View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19554_low_7 (Length: 317)

Name: NF19554_low_7
Description: NF19554
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19554_low_7
NF19554_low_7
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (38-306)||(12888485-12888750)
chr4 (164-246)||(46879468-46879551)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (38-306)||(36593140-36593404)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (38-306)||(20519239-20519504)
chr8 (41-306)||(38149085-38149348)
chr8 (38-306)||(32919078-32919341)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (38-306)||(49358794-49359061)
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (41-302)||(22696786-22697043)
chr6 (38-208)||(34501257-34501420)
chr6 (211-306)||(34502715-34502810)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (38-305)||(36934480-36934746)
chr7 (38-170)||(5888799-5888932)
chr7 (166-282)||(5892651-5892769)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (38-205)||(27631810-27631977)
chr5 (185-306)||(36607593-36607717)
chr5 (224-273)||(27631967-27632018)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (162-305)||(32946613-32946756)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 186; Significance: 1e-101; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 186; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 38 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 12888750 - 12888485
Alignment:
38 ttgttagtgcgctgctgtttttggtgaagtttcgaatggaggtgatgcagggagtaatgttgctgtcttgggggatgtccaagtggtggtgatgcagttt 137  Q
    |||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| |    
12888750 ttgttaatgtgctgctgtttttggtgaagtttcaaatggaggtgatgcagggagtggtgttgctgtcttaggtgatgtccaagtggtggtgatgcagtct 12888651  T
138 gcatgtggtgatctcagatctaaggtcatggtttattgagttgatggtgattttggtggttgttggtgatggatatcacaagtgacggttgttggtgttg 237  Q
    || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||  ||||||||||||||    
12888650 gcgtgtggtgatctcaaatctaaggtcatggtttattgagttgatggtaattttggtggttgttggtgatgggtatcacaggtggtggttgttggtgttg 12888551  T
238 agttgggaggcgaagtttactgtctctttcttgtgtggtggtgagctcaagggtgtggcgatgatgatg 306  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||  |||||||||||||||||    
12888550 agttgggaggcgaagtttactgtctctttcttgtgt-gtggtgagttcaa--gtgtggcgatgatgatg 12888485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 164 - 246
Target Start/End: Original strand, 46879468 - 46879551
Alignment:
164 catggtttattgagttgatggtgattttggtggttgttggtgatggatatcacaag-tgacggttgttggtgttgagttgggag 246  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||||| ||| ||||| ||||||| |||| |||| ||  |||||||||||||||||||||||    
46879468 catgttttattgagttaatggtgattttagtgattgtttgtgatgggtatctcaagatggtggttgttggtgttgagttgggag 46879551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 155; Significance: 3e-82; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 155; E-Value: 3e-82
Query Start/End: Original strand, 38 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 36593404 - 36593140
Alignment:
38 ttgttagtgcgctgctgtttttggtgaagtttcgaatggaggtgatgcagggagtaatgttgctgtcttgggggatgtccaagtggtggtgatgcagttt 137  Q
    ||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||| ||| |    
36593404 ttgttagtgtgctactgttttttgtgaagtttcgaatggaggtgatgcagggagtggtgttgctgttttggatgatgtccaagtggtggtgatgtagtct 36593305  T
138 gcatgtggtgatctcagatctaaggtcatggtttattgagttgatggtgattttggtggttgttggtgatggatatcacaagtgacggttgttggtgttg 237  Q
    |  | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||   ||| ||||||||||    
36593304 gtgtttggtgatctcagatctaaggtcatggattattgagttgatggttattttggtggttgtttgtgatgggtatcacaagt---ggtggttggtgttg 36593208  T
238 agttgggaggcgaagtttactgtctctttcttgtgtggtggtgagctcaagggtgtggcgatgatgatg 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||  ||||| |||||||||||||    
