View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19530_low_42 (Length: 458)

Name: NF19530_low_42
Description: NF19530
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19530_low_42
NF19530_low_42
[»] scaffold0029 (1 HSPs)
scaffold0029 (39-420)||(70885-71265)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (66-420)||(2939293-2939646)
chr1 (66-420)||(33332389-33332748)
chr1 (71-420)||(46014910-46015259)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (72-420)||(45087752-45088099)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (66-395)||(7190674-7191001)
chr2 (66-420)||(13809632-13809989)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (66-420)||(9311672-9312026)
chr8 (72-420)||(14817347-14817696)
chr8 (72-420)||(14828043-14828392)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (66-420)||(11039228-11039582)
chr4 (121-178)||(41550247-41550304)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (66-420)||(17971000-17971350)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (66-420)||(39991718-39992079)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (66-353)||(19718376-19718663)
chr5 (334-380)||(37967468-37967514)
chr5 (372-420)||(19718689-19718737)


Alignment Details
Target: scaffold0029 (Bit Score: 298; Significance: 1e-167; HSPs: 1)
Name: scaffold0029
Description:

Target: scaffold0029; HSP #1
Raw Score: 298; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 39 - 420
Target Start/End: Complemental strand, 71265 - 70885
Alignment:
Q  39 tcttcaaaaatttcaaaggagacacagttcaacagatccagaattgggaagagtgaggtgaacatgttgaagtattgtcccttatgaacaaacatctgaa 138  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  71265 tcttcaaaaatttcaaaggagagacagttcagcatatccagaatcgggaagagtgaggtgaacatgttgaagtattgtcccttatgaacaaacatctgaa 71166  T
Q  139 acaaaagtccagatgcaataaaaattgccacaagaagaaaattgtttatgttgttttctgggattgtgttcgaaacgaagatgatgataattttgtgttt 238  Q
    ||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  71165 acaaaagtctagatacagtaaaaattgccacaagaagaatattgtttatgttgttttctaggattgtgtttgaaacgaagatgatgataattttgtgttt 71066  T
Q  239 ggcagagagtgaaatagaggaatatgggtatcaaattggagcnnnnnnnnctgagaagaaaggggaagagagggtttgaatttgagttaaccatttcaca 338  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  71065 ggcagagagtgaaatagaggaatatgggtatcaaattggagcataaaaaa-agagaagaaaggggaagagatggtttgaatttgagttaaccatttcaca 70967  T
Q  339 acaattaaaagaatttgggagtaaaataaagttagggtttgaataacattcatgtgagtcaattctggatttttctcatgag 420  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  70966 acaattaaaagaatttgggagtaaaataaagttagggtttgaataacattcatgtgagtcaattctagatttttctcatgag 70885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 271; Significance: 1e-151; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 271; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 66 - 420
Target Start/End: Original strand, 2939293 - 2939646
Alignment:
Q  66 ttcaacagatccagaattgggaagagtgaggtgaacatgttgaagtattgtcccttatgaacaaacatctgaaacaaaagtccagatgcaataaaaattg 165  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || | |||||||    
T  2939293 ttcagcagatccagaattgggaagagtgaggtgaacatgttgaagtattgtcccttatgaacaaacatctgaaacaaaaatccagatacagtcaaaattg 2939392  T
Q  166 ccacaagaagaaaattgtttatgttgttttctgggattgtgttcgaaacgaagatgatgataattttgtgtttggcagagagtgaaatagaggaatatgg 265  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| |    
T  2939393 ccacaagaagaaaattgtttatgttgttttctgggtttgtgtttaaaacgaagatgatgataattttgtgtttggtatagagtgaaatagaggaatatag 2939492  T
