View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19556_low_5 (Length: 458)

Name: NF19556_low_5
Description: NF19556
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19556_low_5
NF19556_low_5
[»] chr7 (12 HSPs)
chr7 (3-443)||(35938799-35939239)
chr7 (3-440)||(35981485-35981922)
chr7 (3-440)||(36002897-36003334)
chr7 (3-440)||(36217770-36218207)
chr7 (149-444)||(36221907-36222202)
chr7 (3-445)||(32727037-32727484)
chr7 (143-444)||(35957460-35957761)
chr7 (8-444)||(35976915-35977351)
chr7 (8-444)||(35998327-35998763)
chr7 (8-438)||(35946258-35946688)
chr7 (169-398)||(35951937-35952166)
chr7 (42-95)||(35957809-35957862)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (3-419)||(18117552-18117968)
chr1 (4-441)||(18125183-18125620)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (3-444)||(26328803-26329244)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 421; Significance: 0; HSPs: 12)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 421; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 3 - 443
Target Start/End: Complemental strand, 35939239 - 35938799
Alignment:
Q  3 atggattgagttgaaagatttggtaaaagttggcacagtaggatgcaaaatcattgtgacaacacgcagtaaatcgattgcttcaatgacgggcactgtt 102  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35939239 atggattgagttgaaagatttgataaaagttggcacagtagaatgcaaaatcattgtgacaacacgcagtaaatcgattgcttcaatgacgggcactgtt 35939140  T
Q  103 ccctcgtatctattacatggcctttctaaagagaacagtttatctctgtttgtcaaatcagcatttaaggaaggtgaagaagaaaaatatccaaatcttg 202  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35939139 ccctcgtatctattacatggcctttctaaagagaacagtttatctctgtttgtcaaatcagcatttaaggaaggtgaagaagaaaaatatccaaatcttg 35939040  T
Q  203 tgaagattgcaaaggaaattgtgaaaaaatgtcaaggagttccactggctgtgaaaacattaggaagttctctgttttcaaaatttgatttaaataagtg 302  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35939039 tgaagattgcaaaggaaattgtgaaaaaatgtcaaggagttccactggctgtgaaaacattaggaagttctctgttttcaaaatttgatttaaataagtg 35938940  T
Q  303 ggaatttataagagattctgagatatggaatttagaacagatgcaaaatgatattttacctgcactaaaattaagctatgatcaaataccatcctacttg 402  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  35938939 ggaatttgtaagagattctgagatatggaatttagaacagaagcaaaatgatattttacctgcactaaaattaagctatgatcaaatgccatcctacttg 35938840  T
Q  403 aggcactgttttgcttatttttccctatatcccaaagatta 443  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35938839 aggcactgttttgcttatttttccctatatcccaaagatta 35938799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 174; E-Value: 2e-93
Query Start/End: Original strand, 3 - 440
Target Start/End: Complemental strand, 35981922 - 35981485
Alignment:
Q  3 atggattgagttgaaagatttggtaaaagttggcacagtaggatgcaaaatcattgtgacaacacgcagtaaatcgattgcttcaatgacgggcactgtt 102  Q
    |||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||  ||| |||||||  | ||||| ||||| ||||| || ||| |||| |||| |||   ||||    
T  35981922 atggattgagttgaaagatttgatcaaagttggcgcagctggaagcaaaattttggtgactacacgtagtaactcaatttcttcgatgatgggtgatgtt 35981823  T
