View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19547_low_4 (Length: 474)

Name: NF19547_low_4
Description: NF19547
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19547_low_4
NF19547_low_4
[»] chr2 (21 HSPs)
chr2 (18-462)||(30788475-30788919)
chr2 (21-459)||(30066422-30066858)
chr2 (18-423)||(30277731-30278136)
chr2 (18-465)||(30186102-30186555)
chr2 (18-434)||(30250131-30250547)
chr2 (18-424)||(30169406-30169812)
chr2 (21-399)||(30009925-30010303)
chr2 (18-447)||(30079607-30080036)
chr2 (18-447)||(30135259-30135688)
chr2 (18-447)||(30021201-30021630)
chr2 (18-427)||(30039085-30039494)
chr2 (18-427)||(30108563-30108972)
chr2 (18-427)||(30233223-30233632)
chr2 (18-427)||(30221946-30222355)
chr2 (18-226)||(30090488-30090696)
chr2 (18-226)||(30127093-30127301)
chr2 (135-447)||(30120561-30120873)
chr2 (315-427)||(30090786-30090898)
chr2 (315-427)||(30127391-30127503)
chr2 (315-427)||(30028106-30028218)
chr2 (315-427)||(30101105-30101217)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (18-211)||(30271790-30271981)
chr1 (284-443)||(30272028-30272187)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 413; Significance: 0; HSPs: 21)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 413; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 462
Target Start/End: Original strand, 30788475 - 30788919
Alignment:
Q  18 ccttttggtgatgaccacaaaggatgcaagttggtggtgacatccagagaccttaatgtgttgaaccgtgagattggcactcaaaaagaatttagacttg 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30788475 ccttttggtgatgaccacaaaggatgcaagttggtggtgacatctagagaccttaatgtgttgaaccgtgagattggcactcaaaaagaatttagacttg 30788574  T
Q  118 aagttttacttgaggaagatagttggaaattatttgagaaaatggcaggtgatgttgttcaagattttaatattaaaccaattgcagtagaagtggccat 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30788575 aagttttacttgaggaagatagttggaaattatttgagaaaatggcaggtgatgttgttcaagattttaatattaaaccaattgcagtagaagtggccat 30788674  T
Q  218 ttgttgtgctggtttgccccttctgattgttgcagtggcaaaagctttgaggnnnnnnnntttctatgattggaaaagcacattaaatgagttaaataga 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30788675 ttgttgtgctggtttgccccttctgattgttgcagtggcaaaagctttgaggaaaaaaaaattctatgattggaaaagcacattaaatgagttaaataga 30788774  T
Q  318 tttgataaagaagggttgcataagaaaatctactctgctttagaattgagttataattgcttagaaagtgatgaactaaagtcactgttcttattcattg 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30788775 tttgataaagaagggttgcataagaaaatctactctgctttagaattgagttataattgcttagaaagtgatgaactaaagtcactgttcttattcattg 30788874  T
Q  418 gttcatttggcctagatcacctccacactgcagaactatttttat 462  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30788875 gttcatttggcctagatcacctccacactgcagaactatttttat 30788919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 21 - 459
Target Start/End: Original strand, 30066422 - 30066858
Alignment:
Q  21 tttggtgatgaccacaaaggatgcaagttggtggtgacatccagagaccttaatgtgttgaaccgtgagattggcactcaaaaagaatttagacttgaag 120  Q
    |||||| |||| || |||||||| ||| ||||||||||||| ||||| || ||| |||||| | ||||| |||| ||||| |  ||||||||||||||||    
T  30066422 tttggtaatgatcataaaggatgtaaggtggtggtgacatctagagatctaaatttgttgagctgtgagtttggtactcaga--gaatttagacttgaag 30066519  T
Q  121 ttttacttgaggaagatagttggaaattatttgagaaaatggcaggtgatgttgttcaagattttaatattaaaccaattgcagtagaagtggccatttg 220  Q
    |||||  |||||| ||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||   |    
T  30066520 ttttaaatgaggaggatagttggcaattgtttaagaaaatggcaggtgatgttgttcaagatttcaatataaaaccaattgcagtagaagtggccagacg 30066619  T
Q  221 ttgtgctggtttgccccttctgattgttgcagtggcaaaagctttgaggnnnnnnnntttctatgattggaaaagcacattaaatgagttaaatagattt 320  Q
    |||||||||||| || ||| |||||||| | |||||||| |||||||||          ||| ||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||    
T  30066620 ttgtgctggttttccgcttttgattgttactgtggcaaaggctttgaggaagaaaaaaatctttgattggaaaagcacgttaaatgagttagagagattt 30066719  T
Q  321 gataaagaagggttgcataagaaaatctactctgctttagaattgagttataattgcttagaaagtgatgaactaaagtcactgttcttattcattggtt 420  Q
