View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19572_low_6 (Length: 333)

Name: NF19572_low_6
Description: NF19572
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19572_low_6
NF19572_low_6
[»] chr3 (15 HSPs)
chr3 (9-298)||(8965219-8965508)
chr3 (9-317)||(8962504-8962809)
chr3 (9-206)||(8957064-8957261)
chr3 (9-274)||(8988288-8988543)
chr3 (62-202)||(9029109-9029249)
chr3 (68-202)||(9034622-9034756)
chr3 (62-201)||(9026150-9026289)
chr3 (69-202)||(8746957-8747090)
chr3 (62-202)||(9023446-9023586)
chr3 (62-198)||(9101224-9101360)
chr3 (74-206)||(9108802-9108934)
chr3 (68-207)||(9019290-9019429)
chr3 (68-206)||(8755583-8755721)
chr3 (71-201)||(9015428-9015558)
chr3 (73-198)||(9112114-9112239)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 270; Significance: 1e-151; HSPs: 15)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 270; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 9 - 298
Target Start/End: Original strand, 8965219 - 8965508
Alignment:
Q  9 catcatcatcaactaccacaatgaaattgttcttcgtttttgtcatcgtctttgccacggtggcctcggcccaagaccttagtccgtcgttggctccagc 108  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8965219 catcatcatcaactaccacaatgaaattgttcttcgtttttgtcatcgtctttgccacagtggcctcggcccaagaccttagtccgtcgttggctccagc 8965318  T
Q  109 accaagtcctgatgctggagctgccggatctgttacaagttctgtgacaatgatcggagcttcaattgtgctgtcaatgctcgcaatcttcaagaactgg 208  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  8965319 accaagtcctgacgctggagctgccggatctgttacaagttctatggcaatgatcggagcttcaattgtgctgtcaatgctcgcaatcttcaagaactga 8965418  T
Q  209 gaaaattaaagactatgaggccattttgtgggaacactattgattatttcttgacacatgattcttcttgctgttttacaatatttatct 298  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8965419 gaaaattaaagactatgaggccattttgtgggaacactattgattatttcttgacacatgattcttcttgctgttttacaatatttatct 8965508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 9 - 317
Target Start/End: Original strand, 8962504 - 8962809
Alignment:
Q  9 catcatcatcaactaccacaatgaaattgttcttcgtttttgtcatcgtctttgccacggtggcctcggcccaagaccttagtccgtcgttggctccagc 108  Q
    ||||||||||  ||||||||||||| |||||||| | |||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  8962504 catcatcatctgctaccacaatgaagttgttctttggttttgtcatcgtgtttgccgctgtggcctcggcccaagaccttagtccctcgttagctccagc 8962603  T
Q  109 accaagtcctgatgctggagctgccggatctgttacaagttctgtgacaatgatcggagcttcaattgtgctgtcaatgctcgcaatcttcaagaactgg 208  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||||||||| || |||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||     
T  8962604 accaggtcctgatgctggagttgccggatctgttgcaggttctgtggctatgatcggagcttcaattgtgctttcaatgctcgctatcttcaagaattga 8962703  T
Q  209 gaaaattaaagactatgaggccattttgtgggaacactattgattatttcttgacacatgattcttcttgctgttttacaatatttatctgattatcatg 308  Q
     ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||   |||||| |||||| ||||||| |||||||||||| |    
T  8962704 aaaaattaaagactatgaggtcattttgtgggaacactattaattatttcttgacacatga---ttcttgatgtttttcaatattgatctgattatcacg 8962800  T
Q  309 agttcatct 317  Q
    |||||||||    
T  8962801 agttcatct 8962809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 9 - 206
Target Start/End: Original strand, 8957064 - 8957261
Alignment:
Q  9 catcatcatcaactaccacaatgaaattgttcttcgtttttgtcatcgtctttgccacggtggcctcggcccaagaccttagtccgtcgttggctccagc 108  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  8957064 catcatcatcagctaccacaatgaagttgttcgtcgtttttgtcatcgtattcaccaccgtggcctcggcccaagaccttagtccgtcgttagctccagc 8957163  T
Q  109 accaagtcctgatgctggagctgccggatctgttacaagttctgtgacaatgatcggagcttcaattgtgctgtcaatgctcgcaatcttcaagaact 206  Q
    |||  ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||    
T  8957164 acccggtcctgacgctggagctgccggatttgttacaagttctgtggctatgatcggagcttcaattgtgctgtcaatggtcgccattttcaagaact 8957261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 111; E-Value: 5e-56
Query Start/End: Original strand, 9 - 274
Target Start/End: Original strand, 8988288 - 8988543
Alignment:
Q  9 catcatcatcaactaccacaatgaaattgttcttcgtttttgtcatcgtctttgccacggtggcctcggcccaagaccttagtccgtcgttggctccagc 108  Q
    ||||||||||| |||||||||| || || |||||| ||||||||||||| || ||| | || ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  8988288 catcatcatcagctaccacaatcaagttcttcttcatttttgtcatcgtattcgccgccgtagcctcggcccaagaccttagtccctcgttgtctccagc 8988387  T
Q  109 accaagtcctgatgctggagctgccggatctgttacaagttctgtgacaatgatcggagcttcaattgtgctgtcaatgctcgcaatcttcaagaactgg 208  Q
    |||| ||||||| | |||||||||| | |||| |||||||| |||| | ||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||     
T  8988388 accaggtcctgacgttggagctgccagttctgctacaagttatgtggctatgatcggagcttcaatcgtactgtcaatgctcgctatcttcaagaactga 8988487  T
Q  209 gaaaattaaagactatgaggccattttgtgggaacactattgattatttcttgacacatgattctt 274  Q
    ||||||| |          |||||||||| ||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||    
T  8988488 gaaaattga----------gccattttgttggaacactattaattattttttgagacatgattctt 8988543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 89; E-Value: 7e-43
Query Start/End: Original strand, 62 - 202
Target Start/End: Original strand, 9029109 - 9029249
Alignment:
Q  62 gccacggtggcctcggcccaagaccttagtccgtcgttggctccagcaccaagtcctgatgctggagctgccggatctgttacaagttctgtgacaatga 161  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| | | | ||||    
T  9029109 gccaccgtggcctctgcccaagaccttagtccttcgttggctccagcaccaggtcctgatgctggagctgctggatctattacaagttcagcggctatga 9029208  T
Q  162 tcggagcttcaattgtgctgtcaatgctcgcaatcttcaag 202  Q
    |||||| |||||||||| ||||||||||||| |||||||||    
T  9029209 tcggagtttcaattgtgttgtcaatgctcgccatcttcaag 9029249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 68 - 202
Target Start/End: Original strand, 9034622 - 9034756
Alignment:
Q  68 gtggcctcggcccaagaccttagtccgtcgttggctccagcaccaagtcctgatgctggagctgccggatctgttacaagttctgtgacaatgatcggag 167  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||| | ||||||||||    
T  9034622 gtggcctctgcccaagaccttagtccttcgttggctccggcaccaggtcctgatgctggagctgctggatctgttgcaagttcggtggctatgatcggag 9034721  T
Q  168 cttcaattgtgctgtcaatgctcgcaatcttcaag 202  Q
     |||||||||| ||||||||||||| |||||||||    
T  9034722 tttcaattgtgttgtcaatgctcgccatcttcaag 9034756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 76; E-Value: 4e-35
Query Start/End: Original strand, 62 - 201
Target Start/End: Original strand, 9026150 - 9026289
Alignment:
Q  62 gccacggtggcctcggcccaagaccttagtccgtcgttggctccagcaccaagtcctgatgctggagctgccggatctgttacaagttctgtgacaatga 161  Q
    ||||| |||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||| || |||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  9026150 gccaccgtggcctctgcccaagatcttagtccttcgttggctccagcaccaggttctgatgctggagttgctggatctgttacaagttcagtggcaatga 9026249  T
Q  162 tcggagcttcaattgtgctgtcaatgctcgcaatcttcaa 201  Q
    |||||| |||| ||||  |||||||| |||| ||||||||    
T  9026250 tcggagtttcagttgtattgtcaatgatcgccatcttcaa 9026289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 74; E-Value: 6e-34
Query Start/End: Original strand, 69 - 202
Target Start/End: Original strand, 8746957 - 8747090
Alignment:
Q  69 tggcctcggcccaagaccttagtccgtcgttggctccagcaccaagtcctgatgctggagctgccggatctgttacaagttctgtgacaatgatcggagc 168  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||  ||||||||||||| ||| ||| | ||||| ||||     
T  8746957 tggcctctgcccaagacctcagtccctcgttggctccagcaccaggtcctgatgttggagctgttggatctgttacaaattcagtggctatgattggagt 8747056  T
Q  169 ttcaattgtgctgtcaatgctcgcaatcttcaag 202  Q
    |||||||||| ||||||||||||| |||||||||    
T  8747057 ttcaattgtgttgtcaatgctcgccatcttcaag 8747090  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 62 - 202
Target Start/End: Original strand, 9023446 - 9023586
Alignment:
Q  62 gccacggtggcctcggcccaagaccttagtccgtcgttggctccagcaccaagtcctgatgctggagctgccggatctgttacaagttctgtgacaatga 161  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| | |||     
T  9023446 gccacagtggcctctgcccaagaccttagtccctcgttggctccggcaccaggtcctgatgctggagctgctggatctgttacaagttcagtggctatgg 9023545  T
Q  162 tcggagcttcaattgtgctgtcaatgctcgcaatcttcaag 202  Q
