View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1956_high_18 (Length: 257)

Name: NF1956_high_18
Description: NF1956
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1956_high_18
NF1956_high_18
[»] chr4 (16 HSPs)
chr4 (15-248)||(14208502-14208735)
chr4 (15-165)||(14210487-14210637)
chr4 (15-165)||(14211456-14211606)
chr4 (15-165)||(14212407-14212557)
chr4 (15-165)||(14214344-14214494)
chr4 (15-165)||(14215313-14215463)
chr4 (15-165)||(14216282-14216432)
chr4 (15-165)||(14217233-14217383)
chr4 (15-165)||(14219154-14219304)
chr4 (15-165)||(14220123-14220273)
chr4 (15-165)||(14221074-14221224)
chr4 (15-165)||(14223012-14223162)
chr4 (15-165)||(14213376-14213526)
chr4 (15-165)||(14218184-14218334)
chr4 (15-165)||(14222043-14222193)
chr4 (15-165)||(14209536-14209686)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (15-248)||(31408720-31408953)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 230; Significance: 1e-127; HSPs: 16)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 15 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 14208735 - 14208502
Alignment:
Q  15 gtatagtctgcctgtggtgtgtttaagggatggtagtgaggcttttgtatgcttggcagtgttaggtggttagtttatgatagctagcttcaatttggtc 114  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14208735 gtatagtctgcctgtggtgtgtttaagggatggtagtgaggcttttgtatgcttggcaatgttaggtggttagtttatgatagctagcttcaatttggtc 14208636  T
Q  115 atttgccactaaaacagatttcaatattctcccctcatgtatctcaatcctaaaaacttcttcagctggcagaaggaactcttctatttctcctttattt 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14208635 atttgccactaaaacagatttcaatattctcccctcatgtatctcaatcctaaaaacttcttcagctggcagaaggaactcttctatttctcctttattt 14208536  T
Q  215 caattctcttattgatgcgctctttcttctctct 248  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14208535 caattctcttattgatgcgctctttcttctctct 14208502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 147; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 15 - 165
Target Start/End: Complemental strand, 14210637 - 14210487
Alignment:
Q  15 gtatagtctgcctgtggtgtgtttaagggatggtagtgaggcttttgtatgcttggcagtgttaggtggttagtttatgatagctagcttcaatttggtc 114  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14210637 gtatagtctgcctgtggtgtgtttaagggatggtagtgaggcttttgtatgcttggcaatgttaggtggttagtttatgatagctagcttcaatttggtc 14210538  T
Q  115 atttgccactaaaacagatttcaatattctcccctcatgtatctcaatcct 165  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14210537 atttgccactaaaacagatttcaatattctcccctcatgtatctcaatcct 14210487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 147; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 15 - 165
Target Start/End: Complemental strand, 14211606 - 14211456
Alignment:
Q  15 gtatagtctgcctgtggtgtgtttaagggatggtagtgaggcttttgtatgcttggcagtgttaggtggttagtttatgatagctagcttcaatttggtc 114  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14211606 gtatagtctgcctgtggtgtgtttaagggatggtagtgaggcttttgtatgcttggcaatgttaggtggttagtttatgatagctagcttcaatttggtc 14211507  T
Q  115 atttgccactaaaacagatttcaatattctcccctcatgtatctcaatcct 165  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14211506 atttgccactaaaacagatttcaatattctcccctcatgtatctcaatcct 14211456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 147; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 15 - 165
Target Start/End: Complemental strand, 14212557 - 14212407
Alignment:
Q  15 gtatagtctgcctgtggtgtgtttaagggatggtagtgaggcttttgtatgcttggcagtgttaggtggttagtttatgatagctagcttcaatttggtc 114  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14212557 gtatagtctgcctgtggtgtgtttaagggatggtagtgaggcttttgtatgcttggcaatgttaggtggttagtttatgatagctagcttcaatttggtc 14212458  T
Q  115 atttgccactaaaacagatttcaatattctcccctcatgtatctcaatcct 165  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14212457 atttgccactaaaacagatttcaatattctcccctcatgtatctcaatcct 14212407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 147; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 15 - 165
Target Start/End: Complemental strand, 14214494 - 14214344
Alignment:
Q  15 gtatagtctgcctgtggtgtgtttaagggatggtagtgaggcttttgtatgcttggcagtgttaggtggttagtttatgatagctagcttcaatttggtc 114  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14214494 gtatagtctgcctgtggtgtgtttaagggatggtagtgaggcttttgtatgcttggcaatgttaggtggttagtttatgatagctagcttcaatttggtc 14214395  T
