View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19529_low_8 (Length: 636)

Name: NF19529_low_8
Description: NF19529
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19529_low_8
NF19529_low_8
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (1-620)||(38252329-38252948)
chr2 (1-620)||(43156594-43157213)
[»] chr1 (8 HSPs)
chr1 (1-620)||(11473918-11474537)
chr1 (1-582)||(28245553-28246118)
chr1 (263-528)||(50019096-50019363)
chr1 (24-248)||(50019454-50019678)
chr1 (301-358)||(10465011-10465068)
chr1 (583-620)||(28245493-28245530)
chr1 (301-358)||(43734663-43734720)
chr1 (301-342)||(50673558-50673599)
[»] chr6 (5 HSPs)
chr6 (1-538)||(19307274-19307810)
chr6 (283-582)||(10123780-10124078)
chr6 (1-64)||(10124075-10124138)
chr6 (573-620)||(10123720-10123767)
chr6 (569-620)||(19307148-19307199)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (3-520)||(25382033-25382550)
chr5 (571-620)||(25382644-25382693)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (301-474)||(48794161-48794334)
chr4 (248-304)||(48794087-48794140)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (569-620)||(22490733-22490784)
chr7 (306-358)||(27979093-27979145)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (301-358)||(25862743-25862800)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (306-345)||(5911504-5911543)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 579; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 579; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 620
Target Start/End: Complemental strand, 38252948 - 38252329
Alignment:
Q  1 acttcggacacaagctatggacaataacggtgataatggtgctcgtccagaagttgtgagtttggattttatgcaagcaaaggggttcagggtacgaccc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38252948 acttcggacacaagctatggacaataacggtgataatggtgctcgtccagaagttgtgagtttggattttatgcaagcaaaggggttcagggtacgaccc 38252849  T
Q  101 ggttcaaagcgaattaagcgacacaaaagttgtctggaaaaacagcatagtcgcgctacatctaggcgcgctccacctaaagaaaaaagttcacaggtat 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38252848 ggttcaaagcgaattaagcgacacaaaagttgtctggaaaaacagcatagtcgcgctacatctaggcgcgctccacctaaagaaaaaagttcacaggtat 38252749  T
Q  201 atgagttgttatttaaagtacttgttttagttttacttgttttggtgactgccataattttacatgtatcttagcttaataatttgacataatcatttta 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38252748 atgagttgttatttaaagtacttgttttagttttacttgttttggtgactgccataattttacatgtatcttagcttaataatttgacataatcatttta 38252649  T
Q  301 ggttgatggagtatcttgttctgcgcctacaacttatgagcccccacaagcacatgagtctcaagtcaattacacaaccatgctaatggtaatttcaaaa 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  38252648 ggttgatggagtatcttgttctgcgcctacaacttatgagcccccacaagcacatgagtctcaagtcaattacacagccatgctaatggtaatttcaaaa 38252549  T
Q  401 acaaattcataatgaactattcatacattcaacaagtatcgtgatgctaatttttaagttgttattaatgtaggaaatannnnnnnccaacctatttgaa 500  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||    
T  38252548 acaaattcataatgaactattcatacattcaacaagtatcgtgatgctaatttttaagttgttattaatgtaggaaata-ggggggccaacctatttgaa 38252450  T
Q  501 tggaatgaatgcatagggggcactggcgttgctgcatttttgttgttattaagttttctggtttgatacct-ggggggttccggtttgcatgttgttttt 599  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  38252449 tggaatgaatgcatagggggcactggcgttgctgcatttttgttgttattaagttttctggtttgatacctgggggggttccggtttgcatgtagttttt 38252350  T
Q  600 tgctgttcaggcgcggttttt 620  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  38252349 tgctgttcaggcgcggttttt 38252329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 579; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 620
Target Start/End: Original strand, 43156594 - 43157213
Alignment:
