View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19567_low_6 (Length: 426)

Name: NF19567_low_6
Description: NF19567
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19567_low_6
NF19567_low_6
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (8-413)||(25708512-25708929)
[»] chr5 (17 HSPs)
chr5 (154-309)||(31279200-31279355)
chr5 (153-309)||(31643595-31643751)
chr5 (93-352)||(31407094-31407353)
chr5 (93-324)||(40843023-40843254)
chr5 (94-363)||(31317519-31317788)
chr5 (93-324)||(31475641-31475872)
chr5 (166-352)||(31505568-31505754)
chr5 (153-324)||(31281652-31281823)
chr5 (93-324)||(31284877-31285108)
chr5 (93-339)||(31493817-31494063)
chr5 (172-339)||(31395998-31396165)
chr5 (172-339)||(31416231-31416398)
chr5 (155-224)||(31368794-31368863)
chr5 (174-318)||(31330168-31330315)
chr5 (174-309)||(31313490-31313628)
chr5 (193-266)||(31387558-31387631)
chr5 (280-324)||(31288809-31288853)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (172-260)||(8039376-8039464)
chr4 (194-272)||(6030052-6030133)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 344; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 344; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 413
Target Start/End: Original strand, 25708512 - 25708929
Alignment:
Q  8 agataatactttacagtgttataagtttcataatctgtcttatgattttgtatccaaaggtatggcaatcatccagaggtctgtagttcaaagctcatac 107  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  25708512 agataattctttacagtgttataagtttcataatctgtcttatgattttgtatccaaaggtatggcaatcatccagaggtctgaagttcaaagctcatac 25708611  T
Q  108 cgccttttttgttttgaccctcacctcagtttattcttttatatatgataaagtggtgaatgagaaaccagatgcttatagcctcatttcatgtgctgcc 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25708612 cgccttttttgttttgaccctcacctcagtttattcttttatatatgataaagtggtgaatgagaaaccagatgcttatagcctcatttcatgtgctgcc 25708711  T
Q  208 tttgctatcatgtcactcagtttgtc------------gagacaaactcagtgcggatttgaagttgatcttctttannnnnnncttggatgtctaattg 295  Q
    ||||||||||||||||||||||||||            ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||    
T  25708712 tttgctatcatgtcactcagtttgtcgagacaaactgagagacaaactcagtgtggatttgaagttgatcttctttatttttttcttggatgtctaattg 25708811  T
Q  296 tgcaactcatgaaggtaaaattgcagttagctgttgttggagttggtttcagctatttcgttatcatttttcgctctgccttttcttcttcagcagcaag 395  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25708812 tgcaactcatgaaggtaaaattgcagttagctgttgttggagttggtttcagctatttcgttatcatttttcgctctgccttttcttcttcagcagcaag 25708911  T
Q  396 aaacggttatgctgggct 413  Q
    ||||||||||||||||||    
T  25708912 aaacggttatgctgggct 25708929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 91; Significance: 6e-44; HSPs: 17)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 91; E-Value: 6e-44
Query Start/End: Original strand, 154 - 309
Target Start/End: Complemental strand, 31279355 - 31279200
Alignment:
Q  154 gataaagtggtgaatgagaaaccagatgcttatagcctcatttcatgtgctgcctttgctatcatgtcactcagtttgtcgagacaaactcagtgcggat 253  Q
    |||||| || |||||| |||||| ||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||    
T  31279355 gataaattgatgaatgggaaacctgatggatatagcctcatttcatgtgcttcctttgctatcatgtcacttagtttgtcgcggcaaactcagtgcggat 31279256  T
Q  254 ttgaagttgatcttctttannnnnnncttggatgtctaattgtgcaactcatgaag 309  Q
    |||||||||||||||||||       ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  31279255 ttgaagttgatcttctttacttttttcttggatgtctaattgtacaactcatgaag 31279200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 88; E-Value: 4e-42
