View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19519_low_2 (Length: 856)

Name: NF19519_low_2
Description: NF19519
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19519_low_2
NF19519_low_2
[»] chr3 (8 HSPs)
chr3 (1-702)||(49192108-49192809)
chr3 (1-672)||(49208385-49209056)
chr3 (1-665)||(49188372-49189036)
chr3 (1-691)||(49213225-49213914)
chr3 (1-671)||(49203214-49203879)
chr3 (736-840)||(49192845-49192949)
chr3 (278-439)||(29622865-29623026)
chr3 (503-610)||(29622725-29622834)
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (1-665)||(37030883-37031547)
chr1 (25-695)||(32591746-32592417)
chr1 (25-695)||(31527514-31528184)
chr1 (25-695)||(51824917-51825588)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (16-695)||(26756766-26757444)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 530; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 530; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 702
Target Start/End: Original strand, 49192108 - 49192809
Alignment:
Q  1 actttaattccctgtttctcaccttctccagccctctgcatcgcaataaccttcgtctctgcatcaattttcgctgcgttctggatcgtttgtccttccc 100  Q
    |||||||||||||  || || || ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||| || || |  |||||||||||||    
T  49192108 actttaattccctccttgtcgccctctccagccctctgcatcgcaataatctttgtctctgcatcaatttttgctgcattttgtagtgtttgtccttccc 49192207  T
Q  101 tcaattttgaaccaatttcacctttcatcttagcttctgccacgtcaaccctagcttgatttgctgcttccatttgcgtcttttgtcccaaatatgagaa 200  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||  || |||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  49192208 tcaatttcgaaccaatctcacctttcatcttagcttctgatacatcaacccttgcttgattcgctgcttccatttgtgtcttttgacccaaatatgagaa 49192307  T
Q  201 atattcatgacccggcacatccaccaattgcttaacattggcgttgtaaatccataatccgaactggttcaattcaagttgaactttgtcgaatacttct 300  Q
    ||| |||||||| |||||||| || || || |||||||| || ||||||||| |||| ||||| ||||| | ||| |||||||||||  | |||||||||    
T  49192308 atactcatgacctggcacatcaactaactgtttaacattagcattgtaaatcaataaaccgaattggtttagttcgagttgaacttttccaaatacttct 49192407  T
Q  301 tgtttaaattcttttgttcctctgaaaacctcttccatggtcattgatgcagcgaggacacgtgtctcgccttcgatgattccttgaacgagttccttaa 400  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49192408 tgtttaaactcttttgttcctctgaaaacctcttccatggtcattgatgcagcgaggacacgtgtctcgccttcgatgattccttgaacgagttccttaa 49192507  T
Q  401 catgattggagagtttatcgtgcggtgaaataagtttggcgtatttgagaaggctttccttatcatccacacgaggaccgatagtgaagacagcggggag 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49192508 catgattggagagtttatcgtgcggtgaaataagtttggcgtatttgagaaggctttccttatcatccacacgaggaccgatagtgaagacagcggggag 49192607  T
Q  501 aacaaaaggaagtttctctgcgctcattgcttgaacttcaaaggtgtaatttacaggtgagaggtcgaagacggagtaggattgaccgggtagaatccat 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49192608 aacaaaaggaagtttctctgcgctcattgcttgaacttcaaaggtgtaatttacaggtgagaggtcgaagacggagtaggattgaccgggtagaatccat 49192707  T
Q  601 gctttctttgcgagttttatgtctttgattccgattccagttatcacaaggtattgtgatgcttttgctaccttgtacattgttgattttgatttaattt 700  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  49192708 gctttctttgcgagctttatgtctttgattccgattccggttatcacaaggtattgtgatgcttttgctaccttgtacatcgttgattttgatttaattt 49192807  T
Q  701 tt 702  Q
    ||    
T  49192808 tt 49192809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 468; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 672
Target Start/End: Original strand, 49208385 - 49209056
