View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19556_low_2 (Length: 582)

Name: NF19556_low_2
Description: NF19556
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19556_low_2
NF19556_low_2
[»] chr5 (7 HSPs)
chr5 (16-455)||(11501400-11501840)
chr5 (16-455)||(11516169-11516609)
chr5 (16-455)||(11523571-11524011)
chr5 (13-455)||(11561931-11562374)
chr5 (16-455)||(11508797-11509236)
chr5 (16-455)||(11530983-11531422)
chr5 (12-455)||(11538447-11538892)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (132-452)||(17613677-17613992)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (200-450)||(11011259-11011512)
chr2 (453-502)||(28782027-28782076)
chr2 (489-566)||(28782146-28782224)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (130-452)||(40492177-40492500)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (130-441)||(35602168-35602483)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 341; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 341; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 455
Target Start/End: Original strand, 11501400 - 11501840
Alignment:
Q  16 tgctactaaaacattagcctatataacataccaatacatggacatctaacatgacnnnnnnncagccataacctcaccctgaaaaaccacgccaacagaa 115  Q
    |||| ||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||       || |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11501400 tgcttctaaaacattagcctatag--cataccaatacatggacatctaacatgaccaaaaaacaaccataacctcaccctgaaaaaccacgccaacagaa 11501497  T
Q  116 gggccctcttcaagctatctaagaagacactcgcgaggattccaacaccattcaaaaaacaagctcggcccaatcttaagcctatgcaagctccaagacc 215  Q
    ||||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  11501498 gggccctctccaagctatctaataagacactcgcggggattccaacaccattcataaagcaagctcggcccaatcttaagcctatgcaaactccaagacc 11501597  T
Q  216 aagataaaactttaatattctccaccacctcctcaacatcgaacgtcccattgttgaaaataatatcatttctgaccttccaaatcacccacaaagtcgc 315  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  11501598 aagataaaactttaatattctccaccacctcctcaacatcgaacgtcccattgttgaaaataatttcatttctcaccttccaaatcacccacaaagtcgc 11501697  T
Q  316 atgccaaattaaccaaaaaccttatcggagtttactagtggacacctctttcgaccaa---tccaaatgcaccaaaagattattaggaacaataaaatta 412  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11501698 atgccaaattaaccaaaaaccttgtcggagttttctagtggacacctctttcgaccaacattccaaatgcaccaaaagattattaggaacaataaaatta 11501797  T
Q  413 caattaagccaacacattaactttttccaaaccctttgtatct 455  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  11501798 caattaagccaactcattaactttttccaaaccctttgtatct 11501840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 341; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 455
Target Start/End: Original strand, 11516169 - 11516609
Alignment:
Q  16 tgctactaaaacattagcctatataacataccaatacatggacatctaacatgacnnnnnnncagccataacctcaccctgaaaaaccacgccaacagaa 115  Q
    |||| ||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||       || |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11516169 tgcttctaaaacattagcctatag--cataccaatacatggacatctaacatgaccaaaaaacaaccataacctcaccctgaaaaaccacgccaacagaa 11516266  T
Q  116 gggccctcttcaagctatctaagaagacactcgcgaggattccaacaccattcaaaaaacaagctcggcccaatcttaagcctatgcaagctccaagacc 215  Q
    ||||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  11516267 gggccctctccaagctatctaataagacactcgcggggattccaacaccattcataaagcaagctcggcccaatcttaagcctatgcaaactccaagacc 11516366  T
Q  216 aagataaaactttaatattctccaccacctcctcaacatcgaacgtcccattgttgaaaataatatcatttctgaccttccaaatcacccacaaagtcgc 315  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  11516367 aagataaaactttaatattctccaccacctcctcaacatcgaacgtcccattgttgaaaataatttcatttctcaccttccaaatcacccacaaagtcgc 11516466  T
