View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19520_low_11 (Length: 582)

Name: NF19520_low_11
Description: NF19520
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19520_low_11
NF19520_low_11
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (19-353)||(31716485-31716811)
chr3 (129-526)||(11596510-11596920)
chr3 (134-212)||(8757945-8758023)
[»] scaffold0010 (1 HSPs)
scaffold0010 (114-522)||(237180-237600)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (114-522)||(8771745-8772163)
chr1 (388-522)||(49507998-49508132)
[»] scaffold0839 (1 HSPs)
scaffold0839 (208-522)||(4944-5270)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (388-522)||(34763178-34763312)
chr7 (416-522)||(34763563-34763669)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 286; Significance: 1e-160; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 286; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 19 - 353
Target Start/End: Original strand, 31716485 - 31716811
Alignment:
Q  19 agctgcttgggaaggcggagatcatatgatgttaaaagtagggagatcactttcggatcctttctgtcaaaatctgcttataatagttgcataatagaat 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31716485 agctgcttgggaaggcggagatcatatgatgttaaaagtagggagatcactttcggatcctttctgtcaaaatctgcttataatagttgcataatagaat 31716584  T
Q  119 attgattggcgcagaatatggcaactgaacgcaccaccgtgtgtccgttccttcatttggcgtcttatacatcaatgccttctaataaggtcccggcttg 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||    
T  31716585 attgattggcgcagaatatggcaactgaacgc--------gtgtccgttccttcatttggcgtcttatacatcaatgccttctaataaggtctcgacttg 31716676  T
Q  219 tgcaaaaggggatcctttgtgacgatacttatgtggattgtaatgaattggtggaaacaaaaatgcacatccttttgtttgctttaaggcaacaagctat 318  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31716677 tgcaaaaggggatcctttgtgataatacttatgtggattgtaatgaattggtggaaacaaaaatgcacatccttttgtttgctttaaggcaacaagctat 31716776  T
Q  319 tgtaaattactgaagctggataatcctgtttgtga 353  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  31716777 tgtaaattactgaagctggataatcttgtttgtga 31716811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 133; E-Value: 7e-69
Query Start/End: Original strand, 129 - 526
Target Start/End: Complemental strand, 11596920 - 11596510
Alignment:
Q  129 gcagaatatggcaactgaacgcaccaccgtgtgtccgttccttcatttggcgtcttatacatcaatgccttctaataaggtcccggcttgtgcaaaaggg 228  Q
    |||||||||||||  |||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| || || ||| || |||| |||||||||    
T  11596920 gcagaatatggcagttgaaggcaccaccgcgtgttcgttccttcatttggcgtcttgtacaccaatgccttccaacaaagtctcgacttgcgcaaaaggg 11596821  T
Q  229 gatcctttgtgacgatacttatgtggattgtaatgaattggtggaaacaaaaatgcacatcct-tttgtttgctttaaggcaacaagctattgtaaatta 327  Q
    ||||| ||| |||||||||| |||||  ||||||||||| |  ||||||  |||||| ||| | |||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||    
T  11596820 gatcccttgcgacgatacttgtgtggtgtgtaatgaattagcagaaacaccaatgcatatcttctttgtttgctctaaggcaacaagctgttggaaatta 11596721  T
Q  328 ctgaagctggataatcctgtttgtgatctccttctcacagccagcgattttccctctacg-----------ttttgacaagttatccatttcccaagtgg 416  Q
     |||||||||||||||    | ||||||| |||||||  | ||||||||||||||||| |           |||||| | |||||||||||| |||||||    
T  11596720 ttgaagctggataatctctatcgtgatcttcttctcattgtcagcgattttccctctatgttgttcgctttttttgataggttatccatttctcaagtgg 11596621  T
Q  417 cattggcagctataaacctatggagcctttggaaatgtcgcaatagcaaactatgggacaatgttgatacaccactgcttgtggtcattaatcgagca-a 515  Q
    || |||||||||| |  | ||| ||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||| |||||||||||| | ||||||||||||| |||||||| |    
T  11596620 caatggcagctatgactccatgaagcctttggaaatttcgcaagagcaaactttgggacagtgttgatacaccgccgcttgtggtcattgatcgagcaga 11596521  T
Q  516 gagacactcta 526  Q
    || ||||||||    
