaaaaagggaacatca 10186538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 16 - 471
Target Start/End: Complemental strand, 2921837 - 2921382
Alignment:
Q  16 aatgaagcttctcacacttccataatgcaatataaacaaggtttgaagttgccattccacttgagggaaatgactccagtgcattacaatcccatatttt 115  Q
    |||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| | || |||||||   | ||||||||||| | | |||||||||||||||||    
T  2921837 aatgaagcttattacacttccatattgcaatataaacaaggtttggagtaggcaatccacttagtgaaaatgactccaattccttacaatcccatatttt 2921738  T
Q  116 aatgcttctaagaaatgagagactcttttttgacgcgtcttctgcaattgatatcgatttcagatttctacaaccctcaataaacagaatcttgaggaca 215  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||  |||||  ||||| ||||| || |  ||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||    
T  2921737 gatgcttctaagaaatgagagactcttttccgacgctccttctccaattaatgtgtatttcagatttttacaaccctcaataaacaaactcttgaggaca 2921638  T
Q  216 gggagagcgcccaaattaaatgatatcattgaattacagctataagatattttcaattcctcaagggatgtgcaattgtccaagtattcatgaggaagga 315  Q
    || ||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||||| ||||| ||||| ||||||||    
T  2921637 ggaagagcacccaaggtaaatgatatcattgaattacagctataagatattttcaattcctcgagcgatgtgtaattgtgcaagtcttcatcaggaagga 2921538  T
Q  316 actctagatactcacaattactgattatgagaaatttcaaagtttttggtagaccgtctgctgggaaagacatcggagatggaaagccgtctatgatcaa 415  Q
    ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||  ||||||| |||| ||||| |||| || ||||||| ||||| |||||| ||||    
T  2921537 actctagattctcacaattacttattatgagaaatttcaaggttttccgtagaccatctgttgggagagacgtcagagatgggaagccttctatggtcaa 2921438  T
Q  416 ctgttgaagagaattaaaagggaacatcaagtgcctgaatacatgatttgatgatg 471  Q
    |||| |||||||||| |||||||||||||  ||  |||||||||||||||||||||    
T  2921437 ctgtcgaagagaattcaaagggaacatcagctggttgaatacatgatttgatgatg 2921382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 20 - 444
Target Start/End: Complemental strand, 5968123 - 5967700
Alignment:
Q  20 aagcttctcacacttccataatgcaatataaacaaggtttgaagttgccattccacttgagggaaatgactccagtgcattacaatcccatattttaatg 119  Q
    |||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||  ||| | || ||||| || || ||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||    
T  5968123 aagcttttcacacttccacactgcaatataaacaaggtttatagtgggcaatccacctgtggaaaatgactccagttcattacaatcc-atattttgatg 5968025  T
Q  120 cttctaagaaatgagagactcttttttgacgcgtcttctgcaattgatatcgatttcagatttctacaaccctcaataaacagaatcttgaggacaggga 219  Q
    ||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||  ||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||    
T  5968024 cttttaagaaatgagagactcttttgcgacgcgtcttccgcaattaatatcgacttcagattcttacaaccttcaataaacagactcttgaggaccggga 5967925  T
Q  220 gagcgcccaaattaaatgatatcattgaattacagctataagatattttcaattcctcaagggatgtgcaattgtccaagtattcatgaggaaggaactc 319  Q
    || | |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  5967924 gaacacccaaagtaaatgatatcattgaattacaactataagatattttcaattcctcaagcgatgtgtacttgtgcaagtattcatgaggaaggaactc 5967825  T
Q  320 tagatactcacaattactgattatgagaaatttcaaagtttttggtagaccgtctgctgggaaagacatcggagatggaaagccgtctatgatcaactgt 419  Q
    ||||| | |||| ||||||||| | |||| |||||| |||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  5967824 tagattcacacagttactgattgtaagaattttcaaggtttttgggagaccttctgttgggaaagacatcggagatggaaacccgtctatggtcaactgt 5967725  T
Q  420 tgaagagaattaaaagggaacatca 444  Q
     | |||||||| || ||||||||||    
T  5967724 cgcagagaattcaaggggaacatca 5967700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 175; E-Value: 5e-94
Query Start/End: Original strand, 19 - 429
Target Start/End: Original strand, 11495390 - 11495800
Alignment:
Q  19 gaagcttctcacacttccataatgcaatataaacaaggtttgaagttgccattccacttgagggaaatgactccagtgcattacaatcccatattttaat 118  Q