Q  1 acttcggacacaagctatggacaataacggtgataatggtgctcgtccagaagttgtgagtttggattttatgcaagcaaaggggttcagggtacgaccc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43156594 acttcggacacaagctatggacaataacggtgataatggtgctcgtccagaagttgtgagtttggattttatgcaagcaaaggggttcagggtacgaccc 43156693  T
Q  101 ggttcaaagcgaattaagcgacacaaaagttgtctggaaaaacagcatagtcgcgctacatctaggcgcgctccacctaaagaaaaaagttcacaggtat 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43156694 ggttcaaagcgaattaagcgacacaaaagttgtctggaaaaacagcatagtcgcgctacatctaggcgcgctccacctaaagaaaaaagttcacaggtat 43156793  T
Q  201 atgagttgttatttaaagtacttgttttagttttacttgttttggtgactgccataattttacatgtatcttagcttaataatttgacataatcatttta 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43156794 atgagttgttatttaaagtacttgttttagttttacttgttttggtgactgccataattttacatgtatcttagcttaataatttgacataatcatttta 43156893  T
Q  301 ggttgatggagtatcttgttctgcgcctacaacttatgagcccccacaagcacatgagtctcaagtcaattacacaaccatgctaatggtaatttcaaaa 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  43156894 ggttgatggagtatcttgttctgcgcctacaacttatgagcccccacaagcacatgagtctcaagtcaattacacagccatgctaatggtaatttcaaaa 43156993  T
Q  401 acaaattcataatgaactattcatacattcaacaagtatcgtgatgctaatttttaagttgttattaatgtaggaaatannnnnnnccaacctatttgaa 500  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||    
T  43156994 acaaattcataatgaactattcatacattcaacaagtatcgtgatgctaatttttaagttgttattaatgtaggaaata-ggggggccaacctatttgaa 43157092  T
Q  501 tggaatgaatgcatagggggcactggcgttgctgcatttttgttgttattaagttttctggtttgatacct-ggggggttccggtttgcatgttgttttt 599  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  43157093 tggaatgaatgcatagggggcactggcgttgctgcatttttgttgttattaagttttctggtttgatacctgggggggttccggtttgcatgtagttttt 43157192  T
Q  600 tgctgttcaggcgcggttttt 620  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  43157193 tgctgttcaggcgcggttttt 43157213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 571; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 571; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 620
Target Start/End: Original strand, 11473918 - 11474537
Alignment:
Q  1 acttcggacacaagctatggacaataacggtgataatggtgctcgtccagaagttgtgagtttggattttatgcaagcaaaggggttcagggtacgaccc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11473918 acttcggacacaagctatggacaataacggtgataatggtgctcgtccagaagttgtgagtttggattttatgcaagcaaaggggttcagggtacgaccc 11474017  T
Q  101 ggttcaaagcgaattaagcgacacaaaagttgtctggaaaaacagcatagtcgcgctacatctaggcgcgctccacctaaagaaaaaagttcacaggtat 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11474018 ggttcaaagcgaattaagcgacacaaaagttgtctggaaaaacagcatagtcgcgctacatctaggcgcgctccacctaaagaaaaaagttcacaggtat 11474117  T
Q  201 atgagttgttatttaaagtacttgttttagttttacttgttttggtgactgccataattttacatgtatcttagcttaataatttgacataatcatttta 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11474118 atgagttgttatttaaagtacttgttttaattttacttgttttggtgactgccataattttacatgtatcttagcttaataatttgacataatcatttta 11474217  T
Q  301 ggttgatggagtatcttgttctgcgcctacaacttatgagcccccacaagcacatgagtctcaagtcaattacacaaccatgctaatggtaatttcaaaa 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  11474218 ggttgatggagtatcttgttctgcgcctacaacttatgagcccccacaagcacatgagtctcaagtcaattacacagccatgctaatggtaatttcaaaa 11474317  T
Q  401 acaaattcataatgaactattcatacattcaacaagtatcgtgatgctaatttttaagttgttattaatgtaggaaatannnnnnnccaacctatttgaa 500  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||    
T  11474318 acaaattcataaagaactattcatacattcaacaagtatcgtgatgctaatttttaagttgttattaatgtaggaaata-ggggggccaacctatttgaa 11474416  T
