View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19568_low_2 (Length: 520)

Name: NF19568_low_2
Description: NF19568
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19568_low_2
NF19568_low_2
[»] chr6 (9 HSPs)
chr6 (1-504)||(2361726-2362229)
chr6 (14-501)||(2366343-2366836)
chr6 (281-501)||(2349672-2349892)
chr6 (308-488)||(2338656-2338839)
chr6 (127-370)||(2356163-2356406)
chr6 (98-193)||(2306125-2306220)
chr6 (310-404)||(2306337-2306431)
chr6 (56-138)||(2349447-2349535)
chr6 (432-488)||(2356462-2356518)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (56-504)||(41341688-41342139)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (55-501)||(4303542-4303997)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (302-501)||(5805445-5805644)
chr4 (55-138)||(5805808-5805897)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 492; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 492; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 504
Target Start/End: Original strand, 2361726 - 2362229
Alignment:
Q  1 ccataggcatgtcgaacaacaacaatattttcatacctcagaagttcaggcgtggattaaagagctcttcaatgtttggtttagtaaaaagaacgagtca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2361726 ccataggcatgtcgaacaacaacaatattttcatacctcagaagttcaggcgtggattaaagagctcttcaatgtttggtttagtaaaaagaacgagtca 2361825  T
Q  101 tcaaactacgcgttggtggagttaaagcaatggtttactcaattaagtttcaacattgttcttccaatgctggttgggaaacgatattttggtgctacga 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2361826 tcaaactacgcgttggtggagttaaagcaatggtttactcaattaagtttcaacattgttcttccagtgctggttgggaaacgatattttggtgctacga 2361925  T
Q  201 atgcggcgaacgaggaagaagcgcagagatgtataaaagctttacaagagttgatgcgattgttaggggtgttcacaataggagatgccattccttttct 300  Q
    ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2361926 atgtggcgaacgaggaagaagcgcaaagatgtataaaagctttacaagagttgatgcgattgttaggggtgttcacaataggagatgccattccttttct 2362025  T
Q  301 aaaatggtttgattttggtggccatgtgaaggccatgaaagcaacttctaaagaattggacaagattttaggtgagttgttggaagagcgccgccataaa 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2362026 aaaatggtttgattttggtggccatgtgaaggccatgaaagcaacttctaaagaattggacaagattttaggtgagttgttggaagagcgccgccataaa 2362125  T
Q  401 aggagtttgagtaagaagattgatcatgatcatcaagacttcatggatgccttgctttcattgcttgatgaaacaccaattgaagggtgtgattctgata 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2362126 aggagtttgagtaagaagattgatcatgatcatcaagacttcatggatgccttgctttcattgcttgatgaaacaccaattgaagggtgtgattctgata 2362225  T
Q  501 ctac 504  Q
    ||||    
T  2362226 ctac 2362229  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 282; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 14 - 501
Target Start/End: Original strand, 2366343 - 2366836
Alignment:
Q  14 gaacaacaacaatattttcatacctcagaagttcaggcgtggattaaagagctcttcaatgtttggtttagtaaaaagaacgagtcatcaaactacgcgt 113  Q
    |||||||||||| ||||||||| || |||||| ||   ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||    
T  2366343 gaacaacaacaacattttcatatcttagaagtgcaacggtggattaaagagctcttcgatgtttggtttagtaaaaagaatgagtcatcaaactacgtgt 2366442  T
Q  114 tggtggagttaaagcaatggtttactcaattaagtttcaacattgttcttccaatgctggttgggaaacgatattttggtg---ctacgaatgcggcgaa 210  Q
    |||||||| | ||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    ||||||||| |   ||    
T  2366443 tggtggagatgaagcaatggttaactcaattgagtttcaatattgttcttccaatgctggttgggaaacaatattttggtcatcctacgaatgtgatcaa 2366542  T
Q  211 cgaggaagaagcgcagagatgtataaaagctttacaagagttgatgcgattgttaggggtgttcacaataggagatgccattccttttctaaaatggttt 310  Q
