View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19543_low_5 (Length: 666)

Name: NF19543_low_5
Description: NF19543
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19543_low_5
NF19543_low_5
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (14-651)||(43205516-43206150)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 600; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 600; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 651
Target Start/End: Complemental strand, 43206150 - 43205516
Alignment:
Q  14 agacgttgatgaggttgagagatgcagcgtatagaaggttacggtggactgcaagacatgtgatatgaggcgttagggttttgatggaagtgagatattg 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43206150 agacgttgatgaggttgagagatgcagcgtatagaaggttacggtggactgcaagacatgtgatatgaggcgttagggttttgatggaagtgagatattg 43206051  T
Q  114 gtagttgagaatggaaatagggttttgtttttgttgaaggtgaaggaaggttgtgatagtattagtgaagtcattcttcttcattatggtgaagagagtg 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||    
T  43206050 gtagttgagaatggaaatagggttttgtttttgttgaaggtgaaggaaggttgtgatagtattagtgaagtcattcttc---attatggtgaagagagtg 43205954  T
Q  214 caaaaagagtgatgatcgatgtgaggcaaataatggatggagaatggagaagggaagggagacaaaggggagtagctgaggaagggaacataagtagcgg 313  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43205953 caaaaagagtgatgatcgatgtgaggcaaataatggatggagaatggagaagggaagggagacaaaggggagtagctgaggaagggaacataagtagcgg 43205854  T
Q  314 ttgggctggattctcgtaagggcacgtggataattcagaagtttatacacgtggcaagaagggaatgctacgaggagaaacatggtggggcacaaagtga 413  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43205853 ttgggctggattctcgtaagggcacgtggataattcagaagtttatacacgtggcaagaagggaatgctacgaggagaaacatggtggggcacaaagtga 43205754  T
Q  414 gtggaggggtccgtataagatttgttggaccgtgagaatcagattggtcaacgtgtcacttgttaattgataaaagtttattgaggtacgactcagagtg 513  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43205753 gtggaggggtccgtataagatttgttggaccgtgagaatcagattggtcaacgtgtcacttgttaattgataaaagtttattgaggtacgactcagagtg 43205654  T
Q  514 ctggcaaacatcttttcaaccatattggattttacgcaatcaagaaaaacacacatttttgaacatgattattgttccatcttaatccaacgatcttaaa 613  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  43205653 ctggcaaacatcttttcaaccatattggattttacgcaatcaagaagaacacacatttttgaacatgattaatgttcgatcttaatctaacgatcttaaa 43205554  T
Q  614 atatttaaattttaaatttacattatgatatagaatat 651  Q
    |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||    
T  43205553 atatttaaattttaaatttatatcatgatatagaatat 43205516  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University