View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19518_low_1 (Length: 459)

Name: NF19518_low_1
Description: NF19518
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19518_low_1
NF19518_low_1
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (19-448)||(27087569-27087998)
chr2 (20-436)||(27020390-27020806)
chr2 (19-448)||(26978685-26979119)
chr2 (23-436)||(39748373-39748786)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (19-448)||(34681080-34681514)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (27-448)||(11632233-11632651)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (309-383)||(1959758-1959832)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 414; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 414; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 448
Target Start/End: Original strand, 27087569 - 27087998
Alignment:
Q  19 gtaaaagctcttcttgttgcttatgtccatattcagaaaaatattgtaggcttttcctacatttcaccaataatgaggttagcactttgcatagtatgat 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27087569 gtaaaagctcttcttgttgcttatgtccatattcagaaaaatattgtaggcttttcctacatttcaccaataatgaggttagcactttgcatagtatgat 27087668  T
Q  119 ttatgaatacaaatttataacatttaaccaatcttacctgctttcctctaatgctttgagttgaacctcattcaatgaatttagtcctttgagtgctgtg 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||    
T  27087669 ttatgaatacaaatttataacatttaaccaatcttacctgctttcctctaatgctttgagttgaacctcgttcaatgaatttagtcccttgagtgccgtg 27087768  T
Q  219 gattgcccgtctaaaagttcttgttgtttttctaaggaaacccctgccatatttccaatatcttccgctttggtttgtagagtgttcatctttgatgaca 318  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27087769 gattgtccgtctaaaagttcttgttgtttttctaaggaaacccctgccatatttccaatatcttccgctttggtttgtagagtgttcatctttgatgaca 27087868  T
Q  319 tagcatctccaactttgatcacttcattttcaatctcaatggtttcatctcttaacttttctatttcttttcccaaataactataagattctttgagcaa 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27087869 tagcatctccaactttgatcacttcattttcaatctcaatggtttcatctcttaacttttctatttcttttcccaaataactataagattctttgagcaa 27087968  T
Q  419 tgcaaccccatcctctaattttctcttcat 448  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27087969 tgcaaccccatcctctaattttctcttcat 27087998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 333; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 27020806 - 27020390
Alignment:
Q  20 taaaagctcttcttgttgcttatgtccatattcagaaaaatattgtaggcttttcctacatttcaccaataatgaggttagcactttgcatagtatgatt 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  27020806 taaaagctcttcttgttgcttatgtccatattcagaaaaatattgtaggcttttcctacatctcaccaattatgaggttagcactttgcataatatgatt 27020707  T
Q  120 tatgaatacaaatttataacatttaaccaatcttacctgctttcctctaatgctttgagttgaacctcattcaatgaatttagtcctttgagtgctgtgg 219  Q
    ||||||||||||||||||| |||| |  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  27020706 tatgaatacaaatttataaaatttgataaatcttacctgctttcctctaatgctttgaattgaacctcgttcaatgaatttagtcccttgagtgctgtgg 27020607  T
Q  220 attgcccgtctaaaagttcttgttgtttttctaaggaaacccctgccatatttccaatatcttccgctttggtttgtagagtgttcatctttgatgacat 319  Q
    ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27020606 attgcccatctaaaagttcatgttgtttttctaaggaaacccttgcaatatttccaatatcttccgctttggtttgtagagtgttcatctttgatgacat 27020507  T
Q  320 agcatctccaactttgatcacttcattttcaatctcaatggtttcatctcttaacttttctatttcttttcccaaataactataagattctttgagcaat 419  Q
    || ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27020506 agtatctccaactttgataacttcattctcaatctcaatggcttcctctcttaacttttctatttcttttcccaaataactataagattctttgagcaat 27020407  T
Q  420 gcaaccccatcctctaa 436  Q
