View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19545_high_4 (Length: 645)

Name: NF19545_high_4
Description: NF19545
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19545_high_4
NF19545_high_4
[»] chr5 (27 HSPs)
chr5 (35-635)||(30748606-30749206)
chr5 (34-635)||(30677708-30678312)
chr5 (35-621)||(30242926-30243512)
chr5 (35-621)||(29871149-29871735)
chr5 (35-635)||(30434785-30435385)
chr5 (35-621)||(30339079-30339665)
chr5 (35-621)||(30482367-30482953)
chr5 (34-633)||(30399027-30399638)
chr5 (34-621)||(30059319-30059918)
chr5 (29-635)||(29852256-29852874)
chr5 (107-635)||(30713962-30714502)
chr5 (44-417)||(4380630-4381003)
chr5 (43-515)||(30205481-30205956)
chr5 (407-523)||(17418821-17418937)
chr5 (42-220)||(29709864-29710042)
chr5 (60-170)||(30474363-30474473)
chr5 (442-518)||(30474742-30474818)
chr5 (549-635)||(17418697-17418783)
chr5 (555-635)||(30206008-30206088)
chr5 (41-293)||(30203119-30203372)
chr5 (474-507)||(30522299-30522332)
chr5 (474-507)||(30562639-30562672)
chr5 (285-326)||(17419018-17419059)
chr5 (477-510)||(30430351-30430384)
chr5 (545-613)||(17982400-17982468)
chr5 (339-434)||(29709670-29709766)
chr5 (545-589)||(30474854-30474898)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (34-635)||(20297131-20297744)
chr4 (545-589)||(52351439-52351483)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (35-522)||(26706295-26706782)
chr7 (544-633)||(26706816-26706905)
[»] chr1 (6 HSPs)
chr1 (107-306)||(7582597-7582796)
chr1 (113-306)||(7098456-7098649)
chr1 (545-621)||(7098897-7098973)
chr1 (395-520)||(7098735-7098860)
chr1 (545-613)||(7582281-7582349)
chr1 (395-511)||(7582395-7582511)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 408; Significance: 0; HSPs: 27)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 408; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 35 - 635
Target Start/End: Original strand, 30748606 - 30749206
Alignment:
Q  35 aagctcagtaagaccacggaaggtagagattgacctcagtaactcattgttacatccccatacagcgaggaatttaagagatggaagacatggcagtcca 134  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |  |||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  30748606 aagctgagtaagaccacggaaggtagagattgacctcagtaactcattgttacattcccataaatggagggatttaagagatggaagacatggcagtcca 30748705  T
Q  135 agtttagggcaatcaatgattgtcaaagtagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccctctatgtttggtaacccatgtaagt 234  Q
    |||| |||||||||   |||   |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||     | |||||    
T  30748706 agttcagggcaatcccagatatccaacttagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataatccctctatgtttggtagggattttaagt 30748805  T
Q  235 cgagtacctccagagatgagaaaaccctcacctccataccatcctcagattcatcatcatccaagtatttcagattatccatataagataatctcagnnn 334  Q
     |||| |||| ||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  | ||||||| ||       
T  30748806 tgagttcctctagagatgggaaaacgctcacctccataccatactcagattcatcatcatccaagtatttcagattattcataccatataatcttagttt 30748905  T
Q  335 nnnnagagatggtagtttaccaagtaatggaagccgcacaattttgttgcagtcctcaagttcaagagaaattaaattactaagaataattatccaactt 434  Q
        ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30748906 ttttagagatggtagtttaccaagtaacggaagccgcacaattttgttgcaaatctcaagttcaagagaaattaaattactaagaataattatccaactt 30749005  T
Q  435 ggtaacgataatccttcatagtaatttattgtcaagcatttgagatttgagtgaggttgaagcacttcaagtacttgctcagcactaaccgtagatttct 534  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  30749006 ggtaacgataatccttcatagtaatttattgtcaagcatttgagatttgagtgaggttgaagcacttcaagtacttgctcagcactaaccgtagattcct 30749105  T
Q  535 ccttgtatccccatgacaagcataattcatgaaggtcttttttacccatcaaattagccgcttcagcttcagctaaactgccaacatctcttaatccttt 634  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||   ||||||||||    
T  30749106 ccttgtatacccatgacaagcataattcatgaaggtcttttttacccatcaaattagccgcttcagcttcagataaactgccaacattgtttaatccttt 30749205  T
Q  635 g 635  Q
    |    
T  30749206 g 30749206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 390; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 34 - 635
Target Start/End: Complemental strand, 30678312 - 30677708
Alignment:
Q  34 aaagctcagtaagaccacggaaggtagagattgacctcagtaactcattgttacatccccatacagcgaggaatttaagagatggaagacatggcagtcc 133  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||   |||||||||||||||||||||||||||    
T  30678312 aaagctgagtaagaccacggaaggtagagattgacctcagtaactcattgttacatccccatatctcgagttctttaagagatggaagacatggcagtcc 30678213  T
Q  134 aag---tttagggcaatcaatgattgtcaaagtagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccctctatgtttggtaacccatgt 230  Q
    |||   |||||||||||    |||   |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    || |    
T  30678212 aagcagtttagggcaattccagatatccaacctagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccctctatgtttggtagagaatct 30678113  T
Q  231 aagtcgagtacctccagagatgagaaaaccctcacctccataccatcctcagattcatcatcatccaagtatttcagattatccatataagataatctca 330  Q
    ||   ||||  ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||    
T  30678112 aataagagtttctccagagatgggaaaaccctcaccttcataccatcctcagattcatcatcatccaagtatttcagattattcatacgagataatctca 30678013  T
Q  331 gnnnnnnnagagatggtagtttaccaagtaatggaagccgcacaattttgttgcagtcctcaagttcaagagaaattaaattactaagaataattatcca 430  Q
    |       |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30678012 gtctttttagagatggtagtttaccacgtaacggaagccgcacaattttgttgcattcctcaagttcaagagaaattaaattactaagaataattatcca 30677913  T
Q  431 acttggtaacgataatccttcatagtaatttattgtcaagcatttgagatttgagtgaggttgaagcacttcaagtacttgctcagcactaaccgtagat 530  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30677912 acttggtaacgataatctttcatagtaatttattgtcaagcatttgagatttgagtgaggtttaagcacttcaagtacttgctcagcactaaccgtagat 30677813  T