    |||||||| |||||||||| | |||||||||||||||||||| ||    || ||||| || ||||||||||||||   ||||||||||||||||||| ||    
T  11495390 gaagcttcccacacttccacactgcaatataaacaaggtttggagcgagcaatccacctgggggaaatgactccaactcattacaatcccatattttgat 11495489  T
Q  119 gcttctaagaaatgagagactcttttttgacgcgtcttctgcaattgatatcgatttcagatttctacaaccctcaataaacagaatcttgaggacaggg 218  Q
    |||||||||||| |||||||||||||  || ||   |||||||| |  ||| |||||||||||| |||| |||||||| |||| | ||||||||||||||    
T  11495490 gcttctaagaaacgagagactcttttcggatgctctttctgcaagtactattgatttcagatttttacatccctcaatgaacaaactcttgaggacaggg 11495589  T
Q  219 agagcgcccaaattaaatgatatcattgaattacagctataagatattttcaattcctcaagggatgtgcaattgtccaagtattcatgaggaaggaact 318  Q
    ||||| |||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| || |||  ||||||||| |||||||||| |    
T  11495590 agagcacccaaggtaaatgaaatcattgaattacagctataagatattttcaattcctcgaggaatgtgtaactgtgaaagtattcacgaggaaggaatt 11495689  T
Q  319 ctagatactcacaattactgattatgagaaatttcaaagtttttggtagaccgtctgctgggaaagacatcggagatggaaagccgtctatgatcaactg 418  Q
    | | || |||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| |  || |||||||| | |||||| | |||||    
T  11495690 ccaaattctcacaattactaattttgagaaatttcaaggtttttggtagaccgtctgttgggaaagacgttagaaatggaaagtcatctatggtaaactg 11495789  T
Q  419 ttgaagagaat 429  Q
    | |||||||||    
T  11495790 tcgaagagaat 11495800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 160; E-Value: 4e-85
Query Start/End: Original strand, 83 - 430
Target Start/End: Original strand, 11489212 - 11489559
Alignment:
Q  83 aaatgactccagtgcattacaatcccatattttaatgcttctaagaaatgagagactcttttttgacgcgtcttctgcaattgatatcgatttcagattt 182  Q
    |||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||  | | |||| ||||||||| ||||||| |||||||||    
T  11489212 aaatgacttcagttcattacaatcccatattttgatgctactaagaaatgagagactcttttgcggcccgtcctctgcaattaatatcgacttcagattt 11489311  T
Q  183 ctacaaccctcaataaacagaatcttgaggacagggagagcgcccaaattaaatgatatcattgaattacagctataagatattttcaattcctcaaggg 282  Q
     |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |    
T  11489312 ttacatccctcaataaacagactcttgaggacagggagagcgcccaaggtaaacgatatcattgaattacaactataagatattttcaattcttcaagcg 11489411  T
Q  283 atgtgcaattgtccaagtattcatgaggaaggaactctagatactcacaattactgattatgagaaatttcaaagtttttggtagaccgtctgctgggaa 382  Q
    ||||| |||  | ||||||||||| ||| ||||||||||||  |||||| ||||||||| ||||| | ||||| || |||||||||||  ||    ||||    
T  11489412 atgtgtaatgttgcaagtattcattaggtaggaactctagactctcacagttactgattgtgagagacttcaaggtgtttggtagaccaactatatggaa 11489511  T
Q  383 agacatcggagatggaaagccgtctatgatcaactgttgaagagaatt 430  Q
    |||||| |||||||||||  |||||||  |||| ||| ||||||||||    
T  11489512 agacataggagatggaaatacgtctatagtcaaatgtcgaagagaatt 11489559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 160 - 459
Target Start/End: Original strand, 7489106 - 7489406
Alignment:
Q  160 caattgatatcgatttcagatttctacaaccctcaataaacagaatcttgaggacagggagagcgcccaaat-taaatgatatcattgaattacagctat 258  Q
    ||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||  ||| |||  |||| ||| |||||||||||||||||||||| | ||    
T  7489106 caattaatatggatttcagatttttacaaccctcaatcaacagactcttgaggttaggaagactgccccaatgtaaatgatatcattgaattacaacaat 7489205  T
Q  259 aagatattttcaattcctcaagggatgtgcaattgtccaagtattcatgaggaaggaactctagatactcacaattactgattatgagaaatttcaaagt 358  Q
    |||||||| |||||||||   |  ||||| |||||| |||||| || ||| ||||||| || | || || | ||||||| ||| |||||||||||||  |    
T  7489206 aagatattatcaattccttgtgtaatgtgtaattgtgcaagtaatcgtgatgaaggaattccaaattctgaaaattactaattgtgagaaatttcaagat 7489305  T
Q  359 ttttggtagaccgtctgctgggaaagacatcggagatggaaagccgtctatgatcaactgttgaagagaattaaaagggaacatcaagtgcctgaataca 458  Q