    || || |||||||||||    
T  27020406 gctacaccatcctctaa 27020390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 319; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 19 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 26979119 - 26978685
Alignment:
Q  19 gtaaaagctcttcttgttgcttatgtccatattcagaaaaatattgtaggcttttcctacatttcaccaataatgaggttagcactttgcatagtatgat 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  26979119 gtaaaagctcttcttgttgcttatgtccatattcagaaaaatattgtaggcttttcctacatttcaccaattatgaggttaacactttgcataatatgat 26979020  T
Q  119 ttatgaata-----caaatttataacatttaaccaatcttacctgctttcctctaatgctttgagttgaacctcattcaatgaatttagtcctttgagtg 213  Q
    |||||||||     |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| | |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |    
T  26979019 ttatgaatatattacaaatttataacatttaaccgatcctacctgctttcctccagtgctttgaattgaacctcgttcaatgaatttagtcccttgagcg 26978920  T
Q  214 ctgtggattgcccgtctaaaagttcttgttgtttttctaaggaaacccctgccatatttccaatatcttccgctttggtttgtagagtgttcatctttga 313  Q
    | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  26978919 cggtggattgtccgtctaaaagttcttgttgtttttctaaggaaacccctgccatatttccaatatcttccgccttagtttgtagagtgttcatctttga 26978820  T
Q  314 tgacatagcatctccaactttgatcacttcattttcaatctcaatggtttcatctcttaacttttctatttcttttcccaaataactataagattctttg 413  Q
    |||||||| || |||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26978819 tgacatagtatttccaactttgataacttcattctcaatctcaatggcttcatctcttaacttttctatttcttttcccaaataactataagattctttg 26978720  T
Q  414 agcaatgcaaccccatcctctaattttctcttcat 448  Q
    |||||||| || ||||||||||| || ||||||||    
T  26978719 agcaatgctacaccatcctctaacttcctcttcat 26978685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 23 - 436
Target Start/End: Original strand, 39748373 - 39748786
Alignment:
Q  23 aagctcttcttgttgcttatgtccatattcagaaaaatattgtaggcttttcctacatttcaccaataatgaggttagcactttgcatagtatgatttat 122  Q
    ||||||||| || ||||| || |||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||| ||| ||||||||| || |||||  |||   ||||||    
T  39748373 aagctcttcatgctgcttttgcccatattcagcaaaatattgtagatttttcctacatttcacaaattatgaggttaacattttgccaagttaaatttat 39748472  T
Q  123 gaatacaaatttataacatttaaccaatcttacctgctttcctctaatgctttgagttgaacctcattcaatgaatttagtcctttgagtgctgtggatt 222  Q
    |  | |||||||||  ||||||| |||  ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||    |||||||| |||||||    
T  39748473 gccttcaaatttatggcatttaatcaactttacctgctttcctctagtgctttgaattgaacctcattcaatgaatttaggaacttgagtgccgtggatt 39748572  T
Q  223 gcccgtctaaaagttcttgttgtttttctaaggaaacccctgccatatttccaatatcttccgctttggtttgtagagtgttcatctttgatgacatagc 322  Q
    | || |||| |||||  |||||||| ||||| || | |||||||| |||| |||||||||| || ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  39748573 gtccttctacaagttgatgttgtttatctaaagagatccctgccacattttcaatatcttcagccttgctttgtagaatgttcatctttgatgacatagc 39748672  T
Q  323 atctccaactttgatcacttcattttcaatctcaatggtttcatctcttaacttttctatttcttttcccaaataactataagattctttgagcaatgca 422  Q
    ||||||||||||||| || | ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| || |||||||||||     
T  39748673 atctccaactttgattaccttattctcaatctcaatggcttcatctcttaacttttctatttctttgcccaaataattataagactccttgagcaatgct 39748772  T
Q  423 accccatcctctaa 436  Q
    ||||||||||||||    
T  39748773 accccatcctctaa 39748786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 331; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 331; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 34681514 - 34681080
Alignment:
Q  19 gtaaaagctcttcttgttgcttatgtccatattcagaaaaatattgtaggcttttcctacatttcaccaataatgaggttagcactttgcatagtatgat 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  34681514 gtaaaagctcttcttgttgcttatgtccatattcagaaaaatattgtacgcttttcctacatttcaccaattatgaggttagcactttgcataatatgat 34681415  T
Q  119 ttatgaata-----caaatttataacatttaaccaatcttacctgctttcctctaatgctttgagttgaacctcattcaatgaatttagtcctttgagtg 213  Q
    |||||||||     |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  34681414 ttatgaatatatgacaaatttataacatttaaccgatcttacctgctttcctctagtgctttgaattgaacctcgttcaatgaatttagtcccttgagtg 34681315  T
Q  214 ctgtggattgcccgtctaaaagttcttgttgtttttctaaggaaacccctgccatatttccaatatcttccgctttggtttgtagagtgttcatctttga 313  Q
    | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  34681314 ccgtggattgtccgtctaaaagttcttgttgtttttctaaggaaacccctgccatatttccaatatcttccgccttagtttgtagagtgttcatctttga 34681215  T
Q  314 tgacatagcatctccaactttgatcacttcattttcaatctcaatggtttcatctcttaacttttctatttcttttcccaaataactataagattctttg 413  Q
    |||||||| || |||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34681214 tgacatagtatttccaactttgataacttcattctcaatctcaatggcttcatctcttaacttttctatttcttttcccaaataactataagattctttg 34681115  T
Q  414 agcaatgcaaccccatcctctaattttctcttcat 448  Q
    |||||||| || ||||||||||| || ||||||||    
T  34681114 agcaatgctacaccatcctctaacttcctcttcat 34681080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 257; Significance: 1e-143; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 257; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 27 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 11632651 - 11632233
Alignment:
Q  27 tcttcttgttgcttatgtccatattcagaaaaatattgtaggcttttcctacatttcaccaataatgaggttagcactttgcatag------tatgattt 120  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |       | | ||||    
T  11632651 tcttcttgttgcttatgtccatattcagcaaaatattgtaggcttttcctacatttcaccaattatgaggttagcactttgcaaatgcaaaattttattt 11632552  T
Q  121 atgaatacaaatttataacatttaaccaatcttacctgctttcctctaatgctttgagttgaacctcattcaatgaatttagtcctttgagtgctgtgga 220  Q
    |||||||||||||||         |||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||| ||||| |||||||| |||| |||||| |||||    
T  11632551 atgaatacaaattta---------accaatcttacctgctctcctctagtgctttgaattgaacctcgttcaacgaatttaggccttcgagtgccgtgga 11632461  T
Q  221 ttgcccgtctaaaagttcttgttgtttttctaaggaaacccctgccatatttccaatatcttccgctttggtttgtagagtgttcatctttgatgacata 320  Q
    ||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  11632460 ttgtccatctaaaagttcttgttgttttcctaaggaaatcccagccatatttccaatatcttcagctttgctttgtagcgtgttcatctttgatgacata 11632361  T
Q  321 gcatctccaactttgatcacttcattttcaatctcaatggtttcatctcttaacttttctatttcttttcccaaataactataagattctttgagcaatg 420  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||    
T  11632360 gcatctccaactttgatcacttcattttcaatctcaatggcttcatctcttaacttttctatttctttgcccaaataactataagattcctttagcaatg 11632261  T
Q  421 caaccccatcctctaattttctcttcat 448  Q
    | || |||||||||||||| ||||||||    
T  11632260 ctacaccatcctctaatttcctcttcat 11632233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 51; Significance: 5e-20; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 309 - 383
Target Start/End: Original strand, 1959758 - 1959832
Alignment:
Q  309 tttgatgacatagcatctccaactttgatcacttcattttcaatctcaatggtttcatctcttaacttttctatt 383  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| || | ||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  1959758 tttgatgacatagcatctccaactttgattaccttattctcaatttcaatggcttcatctcttaacttttctatt 1959832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University