Alignment:
Q  1 actttaattccctgtttctcaccttctccagccctctgcatcgcaataaccttcgtctctgcatcaattttcgctgcgttctggatcgtttgtccttccc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49208385 actttaattccctgtttctcaccttctccagccctctgcatcgcaataaccttcgtctctgcatcaattttcgctgcgttctggatcgtttgtccttccc 49208484  T
Q  101 tcaattttgaaccaatttcacctttcatcttagcttctgccacgtcaaccctagcttgatttgctgcttccatttgcgtcttttgtcccaaatatgagaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49208485 tcaattttgaaccaatttcacctttcatcttggcttctgccacgtcaaccctagcttgatttgctgcttccatttgcgtcttttgtcccaaatatgagaa 49208584  T
Q  201 atattcatgacccggcacatccaccaattgcttaacattggcgttgtaaatccataatccgaactggttcaattcaagttgaactttgtcgaatacttct 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49208585 atattcatgacccggcacatccaccaattgcttaacattggcgttgtaaatccataatccgaattggttcaattcaagttgaactttgtcgaatacttct 49208684  T
Q  301 tgtttaaattcttttgttcctctgaaaacctcttccatggtcattgatgcagcgaggacacgtgtctcgccttcgatgattccttgaacgagttccttaa 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  49208685 tgtttaaattcttttgttcctctgaaaacctcttccatcgtcattgaagcaacgaggacacgtgtctcgccttcgatgattccttgaacaagttcattaa 49208784  T
Q  401 catgattggagagtttatcgtgcggtgaaataagtttggcgtatttgagaaggctttccttatcatccacacgaggaccgatagtgaagacagcggggag 500  Q
    | ||||||||||||||||| || || ||||| |||||||| |||||||| |||||||| | ||| || |||||||||||||| |||||||| || |||||    
T  49208785 cgtgattggagagtttatcatgaggggaaattagtttggcatatttgaggaggctttcgtaatcgtcaacacgaggaccgattgtgaagacggcagggag 49208884  T
Q  501 aacaaaaggaagtttctctgcgctcattgcttgaacttcaaaggtgtaatttacaggtgagaggtcgaagacggagtaggattgaccgggtagaatccat 600  Q
     || ||||| ||||| || || ||||| ||||||||||| |||||||| || || ||||||||||||||||| | | |||||||||| || | |||||||    
T  49208885 gacgaaagggagtttttcagcactcatggcttgaacttcgaaggtgtagttcaccggtgagaggtcgaagacagtgcaggattgacctggaaaaatccat 49208984  T
Q  601 gctttctttgcgagttttatgtctttgattccgattccagttatcacaaggtattgtgatgcttttgctacc 672  Q
    ||||||||| | || ||||  || |  ||||||   ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  49208985 gctttcttttcaagctttacatcgtcaattccggcgccagttatcacaaggtattctgatgcctttgctacc 49209056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 405; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 665
Target Start/End: Original strand, 49188372 - 49189036
Alignment:
Q  1 actttaattccctgtttctcaccttctccagccctctgcatcgcaataaccttcgtctctgcatcaattttcgctgcgttctggatcgtttgtccttccc 100  Q
    |||||||||||||  |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| | ||||||||||||||    
T  49188372 actttaattccctccttctcaccctctccagctctctgcatcgcaataaccttcgtctctgcatcaatttttgctgcattctgcagcgtttgtccttccc 49188471  T
Q  101 tcaattttgaaccaatttcacctttcatcttagcttctgccacgtcaaccctagcttgatttgctgcttccatttgcgtcttttgtcccaaatatgagaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  49188472 tcaattttgaaccaatttcacctttcatcttagcttctgacacgtcaaccctagcttgattcttggcttccatctgcgtcttttgacccaaatatgagaa 49188571  T
Q  201 atattcatgacccggcacatccaccaattgcttaacattggcgttgtaaatccataatccgaactggttcaattcaagttgaactttgtcgaatacttct 300  Q
    ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||| || ||||| ||||||||||||||||| |||||||||    
T  49188572 atactcatgaccgggcacatccaccaattgcttaacattcgcattgtaaatcaataatccgaattgattcaactcaagttgaactttgtcaaatacttct 49188671  T
Q  301 tgtttaaattcttttgttcctctgaaaacctcttccatggtcattgatgcagcgaggacacgtgtctcgccttcgatgattccttgaacgagttccttaa 400  Q