    ||||||||||| ||||| || ||||||| |  |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| | |||||||||||| ||  ||||||||    
T  7489306 ttttggtagacagtctgttgagaaagacgttagagatggaaagccgtctatggtcaactgtcgaagagaattgagagggaacatcaattggttgaataca 7489405  T
Q  459 t 459  Q
    |    
T  7489406 t 7489406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 153 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 4132431 - 4132253
Alignment:
Q  153 tcttctgcaattgatatcgatttcagatttctacaaccctcaataaacagaatcttgaggacagggagagcgcccaaattaaatgatatcattgaattac 252  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| ||  |||  || | |||| | ||| |  | ||||||||||||||||  |   |||| ||| |||| |||||||    
T  4132431 tcttctgcaattaatatcgatttcaggttcttactgccgtaaatacatagacttctaaggacagggagagcgcatacggtaaacgatgtcatagaattac 4132332  T
Q  253 agctataagatattttcaattcctcaagggatgtgcaattgtccaagtattcatgaggaaggaactctagatactcaca 331  Q
    | ||||  ||||||| ||| | |||||| ||| || ||||||  ||| |||| | ||||||||||||||||| ||||||    
T  4132331 aactatcggatatttccaaatgctcaagtgatttgtaattgtgaaaggattcgtaaggaaggaactctagattctcaca 4132253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 251; Significance: 1e-139; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 16 - 458
Target Start/End: Complemental strand, 5990835 - 5990393
Alignment:
Q  16 aatgaagcttctcacacttccataatgcaatataaacaaggtttgaagttgccattccacttgagggaaatgactccagtgcattacaatcccatatttt 115  Q
    |||||||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||||| ||| || | || || || |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||    
T  5990835 aatgaagcttctcacacttccagactgcaatataaacgaggtttggagtggctaatctacctgggggaaatgactccagttcattacagtcccatatttt 5990736  T
Q  116 aatgcttctaagaaatgagagactcttttttgacgcgtcttctgcaattgatatcgatttcagatttctacaaccctcaataaacagaatcttgaggaca 215  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||  |||  ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||    
T  5990735 gatgcttctaagaaatgagagactcttttccgacatgtcttctgcaattaatatcgatttcagatttttacaaccctcgataaacagactcttgaggaca 5990636  T
Q  216 gggagagcgcccaaattaaatgatatcattgaattacagctataagatattttcaattcctcaagggatgtgcaattgtccaagtattcatgaggaagga 315  Q
    |||||||| |||||  | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||| |||||||||||||||||    
T  5990635 gggagagcacccaaggtgaatgatatcattgaattacaactataagatattttcaattcctcaagtgatgtgtaactgtccaggtattcatgaggaagga 5990536  T
Q  316 actctagatactcacaattactgattatgagaaatttcaaagtttttggtagaccgtctgctgggaaagacatcggagatggaaagccgtctatgatcaa 415  Q
    ||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| | | |||| ||||||| ||||||||| ||||    
T  5990535 actctagattctcacagttactgattttgagaaatttcaaggtttttggtagaccgtctgttgggaaacaaaccggaaatggaaacccgtctatggtcaa 5990436  T
Q  416 ctgttgaagagaattaaaagggaacatcaagtgcctgaataca 458  Q
     ||||||||| |||| | ||| |||||||| ||||||| ||||    
T  5990435 ttgttgaagacaatttagaggtaacatcaattgcctgagtaca 5990393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0603 (Bit Score: 236; Significance: 1e-130; HSPs: 1)
Name: scaffold0603
Description:

Target: scaffold0603; HSP #1
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 21 - 471
Target Start/End: Original strand, 2635 - 3088
Alignment:
Q  21 agcttctcacacttccataatgcaatataaacaaggtttgaagttgccattccacttgagggaaatgactccagtgcattacaatcccatattttaatgc 120  Q
    ||||||||||||| ||| | ||||||||||   ||||||| ||| |||| ||||| || |||||||||||||| | ||||||||| ||||||| | ||||    
T  2635 agcttctcacactgccacactgcaatataactgaggtttggagtggccaatccacctgggggaaatgactccaattcattacaataccatattatgatgc 2734  T
Q  121 ttctaagaaatgagagactcttttttgacgcgtcttctgcaattgatatcgatttcagatttctacaaccctcaataaacagaatcttgaggacagggag 220  Q
    ||||||||||||||||||||||||  |||||  ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | | ||||||||||||||    