Q  316 atgccaaattaaccaaaaaccttatcggagtttactagtggacacctctttcgaccaa---tccaaatgcaccaaaagattattaggaacaataaaatta 412  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11516467 atgccaaattaaccaaaaaccttgtcggagttttctagtggacacctctttcgaccaacattccaaatgcaccaaaagattattaggaacaataaaatta 11516566  T
Q  413 caattaagccaacacattaactttttccaaaccctttgtatct 455  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  11516567 caattaagccaactcattaactttttccaaaccctttgtatct 11516609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 341; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 455
Target Start/End: Original strand, 11523571 - 11524011
Alignment:
Q  16 tgctactaaaacattagcctatataacataccaatacatggacatctaacatgacnnnnnnncagccataacctcaccctgaaaaaccacgccaacagaa 115  Q
    |||| ||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||       || |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11523571 tgcttctaaaacattagcctatag--cataccaatacatggacatctaacatgaccaaaaaacaaccataacctcaccctgaaaaaccacgccaacagaa 11523668  T
Q  116 gggccctcttcaagctatctaagaagacactcgcgaggattccaacaccattcaaaaaacaagctcggcccaatcttaagcctatgcaagctccaagacc 215  Q
    ||||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  11523669 gggccctctccaagctatctaataagacactcgcggggattccaacaccattcataaagcaagctcggcccaatcttaagcctatgcaaactccaagacc 11523768  T
Q  216 aagataaaactttaatattctccaccacctcctcaacatcgaacgtcccattgttgaaaataatatcatttctgaccttccaaatcacccacaaagtcgc 315  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  11523769 aagataaaactttaatattctccaccacctcctcaacatcgaacgtcccattgttgaaaataatttcatttctcaccttccaaatcacccacaaagtcgc 11523868  T
Q  316 atgccaaattaaccaaaaaccttatcggagtttactagtggacacctctttcgaccaa---tccaaatgcaccaaaagattattaggaacaataaaatta 412  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11523869 atgccaaattaaccaaaaaccttgtcggagttttctagtggacacctctttcgaccaacattccaaatgcaccaaaagattattaggaacaataaaatta 11523968  T
Q  413 caattaagccaacacattaactttttccaaaccctttgtatct 455  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  11523969 caattaagccaactcattaactttttccaaaccctttgtatct 11524011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 340; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 455
Target Start/End: Original strand, 11561931 - 11562374
Alignment:
Q  13 aactgctactaaaacattagcctatataacataccaatacatggacatctaacatgacnnnnnnncagccataacctcaccctgaaaaaccacgccaaca 112  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||       || ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11561931 aactgcttctaaaacattagcctatag--cataccaatacatggacatctaacatgaccaaaaaacaaccataacctcaccctgaaaaaccacgccaaca 11562028  T
Q  113 gaagggccctcttcaagctatctaagaagacactcgcgaggattccaacaccattcaaaaaacaagctcggcccaatcttaagcctatgcaagctccaag 212  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  11562029 gaagggccctctccaagctatctaagaagacactcgcggggattccaacaccattcataaaacaagctcggcccaatcttaagcctatgcaaactccaag 11562128  T
Q  213 accaagataaaactttaatattctccaccacctcctcaacatcgaacgtcccattgttgaaaataatatcatttctgaccttccaaatcacccacaaagt 312  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  11562129 accaagataaaaatttaatattctccaccacctcctcaacatcgaacgtcccattgttgaaaataatttcatttctcaccttccaaatcacccacaaagt 11562228  T
Q  313 cgcatgccaaattaaccaaaaaccttatcggagtttactagtggacacctctttcgaccaa---tccaaatgcaccaaaagattattaggaacaataaaa 409  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||| | |||||||||||    
T  11562229 cgcatgccaaattaaccaaaaaccttgtcggagttttctagtggacacctctttcgaccaacattccaaatgcaccaaaagattatcatgaacaataaaa 11562328  T
Q  410 ttacaattaagccaacacattaactttttccaaaccctttgtatct 455  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  11562329 ttacaattaagccaactcattaactttttccaaaccctttgtatct 11562374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 333; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 455