    ||||||||||| ||| |||||| ||||||||||| || |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  2366543 cgaggaagaagggcaaagatgtgtaaaagctttaaaaaagttgatgcatttgttaggggtgttcacaataggagatgccattcctttactaaaatggttt 2366642  T
Q  311 gattttggtggccatgtgaaggccatgaaagcaacttctaaagaattggacaagattttaggtgagttgttggaagagcgccgccataaaaggagtttga 410  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||     
T  2366643 gattttggtggccatgtgaaggccatgaaagcaacttctaaagaattggacaagattttaggtgatttgttggaggagcaccgccataaaaggagtttgg 2366742  T
Q  411 gt---aagaagattgatcatgatcatcaagacttcatggatgccttgctttcattgcttgatgaaacaccaattgaagggtgtgattctgatac 501  Q
    ||   ||| || ||||||   |||||||||||||||||||||   ||||||||||| |||||| |||| |||||||||| | ||||||||||||    
T  2366743 gtgcgaaggaggttgatcggaatcatcaagacttcatggatgtgatgctttcattgtttgatggaacaacaattgaaggatttgattctgatac 2366836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 281 - 501
Target Start/End: Original strand, 2349672 - 2349892
Alignment:
Q  281 ggagatgccattccttttctaaaatggtttgattttggtggccatgtgaaggccatgaaagcaacttctaaagaattggacaagattttaggtgagttgt 380  Q
    |||||||  ||||||| | |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| | | ||||||||  ||| ||||| | ||||||||||||| ||    
T  2349672 ggagatgttattccttgtttaaaatggtttgattttggtggtcatatgaaggccatggatgaaacttctacggaaatggacgaaattttaggtgagtggt 2349771  T
Q  381 tggaagagcgccgccataaaaggagtttgagtaagaagattgatcatgatcatcaagacttcatggatgccttgctttcattgcttgatgaaacaccaat 480  Q
    || | ||||  ||||||||||||| ||||| | | |||  |||| || |  |||||||| |||||||||  ||  ||||||||||||||| || | | ||    
T  2349772 tgaaggagcatcgccataaaaggactttgactgaaaaggctgatgatcaagatcaagacatcatggatgtgttaatttcattgcttgatggaaaaaccat 2349871  T
Q  481 tgaagggtgtgattctgatac 501  Q
     ||||||| ||||| ||||||    
T  2349872 ggaagggtttgattgtgatac 2349892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 308 - 488
Target Start/End: Original strand, 2338656 - 2338839
Alignment:
Q  308 tttgattttggtggccatgtgaaggccatgaaagcaacttctaaagaattggacaagattttaggtgagttgttggaagagcgccgccataaaaggagtt 407  Q
    ||||||||||||||  |||||||| ||||||||| |||||| || || |||||||||||||| | ||||| |||| | ||||| ||||||||||||| ||    
T  2338656 tttgattttggtggttatgtgaagaccatgaaagaaacttccaaggagttggacaagatttttgatgagtggttgaaggagcgtcgccataaaaggactt 2338755  T
Q  408 tgagtaagaagat---tgatcatgatcatcaagacttcatggatgccttgctttcattgcttgatgaaacaccaattgaagggt 488  Q
    ||  | | ||  |   |||||| | | |||||||| |||||||||  || |||||||||||||||| |||| | ||||||||||    
T  2338756 tggttgaaaaccttgatgatcaaggtaatcaagacatcatggatgtgttactttcattgcttgatggaacaaccattgaagggt 2338839  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 127 - 370
Target Start/End: Original strand, 2356163 - 2356406
Alignment:
Q  127 gcaatggtttactcaattaagtttcaacattgttcttccaatgctggttgggaaacgatattttggtgctacgaatgcggcgaacgaggaagaagcgcag 226  Q
    ||||||||||| | | || | |||||||||||| ||||| ||| | |||||||| |||||||||||||||| ||||| |    | ||| ||||||||||     
T  2356163 gcaatggtttattgagttgaatttcaacattgtacttccgatgattgttgggaagcgatattttggtgctatgaatgagctcgatgagaaagaagcgcaa 2356262  T
Q  227 agatgtataaaagctttacaagagttgatgcgattgttaggggtgttcacaataggagatgccattccttttctaaaatggtttgattttggtggccatg 326  Q
    |  ||||| |||||| || | ||  |  |||| ||| | |||   |||||  | |||||||| ||||||| | || || |||||||||||||||||||||    
T  2356263 aagtgtatcaaagctgtagaggaaatcttgcgtttgatggggcaattcacggtgggagatgctattccttgtttagaacggtttgattttggtggccatg 2356362  T
Q  327 tgaaggccatgaaagcaacttctaaagaattggacaagatttta 370  Q
    |||| || ||||||  ||||||||| |||||||||| |||||||    
