View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19540_low_3 (Length: 429)

Name: NF19540_low_3
Description: NF19540
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19540_low_3
NF19540_low_3
[»] chr4 (9 HSPs)
chr4 (138-429)||(36369183-36369474)
chr4 (124-429)||(36373802-36374107)
chr4 (46-429)||(36397541-36397924)
chr4 (43-429)||(36387762-36388148)
chr4 (60-429)||(36404474-36404845)
chr4 (51-424)||(36425959-36426332)
chr4 (126-429)||(36433811-36434114)
chr4 (120-429)||(36411788-36412097)
chr4 (120-429)||(36417119-36417428)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 260; Significance: 1e-145; HSPs: 9)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 260; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 138 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 36369474 - 36369183
Alignment:
Q  138 cctagttcaactgcattgactcgtaaaaataaatcttggccttgatcgctaactttctgaacgtccattaaatccccatgccatgccaaacaaccacttc 237  Q
    |||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36369474 cctagttcaattgcattgacgcgtaaaaataaatcctggccttgatcgctaagtttctgaacgtccattaaatccccatgccatgccaaacaaccacttc 36369375  T
Q  238 caccattcctcacatcagcaactgcataggcagtacaagagcagtttctcaagcattctttctcacattctcccaaactcaacccccctttagcaaccgc 337  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || ||||||||||||||    
T  36369374 caccattcctcacatcagcaactgcataggcagtacaagagcagtttctcaagcattctttctcacattcttccaaactcaaaccacctttagcaaccgc 36369275  T
Q  338 cacagatgtatcaggaactttcaagctcacaactttgacaaacccttctccattcccacaaaccgatacacctttcttccttacacaccctc 429  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36369274 cacagatgtatcgggaactttcaagctcacaactttgacaaacccttctccattcccacaaaccgatacacctttcttccttacacaccctc 36369183  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 124 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 36374107 - 36373802
Alignment:
Q  124 gggggaatatcttacctagttcaactgcattgactcgtaaaaataaatcttggccttgatcgctaactttctgaacgtccattaaatccccatgccatgc 223  Q
    |||| |||| |||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||| |||| ||| |||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  36374107 ggggaaataccttacctagttcaactgcatcgacacgtacaaataaatcttggccttgatcactaagtttttgaatgtccattaaatccccataccatgc 36374008  T
Q  224 caaacaaccacttccaccattcctcacatcagcaactgcataggcagtacaagagcagtttctcaagcattctttctcacattctcccaaactcaacccc 323  Q
    |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||  ||     
T  36374007 caaacagccacttccaccattactcacatcagcaactgcataggaagtacaagagcagtttctcaagcattcttcctcgcattcttccaaactcagacca 36373908  T
Q  324 cctttagcaaccgccacagatgtatcaggaactttcaagctcacaactttgacaaacccttctccattcccacaaaccgatacacctttcttccttacac 423  Q
    ||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||| |||||  ||| | ||||||||||||||||    
T  36373907 cctttagtaactgccacagatatatcaggaactttcaagcttgcaactttgataaacccttctccattccgacaaatagatgcgcctttcttccttacac 36373808  T
Q  424 accctc 429  Q
    ||||||    
T  36373807 accctc 36373802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 184; E-Value: 2e-99
Query Start/End: Original strand, 46 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 36397924 - 36397541
Alignment:
Q  46 gctgataagaagcaacaagttcaaataagttcaaactgcacctaagttatatcaaatttagaacgaaaaacatggtaggggggaatatcttacctagttc 145  Q
    |||||||||||| ||||||| || | ||||| ||||| ||| |||||  | ||||||||||||  ||||| |  ||||| |||||||||||||| |||||    
T  36397924 gctgataagaagaaacaagtccagagaagtttaaactacacataagtggtgtcaaatttagaagaaaaaaaacagtaggagggaatatcttaccaagttc 36397825  T
Q  146 aactgcattgactcgtaaaaataaatcttggccttgatcgctaactttctgaacgtccattaaatccccatgccatgccaaacaaccacttccaccattc 245  Q
    ||||  || ||| || ||| ||||||||||||||||||| |||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  36397824 aactttatcgacgcgcaaatataaatcttggccttgatcactaagtttttgaatgtccattaaatccccatgccatgccaaacatccactaccaccattc 36397725  T
Q  246 ctcacatcagcaactgcataggcagtacaagagcagtttctcaagcattctttctcacattctcccaaactcaacccccctttagcaaccgccacagatg 345  Q
    |||||||| || |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||  || | | ||| ||| |||||     
T  36397724 ctcacatcggctactgcataggaagtacaggagcagtttctcaagcattctttctcacattcatccaaactcaaaccatctatggtaactgccccagata 36397625  T