    ||| |||||||| ||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  30066720 gatcaagaagggctgcataagaaaatatattctgctttggaattgagttataattgcctagaaagtgatgagctaaagtcactgttcttattcataggtt 30066819  T
Q  421 catttggcctagatcacctccacactgcagaactatttt 459  Q
    | ||||| |||||| |||||||||| | |||||| ||||    
T  30066820 cgtttggactagattacctccacaccggagaactgtttt 30066858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 18 - 423
Target Start/End: Original strand, 30277731 - 30278136
Alignment:
Q  18 ccttttggtgatgaccacaaaggatgcaagttggtggtgacatccagagaccttaatgtgttgaaccgtgagattggcactcaaaaagaatttagacttg 117  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30277731 ccttttggtaatgatcacaaaggatgcaagttggtggtttcatccagagatcttaatgtcttgaaccgtgagattggcactcaaaaagaatttagacttg 30277830  T
Q  118 aagttttacttgaggaagatagttggaaattatttgagaaaatggcaggtgatgttgttcaagattttaatattaaaccaattgcagtagaagtggccat 217  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| || |||||||||| | |||||||||     
T  30277831 aagttttatttgaggatgatagttggaaattatttgagaaaatggcaggtgatgttgttcaagaattcaatataaagccaattgcagaaaaagtggccaa 30277930  T
Q  218 ttgttgtgctggtttgccccttctgattgttgcagtggcaaaagctttgaggnnnnnnnntttctatgattggaaaagcacattaaatgagttaaataga 317  Q
     |||||| |||||||||||||| |||| ||| |||||||||| |||||||||        | ||| || ||||||     | |||||||| ||| | |||    
T  30277931 atgttgttctggtttgccccttttgatagttacagtggcaaaggctttgaggaaaaaacatgtctctgcttggaaggatgccttaaatgaattagagaga 30278030  T
Q  318 tttgataaagaagggttgcataagaaaatctactctgctttagaattgagttataattgcttagaaagtgatgaactaaagtcactgttcttattcattg 417  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| | |||||| || | ||||||||||||||||| ||||| | ||| |||||||| |  || |||||||||||||    
T  30278031 tttgatgaagaagggttgcataagaaagtttactctactcttgaattgagttataattgtttagagaatgaggaactaaaattgctattcttattcattg 30278130  T
Q  418 gttcat 423  Q
    ||||||    
T  30278131 gttcat 30278136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 183; E-Value: 8e-99
Query Start/End: Original strand, 18 - 465
Target Start/End: Complemental strand, 30186555 - 30186102
Alignment:
Q  18 ccttttggtgatgaccacaaaggatgcaagttggtggtgacatccagagaccttaatgtgttgaaccgtgagattggcactcaaaaagaatttagacttg 117  Q
    |||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||| | ||||||| |||||||| |||||||| |||||||    
T  30186555 ccttttggcgacgaccacaaaggatgcaagttagtggtgacatctagagatcttaatgtgttgagctgtgagatgggcactcagaaagaattcagacttg 30186456  T
Q  118 aagttttacttgaggaagatagttggaaattatttgagaaaatggcaggtgatgttgttcaagattttaatattaaaccaattgcagtagaagtggccat 217  Q
    ||| ||| | |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| || ||||||||||| || |||||||     
T  30186455 aagctttgcatgaggaggatagttggaaattgtttgagaaaatggcaggtgatgttgttcaagaattcaatataaagccaattgcagtggaggtggccaa 30186356  T
Q  218 ttgttgtgctggtttgccccttctgattgttgcagtggcaaaagctttgaggnnnnnnnntttctatgattggaaaagcacattaaatgagttaaataga 317  Q
      ||||||| |||||||||||| |||||||| | || || || |||||||||          ||| ||||||| ||| |||||||||||| ||| | |||    
T  30186355 acgttgtgcaggtttgccccttttgattgttactgttgctaaggctttgaggaaaaaaaagatctttgattggcaaaacacattaaatgatttagagaga 30186256  T
Q  318 tttgataaagaagggttgcat------aagaaaatctactctgctttagaattgagttataattgcttagaaagtgatgaactaaagtcactgttcttat 411  Q
    |||||| |||||||| |||||      |||| |||| | ||| |||| || ||||||||||||| | |||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  30186255 tttgatcaagaagggctgcataacgacaagagaatcaattctactttggagttgagttataatttcctagaaagtgatgaactgaagtcattgttcttat 30186156  T
Q  412 tcattggttcatttggcctagatcacctccacactgcagaactatttttatatt 465  Q
    |||||||||| |||||  |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  30186155 tcattggttcgtttggagtagatcacctccacactggagaactattttcatatt 30186102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 173; E-Value: 8e-93
Query Start/End: Original strand, 18 - 434
Target Start/End: Original strand, 30250131 - 30250547
Alignment:
