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 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19550_low_1 (Length: 720)

Name: NF19550_low_1
Description: NF19550
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19550_low_1
NF19550_low_1
[»] chr8 (7 HSPs)
chr8 (96-698)||(38314058-38314661)
chr8 (96-698)||(38306716-38307311)
chr8 (125-613)||(38300901-38301388)
chr8 (96-624)||(38317543-38318073)
chr8 (113-612)||(38309544-38310042)
chr8 (96-698)||(38321564-38322156)
chr8 (102-594)||(38326380-38326871)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (227-618)||(38849396-38849787)
chr4 (99-170)||(38849259-38849330)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 551; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 551; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 96 - 698
Target Start/End: Complemental strand, 38314661 - 38314058
Alignment:
Q  96 tcattatttcttcaaagtcatcgtcgtcgtcttctccatctacatatcataatcgaagagattaataaccaaattacccaggtggttatcaaaacaatac 195  Q
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T  38314661 tcattatttcttcaaagtcatcgtcgtcgtcttctccatctacatatcataatcgaagagattaataactaaattacccaggtggttatcaaaacaatac 38314562  T
Q  196 acttatttatattcacatttaaattagatagattaccatcactaacaaaattgtacagccaactgcaagtgcaaattctagtttccacatccattggtaa 295  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38314561 acttatttatattcacatttaaattagatagattaccatcactaacaaaattgtacagccaactgcgagtgcaaattctagtttccacatccattggtaa 38314462  T
Q  296 catgcgatctttatacttgtttaacacacctgagcccatgcaaaattcaaaatcagaagccactgtggcaatgggaacacttgacaagtcgcaagccaat 395  Q
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T  38314461 catgcgatctttatacttgtttaacacacgtgagcccatgcaaaattcaaaatcagaagccactgtggcaatgggaacacttaacaagtcgcaagccaat 38314362  T
Q  396 attgatagatctggaaatcgatttgaattactcttccaccattgtaatacatccatatcttcataagaaccaaaattcaaatctgactcgtcaaagtaaa 495  Q
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T  38314361 attgatagatctggaaatcgatttgaattactcttccaccattgtaatacatccatatcttcataagaaccaaaattcaaatctgactcgtcaaagtaaa 38314262  T
Q  496 catcaagttcagactttccagttttagtaacaagttgttgatggtgcattttcaattcatattatatttcacaagttaaaaagaaagcaataaggttaaa 595  Q
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T  38314261 catcaagttcagactttccagttttagtaacaagctgttgatggtgcattttcaattcatattatatttcacaagttaaaaagaaagcaataaggttaaa 38314162  T
Q  596 caaattcaagatagaaagtaattaaattgttaattc-nnnnnnnttatataaacgtacatcaactaggtcgagagatgaagactcagagttcttttgcaa 694  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38314161 caaattcaagatagaaagtaattaaattgttgattcaaaaaaaattatataaacgtacatcaactaggtcgagagatgaagactcagagttcttttgcaa 38314062  T
Q  695 tggc 698  Q
    ||||    
T  38314061 tggc 38314058  T

