View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19520_low_6 (Length: 778)

Name: NF19520_low_6
Description: NF19520
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19520_low_6
NF19520_low_6
[»] chr2 (8 HSPs)
chr2 (18-759)||(11118881-11119628)
chr2 (121-700)||(11111169-11111747)
chr2 (199-722)||(10793121-10793649)
chr2 (279-534)||(11156587-11156842)
chr2 (280-703)||(11137476-11137899)
chr2 (280-534)||(11149919-11150173)
chr2 (395-527)||(11145957-11146089)
chr2 (414-472)||(11183613-11183671)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 665; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 665; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 759
Target Start/End: Complemental strand, 11119628 - 11118881
Alignment:
Q  18 agacataacttgtgacggaaagagaggatatactataat-----gaaaattacttagnnnnnnnnngg-ttatcttgcacacataaagcacataacatac 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     |||||||||||||          | |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11119628 agacataacttgtgacggaaagagaggatatactataatataatgaaaattacttagaaaaaaaaaagattatcttgcacacataaagcacataacatac 11119529  T
Q  112 acatcaaggcacagatgtgcctagctagcacttttctttattagtgaattccaatcaccacatgcatttcaactaaagtaacccacattcatttagattg 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11119528 acatcaaggcacagatgtgcctagctagcacttttctttattagtgaattccaatcaccacatgcatttcaactaaagtaacccacattcatttagattg 11119429  T
Q  212 aactaaccatatccccctccattgattctgaggccacactagcaagatccaattcagaagatttcttgttaacaaaattgcactgctttctaatttctcc 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11119428 aactaaccatatccccctccattgattctgaggtcacactagcaagatccaattcagaagatttcttgttaacaaaattgcactgctttctaatttctcc 11119329  T
Q  312 tttctttccagtaagcacgccaatattacccattttaatcattgaatttataaagttctggaagaaaacattttggttgtttccaaagttgttgacaatg 411  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11119328 tttctttccagtaagcacgccaatattacccattttaatcattgaatttataaagttctggaagaaaacattttggttgtttccaaagttgttgacaatg 11119229  T
Q  412 ctaatggtatctgcacccggtgttgagaacaattcttggtcactttgaagcaaaccctttttaccttgaagattgttgtagtagttcttgtctaatttat 511  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  11119228 ctaatggtatctgcacccggtgttgagaacaattcttggtcactttgaagcaaaccctttttaccttgaagattgttgtagtagttcttgtcgaatttat 11119129  T
Q  512 caggagttgttggatcgaaattgacaacgttatttccaggtccattttgaggacattgtttttgcaactgttttaagtatgttgggtcaagagttggatc 611  Q
    | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11119128 cgggagttgttggatcaaaattgacaacgttatttccaggtccattttgaggacattgtttttgcaactgttttaagtatgttgggtcaagagttggatc 11119029  T
Q  612 aggtttgccagtattttcgaagtcgtataatcgatcaagtatgaaaagacaacgtgctcttcctaatgtatgggcacctgaaattgaagcattcaagtaa 711  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  11119028 aggtttgccagtattgtcgaagtcgtataatcgatcaagtatgaaaagacaacgtgctcttcctaatgtatgggcacctgaaattgaaccattcaagtaa 11118929  T
Q  712 atcatatactcctacatcatgtgctatatagctctagggattaataag 759  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11118928 atcatatactcctacatcatgtgctatatagctctagggattaataag 11118881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 364; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 121 - 700
Target Start/End: Complemental strand, 11111747 - 11111169
Alignment:
Q  121 cacagatgtgcctagctagcacttttctttattagtgaattccaatcaccacatgcatttcaactaaagtaacccacattcatttagattgaactaacca 220  Q
    |||| |||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11111747 cacaaatgtgcttagccagcacttctctttattagtgaattccaatcaccacat----ttcatctaaagtaacccacattcatttagattgaactaacca 11111652  T
Q  221 tatccccctccattgattctg---aggccacactagcaagatccaattcagaagatttcttgttaacaaaattgcactgctttctaatttctcctttctt 317  Q
    ||||||| |||||||||||||   |||||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||    
T  11111651 tatccccttccattgattctgcagaggccacaatgccaagatccaattcagaagatttcttgttaataaaattgcattgttttctaatttctcctttctt 11111552  T
Q  318 tccagtaagcacgccaatattacccattttaatcattgaatttataaagttctggaagaaaacattttggttgtttccaaagttgttgacaatgctaatg 417  Q
    ||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||| ||||| |||||||||||||||||    
