View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19553_low_5 (Length: 250)

Name: NF19553_low_5
Description: NF19553
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19553_low_5
NF19553_low_5
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (13-250)||(23876228-23876465)
chr4 (94-142)||(23422783-23422833)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (13-250)||(36309918-36310155)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (13-250)||(35571432-35571669)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (13-250)||(22479836-22480073)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 218; Significance: 1e-120; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 218; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 13 - 250
Target Start/End: Original strand, 23876228 - 23876465
Alignment:
Q  13 aatattgtgaaattatggcctagaatcttaagtagcttgacacataggattatttgaaacagtgaaccagttcaagcttgagagcattgttggtttgatg 112  Q
    ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23876228 aatatggtgaaattatggcctataatcttaagtagcttgacacataggattatttgaaacagtgaaccatttcaagcttgagagcattgttggtttgatg 23876327  T
Q  113 agggattaaaagtgattgatcttgatattaatgtctctagaacttgttaacgagcaagaggaatagagaatgaatgatttgcaagggtagtaatgtttgc 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23876328 agggattaaaagtgattgatcttgatattaatatctctagaacttgttaatgagcaagaggaatagagaatgaatgatttgcaagggtagtaatgtttgc 23876427  T
Q  213 gcgtggcctggtgagttttgtggaattctcagttgctc 250  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23876428 gcgtggcctggtgagttttgtggaattctcagttgctc 23876465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 94 - 142
Target Start/End: Complemental strand, 23422833 - 23422783
Alignment:
Q  94 gagcattgttggtttgatgagggattaaaa--gtgattgatcttgatatta 142  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||| ||||||||    
T  23422833 gagcattgttggttggatgagggattaaaagtgtgattgatcatgatatta 23422783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 210; Significance: 1e-115; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 13 - 250
Target Start/End: Original strand, 36309918 - 36310155
Alignment:
Q  13 aatattgtgaaattatggcctagaatcttaagtagcttgacacataggattatttgaaacagtgaaccagttcaagcttgagagcattgttggtttgatg 112  Q
    ||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36309918 aatatggtgaatttatggcctataatcttaagtagcttgacacataggattatttgaaacagtgaaccatttcaagcttgagagcattgttggtttgatg 36310017  T
Q  113 agggattaaaagtgattgatcttgatattaatgtctctagaacttgttaacgagcaagaggaatagagaatgaatgatttgcaagggtagtaatgtttgc 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36310018 agggattaaaagtgattgatcttgatattaatatctctagaacatgttaatgagcaagaggaatagagaatgaatgatttgcaagggtagtaatgtttgc 36310117  T
Q  213 gcgtggcctggtgagttttgtggaattctcagttgctc 250  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36310118 gcgtggcctggtgagttttgtggaattctcagttgctc 36310155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 210; Significance: 1e-115; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 13 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 35571669 - 35571432
Alignment:
Q  13 aatattgtgaaattatggcctagaatcttaagtagcttgacacataggattatttgaaacagtgaaccagttcaagcttgagagcattgttggtttgatg 112  Q
    ||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35571669 aatatggtgaatttatggcctataatcttaagtagcttgacacataggattatttgaaacagtgaaccatttcaagcttgagagcattgttggtttgatg 35571570  T
Q  113 agggattaaaagtgattgatcttgatattaatgtctctagaacttgttaacgagcaagaggaatagagaatgaatgatttgcaagggtagtaatgtttgc 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35571569 agggattaaaagtgattgatcttgatattaatatctctagaacatgttaatgagcaagaggaatagagaatgaatgatttgcaagggtagtaatgtttgc 35571470  T
Q  213 gcgtggcctggtgagttttgtggaattctcagttgctc 250  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35571469 gcgtggcctggtgagttttgtggaattctcagttgctc 35571432  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 202; Significance: 1e-110; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 13 - 250
Target Start/End: Original strand, 22479836 - 22480073
Alignment:
Q  13 aatattgtgaaattatggcctagaatcttaagtagcttgacacataggattatttgaaacagtgaaccagttcaagcttgagagcattgttggtttgatg 112  Q
    ||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22479836 aatatggtgaatttatggcctataatcttaagtagcttgacacataggattatttgaaacagtgaaccatttcaagcttgagagcattgttggtttgatg 22479935  T
Q  113 agggattaaaagtgattgatcttgatattaatgtctctagaacttgttaacgagcaagaggaatagagaatgaatgatttgcaagggtagtaatgtttgc 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  22479936 agggattaaaagtgattgatcttgatattaatatctctagaacacgttaatgagcaagaggaatagagaatgaatgatttgtaagggtagtaatgtttgc 22480035  T
Q  213 gcgtggcctggtgagttttgtggaattctcagttgctc 250  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22480036 gcgtggcctggtgagttttgtggaattctcagttgctc 22480073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University