Q  18 ccttttggtgatgaccacaaaggatgcaagttggtggtgacatccagagaccttaatgtgttgaaccgtgagattggcactcaaaaagaatttagacttg 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | | ||||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  30250131 ccttttggtgatgaccacaaaggatgcaagttggtggtgacatccagagatcttaatgtgttaagctgtgagatgggcactcagaaagaatttagacttg 30250230  T
Q  118 aagttttacttgaggaagatagttggaaattatttgagaaaatggcaggtgatgttgttcaagattttaatattaaaccaattgcagtagaagtggccat 217  Q
    ||||||||| |||||| |||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||| || ||||| || || ||||||||| ||||||| |     
T  30250231 aagttttacatgaggacgatagttggaaattgtttgtgaaaatgacaggtgatgttgttcaagaattcaatataaagcccattgcagtaaaagtggcaaa 30250330  T
Q  218 ttgttgtgctggtttgccccttctgattgttgcagtggcaaaagctttgaggnnnnnnnntttctatgattggaaaagcacattaaatgagttaaataga 317  Q
     |||||||||||||| |||||| |||| ||| |||| ||||| |||||||||        | ||| || ||||||     | |||||||| ||| | |||    
T  30250331 atgttgtgctggtttaccccttttgatagttacagtagcaaaggctttgaggagaaagaatgtctctgcttggaaggatgccttaaatgaattagaaaga 30250430  T
Q  318 tttgataaagaagggttgcataagaaaatctactctgctttagaattgagttataattgcttagaaagtgatgaactaaagtcactgttcttattcattg 417  Q
    |||||| ||||||| |||||||||||| | |||||| || | ||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| ||||  || ||||| |||||||    
T  30250431 tttgatcaagaaggattgcataagaaagtttactctactctggaattgagttataattgtttagagagtgaggaactgaagttgctattcttgttcattg 30250530  T
Q  418 gttcatttggcctagat 434  Q
    |||| ||||| ||||||    
T  30250531 gttcctttggactagat 30250547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 163; E-Value: 7e-87
Query Start/End: Original strand, 18 - 424
Target Start/End: Original strand, 30169406 - 30169812
Alignment:
Q  18 ccttttggtgatgaccacaaaggatgcaagttggtggtgacatccagagaccttaatgtgttgaaccgtgagattggcactcaaaaagaatttagacttg 117  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  30169406 ccttttggtgatgattacaaaggatgcaagttggtggtgacatccagagatcttaatgtgttaaactgtgagatgggcattcaaaaagaatttagacttg 30169505  T
Q  118 aagttttacttgaggaagatagttggaaattatttgagaaaatggcaggtgatgttgttcaagattttaatattaaaccaattgcagtagaagtggccat 217  Q
    |||||||||   | || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| || || ||||| || |||||||||||||||||||| |     
T  30169506 aagttttacaacaagaggatagttggaaattgtttgagaaaatggcaggtgatattgttcatgaattaaatataaagccaattgcagtagaagtggcaag 30169605  T
Q  218 ttgttgtgctggtttgccccttctgattgttgcagtggcaaaagctttgaggnnnnnnnntttctatgattggaaaagcacattaaatgagttaaataga 317  Q
     ||||||||||| ||||||||| |||| ||| ||||||| || ||||||||         || || |  ||||||     | |||||| | ||| | |||    
T  30169606 gtgttgtgctgggttgccccttttgatagttacagtggcgaaggctttgagaaaaaaagattcctcttcttggaaggatgccttaaatcaattagagaga 30169705  T
Q  318 tttgataaagaagggttgcataagaaaatctactctgctttagaattgagttataattgcttagaaagtgatgaactaaagtcactgttcttattcattg 417  Q
    |||||| ||||||| |||||||||||| | |||||| | || ||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||| || ||||||||||    
T  30169706 tttgatcaagaaggcttgcataagaaagtttactctaccttggaattgagttataattgtttagaaagtgatgacctgaagtcactctttttattcattg 30169805  T
Q  418 gttcatt 424  Q
    |||||||    
T  30169806 gttcatt 30169812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 159; E-Value: 2e-84
Query Start/End: Original strand, 21 - 399
Target Start/End: Original strand, 30009925 - 30010303
Alignment:
Q  21 tttggtgatgaccacaaaggatgcaagttggtggtgacatccagagaccttaatgtgttgaaccgtgagattggcactcaaaaagaatttagacttgaag 120  Q
    |||||| |||| || |||||||| ||| ||||||||||||| |||||  | ||| |||||| | ||||| |||| ||||| | |||||||||||||||||    
T  30009925 tttggtaatgatcataaaggatgtaaggtggtggtgacatctagagatatgaatttgttgagctgtgagtttggtactcagagagaatttagacttgaag 30010024  T
Q  121 ttttacttgaggaagatagttggaaattatttgagaaaatggcaggtgatgttgttcaagattttaatattaaaccaattgcagtagaagtggccatttg 220  Q
    |||||  |||||| ||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||| |||||||||   |    
T  30010025 ttttaaatgaggaggatagttggcaattgtttaagaaaatggcaggtgatgttgttcaagatttcaatataaaaccaattgtagtaaaagtggccagacg 30010124  T