Target Start/End: Original strand, 11508797 - 11509236
Alignment:
Q  16 tgctactaaaacattagcctatataacataccaatacatggacatctaacatgacnnnnnnncagccataacctcaccctgaaaaaccacgccaacagaa 115  Q
    |||| ||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||       || |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11508797 tgcttctaaaacattagcctatag--cataccaatacatggacatctaacatgaccaaaaaacaaccataacctcaccctgaaaaaccacgccaacagaa 11508894  T
Q  116 gggccctcttcaagctatctaagaagacactcgcgaggattccaacaccattcaaaaaacaagctcggcccaatcttaagcctatgcaagctccaagacc 215  Q
    ||||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  11508895 gggccctctccaagctatctaataagacactcgcggggattccaacaccattcataaagcaagctcggcccaatcttaagc-tatgcaaactccaagacc 11508993  T
Q  216 aagataaaactttaatattctccaccacctcctcaacatcgaacgtcccattgttgaaaataatatcatttctgaccttccaaatcacccacaaagtcgc 315  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  11508994 aagataaaactttaatattctccaccacctcctcaacatcgaacgtcccattgttgaaaataatttcatttctcaccttccaaatcacccacaaagtcgc 11509093  T
Q  316 atgccaaattaaccaaaaaccttatcggagtttactagtggacacctctttcgaccaa---tccaaatgcaccaaaagattattaggaacaataaaatta 412  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11509094 atgccaaattaaccaaaaaccttgtcggagttttctagtggacacctctttcgaccaacattccaaatgcaccaaaagattattaggaacaataaaatta 11509193  T
Q  413 caattaagccaacacattaactttttccaaaccctttgtatct 455  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  11509194 caattaagccaactcattaactttttccaaaccctttgtatct 11509236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 333; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 455
Target Start/End: Original strand, 11530983 - 11531422
Alignment:
Q  16 tgctactaaaacattagcctatataacataccaatacatggacatctaacatgacnnnnnnncagccataacctcaccctgaaaaaccacgccaacagaa 115  Q
    |||| ||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||       || |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11530983 tgcttctaaaacattagcctatag--cataccaatacatggacatctaacatgaccaaaaaacaaccataacctcaccctgaaaaaccacgccaacagaa 11531080  T
Q  116 gggccctcttcaagctatctaagaagacactcgcgaggattccaacaccattcaaaaaacaagctcggcccaatcttaagcctatgcaagctccaagacc 215  Q
    ||||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  11531081 gggccctctccaagctatctaataagacactcgcggggattccaacaccattcataaagcaagctcggcccaatcttaagc-tatgcaaactccaagacc 11531179  T
Q  216 aagataaaactttaatattctccaccacctcctcaacatcgaacgtcccattgttgaaaataatatcatttctgaccttccaaatcacccacaaagtcgc 315  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  11531180 aagataaaactttaatattctccaccacctcctcaacatcgaacgtcccattgttgaaaataatttcatttctcaccttccaaatcacccacaaagtcgc 11531279  T
Q  316 atgccaaattaaccaaaaaccttatcggagtttactagtggacacctctttcgaccaa---tccaaatgcaccaaaagattattaggaacaataaaatta 412  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11531280 atgccaaattaaccaaaaaccttgtcggagttttctagtggacacctctttcgaccaacattccaaatgcaccaaaagattattaggaacaataaaatta 11531379  T
Q  413 caattaagccaacacattaactttttccaaaccctttgtatct 455  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  11531380 caattaagccaactcattaactttttccaaaccctttgtatct 11531422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 315; E-Value: 1e-177
Query Start/End: Original strand, 12 - 455
Target Start/End: Original strand, 11538447 - 11538892
Alignment:
Q  12 caactgctactaaaacattagcctatataacataccaatacatggacatctaacatgacnnnnnnncagccataacctcaccctgaaaaaccacgccaac 111  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||       || |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11538447 caactgcttctaaaacattagcctatag--cataccaatacatggacatctaacatgaccaaaaaacaaccataacctcaccctgaaaaaccacgccaac 11538544  T