T  2735 ttctaagaaatgagagactcttttccgacgctccttctgcaattaatatcgatttcagatttttacaaccctcaataaacaaactattgaggacagggag 2834  T
Q  221 agcgcccaaattaaatgatatcattgaattacagctataagatattttcaattcctcaagggatgtgcaattgtccaagtattcatgaggaaggaactct 320  Q
    |||||||||   ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||||| |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  2835 agcgcccaaggcaaatgatatcattgaattacaactataagatatttttaatttctcaagtgatgtgtaattgtgcaagtattcatgaggaaggaactct 2934  T
Q  321 agatactcacaattactgattatgagaaatttcaaagtttttggtagaccgtctgctgggaaagacatcggagatggaaagccgtctatgatcaactgtt 420  Q
    |||| ||||||  ||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||     
T  2935 agattctcacagctactgattatgagaactttcaaggtttttggaagaccgtctggtgggaaagacatcggagatggaaaaccgtgtatggtcaactgtc 3034  T
Q  421 gaagagaattaaaagggaac---atcaagtgcctgaatacatgatttgatgatg 471  Q
    |||||||||| | |||||||   ||||  ||||||||||||||||  |||||||    
T  3035 gaagagaattcatagggaacatgatcagttgcctgaatacatgatcagatgatg 3088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 220; Significance: 1e-121; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 16 - 459
Target Start/End: Complemental strand, 18390366 - 18389923
Alignment:
Q  16 aatgaagcttctcacacttccataatgcaatataaacaaggtttgaagttgccattccacttgagggaaatgactccagtgcattacaatcccatatttt 115  Q
    |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||  ||||||| ||| |||| ||||| || |||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  18390366 aatgaagcttctgacacttccacaatgcaatataaatgaggtttggagtggccaatccacctgggggaaatgactccagttcattacaatcccatatttt 18390267  T
Q  116 aatgcttctaagaaatgagagactcttttttgacgcgtcttctgcaattgatatcgatttcagatttctacaaccctcaataaacagaatcttgaggaca 215  Q
     |||||||||||||||||||||||||| |  ||||| |||||  ||  | |||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||| |    
T  18390266 gatgcttctaagaaatgagagactcttctgcgacgcatcttcaacagctaatattgatttcagatttttacaaccctccataaacagactcttgaggata 18390167  T
Q  216 gggagagcgcccaaattaaatgatatcattgaattacagctataagatattttcaattcctcaagggatgtgcaattgtccaagtattcatgaggaagga 315  Q
    |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| ||| |||||||||| | |||    
T  18390166 gggagagcacccaaagtaaatgatatcattgaattacagctataagatattttcaattcctcaagcgatgtgtaattgtgcaaatattcatgagaatgga 18390067  T
Q  316 actctagatactcacaattactgattatgagaaatttcaaagtttttggtagaccgtctgctgggaaagacatcggagatggaaagccgtctatgatcaa 415  Q
    ||||||||| ||  ||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||  |||||||||||  ||||| |||| ||||||||| | ||    
T  18390066 actctagattctggcaattgctgattatgagaactttcaaggtttttggtagaccttctgtagggaaagacattagagattgaaaaccgtctatggtaaa 18389967  T
Q  416 ctgttgaagagaattaaaagggaacatcaagtgcctgaatacat 459  Q
     ||| |||||||||| | ||| | |||||| || ||||||||||    
T  18389966 ttgtcgaagagaattgagaggaagcatcaattggctgaatacat 18389923  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 203; Significance: 1e-110; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 203; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 16 - 471
Target Start/End: Complemental strand, 16449097 - 16448636
Alignment:
Q  16 aatgaagcttctcacacttccataatgcaatataaacaaggtttgaagttgccattccacttgagggaaatgactccagtgcattacaatcccatatttt 115  Q
    |||||||||||||||||| ||| | |||||||||||  ||||||| ||| | || ||||| || ||||||||||| |||  | ||||| |||||||||||    
T  16449097 aatgaagcttctcacactgccacactgcaatataaatgaggtttggagtgggcaatccacctgtgggaaatgacttcagctcgttacagtcccatatttt 16448998  T
Q  116 aatgcttctaagaaatgagagactcttttttgacgcgtcttctgcaattgatatcgatttcagatttctacaaccctcaataaacagaatcttgaggaca 215  Q
     ||||||||||||||||||||||| ||||  ||  |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| | |||||||||||    