Q  221 ttgtgctggtttgccccttctgattgttgcagtggcaaaagctttgaggnnnnnnnntttctatgattggaaaagcacattaaatgagttaaatagattt 320  Q
    ||||||||| || || ||| |||||||| | |||||||| ||||| |||          ||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  30010125 ttgtgctggatttccgcttttgattgttactgtggcaaaggcttttaggaagaaaaaaatctttgattggaaaagcacattaaatgagttagagagattt 30010224  T
Q  321 gataaagaagggttgcataagaaaatctactctgctttagaattgagttataattgcttagaaagtgatgaactaaagt 399  Q
    ||| |||||||| ||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  30010225 gatcaagaagggctgcataagaaaatatattctgctttggaattgagttataattgcctagaaagtgatgagctaaagt 30010303  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 150; E-Value: 4e-79
Query Start/End: Original strand, 18 - 447
Target Start/End: Original strand, 30079607 - 30080036
Alignment:
Q  18 ccttttggtgatgaccacaaaggatgcaagttggtggtgacatccagagaccttaatgtgttgaaccgtgagattggcactcaaaaagaatttagacttg 117  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||   |||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  30079607 ccttttggtaatgatcacaaaggatgcaaattggtggtgacatccagagatcttaatgtgttgatttgtgagatgcgcactcaaaaagaatttagacttg 30079706  T
Q  118 aagttttacttgaggaagatagttggaaattatttgagaaaatggcaggtgatgttgttcaagattttaatattaaaccaattgcagtagaagtggccat 217  Q
    |||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || || ||||| |||||||||||  || | || ||||     
T  30079707 aagttttacttgaggaggatagctggaaattgtttgagaagatggcaggtgatgttgttcacgaattcaatataaaaccaattgcgataaaggttgccaa 30079806  T
Q  218 ttgttgtgctggtttgccccttctgattgttgcagtggcaaaagctttgaggnnnnnnnntttctatgattggaaaagcacattaaatgagttaaataga 317  Q
     ||||||||||||||||||||| |||| ||  |   |||||| |||||||||          ||| | |||||||     | |||||||| ||| | |||    
T  30079807 atgttgtgctggtttgccccttttgatagtcactacggcaaaggctttgaggaaaaaacaagtctctaattggaaggatgccttaaatgaattacagaga 30079906  T
Q  318 tttgataaagaagggttgcataagaaaatctactctgctttagaattgagttataattgcttagaaagtgatgaactaaagtcactgttcttattcattg 417  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| | |||||| || | ||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| ||||  || |||||||| ||||    
T  30079907 tttgatcaagaagggttgcataagaaagtttactctactctggaattgagttataattgtttagagagtgaagaactgaagttgctattcttattaattg 30080006  T
Q  418 gttcatttggcctagatcacctccacactg 447  Q
    |||| ||||| || ||| ||||| ||||||    
T  30080007 gttcctttggactggattacctctacactg 30080036  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 150; E-Value: 4e-79
Query Start/End: Original strand, 18 - 447
Target Start/End: Complemental strand, 30135688 - 30135259
Alignment:
Q  18 ccttttggtgatgaccacaaaggatgcaagttggtggtgacatccagagaccttaatgtgttgaaccgtgagattggcactcaaaaagaatttagacttg 117  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||   ||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  30135688 ccttttggtaatgatcacaaaggatgcaaattggtggtgacatccagagatcttaatgtgttgatttgtgagatgggcactcaaaaagaatttagacttg 30135589  T
Q  118 aagttttacttgaggaagatagttggaaattatttgagaaaatggcaggtgatgttgttcaagattttaatattaaaccaattgcagtagaagtggccat 217  Q
    |||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || || ||||| |||||||||||  || | || ||||     
T  30135588 aagttttacttgaggaggatagctggaaattgtttgagaagatggcaggtgatgttgttcacgaattcaatataaaaccaattgcgataaaggttgccaa 30135489  T
Q  218 ttgttgtgctggtttgccccttctgattgttgcagtggcaaaagctttgaggnnnnnnnntttctatgattggaaaagcacattaaatgagttaaataga 317  Q
     ||||||||||||||||||||| |||| ||  |   |||||| |||||||||          ||| | |||||||     | |||||||| ||| | |||    
T  30135488 atgttgtgctggtttgccccttttgatagtcactacggcaaaggctttgaggaaaaaacaagtctctaattggaaggatgccttaaatgaattacagaga 30135389  T
Q  318 tttgataaagaagggttgcataagaaaatctactctgctttagaattgagttataattgcttagaaagtgatgaactaaagtcactgttcttattcattg 417  Q
    |||||| ||||||||||| |||||||| | |||||| || | ||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| ||||  || |||||||| ||||    