Q  531 ttctccttgtatccccatgacaagcataattcatgaaggtcttttttacccatcaaattagccgcttcagcttcagctaaactgccaacatctcttaatc 630  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||  ||||||   ||||||    
T  30677812 tcctccttgtatccccatgacaagcataattcatgaaggtcttttttatccatcaatttagccgcttcagcttcagataaactagcaacattgtttaatc 30677713  T
Q  631 ctttg 635  Q
    |||||    
T  30677712 ctttg 30677708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 346; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 35 - 621
Target Start/End: Complemental strand, 30243512 - 30242926
Alignment:
Q  35 aagctcagtaagaccacggaaggtagagattgacctcagtaactcattgttacatccccatacagcgaggaatttaagagatggaagacatggcagtcca 134  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  30243512 aagctgagtaagaccacggaaggtagagattgacctcagtaactcattgttacattcccatacaaagaggtctttaagagatggaagacatggcagtcca 30243413  T
Q  135 agtttagggcaatcaatgattgtcaaagtagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccctctatgtttggtaacccatgtaagt 234  Q
    ||||||||||| |    |||   |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |  ||| |    
T  30243412 agtttagggcatttccagatatccaaactagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccctctatgtttggtagacaagataatt 30243313  T
Q  235 cgagtacctccagagatgagaaaaccctcacctccataccatcctcagattcatcatcatccaagtatttcagattatccatataagataatctcagnnn 334  Q
     ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |   |||||  |||       
T  30243312 ggagtacctctagagatgggaaaaccctcacctccataccatcctcagattcatcatcatccaagtatttcagattatccatttcgaataattccagttt 30243213  T
Q  335 nnnnagagatggtagtttaccaagtaatggaagccgcacaattttgttgcagtcctcaagttcaagagaaattaaattactaagaataattatccaactt 434  Q
        ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  30243212 ttttagatatggtagtttaccaagtaacggaagccgcacaattttgttgcaattccgaagttcaagagaaattaaattactaagaagaattatccaactt 30243113  T
Q  435 ggtaacgataatccttcatagtaatttattgtcaagcatttgagatttgagtgaggttgaagcacttcaagtacttgctcagcactaaccgtagatttct 534  Q
    ||||| |||||||| |||||| || ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||  |    
T  30243112 ggtaaggataatccctcatagaaacttattttcaagcacttgagatttgagtgaggttgaagcacttcaagtacttgctcagcactaattatagattcat 30243013  T
Q  535 ccttgtatccccatgacaagcataattcatgaaggtcttttttacccatcaaattagccgcttcagcttcagctaaactgccaacat 621  Q
      | | ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  30243012 gttgggatatccatgacaagcataattcatgaaggtcttttttacccatcaaattagccgcttcagcttcagataaactgccaacat 30242926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 342; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 35 - 621
Target Start/End: Original strand, 29871149 - 29871735
Alignment:
Q  35 aagctcagtaagaccacggaaggtagagattgacctcagtaactcattgttacatccccatacagcgaggaatttaagagatggaagacatggcagtcca 134  Q
    ||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||       || |||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  29871149 aagctgagtaagaccacaaaaggtagagattgacctcagtaactcattgttacatggatcggcaacgaggtctttaagagatggaagacatggcagtcca 29871248  T
Q  135 agtttagggcaatcaatgattgtcaaagtagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccctctatgtttggtaacccatgtaagt 234  Q
    | ||||||||| |     ||   |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||  || |||      
T  29871249 attttagggcatttccaaatatccaaactagaaagacaaggaaacatctcccctctttcaactttcaataaaccctctatgtttggtaacttatataata 29871348  T
Q  235 cgagtacctccagagatgagaaaaccctcacctccataccatcctcagattcatcatcatccaagtatttcagattatccatataagataatctcagnnn 334  Q
    ||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||       
T  29871349 cgagttcctccagagatgggaaaatcctcacctccataccatcctgagattcatcatcatccaagtatttcagattatccatataagataattccagttt 29871448  T
Q  335 nnnnagagatggtagtttaccaagtaatggaagccgcacaattttgttgcagtcctcaagttcaagagaaattaaattactaagaataattatccaactt 434  Q
        ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29871449 ttttagagatggtagtttaccaagtaacggaagccgcacaatcttgttgcaatcctcaagtttaagagaaattaaattactaagaataattatccaactt 29871548  T
Q  435 ggtaacgataatccttcatagtaatttattgtcaagcatttgagatttgagtgaggttgaagcacttcaagtacttgctcagcactaaccgtagatttct 534  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||   |||||| ||    
T  29871549 ggtaacgataatccttcatagtaatttattgtcaagcatttgagatttgagtgaggttgaagctcttcgagtacttgctcagcactaattatagattcct 29871648  T
Q  535 ccttgtatccccatgacaagcataattcatgaaggtcttttttacccatcaaattagccgcttcagcttcagctaaactgccaacat 621  Q
      |   ||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  29871649 gttgcgatatccatgacaagcataattgatgaaggtcttttttacccatcaaattagccgcttcagcttcagataaactgccaacat 29871735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 332; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 35 - 635
Target Start/End: Original strand, 30434785 - 30435385
Alignment:
Q  35 aagctcagtaagaccacggaaggtagagattgacctcagtaactcattgttacatccccatacagcgaggaatttaagagatggaagacatggcagtcca 134  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    ||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  30434785 aagctgagtaagaccacggaaggtagagattgacctcagtaactcattgttacgtccatcgacaccgaggtctttaagagatggaagacatggcagtcca 30434884  T
Q  135 agtttagggcaatcaatgattgtcaaagtagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccctctatgtttggtaacccatgtaagt 234  Q
    ||||||||||| |    |||   |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  30434885 agtttagggcatttccagatatccaaactagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccctctatgtttggtaacccatgtaatt 30434984  T
Q  235 cgagtacctccagagatgagaaaaccctcacctccataccatcctcagattcatcatcatccaagtatttcagattatccatataagataatctcagnnn 334  Q