36593207 agttgggaggcgaagtttactgtctctttcttgtg-ggtggggagttcgggggtggggcgatgatgatg 36593140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 147; Significance: 2e-77; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 38 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 20519504 - 20519239
Alignment:
38 ttgttagtgcgctgctgtttttggtgaagtttcgaatggaggtgatgcagggagtaatgttgctgtcttgggggatgtccaagtggtggtgatgcagttt 137  Q
    ||||||||| ||  |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||| || || ||||||||||||||||||||  ||| |    
20519504 ttgttagtgtgcaactgtttttggtgaagttttgaatggaggtgatgtagggagtagtgttgctgttttaggtgatgtccaagtggtggtgattgagtct 20519405  T
138 gcatgtggtgatctcagatctaaggtcatggtttattgagttgatggtgattttggtggttgttggtgatggatatcacaagtgacggttgttggtgttg 237  Q
    || | | ||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||   ||| ||||||||||    
20519404 gcgttttgtgatctcagatctaagatcatggttgattgtgttgatggagattttggtggttgttggtgatgggtatcataagt---ggtggttggtgttg 20519308  T
238 agttgggaggcgaagtttactgtctctttcttgtgtggtggtgagctcaagggtgtggcgatgatgatg 306  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||  |||| ||||||||||||||    
20519307 agttgggaggcgaagtttattgtctctttcttgtgtggtggtgagttcgggggtatggcgatgatgatg 20519239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 141; E-Value: 6e-74
Query Start/End: Original strand, 41 - 306
Target Start/End: Original strand, 38149085 - 38149348
Alignment:
41 ttagtgcgctgctgtttttggtgaagtttcgaatggaggtgatgcagggagtaatgttgctgtcttgggggatgtccaagtggtggtgatgcagtttgca 140  Q
    |||||| ||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||  || | |||| ||||  |||||   ||||||||||||||||| ||      
38149085 ttagtgtgctactgttttttgtgaagttttgaatggaggtgatgcagggagtggtgcttctgttttggatgatgtgacagtggtggtgatgcagtctgtg 38149184  T
141 tgtggtgatctcagatctaaggtcatggtttattgagttgatggtgattttggtggttgttggtgatggatatcacaagtgacggttgttggtgttgagt 240  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||   ||| |||||||||||||    
38149185 tttggtgatctcagatctaaggtcatggtttattgagttgatggttattttggtggttgttggtgatgagtatcacaagt---ggtggttggtgttgagt 38149281  T
241 tgggaggcgaagtttactgtctctttcttgtgtggtggtgagctc-aagggtgtggcgatgatgatg 306  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||   |||||||||||||||||||    
38149282 tgggaggcgaagtttattgtctctttcttgtgtggtggtgagttcggggggtgtggcgatgatgatg 38149348  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 38 - 306
Target Start/End: Original strand, 32919078 - 32919341
Alignment:
38 ttgttagtgcgctgctgtttttggtgaagtttcgaatggaggtgatgcagggagtaatgttgctgtcttgggggatgtccaagtggtggtgatgcagttt 137  Q
    ||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||  || |||||| ||||  ||||| ||||||||||||||||||| |    
32919078 ttgttagtgtgctactgttttttgtgaagtttcgaatggaggtgatgcaaggagtg-tgctgctgttttggatgatgttcaagtggtggtgatgcagtct 32919176  T
138 gcatgtggtgatctcagatctaaggtcatggtttattgagttgatggtgattttggtggttgttggtgatggatatcacaagtgacggttgttggtgttg 237  Q
    |  | ||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||||||   || ||||||||||    
32919177 gtgtttggtgatctcatatctaaggtcataatttattgagttgatggttattt-ggtggttgttggtgatgggtatcacaagtg---gtggttggtgttg 32919272  T
238 agttgggaggcgaagtttactgtctctttcttgtgtggtggtgagctcaagggtgtggcgatgatgatg 306  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||| |||||||||    
32919273 agttgggaggcgaagttcactatctctttcttgtgtggtggtgagttcgtgggtgtggcaatgatgatg 32919341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 142; Significance: 2e-74; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 38 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 49359061 - 49358794
Alignment:
38 ttgttagtgcgctgctgtttttggtgaagtttcgaatggaggtgatgcagggagtaatgttgctgtcttgggggatgtccaagtggtggtgatgcagttt 137  Q
    ||||||||| | || ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |  | || |||||||||| |||||||||||||||   |||||||||    
49359061 ttgttagtgtgatgttgtttttggtgaagtttcgaatgaaggtgatgtagggaatggtcttcctgtcttgggtgatgtccaagtggtg---atgcagttt 49358965  T
138 gcatgtggtgatctcagatctaaggtcatggtttattgagttgatggtgattttggtggttgttggtgatggatatcacaagtgacggttgttggtgttg 237  Q
