View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF19580_low_20 (Length: 342)
Name: NF19580_low_20
Description: NF19580
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF19580_low_20 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 308; Significance: 1e-173; HSPs: 9)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 308; E-Value: 1e-173
Query Start/End: Original strand, 1 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 36373704 - 36373381
Alignment:
| Q |
1 |
gttactgtttgatccacaggttccatagttatcacattggtttgttggttcagaccagaacctgttccattgactcttttgattgttccaagtgaatatt |
100 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
36373704 |
gttactgtttgatccacaggttccatagttatcacattggtttgttggttcagaccagaacctgttccattgacttttttgattgttccaagtgaatatt |
36373605 |
T |
|
| Q |
101 |
tgaaagaaaccagattgctgaacaactatcctagctatgacagacttatcaaacatgttatatgagattgctacatagttatcatcatcttccacaaaag |
200 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
36373604 |
tgaaagaaaccagattgctgaacaactatcctagctatgacagacttatcaaacatgttatatgagattgctacatagttatcatcatcttccacaaaag |
36373505 |
T |
|
| Q |
201 |
aaacattcaaaatcgccatatctcgtttcatattaggtgcacctactaatattgctccgttccaatgtccaccacgctaccatggaaaatcatggttgta |
300 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
36373504 |
aaacattcaaaatcgccatatctcgtttcatattaggtgcacctactaagattgctccgttccaatgtccaccacgccaccatggaaaatcatggttgta |
36373405 |
T |
|
| Q |
301 |
cataaacaacggaggtttgacaat |
324 |
Q |
| |
|
|||||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
36373404 |
cataaacaactgaggtttgacaat |
36373381 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 2 - 316
Target Start/End: Complemental strand, 36397442 - 36397131
Alignment:
| Q |
2 |
ttactgtttgatccacaggttccatagttatcacattggtttgttggttcagaccagaacctgttccattgactcttttgattgttccaagtgaatattt |
101 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
36397442 |
ttactgtttgatccacacgttccatagttatcacattggtttgttggttctgaccagaacctgttccattgactcttttgattgttccaagtgaatattt |
36397343 |
T |
|
| Q |
102 |
gaaagaaaccagattgctgaacaactatcctagctatgacagacttatcaaacatgttatatgagattgctacatagttatcatcatcttccacaaaaga |
201 |
Q |
| |
|
||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||| ||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
36397342 |
gaatgaaaccagattgctgaacaactaacctagctatgacagacttatcaaacatgtcgtatgaaagtgctacatagtt---atcttcttccacaaaaga |
36397246 |
T |
|
| Q |
202 |
aacattcaaaatcgccatatctcgtttcatattaggtgcacctactaatattgctccgttccaatgtccaccacgctaccatggaaaatcatggttgtac |
301 |
Q |
| |
|
| |||| ||| | || ||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||| |
|
|
| T |
36397245 |
agcattaaaagtttgcaaatctcgtttcatattaggtatacctacaaatagtgctccgttccaatgtccaccacgccaccatggaaggttatggttgtac |
36397146 |
T |
|
| Q |
302 |
ataaacaacggaggt |
316 |
Q |
| |
|
||||||||| ||||| |
|
|
| T |
36397145 |
ataaacaactgaggt |
36397131 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 161; E-Value: 8e-86
Query Start/End: Original strand, 8 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 36387656 - 36387356
Alignment:
| Q |
8 |
tttgatccacaggttccatagttatcacattggtttgttggttcagaccagaacctgttccattgactcttttgattgttccaagtgaatatttgaaaga |