T  2356363 tgaaagctatgaaaaaaacttctaaggaattggacatgatttta 2356406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 98 - 193
Target Start/End: Original strand, 2306125 - 2306220
Alignment:
Q  98 tcatcaaactacgcgttggtggagttaaagcaatggtttactcaattaagtttcaacattgttcttccaatgctggttgggaaacgatattttggt 193  Q
    ||||||||||||| ||| || |||||  | ||||||||||| || ||||  |||||||| ||||||| |||| | ||||||||| |||||||||||    
T  2306125 tcatcaaactacgtgttagtagagttggatcaatggtttacacatttaacattcaacatggttcttcgaatggttgttgggaaaagatattttggt 2306220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 310 - 404
Target Start/End: Original strand, 2306337 - 2306431
Alignment:
Q  310 tgattttggtggccatgtgaaggccatgaaagcaacttctaaagaattggacaagattttaggtgagttgttggaagagcgccgccataaaagga 404  Q
    ||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||| || || ||||| |||||| | | ||||| |||| ||||||  |||||| ||||||    
T  2306337 tgattttggtggttatgtgaaggccatgaaagaaacttccaaggagttggataagattgttgatgagtggttgaaagagcatcgccatgaaagga 2306431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 56 - 138
Target Start/End: Original strand, 2349447 - 2349535
Alignment:
Q  56 attaaagagctcttcaatgtttggtttagtaaaaagaacgagtca------tcaaactacgcgttggtggagttaaagcaatggtttac 138  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||||| ||||||      ||||||||   ||||||||| || ||||||||||||||    
T  2349447 attaaagagctcttcgatgtttggtatagcaaaaagaaagagtcatatccgtcaaactatatgttggtggatttgaagcaatggtttac 2349535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 432 - 488
Target Start/End: Original strand, 2356462 - 2356518
Alignment:
Q  432 atcaagacttcatggatgccttgctttcattgcttgatgaaacaccaattgaagggt 488  Q
    ||||||| |||||||| || ||||||||| || |||||| |||| ||||||||||||    
T  2356462 atcaagatttcatggacgcattgctttcactgtttgatggaacaacaattgaagggt 2356518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 143; Significance: 7e-75; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 143; E-Value: 7e-75
Query Start/End: Original strand, 56 - 504
Target Start/End: Original strand, 41341688 - 41342139
Alignment:
Q  56 attaaagagctcttcaatgtttggtttagtaaaaagaacgagtcatcaaactacgcgttggtggagttaaagcaatggtttactcaattaagtttcaaca 155  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||| ||||| | ||||| ||||||||||||| | ||||||||| || || ||||| ||||||||||| |||   ||||    
T  41341688 attaaagaggtctacaatgtttggtgtagtagagagaacaagtcatcaaactatgtgttggtggacttgaaacaatgttttactcaattgagtaaaaaca 41341787  T
Q  156 ttgttcttccaatgctggttgggaaacgatattttggtgctacgaatgcggcgaacgaggaagaagcgcagagatgtataaaagctttacaagagttgat 255  Q
    |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||   || |||||||||  || | |||||| ||||||||  ||||| || |    
T  41341788 ttgttcttccaatgttggttgggaagcgatattttggagctacgaatgtggttgacaaggaagaagaacaaaaatgtatgaaagctttggaagagatgtt 41341887  T
Q  256 gcgattgttaggggtgttcacaataggagatgc-cattccttttctaaaatggtttgattttggtggccatgtgaaggccatgaaagcaacttctaaaga 354  Q
     || |||||||||||||||||  | || | ||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||     |||||||||    
T  41341888 acgtttgttaggggtgttcacggtgggtggtgctcttcccttttctaaaatggtttgattttggtggccatgtgaaggcaatgaaatttttttctaaaga 41341987  T
Q  355 attggacaagattttaggtgagttgttggaagagcgccgccataaaaggagtttgagtaaga---agattgatcatgatcatcaagacttcatggatgcc 451  Q
    |||||||||||||||||||||  ||||| | ||||  || ||||| |||| ||||||| |||   || |||||| ||| |||| ||||||||||||||      
T  41341988 attggacaagattttaggtgatatgttgaaggagcatcg-cataataggactttgagtgagaatgaggttgatcgtgagcatcgagacttcatggatgtg 41342086  T
