View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19510_low_5 (Length: 575)

Name: NF19510_low_5
Description: NF19510
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19510_low_5
NF19510_low_5
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (10-562)||(33140752-33141304)
chr1 (151-562)||(33159372-33159783)
chr1 (151-562)||(33182216-33182627)
chr1 (144-562)||(33286936-33287360)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 453; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 453; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 33141304 - 33140752
Alignment:
Q  10 ataatactgacagagatgatttcacactcaaatgaccatgagcaagactaagaagaaaatgcaataattaaacataggacacatagtttaccgatgccaa 109  Q
    |||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  33141304 ataaaactgacaaagatgatctcacactcaaatgaccataaagaagaccaagaagaaaatgcaataattaaacataggacatatagtttgccgatgccaa 33141205  T
Q  110 agaccggtgaagctagctaatgctcaccattggccttatccccattatggcaacacttgtagctaataaacacttccattgtgcggtgacaatctggaca 209  Q
    ||||| |||||||||||||||| ||| ||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33141204 agaccagtgaagctagctaatgttcagcattaaccttatcgccattatggcaacacttgtagctaataaacacttccattgtgcggtgacaatctggaca 33141105  T
Q  210 ctcgataaaatctggaatttttccagcaacattaggaatctcaaggtgagagcaaatatgaacggtactagcaaccttgtgatgatgttctctaaatgcg 309  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33141104 ctcgataaaatctggaattttcccagcaacattaggaatctcaaggtgagagcaaatatgaacggtactagcaaccttgtgatgatgttctctaaatgcg 33141005  T
Q  310 aattcaaagcctttattgattgccacatctttccatttgtcaaactcggacactgtcttcaaagctgtagtcccatgaccaacagaagtcacaatagacc 409  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33141004 aattcaaagcctttattgatcgccacatctttccatttgtcaaactcggacactgtcttcaaaactgaagtcccatgaccaacagaagtcacaatagacc 33140905  T
Q  410 ctttggttacaattgcccatcctgtctcattcttgtatgaaagcaatttctcaacctgctgtgtaacagtgtttgttttctcatgcatcttggtcacaaa 509  Q
    ||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33140904 ctttggttacaattgcccacccagtctcattcttgtaagaaagcaatttctcaacctgttgtgttacagtgtttgttttctcatgcatcttggtcacaaa 33140805  T
Q  510 caaactttctacctttttccaaaagttgttaaccacatttggctgttgagact 562  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33140804 caaactttctacctttttccagaagttgttaaccacatttggctgttgagact 33140752  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 228; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 151 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 33159783 - 33159372
Alignment:
Q  151 ccattatggcaacacttgtagctaataaacacttccattgtgcggtgacaatctggacactcgataaaatctggaatttttccagcaacattaggaatct 250  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||    
T  33159783 ccattatggcagcacttgtagctgatatacacttccattgtgcggtgacaatctggacacttaataaagtctgggatttttccatcaacattaggaatct 33159684  T
Q  251 caaggtgagagcaaatatgaacggtactagcaaccttgtgatgatgttctctaaatgcgaattcaaagcctttattgattgccacatctttccatttgtc 350  Q
    |||||||||||||||||||||| | |||||||| | ||| |||||  |||||||||| | |||||||||| ||  || |  |  || |||||||| || |    
T  33159683 caaggtgagagcaaatatgaacagaactagcaatcgtgttatgatactctctaaatgagtattcaaagcccttggtgctcacatcacctttccatgtgcc 33159584  T
Q  351 aaactcggacactgtcttcaaagctgtagtcccatgaccaacagaagtcacaatagaccctttggttacaattgcccatcctgtctcattcttgtatgaa 450  Q
    |||||| |  | |||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||| |||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||| |||    
T  33159583 aaactctgcaaatgtcttcaaaactgtagtcccatgaccaacagcaatcacaatagaacctttggttacaattgcccaccctgactcatttttgtaagaa 33159484  T