Q  112 a---gaagggccctcttcaagctatctaagaagacactcgcgaggattccaacaccattcaaaaaacaagctcggcccaatcttaagcctatgcaagctc 208  Q
    |   |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  11538545 actagaagggccctctccaagctatctaagaagacactcgcggggattccaacaccattcataaaacaagctcggcccaatcttaagcctatgcaaactc 11538644  T
Q  209 caagaccaagataaaactttaatattctccaccacctcctcaacatcgaacgtcccattgttgaaaataatatcatttctgaccttccaaatcacccaca 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||     
T  11538645 caagaccaagataaaactttaatattctccaccacctcctcaacatcgaacgtcccattgttgaaaataatttcatttctcaccttccaaatcacccac- 11538743  T
Q  309 aagtcgcatgccaaattaaccaaaaaccttatcggagtttactagtggacacctctttcgaccaa---tccaaatgcaccaaaagattattaggaacaat 405  Q
     |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||| |||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11538744 -agtcacatgccaaattaaccaaaaaccttgtcggagttttgtagtggacacctcattcgaccaacattccaaatgcaccaaaagattattaggaacaat 11538842  T
Q  406 aaaattacaattaagccaacacattaactttttccaaaccctttgtatct 455  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  11538843 aaaattacaattatgccaactcattaactttttccaaaccctttgtatct 11538892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 105; Significance: 4e-52; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 105; E-Value: 4e-52
Query Start/End: Original strand, 132 - 452
Target Start/End: Complemental strand, 17613992 - 17613677
Alignment:
Q  132 atctaagaagacactcgcgaggattccaacaccattcaaaaaacaagctcggcccaatcttaagcctatgcaagctccaagaccaagataaaactttaat 231  Q
    ||||||||| ||| ||||  | |||||||||||||||| || |||| || || || ||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||| |||||    
T  17613992 atctaagaaaacattcgctggtattccaacaccattcataatacaaacttggaccgatcttaagcctatgcaagctccaagtccaagagataaccttaat 17613893  T
Q  232 attctccaccacctcctcaacatcgaacgtcccattgttgaaaataatatcatttctgaccttccaaatcacccacaaagtcgcatgccaaattaaccaa 331  Q
    ||||||||| |||||  |||| || || |||||||| |||||||| || || || || |||||| ||||||||||        ||| |||| ||||||||    
T  17613892 attctccactacctcaccaacctcaaaagtcccattattgaaaattatctctttcctcaccttcaaaatcaccca--------cattccaagttaaccaa 17613801  T
Q  332 aaaccttatcggagtttactagtggacacctctttcgaccaa---tccaaatgcaccaaaagattattaggaacaataaaattacaattaagccaacaca 428  Q
    |||| || ||  |||||  ||| |||||||||||||| ||||   ||||||||||||||||||||||| || |||||||||| ||||| |||||||||||    
T  17613800 aaacattgtctaagttttttagaggacacctctttcggccaacattccaaatgcaccaaaagattatttgggacaataaaataacaatgaagccaacaca 17613701  T
Q  429 ttaactttttccaaaccctttgta 452  Q
    | | ||||||||||||||||||||    
T  17613700 taagctttttccaaaccctttgta 17613677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 100; Significance: 3e-49; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 200 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 11011512 - 11011259
Alignment:
Q  200 tgcaagctccaagaccaagataaaactttaatattctccaccacctcctcaacatcgaacgtcccattgttgaaaataatatcatttctgaccttccaaa 299  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||| ||||| ||||||||  | || ||||  || ||  | ||||||||||| || |||||||| ||  || ||||||    
T  11011512 tgcaagctccaaaaccaagatagaaccttaatcttctccactgcatcatcaaactcaaagataccattgttgaagattatatcattcctcgccatccaaa 11011413  T
Q  300 tcacccacaaagtcgcatgccaaattaaccaaaaaccttatcggagtttactagtggacacctctttcgaccaa---tccaaatgcaccaaaagattatt 396  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||  |||||  | | |||||||||||||||| ||   ||||||||||||||||||| |||    
T  11011412 tcacccacaaagacgcatgccaaattaaccaaaaaccttgtctaagttttttggaggacacctctttcgactaacattccaaatgcaccaaaagatcatt 11011313  T
Q  397 aggaacaataaaattacaattaagccaacacattaactttttccaaaccctttg 450  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||||||| | ||||||||| ||||||||    
