View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF19545_low_10 (Length: 475)
Name: NF19545_low_10
Description: NF19545
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF19545_low_10 |
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Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 432; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 432; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 460
Target Start/End: Complemental strand, 7429824 - 7429365
Alignment:
| Q |
1 |
atatgttatacatctattcaccaggacctaatagctggtgggacagatacctcttctgtaataatagaatgggcaatttctgagcttgtgaaaaggccag |
100 |
Q |
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| T |
7429824 |
atatgttatacatctattccccaggacctaatagctggtgggacagatacctcttctgtaataatagaatgggcaatttctgagcttgtgaaaaggccag |
7429725 |
T |
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| Q |
101 |
agattatcaagagagctacagaggaactagatagagtaatagggagagatagatgggttgatgagaaagacattgtcaatttaccttatgtttatgcaat |
200 |
Q |
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| T |
7429724 |
agattatcaagagagctacagaggaactagatagagtaatagggagagatagatgggttgaagagaaagacattgtcaatttaccttatgtttttgcaat |
7429625 |
T |
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| Q |
201 |
tgctaaagaaacaatgaggcttcatcctgtaacaccaatgttagtaccaagagaagctactgagaattgcaatgttgatggttatgatataccaaaaggg |
300 |
Q |
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| T |
7429624 |
tgctaaagaaacaatgaggcttcatcctgtgacaccaatgttagtgccaagagaagctactgagaattgcaatgttgatggttatgatataccaaaaggg |
7429525 |
T |
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| Q |
301 |
actatgattcttgtcaatacttggactattggaagagattctgatagttgggataatccatatgaatttataccagaaaggtttattaacaatgatatag |
400 |
Q |
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| T |
7429524 |
actatgattcttgtcaatacttggacaattggaagagattctgatagttgggataatccatatgaatttataccagagaggtttattaacaatgatatag |
7429425 |
T |
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| Q |
401 |
atataataaaaggacatgattataagatgttgccattaggtgctggtagaaggatgtgtc |
460 |
Q |
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| T |
7429424 |
atataataaaaggacatgattataagatgttgccattaggtgctggtagaaggatgtgtc |
7429365 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 254; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 1 - 460
Target Start/End: Complemental strand, 7423415 - 7422959
Alignment:
| Q |
1 |
atatgttatacatctattcaccaggacctaatagctggtgggacagatacctcttctgtaataatagaatgggcaatttctgagcttgtgaaaaggccag |
100 |
Q |
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| T |
7423415 |
atatgttatatatctatttcgtaggacttaatagcaggtgggacagatacatctacagtaacagtagaatgggcaatctccgagcttgtgaaaaagccag |
7423316 |
T |
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| Q |
101 |
agattatcaagagagctacagaggaactagatagagtaatagggagagatagatgggttgatgagaaagacattgtcaatttaccttatgtttatgcaat |
200 |
Q |
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| T |
7423315 |
agattatcaagagagctacggaggaactagacaaagtaataggaagagatagatgggttgaagagaaagacattgtcaatttaccttatgtttttgcaat |
7423216 |
T |
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| Q |
201 |
tgctaaagaaacaatgaggcttcatcctgtaacaccaatgttagtaccaagagaagctactgagaattgcaatgttgatggttatgatataccaaaaggg |
300 |
Q |
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| T |
7423215 |
tgctaaagaaacaatgaggcttcatcctgcagcaccattgttagtgccaagagaagctagtgaggattgcaatgttgatggttatgatatcccaaaaggg |
7423116 |
T |
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| Q |
301 |
actatgattcttgtcaatacttggactattggaagagattctgatagttgggataatccatatgaatttataccagaaaggtttattaacaatgatatag |
400 |
Q |
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| T |
7423115 |
actctaattcttgtcaatacttggacaattggaagagatcctaatgtttgggacaatccatatgagtttatacctgagaggtttattggtaataatatag |
7423016 |
T |
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| Q |
401 |
atataataaaaggacatgattataagatgttgccattaggtgctggtagaaggatgtgtc |
460 |
Q |
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| T |
7423015 |
at---gtaaaaggacatgattatgagttgttgccatttggtactggtagaaggatgtgtc |
7422959 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 154; E-Value: 2e-81
Query Start/End: Original strand, 65 - 460
Target Start/End: Complemental strand, 7415692 - 7415300
Alignment:
| Q |
65 |
tagaatgggcaatttctgagcttgtgaaaaggccagagattatcaagagagctacagaggaactagatagagtaatagggagagatagatgggttgatga |
164 |
Q |
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| T |
7415692 |
tagaatgggcaatctccgagctggttagaaaaccagagatcttcaagaaagcaaccgaggagctagatagagtgataggaaaagatagatgggttgaaga |
7415593 |
T |
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| Q |
165 |
gaaagacattgtcaatttaccttatgtttatgcaattgctaaagaaacaatgaggcttcatcctgtaacaccaatgttagtaccaagagaagctactgag |
264 |
Q |
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| T |
7415592 |
gaaagacattgcgaatttaccttatgtttacgcaattgctaaagaaacaatgaggctacatcccgtggcaccatttttagtgccacgagaagctagagag |
7415493 |
T |
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| Q |
265 |
aattgcaatgttgatggttatgatataccaaaagggactatgattcttgtcaatacttggactattggaagagattctgatagttgggataatccatatg |
364 |
Q |
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| T |
7415492 |
gattgcaaagttgatggttacgatattcccaaagggactatagttcttgtcaatacttggacaattgcaagagattctgaggtttgggagaatccatatg |
7415393 |
T |
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| Q |
365 |
aatttataccagaaaggtttattaacaatgatatagatataataaaaggacatgattataagatgttgccattaggtgctggtagaaggatgtgtc |
460 |
Q |
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| T |
7415392 |
aatttatgcctgagaggtttcttggtaaagatatagat---gtaaaaggacatgattttgagttgttaccatttggtgctggtagaaggatgtgtc |
7415300 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000007; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 266 - 314
Target Start/End: Original strand, 29586753 - 29586801
Alignment:
| Q |
266 |
attgcaatgttgatggttatgatataccaaaagggactatgattcttgt |
314 |
Q |
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| T |
29586753 |
attgcaatgtttgtggttttgatataccaaaagggacaatgcttcttgt |
29586801 |
T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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