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Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 267; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 96 - 698
Target Start/End: Complemental strand, 38307311 - 38306716
Alignment:
Q  96 tcattatttcttcaaagtcatcgtcgtcgtcttctccatctacatatcataatcgaagagattaataaccaaattacccaggtggttatcaaaacaatac 195  Q
    ||||||||||||||||||| || || ||||||| |||||||||| |||||||| |||||| |||| ||   ||||  |||| ||||||||||||||| |     
T  38307311 tcattatttcttcaaagtcgtcttcatcgtcttttccatctacaaatcataattgaagaggttaacaatgtaattgaccag-tggttatcaaaacaacag 38307213  T
Q  196 acttatttatattcacatttaaattagatagattaccatcactaacaaaattgtacagccaactgcaagtgcaaattctagtttccacatccattggtaa 295  Q
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T  38307212 aatcatatacattca------aattacacagattaccatcactaacgaaattgtacagccaactgcgagcacaaattctagtttccacatccatcggcaa 38307119  T
Q  296 catgcgatctttatacttgtttaacacacctgagcccatgcaaaattcaaaatcagaagccactgtggcaatgggaacacttgacaagtcgcaagccaat 395  Q
    ||| ||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||| ||||||| |    
T  38307118 catacgatctttatacttgttaaacacgcgtgagcccatgcaaaattcaaaatcagaagccacagtggtaatgggaacacttaacaagtcacaagccagt 38307019  T
Q  396 attgatagatctggaaatcgatttgaattactcttccaccattgtaatacatccatatcttcataagaaccaaaattcaaatctgactcgtcaaagtaaa 495  Q
    ||||||||||||||| ||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||  ||||  |||||||||||| || |||||||    
T  38307018 attgatagatctggatatcgatcattattactcttccaccattgtaatacatccatatcttcattacaaagaaaacccaaatctgactcatctaagtaaa 38306919  T
Q  496 catcaagttcagactttccagttttagtaacaagttgttgatggtgcattttcaattcatattatatttcacaagttaaaaagaaagcaataaggttaaa 595  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||  |||||||| |||||||| | |||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||| |||  ||||||||    
T  38306918 catcaagttgagacttttcagtttcggtaacaagctgttgatgtttcattttcaattcctattgtatttcacaagtgaaaaagaaatcaacgaggttaaa 38306819  T
Q  596 caaattcaagatagaaagtaattaaattgttaattcnnnnnnnttatataaacgtacatcaactaggtcgagagatgaagactcagagttcttttgcaat 695  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||        ||||| ||| |||||||| |||| |  ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  38306818 caaattcaagatagaaagtaattaaattgttagttcaaaaaatatatatgaacttacatcaaataggccatgagataaagactcagagttcttttgcaat 38306719  T

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Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 205; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 125 - 613
Target Start/End: Complemental strand, 38301388 - 38300901
Alignment:
Q  125 tcttctccatctacatatcataatcgaagagattaataaccaaattacccaggtggttatcaaaacaatacacttatttatattcacatttaaattagat 224  Q
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T  38301388 tcttctccatctacatatcataattgaagaggtttataattcaattgaacag-tggttatcaaaccaataaaatcatatctatttacattcaaattccat 38301290  T
Q  225 agattaccatcactaacaaaattgtacagccaactgcaagtgcaaattctagtttccacatccattggtaacatgcgatctttatacttgtttaacacac 324  Q
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T  38301289 aaattaccattattaacaaaattgtgcaaccaggtgcgagtacacattctagtttccacattcatcggcaacatacgatctttatacttgttaaagacgc 38301190  T
Q  325 ctgagcccatgcaaaattcaaaatcagaagccactgtggcaatgggaacacttgacaagtcgcaagccaatattgatagatctggaaatcgatttgaatt 424  Q
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T  38301189 gtgagcccatgcaaaactcaaaatcggaagcgacggtggtaatgggaacacttaacaagtcgcaagccaatattgatagatctggaaatcgattattatt 38301090  T
Q  425 actcttccaccattgtaatacatccatatcttcataagaaccaaaattcaaatctgactcgtcaaagtaaacatcaagttcagactttccagttttagta 524  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||| ||||| ||||| |||||| || |||||||||||||||||||| || ||||||| ||||    
T  38301089 actcttccaccactgtaatacatccatatcttcatcacaacgaaaatccaaatttgactcatctaagtaaacatcaagttcagatttcccagtttcagta 38300990  T
Q  525 acaagttgttgatggtgcattttcaattcatattatatttcacaagttaaaaagaaagcaataaggttaaacaaattcaagatagaaag 613  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| || |||| | |||||||  ||||||| ||||| |||| ||||||    
T  38300989 acaagctgttgatggtgcactttcaattcctattatatttcacacgtgaaaagggaagcaatggggttaaaaaaattaaagaaagaaag 38300901  T