T  11111551 tccggtaagcacatcaatattacccattttaatcattgaatttataaagttctgaaagaaaacattttggctatttgcaaagctgttgacaatgctaatg 11111452  T
Q  418 gtatctgcacccggtgttgagaacaattcttggtcactttgaagcaaaccctttttaccttgaagattgttgtagtagttcttgtctaatttatcaggag 517  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||||||    
T  11111451 gtatctgcacccggtgttgagaataattcttggtcactttgaagcaaaccctttttaccttgaagattgttgtagaagttcttgtccaatgtatcaggag 11111352  T
Q  518 ttgttggatcgaaattgacaacgttatttccaggtccattttgaggacattgtttttgcaactgttttaagtatgttgggtcaagagttggatcaggttt 617  Q
    | ||||| |||||||| |||  ||||||||||| |||||| ||||| ||||| ||| ||||||||| |||||||||||  |||||||||||||| |||||    
T  11111351 tcgttgggtcgaaattaacacggttatttccagttccattctgagggcattggtttcgcaactgttgtaagtatgttgtatcaagagttggatcgggttt 11111252  T
Q  618 gccagtattttcgaagtcgtataatcgatcaagtatgaaaagacaacgtgctcttcctaatgtatgggcacctgaaattgaag 700  Q
    ||||||||| | ||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| || |||||||| ||||||||| ||||||    
T  11111251 gccagtattgttgaagttgtataatcgatcaaggatgaaaaggcaacgtgctctcccaaatgtatgagcacctgaagttgaag 11111169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 199 - 722
Target Start/End: Original strand, 10793121 - 10793649
Alignment:
Q  199 ttcatttagattgaactaaccatatccccctccattgattctgagg---ccacactagcaagatccaattcagaagatttcttgttaacaaaattgcact 295  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| || | |||||||| ||   ||| |   |||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||| |    
T  10793121 ttcatttaaattgaactaaccatatccccatcaaatgattctgtggagaccagagcggcaagatctaactcagaagattttttgttaacaaaattgcatt 10793220  T
Q  296 gctttctaatttctcctttctttccagtaagcacgccaatattacccattttaatcattgaatttataaagttctggaagaaaacattttggttgtttcc 395  Q
    | || || ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||  ||||| |||  |||||| || ||||||| ||  |    
T  10793221 gtttccttatttctcctttctttccggtaagcacaccaatattacccattttaatcattgctttcttaaagctctcaaagaaagcactttggttattggc 10793320  T
Q  396 aaagttgttgacaatgctaatggtatctgcacccggtgttgagaacaattcttggtcactttgaagcaaaccctttttaccttgaagattgttgtagtag 495  Q
    |||||| || ||||||||| |||||||||||   |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||    
T  10793321 aaagttattaacaatgctagtggtatctgcatttggtgttgaaaacaattcttggtcactttgaagcaaaccctttttaacctgaagattgttgtagaag 10793420  T
Q  496 ttcttgtctaatttatcaggagttgttggatcgaaattgacaacgttatttccaggtccattttgaggacattgtttttgcaactgttttaagtatgttg 595  Q
    |||||||| ||| |||||||||| ||||| |||||||| |||  |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||| ||||    
T  10793421 ttcttgtccaatgtatcaggagtagttgggtcgaaatttacacggttatttccaggtccattttgaggacattcgttttgcaattgttttaagtacgttg 10793520  T
Q  596 ggtcaagagttggatcaggtttgccagtattttcgaagtcgtataatcgatcaagtatgaaaagacaacgtgctcttcctaatgtatgggcacctg--aa 693  Q
      ||||||||||||||||||| |||||||||   ||||| ||||||||||||||  |  |||  |||||||||||| || ||||| || |||||||  |     
T  10793521 tatcaagagttggatcaggttcgccagtattgctgaagttgtataatcgatcaacgaataaagaacaacgtgctctcccaaatgtgtgtgcacctggaat 10793620  T
Q  694 attgaagcattcaagtaaatcatatactc 722  Q
    ||| ||||||  |||||||||||||||||    
T  10793621 attcaagcatataagtaaatcatatactc 10793649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 96; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 279 - 534
Target Start/End: Complemental strand, 11156842 - 11156587
Alignment:
Q  279 gttaacaaaattgcactgctttctaatttctcctttctttccagtaagcacgccaatattacccattttaatcattgaatttataaagttctggaagaaa 378  Q
    ||||||||| ||||| || |||||||| ||||||||| | || || ||||| |||||||| |||||||||||||||| |    ||||| |||  ||||||    
T  11156842 gttaacaaagttgcattgttttctaatctctcctttcgtccctgttagcacaccaatattgcccattttaatcattgcagccttaaagctctcaaagaaa 11156743  T
Q  379 acattttggttgtttccaaagttgttgacaatgctaatggtatctgcacccggtgttgagaacaattcttggtcactttgaagcaaaccctttttacctt 478  Q
     | ||||| | | | |  || ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||| |||||||| ||||| ||||||||  |||    
T  11156742 gcgttttgatcggtgctgaatttgttgacaatgctaatggtatctgcaccggatgttgagaacaactcttgatcactttggagcaagccctttttcactt 11156643  T