    |||||||| | ||| ||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  49188672 tgtttaaactgtttcgttcctctgaaaacctcctccatggtcatggaagcagcgaggacacgtgtctccccttcgatgattccttgaacgagttcattaa 49188771  T
Q  401 catgattggagagtttatcgtgcggtgaaataagtttggcgtatttgagaaggctttccttatcatccacacgaggaccgatagtgaagacagcggggag 500  Q
    | ||||||||| ||  ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||| || |||||||| ||||||||    
T  49188772 cgtgattggagtgtcgatcatgaggtgaaataagtttggcgtatttgagaaggctttcctgatcgtcaacacgaggaccaattgtgaagacggcggggag 49188871  T
Q  501 aacaaaaggaagtttctctgcgctcattgcttgaacttcaaaggtgtaatttacaggtgagaggtcgaagacggagtaggattgaccgggtagaatccat 600  Q
    |||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| | | ||||||||||||| | |||||||    
T  49188872 aacaaaaggaagtttctcggcactcatagcttgaacttcaaaggtgtagtttaccggtgagaggtccaagacagtgcaggattgaccgggaaaaatccat 49188971  T
Q  601 gctttctttgcgagttttatgtctttgattccgattccagttatcacaaggtattgtgatgcttt 665  Q
    |||||||||  |||||| |||||||||||    || || |||||||||||||||| |||||||||    
T  49188972 gctttctttttgagtttgatgtctttgatgaaaatacctgttatcacaaggtattctgatgcttt 49189036  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 363; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 691
Target Start/End: Original strand, 49213225 - 49213914
Alignment:
Q  1 actttaattccctgtttctcaccttctccagccctctgcatcgcaataaccttcgtctctgcatcaattttcgctgcgttctggatcgtttgtccttccc 100  Q
    |||||||||||||| ||||||| |||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| | |||||||||| |||    
T  49213225 actttaattccctgcttctcactttctcctgccctttgcatcgctataaccttcgtctctgcatcaatttttgctgcattctgcagcgtttgtcctaccc 49213324  T
Q  101 tcaattttgaaccaatttcacctttcatcttagcttctgccacgtcaaccctagcttgatttgctgcttccatttgcgtcttttgtcccaaatatgagaa 200  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||    
T  49213325 tcaatttcgaaccaatttcacctttcatcttagcttctgccacatcaaccttagcttgattcgctgcttccatctgcgtcttttgtcccagatatgagaa 49213424  T
Q  201 atattcatgacccggcacatccaccaattgcttaacattggcgttgtaaatccataatccgaactggttcaattcaagttgaactttgtcgaatacttct 300  Q
    ||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||| || || |||||| |||| ||||| || ||||| |||||||||||||| || |||||||||    
T  49213425 atactcgtgaccaggcacatccaccaattgcttaacattcgcattataaatcaataacccgaattgattcaactcaagttgaactttatcaaatacttct 49213524  T
Q  301 tgtttaaattcttttgttcctctgaaaacctcttccatggtcattgatgcagcgaggacacgtgtctcgccttcgatgattccttgaacgagttccttaa 400  Q
    |||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||| ||||| || ||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| ||||    
T  49213525 tgtttaaactgttttgttcctctgaaaacctcctccatagtcatggaggcagctaggacacgtgtctcaccttcaatgattccttgaacaagttcattaa 49213624  T
Q  401 catgattggagagtttatcgtgcggtgaaataagtttggcgtatttgagaaggctttccttatcatccacacgaggaccgatagtgaagacagcggggag 500  Q
    ||||||||||| || |||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  49213625 catgattggagtgtctatcatggggtgaaataagtttggcgtatttgaggaggctttcctgatcgtcaacacgaggaccgatagtgaagacagcagggag 49213724  T
Q  501 aacaaaaggaagtttctctgcgctcattgcttgaacttcaaaggtgtaatttacaggtgagaggtcgaagacggagtaggattgaccgggtagaatccat 600  Q
    ||| ||||| ||||| || || ||||| ||||||||||| ||||| || || || ||||| ||||||||||| | | | ||||||||||| | |||||||    
T  49213725 aacgaaagggagtttttcggcactcatggcttgaacttcgaaggtatagttcaccggtgaaaggtcgaagaccgtgcatgattgaccggggaaaatccat 49213824  T
Q  601 gctttctttgcgagttttatgtctttgattccgattccagttatcacaaggtattgtgatgcttttgctaccttgtacattgttgattttg 691  Q