Query Start/End: Original strand, 153 - 309
Target Start/End: Complemental strand, 31643751 - 31643595
Alignment:
Q  153 tgataaagtggtgaatgagaaaccagatgcttatagcctcatttcatgtgctgcctttgctatcatgtcactcagtttgtcgagacaaactcagtgcgga 252  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||| ||||||||    
T  31643751 tgataaagtggtgaatggaaaaccagatgcatatagcctcatttcttgtgcttcctttgctatcatgtcacttagtttgtcgacgcaaactgagtgcgga 31643652  T
Q  253 tttgaagttgatcttctttannnnnnncttggatgtctaattgtgcaactcatgaag 309  Q
    |||||| | |||||||||||       ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  31643651 tttgaattcgatcttctttactttttccttggatgtctaattgtccaactcatgaag 31643595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 93 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 31407353 - 31407094
Alignment:
Q  93 gttcaaagctcataccgccttttttgttttgaccctcacctcagtttattcttttatatatgataaagtggtgaatgagaaaccagatgcttatagcctc 192  Q
    ||||||||||||||| || ||||| || |||||  ||||||| || ||||| ||| | | |||||||||||||||||  ||||||||||| |||||| |     
T  31407353 gttcaaagctcatacagcttttttagtattgacaatcacctctgtctattcatttttctttgataaagtggtgaatggaaaaccagatgcatatagcttg 31407254  T
Q  193 atttcatgtgctgcctttgctatcatgtcactcagtttgtcgagacaaactcagtgcggatttgaagttgatcttctttannnnnnncttggatgtctaa 292  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||| | || ||||| || ||| ||||||| ||| | ||||| |||||||||||       |||||||||||||    
T  31407253 atttcatgtgccgcctttgctatcatgtcaatgagcttgtcaaggcaatctcagtgtggaatcgaagtggatcttctttactttttccttggatgtctaa 31407154  T
Q  293 ttgtgcaactcatgaaggtaaaattgcagttagctgttgttggagttggtttcagctatt 352  Q
    || |||||||||||||| | ||| |||| ||||   |||||||||  |||||||||||||    
T  31407153 ttatgcaactcatgaagattaaactgcaattagtcattgttggagcaggtttcagctatt 31407094  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 93 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 40843254 - 40843023
Alignment:
Q  93 gttcaaagctcataccgccttttttgttttgaccctcacctcagtttattcttttatatatgataaagtggtgaatgagaaaccagatgcttatagcctc 192  Q
    ||||||||||||||| || ||||| || |||||  ||||||| || ||||| |||   |  ||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||    
T  40843254 gttcaaagctcatacagcttttttagtattgacaatcacctctgtctattcgttttacttcgataaagtggtaaatggaaaaccagatgcttatagcctc 40843155  T
Q  193 atttcatgtgctgcctttgctatcatgtcactcagtttgtcgagacaaactcagtgcggatttgaagttgatcttctttannnnnnncttggatgtctaa 292  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||| || ||||| ||||| |||||||||||       |||||||||||||    
T  40843154 atttcttgtgctgcctttgctatcatgtcactgagtttgtcgaggcaatctcattgtggattcgaagtggatcttctttacttttttcttggatgtctaa 40843055  T
Q  293 ttgtgcaactcatgaaggtaaaattgcagtta 324  Q
     ||||  |||||||||| | ||||| ||||||    
T  40843054 ctgtgttactcatgaagattaaattccagtta 40843023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 94 - 363
Target Start/End: Original strand, 31317519 - 31317788
Alignment:
Q  94 ttcaaagctcataccgccttttttgttttgaccctcacctcagtttattcttttatatatgataaagtggtgaatgagaaaccagatgcttatagcctca 193  Q
    |||||||||||| | || ||| | || ||||| ||||| ||| | ||||| ||| | | |||||||||  |||||| |||||||||||| |||||  | |    
T  31317519 ttcaaagctcattcggcatttctggtattgacactcacttcaatctattcctttttctttgataaagtcatgaatgggaaaccagatgcatatagtttaa 31317618  T
Q  194 tttcatgtgctgcctttgctatcatgtcactcagtttgtcgagacaaactcagtgcggatttgaagttgatcttctttannnnnnncttggatgtctaat 293  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| || ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||       || |||||||||||    