    |||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  | ||| ||| ||       
T  30434985 cgagtacctccaaagatgggaaagccctcacctccataccatcctcagattcatcatcatccaagtatttcagattattcataccatatactctaagttt 30435084  T
Q  335 nnnnagagatggtagtttaccaagtaatggaagccgcacaattttgttgcagtcctcaagttcaagagaaattaaattactaagaataattatccaactt 434  Q
        ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30435085 ttttagagatggtagtttaccaaataacggaagccgcacaattttgttgcaatccccaagtttaagagaaattaaattactaagaataattatccaactt 30435184  T
Q  435 ggtaacgataatccttcatagtaatttattgtcaagcatttgagatttgagtgaggttgaagcacttcaagtacttgctcagcactaaccgtagatttct 534  Q
    |||||||||||||| |||||| |||||||   |||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||  ||||   |||||| ||    
T  30435185 ggtaacgataatccgtcatagcaatttatatccaagcacttgagatttgagtgaggttgaagctcttcgagtaattgctcagatctaattatagattcct 30435284  T
Q  535 ccttgtatccccatgacaagcataattcatgaaggtcttttttacccatcaaattagccgcttcagcttcagctaaactgccaacatctcttaatccttt 634  Q
      |   ||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||   ||||||||||    
T  30435285 gttgcgatatccacgacaagcataattcatgaaggtcttttttacccttcaaattagccgcttcagcttcagataaactaccaacattgtttaatccttt 30435384  T
Q  635 g 635  Q
    |    
T  30435385 g 30435385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 322; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 35 - 621
Target Start/End: Complemental strand, 30339665 - 30339079
Alignment:
Q  35 aagctcagtaagaccacggaaggtagagattgacctcagtaactcattgttacatccccatacagcgaggaatttaagagatggaagacatggcagtcca 134  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||  ||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  30339665 aagctgagtaagaccacggaaggtagagattgacctcagtaactcattgttacatccctcaacatagaggtctttaagagatggaagacatggcagtcca 30339566  T
Q  135 agtttagggcaatcaatgattgtcaaagtagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccctctatgtttggtaacccatgtaagt 234  Q
    | |||||||||||    |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |  |||||||    
T  30339565 attttagggcaataggagattgtcaagttagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccctctatgtttggtaggcgttgtaagt 30339466  T
Q  235 cgagtacctccagagatgagaaaaccctcacctccataccatcctcagattcatcatcatccaagtatttcagattatccatataagataatctcagnnn 334  Q
     ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  | ||| ||| ||       
T  30339465 agagtacctccagagatgggaaaaccctcacctccataccatcctcagattcatcatcatccaagtatttcagattattcatacgatatactctaagatt 30339366  T
Q  335 nnnnagagatggtagtttaccaagtaatggaagccgcacaattttgttgcagtcctcaagttcaagagaaattaaattactaagaataattatccaactt 434  Q
        |||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||| | |  ||| | |||||||||||||||||||||||   |||||||||||    
T  30339365 ttttagagatggtagtttaccaagtaactgaagcagcacaattttgttgcaattccaaagattaagagaaattaaattactaagaaggcttatccaactt 30339266  T
Q  435 ggtaacgataatccttcatagtaatttattgtcaagcatttgagatttgagtgaggttgaagcacttcaagtacttgctcagcactaaccgtagatttct 534  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||||||||   |||||| ||    
T  30339265 ggtaacgataatccttcatagaaatttactgtcaaggaattgagatttgagtgaggttgaagctcttcgagcacttgctcagcactaattatagattcct 30339166  T
Q  535 ccttgtatccccatgacaagcataattcatgaaggtcttttttacccatcaaattagccgcttcagcttcagctaaactgccaacat 621  Q
      |   ||  ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  30339165 gttgcgatatccacgacaagcataattgatgaaggtcttttttacccatcaaattagccgcttcagcttcagataacctgccaacat 30339079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 311; E-Value: 1e-175
Query Start/End: Original strand, 35 - 621
Target Start/End: Original strand, 30482367 - 30482953
Alignment:
Q  35 aagctcagtaagaccacggaaggtagagattgacctcagtaactcattgttacatccccatacagcgaggaatttaagagatggaagacatggcagtcca 134  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||  ||||  || ||||||||||||| |||||||||||    
T  30482367 aagctgagtaagaccacggaaggtagagattgacctcagtaactcattgttacatccatccacatagaggccttcaagagatggaagagatggcagtcca 30482466  T
Q  135 agtttagggcaatcaatgattgtcaaagta-gaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccctctatgtttggtaacccatgtaag 233  Q
    |||||| ||||||    |||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||      ||||     
T  30482467 agtttatggcaatatgagatt-tccaagtaagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccctctatgtttcgtaggtatcgtaaa 30482565  T
Q  234 tcgagtacctccagagatgagaaaaccctcacctccataccatcctcagattcatcatcatccaagtatttcagattatccatataagataatctcagnn 333  Q
    | |||  ||  |||||||  ||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||      
T  30482566 tggagatccatcagagatcggaaaaccatcacctccacaccatcctgagattcatcatcatccaagtatttcagattatccatataagataattccagtt 30482665  T
Q  334 nnnnnagagatggtagtttaccaagtaatggaagccgcacaattttgttgcagtcctcaagttcaagagaaattaaattactaagaataattatccaact 433  Q
         ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |  |||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||    
T  30482666 tttttagagatggtagtttaccaagtaacggaagccgcacaattttgttgcaattccgaagttcaagagaaattaaattactaagaaggcttatccaact 30482765  T
Q  434 tggtaacgataatccttcatagtaatttattgtcaagcatttgagatttgagtgaggttgaagcacttcaagtacttgctcagcactaaccgtagatttc 533  Q
    |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||   |||||| |    
T  30482766 tggtaacgataacccttcattgtaatttattgtcaagcatttgagatttgagtgaggttgaagctcttcaagtacttgctcagcactaattatagattcc 30482865  T
Q  534 tccttgtatccccatgacaagcataattcatgaaggtcttttttacccatcaaattagccgcttcagcttcagctaaactgccaacat 621  Q
    |  | | ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  30482866 tgttgggatatccatgacaagcataattcatgaaggtcttttttacccatcaaattagccgcttcagcttcagataacctgccaacat 30482953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 308; E-Value: 1e-173