Q  266 gtatcaaattggagcnnnnnnnnctgagaagaaaggggaagagagggtttgaatttgagttaaccatttcacaacaattaaaagaatttgggagtaaaat 365  Q
    |||||| ||||||||         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2939493 gtatcagattggagccaaaaaaaatgagaagaaaggggaagagagggtttgaatttgagttaaccatttcacaacaattaaaagaatttgggagtaaaat 2939592  T
Q  366 aaagttagggtttgaataacattcatgtgagtcaattctggatttttctcatgag 420  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2939593 aaagtta-ggtttgaataacattcatgtgagtcaattctggatttttctcatgag 2939646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 66 - 420
Target Start/End: Complemental strand, 33332748 - 33332389
Alignment:
Q  66 ttcaacagatccagaattgggaagagtgaggtgaacatgttgaagtattgtcccttatgaacaaacatctgaaacaaaagtccagatgcaataaaaattg 165  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||||||    
T  33332748 ttcagcagatccagaattgggaagagtgaggtgaacatgttgaagtattgtcccttgtgaacaaacatctgaaacaaaaatccagatacagtaaaaattg 33332649  T
Q  166 ccacaagaagaaaattgtttatgttgttttctgggattgtgttcgaaacgaagatgatgataattttgtgtttggcagagagtgaaatagaggaatatgg 265  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  33332648 ccacaacaaggaaattgtttatgttgttttctaggattgtgtttgacacgaagatgatgataattttgtgtttggcagagagtgaaatagaggaatatga 33332549  T
Q  266 gtatcaaattggagc------nnnnnnnnctgagaagaaaggggaagagagggtttgaatttgagttaaccatttcacaacaattaaaagaatttgggag 359  Q
    |||| | ||||||||                ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||     
T  33332548 gtattagattggagcaaaaaaaaaaaaaaaagagaa-aaaggggaagagagggtttgaatttgagttaaccctttcacaacaattaaatgaatttaggat 33332450  T
Q  360 taaaataaagttagggtttgaataacattcatgtgagtcaattctggatttttctcatgag 420  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33332449 taaaataaagttagggtttgaataacattcatgtgagtcaattctggatttttctcatgag 33332389  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 213; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 71 - 420
Target Start/End: Complemental strand, 46015259 - 46014910
Alignment:
Q  71 cagatccagaattgggaagagtgaggtgaacatgttgaagtattgtcccttatgaacaaacatctgaaacaaaagtccagatgcaataaaaattgccaca 170  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||    
T  46015259 cagatccagaattgggaagagtgaggttaacatgttgaagtattgtcccatatgaacaaacatctgaaacaaaaatccagatacaataaaaattgcccca 46015160  T
Q  171 agaagaaaattgtttatgttg-ttttctgggattgtgttcgaaacgaagatgatgataattttgtgtttggcagagagtgaaatagaggaatatgggtat 269  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||    
T  46015159 agaagaaaattgtttatgttgtttttcagggattgtgtttgaaaagaagatgattgtaattttgtgtttggcagagagtgaaatatagga--atgggtat 46015062  T
Q  270 caaattggag-cnnnnnnnnctgagaagaaaggggaagagagggtttgaatttgagttaaccatttcacaacaattaaaagaatttgggagtaaaataaa 368  Q
    || |||||||           ||||| ||||||||||||||| |||||||||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  46015061 cagattggagaaaaaaaaagatgagatgaaaggggaagagagagtttgaatttgaatcaaccctttcacaacaattaaaagaatttggaagtaaaataaa 46014962  T
Q  369 gttagggtttgaataacattcatgtgagtcaattctggatttttctcatgag 420  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  46014961 gttagggtttgaataacattcatgtgaatcaattctgggtttttctcatgag 46014910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 249; Significance: 1e-138; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 249; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 72 - 420
Target Start/End: Original strand, 45087752 - 45088099
Alignment:
Q  72 agatccagaattgggaagagtgaggtgaacatgttgaagtattgtcccttatgaacaaacatctgaaacaaaagtccagatgcaataaaaattgccacaa 171  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||||||||||||    