Q  103 ccctcgtatctattacatggcctttctaaagagaacagtttatctctgtttgtcaaatcagcatttaaggaaggtgaagaagaaaaatatccaaatcttg 202  Q
    ||  ||||||| ||  | || ||||||  | || |  |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| |    
T  35981822 cctccgtatcttttgaaaggtctttctccaaaggattgtttatctctgtttgtcaaatgggcatttaaggaaggtgaagaaacaaaatatccaaatctag 35981723  T
Q  203 tgaagattgcaaaggaaattgtgaaaaaatgtcaaggagttccactggctgtgaaaacattaggaagttctctgttttcaaaatttgatttaaataagtg 302  Q
    || | || | ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||    
T  35981722 tggatatcggaaaagaaattgtgaaaaaatgtcgaggagttccactagctgtcaaaacattaggaagttccctgttttcaaagcttgatttaaataagtg 35981623  T
Q  303 ggaatttataagagattctgagatatggaatttagaacagatgcaaaatgatattttacctgcactaaaattaagctatgatcaaataccatcctacttg 402  Q
    || |||| |||| ||||||||| |||||||| |||| |||| | || |||||||||||||||| || || ||||| ||||||||||| |||||||| |||    
T  35981622 ggtatttgtaagggattctgagttatggaatctagagcagaagaaagatgatattttacctgccctgaagttaagttatgatcaaatgccatcctatttg 35981523  T
Q  403 aggcactgttttgcttatttttccctatatcccaaaga 440  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  35981522 aggcagtgttttgcttacttttccctctatcccaaaga 35981485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 174; E-Value: 2e-93
Query Start/End: Original strand, 3 - 440
Target Start/End: Complemental strand, 36003334 - 36002897
Alignment:
Q  3 atggattgagttgaaagatttggtaaaagttggcacagtaggatgcaaaatcattgtgacaacacgcagtaaatcgattgcttcaatgacgggcactgtt 102  Q
    |||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||  ||| |||||||  | ||||| ||||| ||||| || ||| |||| |||| |||   ||||    
T  36003334 atggattgagttgaaagatttgatcaaagttggcgcagctggaagcaaaattttggtgactacacgtagtaactcaatttcttcgatgatgggtgatgtt 36003235  T
Q  103 ccctcgtatctattacatggcctttctaaagagaacagtttatctctgtttgtcaaatcagcatttaaggaaggtgaagaagaaaaatatccaaatcttg 202  Q
    ||  ||||||| ||  | || ||||||  | || |  |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| |    
T  36003234 cctccgtatcttttgaaaggtctttctccaaaggattgtttatctctgtttgtcaaatgggcatttaaggaaggtgaagaaacaaaatatccaaatctag 36003135  T
Q  203 tgaagattgcaaaggaaattgtgaaaaaatgtcaaggagttccactggctgtgaaaacattaggaagttctctgttttcaaaatttgatttaaataagtg 302  Q
    || | || | ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||    
T  36003134 tggatatcggaaaagaaattgtgaaaaaatgtcgaggagttccactagctgtcaaaacattaggaagttccctgttttcaaagcttgatttaaataagtg 36003035  T
Q  303 ggaatttataagagattctgagatatggaatttagaacagatgcaaaatgatattttacctgcactaaaattaagctatgatcaaataccatcctacttg 402  Q
    || |||| |||| ||||||||| |||||||| |||| |||| | || |||||||||||||||| || || ||||| ||||||||||| |||||||| |||    
T  36003034 ggtatttgtaagggattctgagttatggaatctagagcagaagaaagatgatattttacctgccctgaagttaagttatgatcaaatgccatcctatttg 36002935  T
Q  403 aggcactgttttgcttatttttccctatatcccaaaga 440  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  36002934 aggcagtgttttgcttacttttccctctatcccaaaga 36002897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 154; E-Value: 2e-81