    |||||  |||  ||||  ||||||||||||| |||||||||    
T  9023546 tcggaatttcggttgtattgtcaatgctcgccatcttcaag 9023586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 62 - 198
Target Start/End: Original strand, 9101224 - 9101360
Alignment:
Q  62 gccacggtggcctcggcccaagaccttagtccgtcgttggctccagcaccaagtcctgatgctggagctgccggatctgttacaagttctgtgacaatga 161  Q
    ||||| |||||||| |||||| |||| ||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||| | ||||    
T  9101224 gccaccgtggcctctgcccaaaacctcagtccctcgttggctccagcaccaggccctgatgctggagctgctggttctgttacaagttcagtggctatga 9101323  T
Q  162 tcggagcttcaattgtgctgtcaatgctcgcaatctt 198  Q
    |||||| |||||||||  ||||||||||||| |||||    
T  9101324 tcggagtttcaattgtattgtcaatgctcgccatctt 9101360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 69; E-Value: 6e-31
Query Start/End: Original strand, 74 - 206
Target Start/End: Original strand, 9108802 - 9108934
Alignment:
Q  74 tcggcccaagaccttagtccgtcgttggctccagcaccaagtcctgatgctggagctgccggatctgttacaagttctgtgacaatgatcggagcttcaa 173  Q
    ||||| |||||||| ||||| || |||||||||||| || |||||||||  |||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||    
T  9108802 tcggctcaagacctcagtccctcattggctccagcatcaggtcctgatgtcggagctgccggatctgttacaagttcagtggccatgatcggagcttcaa 9108901  T
Q  174 ttgtgctgtcaatgctcgcaatcttcaagaact 206  Q
    ||||  |||||||||| ||| |||| |||||||    
T  9108902 ttgtcttgtcaatgcttgcactcttgaagaact 9108934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 68 - 207
Target Start/End: Original strand, 9019290 - 9019429
Alignment:
Q  68 gtggcctcggcccaagaccttagtccgtcgttggctccagcaccaagtcctgatgctggagctgccggatctgttacaagttctgtgacaatgatcggag 167  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| || |  ||||| |||||| ||||||||| ||| |||   ||||||||||| ||||| ||  | ||||||||||    
T  9019290 gtggcctcggctcaagaccttagtccctcatccgctccggcaccaggtcctgatgttggggcttgtggatctgttacgagttcagttgctatgatcggag 9019389  T
Q  168 cttcaattgtgctgtcaatgctcgcaatcttcaagaactg 207  Q
    ||||||||||| |||||||||| || ||||| ||||||||    
T  9019390 cttcaattgtgttgtcaatgcttgccatcttgaagaactg 9019429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 68 - 206
Target Start/End: Original strand, 8755583 - 8755721
Alignment:
Q  68 gtggcctcggcccaagaccttagtccgtcgttggctccagcaccaagtcctgatgctggagctgccggatctgttacaagttctgtgacaatgatcggag 167  Q
    ||||| ||||| |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||  ||||||||| || ||||| ||||||||||||| ||| ||  | ||||| ||||    
T  8755583 gtggcttcggctcaagacctcagtccctcgttggctccggcaccagatcctgatgccggtgctgctggatctgttacaaattcagttgctatgattggag 8755682  T
Q  168 cttcaattgtgctgtcaatgctcgcaatcttcaagaact 206  Q
    |||| ||| |  |||| |||||||| |||||||||||||    
T  8755683 cttcgattattttgtctatgctcgccatcttcaagaact 8755721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 71 - 201
Target Start/End: Original strand, 9015428 - 9015558
Alignment:
Q  71 gcctcggcccaagaccttagtccgtcgttggctccagcaccaagtcctgatgctggagctgccggatctgttacaagttctgtgacaatgatcggagctt 170  Q
    |||||||| |||||||| || || |||||| |||| |||||| |||||||||| ||||| || |||| |||||||| ||| ||||| ||| | |||| ||    
T  9015428 gcctcggctcaagacctcagcccctcgttgtctccggcaccaggtcctgatgccggagcagctggatatgttacaaattcagtgactatggttggagttt 9015527  T
Q  171 caattgtgctgtcaatgctcgcaatcttcaa 201  Q
    |||||||  ||||||||||||| ||||||||    
T  9015528 caattgtattgtcaatgctcgccatcttcaa 9015558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 73 - 198
Target Start/End: Original strand, 9112114 - 9112239
Alignment:
Q  73 ctcggcccaagaccttagtccgtcgttggctccagcaccaagtcctgatgctggagctgccggatctgttacaagttctgtgacaatgatcggagcttca 172  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||   |||||| | |||||||  |||||| |||||| | | ||| | ||||| |||||||      
T  9112114 ctcggcccaagacctcagtccctcgttggctccggcaccagcacctgataccggagctgttggatctcttacaaatccagtggctatgatgggagctttg 9112213  T
Q  173 attgtgctgtcaatgctcgcaatctt 198  Q
    |||||| |||||||||| || |||||    
T  9112214 attgtgttgtcaatgcttgctatctt 9112239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University