T  45087752 agatccaaaattgggaagagtgaggtgaacatgttgaagtattgtcccttgtgaacaaacatctgaaacaaaaatccagatacagtaaaaattgccacaa 45087851  T
Q  172 gaagaaaattgtttatgttgttttctgggattgtgttcgaaacgaagatgatgataattttgtgtttggcagagagtgaaatagaggaatatgggtatca 271  Q
     ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |    
T  45087852 caaggaaattgtttatgttgttttctgggattgtgtttgaaacgaagatgatgataattttgtgtttggcaaagagtgaaatagaggaatatgggtatta 45087951  T
Q  272 aattggagcnnnnnnnnctgagaagaaaggggaagagagggtttgaatttgagttaaccatttcacaacaattaaaagaatttgggagtaaaataaagtt 371  Q
     ||||||||         |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  45087952 gattggagcaaaaaaaaatgagaa-aaaggggaagagagggtttggatttgagttaaccctttcacaacaattaaatgaatttgggagaaaaataaagtt 45088050  T
Q  372 agggtttgaataacattcatgtgagtcaattctggatttttctcatgag 420  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  45088051 agggtttgaataacattcatgtgagtcaattctgaatttttctcatgag 45088099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 238; Significance: 1e-131; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 238; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 66 - 395
Target Start/End: Original strand, 7190674 - 7191001
Alignment:
Q  66 ttcaacagatccagaattgggaagagtgaggtgaacatgttgaagtattgtcccttatgaacaaacatctgaaacaaaagtccagatgcaataaaaattg 165  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| || |||||||||    
T  7190674 ttcagcagatccagaattgggaagagtgagatgaacatgttgaagtattgtcccttatgaacaaacatctgaaacaaaaattcagatacagtaaaaattg 7190773  T
Q  166 ccacaagaagaaaattgtttatgttgttttctgggattgtgttcgaaacgaagatgatgataattttgtgtttggcagagagtgaaatagaggaatatgg 265  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  7190774 ccgcaagaagaaaattgtttatgttgttttctgggattgtgtttgaaacgaagatgatgataattttgtgtttggtagagagtgaaatagaggaatatgg 7190873  T
Q  266 gtatcaaattggagcnnnnnnnnctgagaagaaaggggaagagagggtttgaatttgagttaaccatttcacaacaattaaaagaatttgggagtaaaat 365  Q
     ||||| ||||||||         |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7190874 atatcagattggagcaaaaaaaa-tgagaagaaa-gggaagagagagtttgaatttgagttaaccctttcacaacaattaaaagaatttgggagtaaaat 7190971  T
Q  366 aaagttagggtttgaataacattcatgtga 395  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7190972 aaagttagggtttgaataacattcatgtga 7191001  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 66 - 420
Target Start/End: Complemental strand, 13809989 - 13809632
Alignment:
Q  66 ttcaacagatccagaattgggaagagtgaggtgaacatgttgaagtattgtcccttatgaacaaacatctgaaacaaaagtccagatgcaataaaaattg 165  Q
    |||| |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  13809989 ttcagcagatccataattgggaagagtgaggttaacatgttgaagtattgtcccatatgaacaaacatctgaaacaaaaatccagatacaataaaaattg 13809890  T
Q  166 ccacaagaagaaaattgtttatgttgttttctgggattgtgttcgaaacgaagatgatgataattttgtgtttggcagagagtgaaatagaggaatatgg 265  Q
    ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||    
T  13809889 ccctaagaagaaaattgtttatgttgttttctgggattgtgtttgaaaagaagatgattgtaattttgtgtttggcagagagtgaaatagagga--atgg 13809792  T
Q  266 gtatcaaattggag------cnnnnnnnnctgagaagaaaggggaagagagggtttgaatttgagttaaccatttcacaacaattaaaagaatttgggag 359  Q
    |||||| |||||||                ||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  13809791 gtatcagattggagaaagaaaaaaaaaagatgaaatgaaaggggaagagagggtttgaatttgaattaaccctttcacaacaattaaaagaatttgggag 13809692  T