Query Start/End: Original strand, 3 - 440
Target Start/End: Original strand, 36217770 - 36218207
Alignment:
Q  3 atggattgagttgaaagatttggtaaaagttggcacagtaggatgcaaaatcattgtgacaacacgcagtaaatcgattgcttcaatgacgggcactgtt 102  Q
    ||||||||||||| |||||||| | ||||||||  |||||||| | ||||| || ||||| ||||| || || ||  ||||||| |||| ||| ||||||    
T  36217770 atggattgagttggaagatttgatcaaagttggtgcagtaggaagtaaaattatagtgaccacacgtagcaactcagttgcttccatgatgggtactgtt 36217869  T
Q  103 ccctcgtatctattacatggcctttctaaagagaacagtttatctctgtttgtcaaatcagcatttaaggaaggtgaagaagaaaaatatccaaatcttg 202  Q
    || |||||| | ||  | || |||||   |||| |  |||| ||||||||||| ||||  ||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||| |    
T  36217870 ccttcgtatgttttggaaggtctttcgttagaggattgtttgtctctgtttgtgaaatgggcattcaaggatggagaagaagaaaaatatccaaatctag 36217969  T
Q  203 tgaagattgcaaaggaaattgtgaaaaaatgtcaaggagttccactggctgtgaaaacattaggaagttctctgttttcaaaatttgatttaaataagtg 302  Q
    || |||||| ||| ||||||||||||||||||   |||||||| |||||||||| |||  |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  36217970 tggagattggaaaagaaattgtgaaaaaatgtgctggagttccgctggctgtgagaacggtaggaagttctctgttctcaaaatttgatttagataagtg 36218069  T
Q  303 ggaatttataagagattctgagatatggaatttagaacagatgcaaaatgatattttacctgcactaaaattaagctatgatcaaataccatcctacttg 402  Q
    |  |||| |||||||   ||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||| ||  ||    
T  36218070 gttatttgtaagagaccatgagatatggaatttagaacagaagaaagatgatattttacctgctttaaaattaagctatgatcaaatgccatcatatctg 36218169  T
Q  403 aggcactgttttgcttatttttccctatatcccaaaga 440  Q
    || || |||||||||| ||||||| | |||||||||||    
T  36218170 agacaatgttttgcttgtttttccttgtatcccaaaga 36218207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 144; E-Value: 2e-75
Query Start/End: Original strand, 149 - 444
Target Start/End: Original strand, 36221907 - 36222202
Alignment:
Q  149 tgtttgtcaaatcagcatttaaggaaggtgaagaagaaaaatatccaaatcttgtgaagattgcaaaggaaattgtgaaaaaatgtcaaggagttccact 248  Q
    ||||||| ||||  |||||||| || || ||||||||||||||| ||||||| ||| |||||| ||| ||||||||||||||||||   |||||||| ||    
T  36221907 tgtttgtgaaatgggcatttaaagacggagaagaagaaaaatattcaaatctagtggagattggaaaagaaattgtgaaaaaatgtgctggagttccgct 36222006  T
Q  249 ggctgtgaaaacattaggaagttctctgttttcaaaatttgatttaaataagtgggaatttataagagattctgagatatggaatttagaacagatgcaa 348  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||  |||||||   |||||| ||||| |||||||| | | ||    
T  36222007 ggctgtcaaaacattaggaagttctctgttatcaaaatttgatttaaataagtggatattcgtaagagaccatgagatttggaacttagaacaaaagaaa 36222106  T
Q  349 aatgatattttacctgcactaaaattaagctatgatcaaataccatcctacttgaggcactgttttgcttatttttccctatatcccaaagattat 444  Q
      |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  36222107 ggtgatattttacctgcattaaaattaagctatgatgaaatgccatcctatttgaggcattgttttgcttatttttccttgtatcccaaagattat 36222202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 140; E-Value: 4e-73
Query Start/End: Original strand, 3 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 32727484 - 32727037