107 |
Q |
| |
|
||||||||||| |||||||||||| |||||| || | ||||||||||||| ||| | ||||||| | | ||||| ||| ||| ||||| |||||| || |
|
|
| T |
36387656 |
tttgatccacatgttccatagttaccacattcgtcagatggttcagaccagcaccggctccattggcccgtttgactgtcccacctgaatgtttgaagga |
36387557 |
T |
|
| Q |
108 |
aaccagattgctgaacaactatcctagctatgacagacttatcaaacatgttatatgagattgctacatagttatcatcatcttccacaaaagaaacatt |
207 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
36387556 |
aaccagattgctgaatcactaccctagttatgacagacttagcgaacatgttatatgagaatgctacatagttatcatcatcttccaaaaaagaaacatt |
36387457 |
T |
|
| Q |
208 |
caaaatcgccatatctcgtttcatattaggtgcacctactaatattgctccgttccaatgtccaccacgctaccatggaaaatcatggttgtacataaac |
307 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||| |||| |||| ||||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
36387456 |
caaaatcgccatatctcgtttcatatcaggtgcacctattaaggttgctccgttccaatgtccaccgcgccaccaaggaagatcatggttgtacattaac |
36387357 |
T |
|
| Q |
308 |
a |
308 |
Q |
| |
|
| |
|
|
| T |
36387356 |
a |
36387356 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 159; E-Value: 1e-84
Query Start/End: Original strand, 2 - 318
Target Start/End: Complemental strand, 36369084 - 36368771
Alignment:
| Q |
2 |
ttactgtttgatccacaggttccatagttatcacattggtttgttggttcagaccagaacctgttccattgactcttttgattgttccaagtgaatattt |
101 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||| ||| ||| ||||| ||| |
|
|
| T |
36369084 |
ttactgtttgatccacaggttccatagttatcacattggtctgttggttcagaccagtaccggttccattggctcttttgactgtcccacatgaatgttt |
36368985 |
T |
|
| Q |
102 |
gaaagaaaccagattgctgaacaactatcctagctatgacagacttatcaaacatgttatatgagattgctacatagttatcatcatcttccacaaaaga |
201 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| |||| |||| |||||||||||||| ||||||||||| | | |||||||||||| |||||||| || ||||| |
|
|
| T |
36368984 |
gaaagaaaccagattgctgaaccgctattctagtaatgacagacttatcgaacatgttatacgtaagtgctacatagtt---gtcatcttcaaccaaaga |
36368888 |
T |
|
| Q |
202 |
aacattcaaaatcgccatatctcgtttcatattaggtgcacctactaatattgctccgttccaatgtccaccacgctaccatggaaaatcatggttgtac |
301 |
Q |
| |
|
|||||| ||| | | |||||||||||||||||||||| |||||| |||| | |||||||||| |||||||||||| |||| |||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
36368887 |
aacattaaaagtggtcatatctcgtttcatattaggtatacctacaaataattctccgttccagtgtccaccacgccaccaaggaagatcatggttgtac |
36368788 |
T |
|
| Q |
302 |
ataaacaacggaggttt |
318 |
Q |
| |
|
||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
36368787 |
ataaacaactgaggttt |
36368771 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 155; E-Value: 3e-82
Query Start/End: Original strand, 2 - 318
Target Start/End: Complemental strand, 36404375 - 36404062
Alignment:
| Q |
2 |
ttactgtttgatccacaggttccatagttatcacattggtttgttggttcagaccagaacctgttccattgactcttttgattgttccaagtgaatattt |
101 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||| |||||||||| |||||| ||| ||| |||||||||| |
|
|
| T |
36404375 |
ttactgtttgatccacatgttccatagttatcacattggtctgttggttctgaatagaaccggttccattgattcttttcattcccccacgtgaatattt |
36404276 |
T |
|
| Q |
102 |
gaaagaaaccagattgctgaacaactatcctagctatgacagacttatcaaacatgttatatgagattgctacatagttatcatcatcttccacaaaaga |