Query Start/End: Original strand, 34 - 633
Target Start/End: Original strand, 30399027 - 30399638
Alignment:
Q  34 aaagctcagtaagaccacggaaggtagagattgacctcagtaactcattgttacatccccatacagcgaggaatttaagagatggaagacatggcagtcc 133  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||| |||||||||||||||||||||||| |||    
T  30399027 aaagctcagtaagaccacggaaggtagagattgacctcagtaactcattgttacatcccaatacatagagggatttaagagatggaagacatggcactcc 30399126  T
Q  134 aagtttagggcaatcaatgattgtcaaagtagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccctctatgtttggtaacccatgtaag 233  Q
    ||||||||||||| |  ||||| ||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |   ||||     
T  30399127 aagtttagggcaagctgtgattctcaactcagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccctctatgtttggtaggcatagtaaa 30399226  T
Q  234 tcgagtacctccagagatgagaaaaccctcacctccataccatcctcagattcatcatcatccaagtatttcagattatccatataagataatctcagnn 333  Q
    | |||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||      
T  30399227 tggagttcctccagagatgggaaaaccctcacctccacaccatcctgagattcatcatcatccaagtatttcagattatccatatcagataattccagtt 30399326  T
Q  334 nnnnnagagatggtagtttaccaagtaatggaagccgcacaattttgttgcagtcctcaagttcaagagaaattaaattactaagaataattatccaact 433  Q
         ||||| ||||||||||||| |||  |||| ||||||| ||| ||||| | | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  30399327 tttttagagacggtagtttaccaattaactgaagtcgcacaactttcttgcaattcccaagttcaagagaaactaaattactaagaataattatccaact 30399426  T
Q  434 tggtaacgataatccttcatagtaatttattgtcaagcatttgagatttgagtgaggttgaagcacttcaagtacttgctcagcactaaccgt----aga 529  Q
    |||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||  ||     ||    
T  30399427 tggtaatgataatccgtcatagtaatttattttcaagcacttgagatttgagtgaggttgaagcacttcgagtacttgctgagcactaatagttggggga 30399526  T
Q  530 tt------tc--tccttgtatccccatgacaagcataattcatgaaggtcttttttacccatcaaattagccgcttcagcttcagctaaactgccaacat 621  Q
    ||      ||  |  |||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||||||||| ||    
T  30399527 ttggtaaatccatagttgctttcccatgacaagcataattcatgaaggtcttttttacccatcaaatcagccgcttgagcttgagataaactgccaaaat 30399626  T
Q  622 ctcttaatcctt 633  Q
    || |||| ||||    
T  30399627 cttttaagcctt 30399638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 301; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 34 - 621
Target Start/End: Original strand, 30059319 - 30059918
Alignment:
Q  34 aaagctcagtaagaccacggaaggtagagattgacctcagtaactcattgttacatccccatacagcgaggaatttaagagatggaagacatggcagtcc 133  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  30059319 aaagctgagtaagaccacggaaggtagagattgacctcagtaactcattgttacattccgatacagtgagggatttaagagatggaagacatggcagtcc 30059418  T
Q  134 aagtttagggcaatcaatgattgtcaaagtagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccctctatgtttggtaacccatgtaag 233  Q
    ||||||| |||| |||  |||   |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  || |||     
T  30059419 aagtttacggcattcagagatatccaacttagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataaaccctctatgtttggtaactgatataat 30059518  T
Q  234 tcgagtacctccagagatgagaaaaccctcacctccataccatcctcagattcatcatcatccaagtatttcagattatccatataagataatctcagnn 333  Q
     ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||      
T  30059519 acgagttcctccagagatgggaaaaccctcacctccataccatcctcagattcatcatcatccaagtatttcagattatccatataagataattccaggt 30059618  T
Q  334 nnnnnagagatggtagtttaccaagtaatggaagccgcacaattttgttgcagtcctcaagttcaagagaaattaaattactaagaataattatccaact 433  Q
         | |||||||||| ||||||||||  |||||||||||| ||| || ||   || ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  30059619 tttttaaagatggtagtataccaagtaactgaagccgcacaactttcttacaacgcttaagtttaagagaaactaaattactaagaataattatccaact 30059718  T
Q  434 tggtaacgataatccttcatagtaatttattgtcaagcatttgagatttgagtgaggttgaagcacttcaagtacttgctcagcactaaccgtagatttc 533  Q
    ||| || |||||||| |||||| || ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||   ||  |||    
T  30059719 tggcaaggataatccctcatagaaacttattttcaagcagttgagatttgagtgaggttgaagaacttcaagtacttgctcaacactaacaacagggttc 30059818  T
Q  534 --------tcc----ttgtatccccatgacaagcataattcatgaaggtcttttttacccatcaaattagccgcttcagcttcagctaaactgccaacat 621  Q
            |||    |||| |  |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||    
T  30059819 tttggaattccttgtttgtctttccatgacaagtataattcatgaaggtcttttttacccatcaaattagccgcttcagcttcaaataacctgccaacat 30059918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 269; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 29 - 635
Target Start/End: Original strand, 29852256 - 29852874
Alignment:
Q  29 tagccaaagctcagtaagaccacggaaggtagagattgacctcagtaactcattgttacatccccatacagcgaggaatttaagagatggaagacatggc 128  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||| | ||| ||||||||||||||||||    
T  29852256 tagccaaagctttgtaagaccacggaaggtagagattgacctcagtaactcattgttacatcccaatacatggagcagtttcagagatggaagacatggc 29852355  T
Q  129 agtccaagtttagggcaatcaatgattgtcaaagtagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccctctatgtttggtaacccat 228  Q
    |||||||||| ||||||||    |||| ||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  |  |    
T  29852356 agtccaagttcagggcaatatgagattttcaaattagaaagacaaggaaatatcttccctctttccactttcaataacccctctatgtttcgtaggcgtt 29852455  T
Q  229 gtaagtcgagtacctccagagatgagaaaaccctcacctccataccatcctcagattcatcatcatccaagtatttcagattatccatataagataatct 328  Q
    ||||    |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |   |||||      
T  29852456 gtaatagaagtatctccagagatgggaaaaccctcacctccataccatcctcagattcatcatcatctaagtatttcagattatccattttgaataatac 29852555  T