Alignment:
Q  3 atggattgagttgaaagatttggtaaaagttggcacagtaggatgcaaaatcattgtgacaacacgcagtaaatcgattgcttcaatgacgggcactgtt 102  Q
    |||||||||||||| ||||||| ||||||| ||  ||| |||| |||||||||| ||||| ||||| || || ||  |||||||||||| ||| ||| ||    
T  32727484 atggattgagttgatagatttgataaaagtcggtgcagcaggaagcaaaatcatagtgacgacacgtagcaactcatttgcttcaatgatgggtactatt 32727385  T
Q  103 ccctcgtatctattacatggcctttctaaagagaacagtttatctct-----gtttgtcaaatcagcatttaaggaaggtgaagaagaaaaatatccaaa 197  Q
    ||||||||  | ||  | || ||||||  ||   |  |||||||| |     |||||||||||  ||||||||||||||||||| ||  ||||||||| |    
T  32727384 ccctcgtacgttttggaaggtctttctctaggagattgtttatctttaatttgtttgtcaaatgggcatttaaggaaggtgaagtagttaaatatccaga 32727285  T
Q  198 tcttgtgaagattgcaaaggaaattgtgaaaaaatgtcaaggagttccactggctgtgaaaacattaggaagttctctgttttcaaaatttgatttaaat 297  Q
    ||| ||| | ||||  || ||||||||||||||||||  ||| ||||||||  |||||| ||||||| |||||||  | || ||||||| ||||||||||    
T  32727284 tctcgtgcatattggcaaagaaattgtgaaaaaatgtgcaggggttccactttctgtgagaacattacgaagttccttattctcaaaatatgatttaaat 32727185  T
Q  298 aagtgggaatttataagagattctgagatatggaatttagaacagatgcaaaatgatattttacctgcactaaaattaagctatgatcaaataccatcct 397  Q
    ||||||  |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||| |||||||    
T  32727184 aagtggatatttgtgagagattctgagatatggaatttagaacagaagaaagatgatattttacctgcattgaagttaagctatgatcaaatgccatcct 32727085  T
Q  398 acttgaggcactgttttgcttatttttccctatatcccaaagattatg 445  Q
    | |||||||| ||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||    
T  32727084 atttgaggcaatgttttgctttcttttccctttatcccaaagattatg 32727037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 130; E-Value: 3e-67
Query Start/End: Original strand, 143 - 444
Target Start/End: Complemental strand, 35957761 - 35957460
Alignment:
Q  143 tatctctgtttgtcaaatcagcatttaaggaaggtgaagaagaaaaatatccaaatcttgtgaagattgcaaaggaaattgtgaaaaaatgtcaaggagt 242  Q
    ||||||||||||||||||  ||||| |||||||| |||||| |||| ||||||||||  ||  |||||| ||| ||||||||||||||||| ||||| ||    
T  35957761 tatctctgtttgtcaaatgggcattcaaggaaggcgaagaaaaaaattatccaaatcaagtagagattggaaaagaaattgtgaaaaaatgccaaggggt 35957662  T
Q  243 tccactggctgtgaaaacattaggaagttctctgttttcaaaatttgatttaaataagtgggaatttataagagattctgagatatggaatttagaacag 342  Q
    |||||| || |||| ||| |||| ||||||||| || ||||| |||||| ||| ||||||||||||| | || || |||||||| ||||||||||||||     
T  35957661 tccactagccgtgagaactttagcaagttctctcttctcaaactttgatataagtaagtgggaatttgttagggactctgagatgtggaatttagaacaa 35957562  T
Q  343 atgcaaaatgatattttacctgcactaaaattaagctatgatcaaataccatcctacttgaggcactgttttgcttatttttccctatatcccaaagatt 442  Q
    | |   ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||  |||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  35957561 aagattaatgatattttacctgcgctaaaattaagttatgatcaaatgccatcatatctgagacaatgttttgcttatttttccctttatcccaaagatt 35957462  T
Q  443 at 444  Q
    ||    
T  35957461 at 35957460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 8 - 444