    |||||||||  |||||||||||| | |||||||   ||||||||  |||| |||| ||||||||||||||||  ||||| |||||||||||    
T  49213825 gctttcttttggagttttatgtcgtcgattccggcaccagttatagcaagatattctgatgcttttgctacccggtaca-tgttgattttg 49213914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 342; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 671
Target Start/End: Original strand, 49203214 - 49203879
Alignment:
Q  1 actttaattccctgtttctcaccttctccagccctctgcatcgcaataaccttcgtctctgcatcaattttcgctgcgttctggatcgtttgtccttccc 100  Q
    |||||||||||||  || ||||| | ||| | ||||||||  |||||||| || |||||||||||||| |||||||| ||||| | ||||| ||||| ||    
T  49203214 actttaattccctccttgtcaccctatccggtcctctgcagtgcaataacttttgtctctgcatcaatcttcgctgcattctgcagcgtttttccttgcc 49203313  T
Q  101 tcaattttgaaccaatttcacctttcatcttagcttctgccacgtcaaccctagcttgatttgctgcttccatttgcgtcttttgtcccaaatatgagaa 200  Q
    ||||||| |||    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||| |||| |||||||||    
T  49203314 tcaatttcgaa----tttcacctttcatcttagcctctgccacgtcaaccctagcttgattcgctgcctccatctgcgtcttttgccccagatatgagaa 49203409  T
Q  201 atattcatgacccggcacatccaccaattgcttaacattggcgttgtaaatccataatccgaactggttcaattcaagttgaactttgtcgaatacttct 300  Q
    ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||| ||||    
T  49203410 atactcatgaccaggcacatccaccaattgcttaacatttgcattgtaaatcaataatccgaattgattcaactcaagttgaactttgtcgaata-ttct 49203508  T
Q  301 tgtttaaattcttttgttcctctgaaaacctcttccatggtcattgatgcagcgaggacacgtgtctcgccttcgatgattccttgaacgagttccttaa 400  Q
    |||||||| | ||| ||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||| || |||||||| || ||||| |||||||||||||| ||||| ||||    
T  49203509 tgtttaaactgtttcgttcctctgaaaacctcctccatggtcatggaagcagccagtacacgtgtttccccttcaatgattccttgaacaagttcattaa 49203608  T
Q  401 catgattggagagtttatcgtgcggtgaaataagtttggcgtatttgagaaggctttccttatcatccacacgaggaccgatagtgaagacagcggggag 500  Q
    ||||||||||||||  ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||| |||||||| || || |||||    
T  49203609 catgattggagagtcgatcatgtggtgaaataagtttggcgtatttgagaaggctttcctgatcgtcaacacgaggaccaatagtgaaaacggcagggag 49203708  T
Q  501 aacaaaaggaagtttctctgcgctcattgcttgaacttcaaaggtgtaatttacaggtgagaggtcgaagacggagtaggattgaccgggtagaatccat 600  Q
    |||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||| |||| |||||||| | |||||||    
T  49203709 aacaaaaggaagtttctcggcactcatagcttgaacttcgaaggtgtagtttaccggtgagaggtccaagacggagcaggactgaccgggaataatccat 49203808  T
Q  601 gctttctttgcgagttttatgtctttgattccgattccagttatcacaaggtattgtgatgcttttgctac 671  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||    || || |||||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  49203809 gctttctttgcaagttttatgtctttgatgagaatacctgttatcacaaggtattctgatgcctttgctac 49203879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 97; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 736 - 840
Target Start/End: Original strand, 49192845 - 49192949
Alignment:
Q  736 ttactgaagtcactgtgttcttgcttatggtgtaaggtgtatgatatggaaggctttatatagatatatgataaaggaagacaatgcatgatagcaaaat 835  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  49192845 ttactgaagtcactgtgttcttgcttatggtgtaaggtgtatggtatggaaggctttatatagatatatgataaaggaagagaatgcatgatagcaaaat 49192944  T
Q  836 aatta 840  Q
    |||||    
T  49192945 aatta 49192949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 78; E-Value: 7e-36
Query Start/End: Original strand, 278 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 29623026 - 29622865