T  30135388 tttgatcaagaagggttgaataagaaagtttactctactctggaattgagttataattgtttagagagtgaagaactgaagttgctattcttattaattg 30135289  T
Q  418 gttcatttggcctagatcacctccacactg 447  Q
    |||| ||||| || ||| ||||| ||||||    
T  30135288 gttcctttggactggattacctctacactg 30135259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 18 - 447
Target Start/End: Original strand, 30021201 - 30021630
Alignment:
Q  18 ccttttggtgatgaccacaaaggatgcaagttggtggtgacatccagagaccttaatgtgttgaaccgtgagattggcactcaaaaagaatttagacttg 117  Q
    ||||| ||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||| ||||   ||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  30021201 cctttcggtaatgatcacaaaggatgcaaattggtggtgacatctagagatcttaatgtcttgatttgtgagatgggcactcaaaaagaatttagacttg 30021300  T
Q  118 aagttttacttgaggaagatagttggaaattatttgagaaaatggcaggtgatgttgttcaagattttaatattaaaccaattgcagtagaagtggccat 217  Q
    |||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || || ||||| |||||||||||  || | || ||||     
T  30021301 aagttttacttgaggaggatagctggaaattgtttgagaagatggcaggtgatgttgttcacgaattcaatataaaaccaattgcgataaaggttgccaa 30021400  T
Q  218 ttgttgtgctggtttgccccttctgattgttgcagtggcaaaagctttgaggnnnnnnnntttctatgattggaaaagcacattaaatgagttaaataga 317  Q
     ||||||||||||||||||||| |||| ||  |   |||||| |||||||||          ||| | |||||||     | |||||||| ||| | |||    
T  30021401 atgttgtgctggtttgccccttttgatagtcactacggcaaaggctttgaggaaaaaacaagtctctaattggaaggatgccttaaatgaattacagaga 30021500  T
Q  318 tttgataaagaagggttgcataagaaaatctactctgctttagaattgagttataattgcttagaaagtgatgaactaaagtcactgttcttattcattg 417  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| | |||||| || | ||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| ||||  || |||||||| ||||    
T  30021501 tttgatcaagaagggttgcataagaaagtttactctactctggaattgagttataattgtttagagagtgaagaactgaagttgctattcttattaattg 30021600  T
Q  418 gttcatttggcctagatcacctccacactg 447  Q
    |||| ||||| || ||| ||||| ||||||    
T  30021601 gttcctttggactggattacctctacactg 30021630  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 18 - 427
Target Start/End: Complemental strand, 30039494 - 30039085
Alignment:
Q  18 ccttttggtgatgaccacaaaggatgcaagttggtggtgacatccagagaccttaatgtgttgaaccgtgagattggcactcaaaaagaatttagacttg 117  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||   |||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  30039494 ccttttggtaatgatcacaaaggatgcaaattggtggtgacatccagagatcttaatgtgttgatttgtgagatgcgcactcaaaaagaatttagacttg 30039395  T
Q  118 aagttttacttgaggaagatagttggaaattatttgagaaaatggcaggtgatgttgttcaagattttaatattaaaccaattgcagtagaagtggccat 217  Q
    |||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || || ||||| |||||||||||  || | || ||||     
T  30039394 aagttttacttgaggaggatagctggaaattgtttgagaagatggcaggtgatgttgttcacgaattcaatataaaaccaattgcgataaaggttgccaa 30039295  T
Q  218 ttgttgtgctggtttgccccttctgattgttgcagtggcaaaagctttgaggnnnnnnnntttctatgattggaaaagcacattaaatgagttaaataga 317  Q
     ||||||||||||||||||||| |||| ||  |   |||||| |||||||||          ||| | |||||||     | |||||||| ||| | |||    
T  30039294 atgttgtgctggtttgccccttttgatagtcactacggcaaaggctttgaggaaaaaacaagtctctaattggaaggatgccttaaatgaattacagaga 30039195  T
Q  318 tttgataaagaagggttgcataagaaaatctactctgctttagaattgagttataattgcttagaaagtgatgaactaaagtcactgttcttattcattg 417  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| | |||||| || | |||||||||| |||||| ||||| ||||| ||||| ||||  || |||||||| ||||    
T  30039194 tttgatcaagaagggttgcataagaaagtttactctactctggaattgagttttaattgtttagagagtgaagaactgaagttgctattcttattaattg 30039095  T
Q  418 gttcatttgg 427  Q
    |||| |||||    
T  30039094 gttcctttgg 30039085  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 18 - 427
Target Start/End: Complemental strand, 30108972 - 30108563
Alignment:
Q  18 ccttttggtgatgaccacaaaggatgcaagttggtggtgacatccagagaccttaatgtgttgaaccgtgagattggcactcaaaaagaatttagacttg 117  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||   |||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  30108972 ccttttggtaatgatcacaaaggatgcaaattggtggtgacatccagagatcttaatgtgttgatttgtgagatgcgcactcaaaaagaatttagacttg 30108873  T
