View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19583_low_1 (Length: 1195)

Name: NF19583_low_1
Description: NF19583
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19583_low_1
NF19583_low_1
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (329-1178)||(43713685-43714542)
chr7 (13-224)||(43714648-43714859)
chr7 (853-989)||(6818722-6818858)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (329-1156)||(52893183-52894026)
chr1 (13-224)||(52892868-52893076)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 797; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 797; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 329 - 1178
Target Start/End: Complemental strand, 43714542 - 43713685
Alignment:
Q  329 ctactaggaaaaagtaccaaatttgacatattataaagtctagacaatctttgacttacaagtcaattttttgaggctgagttaggccctgaaacttcat 428  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43714542 ctactaggaaaaagtaccaaatttgacatattataaagtctagacaatctttgacttacaagtcaattttttgaggctgagttaggccctgaaacttcat 43714443  T
Q  429 aattagtttcaaagtagttaaacttctgcggttcattataaataagaaacaaagtatgattcctgcccagaacttttgcttaaagtgatgttatcgttca 528  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  43714442 aattagtttcaaagtagttaaacttctgcggtttattataaataagaaacaaagtatgattcctgcccagaacttttgcttaaagtgatgttattgttca 43714343  T
Q  529 tcaagtagaagtattcatttgattttgacaagaaaccacaattcatttgaattatagactagttcaataaacctccataaagtgcttgaccaatccagta 628  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  43714342 tccagtagaagtattcatttgattttgacaagaaaccacaattcatttgaattatagactagttcaataaacctccataaagtgcttaaccaatccagta 43714243  T
Q  629 aaccatccagctacacaatttgctggttgaaccagctgacttttgatgaactattctcggcttggttcatatttgtatcttttagggatgaaacttcttg 728  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43714242 aaccatccagctacacaatttgctggttgaaccagctgacttttgatgaactattctcggcttggttcatatttgtatcttttagggatgaaacttcttg 43714143  T
Q  729 ttttcctttctcttggaagatcaaatataaatcatgcacttctatcgaaacagtttacatttgtaacttaatatttgttttcattt--------aatctt 820  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||        ||||||    
T  43714142 ttttcctttctcttggaagatcaaatataaatcatgcacttctatcgaaacagtttacatttgtaatttaatatttgttttcatttaatcatttaatctt 43714043  T
Q  821 acattcttattgtcattttgcaacgtcaaccaataggaaaagtcattcaggcccaatgatgaggatgatgatgactaggatgacgacttcagtgatgacg 920  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  43714042 acattcttattgtcattttgcaacgtcaaccaataggaaaagtcattcaggcccaatgatgaggatgatgatgactaggatgatgacttcagtgatgacg 43713943  T
Q  921 aagagttacagtccccaatagatgaggtggatccttttatttattttgtggatacagtgaaaggtatgctgatactgccccttaaagcatgtcaaaggtt 1020  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43713942 aagagttacagtccccaatagatgaggtggatccttttatttattttgtggatacagtgaaaggtatgctgatactgccccttaaagcatgtcaaaggtt 43713843  T
Q  1021 tcatttaccaataactctggtttttgttataattgtctgaaataaatttgtcggcagtgatgcaatcatcagagccaacgaggttcagaacctgactcag 1120  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  43713842 tcatttaccaataactctggtttttgttataattgtctgaaataaatttgtcggcagtgatgcaatcatcagagccaacgaggttcagaacctaactcag 43713743  T
Q  1121 acatttgagttctcttatcaagctcttgcaaatggtcaagttggaaaagtcagcagct 1178  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43713742 acacttgagttctcttatcaagctcttgcaaatggtcaagttggaaaagtcagcagct 43713685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 200; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 13 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 43714859 - 43714648
Alignment:
Q  13 ataattctgaagactgaaagaacatttgcatgtgtatattaactaaatataggatatggagtttaccaagttgcatgcaataaaggttgcaatttgtatg 112  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43714859 ataattctcaagactgaaagaacatttgcatgtgtatattaaccaaatataggatatggagtttaccaatttgcatgcaataaaggttgcaatttgtatg 43714760  T
Q  113 caggaaatctagtagtagttcacaatttgctgagttgtttattgctagaaatttaatgtttgatatcatttacgtgtttagaataattgtaaaatatttt 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43714759 caggaaatctagtagtagttcacaatttgctgagttgtttattgctagaaatttaatgtttgatatcatttacgtgtttagaataattgtaaaatatttt 43714660  T
Q  213 aatctgtgtagg 224  Q
    ||||||||||||    
T  43714659 aatctgtgtagg 43714648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 53; E-Value: 8e-21
Query Start/End: Original strand, 853 - 989
Target Start/End: Original strand, 6818722 - 6818858
Alignment:
Q  853 ataggaaaagtcattcaggcccaatgatgaggatgatgatgactaggatgacgacttcagtgatgacgaagagttacagtccccaatagatgaggtggat 952  Q