    || ||||||||| ||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||| |||||||||    
49358964 gcgtgtggtgatatcagatctaaggttatggtttattaagttcatggtgattttggtggttgttggtgatgggtatcacaagtggtggtttttggtgttg 49358865  T
238 agttgggaggcgaa--gtttactgtctctttcttgtgtggtggtgagctcaagggtgtggcgatgatgatg 306  Q
    || ||| |||||||  ||| |||||||||||||||||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||    
49358864 aggtggaaggcgaaatgttcactgtctctttcttgtgtggcggtgagttcaggggtgtggcgatgatgatg 49358794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 138; Significance: 4e-72; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 138; E-Value: 4e-72
Query Start/End: Original strand, 41 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 22697043 - 22696786
Alignment:
41 ttagtgcgctgctgtttttggtgaagtttcgaatggaggtgatgcagggagtaatgttgctgtcttgggggatgtccaagtggtggtgatgcagtttgca 140  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| | |     
22697043 ttagtgagctactgtttttggtgaagttttgaatggaggtgatgtagggagcagtgttgctgtcttgggtgatgtccaagtggcggtgatgcagtctacg 22696944  T
141 tgtggtgatctcagatctaaggtcatggtttattgagttgatggtgattttggtggttgttggtgatggatatcacaagtgacggttgttggtgttgagt 240  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||      |||||||||||||| | |||||||||||  ||||||||||||| ||     
22696943 tgtggtgatctcagatctaaggtcatggattattgagttgatggtga------tggttgttggtgatcggtatcacaagtggtggttgttggtgtttagc 22696850  T
241 tgggaggcgaa--gtttactgtctctttcttgtgtggtggtgagctcaagggtgtggcgatgat 302  Q
    |||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||| |   |||||||||||||||    
22696849 tgggaggcgaaatgttcactgtctctttcttgtgtggtggtgagtttgggggtgtggcgatgat 22696786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 89; E-Value: 7e-43
Query Start/End: Original strand, 38 - 208
Target Start/End: Original strand, 34501257 - 34501420
Alignment:
38 ttgttagtgcgctgctgtttttggtgaagtttcgaatggaggtgatgcagggagtaatgttgctgtcttgggggatgtccaagtggtggtgatgcagttt 137  Q
    ||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |    
34501257 ttgttagtgtgctactatttttggtgaagtttcgaatggaggtgatgttgggagtggtgttgctgtcttgggtgatgtccaagtggtagtgatgcagtct 34501356  T
138 gcatgtggtgatctcagatctaaggtcatggtttattgagttgatggtgattttggtggttgttggtgatg 208  Q
    || ||||||       ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
34501357 gcgtgtggt-------gatataaggtcatggtatattgagttgatggtgattttagtggttgttggtgatg 34501420  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 64; E-Value: 6e-28
Query Start/End: Original strand, 211 - 306
Target Start/End: Original strand, 34502715 - 34502810
Alignment:
211 tatcacaagtgacggttgttggtgttgagttgggaggcgaagtttactgtctctttcttgtgtggtggtgagctcaagggtgtggcgatgatgatg 306  Q
    |||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |  ||||||||| ||||||||||    
34502715 tatcacaagtggtggttgttgctgttgagttgggaggcgaagtttactgtctctttcttctgtggtggtgagtttgagggtgtggagatgatgatg 34502810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 119; Significance: 8e-61; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 119; E-Value: 8e-61
Query Start/End: Original strand, 38 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 36934746 - 36934480
Alignment:
38 ttgttagtgcgctgctgttttt-ggtgaagtttcgaatggaggtgatgcagggagtaatgttgctgtcttgggggatgtccaagtggtggtgatgcagtt 136  Q
    |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||  || |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||      
36934746 ttgttagtgcgctgttgttttttggtgaagtttcgaagggaggtgatgcagggagtggtgctgctatcttgggtgatgtccaagtggtggtgatgcagcc 36934647  T
137 tgcatgtggtgatc-tcagatctaaggtcatggtttattgagttgatggtgattttggtggttgttggtgatggatatcacaagtgacggttgttggtgt 235  Q
    ||  |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||  |||||||    
36934646 tgagtgtggtgatcttcagatcgaaggtcatggtttatt--gttgatggtaattttggtggttgttggtgatgggtatcacaagtggtggtgtttggtgt 36934549  T
236 tgagttgggaggcgaa--gtttactgtctctttcttgtgtggtggtgagctcaagggtgtggcgatgatgat 305  Q
