View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19530_low_35 (Length: 467)

Name: NF19530_low_35
Description: NF19530
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19530_low_35
NF19530_low_35
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (14-451)||(50947790-50948228)
chr1 (319-428)||(15855493-15855600)
chr1 (352-420)||(50957190-50957258)
chr1 (126-194)||(50957385-50957456)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (32-428)||(33631120-33631513)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 415; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 415; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 50948228 - 50947790
Alignment:
Q  14 atatcagataaatttcctaaacacacaaattcacgaaaccaattctccgtcaacctcaaaaaacacttgctactttgaatttaaccagtcttaattgctg 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  50948228 atatcagataaatttcctaaacacacaaattcacgaaaccaattctccgtcaacctcaaaaaacacttgctactttgaatgtaaccagtcttaattgctg 50948129  T
Q  114 caagctctagagccacaacagcaccaagctagacacatgtaaaaagctacataactcaacattttcaacctccaatcccatgtagcaa-ttcatgtactg 212  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  50948128 caagctctagagccacaacaacaccaagctagacacatgtaaaaagctacataactcaacattttcaacctccaatcccatgtagcaaattcatgtactg 50948029  T
Q  213 tttgtgtttgaataagatttctcaacatatgctagtggttggactctactaagtggattttttggatgggaacaagtttactgttatgaatatgatgcta 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50948028 tttgtgtttgaataagatttctcaacatatgctagtggttggactctactaagtggattttttggacgggaacaagtttactgttatgaatatgatgcta 50947929  T
Q  313 gtatttagggtttgaaccctgcaccttctttgcttaaagtttctttatgatcccttggttcaccaatctatctacctacttgagacgttcgattatgcaa 412  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50947928 gtatttagggtttgaaccctgcacctcctttgcttaaagtttctttatgatcccttggttcaccaatctatctacctacttgagacgttcgattatgcaa 50947829  T
Q  413 attatactcggggtatatccaagttaatccggctataac 451  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50947828 attatactcggggtatatccaagttaatccggctataac 50947790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 319 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 15855600 - 15855493
Alignment:
Q  319 agggtttgaaccctgcaccttctttgcttaaagtttctttatgatcccttggttcaccaatctatctacctacttgagacgttcgattatgcaaattata 418  Q
    |||||||||||||| ||||  ||| |||||||||||||||||| |||| | ||||||||| ||| ||| ||||||| ||||||| ||||||| |||||||    
T  15855600 agggtttgaaccctacaccacctt-gcttaaagtttctttatggtccccttgttcaccaacctagctaactacttgcgacgttcaattatgc-aattata 15855503  T
Q  419 ctcggggtat 428  Q
    ||||||||||    
T  15855502 ctcggggtat 15855493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 352 - 420
Target Start/End: Complemental strand, 50957258 - 50957190
Alignment:
Q  352 tttctttatgatcccttggttcaccaatctatctacctacttgagacgttcgattatgcaaattatact 420  Q
    |||||||||  ||||||||||||||||||||   ||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  50957258 tttctttatagtcccttggttcaccaatctagaaacctacttgagacattcgattatgcaaattatact 50957190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 126 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 50957456 - 50957385
Alignment:
Q  126 ccacaacagcaccaa-gctagacacatgtaaaaagctacataa--ctcaacattttcaacctccaatcccat 194  Q
    |||||||| |||||| ||| |||||||||||||||||| ||||  |||||||||  |||||||| |||||||    
T  50957456 ccacaacaacaccaacgctggacacatgtaaaaagctatataactctcaacattcccaacctccgatcccat 50957385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 137; Significance: 2e-71; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 32 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 33631513 - 33631120
Alignment:
Q  32 aaacacacaaattcacgaaaccaattctccgtcaacctcaaaaaacacttgctactttgaatttaaccagtcttaattgctgcaagctctagagccacaa 131  Q
    |||| ||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||| |  |||||||||    
T  33631513 aaactcacgaattcacgaaaccaagtctccgtaaacctcaaaaaacacttgctactttgaatttaaccagtctt----gctgcaagcaccggagccacaa 33631418  T
Q  132 cagcaccaag--------ctagacacatgtaaaaagctacataact--caacattttcaacctccaatcccatgtagcaa-ttcatgtactgtttgtgtt 220  Q
    || ||||||         |||||||||| |||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||    
T  33631417 caacaccaacactagagtctagacacatttaaaaagctacataactttcaacatttgcaacctccaatcccatgttgcaaattcatgtactgtttgtgtt 33631318  T
Q  221 t-----gaataagatttctcaacatatgctagtggttggactctactaagtggattttttggatggg--aacaagtttactgttatgaat-atgatgcta 312  Q
    |     |||||| |||||||||||||||||||||                   | ||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  33631317 tactttgaataaaatttctcaacatatgctagtga------------------aatttttggatgggcaaacaagtttactgttatgaattatgatgcta 33631236  T
Q  313 gtatttagggtttgaaccctgcaccttctttgcttaaagtttctttatgatcccttggttcaccaatctatctacctacttgagacgttcgattatgcaa 412  Q
    || ||||||||||||||  || |||| ||||||||||| |||||||||| |||| | ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||    
T  33631235 gtttttagggtttgaactttgtacctcctttgcttaaaatttctttatggtcccctagttcaccaatctagctacctacttgagatgttcgattatgaaa 33631136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University