T  11011312 aggaacaataaaataacaatgaagccaacacataagctttttccacaccctttg 11011259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 453 - 502
Target Start/End: Original strand, 28782027 - 28782076
Alignment:
Q  453 tctttcaataatccgtccttacgtttttcacataacaaggttcacctttt 502  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  28782027 tctttcaataatccgtccttacgtttttcacataataaggttcacctttt 28782076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 489 - 566
Target Start/End: Original strand, 28782146 - 28782224
Alignment:
Q  489 aaggttcacctttttaaagaaccacgttattgttggg-aaacaaaagtcataccaagtaaacatttcacatcaatattt 566  Q
    |||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||| ||| |||||||||||  || |||||||||| ||||||||||    
T  28782146 aaggtttaccttttgaaagaaccaagttattgttgggaaaaaaaaagtcatactgaggaaacatttcatatcaatattt 28782224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 89; Significance: 1e-42; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 130 - 452
Target Start/End: Original strand, 40492177 - 40492500
Alignment:
Q  130 ctatctaagaagacactcgcgaggattccaacaccattcaaaaaacaagctcggcccaatcttaagcctatgcaagctccaagaccaagataaaacttta 229  Q
    |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |  ||||| ||||| || ||||||| |||||||  || ||| |  |  || |||    
T  40492177 ctatcttagaagacattcgcgaggattccaacaccattcataaaatagactcggaccaatattgagcctatacaagctc--agtccatgcgagcacctta 40492274  T
Q  230 atattctccaccacctcctcaacatcgaacgtcccattgttgaaaataatatcatttctgaccttccaaatcacccacaaagtcgcatgccaaattaacc 329  Q
    || || ||||||||||| |||||||| || |||||||| || || ||||| || || || |||||||||||||||||||| | | ||| |||||||| ||    
T  40492275 atcttttccaccacctcatcaacatcaaaagtcccattattaaatataatgtcgttcctcaccttccaaatcacccacaaggacacataccaaattagcc 40492374  T
Q  330 aaaaaccttatcggagtttactagtggacacctctttcgaccaa---tccaaatgcaccaaaagattattaggaacaataaaattacaattaagccaaca 426  Q
    |||| || |  |  |||||  ||| |||||||||| ||||||||   || |||||||| |||||||||||||||||||| |||| |||||  ||||||||    
T  40492375 aaaatccgtgcctaagttttttagaggacacctctatcgaccaacattctaaatgcacaaaaagattattaggaacaatgaaatcacaatggagccaaca 40492474  T
Q  427 cattaactttttccaaaccctttgta 452  Q
    ||| ||||||||||| || |||||||    
T  40492475 cataaactttttccatactctttgta 40492500  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 66; Significance: 7e-29; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 66; E-Value: 7e-29
Query Start/End: Original strand, 130 - 441
Target Start/End: Original strand, 35602168 - 35602483
Alignment:
Q  130 ctatctaagaagacactcgcgaggattccaacaccattcaaaaaacaagctcggcccaatcttaagcctatgcaagctccaagaccaagataaaacttta 229  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||| || ||||| || || ||||| |||||||||||||||  |||    |  ||||||    
T  35602168 ctatctaagaagacattcgcgcggattccaacaccattcataaaataaactcggaccgattttaagtctatgcaagctccaaatccacacaagcacttta 35602267  T
Q  230 atattctccaccacctcctcaacatcgaacgtcccattgttgaaaataatatcatttctgaccttccaaatcacccacaaagtcgcatgccaaatta-ac 328  Q
    || ||||| |||||||| || || || || | |||||| || || || || ||||| || |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||  |    
T  35602268 atcttctctaccacctcatcgacttcaaaagacccattattaaagatgatgtcattcctcaccttccaaatcacccacaaggacgcatgccaaattagtc 35602367  T
Q  329 caaaaaccttatcggagtttactagtggacacctctttcgaccaa---tccaaatgcaccaaaagattattaggaacaataaaattacaattaagccaac 425  Q
     ||||||| |  |  |||||  ||| |||||||||  ||||||||   ||||||||||| |||||||||| ||  ||||| |||| ||| |  |||||||    
T  35602368 aaaaaaccatccctaagtttcttagaggacacctcaatcgaccaacattccaaatgcacaaaaagattatcagagacaatgaaataacattagagccaac 35602467  T
Q  426 acattaactttttcca 441  Q
    |||| | |||||||||    
T  35602468 acataagctttttcca 35602483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University