Alignment:
Q  278 gttgaactttgtcgaatacttcttgtttaaattcttttgttcctctgaaaacctcttccatggtcattgatgcagcgaggacacgtgtctcgccttcgat 377  Q
    |||||||||| | |||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||| ||||| || || ||||||||| ||||||| ||||||||    
T  29623026 gttgaactttcttgaatacttcttgtttaaactcttctgttcctctaaaaacctcttccatagtcatggaagctgcgaggacatgtgtctcaccttcgat 29622927  T
Q  378 gattccttgaacgagttccttaacatgattggagagtttatcgtgcggtgaaataagtttgg 439  Q
    | |||| ||||| ||||| || || ||||| |||||||||||||| || ||||| |||||||    
T  29622926 gtttccctgaacaagttcattgacgtgatttgagagtttatcgtgtggggaaattagtttgg 29622865  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 503 - 610
Target Start/End: Complemental strand, 29622834 - 29622725
Alignment:
Q  503 caaaaggaagtttctctgcgctcattgcttgaacttcaaaggtgtaatttacaggt--gagaggtcgaagacggagtaggattgaccgggtagaatccat 600  Q
    |||| |||||||| ||  ||||||||||||||||||| |||||||| || || |||  |||||||||||||||| | ||||||| | ||| ||||| |||    
T  29622834 caaagggaagtttatcgacgctcattgcttgaacttcgaaggtgtagttcaccggtgagagaggtcgaagacggtgcaggattgcctgggaagaattcat 29622735  T
Q  601 gctttctttg 610  Q
    | ||||||||    
T  29622734 gatttctttg 29622725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 445; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 445; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 665
Target Start/End: Original strand, 37030883 - 37031547
Alignment:
Q  1 actttaattccctgtttctcaccttctccagccctctgcatcgcaataaccttcgtctctgcatcaattttcgctgcgttctggatcgtttgtccttccc 100  Q
    |||||||||||||  |||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||    
T  37030883 actttaattccctccttctcaccctctccagctctctgcattgcaataaccttcgtctctgcatcaattttcgctgcattctgcagcgtttgtccttccc 37030982  T
Q  101 tcaattttgaaccaatttcacctttcatcttagcttctgccacgtcaaccctagcttgatttgctgcttccatttgcgtcttttgtcccaaatatgagaa 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  37030983 tcaattttgaaccaatttcacctttcatcttagcttctgccacgtcaaccctagcttgattcttggcttccatctgcgtcttttgacccaaatatgagaa 37031082  T
Q  201 atattcatgacccggcacatccaccaattgcttaacattggcgttgtaaatccataatccgaactggttcaattcaagttgaactttgtcgaatacttct 300  Q
    ||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  37031083 atactcatgaccgcgcacatccaccaattgcttaacattcgcattgtaaatcaataatccgaattgattcaactcaagttgaactttgtcgaatacttct 37031182  T
Q  301 tgtttaaattcttttgttcctctgaaaacctcttccatggtcattgatgcagcgaggacacgtgtctcgccttcgatgattccttgaacgagttccttaa 400  Q
    |||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||| ||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  37031183 tgtttaaactgttttgttcctctgaaaacctcctccatcgtcatggaagcagcgaggacacgtgtctccccttcgatgattccttgaacaagttcattaa 37031282  T
Q  401 catgattggagagtttatcgtgcggtgaaataagtttggcgtatttgagaaggctttccttatcatccacacgaggaccgatagtgaagacagcggggag 500  Q
    ||||||||||| || || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  37031283 catgattggagtgtctagcatgcggtgaaataagtttggcgtatttgagaaggctttccttatcatccacacgaggaccaatagtgaagacagcggggag 37031382  T
Q  501 aacaaaaggaagtttctctgcgctcattgcttgaacttcaaaggtgtaatttacaggtgagaggtcgaagacggagtaggattgaccgggtagaatccat 600  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||| |||||||||    
T  37031383 aacaaaaggaagtttctccgcgctcatagcttgaacttcgaaggtgtagtttaccggtgagaggtccaagacagagcaggattgaccgggaagaatccat 37031482  T
Q  601 gctttctttgcgagttttatgtctttgattccgattccagttatcacaaggtattgtgatgcttt 665  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||||||    || || |||||||||||||||| |||||||||    