Q  329 cagnnnnnnnagagatggtagtttaccaagtaatggaagccgcacaattttgttgcagtcctcaagttcaagagaaattaaattactaagaataattatc 428  Q
    ||        ||| |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| | |  ||||||||||||||||||| |||||||||   |||||    
T  29852556 caacttttttagatatggtagtttacaaagtaacggaagccgcacaattttgttgcaattccgaagttcaagagaaattaaactactaagaaggcttatc 29852655  T
Q  429 caacttggtaacgataatccttcatagtaatttattgtcaagcatttgagatttgagtgaggttgaagcacttcaagtacttgctcagcactaa------ 522  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||  ||          
T  29852656 caacttggtaacgataatccttcatagtaatttatgtccaagcacttgagatttgagtgaggttgaagctcttcgagtacttgctcatcatgaatagttg 29852755  T
Q  523 ------ccgtagatttctccttgtatccccatgacaagcataattcatgaaggtcttttttacccatcaaattagccgcttcagcttcagctaaactgcc 616  Q
          | ||| ||   || |||  | |||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  29852756 ggggctcagtaaatccatcattgctttcccatgacaaacataattcatgaatgtctgttttacccatcaaattagccgcttcagcttcagataaactgcc 29852855  T
Q  617 aacatctcttaatcctttg 635  Q
     |||||| |||| ||||||    
T  29852856 cacatcttttaagcctttg 29852874  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 267; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 107 - 635
Target Start/End: Complemental strand, 30714502 - 30713962
Alignment:
Q  107 tttaagagatggaagacatggcagtccaagtttagggcaatcaat-gattgtcaaagtagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataa 205  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||  |||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30714502 tttaagagatggaagacatggcagtccaagtttagggcaa-caatcgattaccaatttagaaagagaaggaaacatctcccctctttccactttcaataa 30714404  T
Q  206 cccctctatgtttggtaacccatgtaagtcgagtacctccagagatgagaaaaccctcacctccataccatcctcagattcatcatcatccaagtatttc 305  Q
    |||| |||||||| |||  | |  ||| ||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30714403 ccccactatgtttcgtagacaagataattcgagtatctccagagaggggaaaaccctcacctccataccatcctcagattcatcatcatccaagtatttc 30714304  T
Q  306 agattatccatataagataatctcagnnnnnnnagagatggtagtttaccaagtaatggaagccgcacaattttgttgcagtcctcaagttcaagagaaa 405  Q
    |||||||  |||  | ||||||||||       ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |    |||| |||||||||    
T  30714303 agattattgataccatataatctcagtttttttagagatggtagtttaccaagtaacggaagccgcacaattttcttgcaatggagaagtacaagagaaa 30714204  T
Q  406 ttaaattactaagaataattatccaacttggtaacgataatccttcatagtaatttattgtcaagcatttgagatttgagtgaggttgaagcacttcaag 505  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||    
T  30714203 ctaaattactaagaataattatccaacttggtaatgataatccttcatagtaatttattgtcaagcatttgagatttgagtgaggttgaagctcttcgag 30714104  T
Q  506 tacttgctcagcactaa----------ccgtagatttc--tccttgtatccccatgacaagcataattcatgaaggtcttttttacccatcaaattagcc 593  Q
    |||||||||||||||||          |  | || |||  |  |||| |  |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30714103 tacttgctcagcactaacaacaggggtctttggaattccttgtttgtctttccatgacaagtataattcatgaaggtcttttttacccatcaaattagcc 30714004  T
Q  594 gcttcagcttcagctaaactgccaacatctcttaatcctttg 635  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||||   |||||||||||    
T  30714003 gcttcagcttcaaataaactgccaacattgtttaatcctttg 30713962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 181; E-Value: 2e-97
Query Start/End: Original strand, 44 - 417
Target Start/End: Original strand, 4380630 - 4381003
Alignment:
Q  44 aagaccacggaaggtagagattgacctcagtaactcattgttacatccccatacagcgaggaatttaagagatggaagacatggcagtccaagtttaggg 143  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||| |||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  4380630 aagaccacgaaaggtagagattgacctcagtaactcattgttacatccctcaacaacgaggtgtttaagagatggatgacatggcagtccaagtttaggg 4380729  T
Q  144 caatcaatgattgtcaaagtagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccctctatgtttggtaacccatgtaagtcgagtacct 243  Q
    ||||    |||   |||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  | || ||| ||||||||||    
T  4380730 caattctagatatccaagttagaaagacaaggaaacaactcccctctttccactttcaataacccctttatgtttggtagacaatataattcgagtacct 4380829  T
Q  244 ccagagatgagaaaaccctcacctccataccatcctcagattcatcatcatccaagtatttcagattatccatataagataatctcagnnnnnnnagaga 343  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||  | |||||  ||        |||||    
T  4380830 ccagagatgggaaaaccctcacctccataccatcctcaaattcatcatcatccaagtatttcagattatccgtacgaaataattccaatttttttagaga 4380929  T
Q  344 tggtagtttaccaagtaatggaagccgcacaattttgttgcagtcctcaagttcaagagaaattaaattactaa 417  Q
    || ||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||  |   ||||| ||||||||||||||||||||    
T  4380930 tgttagtttaccaagtgacggaagccgcacaactttgttgcaaacacaaagtttaagagaaattaaattactaa 4381003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 105; E-Value: 4e-52
Query Start/End: Original strand, 43 - 515
Target Start/End: Original strand, 30205481 - 30205956
Alignment:
Q  43 taagaccacggaaggtagagattgacctcagtaactcattgttacatccccatacagcgaggaatttaagagatggaagacatggcagtccaagtttagg 142  Q
    |||||||||  ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| | |||  ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  30205481 taagaccacaaaagctagagattgacctcagcaactcattgttacatcccaatacatctaggtttttaagagatacaagacatggcagtccaagtttagg 30205580  T
Q  143 gcaatcaatgattgtcaaagtagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccctctatgtttggtaacccatgtaagtcgagtacc 242  Q
    ||||     ||| || |||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||     | |||   |||||||    
T  30205581 gcaaaaggagatggttaaacgagaaagacaaggaaacatctcacctctttccactttcaataacccttctaagtttggtaggatttctaatatgagtacc 30205680  T
Q  243 tccagagatgagaaaaccctcacctccataccatcctcaga---ttcatcatcatccaagtatttcagattatccatataagataatctcagnnnnnnna 339  Q