T  11596520 gacacactcta 11596510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 134 - 212
Target Start/End: Original strand, 8757945 - 8758023
Alignment:
Q  134 atatggcaactgaacgcaccaccgtgtgtccgttccttcatttggcgtcttatacatcaatgccttctaataaggtccc 212  Q
    |||||||| ||||| | ||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| || ||||||||    
T  8757945 atatggcagctgaaggaaccaccgcgtgttcgttccttcatttggcgtcttgtacaccaatgccttccaacaaggtccc 8758023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0010 (Bit Score: 183; Significance: 1e-98; HSPs: 1)
Name: scaffold0010
Description:

Target: scaffold0010; HSP #1
Raw Score: 183; E-Value: 1e-98
Query Start/End: Original strand, 114 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 237600 - 237180
Alignment:
Q  114 agaatattgattggcgcagaatatggcaactgaacgcaccaccgtgtgtccgttccttcatttggcgtcttatacatcaatgccttctaataaggtcccg 213  Q
    |||||||||| ||| ||||||||||||| ||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| || |||||| ||    
T  237600 agaatattgactggggcagaatatggcagctgaaggcaccaccgcgtgttcgttccttcatttggcgtcttgtacaccaatgccttccaacaaggtctcg 237501  T
Q  214 gcttgtgcaaaaggggatcctttgtgacgatacttatgtggattgtaatgaattggtggaaacaaaaatgcacatc-cttttgtttgctttaaggcaaca 312  Q
     ||| ||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||  ||||||||||| | ||||||| |||||||||||  ||||||||||| ||||||||||    
T  237500 acttctgcaaaaggggatccattgcgacgatacttgtgtggtctgtaatgaattagcggaaacacaaatgcacatcttttttgtttgctctaaggcaaca 237401  T
Q  313 agctattgtaaattactgaagctggataatcctgtttgtgatctccttctcacagccagcgattttccctctacg-----------ttttgacaagttat 401  Q
      |||||| |||||||||||||||||||||| |||| | ||||| |||||||| ||||| ||||| ||||||| |           |||||||| |||||    
T  237400 gactattggaaattactgaagctggataatcttgttcgggatcttcttctcactgccagtgatttcccctctatgctgttcactttttttgacaggttat 237301  T
Q  402 ccatttcccaagtggcattggcagctataaacctatggagcctttggaaatgtcgcaatagcaaactatgggacaatgttgatacaccactgcttgtggt 501  Q
    ||||||| ||||||||||||| |||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||   |||| ||||    
T  237300 ccatttctcaagtggcattggtagctatgactctatggagcctttggaaatgtcgcaatagcaaactttgggacaatgttgatacaccgtcgcttatggt 237201  T
Q  502 cattaatcgagcaagagacac 522  Q
       ||||||||||||||||||    
T  237200 ttgtaatcgagcaagagacac 237180  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 160; Significance: 5e-85; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 160; E-Value: 5e-85
Query Start/End: Original strand, 114 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 8772163 - 8771745
Alignment:
Q  114 agaatattgattggcgcagaatatggcaactgaacgcaccaccgtgtgtccgttccttcatttggcgtcttatacatcaatgccttctaataaggtcccg 213  Q
    |||||||||| ||| || ||||||||||  |||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| || |||||||||    
T  8772163 agaatattgactggggccgaatatggcagttgaaggcaccaccgcgtgttcgttccttcatttggcgtcttgtacaccaatgccttccaacaaggtcccg 8772064  T
Q  214 gcttgtgcaaaaggggatcctttgtgacgatacttatgtggattgtaatgaattggtggaaacaaaaatgcacatc-cttttgtttgctttaaggcaaca 312  Q
     ||||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||  ||||||||||| | ||||||| |||||||||||  ||||||||||| ||||||||||    
T  8772063 acttgtgcaaaaggggatcccttgcgacgatacttgtgtggtgtgtaatgaattagcggaaacacaaatgcacatcttttttgtttgctctaaggcaaca 8771964  T
Q  313 agctattgtaaattactgaagctggataatcctgtttgtgatctccttctcacagccagcgattttccctctacg-----------ttttgacaagttat 401  Q
    | ||  || |||||||||||||||||||||| |||| | |||||  |  |||| ||||| ||||| ||||||| |           |||||||| |||||    
T  8771963 aactgctggaaattactgaagctggataatcttgttcgggatct--tcgtcactgccagtgatttcccctctatgttgttcactttttttgacaggttat 8771866  T
Q  402 ccatttcccaagtggcattggcagctataaacctatggagcctttggaaatgtcgcaatagcaaactatgggacaatgttgatacaccactgcttgtggt 501  Q