Q  479 gaagattgttgtagtagttcttgtctaatttatcaggagttgttggatcgaaattg 534  Q
    ||||||||  ||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||    
T  11156642 gaagattggagtaatagttcttgtcaaatttatcaggagtcgttggatcgaaattg 11156587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 84; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 280 - 703
Target Start/End: Complemental strand, 11137899 - 11137476
Alignment:
Q  280 ttaacaaaattgcactgctttctaatttctcctttctttccagtaagcacgccaatattacccattttaatcattgaatttataaagttctggaagaaaa 379  Q
    |||||||||||||| || |||||||| |||||||| || || || ||||| ||||||||||||||||||||||| |    |  |||| | |  ||||||     
T  11137899 ttaacaaaattgcaatgttttctaatctctccttttttcccggtcagcacaccaatattacccattttaatcatggcggcttcaaagctatcaaagaaag 11137800  T
Q  380 cattttggttgtttccaaagttgttgacaatgctaatggtatctgcacccggtgttgagaacaattcttggtcactttgaagcaaaccctttttaccttg 479  Q
    |||||| ||     |  || ||||||||||||||||||||||| ||||| | ||| ||||| |  ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||    
T  11137799 catttttgtcagcactgaacttgttgacaatgctaatggtatcagcaccagatgtcgagaaaagctcttggtcactctgaagcaaaccctttttaccctg 11137700  T
Q  480 aagattgttgtagtagttcttgtctaatttatcaggagttgttggatcgaaattgacaacgttatttccaggtccattttgaggacattgtttttgcaac 579  Q
    |||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| || |||||| | | |||||||   ||||||   | |||||||  |||  | ||     
T  11137699 aagattggagtagtagttcttgtcaaatttatcaggagtcgttgggtcaaaattggcgaggttatttggtggtccaccattaggacatattttacgtaat 11137600  T
Q  580 tgttttaagtatgttgggtcaagagttggatcaggtttgccagtattttcgaagtcgtataatcgatcaagtatgaaaagacaacgtgctcttcctaatg 679  Q
    | || ||| || ||||  | |||||||||||||||||| || ||| |   ||||| |||||||||||||   ||||||   |||||||||||||| ||||    
T  11137599 tcttgtaaataagttgtattaagagttggatcaggttttcctgtactgctgaagttgtataatcgatcagtgatgaaagtgcaacgtgctcttccgaatg 11137500  T
Q  680 tatgggcacctgaaattgaagcat 703  Q
    |||| ||||||  | |||||||||    
T  11137499 tatgagcacctacatttgaagcat 11137476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 83; E-Value: 7e-39
Query Start/End: Original strand, 280 - 534
Target Start/End: Complemental strand, 11150173 - 11149919
Alignment:
Q  280 ttaacaaaattgcactgctttctaatttctcctttctttccagtaagcacgccaatattacccattttaatcattgaatttataaagttctggaagaaaa 379  Q
    |||||||| ||||| || |||||||| |||||||  || ||||| | ||| |||||||| |||||||| ||||| | |    ||||| |||  || |||     
T  11150173 ttaacaaagttgcattgttttctaatctctccttgtttcccagttaacacaccaatatttcccattttgatcatagcagccttaaagctctcaaaaaaag 11150074  T
Q  380 cattttggttgtttccaaagttgttgacaatgctaatggtatctgcacccggtgttgagaacaattcttggtcactttgaagcaaaccctttttaccttg 479  Q
    | ||||| | | || |||| ||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||  ||||    
T  11150073 ctttttgatcggttgcaaatttgttgacaatgctaatggtatctgaaccagatgttgagaacaactcttgatcactttggagcaaaccctttttcacttg 11149974  T
Q  480 aagattgttgtagtagttcttgtctaatttatcaggagttgttggatcgaaattg 534  Q
    ||||||   ||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||    
T  11149973 aagattagagtaatagttcttgtcaaatttatcaggagtcgttggatcgaaattg 11149919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 395 - 527
Target Start/End: Complemental strand, 11146089 - 11145957
Alignment:
Q  395 caaagttgttgacaatgctaatggtatctgcacccggtgttgagaacaattcttggtcactttgaagcaaaccctttttaccttgaagattgttgtagta 494  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||  ||||||||||   ||| ||    
T  11146089 caaagttgttgacaatgctaatggtatcagcaccagatgttgagaacaactcttgatcactttgaagcaaaccttttttcacttgaagattagagtaata 11145990  T
Q  495 gttcttgtctaatttatcaggagttgttggatc 527  Q
    ||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  11145989 gttcttgtcaaatttatcaggagtagttggatc 11145957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 414 - 472
Target Start/End: Original strand, 11183613 - 11183671
Alignment:
Q  414 aatggtatctgcacccggtgttgagaacaattcttggtcactttgaagcaaaccctttt 472  Q
    ||||||||| ||||| ||||| || ||||||||||||||||| |||| ||| |||||||    
T  11183613 aatggtatcagcaccaggtgtggaaaacaattcttggtcactctgaaacaacccctttt 11183671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University