Q  501 tggaatgaatgcatagggggcactggcgttgctgcatttttgttgttattaagttttctggtttgatacct-ggggggttccggtttgcatgttgttttt 599  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  11474417 tggaatgaatgcatagggggcactggcgttgctgcatttttgttgttattaagttttctggtttgatacctgggggggttccggtttgcatgtagttttt 11474516  T
Q  600 tgctgttcaggcgcggttttt 620  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  11474517 tgctgttcaggcgcggttttt 11474537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 494; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 582
Target Start/End: Complemental strand, 28246118 - 28245553
Alignment:
Q  1 acttcggacacaagctatggacaataacggtgataatggtgctcgtccagaagttgtgagtttggattttatgcaagcaaaggggttcagggtacgaccc 100  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  28246118 acttcgggcacaagctatggacaataacggtgataatggtgctcgtccagaagttgtgagtttggattttatgcaagcaaaggggttcagggtacaaccc 28246019  T
Q  101 ggttcaaagcgaattaagcgacacaaaagttgtctggaaaaacagcatagtcgcgctacatctaggcgcgctccacctaaagaaaaaagttcacaggtat 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||               ||||||||||||||||||||||||||||    
T  28246018 ggttcaaagcgaattaagcgacacaaaagttgtctggaaaaacagcatagtcgcgct---------------ccacctaaagaaaaaagttcacaggtat 28245934  T
Q  201 atgagttgttatttaaagtacttgttttagttttacttgttttggtgactgccataattttacatgtatcttagcttaataatttgacataatcatttta 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28245933 atgagttgttatttaaagtacttgttttagttttacttgttttggtgactgccataattttacatgtatcttagcttaataatttgacataatcatttta 28245834  T
Q  301 ggttgatggagtatcttgttctgcgcctacaacttatgagcccccacaagcacatgagtctcaagtcaattacacaaccatgctaatggtaatttcaaaa 400  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28245833 ggttgatggagtatcttgttttgcgcctacaacttatgagcccccacaagcacatgagtctcaagtcaattacacaaccatgctaatggtaatttcaaaa 28245734  T
Q  401 acaaattcataatgaactattcatacattcaacaagtatcgtgatgctaatttttaagttgttattaatgtaggaaatannnnnnnccaacctatttgaa 500  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||    
T  28245733 acaaattcataatgaactattcatacattcaacaagtatcgtgatgctaatttttaagttgttattaatgtaggaaata-gaggggccaacctatttgaa 28245635  T
Q  501 tggaatgaatgcatagggggcactggcgttgctgcatttttgttgttattaagttttctggtttgatacctggggggttccg 582  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28245634 tggaatgaatgcatagggggcactggcgttgctgcatttttgttgttattaagttttctggtttgatacctggggggttccg 28245553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 165; E-Value: 6e-88
Query Start/End: Original strand, 263 - 528
Target Start/End: Complemental strand, 50019363 - 50019096
Alignment:
Q  263 catgtatcttagcttaataatttgacataatcattttaggttgatggagtatcttgttctgcg---cctacaacttatgagcccccacaagcacatgagt 359  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||   ||| |||||||||||||||||||||||||||||     
T  50019363 catgtatcttagcttaataattttacataatcattttagtttgatggagtatcttgttctgcgtcgcctccaacttatgagcccccacaagcacatgagg 50019264  T
Q  360 ctcaagtcaattacacaaccatgctaatggtaatttcaaaaacaaattcataatgaactattcatacattcaacaagtatcgtgatgctaatttttaagt 459  Q
     ||||||||||||||    |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  50019263 atcaagtcaattacattgtcatgctaatggtaatttcaaaagcaaattcataaggaactattcatacatttaacaagtatcgtgattctaatttttaagt 50019164  T
Q  460 tgttattaatgtaggaaatannnnnnnccaacctatttgaatggaatgaatgcatagggggcactggcg 528  Q
    ||||||||||||||| ||||       ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  50019163 tgttattaatgtaggcaata-gggaggccagcctatttgaatggaatgaatgcatagggggcacgggcg 50019096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 161; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 24 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 50019678 - 50019454
Alignment:
