View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF19539_low_12 (Length: 443)
Name: NF19539_low_12
Description: NF19539
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF19539_low_12 |
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|
Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 247; Significance: 1e-137; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 247; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 4 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 12514463 - 12514193
Alignment:
| Q |
4 |
aaaaaatcagaacaaagaactgtctgtccaatacacggaacaattatatttttgcagtaataataatactcaaaatatataatgatgttcagataaaaat |
103 |
Q |
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||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
12514463 |
aaaaaatcagaacaaagaactgtctgttcaatgcacggaacaattatatttttgcagtaataataatactcaaaatatataatgatgttcagataaaaat |
12514364 |
T |
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| Q |
104 |
gcatcatccactaccatcacaatatttacatgaagcttgaatatatgacctatgattatgagactattttcttgccatcaaatgatcaatcttttctgac |
203 |
Q |
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|
| T |
12514363 |
gcatcatccactaccgtcacaatatttacatgaagcttgaatatatgacctatgattatgagactattttcttgccatcaaatgatcaatcttttctgac |
12514264 |
T |
|
| Q |
204 |
ttgcagaataataaataccttatttattgtcattttctattcatagatgctaaattaaatcatgtacctat |
274 |
Q |
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| T |
12514263 |
ttgcagcataataaatagcttaattattgtcattttctattcatagatgctaaattaaatcatgtacctat |
12514193 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 346 - 427
Target Start/End: Complemental strand, 12514097 - 12514016
Alignment:
| Q |
346 |
ttaatgtacaaaatatagaaacaaatattacacacagatcaatagcacggagggacagaaaattgaatgaataatctcgata |
427 |
Q |
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| T |
12514097 |
ttaatgtacaaaatatagaaacaaatattacacactgatcaatagcacgaagagacagaaaattgaatgaataatctcgata |
12514016 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 229; Significance: 1e-126; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 6 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 32283781 - 32283514
Alignment:
| Q |
6 |
aaaatcagaacaaagaactgtctgtccaatacacggaacaattatatttttgcagtaataataatactcaaaatatataatgatgttcagataaaaatgc |
105 |
Q |
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| T |
32283781 |
aaaatcagaacaaagaactgtctgtccaatgcacagaacaattatatttttgcagtaataataatactcaaaatatataatgatgttcagataaaaatgc |
32283682 |
T |
|
| Q |
106 |
atcatccactaccatcacaatatttacatgaagcttgaatatatgacctatgattatgagactattttcttgccatcaaatgatcaatcttttctgactt |
205 |
Q |
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|
| T |
32283681 |
atcatccactaccgtcacaatagttacatgaagcttgaatatatga-ctatgattatgagactattttcttgccatcaaatgatcaatcttttctgactt |
32283583 |
T |
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| Q |
206 |
gcagaataataaataccttatttattgtcattttctattcatagatgctaaattaaatcatgtacctat |
274 |
Q |
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| T |
32283582 |
gcagcataataaatagcttatttattgtcattttctattcatagatgctaaattaaagtatgtacctat |
32283514 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 74; E-Value: 9e-34
Query Start/End: Original strand, 346 - 427
Target Start/End: Complemental strand, 32283417 - 32283336
Alignment:
| Q |
346 |
ttaatgtacaaaatatagaaacaaatattacacacagatcaatagcacggagggacagaaaattgaatgaataatctcgata |
427 |
Q |
| |
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|
|
| T |
32283417 |
ttaatgtacaaaatatagaaacaaatattacacacaaatcaatagcacggagagacagaaaattgaatgaataatctcgata |
32283336 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 229; Significance: 1e-126; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 6 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 15703016 - 15702749
Alignment:
| Q |
6 |
aaaatcagaacaaagaactgtctgtccaatacacggaacaattatatttttgcagtaataataatactcaaaatatataatgatgttcagataaaaatgc |
105 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
15703016 |
aaaatcagaacaaagaactgtctgtccaatgcacagaacaattatatttttgcagtaataataatactcaaaatatataatgatgttcagataaaaatgc |
15702917 |
T |
|
| Q |
106 |
atcatccactaccatcacaatatttacatgaagcttgaatatatgacctatgattatgagactattttcttgccatcaaatgatcaatcttttctgactt |
205 |
Q |
| |
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| T |
15702916 |
atcatccactaccgtcacaatagttacatgaagcttgaatatatga-ctatgattatgagactattttcttgccatcaaatgatcaatcttttctgactt |
15702818 |
T |
|
| Q |
206 |
gcagaataataaataccttatttattgtcattttctattcatagatgctaaattaaatcatgtacctat |
274 |
Q |
| |
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|||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |
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|
| T |
15702817 |
gcagcataataaatagcttatttattgtcattttctattcatagatgctaaattaaagtatgtacctat |
15702749 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 74; E-Value: 9e-34
Query Start/End: Original strand, 346 - 427
Target Start/End: Complemental strand, 15702652 - 15702571
Alignment:
| Q |
346 |
ttaatgtacaaaatatagaaacaaatattacacacagatcaatagcacggagggacagaaaattgaatgaataatctcgata |
427 |
Q |
| |
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| T |
15702652 |
ttaatgtacaaaatatagaaacaaatattacacacaaatcaatagcacggagagacagaaaattgaatgaataatctcgata |
15702571 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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