View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19530_low_41 (Length: 458)

Name: NF19530_low_41
Description: NF19530
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19530_low_41
NF19530_low_41
[»] scaffold1485 (1 HSPs)
scaffold1485 (16-221)||(288-493)
[»] chr3 (12 HSPs)
chr3 (16-221)||(4854494-4854699)
chr3 (16-221)||(4876227-4876434)
chr3 (16-221)||(4872487-4872692)
chr3 (216-442)||(4857694-4857926)
chr3 (16-221)||(14636199-14636411)
chr3 (118-221)||(4848163-4848266)
chr3 (20-221)||(19455632-19455833)
chr3 (19-221)||(23296114-23296315)
chr3 (95-202)||(8943329-8943435)
chr3 (67-198)||(14760599-14760731)
chr3 (66-137)||(13081202-13081273)
chr3 (103-198)||(4733802-4733897)
[»] scaffold0285 (1 HSPs)
scaffold0285 (16-221)||(17841-18046)
[»] chr5 (13 HSPs)
chr5 (16-221)||(22441290-22441495)
chr5 (135-221)||(19126817-19126903)
chr5 (67-194)||(29674737-29674864)
chr5 (73-204)||(24245996-24246124)
chr5 (73-219)||(19765298-19765441)
chr5 (95-202)||(16739100-16739207)
chr5 (22-95)||(19126567-19126640)
chr5 (95-199)||(24740515-24740617)
chr5 (95-199)||(23374862-23374963)
chr5 (95-199)||(24670746-24670848)
chr5 (95-199)||(24707521-24707623)
chr5 (95-199)||(24753284-24753386)
chr5 (131-219)||(24129940-24130028)
[»] chr1 (11 HSPs)
chr1 (16-221)||(19817913-19818118)
chr1 (77-221)||(17495230-17495375)
chr1 (59-221)||(23478580-23478742)
chr1 (16-219)||(22852133-22852336)
chr1 (36-221)||(21017919-21018106)
chr1 (38-198)||(21218312-21218474)
chr1 (67-198)||(17444366-17444497)
chr1 (95-204)||(16969996-16970105)
chr1 (67-198)||(22106032-22106164)
chr1 (129-199)||(19956970-19957040)
chr1 (161-198)||(23190979-23191016)
[»] scaffold0334 (1 HSPs)
scaffold0334 (16-216)||(6704-6904)
[»] chr6 (9 HSPs)
chr6 (16-223)||(15935743-15935950)
chr6 (88-221)||(12476177-12476311)
chr6 (68-221)||(24001826-24001980)
chr6 (95-219)||(17582628-17582752)
chr6 (95-219)||(22850318-22850444)
chr6 (73-145)||(13534597-13534669)
chr6 (70-198)||(25924620-25924748)
chr6 (95-198)||(18565607-18565710)
chr6 (16-73)||(12477684-12477741)
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (19-218)||(10492831-10493030)
chr4 (16-205)||(16587196-16587387)
chr4 (39-198)||(15411276-15411437)
chr4 (95-219)||(27919243-27919367)
chr4 (41-198)||(15452649-15452808)
chr4 (114-202)||(16835460-16835547)
chr4 (95-180)||(19583901-19583985)
chr4 (90-198)||(39045407-39045513)
[»] scaffold0023 (1 HSPs)
scaffold0023 (16-221)||(96423-96630)
[»] chr8 (9 HSPs)
chr8 (16-221)||(14991846-14992051)
chr8 (66-198)||(24427508-24427640)
chr8 (67-198)||(21318667-21318797)
chr8 (67-198)||(24118002-24118133)
chr8 (67-198)||(28075748-28075879)
chr8 (90-196)||(8365661-8365765)
chr8 (16-191)||(24752691-24752867)
chr8 (95-199)||(19237080-19237182)
chr8 (95-199)||(19310264-19310366)
[»] chr7 (6 HSPs)
chr7 (16-221)||(9986615-9986820)
chr7 (95-219)||(1376863-1376987)
chr7 (67-198)||(11346623-11346754)
chr7 (39-198)||(11517735-11517896)
chr7 (36-198)||(14279526-14279689)
chr7 (98-199)||(14204844-14204945)
[»] scaffold0035 (1 HSPs)
scaffold0035 (59-211)||(86137-86288)
[»] scaffold0231 (1 HSPs)
scaffold0231 (72-198)||(16619-16745)
[»] scaffold0053 (1 HSPs)
scaffold0053 (67-198)||(909-1040)
[»] scaffold1121 (1 HSPs)
scaffold1121 (114-202)||(1801-1889)
[»] scaffold0520 (1 HSPs)
scaffold0520 (127-219)||(7352-7445)
[»] scaffold0049 (1 HSPs)
scaffold0049 (73-198)||(69285-69411)
[»] scaffold0134 (1 HSPs)
scaffold0134 (95-219)||(41792-41916)
[»] scaffold0183 (1 HSPs)
scaffold0183 (170-221)||(14176-14227)
[»] scaffold0160 (1 HSPs)
scaffold0160 (67-194)||(7190-7317)
[»] scaffold0043 (2 HSPs)
scaffold0043 (88-196)||(25676-25782)
scaffold0043 (88-196)||(40487-40593)
[»] scaffold0577 (1 HSPs)
scaffold0577 (115-199)||(387-469)
[»] scaffold0016 (1 HSPs)
scaffold0016 (95-199)||(17502-17603)
[»] scaffold0535 (1 HSPs)
scaffold0535 (66-137)||(4339-4410)
[»] scaffold0018 (1 HSPs)
scaffold0018 (59-141)||(66036-66116)


Alignment Details
Target: scaffold1485 (Bit Score: 186; Significance: 1e-100; HSPs: 1)
Name: scaffold1485
Description:

Target: scaffold1485; HSP #1
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 16 - 221
Target Start/End: Original strand, 288 - 493
Alignment:
Q  16 attgactattggattcgtggtcgaacaatgacaatcaaagaatcaaaaggacaaatatatgtgcaatgagacttaatcttagaattgagagagtcatgat 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||    
T  288 attgactattggattcgtggtcgaacaatgacaatcaaggaatcaaaaggtcaaatatatgtgcaatgagacttaatcttagaattgagagattcacgat 387  T
Q  116 acaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaacaatagacaatttcaaaccaaacctatatgaacaaaattactaagtta 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  388 acaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaacaatagacaatttcaaaccaaacctacatgaacaaaattactaagtta 487  T
Q  216 tcaaat 221  Q
    ||||||    
T  488 tcaaat 493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 186; Significance: 1e-100; HSPs: 12)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 16 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 4854699 - 4854494
Alignment:
Q  16 attgactattggattcgtggtcgaacaatgacaatcaaagaatcaaaaggacaaatatatgtgcaatgagacttaatcttagaattgagagagtcatgat 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||    
T  4854699 attgactattggattcgtggtcgaacaatgacaatcaaggaatcaaaaggtcaaatatatgtgcaatgagacttaatcttagaattgagagattcacgat 4854600  T
Q  116 acaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaacaatagacaatttcaaaccaaacctatatgaacaaaattactaagtta 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  4854599 acaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaacaatagacaatttcaaaccaaacctacatgaacaaaattactaagtta 4854500  T
Q  216 tcaaat 221  Q
    ||||||    
T  4854499 tcaaat 4854494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 177; E-Value: 3e-95
Query Start/End: Original strand, 16 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 4876434 - 4876227
Alignment:
Q  16 attgactattggattcgtggtcgaacaatgacaatcaaagaatcaaaaggacaaatatatgtgcaatgagacttaatcttagaattgagagagtcatgat 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||    
T  4876434 attgactattggattcgtggtcgaacaatgacaatcaaggaatcaaaaggtcaaatatatgtgcaatgagacttaatcttagaattgagagattcacgat 4876335  T
Q  116 acaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaacaatagacaatttcaaacc--aaacctatatgaacaaaattactaagt 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||    
T  4876334 acaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaacaatagacaatttcaaaccaaaaacctacatgaacaaaattactaagt 4876235  T
Q  214 tatcaaat 221  Q
    ||||||||    
T  4876234 tatcaaat 4876227  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 170; E-Value: 5e-91
Query Start/End: Original strand, 16 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 4872692 - 4872487
Alignment:
Q  16 attgactattggattcgtggtcgaacaatgacaatcaaagaatcaaaaggacaaatatatgtgcaatgagacttaatcttagaattgagagagtcatgat 115  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||    
T  4872692 attgactatgggattcgtggtcgaacaatgacaatcaaggaatgaaaaagacaaatatatgtgcaatgagatttaatcttagaattgagagattcacgat 4872593  T
Q  116 acaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaacaatagacaatttcaaaccaaacctatatgaacaaaattactaagtta 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  4872592 acaaatcttattatacaatcaaactttaatattctttgaacaatgtacaaaacaatagacaatttcaaaccaaacctatctgaacaaaattactaagtta 4872493  T
Q  216 tcaaat 221  Q
    ||||||    
T  4872492 tcaaat 4872487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 143; E-Value: 6e-75
Query Start/End: Original strand, 216 - 442
Target Start/End: Complemental strand, 4857926 - 4857694
Alignment:
Q  216 tcaaattatataatccaaaccaggaacaacttgtttcagattat---ataacctaaaatgttttagtttacagagnnnnnnnnnn---gattcaaataac 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||   |||| ||| || |||||||||||||||              ||||||||||||    
T  4857926 tcaaattatataatccaaaccaggaacaacttgattcagattattatataatctataaggttttagtttacagaagaaaaaaaaaaaagattcaaataac 4857827  T
Q  310 actaaagggaaggaatgataccctaccttgttgtctgtgtttgaaaagacccgatcaatgttttgaaacaaaaaatcttcatgaatcatataatatggga 409  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4857826 actaaagggaaggaatgataccctaccttgttgtccgtgtttgaaaagacctgatcaatgttttgaagcaaaaaatcttcatgaatcatataatatggga 4857727  T
Q  410 gttttaaattttggatggcaagagagaagtttt 442  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4857726 gttttaaattttggatggcaagagagaagtttt 4857694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 16 - 221
Target Start/End: Original strand, 14636199 - 14636411
Alignment:
Q  16 attgactattggattcgtggtcgaacaatgacaatcaaagaatcaaaaggacaaatatatgtgcaatgagacttaatcttagaattgagagagtcatgat 115  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||| ||| |||    
T  14636199 attgactattggattcgtgctcgaacaatcacaatcaatgaatcaaaaagacaaatatatgtgaaataagatttaatcttagaattgagagattcaagat 14636298  T
Q  116 acaa-------atcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaacaatagacaatttcaaaccaaacctatatgaacaaaattac 208  Q
     |||       ||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14636299 tcaagattaaaatcttattatataatcaaatgttaatattccttgaacaatgtacaaaacaatatacaatttcaaaccaaacctatatgaacaaaattac 14636398  T
Q  209 taagttatcaaat 221  Q
    |||| ||||||||    
T  14636399 taagctatcaaat 14636411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 118 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 4848266 - 4848163
Alignment:
Q  118 aaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaacaatagacaatttcaaaccaaacctatatgaacaaaattactaagttatc 217  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  4848266 aaatgttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtataaaacaatagacaatttcaaaccaaatctatatgaacaaaattactaagttatc 4848167  T
Q  218 aaat 221  Q
    ||||    
T  4848166 aaat 4848163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 91; E-Value: 6e-44
Query Start/End: Original strand, 20 - 221
Target Start/End: Original strand, 19455632 - 19455833
Alignment:
Q  20 actattggattcgtggtcgaacaatgacaatcaaagaatcaaaaggacaaatatatgtgcaatgagacttaatcttagaattgagagagtcatgatacaa 119  Q
    ||||||||||| |||  |||||||| |||| ||| | ||||||| ||||||||||  |||||| ||| |||||||||||||| ||||| |||  |||| |    
T  19455632 actattggatttgtgcccgaacaatcacaa-caatgtatcaaaaagacaaatatacatgcaataagatttaatcttagaattaagagattcacaatacta 19455730  T
Q  120 atcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaac-aatagacaatttcaaaccaaacctatatgaacaaaattactaagttatca 218  Q
    | |||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||    
T  19455731 accttattatacaatcaaacttcaataaaccttgaacaatgtacaaaacgtttagacaatttcaaaccaaacctatatgaacaaaattactaagctgtca 19455830  T
Q  219 aat 221  Q
    |||    
T  19455831 aat 19455833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 19 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 23296315 - 23296114
Alignment:
Q  19 gactattggattcgtggtcgaacaatgacaatcaaagaatcaaaaggacaaatatatgtgcaatgagacttaatcttagaattgagagagtcatgataca 118  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||| |||| ||| | || ||||| |||||||||||||||||  || ||||| ||||||| |||||| ||||||||||    
T  23296315 gactattggaatcgtgctcgaacaatcacaa-caatgtataaaaag-acaaatatatgtgcaatatgatttaat-ttagaatcgagagattcatgataca 23296219  T
Q  119 aatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaac-aatagacaatttcaaaccaaacctatatgaac-aaaattactaagttat 216  Q
    ||||||||||  ||||||||| |||||   ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||    
T  23296218 aatcttattaagcaatcaaaccttaattaaccttgaacaatgtacaaaacttatagacaatttcaaaccaaacctatatgaacaaaaattactaaactat 23296119  T
Q  217 caaat 221  Q
    |||||    
T  23296118 caaat 23296114  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 95 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 8943435 - 8943329
Alignment:
Q  95 tagaattgagagagtcatgatacaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaacaatagacaatttcaa-accaaaccta 193  Q
    |||||||||| || |||  |||||||||||||| ||||||||||||||||  | ||||||||||| ||||||||  ||||||||||||| | ||||||||    
T  8943435 tagaattgagtgattcacaatacaaatcttatt-tacaatcaaactttaacgtgccttgaacaatttacaaaac-ttagacaatttcaatatcaaaccta 8943338  T
Q  194 tatgaacaa 202  Q
    |||||||||    
T  8943337 tatgaacaa 8943329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 67 - 198
Target Start/End: Original strand, 14760599 - 14760731
Alignment:
Q  67 caaatatatgtgcaatgagacttaatcttagaattgagagagtcatgatacaaatcttat-tatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaa 165  Q
    |||||||||||| ||| ||| || ||||||||||||||||| ||| ||||||||| || | || ||||||||   |||| | ||||| |||||  |||||    
T  14760599 caaatatatgtggaataagattttatcttagaattgagagattcacgatacaaatattttgtacacaatcaattattaacaatccttaaacaagatacaa 14760698  T
Q  166 aacaatagacaatttcaaaccaaacctatatga 198  Q
    ||||||  ||||||||||||||||||| |||||    
T  14760699 aacaattcacaatttcaaaccaaacctgtatga 14760731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 66 - 137
Target Start/End: Complemental strand, 13081273 - 13081202
Alignment:
Q  66 acaaatatatgtgcaatgagacttaatcttagaattgagagagtcatgatacaaatcttattatacaatcaa 137  Q
    ||||||||||||| ||| ||| || ||||||||||||||||| ||| |||||||||||| | | ||||||||    
T  13081273 acaaatatatgtggaataagattttatcttagaattgagagattcacgatacaaatcttttgacacaatcaa 13081202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 103 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 4733897 - 4733802
Alignment:
Q  103 agagagtcatgatacaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaacaatagacaatttcaaaccaaacctatatga 198  Q
    ||||| ||| |||||||||||| |   ||||||||   |||| | ||||| |||||  |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||    
T  4733897 agagattcacgatacaaatcttttgtcacaatcaattattaacaatccttaaacaagatacaaaacaatatacaatttcaaaccaaatctatatga 4733802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0285 (Bit Score: 150; Significance: 4e-79; HSPs: 1)
Name: scaffold0285
Description:

Target: scaffold0285; HSP #1
Raw Score: 150; E-Value: 4e-79
Query Start/End: Original strand, 16 - 221
Target Start/End: Original strand, 17841 - 18046
Alignment:
Q  16 attgactattggattcgtggtcgaacaatgacaatcaaagaatcaaaaggacaaatatatgtgcaatgagacttaatcttagaattgagagagtcatgat 115  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||| | |||||||||||||||||| ||| |||    
T  17841 attgactattggattcgtgctcgaacaatcacaatcaatgaatcaaaaggacaaatatatgtgaaataagattcaatcttagaattgagagattcacgat 17940  T
Q  116 acaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaacaatagacaatttcaaaccaaacctatatgaacaaaattactaagtta 215  Q
     ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  17941 tcaaatcttattatacaatcaaatgttaatattccttgaacaatgtacaaaacaatatacaatttcaaaccaaacctatatgaacaaaattactaagcta 18040  T
Q  216 tcaaat 221  Q
    ||||||    
T  18041 tcaaat 18046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 130; Significance: 3e-67; HSPs: 13)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 130; E-Value: 3e-67
Query Start/End: Original strand, 16 - 221
Target Start/End: Original strand, 22441290 - 22441495
Alignment:
Q  16 attgactattggattcgtggtcgaacaatgacaatcaaagaatcaaaaggacaaatatatgtgcaatgagacttaatcttagaattgagagagtcatgat 115  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||| ||| ||||||||| |||||||||| ||| |||    
T  22441290 attgactattggattcgtgctcgaacaatcacaatcaatgaatcaaaaagacaaatatatgtgaaataagatttaatcttataattgagagattcacgat 22441389  T
Q  116 acaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaacaatagacaatttcaaaccaaacctatatgaacaaaattactaagtta 215  Q
     ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||| ||    
T  22441390 tcaaatcttattatacaatcaaatgttaatattccttgaacaaagtacaaaacaatatacaatttcaaaacaaatctataggaacaaaattactaagcta 22441489  T
Q  216 tcaaat 221  Q
    ||||||    
T  22441490 tcaaat 22441495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 135 - 221
Target Start/End: Original strand, 19126817 - 19126903
Alignment:
Q  135 caaactttaatattccttgaacaatgtacaaaacaatagacaatttcaaaccaaacctatatgaacaaaattactaagttatcaaat 221  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  19126817 caaactttaataatccttgaacaatgtacaaaacaatagacaatttcaaaccaaacccatatgaacaaaattactaagctatcaaat 19126903  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 67 - 194
Target Start/End: Original strand, 29674737 - 29674864
Alignment:
Q  67 caaatatatgtgcaatgagacttaatcttagaattgagagagtcatgatacaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaa 166  Q
    |||| ||||||| ||| ||| || ||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||| ||||||||   |||||| |||||||||||  ||||||    
T  29674737 caaaaatatgtggaataagattttatcttagaattgagagattcacgatacaaatctttttacacaatcaatagttaataatccttgaacaagatacaaa 29674836  T
Q  167 acaatagacaatttcaaaccaaacctat 194  Q
    ||||||  ||||||||||||||||||||    
T  29674837 acaatacccaatttcaaaccaaacctat 29674864  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 73 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 24246124 - 24245996
Alignment:
Q  73 tatgtgcaatgagacttaatcttagaattgagagagtcatgatacaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaaca-at 171  Q
    |||||| ||| ||| |||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||   ||| ||||||| ||||||||  ||    
T  24246124 tatgtgaaataagatttaatcttagaattgatag--tcatgatacaaatcttat-atacaatcaaactttaatcaacctagaacaatatacaaaacttat 24246028  T
Q  172 agacaatttcaaaccaaacctatatgaacaaaa 204  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  24246027 agacaatt-caaaccaaacctatatgaacaaaa 24245996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 73 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 19765441 - 19765298
Alignment:
Q  73 tatgtgcaatgagacttaatcttagaattgagagagtcatgatacaaatcttat-ta-tacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaacaa 170  Q
    |||||||||| ||| ||||||| |||||||||||| ||| ||||||||| |||| || ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||      
T  19765441 tatgtgcaataagatttaatct-agaattgagagattcacgatacaaatattatatactacaatcaaactttaataa-ccttgaacaatgtacaaaactt 19765344  T
Q  171 t-agacaatttcaaaccaaacctatatgaacaaaattactaagttatcaa 219  Q
    | |||||||||||||    ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  19765343 ttagacaatttcaaa----acctatatgaacaaaattagtaagttatcaa 19765298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 95 - 202
Target Start/End: Original strand, 16739100 - 16739207
Alignment:
Q  95 tagaattgagagagtcatgatacaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaacaatagacaatttcaa-accaaaccta 193  Q
    |||||||||| || |||  ||||||||||||||| |||||||||||||||| | ||||||||||  ||||||||  ||||||||||||| ||||||||||    
T  16739100 tagaattgagtgattcacaatacaaatcttatta-acaatcaaactttaatgtgccttgaacaacttacaaaactttagacaatttcaataccaaaccta 16739198  T
Q  194 tatgaacaa 202  Q
    |||||||||    
T  16739199 tatgaacaa 16739207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 22 - 95
Target Start/End: Original strand, 19126567 - 19126640
Alignment:
Q  22 tattggattcgtggtcgaacaatgacaatcaaagaatcaaaaggacaaatatatgtgcaatgagacttaatctt 95  Q
    |||||||||| || ||||||||| ||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  19126567 tattggattcatgctcgaacaatcacagtcaatgaatcaaaaagacaaatatatgtgcaataagatttaatctt 19126640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 95 - 199
Target Start/End: Complemental strand, 24740617 - 24740515
Alignment:
Q  95 tagaattgagagagtcatgatacaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaacaatagacaatttc-aaaccaaaccta 193  Q
    ||||||||||||| |||  |||||||||||||  ||||||||||||||||| | |||| || ||| | ||||||  ||||||| ||| ||||||||||||    
T  24740617 tagaattgagagattcacaatacaaatcttat--tacaatcaaactttaatgtgccttaaaaaatttgcaaaac-ttagacaaattcaaaaccaaaccta 24740521  T
Q  194 tatgaa 199  Q
    ||||||    
T  24740520 tatgaa 24740515  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 95 - 199
Target Start/End: Original strand, 23374862 - 23374963
Alignment:
Q  95 tagaattgagagagtcatgatacaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaacaatagacaatttcaaaccaaacctat 194  Q
    |||||||||| || |||  |||||||||||||||  |||||||| |||| | |  |||||||||  | ||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  23374862 tagaattgagtgattcacaatacaaatcttatta--caatcaaaatttattgtaacttgaacaacttgcaaaacc-tagacaatttcaaaccaaacctat 23374958  T
Q  195 atgaa 199  Q
    |||||    
T  23374959 atgaa 23374963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 95 - 199
Target Start/End: Complemental strand, 24670848 - 24670746
Alignment:
Q  95 tagaattgagagagtcatgatacaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaacaatagacaatttc-aaaccaaaccta 193  Q
    ||||||||||||| |||  |||||||||||||  ||||||||||||||||| | |||| || ||| | |||| |  ||||||| ||| ||||||||||||    
T  24670848 tagaattgagagattcacaatacaaatcttat--tacaatcaaactttaatgtgccttaaaaaatttgcaaagc-ttagacaaattcaaaaccaaaccta 24670752  T
Q  194 tatgaa 199  Q
    ||||||    
T  24670751 tatgaa 24670746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 95 - 199
Target Start/End: Complemental strand, 24707623 - 24707521
Alignment:
Q  95 tagaattgagagagtcatgatacaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaacaatagacaatttc-aaaccaaaccta 193  Q
    ||||||||||||| |||  |||||||||||||  ||||||||||||||||| | |||| || ||| | |||| |  ||||||| ||| ||||||||||||    
T  24707623 tagaattgagagattcacaatacaaatcttat--tacaatcaaactttaatgtgccttaaaaaatttgcaaagc-ttagacaaattcaaaaccaaaccta 24707527  T
Q  194 tatgaa 199  Q
    ||||||    
T  24707526 tatgaa 24707521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 95 - 199
Target Start/End: Complemental strand, 24753386 - 24753284
Alignment:
Q  95 tagaattgagagagtcatgatacaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaacaatagacaatttc-aaaccaaaccta 193  Q
    ||||||||||||| |||  |||||||||||||  ||||||||||||||||| | |||| || ||| | |||| |  ||||||| ||| ||||||||||||    
T  24753386 tagaattgagagattcacaatacaaatcttat--tacaatcaaactttaatgtgccttaaaaaatttgcaaagc-ttagacaaattcaaaaccaaaccta 24753290  T
Q  194 tatgaa 199  Q
    ||||||    
T  24753289 tatgaa 24753284  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 131 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 24130028 - 24129940
Alignment:
Q  131 caatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaacaatagacaatttcaa-accaaacctatatgaacaaaattactaagttatcaa 219  Q
    ||||||||||||||| |  | |||||||| ||||||||  ||||||||||||| ||||||||||| ||||||| | ||| ||| ||||||    
T  24130028 caatcaaactttaatgtgtcatgaacaatttacaaaac-ttagacaatttcaataccaaacctatttgaacaataataccaagctatcaa 24129940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 122; Significance: 2e-62; HSPs: 11)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 16 - 221
Target Start/End: Original strand, 19817913 - 19818118
Alignment:
Q  16 attgactattggattcgtggtcgaacaatgacaatcaaagaatcaaaaggacaaatatatgtgcaatgagacttaatcttagaattgagagagtcatgat 115  Q
    ||||| ||||||| ||||| ||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||| ||| |||    
T  19817913 attgattattggaatcgtgctcgaacaatcacaatcaatgaatcaaaaagacaaatatatttgcaataagatttaatcttagaattgagagattcacgat 19818012  T
Q  116 acaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaacaatagacaatttcaaaccaaacctatatgaacaaaattactaagtta 215  Q
    |||||||||||||||||||||||  | ||||  |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |     
T  19818013 acaaatcttattatacaatcaaatgtgaatagaccttgaacaaagtacaaaacaatacacaatttcaaaccaaacctatataaacaaaattactaagctg 19818112  T
Q  216 tcaaat 221  Q
    ||||||    
T  19818113 tcaaat 19818118  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 98; E-Value: 4e-48
Query Start/End: Original strand, 77 - 221
Target Start/End: Original strand, 17495230 - 17495375
Alignment:
Q  77 tgcaatgagacttaatcttagaattgagagagtcatgatacaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaac-aatagac 175  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||    
T  17495230 tgcaataagatttaatcttagaattgagagattcacgatacaaatcttattatacaatcaaactttaataatccttgaacaatgtacaaaacttatagac 17495329  T
Q  176 aatttcaaaccaaacctatatgaacaaaattactaagttatcaaat 221  Q
    ||||||||||| |||||||||||| | |||||||||| ||||||||    
T  17495330 aatttcaaacctaacctatatgaagataattactaagctatcaaat 17495375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 96; E-Value: 7e-47
Query Start/End: Original strand, 59 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 23478742 - 23478580
Alignment:
Q  59 caaaaggacaaatatatgtgcaatgagacttaatcttagaattgagagagtcatgatacaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaa 158  Q
    ||||| || ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| | ||||||||||||||   ||||||||||    
T  23478742 caaaaagataaatatatgtgcaatcagatttaatcttagaattgagagattcacgatacaaatcttattaca-aatcaaactttaattaaccttgaacaa 23478644  T
Q  159 tgtacaaaacaat-agacaatttcaaaccaaacctatatgaacaaaattactaagttatcaaat 221  Q
    ||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  23478643 tgtacaaaacttttagacaatttcaaaccaaacctatatgaacaaaattactaagctatcaaat 23478580  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 16 - 219
Target Start/End: Original strand, 22852133 - 22852336
Alignment:
Q  16 attgactattggattcgtggtcgaacaatgacaatcaaagaatcaaaaggacaaatatatgtgcaatgagacttaatcttagaattgagagagtcatgat 115  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||| |||| ||| ||||||||   ||| | | ||||||||| ||| |||||||| ||||||| ||| |||  ||    
T  22852133 attgactattggaatcgtgctcgaacaatcacaaacaatgaatcaaatacacacaaaaatgtgcaataagatttaatctttgaattgatagattcacaat 22852232  T
Q  116 acaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaac-aatagacaatttcaaaccaaacctatatgaacaaaattactaagtt 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||  ||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |    
T  22852233 acaaatcttattatacaatcaaacttaaataatccttgaacaa-atacaaaacttatagacaatttcaaatcaaacctatatgaacaaaattactaagct 22852331  T
Q  215 atcaa 219  Q
    |||||    
T  22852332 atcaa 22852336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 36 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 21018106 - 21017919
Alignment:
Q  36 tcgaacaatgacaatcaaagaatcaaaagga--caaatatatgtgcaatgagacttaatcttagaattgagagagtcatgatacaaatcttattatacaa 133  Q
    ||||||||| |||||||| ||||||| | ||  |||||||||||| |||   | |  ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||    
T  21018106 tcgaacaatcacaatcaatgaatcaacaagaagcaaatatatgtggaatattattatatcttagaattgagagattcatgatacaaatctttttatacaa 21018007  T
Q  134 tcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaacaatagacaatttcaaaccaaacctatatgaacaaaattactaagttatcaaat 221  Q
    |||||  | ||||  |||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||| ||||||||    
T  21018006 tcaaatatcaataaaccttgaacaaggtacaaaacaatacccaatttcaaaccaaacctaagtgagcaaaattactaagctatcaaat 21017919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 76; E-Value: 6e-35
Query Start/End: Original strand, 38 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 21218474 - 21218312
Alignment:
Q  38 gaacaatgacaatcaaagaatcaaaagga--caaatatatgtgcaatgagacttaatcttagaattgagagagtcatgatacaaatcttattatacaatc 135  Q
    ||||||| |||||||| ||||||| | ||  |||||||||||| ||| ||| || ||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||  |||||    
T  21218474 gaacaatcacaatcaatgaatcaataagaagcaaatatatgtggaataagattttatcttagaattgagagattcacgatacaaatctttttacccaatc 21218375  T
Q  136 aaactttaatattccttgaacaatgtacaaaacaatagacaatttcaaaccaaacctatatga 198  Q
    ||   |||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  21218374 aattgttaataatccttgaacaaggtacaaaacaatacacaatttcaaaccaaacctatatga 21218312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 64; E-Value: 8e-28
Query Start/End: Original strand, 67 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 17444497 - 17444366
Alignment:
Q  67 caaatatatgtgcaatgagacttaatcttagaattgagagagtcatgatacaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaa 166  Q
    |||| ||||||| ||| ||| || ||||||||||||||||| ||| |||||| ||||| ||| ||||||||   |||||| |||||||||||  ||||||    
T  17444497 caaaaatatgtggaataagattttatcttagaattgagagattcacgatacatatctttttacacaatcaatagttaataatccttgaacaagatacaaa 17444398  T
Q  167 acaatagacaatttcaaaccaaacctatatga 198  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  17444397 acaatacacaatttcaaaccaaacctatatga 17444366  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 95 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 16970105 - 16969996
Alignment:
Q  95 tagaattgagagagtcatgatacaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaacaat-agacaatttcaaaccaaaccta 193  Q
    ||||||||||| | || ||||||||||||||| | |||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||   | ||||||||||||||||||||||    
T  16970105 tagaattgagaaattcgtgatacaaatcttat-acacaatcaaactttaataaaccttgaacaatttacaaaaattttagacaatttcaaaccaaaccta 16970007  T
Q  194 tatgaacaaaa 204  Q
     ||||||||||    
T  16970006 catgaacaaaa 16969996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 67 - 198
Target Start/End: Original strand, 22106032 - 22106164
Alignment:
Q  67 caaatatatgtgcaa-tgagacttaatcttagaattgagagagtcatgatacaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaa 165  Q
    |||||||||||| || | ||| || ||||||||||||||||| ||| |||||||||||| | | ||||||||   |||| | | ||| |||||  |||||    
T  22106032 caaatatatgtggaaataagattttatcttagaattgagagattcacgatacaaatcttttgacacaatcaattattaacaatgcttaaacaagatacaa 22106131  T
Q  166 aacaatagacaatttcaaaccaaacctatatga 198  Q
    ||||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  22106132 aacaacatacaatttcaaaccaaacctatatga 22106164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 129 - 199
Target Start/End: Original strand, 19956970 - 19957040
Alignment:
Q  129 tacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaacaatagacaatttc-aaaccaaacctatatgaa 199  Q
    ||||||||||||||||| | ||||||||||| | ||||||  | ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  19956970 tacaatcaaactttaatgtgccttgaacaatttgcaaaac-tttgacaatttctaaaccaaacctatatgaa 19957040  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 161 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 23191016 - 23190979
Alignment:
Q  161 tacaaaacaatagacaatttcaaaccaaacctatatga 198  Q
    ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  23191016 tacaaaataatatacaatttcaaaccaaacctatatga 23190979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0334 (Bit Score: 121; Significance: 8e-62; HSPs: 1)
Name: scaffold0334
Description:

Target: scaffold0334; HSP #1
Raw Score: 121; E-Value: 8e-62
Query Start/End: Original strand, 16 - 216
Target Start/End: Original strand, 6704 - 6904
Alignment:
Q  16 attgactattggattcgtggtcgaacaatgacaatcaaagaatcaaaaggacaaatatatgtgcaatgagacttaatcttagaattgagagagtcatgat 115  Q
    ||||||||||| ||| ||| ||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||| ||| | |||||||||||| ||||| ||| |||    
T  6704 attgactattgaatttgtgctcgaacaatcacaatcaatgaatcaaaaagacaaatatatgtgaaataagattcaatcttagaattaagagattcacgat 6803  T
Q  116 acaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaacaatagacaatttcaaaccaaacctatatgaacaaaattactaagtta 215  Q
     |||||||||||||||||| |||  |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  6804 tcaaatcttattatacaattaaatgttaatattccttaaacaaagtacaaaacaatagacaatttcaaaccaaacctatatgaacaaaattactaaatta 6903  T
Q  216 t 216  Q
    |    
T  6904 t 6904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 112; Significance: 2e-56; HSPs: 9)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 16 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 15935950 - 15935743
Alignment:
Q  16 attgactattggattcgtggtcgaacaatgacaatcaaagaatcaaaaggacaaatatatgtgcaatgagacttaatcttagaattgagagagtcatgat 115  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||  || |||| ||||||||| |||||  ||||||| | | ||| |||||||||||||||||||| ||| |||    
T  15935950 attgactattggattcgtgctcgaacaatcgcattcaatgaatcaaaaagacaataatatgtgaattaagatttaatcttagaattgagagattcaggat 15935851  T
Q  116 acaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaacaatagacaatttcaaaccaaacctatatgaacaaaattactaagtta 215  Q
     ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||| ||    
T  15935850 tcaaatcttattatacaatcaaatgttaatattccttgaacaaagtacaaaaaaatatacaatttcaaaccaaccctataaaaacaaaattactaagcta 15935751  T
Q  216 tcaaatta 223  Q
    ||||||||    
T  15935750 tcaaatta 15935743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 91; E-Value: 6e-44
Query Start/End: Original strand, 88 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 12476311 - 12476177
Alignment:
Q  88 ttaatcttagaattgagagagtcatgatacaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaa-caatagacaatttcaaacc 186  Q
    |||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||   |||||||||||||||||    
T  12476311 ttaatcttagaattgagagattcacgatacaaatattattatacaatcaaactttaataatccttgaacaatatacaaaatttatagacaatttcaaacc 12476212  T
Q  187 aaacctatatgaacaaaattactaagttatcaaat 221  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  12476211 aaacttatatgaacaaaattactaagctatcaaat 12476177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 91; E-Value: 6e-44
Query Start/End: Original strand, 68 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 24001980 - 24001826
Alignment:
Q  68 aaatatatgtgcaatgagacttaatcttagaattgagagagtcatgatacaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaa 167  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||   |||||| |||||||||||     
T  24001980 aaatatatgtgcaataagatttaatcttagaattgagagattcacgatacaaatcttattatatactcaaactttaattaaccttgagcaatgtacaaag 24001881  T
Q  168 c-aatagacaatttcaaaccaaacctatatgaacaaaattactaagttatcaaat 221  Q
    |   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  24001880 cttttagacaatttcaaaccaaacctatatgaacaaaattactaagctatcaaat 24001826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 95 - 219
Target Start/End: Original strand, 17582628 - 17582752
Alignment:
Q  95 tagaattgagagagtcatgatacaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaacaat-agacaatttcaaaccaaaccta 193  Q
    ||||||| ||||| ||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||  | ||| ||||||||||||||||||    
T  17582628 tagaattaagagattcacgatacaaatcttat-attcaatcaaactttaataaaccttgaacaatgtaaaaaacttttagaaaatttcaaaccaaaccta 17582726  T
Q  194 tatgaacaaaattactaagttatcaa 219  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||    
T  17582727 tatgaacaaaattactaagctatcaa 17582752  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 95 - 219
Target Start/End: Original strand, 22850318 - 22850444
Alignment:
Q  95 tagaattgagagagtcatgatacaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaa-aacaatagacaatttcaaaccaaa-cct 192  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||   |||| |||||| ||||| |    ||||||||||||||||||| |||    
T  22850318 tagaattgagagattcatgatacaaatctta-tatacaatcaaactttaatgaaccttaaacaatttacaatagttttagacaatttcaaaccaaatcct 22850416  T
Q  193 atatgaaca-aaattactaagttatcaa 219  Q
    ||||||||| | ||||||||| ||||||    
T  22850417 atatgaacatagattactaagctatcaa 22850444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 73 - 145
Target Start/End: Original strand, 13534597 - 13534669
Alignment:
Q  73 tatgtgcaatgagacttaatcttagaattgagagagtcatgatacaaatcttattatacaatcaaactttaat 145  Q
    ||||| |||| ||| |||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  13534597 tatgttcaataagatttaatctttgaattgagagattcacgatacaaatcttattatacaatcaaaatttaat 13534669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 70 - 198
Target Start/End: Original strand, 25924620 - 25924748
Alignment:
Q  70 atatatgtgcaatgagacttaatcttagaattgagagagtcatgatacaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaaca 169  Q
    ||||| ||| ||| ||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||| | | | ||||||   |  ||| | ||||||||| ||||||||||    
T  25924620 atatacgtggaataagaatttatcttagaattgagagattcatgatacaaatcttttcacataatcaattatccataatacttgaacaaagtacaaaaca 25924719  T
Q  170 atagacaatttcaaaccaaacctatatga 198  Q
    | | |||||||||||||| ||||||||||    
T  25924720 acacacaatttcaaaccagacctatatga 25924748  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 95 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 18565710 - 18565607
Alignment:
Q  95 tagaattgagagagtcatgatacaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaacaatagacaatttc-aaaccaaaccta 193  Q
    |||||||||| || |||  ||| ||||||| ||| |||||||||||||||| | |||||||||||  |||||||  ||||||||||| ||| ||||||||    
T  18565710 tagaattgagtgattcacaatataaatcttctta-acaatcaaactttaatgtgccttgaacaattaacaaaactttagacaatttcaaaatcaaaccta 18565612  T
Q  194 tatga 198  Q
    |||||    
T  18565611 tatga 18565607  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 16 - 73
Target Start/End: Complemental strand, 12477741 - 12477684
Alignment:
Q  16 attgactattggattcgtggtcgaacaatgacaatcaaagaatcaaaaggacaaatat 73  Q
    ||||||||||||| ||||| || |||||| |||| ||| ||||||||| |||||||||    
T  12477741 attgactattggaatcgtgctcaaacaatcacaaacaatgaatcaaaaagacaaatat 12477684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 97; Significance: 2e-47; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 19 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 10493030 - 10492831
Alignment:
Q  19 gactattggattcgtggtcgaacaatgacaatcaaagaatcaaaaggacaaatatatgtgcaatgagacttaatcttagaattgagagagtcatgataca 118  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||| |||| ||| | | ||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  10493030 gactattggaatcgtgctcgaacaatcacaa-caatgtaccaaaaagacaaatatatgtgcaataagatttaatcttagaattgagagattcacgataca 10492932  T
Q  119 aatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaac-aatagacaatttcaaaccaaacctatatgaacaaaattactaagttatc 217  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||   |||||| |||| |||| |||   |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  10492931 aatcctattatacaatcaaactttaattaaccttgagcaatatacacaacttttagacaatttcaaaccaaacctatatgaacaatattactaagctatc 10492832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 86; E-Value: 6e-41
Query Start/End: Original strand, 16 - 205
Target Start/End: Complemental strand, 16587387 - 16587196
Alignment:
Q  16 attgactattggattcgtggtcgaacaatgacaatcaaagaatcaaaagga--caaatatatgtgcaatgagacttaatcttagaattgagagagtcatg 113  Q
    ||||||||||||| | ||| ||||||||| |||| ||| ||||||||| ||  |||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||| ||| |    
T  16587387 attgactattggaattgtgctcgaacaatcacaaacaatgaatcaaaaagagacaaatatatgtgcaataatatttaatcttagaattgagagattcacg 16587288  T
Q  114 atacaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaac-aatagacaatttcaaaccaaacctatatgaacaaaat 205  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||| | ||||||||  ||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  16587287 atacaaatcttattatacaatcaaactttaatcaaccttgaacagtatacaaaacttata-acaatttcaaaccaaatctatgtgaacaaaat 16587196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 39 - 198
Target Start/End: Original strand, 15411276 - 15411437
Alignment:
Q  39 aacaatgacaatcaaagaatcaaaagga--caaatatatgtgcaatgagacttaatcttagaattgagagagtcatgatacaaatcttattatacaatca 136  Q
    |||||| |||||||| ||||||| | ||  |||||||||||| ||| ||| || ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||  || |||||||    
T  15411276 aacaatcacaatcaatgaatcaataagaagcaaatatatgtggaataagattttatcttagaattgagagattcacgatacaaatctttatacacaatca 15411375  T
Q  137 aactttaatattccttgaacaatgtacaaaacaatagacaatttcaaaccaaacctatatga 198  Q
    |   ||||||  ||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  15411376 attgttaataaaccttgaacaagttacaaaacaatacacaatttcaaaccaaacctatatga 15411437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 95 - 219
Target Start/End: Original strand, 27919243 - 27919367
Alignment:
Q  95 tagaattgagagagtcatgatacaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaacaatag-acaatttcaaaccaaaccta 193  Q
    ||||||| ||||| ||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||  | | ||||||||||||||||||||    
T  27919243 tagaatttagagattcacgatagaaatcttat-atacaatcaaactttaataaaccttgaacaatatacaaaacttttggacaatttcaaaccaaaccta 27919341  T
Q  194 tatgaacaaaattactaagttatcaa 219  Q
    |||||||||||||  |||| ||||||    
T  27919342 tatgaacaaaattgttaagctatcaa 27919367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 41 - 198
Target Start/End: Original strand, 15452649 - 15452808
Alignment:
Q  41 caatgacaatcaaagaatcaaaagga--caaatatatgtgcaatgagacttaatcttagaattgagagagtcatgatacaaatcttattatacaatcaaa 138  Q
    |||| |||||||| ||||||| | ||  ||||||||| || ||| | | || ||||||||||||||||| ||| |||| |||||||  || | ||||||     
T  15452649 caatcacaatcaatgaatcaataagaagcaaatatatttggaataatattttatcttagaattgagagattcacgatataaatctttatacaaaatcaat 15452748  T
Q  139 ctttaatattccttgaacaatgtacaaaacaatagacaatttcaaaccaaacctatatga 198  Q
      ||||||  ||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  15452749 tgttaataaaccttgaacaagttacaaaacaatacacaatttcaaaccaaacatatatga 15452808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 114 - 202
Target Start/End: Original strand, 16835460 - 16835547
Alignment:
Q  114 atacaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaacaatagacaatttcaa-accaaacctatatgaacaa 202  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||   ||||||||||| ||||||||  ||||||||||||| || ||||| ||||||||||    
T  16835460 atacaaatcttatt-tacaatcaaactttaatgagccttgaacaat-tacaaaactttagacaatttcaatactaaaccaatatgaacaa 16835547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 95 - 180
Target Start/End: Original strand, 19583901 - 19583985
Alignment:
Q  95 tagaattgagagagtcatgatacaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaacaatagacaattt 180  Q
    |||||||||| || |||  ||| |||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||  ||||||||||    
T  19583901 tagaattgagtgattcaaaatataaatcttatt-tacaatcaaactttaatgtgccttgaacaatttacaaaactttagacaattt 19583985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 90 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 39045513 - 39045407
Alignment:
Q  90 aatcttagaattgagagagtcatgatacaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaacaatagacaatttcaaaccaaa 189  Q
    |||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||| | |||||||||| || |||   |||||||||||  ||||| | | | ||||||||||||||||    
T  39045513 aatcttagaattgagagattcacgattcaaatctta-tgtacaatcaaaattcaat-caccttgaacaattaacaaacctagatacaatttcaaaccaaa 39045416  T
Q  190 cctatatga 198  Q
    | |||||||    
T  39045415 cttatatga 39045407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0023 (Bit Score: 89; Significance: 1e-42; HSPs: 1)
Name: scaffold0023
Description:

Target: scaffold0023; HSP #1
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 16 - 221
Target Start/End: Original strand, 96423 - 96630
Alignment:
Q  16 attgactattggattcgtggtcgaacaatgacaatcaaagaatcaaaaggac--aaatatatgtgcaatgagacttaatcttagaattgagagagtcatg 113  Q
    ||||||||||||| |  || ||||| ||| |||||||| ||||||| | ||   ||||||||||| ||| ||| || ||||||||||||||||| ||| |    
T  96423 attgactattggaattttgctcgaaaaatcacaatcaatgaatcaacaagaagaaaatatatgtggaataagattttatcttagaattgagagattcacg 96522  T
Q  114 atacaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaacaatagacaatttcaaaccaaacctatatgaacaaaattactaagt 213  Q
    ||||||||||| |||||||||||||  ||||||  |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |     
T  96523 atacaaatctttttatacaatcaaatattaataaaccttgaacaaggtacaaaacaatacacaatttcaaaccaaccctatgtgaacaaaattactatgc 96622  T
Q  214 tatcaaat 221  Q
    ||||||||    
T  96623 tatcaaat 96630  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 87; Significance: 2e-41; HSPs: 9)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 16 - 221
Target Start/End: Original strand, 14991846 - 14992051
Alignment:
Q  16 attgactattggattcgtggtcgaacaatgacaatcaaagaatcaaaaggacaaatatatgtgcaatgagacttaatcttagaattgagagagtcatgat 115  Q
    ||||||||||||| | ||| ||||||||| |||| ||| |||||||||  ||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||| ||| |||    
T  14991846 attgactattggagttgtgctcgaacaatcacaaacaatgaatcaaaaatacaaatatatgtggaataagatttaatcttagaattgagagattcacgat 14991945  T
Q  116 acaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaac-aatagacaatttcaaaccaaacctatatgaacaaaattactaagtt 214  Q
    |||||||||| ||||||||| |||||||||   ||||||||||| ||||||||  ||| | ||||||||||||||||||  ||||||||| ||||| | |    
T  14991946 acaaatcttagtatacaatccaactttaatcaaccttgaacaatatacaaaacttata-ataatttcaaaccaaacctaagtgaacaaaaatactatgct 14992044  T
Q  215 atcaaat 221  Q
    |||||||    
T  14992045 atcaaat 14992051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 66 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 24427640 - 24427508
Alignment:
Q  66 acaaatatatgtgcaatgagacttaatcttagaattgagagagtcatgatacaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaa 165  Q
    ||||||||||||| ||| ||| || |||| |||||||||||| ||| |||||||||||| | | ||||||||   |||| | ||||| |||||  |||||    
T  24427640 acaaatatatgtggaataagattttatctcagaattgagagattcacgatacaaatcttttgacacaatcaattattaacaatccttaaacaagatacaa 24427541  T
Q  166 aacaatagacaatttcaaaccaaacctatatga 198  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  24427540 aacaatatacaatttcaaaccaaacatatatga 24427508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 67 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 21318797 - 21318667
Alignment:
Q  67 caaatatatgtgcaatgagacttaatcttagaattgagagagtcatgatacaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaa 166  Q
    |||||||||||| ||| ||| || ||||||||||||||||| ||| |||||||||||| | | ||||||||   |||| | ||||| |||||  ||||||    
T  21318797 caaatatatgtggaataagattttatcttagaattgagagattcacgatacaaatcttttgacacaatcaattattaacaatccttaaacaagatacaaa 21318698  T
Q  167 acaatagacaatttcaaaccaaacctatatga 198  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  21318697 acaatatacaatttcaaacc-aacctatatga 21318667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 67 - 198
Target Start/End: Original strand, 24118002 - 24118133
Alignment:
Q  67 caaatatatgtgcaatgagacttaatcttagaattgagagagtcatgatacaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaa 166  Q
    |||||||||||| ||| ||| || ||||||||||||||||| ||| ||||||||| || | ||||||||||   |||| | ||| | |||||  ||||||    
T  24118002 caaatatatgtggaataagattttatcttagaattgagagattcacgatacaaatattttgatacaatcaactattaacaatccgtaaacaagatacaaa 24118101  T
Q  167 acaatagacaatttcaaaccaaacctatatga 198  Q
    |||||| ||||||| |||||||||||||||||    
T  24118102 acaatatacaattttaaaccaaacctatatga 24118133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 67 - 198
Target Start/End: Original strand, 28075748 - 28075879
Alignment:
Q  67 caaatatatgtgcaatgagacttaatcttagaattgagagagtcatgatacaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaa 166  Q
    |||||||||||| ||| ||| || ||||||||||||||||| |||  ||||||||||| | | ||||||||   |||| | ||||| |||||  || |||    
T  28075748 caaatatatgtggaataagattttatcttagaattgagagattcacaatacaaatcttttgacacaatcaattattaacaatccttaaacaagatataaa 28075847  T
Q  167 acaatagacaatttcaaaccaaacctatatga 198  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  28075848 acaatatacaatttcaaaccaaacctatatga 28075879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 90 - 196
Target Start/End: Original strand, 8365661 - 8365765
Alignment:
Q  90 aatcttagaattgagagagtcatgatacaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaacaatagacaatttcaaaccaaa 189  Q
    |||||||||||||||||| ||| ||| |||||| ||| ||||||||||| || |||   |||||||||||  ||||| | | ||||||||||||||||||    
T  8365661 aatcttagaattgagagattcacgattcaaatcatat-atacaatcaaaattcaatca-ccttgaacaattaacaaacctagagacaatttcaaaccaaa 8365758  T
Q  190 cctatat 196  Q
    |||||||    
T  8365759 cctatat 8365765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 16 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 24752867 - 24752691
Alignment:
Q  16 attgactattggattcgtggtcgaacaatgacaatcaaagaatcaaaagga--caaatatatgtgcaatgagacttaatcttagaattgagagagtcatg 113  Q
    ||||||||||||| |  || || |||||| |||||||| ||||||| ||||  ||||||||  || ||||||| || ||||||  ||||||||| ||| |    
T  24752867 attgactattggaattttgctcaaacaatcacaatcaatgaatcaacaggaatcaaatatacatggaatgagattttatcttaatattgagagattcacg 24752768  T
Q  114 atacaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaacaatagacaatttcaaaccaaacc 191  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||  | ||||  |||||||||||  ||||| | | | |||||||||||| |||||    
T  24752767 atacacatctttttatacaatcaaatatcaata-accttgaacaattaacaaacctagatacaatttcaaactaaacc 24752691  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 95 - 199
Target Start/End: Complemental strand, 19237182 - 19237080
Alignment:
Q  95 tagaattgagagagtcatgatacaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaacaatagacaatttc-aaaccaaaccta 193  Q
    |||||||||| || |||  ||||||||| |||||  ||||||||||||||| |  |||||||||| | ||||||  | ||||||||| ||||||||||||    
T  19237182 tagaattgagtgattcacaatacaaatcatatta--caatcaaactttaatgtgtcttgaacaatttgcaaaac-tttgacaatttcaaaaccaaaccta 19237086  T
Q  194 tatgaa 199  Q
    ||||||    
T  19237085 tatgaa 19237080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 95 - 199
Target Start/End: Complemental strand, 19310366 - 19310264
Alignment:
Q  95 tagaattgagagagtcatgatacaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaacaatagacaatttc-aaaccaaaccta 193  Q
    |||||||||| || |||  ||||||||| |||||  ||||||||||||||| |  |||||||||| | ||||||  | ||||||||| ||||||||||||    
T  19310366 tagaattgagtgattcacaatacaaatcatatta--caatcaaactttaatgtgtcttgaacaatttgcaaaac-tttgacaatttcaaaaccaaaccta 19310270  T
Q  194 tatgaa 199  Q
    ||||||    
T  19310269 tatgaa 19310264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 87; Significance: 2e-41; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 16 - 221
Target Start/End: Original strand, 9986615 - 9986820
Alignment:
Q  16 attgactattggattcgtggtcgaacaatgacaatcaaagaatcaaaaggacaaatatatgtgcaatgagacttaatcttagaattgagagagtcatgat 115  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||| ||| |||| ||| |||||||||  ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||| ||| |||    
T  9986615 attgactattggaatcgtgctcgaataatcacaaacaatgaatcaaaaaaacaaatatatgtgcaataagatttaatcttagaatttagagattcaagat 9986714  T
Q  116 acaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaac-aatagacaatttcaaaccaaacctatatgaacaaaattactaagtt 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||| | ||||||||||  ||| | ||||||||||||||||||   |||||||| ||||| | |    
T  9986715 acaaatcttattatacaatcaaactttaatcaaccttgaatagtgtacaaaacttata-ataatttcaaaccaaacctaagggaacaaaaatactatgct 9986813  T
Q  215 atcaaat 221  Q
    |||||||    
T  9986814 atcaaat 9986820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 95 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 1376987 - 1376863
Alignment:
Q  95 tagaattgagagagtcatgatacaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaacaat-agacaatttcaaaccaaaccta 193  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||    
T  1376987 tagaattcagagattcatgatacaaatattat-atacaatcaaactttaataaaccttgaacaatatacaaaacatttagacaatttcaaaccaaaccta 1376889  T
Q  194 tatgaacaaaattactaagttatcaa 219  Q
    |||| ||| |||| ||||| ||||||    
T  1376888 tatggacagaattgctaagctatcaa 1376863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 64; E-Value: 8e-28
Query Start/End: Original strand, 67 - 198
Target Start/End: Original strand, 11346623 - 11346754
Alignment:
Q  67 caaatatatgtgcaatgagacttaatcttagaattgagagagtcatgatacaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaa 166  Q
    |||||||||||  ||| ||| || ||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||| ||||||||   |||| | ||||||||||| || ||||    
T  11346623 caaatatatgtagaataagattttatcttagaattgagagattcacgatacaaatctttttacacaatcaattattaacaatccttgaacaaggttcaaa 11346722  T
Q  167 acaatagacaatttcaaaccaaacctatatga 198  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  11346723 acaatacacaatttcaaaccaaacctatatga 11346754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 39 - 198
Target Start/End: Original strand, 11517735 - 11517896
Alignment:
Q  39 aacaatgacaatcaaagaatcaaaagga--caaatatatgtgcaatgagacttaatcttagaattgagagagtcatgatacaaatcttattatacaatca 136  Q
    |||||| |||||||| ||||||| | ||  |||||||||| | ||| ||| || ||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||  || |||||||    
T  11517735 aacaatcacaatcaatgaatcaataagaagcaaatatatgaggaataagattttatcttagaattgaaagattcacgatacaaatctttatacacaatca 11517834  T
Q  137 aactttaatattccttgaacaatgtacaaaacaatagacaatttcaaaccaaacctatatga 198  Q
    |   ||||||  |||||||  | || |||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  11517835 attgttaataaaccttgaaataggtgcaaaacaatacacaatttcaaaccaaacctatatga 11517896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 36 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 14279689 - 14279526
Alignment:
Q  36 tcgaacaatgacaatcaaagaatcaaaagga--caaatatatgtgcaatgagacttaatcttagaattgagagagtcatgatacaaatcttattatacaa 133  Q
    ||||||||| |||||||| ||||||  | ||  |||||||||||| ||| ||| || ||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||  ||    
T  14279689 tcgaacaatcacaatcaatgaatcatcaagaagcaaatatatgtggaataagattttatcttagaattgagagattcacgatacaaatctttttatttaa 14279590  T
Q  134 tcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaacaatagacaatttcaaaccaaacctatatga 198  Q
    ||||   | ||||  |||||||||||  ||||| | | | |||||||||||||||||||||||||    
T  14279589 tcaagtatcaata-accttgaacaattaacaaacctagatacaatttcaaaccaaacctatatga 14279526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 98 - 199
Target Start/End: Original strand, 14204844 - 14204945
Alignment:
Q  98 aattgagagagtcatgatacaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaacaatagacaatttcaaaccaaacctatatg 197  Q
    |||||||||| ||| |||||||||||| | | ||||||||   |||| | | |||||||||  |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  14204844 aattgagagattcacgatacaaatcttttaacacaatcaattattaacaattcttgaacaagatacaaaacgatatacaatttcaaaccaaacctatatg 14204943  T
Q  198 aa 199  Q
    ||    
T  14204944 aa 14204945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0035 (Bit Score: 66; Significance: 5e-29; HSPs: 1)
Name: scaffold0035
Description:

Target: scaffold0035; HSP #1
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 59 - 211
Target Start/End: Original strand, 86137 - 86288
Alignment:
Q  59 caaaaggacaaatatatgtgcaatgagacttaatcttagaattgagagagtcatgatacaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaa 158  Q
    ||||| || ||||||||||||||| ||| ||||||  |||||||| ||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  86137 caaaaagataaatatatgtgcaataagatttaatca-agaattgatagattcacgatacaaatcttat-atacaatcaaactttaataaaccttgaacaa 86234  T
Q  159 tgtacaaaacaat-agacaatttcaaaccaaacctatatgaacaaaattactaa 211  Q
    | || |||||  | |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  86235 tatataaaacttttagacaatttcaaacaaaacctatatgagcaaaattactaa 86288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0231 (Bit Score: 63; Significance: 3e-27; HSPs: 1)
Name: scaffold0231
Description:

Target: scaffold0231; HSP #1
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 72 - 198
Target Start/End: Original strand, 16619 - 16745
Alignment:
Q  72 atatgtgcaatgagacttaatcttagaattgagagagtcatgatacaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaacaat 171  Q
    ||||||| ||| ||| || ||||||||||| ||||| ||| |||||||||||| ||| ||||||||   |||||| |||||||||||  |||||||||||    
T  16619 atatgtggaataagattttatcttagaattaagagattcacgatacaaatctttttacacaatcaatagttaataatccttgaacaagatacaaaacaat 16718  T
Q  172 agacaatttcaaaccaaacctatatga 198  Q
    | |||||||||||||||||||||||||    
T  16719 acacaatttcaaaccaaacctatatga 16745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0053 (Bit Score: 60; Significance: 2e-25; HSPs: 1)
Name: scaffold0053
Description:

Target: scaffold0053; HSP #1
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 67 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 1040 - 909
Alignment:
Q  67 caaatatatgtgcaatgagacttaatcttagaattgagagagtcatgatacaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaa 166  Q
    |||| ||||||| ||| ||| || ||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||| ||||||||   |||||| |||||||||||  ||||||    
T  1040 caaaaatatgtggaataagattttatcttagaattgagagattcacgatacaaatctttttacacaatcaatagttaataatccttgaacaagatacaaa 941  T
Q  167 acaatagacaatttcaaaccaaacctatatga 198  Q
    || ||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  940 acgatacacaatttcaaactaaacctatatga 909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1121 (Bit Score: 50; Significance: 2e-19; HSPs: 1)
Name: scaffold1121
Description:

Target: scaffold1121; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 114 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 1889 - 1801
Alignment:
Q  114 atacaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaacaatagacaattt-caaaccaaacctatatgaacaa 202  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||  ||||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  1889 atacaaatcttatta-acaatcaaactttaataagccttgaacaatttacaaaactttagacaatttgaaaaccaaacctatatgaacaa 1801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0520 (Bit Score: 50; Significance: 2e-19; HSPs: 1)
Name: scaffold0520
Description:

Target: scaffold0520; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 127 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 7445 - 7352
Alignment:
Q  127 tatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaacaat-agacaatttcaaaccaaacctatatgaacaaaattactaagttatcaa 219  Q
    ||||||||||||||||||||  ||||||||||| || |||||  | ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||    
T  7445 tatacaatcaaactttaataaaccttgaacaatataaaaaacttttagacaatttcaaaccaaacccctatgaacaaaattactaagctatcaa 7352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0049 (Bit Score: 47; Significance: 1e-17; HSPs: 1)
Name: scaffold0049
Description:

Target: scaffold0049; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 73 - 198
Target Start/End: Original strand, 69285 - 69411
Alignment:
Q  73 tatgtgcaatgagacttaatcttagaattgagagagtcatgatacaaatcttattata-caatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaacaat 171  Q
    |||||| ||| ||| || ||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||   |||||||   ||| || |||||||||||  || ||||||||    
T  69285 tatgtggaataagattttatcttagaattgagagattcacgatacaaatctttttaactcaatcaatagttagtaatccttgaacaagatataaaacaat 69384  T
Q  172 agacaatttcaaaccaaacctatatga 198  Q
    | |||||||||||||||||||||||||    
T  69385 acacaatttcaaaccaaacctatatga 69411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0134 (Bit Score: 46; Significance: 5e-17; HSPs: 1)
Name: scaffold0134
Description:

Target: scaffold0134; HSP #1
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 95 - 219
Target Start/End: Original strand, 41792 - 41916
Alignment:
Q  95 tagaattgagagagtcatgatacaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaac-aatagacaatttcaaaccaaaccta 193  Q
    ||||||||||||| |||  ||| ||||||||| ||||||||||||| |||||  ||||||||||| ||||||||  ||| | || |||||||||||||||    
T  41792 tagaattgagagattcacaatataaatcttat-atacaatcaaactgtaataaaccttgaacaatatacaaaacttataaaaaaattcaaaccaaaccta 41890  T
Q  194 tatgaacaaaattactaagttatcaa 219  Q
    |||||| ||||| |||| | ||||||    
T  41891 tatgaaaaaaatcactaggctatcaa 41916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0183 (Bit Score: 44; Significance: 7e-16; HSPs: 1)
Name: scaffold0183
Description:

Target: scaffold0183; HSP #1
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 170 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 14227 - 14176
Alignment:
Q  170 atagacaatttcaaaccaaacctatatgaacaaaattactaagttatcaaat 221  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  14227 atagacaattttaaaccaaacctatatgaacaaaattactaagctatcaaat 14176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0160 (Bit Score: 44; Significance: 7e-16; HSPs: 1)
Name: scaffold0160
Description:

Target: scaffold0160; HSP #1
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 67 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 7317 - 7190
Alignment:
Q  67 caaatatatgtgcaatgagacttaatcttagaattgagagagtcatgatacaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaa 166  Q
    |||||||||||| ||| ||| || ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||  |  ||||||||   |||| | | ||||||||| |||||||    
T  7317 caaatatatgtggaataagaatttatcttagaattgagagattcacgatacaaatctttgtgcacaatcaattattaacaatacttgaacaaggtacaaa 7218  T
Q  167 acaatagacaatttcaaaccaaacctat 194  Q
    |||||  |||| ||||||||||| ||||    
T  7217 acaatgcacaaattcaaaccaaatctat 7190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0043 (Bit Score: 41; Significance: 0.00000000000004; HSPs: 2)
Name: scaffold0043
Description:

Target: scaffold0043; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 88 - 196
Target Start/End: Original strand, 25676 - 25782
Alignment:
Q  88 ttaatcttagaattgagagagtcatgatacaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaacaatagacaatttcaaacca 187  Q
    |||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||| |||||||||||| || |||   |||||||||||  ||||| | | | ||||||||||||||    
T  25676 ttaatcttagaattgagagattcacgattcaaatctta-tatacaatcaaaattcaat-caccttgaacaattaacaaacctagatacaatttcaaacca 25773  T
Q  188 aacctatat 196  Q
    |||||||||    
T  25774 aacctatat 25782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0043; HSP #2
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 88 - 196
Target Start/End: Original strand, 40487 - 40593
Alignment:
Q  88 ttaatcttagaattgagagagtcatgatacaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaacaatagacaatttcaaacca 187  Q
    |||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||| |||||||||||| || |||   |||||||||||  ||||| | | | ||||||||||||||    
T  40487 ttaatcttagaattgagagattcacgattcaaatctta-tatacaatcaaaattcaat-caccttgaacaattaacaaacctagatacaatttcaaacca 40584  T
Q  188 aacctatat 196  Q
    |||||||||    
T  40585 aacctatat 40593  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0577 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0577
Description:

Target: scaffold0577; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 115 - 199
Target Start/End: Original strand, 387 - 469
Alignment:
Q  115 tacaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaacaatagacaatttcaaa-ccaaacctatatgaa 199  Q
    ||||||||||||||  ||||||||  |||||||  |||||||||| ||||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  387 tacaaatcttatta--caatcaaaacttaatatgtcttgaacaatttacaaaaca-tagacaattttaaaaccaaacctatatgaa 469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0016 (Bit Score: 34; Significance: 0.0000000007; HSPs: 1)
Name: scaffold0016
Description:

Target: scaffold0016; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 95 - 199
Target Start/End: Complemental strand, 17603 - 17502
Alignment:
Q  95 tagaattgagagagtcatgatacaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaacaatagacaatttcaaaccaaacctat 194  Q
    |||||||||| || |||  |||||||||||||||  |||||||| |||| | |  |||||||||  | ||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  17603 tagaattgagtgattcacaatacaaatcttatta--caatcaaaatttattgtaacttgaacaacttgcaaaacc-tagacaatttcaaaccaaacctat 17507  T
Q  195 atgaa 199  Q
    |||||    
T  17506 atgaa 17502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0535 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0535
Description:

Target: scaffold0535; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 66 - 137
Target Start/End: Complemental strand, 4410 - 4339
Alignment:
Q  66 acaaatatatgtgcaatgagacttaatcttagaattgagagagtcatgatacaaatcttattatacaatcaa 137  Q
    |||||||||| || ||| ||| || ||||||||||||||||| ||| |||||||||||| | | ||||||||    
T  4410 acaaatatatctggaataagattttatcttagaattgagagattcacgatacaaatcttttgacacaatcaa 4339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0018 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000004; HSPs: 1)
Name: scaffold0018
Description:

Target: scaffold0018; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 59 - 141
Target Start/End: Complemental strand, 66116 - 66036
Alignment:
Q  59 caaaaggacaaatatatgtgcaatgagacttaatcttagaattgagagagtcatgatacaaatcttattatacaatcaaactt 141  Q
    ||||| || |||| ||||||||||||||  |||||| | |||||| ||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  66116 caaaaagataaatctatgtgcaatgagatataatctaa-aattgaaagattcacgatacaaatctta-tatacaatcaaactt 66036  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University