T  31317619 tttcatgtgctgcctttgctattatgtcacttagtttgtcaaggcaaactcagtggggatttgaaattgatcttctttattttttcctgggatgtctaat 31317718  T
Q  294 tgtgcaactcatgaaggtaaaattgcagttagctgttgttggagttggtttcagctatttcgttatcatt 363  Q
    ||| |||||||||||| | || |||||||||    || |||||| |||||| ||||||| | ||||||||    
T  31317719 tgttcaactcatgaagattaagttgcagttattaattcttggagctggttttagctattgccttatcatt 31317788  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 93 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 31475872 - 31475641
Alignment:
Q  93 gttcaaagctcataccgccttttttgttttgaccctcacctcagtttattcttttatatatgataaagtggtgaatgagaaaccagatgcttatagcctc 192  Q
    ||||||||||||||| || ||||| || |||||  ||||||| || ||||| |||   |  ||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||    
T  31475872 gttcaaagctcatacagcttttttagtattgacaatcacctctgtctattcattttacttcgataaagtggtaaatggaaaaccagatgcttatagcctc 31475773  T
Q  193 atttcatgtgctgcctttgctatcatgtcactcagtttgtcgagacaaactcagtgcggatttgaagttgatcttctttannnnnnncttggatgtctaa 292  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||| ||||||| ||||| ||||| |||||||||||       || ||||||||||    
T  31475772 atttcttgtgctgcctttgctatcatgtcactgagtttctcgaggcaatctcagtgtggattcgaagtggatcttctttacttttttctcggatgtctaa 31475673  T
Q  293 ttgtgcaactcatgaaggtaaaattgcagtta 324  Q
     ||||  |||||||||| | |||||| |||||    
T  31475672 ctgtgttactcatgaagattaaattggagtta 31475641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 166 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 31505754 - 31505568
Alignment:
Q  166 aatgagaaaccagatgcttatagcctcatttcatgtgctgcctttgctatcatgtcactcagtttgtcgagacaaactcagtgcggatttgaagttgatc 265  Q
    |||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||| || ||||    
T  31505754 aatgggaaaccagatgcatatagcctcatttcaagtgcttcctttgctatcatgtcgctcagtttgtcgcggcaaactcagtgcggatttgaggtggatc 31505655  T
Q  266 ttctttannnnnnncttggatgtctaattgtgcaactcatgaaggtaaaattgcagttagctgttgttggagttggtttcagctatt 352  Q
    |||||||       || |||||| ||||||| ||||| |||||| | ||||||||||||    ||||||||| ||||||||| ||||    
T  31505654 ttctttacttttttctcggatgtttaattgtacaactaatgaagattaaattgcagttattcattgttggagctggtttcagttatt 31505568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 79; E-Value: 9e-37
Query Start/End: Original strand, 153 - 324
Target Start/End: Original strand, 31281652 - 31281823
Alignment:
Q  153 tgataaagtggtgaatgagaaaccagatgcttatagcctcatttcatgtgctgcctttgctatcatgtcactcagtttgtcgagacaaactcagtgcgga 252  Q
    |||||||||| ||||||  ||||||||||| || || || ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||  || |||||||||||||||    
T  31281652 tgataaagtgatgaatggaaaaccagatgcatacagtctaatttcatgtgccgcctttgctatcatgtcactaagtttgttaaggcaaactcagtgcgga 31281751  T
Q  253 tttgaagttgatcttctttannnnnnncttggatgtctaattgtgcaactcatgaaggtaaaattgcagtta 324  Q
    || | ||| |||||||||||       || |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  31281752 ttcgtagtggatcttctttacatttttctcggatgtttaattgtgcaactcatgaaggttaaattgcagtta 31281823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 79; E-Value: 9e-37
Query Start/End: Original strand, 93 - 324
Target Start/End: Original strand, 31284877 - 31285108
Alignment:
Q  93 gttcaaagctcataccgccttttttgttttgaccctcacctcagtttattcttttatatatgataaagtggtgaatgagaaaccagatgcttatagcctc 192  Q