Q  24 ataacggtgataatggtgctcgtccagaagttgtgagtttggattttatgcaagcaaaggggttcagggtacgacccggttcaaagcgaattaagcgaca 123  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||  ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50019678 ataacggtgataatggtggtcgttcagaaattgtgagttcagatgttctgcaagcaaaggggttcagggtacgacccggttcaaagcgaattaagcgaca 50019579  T
Q  124 caaaagttgtctggaaaaacagcatagtcgcgctacatctaggcgcgctccacctaaagaaaaaagttcacaggtatatgagttgttatttaaagtactt 223  Q
    |||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  50019578 caaaagttttctggaaaaccagcaaagtcgcgctacatctagttgcgctccacgtaaagaaaaaagttcacaggtatatgagttggtatttagagtactt 50019479  T
Q  224 gttttagttttacttgttttggtga 248  Q
    |||||| ||||||||||||||||||    
T  50019478 gttttaattttacttgttttggtga 50019454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 301 - 358
Target Start/End: Complemental strand, 10465068 - 10465011
Alignment:
Q  301 ggttgatggagtatcttgttctgcgcctacaacttatgagcccccacaagcacatgag 358  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| | ||||| ||||    
T  10465068 ggttgatggagtatcttgttccgcgcctccaacttatgagcccccgctagcacgtgag 10465011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 583 - 620
Target Start/End: Complemental strand, 28245530 - 28245493
Alignment:
Q  583 gtttgcatgttgttttttgctgttcaggcgcggttttt 620  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28245530 gtttgcatgttgttttttgctgttcaggcgcggttttt 28245493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 301 - 358
Target Start/End: Complemental strand, 43734720 - 43734663
Alignment:
Q  301 ggttgatggagtatcttgttctgcgcctacaacttatgagcccccacaagcacatgag 358  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| | ||||| ||||    
T  43734720 ggttgatggagtatcttgttccgcgcctccaacttatgagcccccgctagcacgtgag 43734663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 301 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 50673599 - 50673558
Alignment:
Q  301 ggttgatggagtatcttgttctgcgcctacaacttatgagcc 342  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  50673599 ggttgatggagtatcttgttccgcgcctccaacttatgagcc 50673558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 488; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 488; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 538
Target Start/End: Complemental strand, 19307810 - 19307274
Alignment:
Q  1 acttcggacacaagctatggacaataacggtgataatggtgctcgtccagaagttgtgagtttggattttatgcaagcaaaggggttcagggtacgaccc 100  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19307810 acttcgggcacaagctatggacaataacggtgataatggtgctcgtccagaagttgtgagtttggattttatgcaagcaaaggggttcagggtacgaccc 19307711  T
Q  101 ggttcaaagcgaattaagcgacacaaaagttgtctggaaaaacagcatagtcgcgctacatctaggcgcgctccacctaaagaaaaaagttcacaggtat 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19307710 ggttcaaagcgaattaagcgacacaaaagttgtttggaaaaacagcatagtcgcgctacatctaggcgcgctccacctaaagaaaaaagttcacaggtat 19307611  T
Q  201 atgagttgttatttaaagtacttgttttagttttacttgttttggtgactgccataattttacatgtatcttagcttaataatttgacataatcatttta 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19307610 atgagttgttatttaaagtacttgttttatttttacttgttttggtgactgccataattttacatgtatcttagcttaataatttgacataatcatttta 19307511  T
Q  301 ggttgatggagtatcttgttctgcgcctacaacttatgagcccccacaagcacatgagtctcaagtcaattacacaaccatgctaatggtaatttcaaaa 400  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  19307510 ggttgatggagtatcttgttttgcgcctacaacttatgagcccccacaagcacatgagtctcaagtcaattacacagccatgctaatggtaatttcaaaa 19307411  T
Q  401 acaaattcataatgaactattcatacattcaacaagtatcgtgatgctaatttttaagttgttattaatgtaggaaatannnnnnnccaacctatttgaa 500  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||    