T  37031483 gctttctttgcaagtttgatgtctttgatcagaatacctgttatcacaaggtattctgatgcttt 37031547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 340; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 25 - 695
Target Start/End: Complemental strand, 32592417 - 32591746
Alignment:
Q  25 tctccagccctctgcatcgcaataaccttcgtctctgcatcaattttcgctgcgttctggatcgtttgtccttccctcaattttgaaccaatttcacctt 124  Q
    ||||||||||||||||| |||||||  |||||||| || | |||||| ||||| ||||| |  ||||||||||||||  ||||||| |||| ||||||||    
T  32592417 tctccagccctctgcatagcaataattttcgtctccgcgttaatttttgctgcattctgcagtgtttgtccttccctagattttgagccaacttcacctt 32592318  T
Q  125 tcatcttagcttctgccacgtcaaccctagcttgatttgctgcttccatttgcgtcttttgtcccaaatatgagaaatattcatgacccggcacatccac 224  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  32592317 tcatcttagcttctgacacttcaaccctagcttgattcgctgcttccatttgcgtcttttgccctaaataggagaaatattcatgaccaggcacatccac 32592218  T
Q  225 caattgcttaacattggcgttgtaaatccataatccgaactggttcaattcaagttgaactttgtcgaatacttcttgtttaaattcttttgttcctctg 324  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||| |||| ||||| ||||| | ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  32592217 caattgcttaacattcgcattgtaaatcaataacccgaattggtttagttcgagttgaactttctcgaatacttcttgtttaaactcttttgttcctctg 32592118  T
Q  325 aaaacctcttccatggtcattgatgcagcgaggacacgtgtctcgccttcgatgattccttgaacgagttccttaacatgattggagagtttatcgtgcg 424  Q
    |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| || |    
T  32592117 aaaacctcttccatggtcatcgaagcagcgaggacacgtgtctccccttcaatgattccttgaacgagttccttgacatgattcgagagtttatcatgag 32592018  T
Q  425 gtgaaataagtttggcgtatttgagaaggctttccttatcatccacacgaggaccgatagtgaagacagcggggagaacaaaaggaagtttctctgcgct 524  Q
    | ||||| ||||| ||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||| || |||||||||||||| ||||| ||||| ||||| || || ||    
T  32592017 gggaaatcagtttagcgtatttgaggaggctttcctgatcatcaacacgaggaccaattgtgaagacagcgggaagaacgaaaggcagtttttcagcact 32591918  T
Q  525 cattgcttgaacttcaaaggtgtaatttacaggtgagaggtcgaagacggagtaggattgaccgggtagaatccatgctttctttgcgagttttatgtct 624  Q
    ||| ||||||||||| ||||| || || || ||||||||||||||||||| | | |||||||| || | || ||||| ||||||||| ||||| ||||||    
T  32591917 catggcttgaacttcgaaggtatagttcaccggtgagaggtcgaagacggtgcaagattgaccagggaaaacccatgatttctttgcaagtttgatgtct 32591818  T
Q  625 ttgattccgattccagttatcacaaggtattgtgatgcttttgctaccttgtaca-ttgttgattttgattt 695  Q
    | ||||||   ||| |||||||| ||||| |  ||||||||||||||| |||||| || |||||||||||||    
T  32591817 tcgattccagctccggttatcaccaggtactcggatgcttttgctaccctgtacattttttgattttgattt 32591746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 339; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 25 - 695
Target Start/End: Original strand, 31527514 - 31528184
Alignment:
Q  25 tctccagccctctgcatcgcaataaccttcgtctctgcatcaattttcgctgcgttctggatcgtttgtccttccctcaattttgaaccaatttcacctt 124  Q
    ||||||||||||||||| |||||||  |||||||| || |||||||| ||||| ||||| |  ||||||||||||||  ||||||| |||| ||||||||    
T  31527514 tctccagccctctgcatagcaataattttcgtctccgcgtcaatttttgctgcattctgcagtgtttgtccttccctagattttgagccaacttcacctt 31527613  T
Q  125 tcatcttagcttctgccacgtcaaccctagcttgatttgctgcttccatttgcgtcttttgtcccaaatatgagaaatattcatgacccggcacatccac 224  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  31527614 tcatcttagcttctgacacatcaaccctagcttgattcgctgcttccatttgcgtcttttgccctaaataggagaaatattcatgaccaggcacatccac 31527713  T