Q  346 tatcaggaactttcaagctcacaactttgacaaacccttctccattcccacaaaccgatacacctttcttccttacacaccctc 429  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  36397624 tatcaggaactttcaagcttacaactttgataaacccttcgccattcccacagacagatgcacctttcttccttacacaccctc 36397541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 179; E-Value: 2e-96
Query Start/End: Original strand, 43 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 36388148 - 36387762
Alignment:
Q  43 ttggctgataagaagcaacaagttcaaataagttcaaactgcacctaagttatatcaaatttagaacgaaaaacatggtaggggggaatatcttacctag 142  Q
    ||||||||||||||| |  ||||  ||||||||||||||| ||||| | |    |||| ||| ||| ||||||||   |||| | | |||||||||||||    
T  36388148 ttggctgataagaagaagaaagtataaataagttcaaactacaccttaatggcgtcaactttggaaagaaaaacacaataggagtgtatatcttacctag 36388049  T
Q  143 ttcaactgcattgactcgtaaaaataaatcttggccttgatcgctaactttctgaacgtccattaaatccccatgccatgccaaacaaccacttccacca 242  Q
    ||||| |  || ||| |||| |||||||||||||||||||||  ||| ||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  36388048 ttcaattttatcgacgcgtagaaataaatcttggccttgatcattaagtttttgaatgtctattaaatccccatgccatgccaaacatccacttccacca 36387949  T
Q  243 ttcctcacatcagcaactgcataggcagtacaagagcagtttctcaagcattctttctcacattctcccaaactcaacccccctttagcaaccgccacag 342  Q
    |||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||||| || | ||||||||| |||||||    
T  36387948 ttcctcacatcagcaattgaataggcagtacaagaacagttttgcaagcattctttctcacattcttccaaactcaaaccacttttagcaactgccacag 36387849  T
Q  343 atgtatcaggaactttcaagctcacaactttgacaaacccttctccattcccacaaaccgatacacctttcttccttacacaccctc 429  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||    ||||||||||||||||||||||    
T  36387848 atgtatcaggaactttcaagcttacaactttgataaacccttctccattctcacaaacagacgagcctttcttccttacacaccctc 36387762  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 179; E-Value: 2e-96
Query Start/End: Original strand, 60 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 36404845 - 36404474
Alignment:
Q  60 acaagttcaaataagttcaaactgcacctaagttatatcaaatttagaacgaaaaacatggtaggggggaatatcttacctagttcaactgcattgactc 159  Q
    |||||| |||||||||| |||||  || |||||  | |||||||||||| |||||| |  ||||| ||| ||||||||||||||||||||  || ||| |    
T  36404845 acaagtccaaataagtttaaactatacataagtgctgtcaaatttagaa-gaaaaaaacagtaggaggggatatcttacctagttcaactttatcgacgc 36404747  T
Q  160 gtaaaaataaatcttggccttgatcgcta---actttctgaacgtccattaaatccccatgccatgccaaacaaccacttccaccattcctcacatcagc 256  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||   | ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  36404746 gtaaaaataaatcttggccttgatcactactaagtttttgaatgtccattaaatccccatgccatgccaaacatccactaccaccattcctcacatcagc 36404647  T
Q  257 aactgcataggcagtacaagagcagtttctcaagcattctttctcacattctcccaaactcaacccccctttagcaaccgccacagatgtatcaggaact 356  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||  || | ||||| ||  ||||| |||||| ||||    
T  36404646 aactgcataggcagtacaagagcaatttctcaagcattctttctcacattcttccaaactcaaaccatctatggcaactgctccagatatatcagcaact 36404547  T
Q  357 ttcaagctcacaactttgacaaacccttctccattcccacaaaccgatacacctttcttccttacacaccctc 429  Q
    ||||  || |||||||| | |||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  36404546 ttcacacttacaacttttataaacccttctccattcccacaaatagatgcacctttcttccttacacaccctc 36404474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 170; E-Value: 4e-91
Query Start/End: Original strand, 51 - 424
Target Start/End: Complemental strand, 36426332 - 36425959
Alignment:
Q  51 taagaagcaacaagttcaaataagttcaaactgcacctaagttatatcaaatttagaacgaaaaacatggtaggggggaatatcttacctagttcaactg 150  Q
    ||||||| ||||||| |||| ||||| ||||| ||| |||||  | |||||||||| | ||||||    | ||| ||||| ||||||||||||||||||     
T  36426332 taagaagaaacaagtccaaagaagtttaaactacacataagtggtgtcaaatttagcaagaaaaaaccagcaggagggaaaatcttacctagttcaactt 36426233  T
Q  151 cattgactcgtaaaaataaatcttggccttgatcgctaactttctgaacgtccattaaatccccatgccatgccaaacaaccacttccaccattcctcac 250  Q
     |  ||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  36426232 tagcgacgcgtaaaaataaatcttggccttgatcactaagtttttgaatgtccattaaatccccatgccatgccaaacatccacttccaccattcttcac 36426133  T
Q  251 atcagcaactgcataggcagtacaagagcagtttctcaagcattctttctcacattctcccaaactcaacccccctttagcaaccgccacagatgtatca 350  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||| ||  || | ||||| |||  ||| || |||    