Q  115 atttgccactaaaacagatttcaatattctcccctcatgtatctcaatcct 165  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14214394 atttgccactaaaacagatttcaatattctcccctcatgtatctcaatcct 14214344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 147; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 15 - 165
Target Start/End: Complemental strand, 14215463 - 14215313
Alignment:
Q  15 gtatagtctgcctgtggtgtgtttaagggatggtagtgaggcttttgtatgcttggcagtgttaggtggttagtttatgatagctagcttcaatttggtc 114  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14215463 gtatagtctgcctgtggtgtgtttaagggatggtagtgaggcttttgtatgcttggcaatgttaggtggttagtttatgatagctagcttcaatttggtc 14215364  T
Q  115 atttgccactaaaacagatttcaatattctcccctcatgtatctcaatcct 165  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14215363 atttgccactaaaacagatttcaatattctcccctcatgtatctcaatcct 14215313  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 147; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 15 - 165
Target Start/End: Complemental strand, 14216432 - 14216282
Alignment:
Q  15 gtatagtctgcctgtggtgtgtttaagggatggtagtgaggcttttgtatgcttggcagtgttaggtggttagtttatgatagctagcttcaatttggtc 114  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14216432 gtatagtctgcctgtggtgtgtttaagggatggtagtgaggcttttgtatgcttggcaatgttaggtggttagtttatgatagctagcttcaatttggtc 14216333  T
Q  115 atttgccactaaaacagatttcaatattctcccctcatgtatctcaatcct 165  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14216332 atttgccactaaaacagatttcaatattctcccctcatgtatctcaatcct 14216282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 147; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 15 - 165
Target Start/End: Complemental strand, 14217383 - 14217233
Alignment:
Q  15 gtatagtctgcctgtggtgtgtttaagggatggtagtgaggcttttgtatgcttggcagtgttaggtggttagtttatgatagctagcttcaatttggtc 114  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14217383 gtatagtctgcctgtggtgtgtttaagggatggtagtgaggcttttgtatgcttggcaatgttaggtggttagtttatgatagctagcttcaatttggtc 14217284  T
Q  115 atttgccactaaaacagatttcaatattctcccctcatgtatctcaatcct 165  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14217283 atttgccactaaaacagatttcaatattctcccctcatgtatctcaatcct 14217233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 147; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 15 - 165
Target Start/End: Complemental strand, 14219304 - 14219154
Alignment:
Q  15 gtatagtctgcctgtggtgtgtttaagggatggtagtgaggcttttgtatgcttggcagtgttaggtggttagtttatgatagctagcttcaatttggtc 114  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14219304 gtatagtctgcctgtggtgtgtttaagggatggtagtgaggcttttgtatgcttggcaatgttaggtggttagtttatgatagctagcttcaatttggtc 14219205  T
Q  115 atttgccactaaaacagatttcaatattctcccctcatgtatctcaatcct 165  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14219204 atttgccactaaaacagatttcaatattctcccctcatgtatctcaatcct 14219154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 147; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 15 - 165
Target Start/End: Complemental strand, 14220273 - 14220123
Alignment:
Q  15 gtatagtctgcctgtggtgtgtttaagggatggtagtgaggcttttgtatgcttggcagtgttaggtggttagtttatgatagctagcttcaatttggtc 114  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14220273 gtatagtctgcctgtggtgtgtttaagggatggtagtgaggcttttgtatgcttggcaatgttaggtggttagtttatgatagctagcttcaatttggtc 14220174  T
Q  115 atttgccactaaaacagatttcaatattctcccctcatgtatctcaatcct 165  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14220173 atttgccactaaaacagatttcaatattctcccctcatgtatctcaatcct 14220123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 147; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 15 - 165
Target Start/End: Complemental strand, 14221224 - 14221074
Alignment:
Q  15 gtatagtctgcctgtggtgtgtttaagggatggtagtgaggcttttgtatgcttggcagtgttaggtggttagtttatgatagctagcttcaatttggtc 114  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14221224 gtatagtctgcctgtggtgtgtttaagggatggtagtgaggcttttgtatgcttggcaatgttaggtggttagtttatgatagctagcttcaatttggtc 14221125  T
Q  115 atttgccactaaaacagatttcaatattctcccctcatgtatctcaatcct 165  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14221124 atttgccactaaaacagatttcaatattctcccctcatgtatctcaatcct 14221074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 147; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 15 - 165