    ||||| |||||||||| ||||   |||||| ||||| ||||| |  |||||||| |  || || || |||||||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  6818722 ataggcaaagtcattccggccagctgatgacgatgacgatgattcagatgacgattatagcgacgatgaagagttgcagtccccaattgatgaggtggat 6818821  T
Q  953 ccttttatttattttgtggatacagtgaaaggtatgc 989  Q
    ||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||    
T  6818822 ccttttattttctttgtggatacaatgaaaggtatgc 6818858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 358; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 358; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 329 - 1156
Target Start/End: Original strand, 52893183 - 52894026
Alignment:
Q  329 ctactaggaaaaagtaccaaatttgacatattataaagtctagacaatctttgacttacaagtcaattttttgaggctgagttaggccctgaaacttcat 428  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | || |||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| |    
T  52893183 ctactaggaaaaagtaccaaatttgacatagtataaagtctagacaatttgtgccttataagtcaattttgtgaggctgaattaggccctgaaacttcgt 52893282  T
Q  429 aattagtttcaaagtagttaaacttctgcggttcattataaataagaaacaaagtatgatt-cctgcccagaacttttgcttaaagtgatgttatcgttc 527  Q
    |||||||||||||||||  ||  ||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  52893283 aattagtttcaaagtag-caagtttctgcaattcagtataaataagaaacaaagtatgattccctgcccagaacttttgcttaaagtgatgttattgttc 52893381  T
Q  528 atcaagtagaagtatt---catt------------tga-ttttgacaagaaaccacaattcatttgaattatagactagttcaataaacctccataaagt 611  Q
    | | ||||||||||||   ||||            ||| |||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||    
T  52893382 acccagtagaagtattcgccattttgttaacttaatgatttttgacaagaaaccatagtttatttgaattatagactagttcaatgaacctccataaggt 52893481  T
Q  612 gcttgaccaatccagtaaaccatccagctacacaatttgctggttgaaccagctgacttttgatgaactattctcggcttggttcatatttgtatctttt 711  Q
    |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||  || || ||||||||| ||  |||| ||||||||||||||||||    
T  52893482 gcttaaccgatccagtaaaccatccagctacacaattttgtggttgaaccagctggtttgtgttgaactattgtcttcttgattcatatttgtatctttt 52893581  T
Q  712 agggatgaaacttcttgttttcctttctcttggaagatcaaatataaatcatgcacttctatcgaaacagtttacatttgtaacttaatatttgttttca 811  Q
    ||| ||||||   |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||        ||||||||||||||| | |||| |||||||||||    
T  52893582 aggaatgaaa---cttgtttttctttctcttggaagataaaatataaatcgtgcactt--------acagtttacatttgtgatttaacatttgttttca 52893670  T
Q  812 ttt--aatcttacattcttattgtcattttgcaacgtcaaccaataggaaaagtcattcaggcccaatgatgaggatgatgatgactaggatgacgactt 909  Q
    |||   |||||| ||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||         |||||||| ||||  |||||||||||    
T  52893671 ttttatatcttaaattcttattgtca-tttgcaatgtcatccaataggaaaagtcattcaggccc---------gatgatgaggactcagatgacgactt 52893760  T
Q  910 cagtgatgacgaagagttacagtccccaatagatgaggtggatccttttatttattttgtggatacagtgaaaggtatgctgatactgccccttaaagca 1009  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  52893761 cagtgatgacgaagagttacagtccccaattgatgaagtggatccttttattttttttgtggatacaatgaaaggtatgctgatactgcaccttaaagca 52893860  T
Q  1010 tgtcaaaggtttcatttaccaataactctggtttttgttataattgtct------------------gaaataaatttgtcggcagtgatgcaatcatca 1091  Q
    ||| |||||||||||||||||||| || |  || | | |||||||||||                  |||||||||||||| | ||||||||||||||||    
T  52893861 tgttaaaggtttcatttaccaatacctatcattatcgctataattgtctaacatatcatctgtattcgaaataaatttgtctgtagtgatgcaatcatca 52893960  T
Q  1092 gagccaacgagg-ttcagaacctgactcagacatttgagttctcttatcaagctcttgcaaatggt 1156  Q
    || |||| |||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52893961 gatccaatgaggtttcagaacctgacccagacacttgagttctcttatcaagctcttgcaaatggt 52894026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 79; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 13 - 224
Target Start/End: Original strand, 52892868 - 52893076
Alignment:
Q  13 ataattctgaagactgaaagaacatttgcatgtgtatattaactaaatataggatatggagtttaccaagttgcatgc-----aataaaggttgcaattt 107  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||     || |||||||||||| |    
T  52892868 ataattctgaagactcaaagaacatttgcatccatatattaactaaatataggatatttagtttaccaatttgcatgcaaaaaaaaaaaggttgcaatct 52892967  T
Q  108 gtatgcaggaaatctagtagtagttcacaatttgctgagttgtttattgctagaaatttaatgtttgatatcatttacgtgtttagaataattgtaaaat 207  Q
    |||  |||||||||   ||||| |||||||||||   ||||  |||||||||||     | |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  52892968 gtacacaggaaatc---tagtaattcacaatttggcaagttcgttattgctaga-----agtgtttgatatcattcacgtgtttagaatatttgtaaaat 52893059  T
Q  208 attttaatctgtgtagg 224  Q
    |||||||||||| ||||    
T  52893060 attttaatctgtatagg 52893076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University