Q  225 caattgcttaacattggcgttgtaaatccataatccgaactggttcaattcaagttgaactttgtcgaatacttcttgtttaaattcttttgttcctctg 324  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||| |||| || || ||||| | ||| ||||||||||| | ||||| |||||||||||| |||||||||||||||    
T  31527714 caattgcttaacattcgcattgtaaatcaataacccaaattggtttagttcgagttgaactttcttgaatatttcttgtttaaactcttttgttcctctg 31527813  T
Q  325 aaaacctcttccatggtcattgatgcagcgaggacacgtgtctcgccttcgatgattccttgaacgagttccttaacatgattggagagtttatcgtgcg 424  Q
    ||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| || |    
T  31527814 aaaacttcttccatggtcatcgaagcagcgaggacacgtgtctcaccttcgatgattccttgaacgagttccttaacgtgattcgagagtttatcatgag 31527913  T
Q  425 gtgaaataagtttggcgtatttgagaaggctttccttatcatccacacgaggaccgatagtgaagacagcggggagaacaaaaggaagtttctctgcgct 524  Q
    | ||||| ||||| ||||||||||| |||||||||| ||| || ||||||||||| || |||||||||||||| ||||| ||||| ||||| || || ||    
T  31527914 gggaaatcagtttagcgtatttgaggaggctttcctgatcgtcaacacgaggaccaattgtgaagacagcgggaagaacgaaaggcagtttttcggcact 31528013  T
Q  525 cattgcttgaacttcaaaggtgtaatttacaggtgagaggtcgaagacggagtaggattgaccgggtagaatccatgctttctttgcgagttttatgtct 624  Q
    ||| ||||||||||| |||||||| || || || ||||||||||| |||| | | |||||||| || | |||||||| ||||||||| ||||| ||||||    
T  31528014 catggcttgaacttcgaaggtgtagttcaccggagagaggtcgaaaacggtgcaagattgaccagggaaaatccatgatttctttgcaagtttgatgtct 31528113  T
Q  625 ttgattccgattccagttatcacaaggtattgtgatgcttttgctaccttgtacattgttgattttgattt 695  Q
    | |||||||  ||| |||||||| || || |  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  31528114 tcgattccggctccggttatcaccagatactcggatgcttttgctaccctgtacattgttgattttgattt 31528184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 336; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 25 - 695
Target Start/End: Original strand, 51824917 - 51825588
Alignment:
Q  25 tctccagccctctgcatcgcaataaccttcgtctctgcatcaattttcgctgcgttctggatcgtttgtccttccctcaattttgaaccaatttcacctt 124  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||| ||||| |  ||||||||||||||  |||| ||||||| ||||||||    
T  51824917 tctccagccctctgcatcgcaataactttcgtctctgcgtcaatttttgctgcattctgcagtgtttgtccttccctagatttcgaaccaacttcacctt 51825016  T
Q  125 tcatcttagcttctgccacgtcaaccctagcttgatttgctgcttccatttgcgtcttttgtcccaaatatgagaaatattcatgacccggcacatccac 224  Q
    |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| || ||||| |||||    
T  51825017 tcatctcagcttctgccacatcaaccctagcttgattcgctgcttccatttgcgtcttttgccctaaatatgagaaatattcatgcccaggcacgtccac 51825116  T
Q  225 caattgcttaacattggcgttgtaaatccataatccgaactggttcaattcaagttgaactttgtcgaatacttcttgtttaaattcttttgttcctctg 324  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||| || ||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||    
T  51825117 caattgcttaacattcgcattgtaaatcaataatccgaattgattcaactcgagttgaactttctcgaatacttcttgtttaaactcttttgttcctttg 51825216  T
Q  325 aaaacctcttccatggtcattgatgcagcgaggacacgtgtctcgccttcgatgattccttgaacgagttccttaacatgattggagagtttatcgtgcg 424  Q
    |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| || || || ||||||||||| || |    
T  51825217 aaaacctcttccatggtcatcgaagcagcgaggacacgtgtctcaccttcaatgattccttgaacgagttccttgacgtggttcgagagtttatcatgag 51825316  T
Q  425 gtgaaataagtttggcgtatttgagaaggctttccttatcatccacacgaggaccgatagtgaagacagcggggagaacaaaaggaagtttctctgcgct 524  Q
    | ||||| ||||| ||||||||||| |||||||| | ||| || ||||||||||| || |||||||| || || ||||| ||||| ||||| || || ||    