Q  118 aagttttacttgaggaagatagttggaaattatttgagaaaatggcaggtgatgttgttcaagattttaatattaaaccaattgcagtagaagtggccat 217  Q
    |||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || || ||||| |||||||||||  || | || ||||     
T  30108872 aagttttacttgaggaggatagctggaaattgtttgagaagatggcaggtgatgttgttcacgaattcaatataaaaccaattgcgataaaggttgccaa 30108773  T
Q  218 ttgttgtgctggtttgccccttctgattgttgcagtggcaaaagctttgaggnnnnnnnntttctatgattggaaaagcacattaaatgagttaaataga 317  Q
     ||||||||||||||||||||| |||| ||  |   |||||| |||||||||          ||| | |||||||     | |||||||| ||| | |||    
T  30108772 atgttgtgctggtttgccccttttgatagtcactacggcaaaggctttgaggaaaaaacaagtctctaattggaaggatgccttaaatgaattacagaga 30108673  T
Q  318 tttgataaagaagggttgcataagaaaatctactctgctttagaattgagttataattgcttagaaagtgatgaactaaagtcactgttcttattcattg 417  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| | |||||| || | |||||||||| |||||| ||||| ||||| ||||| ||||  || |||||||| ||||    
T  30108672 tttgatcaagaagggttgcataagaaagtttactctactctggaattgagttttaattgtttagagagtgaagaactgaagttgctattcttattaattg 30108573  T
Q  418 gttcatttgg 427  Q
    |||| |||||    
T  30108572 gttcctttgg 30108563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 18 - 427
Target Start/End: Complemental strand, 30233632 - 30233223
Alignment:
Q  18 ccttttggtgatgaccacaaaggatgcaagttggtggtgacatccagagaccttaatgtgttgaaccgtgagattggcactcaaaaagaatttagacttg 117  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||   |||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  30233632 ccttttggtaatgatcacaaaggatgcaaattggtggtgacatccagagatcttaatgtgttgatttgtgagatgcgcactcaaaaagaatttagacttg 30233533  T
Q  118 aagttttacttgaggaagatagttggaaattatttgagaaaatggcaggtgatgttgttcaagattttaatattaaaccaattgcagtagaagtggccat 217  Q
    |||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || || ||||| |||||||||||  || | || ||||     
T  30233532 aagttttacttgaggaggatagctggaaattgtttgagaagatggcaggtgatgttgttcacgaattcaatataaaaccaattgcgataaaggttgccaa 30233433  T
Q  218 ttgttgtgctggtttgccccttctgattgttgcagtggcaaaagctttgaggnnnnnnnntttctatgattggaaaagcacattaaatgagttaaataga 317  Q
     ||||||||||||||||||||| |||| ||  |   |||||| |||||||||          ||| | |||||||     | |||||||| ||| | |||    
T  30233432 atgttgtgctggtttgccccttttgatagtcactacggcaaaggctttgaggaaaaaacaagtctctaattggaaggatgccttaaatgaattacagaga 30233333  T
Q  318 tttgataaagaagggttgcataagaaaatctactctgctttagaattgagttataattgcttagaaagtgatgaactaaagtcactgttcttattcattg 417  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| | |||||| || | |||||||||| |||||| ||||| ||||| ||||| ||||  || |||||||| ||||    
T  30233332 tttgatcaagaagggttgcataagaaagtttactctactctggaattgagttttaattgtttagagagtgaagaactgaagttgctattcttattaattg 30233233  T
Q  418 gttcatttgg 427  Q
    |||| |||||    
T  30233232 gttcctttgg 30233223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 18 - 427
Target Start/End: Original strand, 30221946 - 30222355
Alignment:
Q  18 ccttttggtgatgaccacaaaggatgcaagttggtggtgacatccagagaccttaatgtgttgaaccgtgagattggcactcaaaaagaatttagacttg 117  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||   || ||| ||||  ||||||||||    
T  30221946 ccttttggggatgaccacaaaggatgcaagttggtggtgacatccagagatcttaatgtgttaaactgtgagatgaacattcagaaagcttttagacttg 30222045  T
Q  118 aagttttacttgaggaagatagttggaaattatttgagaaaatggcaggtgatgttgttcaagattttaatattaaaccaattgcagtagaagtggccat 217  Q
    | ||||| | | |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||||| || |||||||| |||||||||||||     
T  30222046 atgttttgcatcaggaggatagttggaaattgtttgagaaaatggcaggtgatattgttcatgaatttaatataaagccaattgcggtagaagtggccag 30222145  T
Q  218 ttgttgtgctggtttgccccttctgattgttgcagtggcaaaagctttgaggnnnnnnnntttctatgattggaaaagcacattaaatgagttaaataga 317  Q
     |||||||| || || || ||| |||| ||| | ||||| || ||||||||            ||  | |||||| |   | |||||  | ||  | |||    