    ||||||||||||||||   || |||||||| ||||  |||||||||||| ||   |||||||||||||||||    
36934548 tgagttgggaggcgaaatattcactgtctc-ttct--tgtggtggtgagttcggaggtgtggcgatgatgat 36934480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 38 - 170
Target Start/End: Original strand, 5888799 - 5888932
Alignment:
38 ttgttagtgcgctgctgtttttggtgaagtttcgaatggaggtgatgcagggagtaatgttgctgtcttgggggatgtccaagtggtggtgatgcagttt 137  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||  ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |    
5888799 ttgttagtgtgctgctgtttttggtgaagtttcgaatggaggtgctgcatagagtggtgttgctatcttgggtgatgtccaagtggtggtgatgtagtct 5888898  T
138 gcatgtggtgatc-tcagatctaaggtcatggtt 170  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||||| |||||    
5888899 gcatgtggtgatcttcatatctaaggtcgtggtt 5888932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 166 - 282
Target Start/End: Original strand, 5892651 - 5892769
Alignment:
166 tggtttattgagttgatggtgattttggtggttgttggtgatggatatcacaagtgacggttgttggtgttgagttgggaggcgaa--gtttactgtctc 263  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||| |||||||||||  |||  |||||||| ||||||||||||||  ||| ||||||||    
5892651 tggtgtattgagttgatggtgattttggtgttcgttagtgatgggtatcacaagtggtggtgtttggtgttaagttgggaggcgaaatgttcactgtctc 5892750  T
264 tttcttgtgtggtggtgag 282  Q
    ||||||||||||| |||||    
5892751 tttcttgtgtggttgtgag 5892769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 100; Significance: 2e-49; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 38 - 205
Target Start/End: Original strand, 27631810 - 27631977
Alignment:
38 ttgttagtgcgctgctgtttttggtgaagtttcgaatggaggtgatgcagggagtaatgttgctgtcttgggggatgtccaagtggtggtgatgcagttt 137  Q
    ||||||||| |||||| |||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||  || |||  ||||||| ||||||||  ||||||||||| ||| |    
27631810 ttgttagtgtgctgctatttttggtgatgttttgaatggaggtggtgcagggagtggtgatgccatcttgggtgatgtccacatggtggtgatgtagtct 27631909  T
138 gcatgtggtgatctcagatctaaggtcatggtttattgagttgatggtgattttggtggttgttggtg 205  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
27631910 gcatgtggtgatctcagatctaaggtaatgatttattgagttgatggtgattttggtggttgttggtg 27631977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 185 - 306
Target Start/End: Original strand, 36607593 - 36607717
Alignment:
185 tgattttggtggttgttggtgatggatatcacaagtgacggt-tgttggtgttgagttgggaggcgaa--gtttactgtctctttcttgtgtggtggtga 281  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||  ||| | |||||||||||||||||||||||  ||| | ||||||||||| ||||| | ||||    
36607593 tgattttggtggttgttagtgatgggtatcacgagtggtggtgttttggtgttgagttgggaggcgaaatgttcaatgtctctttctcgtgtgatagtga 36607692  T
282 gctcaagggtgtggcgatgatgatg 306  Q
    | ||  |||||||| ||||||||||    
36607693 gttcgggggtgtggtgatgatgatg 36607717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 224 - 273
Target Start/End: Original strand, 27631967 - 27632018
Alignment:
224 ggttgttggtgttgagttgggaggcgaa--gtttactgtctctttcttgtgt 273  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  ||| | ||||||||||||||||    
27631967 ggttgttggtgttgagttgggaggcgaaatgttcattgtctctttcttgtgt 27632018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 60; Significance: 1e-25; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 162 - 305
Target Start/End: Original strand, 32946613 - 32946756
Alignment:
162 gtcatggtttattgagttgatggtgattttggtggttgttggtgatggatatcacaagtgacggttgttggtgttgagttgggaggcgaagtttactgtc 261  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||   |||||||||||  |||||||| |||||| |||||||||||| | | |        
32946613 gtcatggtttattgagttaatggtaattttggtggttgttggtgatatgtatcacaagtggtggttgttgatgttgatttgggaggcgaaatgttcaccg 32946712  T
262 tctttcttgtgtggtggtgagctcaagggtgtggcgatgatgat 305  Q
    ||||||||||||||||||||| ||  |||||||| || ||||||    
32946713 tctttcttgtgtggtggtgagttcgtgggtgtggtgacgatgat 32946756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University