T  51825317 gggaaatcagtttagcgtatttgaggaggctttcgtgatcgtcaacacgaggaccaattgtgaagaccgcaggaagaacgaaaggcagtttttcggcact 51825416  T
Q  525 cattgcttgaacttcaaaggtgtaatttacaggtgagaggtcgaagacggagtaggattgaccgggtagaatccatgctttctttgcgagttttatgtct 624  Q
    ||| ||||||||||| |||||||| || || ||||||||||||||||| | | | |||||||| || | |||||||| ||||||||| ||||| ||||||    
T  51825417 catggcttgaacttcgaaggtgtagttcaccggtgagaggtcgaagacagtggaagattgaccagggaaaatccatgatttctttgcaagtttgatgtct 51825516  T
Q  625 ttgattccgattccagttatcacaaggtattgtgatgcttttgctaccttgtacattgtt-gattttgattt 695  Q
    | |||||||  ||| |||| ||| ||||| |  ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  51825517 tcgattccggctccggttaacaccaggtactcggatgcttttgctaccctgtacattgttggattttgattt 51825588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 316; Significance: 1e-178; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 316; E-Value: 1e-178
Query Start/End: Original strand, 16 - 695
Target Start/End: Original strand, 26756766 - 26757444
Alignment:
Q  16 ttctcaccttctccagccctctgcatcgcaataaccttcgtctctgcatcaattttcgctgcgttctggatcgtttgtccttccctcaattttgaaccaa 115  Q
    |||||| | ||||||||||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||| |||| |||| || ||||    
T  26756766 ttctcagcctctccagccctctgcgtcgcaatgactttcgtctctgcatcaattttcgctgcattctgcagcgtttgtcctttcctcgatttcgatccaa 26756865  T
Q  116 tttcacctttcatcttagcttctgccacgtcaaccctagcttgatttgctgcttccatttgcgtcttttgtcccaaatatgagaaatattcatgacccgg 215  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||| |||||||| || || || |||||||| || ||||| ||    
T  26756866 cttcacctttcatcttagcttctgccacgtcaactttagcttgattcgctgcttccatttgtgtcttttgccctaagtaagagaaatactcgtgacctgg 26756965  T
Q  216 cacatccaccaattgcttaacattggcgttgtaaatccataatccgaactggttcaattcaagttgaactttgtcgaatacttcttgtttaaattctttt 315  Q
     ||||| |||||||||||||||||  | ||||||||| |||| |||||||  |||| ||| ||||||||||| | ||||||||||| | |||| ||||||    
T  26756966 aacatctaccaattgcttaacattcacattgtaaatcaataacccgaactaattcagttcgagttgaactttcttgaatacttcttttataaactctttt 26757065  T
Q  316 gttcctctgaaaacctcttccatggtcattgatgcagcgaggacacgtgtctcgccttcgatgattccttgaacgagttccttaacatgattggagagtt 415  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||| ||     
T  26757066 gttcctctgaagacctcttccatagtcatggaagcagcgaggacacgtgtctcgctttcgatgattccttgaacaagttcattaacgtgattggagtgtc 26757165  T
Q  416 tatcgtgcggtgaaataagtttggcgtatttgagaaggctttccttatcatccacacgaggaccgatagtgaagacagcggggagaacaaaaggaagttt 515  Q
    |||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| || || |||||    
T  26757166 tatcatgctgtgaaattagtttggcgtatttgagaaggctttcatgatcgtccacacgaggacctatagtgaacacagcggggagaacgaatgggagttt 26757265  T
Q  516 ctctgcgctcattgcttgaacttcaaaggtgtaatttacaggtgagaggtcgaagacggagtaggattgaccgggtagaatccatgctttctttgcgagt 615  Q
     || || ||||||||||||||||  |||||||| ||||| ||||||| || ||| |||  ||| |||| |||||| |||||||||||||| ||| |||||    
T  26757266 ttcagcactcattgcttgaactttgaaggtgtagtttactggtgaga-gttgaaaacgctgtacgatttaccgggaagaatccatgctttgtttacgagt 26757364  T
Q  616 tttatgtctttgattccgattccagttatcacaaggtattgtgatgcttttgctaccttgtacattgttgattttgattt 695  Q
    || ||||||||||| |    ||| |||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||| |||| ||||||||    
T  26757365 ttgatgtctttgatccatgctccggttatcacaaggtattctgatgcttttgcgaccttatacattcttgaatttgattt 26757444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University