T  19307410 acaaattcataatgaactattcatacattcaacaagtatcgtgatgctaatttttaagttgttattaatgtaggaaata-gaggggccaacctatttgaa 19307312  T
Q  501 tggaatgaatgcatagggggcactggcgttgctgcatt 538  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  19307311 tggaatgaattcatagggggcactggcgttgctgcatt 19307274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 262; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 283 - 582
Target Start/End: Complemental strand, 10124078 - 10123780
Alignment:
Q  283 tttgacataatcattttaggttgatggagtatcttgttctgcgcctacaacttatgagcccccacaagcacatgagtctcaagtcaattacacaaccatg 382  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  10124078 tttgacataatcattttaggttgatggagtatcttgttatgcgcctacaacttatgagcccccacaagcacatgagtctcaagtcaattacacagccatg 10123979  T
Q  383 ctaatggtaatttcaaaaacaaattcataatgaactattcatacattcaacaagtatcgtgatgctaatttttaagttgttattaatgtaggaaatannn 482  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       
T  10123978 ctaatggtaatttcaaaaacaaattcatattgaactattcatacattcaacaagtatcgtgatgctaatttttaagttgttattaatgtaggaaata-gg 10123880  T
Q  483 nnnnccaacctatttgaatggaatgaatgcatagggggcactggcgttgctgcatttttgttgttattaagttttctggtttgatacctggggggttccg 582  Q
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10123879 ggggccaacctatttgaatggaatgaatgcatagggggcactggcgttgctgcatttttgttgttattaagttttctggtttgatacctggggggttccg 10123780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 1 - 64
Target Start/End: Complemental strand, 10124138 - 10124075
Alignment:
Q  1 acttcggacacaagctatggacaataacggtgataatggtgctcgtccagaagttgtgagtttg 64  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10124138 acttcgggcacaagctatggacaataacggtgataatggtgctcgtccagaagttgtgagtttg 10124075  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 573 - 620
Target Start/End: Complemental strand, 10123767 - 10123720
Alignment:
Q  573 gggggttccggtttgcatgttgttttttgctgttcaggcgcggttttt 620  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10123767 gggggttccggtttgcatgttgttttttgctgttcaggcgcggttttt 10123720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 569 - 620
Target Start/End: Complemental strand, 19307199 - 19307148
Alignment:
Q  569 cctggggggttccggtttgcatgttgttttttgctgttcaggcgcggttttt 620  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19307199 cctggggggttccagtttgcatgttgttttttgctgttcaggcgcggttttt 19307148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 433; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 433; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 3 - 520
Target Start/End: Original strand, 25382033 - 25382550
Alignment:
Q  3 ttcggacacaagctatggacaataacggtgataatggtgctcgtccagaagttgtgagtttggattttatgcaagcaaaggggttcagggtacgacccgg 102  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  25382033 ttcgggcacaagctatggacaataacggtgataatggtgctcgtccagaaattgtgagttcgaatgttatgcaagcaaaggggttcaaggtacgacccgg 25382132  T
Q  103 ttcaaagcgaattaagcgacacaaaagttgtctggaaaaacagcatagtcgcgctacatctaggcgcgctccacctaaagaaaaaagttcacaggtatat 202  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25382133 ttcaaagcgaattaagcgacacaaaagttgtctggaaaaacagcatagtcgcgctacatctagccgcgctccacctaaagaaaaaagttcacaggtatat 25382232  T
Q  203 gagttgttatttaaagtacttgttttagttttacttgttttggtgactgccataattttacatgtatcttagcttaataatttgacataatcattttagg 302  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25382233 gagttggtatttaaagtacttgttttaattttacttgttttggtgactgccataattttacatgtatcttagcttaataatttgacataatcattttagg 25382332  T
Q  303 ttgatggagtatcttgttctgcgcctacaacttatga-gcccccacaagcacatgagtctcaagtcaattacacaaccatgctaatggtaatttcaaaaa 401  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  25382333 ttgatggagtatcttgttctgcgcctacaacttatgatccccccacaagcacataagtctcaagtcaattacacagccatgctaatggtaatttcaaaaa 25382432  T
