View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF19586_low_1 (Length: 1158)
Name: NF19586_low_1
Description: NF19586
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF19586_low_1 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 990; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 990; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 1147
Target Start/End: Original strand, 12751190 - 12752320
Alignment:
| Q |
19 |
tgttgagacatggcatgaccccaagagtgtgacggcgcacgctacggtaacgacattgtcaagtgcccgttgaagaggctctgttgagaactctgtcatt |
118 |
Q |
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| T |
12751190 |
tgttgagacatggcatgaccccaagagtgtgacagcgcacgctatggtaacgacattgtcaagtgcccgttgaagaggctctgttgagaactctgtcatt |
12751289 |
T |
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| Q |
119 |
gcatccatgacaaccaccacatgtttgttggtgtttcctatgcttgtaaggtcatgatcaggaagatcattctcatatgacctcttgtcccatggaaggn |
218 |
Q |
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| T |
12751290 |
gcatccatgacaaccaccacatgtttgttggtgtttcctgtgcttgtaaggtcatgatcaggaagatcattctcatgtgacctcttgtcccgtggaagga |
12751389 |
T |
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| Q |
219 |
nnnnnnncctcggcattgatttttaagattctagtacaaatgctaacaatagtaacaactaaagaaggaactgggaaaggcatttgtttaagtcatatta |
318 |
Q |
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| T |
12751390 |
aaaaaa-cctcggcattgatttttaagattctagtacaaatgctaacaatagtaacaactgaagaaggaactgggaaaggcatttgtttaagtcatatta |
12751488 |
T |
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| Q |
319 |
tatccttttatagatcattttcattgctcagaaagaaatgcatacaaagtgctcgacatgatcaagagttgcttagtaattg--atgtcttaaatgttgc |
416 |
Q |
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| T |
12751489 |
tatccttttatagatcattttcattgctcagaaagaaatgcatacgaagtgctcgacatgatcaagagttgcttagtaattgggatgtcttaaatgttgc |
12751588 |
T |
|
| Q |
417 |
attaaataaagaaagattatttagttattcttgccctcagatataatcaatgttcaataatcaatcttgacaaatatcgtaatgacaggccaattagtta |
516 |
Q |
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| T |
12751589 |
attaaataaagaaagattatttagttattcttgccctcagatataatcaatgttcaataatcaatcttgacaaatatcgtaatgacaggccaattagtta |
12751688 |
T |
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| Q |
517 |
cattaactaaactcaagcaccaaaatccactgaagggaatctactcatcggtgcaaacagtttgacatcgtaatctactcatgtattaaacaaacaacaa |
616 |
Q |
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| T |
12751689 |
cattaactaaactcaagcaccaaaatcaaccgaaggggatctactcatcggtgcaaacagtttgacatcgtaatctactcatgtattaaacaaacaacaa |
12751788 |
T |
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| Q |
617 |
atattgggaagatggggatatgccttaaatcactagtaatatttatcatcaccaatgctatcatttaaaatattattgtcctnnnnnnnntgctattatt |
716 |
Q |
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| T |
12751789 |
atattgggaagatggggatatgccttaaatcactagtaatatttatcatcaccaatgctatcatttaaaatattattgtcc-aaaaaaaatgctattatt |
12751887 |
T |
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| Q |
717 |
taaaatattatagtacaacatctttgaccacgatttctatttgtatctgttcttctcatgcataatggaacagggtgtgccatgtcatgactatacaatt |
816 |
Q |
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| T |
12751888 |
taaaatattatagtacaacatccttgaccacgatttctatttgtatctgttcttctcatgcataatggaacagggtgtgccatgtcatgactatacaatt |
12751987 |
T |