Target Start/End: Complemental strand, 14223162 - 14223012
Alignment:
Q  15 gtatagtctgcctgtggtgtgtttaagggatggtagtgaggcttttgtatgcttggcagtgttaggtggttagtttatgatagctagcttcaatttggtc 114  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14223162 gtatagtctgcctgtggtgtgtttaagggatggtagtgaggcttttgtatgcttggcaatgttaggtggttagtttatgatagctagcttcaatttggtc 14223063  T
Q  115 atttgccactaaaacagatttcaatattctcccctcatgtatctcaatcct 165  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14223062 atttgccactaaaacagatttcaatattctcccctcatgtatctcaatcct 14223012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 143; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 15 - 165
Target Start/End: Complemental strand, 14213526 - 14213376
Alignment:
Q  15 gtatagtctgcctgtggtgtgtttaagggatggtagtgaggcttttgtatgcttggcagtgttaggtggttagtttatgatagctagcttcaatttggtc 114  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14213526 gtatagtctgcctgtggtgcgtttaagggatggtagtgaggcttttgtatgcttggcaatgttaggtggttagtttatgatagctagcttcaatttggtc 14213427  T
Q  115 atttgccactaaaacagatttcaatattctcccctcatgtatctcaatcct 165  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14213426 atttgccactaaaacagatttcaatattctcccctcatgtatctcaatcct 14213376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 143; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 15 - 165
Target Start/End: Complemental strand, 14218334 - 14218184
Alignment:
Q  15 gtatagtctgcctgtggtgtgtttaagggatggtagtgaggcttttgtatgcttggcagtgttaggtggttagtttatgatagctagcttcaatttggtc 114  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  14218334 gtatagtctgcctgtggtgtgtttaagggatggtagtgaggcttttgtatgcttggcaatgttaggtggttagtttatgatagatagcttcaatttggtc 14218235  T
Q  115 atttgccactaaaacagatttcaatattctcccctcatgtatctcaatcct 165  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14218234 atttgccactaaaacagatttcaatattctcccctcatgtatctcaatcct 14218184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 143; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 15 - 165
Target Start/End: Complemental strand, 14222193 - 14222043
Alignment:
Q  15 gtatagtctgcctgtggtgtgtttaagggatggtagtgaggcttttgtatgcttggcagtgttaggtggttagtttatgatagctagcttcaatttggtc 114  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  14222193 gtatagtctgcctgtggtgtgtttaagggatggtagtgaggcttttgtatgcttggcaatgttaggtggttagtttatgacagctagcttcaatttggtc 14222094  T
Q  115 atttgccactaaaacagatttcaatattctcccctcatgtatctcaatcct 165  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14222093 atttgccactaaaacagatttcaatattctcccctcatgtatctcaatcct 14222043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 139; E-Value: 8e-73
Query Start/End: Original strand, 15 - 165
Target Start/End: Complemental strand, 14209686 - 14209536
Alignment:
Q  15 gtatagtctgcctgtggtgtgtttaagggatggtagtgaggcttttgtatgcttggcagtgttaggtggttagtttatgatagctagcttcaatttggtc 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14209686 gtatagtctgcctgtggtgtgtttaagggatggtagtgaggcttttgtatgcttgggcatgttaggtggttagtttatgatagctagcttcaatttggtc 14209587  T
Q  115 atttgccactaaaacagatttcaatattctcccctcatgtatctcaatcct 165  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14209586 atttgccactaaaacagatttcaatattctcccctcatgtatctcaatcct 14209536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 230; Significance: 1e-127; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 15 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 31408953 - 31408720
Alignment:
Q  15 gtatagtctgcctgtggtgtgtttaagggatggtagtgaggcttttgtatgcttggcagtgttaggtggttagtttatgatagctagcttcaatttggtc 114  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31408953 gtatagtctgcctgtggtgtgtttaagggatggtagtgaggcttttgtatgcttggcaatgttaggtggttagtttatgatagctagcttcaatttggtc 31408854  T
Q  115 atttgccactaaaacagatttcaatattctcccctcatgtatctcaatcctaaaaacttcttcagctggcagaaggaactcttctatttctcctttattt 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31408853 atttgccactaaaacagatttcaatattctcccctcatgtatctcaatcctaaaaacttcttcagctggcagaaggaactcttctatttctcctttattt 31408754  T
Q  215 caattctcttattgatgcgctctttcttctctct 248  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31408753 caattctcttattgatgcgctctttcttctctct 31408720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University