View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19584_low_2 (Length: 644)

Name: NF19584_low_2
Description: NF19584
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19584_low_2
NF19584_low_2
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (18-644)||(31081015-31081642)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 562; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 562; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 644
Target Start/End: Original strand, 31081015 - 31081642
Alignment:
Q  18 gagaatacatgtgtaatctaatcagcaagcacaatttagtggtagaaaacgggggaaataaaaattgatagttttgaacctgcatctcctttattcacca 117  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31081015 gagaatacgtgtgtaatctaatcagcaagcacaatttagtggtagaaaacgggggaaataaaaattgatagttttgaacctgcatctcctttattcacca 31081114  T
Q  118 c-catctcctctgcatgggacaaatgataaatattcacagtccataatggcgtcagttgtgacgaacgagttataatgaagtaagcaaaatacataaaag 216  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31081115 ctcatctcctctgcatgggacaaatgataaatattcacagtccataatggcgtcagttgtgacgaacgagttataatgaagtaagcaaaatacataaaag 31081214  T
Q  217 ttaggtaaggccaatattttcttgtggcaaatttgggaatgaaatacatttctttatttctttttaatactatttctttgtctttggccaaataacattt 316  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31081215 ttagataaggccaatattttcttgtggcaaatttgggaatgaaatacatttctttatttctttttaatactatttctttgtctttggccaaataacattt 31081314  T
Q  317 agatatagttagacgtttattatgtatgaactactttttaagnnnnnnnnnncttttgctacatattgattttttaggccataaattattttcacaatta 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31081315 agatatagttagacgtttattatgtatgaactactttttaagttttctttttcttttgctacatattgattttttaggccataaattattttcacaatta 31081414  T
Q  417 ccctcttttcactagacttaattaattaaaatatgattatgtggacgtttagtgttatattggtgtgttcaaaattcaaatttattgcactcaaaactat 516  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  31081415 ccctcttttcactagacttaattaattaaaatatgattatgtggacgtttagtgttatattggtgggttcaaaattcaaatttattgcactcaaaattat 31081514  T
Q  517 gataggtggtagagatgtggtgttggagtgggtaggtggattgatgacaatattggtagagatgtaggcgatggtgataaaactctttttaggtggtgtg 616  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  31081515 gattggtggtagagatgtggtgttggagtgggtaggtggattgatgacaatattggtagagatgtaggcgatggtaatacaactctttttaggtggtgtg 31081614  T
Q  617 gtgttgaaaaatggtaacaatgatttgc 644  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  31081615 gtgttgaaaaatggtaacaatgatttgc 31081642  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University