201 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| | ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
36404275 |
gaaagaaaccagattgattaacaactttcctagcgatgacagacttatcaaacatgttatatgagattgctacggagtt---ttcatcttccacaaaaga |
36404179 |
T |
|
| Q |
202 |
aacattcaaaatcgccatatctcgtttcatattaggtgcacctactaatattgctccgttccaatgtccaccacgctaccatggaaaatcatggttgtac |
301 |
Q |
| |
|
||| || ||| | ||||||||||||||||||||||| ||||| | || | | |||| |||||||||||| ||||| ||||||||| | |||||||||| |
|
|
| T |
36404178 |
aacgttaaaagtttccatatctcgtttcatattaggtacacctgcaaacagttctccattccaatgtccagcacgccaccatggaaggttatggttgtac |
36404079 |
T |
|
| Q |
302 |
ataaacaacggaggttt |
318 |
Q |
| |
|
||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
36404078 |
ataaacaactgaggttt |
36404062 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 2 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 36425855 - 36425535
Alignment:
| Q |
2 |
ttactgtttgatccacaggttccatagttatcacattggtttgttggttcagaccagaacctgttccattgactcttttgattgttccaagtgaatattt |
101 |
Q |
| |
|
||||| ||||||||||| ||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||| | ||||||| ||||||||| ||| ||| |||||| ||| |
|
|
| T |
36425855 |
ttactatttgatccacatgttccgtagttagcacattggtctgttggttcagaccagtaccggctccattggctcttttgactgtcccacgtgaatgttt |
36425756 |
T |
|
| Q |
102 |
gaaagaaaccagattgctgaacaactatcctagctatgacagacttatcaaacatgttatatgagattgctacatagttatcatcatcttccacaaaaga |
201 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| || ||||| |
|
|
| T |
36425755 |
gaaagaaaccagattgctgaaccactaccctagtaatgacatacttattaaacatgttatatgagagtgctacatagtt---gtcatcttcaacgaaaga |
36425659 |
T |
|
| Q |
202 |
aacattcaaaatcgccatatctcgtttcatattaggtgcacctactaatattgctccgttccaatgtccaccacgctaccatggaaaatcatggttgtac |
301 |
Q |
| |
|
||| || || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | | ||| |||| |||||||| |
|
|
| T |
36425658 |
aacgttacgaacggccatatctcgtttcatattaggtagacctactaatatttctccgttccaatgtccaccacgccagaaacgaacatcacggttgtac |
36425559 |
T |
|
| Q |
302 |
ataaacaacggaggtttgacaatt |
325 |
Q |
| |
|
||||||||| | |||||| ||||| |
|
|
| T |
36425558 |
ataaacaactgcggtttgccaatt |
36425535 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 130; E-Value: 3e-67
Query Start/End: Original strand, 2 - 309
Target Start/End: Complemental strand, 36411689 - 36411385
Alignment:
| Q |
2 |
ttactgtttgatccacaggttccatagttatcacattggtttgttggttcagaccagaacctgttccattgactcttttgattgttccaagtgaatattt |
101 |
Q |
| |
|
|||||||||| |||||| ||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||| | |||||||||||| |||| ||| ||| ||||| ||| |
|
|
| T |
36411689 |
ttactgtttggtccacatgttccgtagttagcacattggtctgttggttcagaccagtaccggctccattgactctcttgactgtcccacatgaatgttt |
36411590 |
T |
|
| Q |
102 |
gaaagaaaccagattgctgaacaactatcctagctatgacagacttatcaaacatgttatatgagattgctacatagttatcatcatcttccacaaaaga |
201 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||| || |||| |
|
|
| T |
36411589 |
gaaagaaaccagattgctgaaccactatccttgtaatgacagacttattaaacatgttatatgagagtgatacatagtt---gtcatcttcaacccaaga |
36411493 |
T |
|
| Q |
202 |
aacattcaaaatcgccatatctcgtttcatattaggtgcacctactaatattgctccgttccaatgtccaccacgctaccatggaaaatcatggttgtac |