    ||||||||||||| | || ||||| || |||||  |||||||| | ||||| ||| | | ||||||||| || ||||  ||||||||||| |||||||||    
T  31284877 gttcaaagctcatgctgcgtttttggtattgacaatcacctcattatattcatttttctttgataaagtagttaatggaaaaccagatgcatatagcctc 31284976  T
Q  193 atttcatgtgctgcctttgctatcatgtcactcagtttgtcgagacaaactcagtgcggatttgaagttgatcttctttannnnnnncttggatgtctaa 292  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||||| | | ||||||||  | |||||||| |||||||||||||| ||| |||||||       || |||||| |||    
T  31284977 atttcatgtgcttccttttctatcatgttaatgagtttgtcacggcaaactcaatgcggatttgaagtcgattttctttacttttttctcggatgtttaa 31285076  T
Q  293 ttgtgcaactcatgaaggtaaaattgcagtta 324  Q
    ||||||||||||||||| | ||||||||||||    
T  31285077 ttgtgcaactcatgaagattaaattgcagtta 31285108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 93 - 339
Target Start/End: Complemental strand, 31494063 - 31493817
Alignment:
Q  93 gttcaaagctcataccgccttttttgttttgaccctcacctcagtttattcttttatatatgataaagtggtgaatgagaaaccagatgcttatagcctc 192  Q
    ||||||||||||||| || ||| | || || ||  ||||||| || ||||| ||| | | || ||||||||||||||  ||||||||||| ||||| ||     
T  31494063 gttcaaagctcatacagcttttctggtattaacaatcacctctgtctattcatttttctttggtaaagtggtgaatggaaaaccagatgcatatagtcta 31493964  T
Q  193 atttcatgtgctgcctttgctatcatgtcactcagtttgtcgagacaaactcagtgcggatttgaagttgatcttctttannnnnnncttggatgtctaa 292  Q
    ||  ||||||||||||||||||||||||| || || |||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||| ||||       || |||| | |||    
T  31493963 ataacatgtgctgcctttgctatcatgtcgcttagcttgtcgagccaaattcagtgcggatttgaagtcgatcttatttacttttacctaggatatttaa 31493864  T
Q  293 ttgtgcaactcatgaaggtaaaattgcagttagctgttgttggagtt 339  Q
    |||| ||||||| |||| | ||||| | |||| || |||||||||||    
T  31493863 ttgtacaactcacgaagattaaattactgttatctattgttggagtt 31493817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 59; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 172 - 339
Target Start/End: Original strand, 31395998 - 31396165
Alignment:
Q  172 aaaccagatgcttatagcctcatttcatgtgctgcctttgctatcatgtcactcagtttgtcgagacaaactcagtgcggatttgaagttgatcttcttt 271  Q
    ||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||| |||| |||||||| || |||||||| |||| |||||| ||||||||||| |||||| | |    
T  31395998 aaaccagatgcatatagtctaatttcatgtgctgccttttctatgatgtcacttagcttgtcgaggcaaattcagtgtggatttgaagtggatcttatgt 31396097  T
Q  272 annnnnnncttggatgtctaattgtgcaactcatgaaggtaaaattgcagttagctgttgttggagtt 339  Q
    |       || |||||| ||||||| |||||||||||| | |||||   ||||||| |||||||||||    
T  31396098 acttttatctcggatgtttaattgtacaactcatgaagattaaattattgttagctattgttggagtt 31396165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 172 - 339
Target Start/End: Complemental strand, 31416398 - 31416231
Alignment:
Q  172 aaaccagatgcttatagcctcatttcatgtgctgcctttgctatcatgtcactcagtttgtcgagacaaactcagtgcggatttgaagttgatcttcttt 271  Q
    ||||||||||| ||||  || ||||| ||| || | ||| |||| |||||||| || |||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||| | |    
T  31416398 aaaccagatgcatatactctaatttcgtgtacttctttttctatgatgtcacttagcttgtcgaggcaaattcagtgtggatttgaagttgatcttatgt 31416299  T
Q  272 annnnnnncttggatgtctaattgtgcaactcatgaaggtaaaattgcagttagctgttgttggagtt 339  Q
    |       || |||||| ||||||| |||||||||||| | ||||||  ||||||| |||||||||||    
T  31416298 acttttatctaggatgtttaattgtacaactcatgaagattaaattgtcgttagctattgttggagtt 31416231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 155 - 224
Target Start/End: Original strand, 31368794 - 31368863