Q  360 taaaataaagttagggtttgaataacattcatgtgagtcaattctggatttttctcatgag 420  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  13809691 t-aaataaagttagggtttgaataacattcatgtgaatcaattctgggtttttctcatgag 13809632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 211; Significance: 1e-115; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 66 - 420
Target Start/End: Original strand, 9311672 - 9312026
Alignment:
Q  66 ttcaacagatccagaattgggaagagtgaggtgaacatgttgaagtattgtcccttatgaacaaacatctgaaacaaaagtccagatgcaataaaaattg 165  Q
    |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  9311672 ttcagcagatctagaattgggaagagtgaggtgaacatgttgaagtattatcccatatgaacaaacatctgaaacaaaaatccagatacaataaaaattg 9311771  T
Q  166 ccacaagaagaaaattgtttatgttgttttctgggattgtgttcgaaacgaagatgatgataattttgtgtttggcagagagtgaaatagaggaatatgg 265  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||     
T  9311772 ccccaagaagaaaattgtttatgttgttttttgggattgtgtttgaaaagaaggtgattgtaattttgtgtttggcagagagtgaaatagagga--atga 9311869  T
Q  266 gtatcaaattggag--cnnnnnnnnctgagaagaaaggggaagagagggtttgaatttgagttaaccatttcacaacaattaaaagaatttgggagtaaa 363  Q
    |||||| | |||||            ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9311870 gtatcagaatggagaaaaaaaaaagatgagatgaaaggggaagagagggtttgaatttgaattaaccctttcacaacaattaaaagaatttgggagtaaa 9311969  T
Q  364 ataaagttagggtttgaataacattcatgtgagtcaattctggatttttctcatgag 420  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| | |||||||||||||    
T  9311970 ataaagttagggtttgaataacattcatgtgaatgaattctaggtttttctcatgag 9312026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 72 - 420
Target Start/End: Original strand, 14817347 - 14817696
Alignment:
Q  72 agatccagaattgggaagagtgaggtgaacatgttgaagtattgtcccttatgaacaaacatctgaaacaaaagtccagatgcaataaaaattgccacaa 171  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| | ||||| ||||||||||| || |||    
T  14817347 agatccataattgggaagagtgaggtgaacatgttgaagtattgtcccatatgaacaaacatcttaaacaaaaattcagatacaataaaaatttccccaa 14817446  T
Q  172 gaagaaaattgtttatgttgttttctgggattgtgttcgaaacgaagatgatgataattttgtgtttggcagagagtgaaatagaggaatatgggtatca 271  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  14817447 gaagaaaattgtttatgttgttttctgggattatgtttgaaaagaagatgattgtaattttgtgtttggcagagagtgaaatagagga--atgggtatca 14817544  T
Q  272 aattgg----agcnnnnnnnnctgagaagaaaggggaagagagggtttgaatttgagttaaccatttcacaacaattaaaagaatttgggagtaaaataa 367  Q
     |||||    ||          ||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  14817545 gattggagaaagaaaaaaaagatgaaatgaaaggggaagagagggtttgaatttgaattaaccctttcacaacaattaaaagaatttgagagtaaaataa 14817644  T
Q  368 agttagggtttgaataacattcatgtgagtcaattctggatttttctcatgag 420  Q
    | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  14817645 a-ttagggtttgaataacattcatgtgaatcaattctgggtttttctcatgag 14817696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 72 - 420
Target Start/End: Complemental strand, 14828392 - 14828043
Alignment:
Q  72 agatccagaattgggaagagtgaggtgaacatgttgaagtattgtcccttatgaacaaacatctgaaacaaaagtccagatgcaataaaaattgccacaa 171  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| | ||||| ||||||||||| || |||    
T  14828392 agatccataattgggaagagtgaggtgaacatgttgaagtattgtcccatatgaacaaacatcttaaacaaaaattcagatacaataaaaatttccccaa 14828293  T
Q  172 gaagaaaattgtttatgttgttttctgggattgtgttcgaaacgaagatgatgataattttgtgtttggcagagagtgaaatagaggaatatgggtatca 271  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  14828292 gaagaaaattgtttatgttgttttctgggattatgtttgaaaagaagatgattgtaattttgtgtttggcagagagtgaaatagagga--atgggtatca 14828195  T
