View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19547_high_1 (Length: 797)

Name: NF19547_high_1
Description: NF19547
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19547_high_1
NF19547_high_1
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (8-783)||(3899007-3899784)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 685; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 685; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 783
Target Start/End: Complemental strand, 3899784 - 3899007
Alignment:
Q  8 tgatatgaacgagaaacacggaccaatccacaaatgcccatctttagtgatacagaccacaccctgctcaataacacaaagaaccaaaatctcttgatta 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  3899784 tgatatgaacgagaaacacggaccaatccacaaatgcccatctttagtgatacagaccacaccctgctcaataacacaaagaaccaaattctcttgatta 3899685  T
Q  108 aatcatggccctatgtgacaatcagacaaacgatatgtgattcatgtaggatatgtcataaccgcgtagccattttgaacctagaatcaattaaacataa 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3899684 aatcatggccctatgtgacaatcagacaaacgatatgtgattcatgtaggatatgtcataaccgcgtagccattttgaacctagaatcaattaaacataa 3899585  T
Q  208 cctaaatgccaggtgaaaggtatatttttcattcggttaaacctataaactctcctaaaaccctcaccggcttatgcgttggaatcaggtacaccgctca 307  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  3899584 cctaaatgtcaggtgaaaggtatatttttcattcggttaaacctataaactctcctaaaaccctcaccggcttaagcgttggaatcaggtacaccactca 3899485  T
Q  308 ttttgctgatcaacatcgatcctccatcgtgttagagcaattttaaattgtcgtcttcaagtccactctaaattattagtgccgtttgtggaaattattt 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  3899484 ttttgctgatcaacatcgatcctccatcgtgttagagcaattttaaattgttgtcttcaagtccactctaaattattagtgctgtttgtggaaattattt 3899385  T
Q  408 attgattctcatatcttttcaacatttttcgatggttggaagaggaagaaaaaccactgcaacccccacnnnnnnnnnnnnttgatgatagcttttcatt 507  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||            |||||||||||||||||||    
T  3899384 attgattctcatatcttttcaacatttttcgatggttggaagagaaagaaaaaccactgcaacccccaccacacacacacattgatgatagcttttcatt 3899285  T
Q  508 taactaaaaattatctccaaactcggtacacatgtatgttaatattggttattatta---ttgttgttgtcaaaagagtacatataacaatcaatttctt 604  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3899284 taactaaaaattatctccaaactcggtacacatgtatgttaatattggttattattattgttgttgttgtcaaaagagtacatataacaatcaatttctt 3899185  T
Q  605 gagggaattatgcagcacatgttaacaaacatatatgtattatgaaagttgagaaacataaattcacagcattataatataataccgattgattaatgcc 704  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3899184 gagggaattatgcagcacatgttaacaaacatatctgtattatgaaagttgagaaacataaattcacagcattataatataataccgattgattaatgcc 3899085  T
Q  705 ttaattcatcattttttacattaaatatcccttactccttcccagccacgacattcttggccgcgtccaatgctccttc 783  Q
    ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3899084 ttaattcattattttttacatt-aatatcccttactccttcccagccacgacattcttggccgcgtccaatgctccttc 3899007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University