Target Start/End: Complemental strand, 35977351 - 35976915
Alignment:
Q  8 ttgagttgaaagatttggtaaaagttggcacagtaggatgcaaaatcattgtgacaacacgcagtaaatcgattgcttcaatgacgggcactgttccctc 107  Q
    |||| |||||||||||| ||||||||||  ||  |||| ||||||| || ||||||||||| ||||| || |||||||| |||| |||   ||||||  |    
T  35977351 ttgaattgaaagatttgataaaagttggtgcaccaggaagcaaaattatcgtgacaacacgtagtaactcaattgcttcgatgatgggtgatgttcctcc 35977252  T
Q  108 gtatctattacatggcctttctaaagagaacagtttatctctgtttgtcaaatcagcatttaaggaaggtgaagaagaaaaatatccaaatcttgtgaag 207  Q
     ||||| ||  | || ||||||  | || |  |||||||||||||||||||||  || || |||||||| |||||| |||||||||||||||| ||  ||    
T  35977251 atatcttttgaaaggtctttctccaaaggattgtttatctctgtttgtcaaatgggcgttcaaggaaggcgaagaaaaaaaatatccaaatctagtagag 35977152  T
Q  208 attgcaaaggaaattgtgaaaaaatgtcaaggagttccactggctgtgaaaacattaggaagttctctgttttcaaaatttgatttaaataagtgggaat 307  Q
    || | ||| |||||||| ||||| || ||||| ||||| || ||||||| |||||||||||||||||| || ||||| |||||| |||  ||||||||||    
T  35977151 atcggaaaagaaattgtaaaaaagtgccaaggggttccgctagctgtgagaacattaggaagttctctcttctcaaactttgatataagcaagtgggaat 35977052  T
Q  308 ttataagagattctgagatatggaatttagaacagatgcaaaatgatattttacctgcactaaaattaagctatgatcaaataccatcctacttgaggca 407  Q
    |  | || || |||||||| |||||||||||||| | | || ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||  |||| ||    
T  35977051 tcgttagggactctgagatgtggaatttagaacaaaagaaagatggtattttacctgcgctaaaattaagctatgatcaaatgccatcatatatgagaca 35976952  T
Q  408 ctgttttgcttatttttccctatatcccaaagattat 444  Q
     ||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||    
T  35976951 atgttttgtttatatttccctttatcccaaagattat 35976915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 8 - 444
Target Start/End: Complemental strand, 35998763 - 35998327
Alignment:
Q  8 ttgagttgaaagatttggtaaaagttggcacagtaggatgcaaaatcattgtgacaacacgcagtaaatcgattgcttcaatgacgggcactgttccctc 107  Q
    |||| |||||||||||| ||||||||||  ||  |||| ||||||| || ||||||||||| ||||| || |||||||| |||| |||   ||||||  |    
T  35998763 ttgaattgaaagatttgataaaagttggtgcaccaggaagcaaaattatcgtgacaacacgtagtaactcaattgcttcgatgatgggtgatgttcctcc 35998664  T
Q  108 gtatctattacatggcctttctaaagagaacagtttatctctgtttgtcaaatcagcatttaaggaaggtgaagaagaaaaatatccaaatcttgtgaag 207  Q
     ||||| ||  | || ||||||  | || |  |||||||||||||||||||||  || || |||||||| |||||| |||||||||||||||| ||  ||    
T  35998663 atatcttttgaaaggtctttctccaaaggattgtttatctctgtttgtcaaatgggcgttcaaggaaggcgaagaaaaaaaatatccaaatctagtagag 35998564  T
Q  208 attgcaaaggaaattgtgaaaaaatgtcaaggagttccactggctgtgaaaacattaggaagttctctgttttcaaaatttgatttaaataagtgggaat 307  Q
    || | ||| |||||||| ||||| || ||||| ||||| || ||||||| |||||||||||||||||| || ||||| |||||| |||  ||||||||||    
T  35998563 atcggaaaagaaattgtaaaaaagtgccaaggggttccgctagctgtgagaacattaggaagttctctcttctcaaactttgatataagcaagtgggaat 35998464  T
Q  308 ttataagagattctgagatatggaatttagaacagatgcaaaatgatattttacctgcactaaaattaagctatgatcaaataccatcctacttgaggca 407  Q