301 |
Q |
| |
|
|||||| || |||||||||| | |||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
36411492 |
aacattacgaactgccatatctcctatcatatgaggtaggcctactaatattgctccattccaatgtccaccacgccaccaaggacgatcatggttgtac |
36411393 |
T |
|
| Q |
302 |
ataaacaa |
309 |
Q |
| |
|
|||||||| |
|
|
| T |
36411392 |
ataaacaa |
36411385 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 130; E-Value: 3e-67
Query Start/End: Original strand, 2 - 309
Target Start/End: Complemental strand, 36417020 - 36416716
Alignment:
| Q |
2 |
ttactgtttgatccacaggttccatagttatcacattggtttgttggttcagaccagaacctgttccattgactcttttgattgttccaagtgaatattt |
101 |
Q |
| |
|
|||||||||| |||||| ||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||| | |||||||||||| |||| ||| ||| ||||| ||| |
|
|
| T |
36417020 |
ttactgtttggtccacatgttccgtagttagcacattggtctgttggttcagaccagtaccggctccattgactctcttgactgtcccacatgaatgttt |
36416921 |
T |
|
| Q |
102 |
gaaagaaaccagattgctgaacaactatcctagctatgacagacttatcaaacatgttatatgagattgctacatagttatcatcatcttccacaaaaga |
201 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||| || |||| |
|
|
| T |
36416920 |
gaaagaaaccagattgctgaaccactatccttgtaatgacagacttattaaacatgttatatgagagtgatacatagtt---gtcatcttcaacccaaga |
36416824 |
T |
|
| Q |
202 |
aacattcaaaatcgccatatctcgtttcatattaggtgcacctactaatattgctccgttccaatgtccaccacgctaccatggaaaatcatggttgtac |
301 |
Q |
| |
|
|||||| || |||||||||| | |||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
36416823 |
aacattacgaactgccatatctcctatcatatgaggtaggcctactaatattgctccattccaatgtccaccacgccaccaaggacgatcatggttgtac |
36416724 |
T |
|
| Q |
302 |
ataaacaa |
309 |
Q |
| |
|
|||||||| |
|
|
| T |
36416723 |
ataaacaa |
36416716 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 91; E-Value: 5e-44
Query Start/End: Original strand, 2 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 36433712 - 36433411
Alignment:
| Q |
2 |
ttactgtttgatccacaggttccatagttatcacattggtttgttggttcagaccagaacctgttccattgactcttttgattgttccaagtgaatattt |
101 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||| |||| ||||| ||| | ||||||| |
|
|
| T |
36433712 |
ttactgtttgatccacatgttccatagttatcacattggtttgttggttgtgaatagaactggttccattgactttttttattgtcccacattaatattt |
36433613 |
T |
|
| Q |
102 |
gaaagaaaccagattgctgaacaactatcctagctatgacagacttatcaaacatgttatatgagattgctacatagttatcatcatcttccacaaaaga |
201 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| || ||||||| | |||||||||||||| ||||||||| | || |||||||| ||| ||||||| |||||||| |
|
|
| T |
36433612 |
gaaagaaaccagattgctgaaccaccatcctagtaacgacagacttatcaaccatgttatacgtgagtgctacattgtt---gtcatcttgaacaaaaga |
36433516 |
T |
|
| Q |
202 |
aacattcaaaatcgccatatctcgtttcatattaggtgcacctactaatattgctccgttccaatgtccaccacgctaccatggaaaatcatggttgtac |
301 |
Q |
| |
|
|| || ||| | || ||| ||||||| |||||| ||||| ||||| |||||| |||||| || |||||||| |||| |||| | ||| |||||| |
|
|
| T |
36433515 |
aatgttaaaagtgtccctatttcgtttcgcattaggcacacctgataatagtgctccattccaaggttcaccacgccaccagggaaggttatgtttgtac |
36433416 |
T |
|
| Q |
302 |
ataaa |
306 |
Q |
| |
|
||||| |
|
|
| T |
36433415 |
ataaa |
36433411 |
T |
|
Back To:
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