T  36426132 gtcagcaactgcataggcagtacaagagcagtttctcaagcattctttctcacattcatccaaattcaaaccatctatggcaactgccgtagacgtttca 36426033  T
Q  351 ggaactttcaagctcacaactttgacaaacccttctccattcccacaaaccgatacacctttcttccttacaca 424  Q
    |||||||| | ||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||| ||||||||    
T  36426032 ggaacttttacgcttacaactttgataaacccttctccatttccacaaacagatgcacctttctttcttacaca 36425959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 168; E-Value: 7e-90
Query Start/End: Original strand, 126 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 36434114 - 36433811
Alignment:
Q  126 gggaatatcttacctagttcaactgcattgactcgtaaaaataaatcttggccttgatcgctaactttctgaacgtccattaaatccccatgccatgcca 225  Q
    |||||| |||||||||||||||||  || ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  36434114 gggaatttcttacctagttcaactttatcgacacgtaaaaataaatcttggccttgatcgcttactttttgaatgtccattaaatcaccatgccatgcca 36434015  T
Q  226 aacaaccacttccaccattcctcacatcagcaactgcataggcagtacaagagcagtttctcaagcattctttctcacattctcccaaactcaacccccc 325  Q
    |||| || ||||||||||| ||||||| | ||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||| || ||    
T  36434014 aacacccgcttccaccattgctcacattatcaactgcataggctgtacaagaacagtttctgaagcattctttttcacattcttccaaactcaaaccacc 36433915  T
Q  326 tttagcaaccgccacagatgtatcaggaactttcaagctcacaactttgacaaacccttctccattcccacaaaccgatacacctttcttccttacacac 425  Q
    ||| |||   ||||  ||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||| |||  ||| |||||||||||||||    
T  36433914 tttggcatttgccatcgatgtatcaggaactttcaagctgacaattttgataaacccttctccattcccacaaacagatgaaccgttcttccttacacac 36433815  T
Q  426 cctc 429  Q
    ||||    
T  36433814 cctc 36433811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 120 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 36412097 - 36411788
Alignment:
Q  120 gtaggggggaatatcttacctagttcaactgcattgactcgtaaaaataaatcttggccttgatcgctaactttctgaacgtccattaaatccccatgcc 219  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||||||   | ||| || ||||||||||||||||| ||||  |||| ||| |||| ||||||||||| ||||||||    
T  36412097 gtaggagggaatatcttaccaagttcaactttctcgacgcgcaaaaataaatcttggccctgattactaagtttttgaatgtccattaaattcccatgcc 36411998  T
Q  220 atgccaaacaaccacttccaccattcctcacatcagcaactgcataggcagtacaagagcagtttctcaagcattctttctcacattctcccaaactcaa 319  Q
    | | |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||    
T  36411997 acgtcaaacatccactaccaccattcctcacatcagcaactgcataggcattacaagaacagtttctcaagcaatctttctcacattcttccaaagtcaa 36411898  T
Q  320 cccccctttagcaaccgccacagatgtatcaggaactttcaagctcacaactttgacaaacccttctccattcccacaaaccgatacacctttcttcctt 419  Q
     ||  || | ||||| ||| ||||| |||||||||||||||  || | |||||||  |||||||||||||||||||||||| ||| ||||| | || |||    
T  36411897 accatctatggcaactgccccagatatatcaggaactttcacccttaaaactttgttaaacccttctccattcccacaaacagatgcacctctttttctt 36411798  T
Q  420 acacaccctc 429  Q
    ||||| ||||    
T  36411797 acacatcctc 36411788  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 120 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 36417428 - 36417119
Alignment:
Q  120 gtaggggggaatatcttacctagttcaactgcattgactcgtaaaaataaatcttggccttgatcgctaactttctgaacgtccattaaatccccatgcc 219  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||||||   | ||| || ||||||||||||||||| ||||  |||| ||| |||| ||||||||||| ||||||||    
T  36417428 gtaggagggaatatcttaccaagttcaactttctcgacgcgcaaaaataaatcttggccctgattactaagtttttgaatgtccattaaattcccatgcc 36417329  T
Q  220 atgccaaacaaccacttccaccattcctcacatcagcaactgcataggcagtacaagagcagtttctcaagcattctttctcacattctcccaaactcaa 319  Q
    | | |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||    
T  36417328 acgtcaaacatccactaccaccattcctcacatcagcaactgcataggcattacaagaacagtttctcaagcaatctttctcacattcttccaaagtcaa 36417229  T
Q  320 cccccctttagcaaccgccacagatgtatcaggaactttcaagctcacaactttgacaaacccttctccattcccacaaaccgatacacctttcttcctt 419  Q
     ||  || | ||||| ||| ||||| |||||||||||||||  || | |||||||  |||||||||||||||||||||||| ||| ||||| | || |||    
T  36417228 accatctatggcaactgccccagatatatcaggaactttcacccttaaaactttgttaaacccttctccattcccacaaacagatgcacctctttttctt 36417129  T
Q  420 acacaccctc 429  Q
    ||||| ||||    
T  36417128 acacatcctc 36417119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University