View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19564_high_2 (Length: 800)

Name: NF19564_high_2
Description: NF19564
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19564_high_2
NF19564_high_2
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (11-783)||(6351924-6352694)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 697; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 697; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 783
Target Start/End: Original strand, 6351924 - 6352694
Alignment:
Q  11 aagaatatacaaaggtgtagctaaaatgtgatggctcaggagtagggctccgtaattttgtgtgaattacttcaaataatttagaatgaatagtaatgga 110  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6351924 aagaatatacaaaggtgtaactaaaatgtgatggctcaggagtagggctccgtaattttgtgtgaattacttcaaataatttagaatgaatagtaatgga 6352023  T
Q  111 aagtggagtatgtaatcgatgtgatttaccaacacagcaagaattacaaaaaccataaagttctttactagcaattggtatattacagatggaaattaca 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6352024 aagtggagtatgtaatcgatgtgatttaccaacacagcaagaattacaaaaaccataaagttctttactagcaattggtatattacagatggaaattaca 6352123  T
Q  211 tttttgacaaattgaccattagcatggcctagctagcataccaaatggatttacttgataccaaagtagaatcatatgttgcattttattacaaatgaca 310  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  6352124 tttttgacaa-ttgaccattagcatggcctagctagcataccaaatggatttacttgataccaaagtagaatcatagtttgcattttattacaaatgaca 6352222  T
Q  311 gaattattatttgacgtaacgcctaaagtataaggagatgaatgcactgagagcttagtcacatggcaggaagatcctttgataacattgagatgtgaga 410  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6352223 gaattattatttgacgtaacgcctaaagtataaggagatgaatgcagtgagagcttagtcacatggcaggaagatcctttgataacattgagatgtgaga 6352322  T
Q  411 agtatacaagccattgcacctagggatccacgagtgtttgctttgtggcgtgtgatttcacaaacacactgcattattcttagcaaatttagacattgac 510  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6352323 agtatacaagccattgcacctagggatccacgagcgcttgctttgttgcgtgtgatttcacaaacacactgcattattcttagcaaatttagacattgac 6352422  T
Q  511 atcaaatttttggtaaaagaagcaacatgaagataaagaagttgatttaaataacacagaaatatnnnnnnnnttaaatcgaggctttaattgcggtgat 610  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||||| ||    
T  6352423 atcaaatttttggtaaaagaagcaacatgaagataaagaagttgatttaaataacacagaaatataaaaaaaattaaatcgaggctttaattgcggtcat 6352522  T
Q  611 agactgcaatttaaaaccatgttgaggtctacttcatttgctttgcggttggcgtcgcatgtagtagctgtaagcctgataaaggatagtcaccacagca 710  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6352523 -gactgcaatttaaaaccatgttgaggtctacttcatttgctttgcgggtggcgtcgcatgtagtagctgtaagcctgataaaggatagtcaccacagca 6352621  T
Q  711 acaacaaatccgcaagcagacaaaaacatggcggtgaagagaaagaaaagtgtcgcggttggaatccatatgg 783  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6352622 acaacaaatccgcaagcagacaaaaacatggcggtgaagagaaagaaaagtgtcgcggttggaatccatatgg 6352694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University