    ||||||| ||||||||||||| |||||| |  ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||   |||||||||    
T  8771865 ccatttctcaagtggcattggtagctatgactctatggagcctttggaaatgtcggaatagaaaactttgggacaatgttgatacaccgtcgcttgtggt 8771766  T
Q  502 cattaatcgagcaagagacac 522  Q
       ||||||||||||||||||    
T  8771765 ttgtaatcgagcaagagacac 8771745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 388 - 522
Target Start/End: Original strand, 49507998 - 49508132
Alignment:
Q  388 ttttgacaagttatccatttcccaagtggcattggcagctataaacctatggagcctttggaaatgtcgcaatagcaaactatgggacaatgttgataca 487  Q
    |||||||| |||||||||||| ||||||||||||| || ||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  49507998 ttttgacaggttatccatttctcaagtggcattggtagttatgactctatggagcctttggaaatgtcgcaatagcaaactttgggataatgttgataca 49508097  T
Q  488 ccactgcttgtggtcattaatcgagcaagagacac 522  Q
    ||   |||||||||   ||||||||||||||||||    
T  49508098 ccgtcgcttgtggtttgtaatcgagcaagagacac 49508132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0839 (Bit Score: 137; Significance: 3e-71; HSPs: 1)
Name: scaffold0839
Description:

Target: scaffold0839; HSP #1
Raw Score: 137; E-Value: 3e-71
Query Start/End: Original strand, 208 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 5270 - 4944
Alignment:
Q  208 gtcccggcttgtgcaaaaggggatcctttgtgacgatacttatgtggattgtaatgaattggtggaaacaaaaatgcacatcctttt-gtttgctttaag 306  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||  |||||||||||   ||||||| ||||||||||| |||| ||||||| ||||    
T  5270 gtcccgacttgtgcaaaaggggatcccttgcgacgatacttgtgtggtctgtaatgaattaacggaaacacaaatgcacatcttttttgtttgctctaag 5171  T
Q  307 gcaacaagctattgtaaattactgaagctggataatcctgtttgtgatctccttctcacagccagcgattttccctctacg-----------ttttgaca 395  Q
    |||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||| |||| | ||||| |||||||| ||||| ||||||||||||| |           ||||||||    
T  5170 gcaacaagctgttggaaattactgaagttggataatcttgttcgggatcttcttctcactgccagtgattttccctctatgttgttcactttttttgaca 5071  T
Q  396 agttatccatttcccaagtggcattggcagctataaacctatggagcctttggaaatgtcgcaatagcaaactatgggacaatgttgatacaccactgct 495  Q
     |||||||||||| |||||||||||||| ||||| |  ||| |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||    
T  5070 ggttatccatttctcaagtggcattggcggctatgactctacggagcctttgaaaatgtcgcaatagcaaactttgggacaatgttgatacaccgccgct 4971  T
Q  496 tgtggtcattaatcgagcaagagacac 522  Q
    ||||||   ||||||||||||||||||    
T  4970 tgtggtttgtaatcgagcaagagacac 4944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 83; Significance: 5e-39; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 83; E-Value: 5e-39
Query Start/End: Original strand, 388 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 34763312 - 34763178
Alignment:
Q  388 ttttgacaagttatccatttcccaagtggcattggcagctataaacctatggagcctttggaaatgtcgcaatagcaaactatgggacaatgttgataca 487  Q
    |||||||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  34763312 ttttgacaggttgtccatttctcaagtggcattggcagctatgactctatggagcctttggaaatgtcgcaatagcaaactttgggacaatgttgataca 34763213  T
Q  488 ccactgcttgtggtcattaatcgagcaagagacac 522  Q
    ||   |||||||||   ||||||||||||||||||    
T  34763212 ccgtcgcttgtggtttgtaatcgagcaagagacac 34763178  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 416 - 522
Target Start/End: Original strand, 34763563 - 34763669
Alignment:
Q  416 gcattggcagctataaacctatggagcctttggaaatgtcgcaatagcaaactatgggacaatgttgatacaccactgcttgtggtcattaatcgagcaa 515  Q
    |||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||   |||||||||   |||||||||||    
T  34763563 gcattggcagctatgactctatggagcctttggaaatgtcgcaatagcaaactttgggacaatgttgatacaccgtcgcttgtggtttgtaatcgagcaa 34763662  T
Q  516 gagacac 522  Q
    |||||||    
T  34763663 gagacac 34763669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University