Q  272 aattgg----agcnnnnnnnnctgagaagaaaggggaagagagggtttgaatttgagttaaccatttcacaacaattaaaagaatttgggagtaaaataa 367  Q
     |||||    ||          ||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  14828194 gattggagaaagaaaaaaaagatgaaatgaaaggggaagagagggtttgaatttgaattaaccctttcacaacaattaaaagaatttgagagtaaaataa 14828095  T
Q  368 agttagggtttgaataacattcatgtgagtcaattctggatttttctcatgag 420  Q
    | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  14828094 a-ttagggtttgaataacattcatgtgaatcaattctgggtttttctcatgag 14828043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 207; Significance: 1e-113; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 66 - 420
Target Start/End: Original strand, 11039228 - 11039582
Alignment:
Q  66 ttcaacagatccagaattgggaagagtgaggtgaacatgttgaagtattgtcccttatgaacaaacatctgaaacaaaagtccagatgcaataaaaattg 165  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||||    
T  11039228 ttcagcagatccagaattgggaagagtgaggtgaacatgttgaagtattgtgccatatgaacaaacatctgaaacaaaaatccatatacaataaaaattg 11039327  T
Q  166 ccacaagaagaaaattgtttatgttgttttctgggattgtgttcgaaacgaagatgatgataattttgtgtttggcagagagtgaaatagaggaatatgg 265  Q
    || ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||     
T  11039328 ccccaagaagaaaattatttatgttgttttttgggattgtgtttgaaaagaagatgattgtaattttgtgtttggcagagagtgaaatagagga--atga 11039425  T
Q  266 gtatcaaattggag--cnnnnnnnnctgagaagaaaggggaagagagggtttgaatttgagttaaccatttcacaacaattaaaagaatttgggagtaaa 363  Q
    |||| | |||||||            ||||| |||||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  11039426 gtattagattggagaaaaaaaaaagatgagatgaaaggagaagagagggtttgaatttgaattaaccctttcacaacaattaaaacaatttgggagtaaa 11039525  T
Q  364 ataaagttagggtttgaataacattcatgtgagtcaattctggatttttctcatgag 420  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||    
T  11039526 ataaagttagggtttgaataacattcatgtgaatcaattctgggattttctcatgag 11039582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 121 - 178
Target Start/End: Original strand, 41550247 - 41550304
Alignment:
Q  121 tatgaacaaacatctgaaacaaaagtccagatgcaataaaaattgccacaagaagaaa 178  Q
    ||||||||| |||||||||||  | |||||||||| |||||||||  |||||||||||    
T  41550247 tatgaacaatcatctgaaacacgaatccagatgcagtaaaaattgatacaagaagaaa 41550304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 204; Significance: 1e-111; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 66 - 420
Target Start/End: Complemental strand, 17971350 - 17971000
Alignment:
Q  66 ttcaacagatccagaattgggaagagtgaggtgaacatgttgaagtattgtcccttatgaacaaacatctgaaacaaaagtccagatgcaataaaaattg 165  Q
    |||| ||||||| |||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||||||    
T  17971350 ttcagcagatccggaattaagaagagtgaggtgaacatgttaaagtattgtcccttatgaacaaacatctgaaacaaaaatccagatacagtaaaaattg 17971251  T
Q  166 ccacaagaagaaaattgtttatgttgttttctgggattgtgttcgaaacgaagatgatgataattttgtgtttggcagagagtgaaatagaggaatatgg 265  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||    
T  17971250 ccacaagaagaaaatcgtttatgttgttttctgggatttttttttaaacgaagatgatgataattttgtgtttggcagagggtgaaatagagga--atgg 17971153  T
Q  266 gtatcaaattggagcnnnnnnnnctgagaagaaaggggaagagagggtttgaatttgagttaaccatttcacaacaattaaaagaatttgggagtaaaat 365  Q
    |||||| |||||||          |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||     
T  17971152 gtatcagattggagaaaaaaaaaatgagaacaaaggggaagagagggtttgaatttgggttaaccctttcacaaaaattaaaagaatttgggagtaaaac 17971053  T
Q  366 aaagttagggtttgaataacattcatgtgagtcaattctggatttttctcatgag 420  Q