Q  451 agcaatttctcaacctgctgtgtaacagtgtttgttttctcatgcatcttggtcacaaacaaactttctacctttttccaaaagttgttaaccacatttg 550  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||     
T  33159483 agcaatttctcaacctgttgtgtaacagagtttgttttctcatgcatcttggtcacaaacaaactctctacctttttccaaaaggtgttaaccacatttt 33159384  T
Q  551 gctgttgagact 562  Q
    | ||||||||||    
T  33159383 gttgttgagact 33159372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 151 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 33182627 - 33182216
Alignment:
Q  151 ccattatggcaacacttgtagctaataaacacttccattgtgcggtgacaatctggacactcgataaaatctggaatttttccagcaacattaggaatct 250  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||    
T  33182627 ccattatggcagcacttgtagctgatatacacttccattgtgcggtgacaatctggacacttaataaagtctgggatttttccatcaacattaggaatct 33182528  T
Q  251 caaggtgagagcaaatatgaacggtactagcaaccttgtgatgatgttctctaaatgcgaattcaaagcctttattgattgccacatctttccatttgtc 350  Q
    |||||||||||||||||||||| | |||||||| | ||| |||||  |||||||||| |  ||||||||| ||  || |  |  || |||||||| || |    
T  33182527 caaggtgagagcaaatatgaacagaactagcaatcgtgttatgatactctctaaatgagtgttcaaagcccttggtgctcacatcacctttccatgtgcc 33182428  T
Q  351 aaactcggacactgtcttcaaagctgtagtcccatgaccaacagaagtcacaatagaccctttggttacaattgcccatcctgtctcattcttgtatgaa 450  Q
    |||||| |  | |||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||| |||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||| |||    
T  33182427 aaactctgcaaatgtcttcaaaactgtagtcccatgaccaacagcaatcacaatagaacctttggttacaattgcccaccctgactcatttttgtaagaa 33182328  T
Q  451 agcaatttctcaacctgctgtgtaacagtgtttgttttctcatgcatcttggtcacaaacaaactttctacctttttccaaaagttgttaaccacatttg 550  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||     
T  33182327 agcaatttctcaacctgttgtgtaacagagtttgttttctcatgcatcttggtcacaaacaaactctctacctttttccaaaaggtgttaaccacatttt 33182228  T
Q  551 gctgttgagact 562  Q
    | ||||||||||    
T  33182227 gttgttgagact 33182216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 144 - 562
Target Start/End: Original strand, 33286936 - 33287360
Alignment:
Q  144 cttatccccattatggcaacacttgtagctaataaacacttccattgtgcggtgacaatctggacactcgataaaatctggaatttttccagcaacatta 243  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||| |||    
T  33286936 cttatcctcatcatggcaacacttgtaggtaataaacacttccattctgcgacgacaatctggacactcaacaaaatctgggatttttccagcaacttta 33287035  T
Q  244 ggaatctcaaggtgagagcaaatatgaacggtactagcaaccttgtgatgatgttctctaaatgcgaattcaaagcctttattgattgccacatctttcc 343  Q
     ||||||||||||||||||||| ||||| || |  ||||||||| | |||||||||  |||||||   ||||||||| || || |||||||| |||||||    
T  33287036 tgaatctcaaggtgagagcaaagatgaaaggaaggagcaaccttcttatgatgttcattaaatgcatgttcaaagccctttttaattgccacttctttcc 33287135  T
Q  344 atttgtcaaactcggacactgtcttcaaagctgtagtcccatgaccaacagaagtcacaatagaccctttggttacaattgcccatcctgtctcattctt 443  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| |  ||||||| ||||| ||||||| | |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  33287136 atttgtcaaactcggacactgttttcgacactgtagtaccatggccaacagcaatcacaatagaacctttggttacaattgcccaccctgtctcattctt 33287235  T
Q  444 gtatgaaagcaatttctcaacctgctgtgtaacagtgtttgtt------ttctcatgcatcttggtcacaaacaaactttctacctttttccaaaagttg 537  Q
    ||| |||||||||||||||||||| ||| | ||| ||| ||||      || | || ||||||||| | ||||||||| || |||||| ||||||| |||    
T  33287236 gtacgaaagcaatttctcaacctgttgttttacactgtctgttgtatcattattattcatcttggtgagaaacaaactctccacctttgtccaaaatttg 33287335  T
Q  538 ttaaccacatttggctgttgagact 562  Q
    |||||||||||||||| ||||||||    
T  33287336 ttaaccacatttggcttttgagact 33287360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University