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Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 96 - 624
Target Start/End: Complemental strand, 38318073 - 38317543
Alignment:
Q  96 tcattatttcttcaaagtcatcgtcgtcgtcttctccatctacatatcataatcgaagagattaataaccaaattacccaggtggttatcaaaacaatac 195  Q
    |||||||| | || ||||||||   |||| ||||||  ||||||||||| ||| |||||| |||||||  |||||  |||  ||||||||| || |||||    
T  38318073 tcattattccatccaagtcatctctgtcgccttctctgtctacatatcacaattgaagaggttaataataaaattgaccac-tggttatcagaagaatac 38317975  T
Q  196 acttatttatattcacatttaaattagatag---attaccatcactaacaaaattgtacagccaactgcaagtgcaaattctagtttccacatccattgg 292  Q
    | | || | |||| |||||||||  | ||||   ||||||||| || ||||||||||| | |||||||| ||| || |||||||||||||||| | | ||    
T  38317974 aatcatatttatttacatttaaagaacatagtagattaccatcgcttacaaaattgtataaccaactgcgagtacagattctagtttccacattcgtggg 38317875  T
Q  293 taacatgcgatctttatacttgtttaacacacctgagcccatgcaaaattcaaaatcagaagccactgtggcaatgggaacacttgacaagtcgcaagcc 392  Q
     | | | ||||||| ||||||||| || |||| ||| ||||||||||||||| |||||||||| || |||||||||||||||||| |||||||||||||     
T  38317874 cagcgtacgatcttcatacttgttaaagacacgtgaacccatgcaaaattcagaatcagaagcaacagtggcaatgggaacacttaacaagtcgcaagct 38317775  T
Q  393 aatattgatagatctggaaatcgatttgaattactcttccaccattgtaatacatccatatcttcataagaaccaaaattcaaatctgactcgtcaaagt 492  Q
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T  38317774 aatattgatagatccggaaatcgattattatttctcttccaccattgtaatacatccatatcttcataacaatgaaaatccaaatttgactcatctaagt 38317675  T
Q  493 aaacatcaagttcagactttccagttttagtaacaagttgttgatggtgcattttcaattcatattatatttcacaagttaaaaagaaagcaataaggtt 592  Q
    |||||||||||| ||| |||| ||||| ||||||||| ||  | ||||||| ||||||||| |||||||||||||| || |||| ||||||||| |||||    
T  38317674 aaacatcaagttgagattttctagtttcagtaacaagctgccgttggtgcactttcaattcctattatatttcacacgtgaaaaggaaagcaatgaggtt 38317575  T
Q  593 aaacaaattcaagatagaaagtaattaaattg 624  Q
    ||||||||||||| | ||||||||||||||||    
T  38317574 aaacaaattcaaggtggaaagtaattaaattg 38317543  T

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Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 180; E-Value: 8e-97
Query Start/End: Original strand, 113 - 612
Target Start/End: Complemental strand, 38310042 - 38309544
Alignment:
Q  113 tcatcgtcgtcgtcttctccatctacatatcataatcgaagagattaataaccaaattacccaggtggttatcaaaacaatacacttatttatattcaca 212  Q
    |||||| | |||||| |||||||||||||||||||| || |||  ||||||  |||||   || |||| ||||||||||||  | | || |||||| |||    
T  38310042 tcatcgccatcgtctactccatctacatatcataattgaggaggataataattaaattgaaca-gtggctatcaaaacaattaaatcatatatatttaca 38309944  T
Q  213 tttaaattagatagattaccatcactaacaaaattgtacagccaactgcaagtgcaaattctagtttccacatccattggtaacatgcgatctttatact 312  Q
    || |||||| ||| ||||||||  | ||||||||||| || |||| ||| ||| || ||||||||||||||||   |||| ||||| ||||||||||| |    
T  38309943 ttcaaattacataaattaccattgccaacaaaattgtgcaaccaagtgcgagtacatattctagtttccacattatttggcaacatacgatctttatatt 38309844  T
Q  313 tgtttaacacacctgagcccatgcaaaattcaaaatcagaagccactgtggcaatgggaacacttgacaagtcgcaagccaatattgatagatctggaaa 412  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| || || |||| |||||||| |||| |||||||||| ||||  ||||||||||| |||||    
T  38309843 tgttaaacacacgtgagcccatgcaaaactcaaaatcagatgcgacagtggtaatgggaaaacttaacaagtcgcaggccagaattgatagatccggaaa 38309744  T
Q  413 tcgatttgaattactcttccaccattgtaatacatccatatcttcataagaaccaaaattcaaatctgactcgtcaaagtaaacatcaagttcagacttt 512  Q
    ||||||   ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||  ||||| ||||| |||||| || |||||||||||||||| ||| |||    
T  38309743 tcgattattatttctcttccaccactgtaatacatccatatcttcataacaatgaaaatccaaatttgactcatctaagtaaacatcaagttgagatttt 38309644  T
Q  513 ccagttttagtaacaagttgttgatggtgcattttcaattcatattatatttcacaagttaaaaagaaagcaataaggttaaacaaattcaagatagaaa 612  Q
     |||||| ||||||||| ||  | ||||||| ||||||||| |||||||| ||||| || |||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  38309643 tcagtttcagtaacaagctgccgttggtgcactttcaattcctattatatctcacacgtgaaaaggaaagcaatgaggttaaacaaattcaagaaagaaa 38309544  T