    |  | || || |||||||| |||||||||||||| | | || ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||  |||| ||    
T  35998463 tcgttagggactctgagatgtggaatttagaacaaaagaaagatggtattttacctgcgctaaaattaagctatgatcaaatgccatcatatatgagaca 35998364  T
Q  408 ctgttttgcttatttttccctatatcccaaagattat 444  Q
     ||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||    
T  35998363 atgttttgtttatatttccctttatcccaaagattat 35998327  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 8 - 438
Target Start/End: Complemental strand, 35946688 - 35946258
Alignment:
Q  8 ttgagttgaaagatttggtaaaagttggcacagtaggatgcaaaatcattgtgacaacacgcagtaaatcgattgcttcaatgacgggcactgttccctc 107  Q
    |||| |||||||||||| ||||||||||  ||  |||| ||||||| || |||||||||||||||||  | |||||||| |||| |||   ||||||  |    
T  35946688 ttgaattgaaagatttgataaaagttggtgcaccaggaagcaaaattatggtgacaacacgcagtaacgcaattgcttcgatgatgggtgatgttcctcc 35946589  T
Q  108 gtatctattacatggcctttctaaagagaacagtttatctctgtttgtcaaatcagcatttaaggaaggtgaagaagaaaaatatccaaatcttgtgaag 207  Q
     ||| | ||  | || ||||||  | ||||  |||| ||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||   |    
T  35946588 atatattttggaaggtctttctccaaagaattgtttgtctctgtttgtcaaatgggcattcaaggaaggtgaagaaaaaaagtatccaaatctagtagcg 35946489  T
Q  208 attgcaaaggaaattgtgaaaaaatgtcaaggagttccactggctgtgaaaacattaggaagttctctgttttcaaaatttgatttaaataagtgggaat 307  Q
    || | ||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||| || |||| |||||||| ||||||||| || ||||| |||||| ||| |||||||||||    
T  35946488 ataggaaaagaaattgtgaaaaaatgccaaggggttccactagccgtgagaacattagcaagttctctcttctcaaactttgatataagtaagtgggaat 35946389  T
Q  308 ttataagagattctgagatatggaatttagaacagatgcaaaatgatattttacctgcactaaaattaagctatgatcaaataccatcctacttgaggca 407  Q
    |  | || || |||||||| |||||||||||||| | | || ||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||  | || ||    
T  35946388 tcgttagggactctgagatgtggaatttagaacaaaagaaagatgatatcttacctgcgctaaaattaagttatgatcaaatgccatcatatctaagaca 35946289  T
Q  408 ctgttttgcttatttttccctatatcccaaa 438  Q
     ||||||||||||||||| || | |||||||    
T  35946288 atgttttgcttatttttctctttttcccaaa 35946258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 169 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 35952166 - 35951937
Alignment:
Q  169 aaggaaggtgaagaagaaaaatatccaaatcttgtgaagattgcaaaggaaattgtgaaaaaatgtcaaggagttccactggctgtgaaaacattaggaa 268  Q
    ||||| || |||||| |||||||||||||||| ||  |||||| ||| || | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||    
T  35952166 aaggatggcgaagaaaaaaaatatccaaatctagtagagattggaaaagatactgtgaaaaaatgtcaaggggttccactggctgtgaaatcattgggaa 35952067  T
Q  269 gttctctgttttcaaaatttgatttaaataagtgggaatttataagagattctgagatatggaatttagaacagatgcaaaatgatattttacctgcact 368  Q
    |||| || || ||||| || ||||||| ||||||||||||| | ||||| ||||  || ||||||||||||||   | || |||||||||||||||| ||    
T  35952066 gttccctcttctcaaacttcgatttaagtaagtgggaatttgtcagagactctgctatttggaatttagaacaacagaaagatgatattttacctgccct 35951967  T