    |||||||||| ||||| |||| || | |||||||| | |||   ||||||||||||||||||||||| || || ||||| |   ||    ||       |    
T  30205681 tccagagatgggaaaatcctcgccacaataccatcttgagattcttcatcatcatccaagtatttcaaatcattcatattatgcaaagcgagttttttca 30205780  T
Q  340 gagatggtagtttaccaagtaatggaagccgcacaattttgttgcagtcctcaagttcaagagaaattaaattactaagaataattatccaacttggtaa 439  Q
     |||| |||||||||||| | | ||||||||||||  ||| |  || | |  |||| |||||| || ||||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  30205781 aagattgtagtttaccaaatgacggaagccgcacacatttctcacaattccaaagtacaagagcaactaaattactgagaatacttatccaacttggtaa 30205880  T
Q  440 cgataatccttcatagtaatttattgtcaagcatttgagatttgagtgaggttgaagcacttcaagtacttgctca 515  Q
      ||||||  | ||||| |   ||| |||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||    
T  30205881 gaataatctgttatagtgacaaattatcaacctcttgagatttgagtgaggttgaagcacttcaaatagttgctca 30205956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 407 - 523
Target Start/End: Complemental strand, 17418937 - 17418821
Alignment:
Q  407 taaattactaagaataattatccaacttggtaacgataatccttcatagtaatttattgtcaagcatttgagatttgagtgaggttgaagcacttcaagt 506  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17418937 taaattactaagaatacttatccaacttggtaacaatattccatcatagtaagttattttcaagcacttgagatttgagtgaggttgaagcacttcaagt 17418838  T
Q  507 acttgctcagcactaac 523  Q
    | |||||||||||||||    
T  17418837 agttgctcagcactaac 17418821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 42 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 29710042 - 29709864
Alignment:
Q  42 gtaagaccacggaaggtagagattgacctcagtaactcattgttacatccccatacagcgaggaatttaagagatggaagacatggcagtccaagtttag 141  Q
    ||||||||||   ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||| |||||  | ||||||| |||||||||| |||| |||||||||    
T  29710042 gtaagaccacatgaggtagagattgatctcagtaactcattgttacatcccgaaacatcgaggtctataagagacggaagacatgacagttcaagtttag 29709943  T
Q  142 ggcaatcaatgattgtcaaagtagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccctctatgtttgg 220  Q
     | |       ||| ||||| ||||| |||||||||||| |||| |||||||||| |||| ||||||||||| ||||||    
T  29709942 tgaagagggcaattttcaaaatagaaggacaaggaaacacctcctctctttccacattcactaacccctctaagtttgg 29709864  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 51; E-Value: 7e-20
Query Start/End: Original strand, 60 - 170
Target Start/End: Original strand, 30474363 - 30474473
Alignment:
Q  60 gagattgacctcagtaactcattgttacatccccatacagcgaggaatttaagagatggaagacatggcagtccaagtttagggcaatcaatgattgtca 159  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||  ||||  |||||| |||||||| |||||||   ||||||||||||||||||| || ||||    
T  30474363 gagattgatctcagtaactcattgttacatccaaatacaatgaggtctttaagggatggaaggcatggcaacacaagtttagggcaatcaataatggtca 30474462  T
Q  160 aagtagaaaga 170  Q
    || ||||||||    
T  30474463 aattagaaaga 30474473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 442 - 518
Target Start/End: Original strand, 30474742 - 30474818
Alignment:
Q  442 ataatccttcatagtaatttattgtcaagcatttgagatttgagtgaggttgaagcacttcaagtacttgctcagca 518  Q
    ||||||| |||||||||  |||| |||| |  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  30474742 ataatccgtcatagtaaagtattttcaacctcttgagatttgagtgaggttgaagcatttcaagtacttgctcagca 30474818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 549 - 635
Target Start/End: Complemental strand, 17418783 - 17418697
Alignment:
Q  549 gacaagcataattcatgaaggtcttttttacccatcaaattagccgcttcagcttcagctaaactgccaacatctcttaatcctttg 635  Q
    |||||||||||||| || |||||||||||||| ||||| |||||  ||| |||||||| |||| | ||||||||| |||| ||||||    
T  17418783 gacaagcataattcttggaggtcttttttacctatcaacttagcttcttgagcttcagataaattaccaacatcttttaagcctttg 17418697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 555 - 635
Target Start/End: Original strand, 30206008 - 30206088
Alignment:
Q  555 cataattcatgaaggtcttttttacccatcaaattagccgcttcagcttcagctaaactgccaacatctcttaatcctttg 635  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||||||||| || |||| |||||||| |||||| | ||||||  |||| ||||||    
T  30206008 cataattcctggaggtcttttttacccatcaaattggctgcttgagcttcagataaactacaaacatcatttaaacctttg 30206088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 41 - 293
Target Start/End: Original strand, 30203119 - 30203372
Alignment:
Q  41 agtaagaccacggaaggtagagattgacctcagtaactcattgttacatccccatacagcgaggaatttaagagatggaagacatggcagtccaagttta 140  Q
    ||||||||||  |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| |   ||||   |||  ||||| | |||||||||||| ||||  |||||||    
T  30203119 agtaagaccatagaagctagagatcgacctcagtaactcattgttacattcatttacataaaggtttttaacatatggaagacatgacagttgaagttta 30203218  T
Q  141 gggcaatcaatgattgtcaaagtagaaagacaaggaaacatctcccctctttccac-------tttcaataacccctctatgtttggtaacccatgtaag 233  Q
    ||| ||     |||   |||   | |||||||||||||||||||| ||||||||||       |||||| |||||||||| |||||||||  ||| |||     
T  30203219 gggtaaaaggcgatatccaattgaaaaagacaaggaaacatctcctctctttccactttcaagtttcaacaacccctctaagtttggtaaatcatttaa- 30203317  T
Q  234 tcgagtacctccagagatgagaaaaccctcacctccataccatcctcagattcatcatca 293  Q
         |||||||| | ||| ||||| |||||||||||||||||  | |||||||||||||    
T  30203318 -----tacctccaaatatgggaaaatcctcacctccataccattgtgagattcatcatca 30203372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #21
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 474 - 507
Target Start/End: Complemental strand, 30522332 - 30522299
Alignment:
Q  474 ttgagatttgagtgaggttgaagcacttcaagta 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30522332 ttgagatttgagtgaggttgaagcacttcaagta 30522299  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #22