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Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 165; E-Value: 7e-88
Query Start/End: Original strand, 96 - 698
Target Start/End: Complemental strand, 38322156 - 38321564
Alignment:
Q  96 tcattatttcttcaaagtcatcgtcgtcgtcttctccatctacatatcataatcgaagagattaataaccaaattacccaggtggttatcaaaacaatac 195  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||   ||||||| |||||||||||||| ||| || |||||||  ||| |  | |  | |||| |||||||||||    
T  38322156 tcattatttcttcaaagtcatcgtcgtc---ttctccaactacatatcataattgaaaaggttaataattaaagtgacaac-tagttaccaaaacaatac 38322061  T
Q  196 acttatttatattcacatttaaattagatagattaccatcactaacaaaattgtacagccaactgcaagtgcaaattctagtttccacatccattggtaa 295  Q
    | | || | |||| ||| ||||||||  |||||||||||| | |||||||||||||| |||| ||| ||| |||| |||||  |||| || ||| |||||    
T  38322060 aatcatatgtatttacacttaaattacgtagattaccatcgcgaacaaaattgtacaaccaattgcgagtacaaaatctagcatccaaattcatcggtaa 38321961  T
Q  296 catgcgatctttatacttgtttaacacacctgagcccatgcaaaattcaaaatcagaagccactgtggcaatgggaacacttgacaagtcgcaagccaat 395  Q
    ||| ||||||||||||||||| || ||     |||| |||||||| || ||||||||||| |  |||  || |||||||||| ||||||| | |||||||    
T  38321960 catacgatctttatacttgttaaaaacgtgcaagcctatgcaaaaatccaaatcagaagcgatagtgttaacgggaacacttaacaagtctcgagccaat 38321861  T
Q  396 attgatagatctggaaatcgatttgaattactcttccaccattgtaatacatccatatcttcataagaaccaaaattcaaatctgactcgtcaaagtaaa 495  Q
    ||||| |||||||||||||||||   ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||| ||||||  | |||||||    
T  38321860 attgaaagatctggaaatcgattattattactcttccaccactgtaatacatccatatcttcataacaacgaaaatccaaatttgactcagctaagtaaa 38321761  T
Q  496 catcaagttcagactttccagttttagtaacaagttgttgatggtgcattttcaattcatattatatttcacaagttaaaaagaaagcaataaggttaaa 595  Q
     ||||||||  || |||||      ||||||||| || | ||||||  |||||||||| ||||||||||||||||| |||| || |||||  ||||||||    
T  38321760 tatcaagttgggattttcc------agtaacaagctgctcatggtgagttttcaattcctattatatttcacaagtgaaaaggacagcaacgaggttaaa 38321667  T
Q  596 caaattcaagatagaaagtaattaaattgttaattcnnnnnnnttatataaacgtacatcaactaggtcgagagatgaagactcagagttcttttgcaat 695  Q
    |||||||||||||||  ||||||||||| | |||||        ||||||||| |||||||| |||| || ||||||||||||   | ||||||||||||    
T  38321666 caaattcaagatagagtgtaattaaattatgaattccaaaaatatatataaacttacatcaaataggccgtgagatgaagacttcaatttcttttgcaat 38321567  T