Alignment:
Q  155 ataaagtggtgaatgagaaaccagatgcttatagcctcatttcatgtgctgcctttgctatcatgtcact 224  Q
    |||||||  |||||| |||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  31368794 ataaagtcatgaatgggaaaccagatgcatatagtctaatttcatgtgctgcctttgctattatgtcact 31368863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 174 - 318
Target Start/End: Original strand, 31330168 - 31330315
Alignment:
Q  174 accagatgcttatagcctcatttcatgtgctgcctttgctatcatgtcactcagtttgtcgag--ac-aaactcagtgcggatttgaagttgatcttctt 270  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||  |||||||| ||| | | || |||||||||||  || ||||||| |||||||||||| | ||||||||     
T  31330168 accagatgcatatagtctcatttcatgtgcatcctttgctgtcacggcgcttagtttgtcgaggaacaaaactcaatgcggatttgaaatcgatcttcta 31330267  T
Q  271 tannnnnnncttggatgtctaattgtgcaactcatgaaggtaaaattg 318  Q
    ||       || |||||||||||  |||||||||||||| | ||||||    
T  31330268 tattttcttctaggatgtctaatgatgcaactcatgaagattaaattg 31330315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 174 - 309
Target Start/End: Original strand, 31313490 - 31313628
Alignment:
Q  174 accagatgcttatagcctcatttcatgtgctgcctttgctatcatgtcactcagtttgtcgag--ac-aaactcagtgcggatttgaagttgatcttctt 270  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||  |||||||| ||| | | || |||||||||||  || ||| ||| |||||||||||| | ||||||||     
T  31313490 accagatgcatatagtctcatttcatgtgcatcctttgctgtcacggcgcttagtttgtcgaggaacaaaattcaatgcggatttgaaatcgatcttcta 31313589  T
Q  271 tannnnnnncttggatgtctaattgtgcaactcatgaag 309  Q
    ||       ||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  31313590 tattttcttcttggatgtctaatgatgcaactcatgaag 31313628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 193 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 31387631 - 31387558
Alignment:
Q  193 atttcatgtgctgcctttgctatcatgtcactcagtttgtcgagacaaactcagtgcggatttgaagttgatct 266  Q
    ||||| |||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| |  |||||||| | |||||| |||||||||||    
T  31387631 atttcctgtgctgcttttgccatcatgtctctcagtttgtcaaagcaaactcacttcggattcgaagttgatct 31387558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 280 - 324
Target Start/End: Original strand, 31288809 - 31288853
Alignment:
Q  280 cttggatgtctaattgtgcaactcatgaaggtaaaattgcagtta 324  Q
    |||||||||||||| ||||||||| ||||| | ||||||||||||    
T  31288809 cttggatgtctaatggtgcaactcttgaagattaaattgcagtta 31288853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000002; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 172 - 260
Target Start/End: Original strand, 8039376 - 8039464
Alignment:
Q  172 aaaccagatgcttatagcctcatttcatgtgctgcctttgctatcatgtcactcagtttgtcgagacaaactcagtgcggatttgaagt 260  Q
    ||||| ||||| ||||| || ||||||||| |  ||||| ||||||| ||||| | ||||| |||||||| |||||||||||| |||||    
T  8039376 aaacctgatgcatatagtctaatttcatgtacatcctttcctatcatttcacttaatttgttgagacaaattcagtgcggattcgaagt 8039464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 194 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 6030133 - 6030052
Alignment:
Q  194 tttcatgtgctgcctttgctatcatgtcactcagtttgtcgagac---aaactcagtgcggatttgaagttgatcttcttta 272  Q
    |||||||| || |||||  |||||||||| | |||||||||| ||   |||||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  6030133 tttcatgttctacctttcttatcatgtcaatgagtttgtcgacactgcaaactcagtgcggattcgaagtggatcttcttta 6030052  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University