T  16448997 gatgcttctaagaaatgagagactattttgggagtcgtcttctgcaattaatatcgatttcagatttttacaaccctcaatgaacaaactcttgaggaca 16448898  T
Q  216 gggagagcgcccaaattaaatgatatcattgaattacagctataagatattttcaattcctcaagggatgtgcaattgt------ccaagtattcatgag 309  Q
    ||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||  ||||||       |||||| |||||||    
T  16448897 gggagagcgcccaaggtaaatgataccattgaattacagctataagatattgttaattcctcaagagatgtaaaattgtgattgcgcaagtagtcatgag 16448798  T
Q  310 gaaggaactctagatactcacaattactgattatgagaaatttcaaagtttttggtagaccgtctgctgggaaagacatcggagatggaaagccgtctat 409  Q
    || |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||    
T  16448797 gagggaactctagattctcacaattactgattatcagaaatttcaaggttttctgtagaccgtctgttgggaaagacatcggagatgaaaagccatctat 16448698  T
Q  410 gatcaactgttgaagagaattaaaagggaacatcaagtgcctgaatacatgatttgatgatg 471  Q
    | | | |||| |||||  |||  ||||||||||||  |||||||||||| ||| | ||||||    
T  16448697 ggttagctgtcgaagatgattcgaagggaacatcagttgcctgaatacacgatctaatgatg 16448636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 157; Significance: 3e-83; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 157; E-Value: 3e-83
Query Start/End: Original strand, 71 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 17314023 - 17313668
Alignment:
Q  71 tccacttgagggaaatgactccagtgcattacaatcccatattttaatgcttctaagaaatgagagactcttttttgacgcgtcttctgcaattgatatc 170  Q
    ||||| || ||||||||| || ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||  ||| |||||||||||||| ||||     
T  17314023 tccacctgggggaaatgaatctagttcattacaatcccatattttgatgcttctaagaaatgagagactattttgcgacccgtcttctgcaattaatatt 17313924  T
Q  171 gatttcagatttctacaaccctcaataaacagaatcttgaggacagggagagcgcccaaattaaatgatatcattgaattacagctataagatattttca 270  Q
    |||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||    
T  17313923 gatttcagatttttacaaacctcaataaacagactcttgaggacagggagagcacccaaggtaaatgatatcattgaattacagttataagatattctca 17313824  T
Q  271 attcctcaagggatgtgcaattgtccaagtattcatgaggaaggaactctagatactcacaattactgattatgagaaatttcaaagtttttggtagacc 370  Q
    ||||||| ||  ||||| || |||  |  || ||||   ||||||| || | || |||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||| |||    
T  17313823 attcctcgagcaatgtgtaactgtgaagataatcat---gaaggaattccaaattctcacaattactaattttgagaaatttcaaggtttttggtaaacc 17313727  T
Q  371 gtctgctgggaaagacatcggagatggaaagccgtctatgatcaactgttgaagagaat 429  Q
     |||| |||||||||| || || |||||||| ||| |||| |||||||| |||||||||    
T  17313726 atctgttgggaaagacgtcagaaatggaaagtcgtatatggtcaactgtagaagagaat 17313668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000004; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 48 - 183
Target Start/End: Complemental strand, 42506765 - 42506631
Alignment:
Q  48 taaacaaggtttgaagttgccattccacttgagggaaatgactccagtgcattacaatcccatattttaatgcttctaagaaatgagagactcttttttg 147  Q
    |||||||||||| |||| | || ||||| || ||||||||||||||   || |||||||||||||||| || ||||||| |||| | ||  | |||| ||    
T  42506765 taaacaaggtttaaagtgggcaatccacatg-gggaaatgactccaactcactacaatcccatattttgatacttctaaaaaataaaagtttattttgtg 42506667  T
Q  148 acgcgtcttctgcaattgatatcgatttcagatttc 183  Q
    || |||||||| ||||| |||| ||||||| |||||    
T  42506666 acacgtcttcttcaattaatattgatttcacatttc 42506631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 283 - 361
Target Start/End: Complemental strand, 42506582 - 42506504
Alignment:
Q  283 atgtgcaattgtccaagtattcatgaggaaggaactctagatactcacaattactgattatgagaaatttcaaagtttt 361  Q
    ||||| |||||| |||||||||||||| |||||| || | || ||| |||||||| |||||||||| |||||| |||||    
T  42506582 atgtgtaattgtgcaagtattcatgagaaaggaattccaaattctcgcaattacttattatgagaactttcaaggtttt 42506504  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University