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Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 157; E-Value: 4e-83
Query Start/End: Original strand, 102 - 594
Target Start/End: Complemental strand, 38326871 - 38326380
Alignment:
Q  102 tttcttcaaagtcatcgtcgtcgtcttctccatctacatatcataatcgaagagattaataaccaaattacccaggtggttatcaaaacaatacacttat 201  Q
    |||||||||||||||| ||||| || ||| ||||||||||||| ||| |||||| |||||||  ||||   || | ||||||||||||||| ||| |||     
T  38326871 tttcttcaaagtcatcatcgtcatcctcttcatctacatatcaaaattgaagaggttaataattaaatagacctg-tggttatcaaaacaacacagttac 38326773  T
Q  202 ttatattcacatt------taaattagatagattaccatcactaacaaaattgtacagccaactgcaagtgcaaattctagtttccacatccattggtaa 295  Q
     |||||  |||||      ||||||| ||| | ||||||  || ||||||||||||| |||||||||||| || ||||| | |||||||| ||| || |     
T  38326772 atatatatacattaaaatttaaattacataaagtaccattgctgacaaaattgtacaaccaactgcaagtacagattctggcttccacattcataggcag 38326673  T
Q  296 catgcgatctttatacttgtttaacacacctgagcccatgcaaaattcaaaatcagaagccactgtggcaatgggaacacttgacaagtcgcaagccaat 395  Q
    |||  | ||||||||||| |  || || | ||  |||||||||||||| |||||||| || || |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||     
T  38326672 cataaggtctttatacttttcaaatacgcgtgcacccatgcaaaattccaaatcagatgcgacagtggcaatgggaacacttaacaagtcacaagccaaa 38326573  T
Q  396 attgatagatctggaaatcgatttgaattactcttccaccattgtaatacatccatatcttcataagaaccaaaattcaaatctgactcgtcaaagtaaa 495  Q
    ||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| ||| ||||| ||||  ||| || || |||||||    
T  38326572 attgatagatctggaaatcaattataattactcttccaccattctaatacatccatgtcttcataacaacgaaaatccaaacttgattcatccaagtaaa 38326473  T
Q  496 catcaagttcagactttccagttttagtaacaagttgttgatggtgcattttcaattcatattatatttcacaagttaaaaagaaagcaataaggttaa 594  Q
    ||||||||| |||||||||      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||| ||||||||  |||||||    
T  38326472 catcaagttgagactttcc------agtaacaagttgttgatggtgcattttcaattcctattacatttcacaagtgaaaaggaaagcaacgaggttaa 38326380  T

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Target: chr4 (Bit Score: 208; Significance: 1e-113; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 208; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 227 - 618
Target Start/End: Original strand, 38849396 - 38849787
Alignment:
Q  227 attaccatcactaacaaaattgtacagccaactgcaagtgcaaattctagtttccacatccattggtaacatgcgatctttatacttgtttaacacacct 326  Q
    |||||| || |||| ||||||||||| |||||||| ||| |||||||||| |||||||| ||| || ||||| ||||||||||||||||| || |||| |    
T  38849396 attaccctcgctaaaaaaattgtacaaccaactgcgagtacaaattctagcttccacattcatcggcaacatacgatctttatacttgttaaagacacgt 38849495  T
Q  327 gagcccatgcaaaattcaaaatcagaagccactgtggcaatgggaacacttgacaagtcgcaagccaatattgatagatctggaaatcgatttgaattac 426  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||| || | |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||    |||||    
T  38849496 gagcccatgcaaaattcagaatcagaagctacagcggcaatgggaacacttaacaagtcgcaggccaatattgatagatccggaaatcgatcattattac 38849595  T
Q  427 tcttccaccattgtaatacatccatatcttcataagaaccaaaattcaaatctgactcgtcaaagtaaacatcaagttcagactttccagttttagtaac 526  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||| ||||| |||| ||||||| || |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  38849596 tcttccaccattgtaatacatccatttctgcataacaacgaaaatccaaaactgactcatctaagtaaacatcaagttgagactttccagttttggtaac 38849695  T
Q  527 aagttgttgatggtgcattttcaattcatattatatttcacaagttaaaaagaaagcaataaggttaaacaaattcaagatagaaagtaatt 618  Q
    ||| || |||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||| |||| |||| |||| | |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  38849696 aagctgctgatggtgcactttcaattcctattacatttcacaagtgaaaaggaaaccaatgaagttaaacaaattcaagatagaatgtaatt 38849787  T

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Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 99 - 170
Target Start/End: Original strand, 38849259 - 38849330
Alignment:
Q  99 ttatttcttcaaagtcatcgtcgtcgtcttctccatctacatatcataatcgaagagattaataaccaaatt 170  Q
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