T  30222146 atgttgtgccgggttacctcttttgatagttactgtggcgaaggctttgagaaaaaaagaagcctccgcttggaagaatgccttaaaccaattggagaga 30222245  T
Q  318 tttgataaagaagggttgcataagaaaatctactctgctttagaattgagttataattgcttagaaagtgatgaactaaagtcactgttcttattcattg 417  Q
    |||||| || |||| |||||||||||| |||||||| | || ||||||||||||||||| |||||||| ||||| || |||||||| ||| | || ||||    
T  30222246 tttgatcaacaaggtttgcataagaaagtctactctaccttggaattgagttataattgtttagaaagggatgacctgaagtcactcttccttttaattg 30222345  T
Q  418 gttcatttgg 427  Q
    ||||||||||    
T  30222346 gttcatttgg 30222355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 113; E-Value: 5e-57
Query Start/End: Original strand, 18 - 226
Target Start/End: Original strand, 30090488 - 30090696
Alignment:
Q  18 ccttttggtgatgaccacaaaggatgcaagttggtggtgacatccagagaccttaatgtgttgaaccgtgagattggcactcaaaaagaatttagacttg 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||   || ||| |||| ||||||| |||    
T  30090488 ccttttggtgatgaccacaaaggatgcaagttggtggtgacatccagagatcttaatgtgttaaactgtgagatgaacattcagaaagcatttagaattg 30090587  T
Q  118 aagttttacttgaggaagatagttggaaattatttgagaaaatggcaggtgatgttgttcaagattttaatattaaaccaattgcagtagaagtggccat 217  Q
    | ||||| | | |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||||| || |||||||| |||||||||||||     
T  30090588 atgttttgcatcaggaggatagttggaaattgtttgagaaaatggcaggtgatattgttcatgaatttaatataaagccaattgcggtagaagtggccag 30090687  T
Q  218 ttgttgtgc 226  Q
     ||||||||    
T  30090688 atgttgtgc 30090696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 113; E-Value: 5e-57
Query Start/End: Original strand, 18 - 226
Target Start/End: Original strand, 30127093 - 30127301
Alignment:
Q  18 ccttttggtgatgaccacaaaggatgcaagttggtggtgacatccagagaccttaatgtgttgaaccgtgagattggcactcaaaaagaatttagacttg 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||   || ||| |||| ||||||| |||    
T  30127093 ccttttggtgatgaccacaaaggatgcaagttggtggtgacatccagagatcttaatgtgttaaactgtgagatgaacattcagaaagcatttagaattg 30127192  T
Q  118 aagttttacttgaggaagatagttggaaattatttgagaaaatggcaggtgatgttgttcaagattttaatattaaaccaattgcagtagaagtggccat 217  Q
    | ||||| | | |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||||| || |||||||| |||||||||||||     
T  30127193 atgttttgcatcaggaggatagttggaaattgtttgagaaaatggcaggtgatattgttcatgaatttaatataaagccaattgcggtagaagtggccag 30127292  T
Q  218 ttgttgtgc 226  Q
     ||||||||    
T  30127293 atgttgtgc 30127301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 135 - 447
Target Start/End: Complemental strand, 30120873 - 30120561
Alignment:
Q  135 gatagttggaaattatttgagaaaatggcaggtgatgttgttcaagattttaatattaaaccaattgcagtagaagtggccatttgttgtgctggtttgc 234  Q
    ||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || || ||||| |||||||||||  || | || ||||  ||||||||||||||||    
T  30120873 gatagctggaaattgtttgagaagatggcaggtgatgttgttcacgaattcaatataaaaccaattgcgataaaggttgccaaatgttgtgctggtttgc 30120774  T
Q  235 cccttctgattgttgcagtggcaaaagctttgaggnnnnnnnntttctatgattggaaaagcacattaaatgagttaaatagatttgataaagaagggtt 334  Q
    ||||| |||| ||  |   |||||| |||||||||          ||| | |||||||     | |||||||| ||| | ||||||||| ||||||||||    
T  30120773 cccttttgatagtcactacggcaaaggctttgaggaaaaaacaagtctctaattggaaggatgccttaaatgaattacagagatttgatcaagaagggtt 30120674  T
Q  335 gcataagaaaatctactctgctttagaattgagttataattgcttagaaagtgatgaactaaagtcactgttcttattcattggttcatttggcctagat 434  Q
    |||||||||| | |||||| || | ||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| ||||  || |||||||| |||||||| ||||| || |||    
T  30120673 gcataagaaagtttactctactctggaattgagttataattgtttagagagtgaagaactgaagttgctattcttattaattggttcctttggactggat 30120574  T
Q  435 cacctccacactg 447  Q
     ||||| ||||||    
T  30120573 tacctctacactg 30120561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 315 - 427
Target Start/End: Original strand, 30090786 - 30090898
Alignment:
Q  315 agatttgataaagaagggttgcataagaaaatctactctgctttagaattgagttataattgcttagaaagtgatgaactaaagtcactgttcttattca 414  Q