    |||||||||||||||||||| || |||||| ||||||||||  ||||||||||||    
T  17971052 aaagttagggtttgaataac-ttgatgtgaatcaattctgg-gttttctcatgag 17971000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 186; Significance: 1e-100; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 66 - 420
Target Start/End: Complemental strand, 39992079 - 39991718
Alignment:
Q  66 ttcaacagatccagaattgggaagagtgaggtgaacatgttgaagtattgtc--------ccttatgaacaaacatctgaaacaaaagtccagatgcaat 157  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||         || |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  39992079 ttcagcagatccagaattgggaagagtgaggtgaacatgttcaagtattgtagtattgttccatatgaacaaacatctgaaacaaaaatccagatacaat 39991980  T
Q  158 aaaaattgccacaagaagaaaattgtttatgttgttttctgggattgtgttcgaaacgaagatgatgataattttgtgtttggcagagagtgaaatagag 257  Q
    |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39991979 aaaaattgctccaagaagaaaattgtttatgttgttttctgggattgtgtttgaaaagaa-atgattgtaattttgtgtttggcagagagtgaaatagag 39991881  T
Q  258 gaatatgggtatcaaattggag--cnnnnnnnnctgagaagaaaggggaagagagggtttgaatttgagttaaccatttcacaacaattaaaagaatttg 355  Q
    ||  |||||||||| |||||||            ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||    
T  39991880 ga--atgggtatcagattggagaaagaaaaaagatgagatgaaaggggaagagagggtttgaatttgaattaaccctttcacaacaattaaaagaacttg 39991783  T
Q  356 ggagtaaaataaagttagggtttgaataacattcatgtgagtcaattctggatttttctcatgag 420  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||    
T  39991782 ggagtaaaataaagttacagtttgaataacattcatgtgaatcaattctgggcttttctcatgag 39991718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 151; Significance: 1e-79; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 151; E-Value: 1e-79
Query Start/End: Original strand, 66 - 353
Target Start/End: Original strand, 19718376 - 19718663
Alignment:
Q  66 ttcaacagatccagaattgggaagagtgaggtgaacatgttgaagtattgtccct-tatgaacaaacatctgaaacaaaagtccagatgcaataaaaatt 164  Q
    |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||    
T  19718376 ttcaactgatccataattgggaagagtgaggtgaacatgttgaagtattgtccccatatgaacaaacatctgaaacaaaaatccagatacaataaaaatt 19718475  T
Q  165 gccacaagaagaaaattgtttatgttgttttctgggattgtgttcgaaacgaagatgatgataattttgtgtttggcagagagtgaaatagaggaatatg 264  Q
    |   ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  19718476 gttccaagaagaaaattgtttatgttgttttttgggattgtgtttgaaaagaagatgattgtaattttgtgtttggcagagagtgaaatagagga--atg 19718573  T
Q  265 ggtatcaaattgga-gcnnnnnnnnctgagaagaaaggggaagagagggtttgaatttgagttaaccatttcacaacaattaaaagaatt 353  Q
     |||||| |||||| |          ||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  19718574 agtatcagattggaggaaaaaaaaaatgagatgaaaggggaagagagggtttgaacttgaattaaccctttcacaacaattaaaacaatt 19718663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 334 - 380
Target Start/End: Original strand, 37967468 - 37967514
Alignment:
Q  334 tcacaacaattaaaagaatttgggagtaaaataaagttagggtttga 380  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  37967468 tcacaacaattaaaagaattcgggagtaaaataaagttagggtttga 37967514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 372 - 420
Target Start/End: Original strand, 19718689 - 19718737
Alignment:
Q  372 agggtttgaataacattcatgtgagtcaattctggatttttctcatgag 420  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||||||||||||    
T  19718689 agggtttgaataacattcatgtgaatcaattatgggtttttctcatgag 19718737  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University