View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19555_high_17 (Length: 448)

Name: NF19555_high_17
Description: NF19555
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19555_high_17
NF19555_high_17
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (1-426)||(43076018-43076445)
chr7 (1-426)||(43086245-43086672)
chr7 (1-426)||(43089916-43090343)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 363; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 363; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 426
Target Start/End: Original strand, 43076018 - 43076445
Alignment:
Q  1 ggatatacacatgcataagtaagcataaccaataaaaagtaaccaaaagcaaataataaacgaatcatccattatattcatgaatattcataagtaaaga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  43076018 ggatatacacatgcataagtaagcataaccaataaaaagtaaccaaaagtaaataataaacgaatcatccattatattcatgaatattcttaagtaaaga 43076117  T
Q  101 ataaagcaaaacaacacatcttctatccaaattgacac--aaaattattttattaatgtattgattcacctcaaatgacagtgttacaaacttacagtac 198  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43076118 ataaagcaaaacaacacatcttctatccaaattgacacaaaaaattattttattaatgtattgattcacctcaaatgacagtgttacaaacttacagtac 43076217  T
Q  199 atattacaannnnnnnctacacatctctatctcctccatcaatttttcacatatagctccaagtgaatttttattctataacaataaattatatgtaata 298  Q
    |||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43076218 atattacaatttttttctacacatctctatctcctccatcaatttttcacatatagctccaagtgaatttttattctataacaataaattatatgtaata 43076317  T
Q  299 ataacaacaacaaaatgtacaattcaaataccgtggtagaaaataagaagaatacgtgtaaaatgaaac---attactaaacagagtaatataccagaag 395  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||    
T  43076318 ataacaacaacaaaatgtacaattcaaataccgtggtagaaaat---aagaatacgtgtaaaatgaaacattattactaaacagagtaatataccagaag 43076414  T
Q  396 cagagaagaatagaggaaggagtgaaacaca 426  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43076415 cagagaagaatagaggaaggagtgaaacaca 43076445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 363; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 426
Target Start/End: Original strand, 43086245 - 43086672
Alignment:
Q  1 ggatatacacatgcataagtaagcataaccaataaaaagtaaccaaaagcaaataataaacgaatcatccattatattcatgaatattcataagtaaaga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  43086245 ggatatacacatgcataagtaagcataaccaataaaaagtaaccaaaagtaaataataaacgaatcatccattatattcatgaatattcttaagtaaaga 43086344  T
Q  101 ataaagcaaaacaacacatcttctatccaaattgacac--aaaattattttattaatgtattgattcacctcaaatgacagtgttacaaacttacagtac 198  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43086345 ataaagcaaaacaacacatcttctatccaaattgacacaaaaaattattttattaatgtattgattcacctcaaatgacagtgttacaaacttacagtac 43086444  T
Q  199 atattacaannnnnnnctacacatctctatctcctccatcaatttttcacatatagctccaagtgaatttttattctataacaataaattatatgtaata 298  Q
    |||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43086445 atattacaatttttttctacacatctctatctcctccatcaatttttcacatatagctccaagtgaatttttattctataacaataaattatatgtaata 43086544  T
Q  299 ataacaacaacaaaatgtacaattcaaataccgtggtagaaaataagaagaatacgtgtaaaatgaaac---attactaaacagagtaatataccagaag 395  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||    
T  43086545 ataacaacaacaaaatgtacaattcaaataccgtggtagaaaat---aagaatacgtgtaaaatgaaacattattactaaacagagtaatataccagaag 43086641  T
Q  396 cagagaagaatagaggaaggagtgaaacaca 426  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43086642 cagagaagaatagaggaaggagtgaaacaca 43086672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 363; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 426
Target Start/End: Original strand, 43089916 - 43090343
Alignment:
Q  1 ggatatacacatgcataagtaagcataaccaataaaaagtaaccaaaagcaaataataaacgaatcatccattatattcatgaatattcataagtaaaga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  43089916 ggatatacacatgcataagtaagcataaccaataaaaagtaaccaaaagtaaataataaacgaatcatccattatattcatgaatattcttaagtaaaga 43090015  T
Q  101 ataaagcaaaacaacacatcttctatccaaattgacac--aaaattattttattaatgtattgattcacctcaaatgacagtgttacaaacttacagtac 198  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43090016 ataaagcaaaacaacacatcttctatccaaattgacacaaaaaattattttattaatgtattgattcacctcaaatgacagtgttacaaacttacagtac 43090115  T
Q  199 atattacaannnnnnnctacacatctctatctcctccatcaatttttcacatatagctccaagtgaatttttattctataacaataaattatatgtaata 298  Q
    |||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43090116 atattacaatttttttctacacatctctatctcctccatcaatttttcacatatagctccaagtgaatttttattctataacaataaattatatgtaata 43090215  T
Q  299 ataacaacaacaaaatgtacaattcaaataccgtggtagaaaataagaagaatacgtgtaaaatgaaac---attactaaacagagtaatataccagaag 395  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||    
T  43090216 ataacaacaacaaaatgtacaattcaaataccgtggtagaaaat---aagaatacgtgtaaaatgaaacattattactaaacagagtaatataccagaag 43090312  T
Q  396 cagagaagaatagaggaaggagtgaaacaca 426  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43090313 cagagaagaatagaggaaggagtgaaacaca 43090343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University