Q  452 ttgctttcattgcttgatgaaacaccaattgaagggtgtgattctgatactac 504  Q
     |||||||||||||| ||| |||| |||||||| | | |||||||||||||||    
T  41342087 atgctttcattgcttaatggaacaacaattgaaagatttgattctgatactac 41342139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 115; Significance: 3e-58; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 55 - 501
Target Start/End: Original strand, 4303542 - 4303997
Alignment:
Q  55 gattaaagagctcttcaatgtttggtttagtaaaaagaac---gagtcatcaaactacgcgttggtggagttaaagcaatggtttactcaattaagtttc 151  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| | ||||| |||||   ||||||||||| ||   | |||||||| | |||||||||||||||||||| | | |     
T  4303542 gattaaagagctctacaatgtttggtgtcgtaaagagaacaacgagtcatcaaaatatttgatggtggaggtcaagcaatggtttactcaattgaatata 4303641  T
Q  152 aacattgttcttccaatgctggttgggaaacgatattttggtgctacgaatgcggcgaacgaggaagaagcgcagagatgtataaaagctttacaagagt 251  Q
     || | ||||||||| || ||||||| || |||||||| ||| |||| ||||      || |||||||||   | | |||| |||||||| || |||||     
T  4303642 gacttggttcttccattgttggttggaaagcgatatttcggttctacaaatgttatcgacaaggaagaagtagaaatatgtgtaaaagctataaaagaga 4303741  T
Q  252 tgatgcgattgttaggggtgttcacaataggagatgccattccttttctaaaatggtttgattttggtggccatgtgaaggccatgaaagcaacttctaa 351  Q
    || |||| ||| | |||||||||||| | ||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  | || | ||    
T  4303742 tgctgcgtttgatgggggtgttcacagtgggagatgctcttccttttttaaaatggtttgattttgggggccatgtgaaggccatgaaaaaagctaccaa 4303841  T
Q  352 agaattggacaagattttaggtgagttgttggaagagcgccgccataaaaggagtttgagt------aagaagattgatcatgatcatcaagacttcatg 445  Q
    |||  ||||||||||| ||||||| |||||||| |||| ||  | ||||||||||||||||      ||| || |||||  |||||||||||||||||||    
T  4303842 agagatggacaagattataggtgatttgttggaggagcaccaacgtaaaaggagtttgagtgatcagaaggaggttgatggtgatcatcaagacttcatg 4303941  T
Q  446 gatgccttgctttcattgcttgatgaaacaccaattgaagggtgtgattctgatac 501  Q
    ||||   |||||||||||||||||| |||| |||||||||| | ||||||||||||    
T  4303942 gatgtgatgctttcattgcttgatggaacaacaattgaaggatttgattctgatac 4303997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 84; Significance: 1e-39; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 302 - 501
Target Start/End: Complemental strand, 5805644 - 5805445
Alignment:
Q  302 aaatggtttgattttggtggccatgtgaaggccatgaaagcaacttctaaagaattggacaagattttaggtgagttgttggaagagcgccgccataaaa 401  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| | ||||||||| ||||||||  | |||||||||||| ||||  | ||||||||||||||||    
T  5805644 aaatggtttgattttggtggtcatgtaaaggccatgaatgaaacttctaaggaattggatgaaattttaggtgagatgttaaaggagcgccgccataaaa 5805545  T
Q  402 ggagtttgagtaagaagattgatcatgatcatcaagacttcatggatgccttgctttcattgcttgatgaaacaccaattgaagggtgtgattctgatac 501  Q
    | | ||||||| | ||| |||||  |||  ||||||||||||||||||  || |||||||||||||||| |||| | |||||||||| ||||| ||||||    
T  5805544 gaactttgagtgaaaaggttgatggtgaagatcaagacttcatggatgtgttactttcattgcttgatggaacaactattgaagggtttgattgtgatac 5805445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 55 - 138
Target Start/End: Complemental strand, 5805897 - 5805808
Alignment:
Q  55 gattaaagagctcttcaatgtttggtttagtaaaaagaacgagt------catcaaactacgcgttggtggagttaaagcaatggtttac 138  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||| |      |||||||||| | ||||||||| || ||||||||||||||    
T  5805897 gattaaagagctcttcaatatttggtctagaaaaaagaacgaatcaaatccatcaaactatgtgttggtggacttgaagcaatggtttac 5805808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University