Q  369 aaaattaagctatgatcaaataccatccta 398  Q
     ||||||||||||||||||||  |||||||    
T  35951966 gaaattaagctatgatcaaatgtcatccta 35951937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 42 - 95
Target Start/End: Complemental strand, 35957862 - 35957809
Alignment:
Q  42 aggatgcaaaatcattgtgacaacacgcagtaaatcgattgcttcaatgacggg 95  Q
    |||| ||||||| || ||||||||||||||||| || ||||||||||||| |||    
T  35957862 aggaagcaaaattatcgtgacaacacgcagtaactcaattgcttcaatgatggg 35957809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 169; Significance: 2e-90; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 169; E-Value: 2e-90
Query Start/End: Original strand, 3 - 419
Target Start/End: Complemental strand, 18117968 - 18117552
Alignment:
Q  3 atggattgagttgaaagatttggtaaaagttggcacagtaggatgcaaaatcattgtgacaacacgcagtaaatcgattgcttcaatgacgggcactgtt 102  Q
    |||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||| |||| | |||||||||||| || || ||||| || |||| ||| ||||||    
T  18117968 atggatcgagttgaaagatttgattaaagttggcacagtaggaagcaaagtcatggcgacaacacgcagcaactcaattgcatcgatgatgggtactgtt 18117869  T
Q  103 ccctcgtatctattacatggcctttctaaagagaacagtttatctctgtttgtcaaatcagcatttaaggaaggtgaagaagaaaaatatccaaatcttg 202  Q
    ||||| ||| | ||| | ||||||||||  || ||| |||||||| ||||||| ||||  ||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||| |    
T  18117868 ccctcctatgttttaaaaggcctttctattgaaaactgtttatctttgtttgtgaaatgggcattcaaggaaggcgaagaagacaaatatccaaatctag 18117769  T
Q  203 tgaagattgcaaaggaaattgtgaaaaaatgtcaaggagttccactggctgtgaaaacattaggaagttctctgttttcaaaatttgatttaaataagtg 302  Q
    |  |||| | ||| ||||||||||| |||||    || |||||||| |  |||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  18117768 ttgagataggaaaagaaattgtgaagaaatgcgcgggggttccactcgtcgtgagaacattaggaagctgtctgttttcaaaatttgatttaaataaatg 18117669  T
Q  303 ggaatttataagagattctgagatatggaatttagaacagatgcaaaatgatattttacctgcactaaaattaagctatgatcaaataccatcctacttg 402  Q
    |||| ||  |||||| |||||||| |||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||     
T  18117668 ggaacttgcaagagactctgagatgtggactttagaacaaaagcaaaatgatattttacctgcactaaaattaagctatgataaaatgccatcctattta 18117569  T
Q  403 aggcactgttttgctta 419  Q
    |||||||| ||||||||    
T  18117568 aggcactgctttgctta 18117552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 154; E-Value: 2e-81
Query Start/End: Original strand, 4 - 441
Target Start/End: Complemental strand, 18125620 - 18125183
Alignment:
Q  4 tggattgagttgaaagatttggtaaaagttggcacagtaggatgcaaaatcattgtgacaacacgcagtaaatcgattgcttcaatgacgggcactgttc 103  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||  |||| ||||||| || ||||||||||| | ||| || |||||||| |||| ||| | |||||    
T  18125620 tggatcgagttgaaagatttgataaaagttggcacaagaggaagcaaaattatggtgacaacacgtaataactcaattgcttcgatgatgggtaatgttc 18125521  T
Q  104 cctcgtatctattacatggcctttctaaagagaacagtttatctctgtttgtcaaatcagcatttaaggaaggtgaagaagaaaaatatccaaatcttgt 203  Q
    |||| ||| | || || || ||||||    || |  |||||||||| ||||||||||  ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||    