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 474 - 507
Target Start/End: Complemental strand, 30562672 - 30562639
Alignment:
Q  474 ttgagatttgagtgaggttgaagcacttcaagta 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30562672 ttgagatttgagtgaggttgaagcacttcaagta 30562639  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #23
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 285 - 326
Target Start/End: Complemental strand, 17419059 - 17419018
Alignment:
Q  285 tcatcatcatccaagtatttcagattatccatataagataat 326  Q
    |||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||||    
T  17419059 tcatcatcatccaagtatttcagatttttcatgtaagataat 17419018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #24
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 477 - 510
Target Start/End: Original strand, 30430351 - 30430384
Alignment:
Q  477 agatttgagtgaggttgaagcacttcaagtactt 510  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  30430351 agatttgagtgagattgaagcacttcaagtactt 30430384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #25
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 545 - 613
Target Start/End: Original strand, 17982400 - 17982468
Alignment:
Q  545 ccatgacaagcataattcatgaaggtcttttttacccatcaaattagccgcttcagcttcagctaaact 613  Q
    |||||||| |||||||||||  |||||||||||||| || ||||| ||  ||||| |||||| ||||||    
T  17982400 ccatgacaggcataattcattgaggtcttttttacctataaaatttgcttcttcaacttcagataaact 17982468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #26
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 339 - 434
Target Start/End: Complemental strand, 29709766 - 29709670
Alignment:
Q  339 agagatggtagtttaccaagtaatggaagccgcacaattttgttgcagtcctcaagttcaagag-aaattaaattactaagaataattatccaactt 434  Q
    |||||| |||||||||||| | | ||||| ||||||   || ||||| || | ||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||| ||||||    
T  29709766 agagatagtagtttaccaaatgaaggaaggcgcacacaattcttgcaatctttaagttcaagagcaaactaaattactaagaatacttattcaactt 29709670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #27
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 545 - 589
Target Start/End: Original strand, 30474854 - 30474898
Alignment:
Q  545 ccatgacaagcataattcatgaaggtcttttttacccatcaaatt 589  Q
    |||||||||| ||||||| || ||||| |||||||||||||||||    
T  30474854 ccatgacaaggataattcttggaggtcctttttacccatcaaatt 30474898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 272; Significance: 1e-152; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 272; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 34 - 635
Target Start/End: Complemental strand, 20297744 - 20297131
Alignment:
Q  34 aaagctcagtaagaccacggaaggtagagattgacctcagtaactcattgttacatccccatacagcgaggaatttaagagatggaagacatggcagtcc 133  Q
    |||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||      ||| ||||| |||||||||||||||||||||||| |||    
T  20297744 aaagctgagtaagaccacggaaagtagagattgatctcagtaactcattgttacatggatcgacatcgagggatttaagagatggaagacatggcattcc 20297645  T
Q  134 aagtttagggcaatcaatgattgtcaaagtagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccctctatgtttggtaacccatgtaag 233  Q
    |||||||||||| |    |||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  | |  ||||    
T  20297644 aagtttagggcatttggagattttcaacttagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccctctatgttttgtagacaaaataag 20297545  T
Q  234 tcgagtacctccagagatgagaaaaccctcacctccataccatcctcagattcatcatcatccaagtatttcagattatccatataagataatctcagnn 333  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||| | ||||      
T  20297544 tcgagtacctccagagatgggaaaaccctcacctccctaccatcccgagattcatcatcatccaagtatttcagattatacataccagatattgtcagtt 20297445  T
Q  334 nnnnnagagatggtagtttaccaagtaatggaagccgcacaattttgttgcagtcctcaagttcaagagaaattaaattactaagaataattatccaact 433  Q
         ||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||| |||||| | ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  20297444 tttttagagatggtagtttaccaattaacggaagctgcacaatttcgttgcaattctcaagttcaaaagaaactaaattactaagaataattatccaact 20297345  T
Q  434 tggtaacgataatccttcatagtaatttattgtcaagcatttgagatttgagtgaggttgaagcacttcaagtacttgctcagcactaac---------- 523  Q
    ||||||| | ||||| |||||| ||||||||  |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||              
T  20297344 tggtaaccacaatccatcatagcaatttatttccaagcacttgagatttgactgaggttgaagcacttcgagtactttctcagcacttacagttggtggc 20297245  T
Q  524 --cgtagatttctccttgtatccccatgacaagcataattcatgaaggtcttttttacccatcaaattagccgcttcagcttcagctaaactgccaacat 621  Q
       ||| |||| || |||  | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||| |||||||| || |||||||||||    
T  20297244 ttggtaaatttatcattgctttcccaagacaagcataattcatgaaggtcttttttacccatcaaattggcttcttgagcttcagatatactgccaacat 20297145  T
Q  622 ctcttaatcctttg 635  Q
    || |||| ||||||    
T  20297144 cttttaagcctttg 20297131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 545 - 589
Target Start/End: Original strand, 52351439 - 52351483
Alignment:
Q  545 ccatgacaagcataattcatgaaggtcttttttacccatcaaatt 589  Q
    |||||||| |||||||||  | |||||||||||||||||||||||    
T  52351439 ccatgacaggcataattctcggaggtcttttttacccatcaaatt 52351483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 267; Significance: 1e-149; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 267; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 35 - 522
Target Start/End: Original strand, 26706295 - 26706782
Alignment:
Q  35 aagctcagtaagaccacggaaggtagagattgacctcagtaactcattgttacatccccatacagcgaggaatttaagagatggaagacatggcagtcca 134  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||     
T  26706295 aagctcagtaagaccacgaaaggtagggattgacctcagtaactcattgttacatcccgaaacattgagggatttaagagatggaagacatggcagtcct 26706394  T