Q  402 caaattcataatgaactattcatacattcaacaagtatcgtgatgctaatttttaagttgttattaatgtaggaaatannnnnnnccaacctatttgaat 501  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||    
T  25382433 caaattcataaggaactattcatacattcaacaagtatcgtgatgctaatttttaagttgttattaatgtaggaaata-ggggggccaacctatttgaat 25382531  T
Q  502 ggaatgaatgcataggggg 520  Q
    |||||||||||||||||||    
T  25382532 ggaatgaatgcataggggg 25382550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 571 - 620
Target Start/End: Original strand, 25382644 - 25382693
Alignment:
Q  571 tggggggttccggtttgcatgttgttttttgctgttcaggcgcggttttt 620  Q
    ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25382644 tggggggtttcggtttgcaggttgttttttgctgttcaggcgcggttttt 25382693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 126; Significance: 1e-64; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 126; E-Value: 1e-64
Query Start/End: Original strand, 301 - 474
Target Start/End: Original strand, 48794161 - 48794334
Alignment:
Q  301 ggttgatggagtatcttgttctgcgcctacaacttatgagcccccacaagcacatgagtctcaagtcaattacacaaccatgctaatggtaatttcaaaa 400  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||||  |||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  48794161 ggttgatggagtatcttgttctgcacctccaacttatgcgcccccacaagcacatgaggatcaattcaattacacagccatgctgatggtaatttcaaaa 48794260  T
Q  401 acaaattcataatgaactattcatacattcaacaagtatcgtgatgctaatttttaagttgttattaatgtagg 474  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48794261 acaaattcataaggaactatacatacatttaacatgtatcgtgatgctaatttttaagttgttattaatgtagg 48794334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 248 - 304
Target Start/End: Original strand, 48794087 - 48794140
Alignment:
Q  248 actgccataattttacatgtatcttagcttaataatttgacataatcattttaggtt 304  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| |   |||||| ||||||||||||||||||    
T  48794087 actgccatgattttacatgtatcttagtt---taattttacataatcattttaggtt 48794140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 44; Significance: 0.000000000000001; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 569 - 620
Target Start/End: Complemental strand, 22490784 - 22490733
Alignment:
Q  569 cctggggggttccggtttgcatgttgttttttgctgttcaggcgcggttttt 620  Q
    |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  22490784 cctggggggttccggtttgcagtttgttttttgctgttcaggcgcggttttt 22490733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 306 - 358
Target Start/End: Original strand, 27979093 - 27979145
Alignment:
Q  306 atggagtatcttgttctgcgcctacaacttatgagcccccacaagcacatgag 358  Q
    |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| | ||||| ||||    
T  27979093 atggagtatcttgttccgcgcctccaacttatgagcccccgctagcacgtgag 27979145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000004; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 301 - 358
Target Start/End: Original strand, 25862743 - 25862800
Alignment:
Q  301 ggttgatggagtatcttgttctgcgcctacaacttatgagcccccacaagcacatgag 358  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| | ||||| ||||    
T  25862743 ggttgatggagtatcttgttccgcgcctccaacttatgagcccccgctagcacgtgag 25862800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000001; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 306 - 345
Target Start/End: Original strand, 5911504 - 5911543
Alignment:
Q  306 atggagtatcttgttctgcgcctacaacttatgagccccc 345  Q
    |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  5911504 atggagtatcttgttccgcgcctccaacttatgagccccc 5911543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University