T  18125520 cctcatatgttttgcaaggtctttctttgaaggattgtttatctctatttgtcaaatgggcattcaaggaaggcgaagaagaaaaatatccaaatctagt 18125421  T
Q  204 gaagattgcaaaggaaattgtgaaaaaatgtcaaggagttccactggctgtgaaaacattaggaagttctctgttttcaaaatttgatttaaataagtgg 303  Q
      |||| | ||| || |||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| | ||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||  |||    
T  18125420 agagataggaaaagagattgtgaaaaaatgccaaggggttccactagctgttagaacattaggaagttccctattctcaaaatttgatttaaatacatgg 18125321  T
Q  304 gaatttataagagattctgagatatggaatttagaacagatgcaaaatgatattttacctgcactaaaattaagctatgatcaaataccatcctacttga 403  Q
      |||| |||||||||||||| | ||||||||| |||||    || ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||| || |    
T  18125320 atatttgtaagagattctgagctgtggaatttaaaacagcaaaaagatgatattttacctgcactaaaattgagctatgaccaaatgccatcctatttaa 18125221  T
Q  404 ggcactgttttgcttatttttccctatatcccaaagat 441  Q
    |||| || ||||||||||| ||||| ||||| ||||||    
T  18125220 ggcaatgctttgcttatttctccctttatcctaaagat 18125183  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 98; Significance: 4e-48; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 98; E-Value: 4e-48
Query Start/End: Original strand, 3 - 444
Target Start/End: Original strand, 26328803 - 26329244
Alignment:
Q  3 atggattgagttgaaagatttggtaaaagttggcacagtaggatgcaaaatcattgtgacaacacgcagtaaatcgattgcttcaatgacgggcactgtt 102  Q
    ||||||||||||||||||| || ||||||||||  |||||| | |||||||| | ||||||||||| ||||| | ||||||||| |||| ||| || |||    
T  26328803 atggattgagttgaaagatctgataaaagttggtgcagtagaaagcaaaatcttagtgacaacacgtagtaacttgattgcttcgatgatgggaacggtt 26328902  T
Q  103 ccctcgtatctattacatggcctttctaaagagaacagtttatctctgtttgtcaaatcagcatttaaggaaggtgaagaagaaaaatatccaaatcttg 202  Q
    |||  ||||   ||| | || ||||||   || ||  |||| ||||| ||||||||||  |||||||||||||| ||||||| ||| |||||| ||||      
T  26328903 cccatgtatactttaaaaggtctttctttggataattgtttgtctctctttgtcaaatgggcatttaaggaaggagaagaagtaaagtatccacatctat 26329002  T
Q  203 tgaagattgcaaaggaaattgtgaaaaaatgtcaaggagttccactggctgtgaaaacattaggaagttctctgttttcaaaatttgatttaaataagtg 302  Q
     | |||||| ||| || || | ||||||||| | |||  ||||| | || |||||||| ||||||||||| || || ||||||||||||||| |||||||    
T  26329003 cggagattggaaaagatatagcgaaaaaatgccgagggattccattagcagtgaaaacgttaggaagttcactcttctcaaaatttgatttagataagtg 26329102  T
Q  303 ggaatttataagagattctgagatatggaatttagaacagatgcaaaatgatattttacctgcactaaaattaagctatgatcaaataccatcctacttg 402  Q
    | | ||  | || || ||  | ||||||||||||   || |   || |||||||||||||||  || || ||||||||||||||||| |||||||| |||    
T  26329103 gaagttcgtcagggactcccaaatatggaatttaaggcaaaacaaagatgatattttacctgtgcttaagttaagctatgatcaaatgccatcctatttg 26329202  T
Q  403 aggcactgttttgcttatttttccctatatcccaaagattat 444  Q
    || || |||||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  26329203 agacattgttttgcttatttttccctttttcccaaagattat 26329244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University