Q  135 agtttagggcaatcaatgattgtcaaagtagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccctctatgtttggtaacccatgtaagt 234  Q
    || ||||||||||     |||||||||  ||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  26706395 agcttagggcaatagtatattgtcaaacgagaaagacaaggaaacacctttcctctttccactttcaataacccctctatgtttggtaactcatataagt 26706494  T
Q  235 cgagtacctccagagatgagaaaaccctcacctccataccatcctcagattcatcatcatccaagtatttcagattatccatataagataatctcagnnn 334  Q
     |||||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||  |||       
T  26706495 ggagtaccttcagagatgggaaaaccctcacctccatgccatcctgagattcatcatcatccaagtatttcagattaaccatagaagataattccagttt 26706594  T
Q  335 nnnnagagatggtagtttaccaagtaatggaagccgcacaattttgttgcagtcctcaagttcaagagaaattaaattactaagaataattatccaactt 434  Q
        ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||    
T  26706595 ttctagagatggtagtttaccaagtaacggaagccgcacaaatttcttgcaatccccaagttcaagagaaactaaattactaagaatacttacccaactt 26706694  T
Q  435 ggtaacgataatccttcatagtaatttattgtcaagcatttgagatttgagtgaggttgaagcacttcaagtacttgctcagcactaa 522  Q
    ||||| |||||||| || ||||| ||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||||  |||||| ||||||    
T  26706695 ggtaatgataatccgtcgtagtactttatttccaagcacttgagatttgagtgaggttgaagcactttgagtagctgctcaacactaa 26706782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 544 - 633
Target Start/End: Original strand, 26706816 - 26706905
Alignment:
Q  544 cccatgacaagcataattcatgaaggtcttttttacccatcaaattagccgcttcagcttcagctaaactgccaacatctcttaatcctt 633  Q
    ||||||||||||||||||  |  |||| |||||| ||||||||||| ||  ||| |||||||| |||||||||||||||| |||| ||||    
T  26706816 cccatgacaagcataatttttcgaggttttttttccccatcaaattggcttcttgagcttcagataaactgccaacatcttttaagcctt 26706905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 64; Significance: 1e-27; HSPs: 6)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 107 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 7582796 - 7582597
Alignment:
Q  107 tttaagagatggaagacatggcagtccaagtttagggcaatcaatgattgtcaaagtagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataac 206  Q
    ||||| |||||||||||| || ||| |||||||||||||||   ||||  ||||| |||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||| |||    
T  7582796 tttaacagatggaagacacggaagttcaagtttagggcaattgttgatgttcaaaatagaaagacaaggaaacatctcctttttttccactttcaacaac 7582697  T
Q  207 ccctctatgtttggtaacccatgtaagtcgagtacctccagagatgagaaaaccctcacctccataccatcctcagattcatcatcatccaagtatttca 306  Q
    ||||||| |||||||||  |||  |     |||||||| ||||||| |||||  ||||| |||| |||||  | | ||||||||||||||||||||||||    
T  7582696 ccctctaagtttggtaagtcatcaattataagtacctcaagagatgggaaaattctcacttccaaaccattgtgaaattcatcatcatccaagtatttca 7582597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 113 - 306
Target Start/End: Original strand, 7098456 - 7098649
Alignment:
Q  113 agatggaagacatggcagtccaagtttagggcaatcaatgattgtcaaagtagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccctct 212  Q
    |||||||||||| || ||| |||||||||||||||    ||||  |||| ||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||| |  ||||||    
T  7098456 agatggaagacacggaagttcaagtttagggcaattgtcgatttccaaaatagaaagacaaggaaacgtctcatctctttccactttcaacagtccctct 7098555  T
Q  213 atgtttggtaacccatgtaagtcgagtacctccagagatgagaaaaccctcacctccataccatcctcagattcatcatcatccaagtatttca 306  Q
    | |||||| | |||  ||||   ||||  ||| ||||||| ||||| ||| |||||||||||||  | | |||||| |||||||||||||||||    
T  7098556 aagtttggcatcccgcgtaacaagagtgtctctagagatgggaaaatccttacctccataccattgtgaaattcattatcatccaagtatttca 7098649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 545 - 621
Target Start/End: Original strand, 7098897 - 7098973
Alignment:
Q  545 ccatgacaagcataattcatgaaggtcttttttacccatcaaattagccgcttcagcttcagctaaactgccaacat 621  Q
    ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||| ||  ||| |||||||| |||||| |||||||    
T  7098897 ccatgacaagcataattcatcgaggtcttttttacccattaaattggcttctttagcttcagataaactaccaacat 7098973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 395 - 520
Target Start/End: Original strand, 7098735 - 7098860
Alignment:
Q  395 ttcaagagaaattaaattactaagaataattatccaacttggtaacgataatccttcatagtaatttattgtcaagcatttgagatttgagtgaggttga 494  Q
    |||||||| || ||||||||||||| |  | ||||||||||| ||  |||||||||  ||  ||| |||| ||||||  ||||||||||  |||||||||    
T  7098735 ttcaagagtaactaaattactaagagttctgatccaacttggaaagcataatccttggtaagaatgtattttcaagctcttgagatttgtatgaggttga 7098834  T
Q  495 agcacttcaagtacttgctcagcact 520  Q
    |||||||||| |||||| ||| ||||    
T  7098835 agcacttcaattacttgatcatcact 7098860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 545 - 613
Target Start/End: Complemental strand, 7582349 - 7582281
Alignment:
Q  545 ccatgacaagcataattcatgaaggtcttttttacccatcaaattagccgcttcagcttcagctaaact 613  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| || ||  ||| |||||||| ||||||    
T  7582349 ccatgacaagcataattcatcgaggtcttttttacccatcaagttggcttcttgagcttcagataaact 7582281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 395 - 511
Target Start/End: Complemental strand, 7582511 - 7582395
Alignment:
Q  395 ttcaagagaaattaaattactaagaataattatccaacttggtaacgataatccttcatagtaatttattgtcaagcatttgagatttgagtgaggttga 494  Q
    |||||||| || |||||||| |||| |  | ||||||||||| ||  |||| ||||  ||  ||| |||| ||||||  |||||||||| ||||||||||    
T  7582511 ttcaagagtaactaaattaccaagagttctgatccaacttgggaagcataaacctttgtaaaaatctattttcaagctcttgagatttgtgtgaggttga 7582412  T
Q  495 agcacttcaagtacttg 511  Q
    |||||||||||||||||    
T  7582411 agcacttcaagtacttg 7582395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University