    ||||||||| || |||| |||||||||||| |||||||| | || ||||||||||||||||| |||||||| ||||| || |||||||| ||| | ||||    
T  30090786 agatttgatcaacaaggtttgcataagaaagtctactctaccttggaattgagttataattgtttagaaagggatgacctgaagtcactcttccttttca 30090885  T
Q  415 ttggttcatttgg 427  Q
    |||||||||||||    
T  30090886 ttggttcatttgg 30090898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #19
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 315 - 427
Target Start/End: Original strand, 30127391 - 30127503
Alignment:
Q  315 agatttgataaagaagggttgcataagaaaatctactctgctttagaattgagttataattgcttagaaagtgatgaactaaagtcactgttcttattca 414  Q
    ||||||||| || |||| |||||||||||| |||||||| | || ||||||||||||||||| |||||||| ||||| || |||||||| ||| | ||||    
T  30127391 agatttgatcaacaaggtttgcataagaaagtctactctaccttggaattgagttataattgtttagaaagggatgacctgaagtcactcttccttttca 30127490  T
Q  415 ttggttcatttgg 427  Q
    |||||||||||||    
T  30127491 ttggttcatttgg 30127503  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #20
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 315 - 427
Target Start/End: Original strand, 30028106 - 30028218
Alignment:
Q  315 agatttgataaagaagggttgcataagaaaatctactctgctttagaattgagttataattgcttagaaagtgatgaactaaagtcactgttcttattca 414  Q
    ||||||||| || |||| ||||||| |||| |||||||| | || ||| ||||||||||||| |||||||| ||||| || |||||||| ||| | ||||    
T  30028106 agatttgatcaacaaggtttgcatatgaaagtctactctaccttggaactgagttataattgtttagaaagggatgacctgaagtcactcttccttttca 30028205  T
Q  415 ttggttcatttgg 427  Q
    || ||||||||||    
T  30028206 tttgttcatttgg 30028218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #21
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 315 - 427
Target Start/End: Original strand, 30101105 - 30101217
Alignment:
Q  315 agatttgataaagaagggttgcataagaaaatctactctgctttagaattgagttataattgcttagaaagtgatgaactaaagtcactgttcttattca 414  Q
    ||||||||| || |||| ||||||| |||| |||||||| | || ||| ||||||||||||| |||||||| ||||| || |||||||| ||| | ||||    
T  30101105 agatttgatcaacaaggtttgcatatgaaagtctactctaccttggaactgagttataattgtttagaaagggatgacctgaagtcactcttccttttca 30101204  T
Q  415 ttggttcatttgg 427  Q
    || ||||||||||    
T  30101205 tttgttcatttgg 30101217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 123; Significance: 5e-63; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 123; E-Value: 5e-63
Query Start/End: Original strand, 18 - 211
Target Start/End: Original strand, 30271790 - 30271981
Alignment:
Q  18 ccttttggtgatgaccacaaaggatgcaagttggtggtgacatccagagaccttaatgtgttgaaccgtgagattggcactcaaaaagaatttagacttg 117  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||  ||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||  ||||||    
T  30271790 ccttgtggtgatgatcacaaaggatgcaagttggtggtgatatccgaagatcttaatgtgttgaatcgtgagatgggcactcaaaaagaatt--gacttg 30271887  T
Q  118 aagttttacttgaggaagatagttggaaattatttgagaaaatggcaggtgatgttgttcaagattttaatattaaaccaattgcagtagaagt 211  Q
    || |||||| |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||    
T  30271888 aaattttacatgagcaagatagttggaaattgtttgagaaaatggcaggtgatgttgttcaagatttcaatataaaaccaattgcagtaaaagt 30271981  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 96; E-Value: 7e-47
Query Start/End: Original strand, 284 - 443
Target Start/End: Original strand, 30272028 - 30272187
Alignment:
Q  284 tgattggaaaagcacattaaatgagttaaatagatttgataaagaagggttgcataagaaaatctactctgctttagaattgagttataattgcttagaa 383  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||||| | ||||||||| || |||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  30272028 tgattggaaaagtacattgaatgagttagagagatttgatcaaaaagggttgcataagaaaatctattctactttggaattgagttataattgcttagaa 30272127  T
Q  384 agtgatgaactaaagtcactgttcttattcattggttcatttggcctagatcacctccac 443  Q
    ||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||| || |||||    
T  30272128 agtgacgagctaaagtcactcttcttattcattggttcgtttggtctagattacgtccac 30272187  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University