|
| Q |
817 |
tggctggaggtattggttttaacaagaagaccagagataaaggtattttcaccccaaaaaaccaagtacacagccaaatgtctaaagtcaaagac--tat |
914 |
Q |
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| T |
12751988 |
tggctggaggtattggttttaacaaaaagaccacagataaaggtattttcaccccaaaaaaccaagtacacagccaaatgcctaaagtcaaagactatat |
12752087 |
T |
|
| Q |
915 |
tcactgtgaaactccggctgccacagggtagcttccgacagaagcatggcctgatttcttgcgagcactgctgctgtctttgtcagaatgcgatgaacca |
1014 |
Q |
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| T |
12752088 |
tcactgtgaaactccggctgccacagggtagcttccgacagaagcatggcctgatttcttgcgagcactgctgctgtctttgtcagaatgcgatgaacca |
12752187 |
T |
|
| Q |
1015 |
gtcttttttctcttgttttctggagaatcaccaagtaagtccaaaaatgcacctctccttgaaccaggcatattcctaacatatgccctggcagctttat |
1114 |
Q |
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|
| T |
12752188 |
gtcttttttctcttgttttctggagaatcgccaagtaagtccaaaaatgcacctctccttgaaccaggcatattcctaacatatgccctggcagctttat |
12752287 |
T |
|
| Q |
1115 |
tttgaggattatccgaagacttgcctgatgatg |
1147 |
Q |
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| T |
12752288 |
tttgaggattatccgaagacttgcctgatgatg |
12752320 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 989; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 1147
Target Start/End: Original strand, 12814154 - 12815280
Alignment:
| Q |
19 |
tgttgagacatggcatgaccccaagagtgtgacggcgcacgctacggtaacgacattgtcaagtgcccgttgaagaggctctgttgagaactctgtcatt |
118 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
12814154 |
tgttgagacatggcatgaccccaagagtgtgacagcgcacgctacggtaacgacattgtcaagtgcccgttgaagaggctctgttgagaact--gtcatt |
12814251 |
T |
|
| Q |
119 |
gcatccatgacaaccaccacatgtttgttggtgtttcctatgcttgtaaggtcatgatcaggaagatcattctcatatgacctcttgtcccatggaaggn |
218 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
12814252 |
gcatccatgacaaccaccacatgtttgttggtgtttcctgtgcttgtaaggtcatgatcaggaagatcattctcatgtgacctcttgtcccgtggaag-a |
12814350 |
T |
|
| Q |
219 |
nnnnnnncctcggcattgatttttaagattctagtacaaatgctaacaatagtaacaactaaagaaggaactgggaaaggcatttgtttaagtcatatta |
318 |
Q |
| |
|
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|
| T |
12814351 |
aaaaaaacctcggcattgatttttaagattctagtacaaatgctaacaatagtaacaactgaagaaggaactgggaaaggcatttgtttaagtcatatta |
12814450 |
T |
|
| Q |
319 |
tatccttttatagatcattttcattgctcagaaagaaatgcatacaaagtgctcgacatgatcaagagttgcttagtaattg--atgtcttaaatgttgc |
416 |
Q |
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| T |
12814451 |
tatccttttatagatcattttcattgctcagaaagaaatgcatacgaagtgctcgacatgatcaagagttgcttagtaattgggatgtcttaaatgttgc |
12814550 |
T |
|
| Q |
417 |
attaaataaagaaagattatttagttattcttgccctcagatataatcaatgttcaataatcaatcttgacaaatatcgtaatgacaggccaattagtta |
516 |
Q |
| |
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|
| T |
12814551 |
attaaataaagaaagattatttagttattcttgccctcggatataatcaatgttcaataatcaatcttgacaaatatcgtaatgacaggccaattagtta |
12814650 |
T |
|
| Q |
517 |
cattaactaaactcaagcaccaaaatccactgaagggaatctactcatcggtgcaaacagtttgacatcgtaatctactcatgtattaaacaaacaacaa |
616 |
Q |
| |
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|
| T |
12814651 |
cattaactaaactcaagcaccaaaatccaccgaagggaatctactcatcggtgcaaacagtttgacatcgtaatctcctcatgtattaaacaaacaacaa |
12814750 |
T |
|
| Q |
617 |
atattgggaagatggggatatgccttaaatcactagtaatatttatcatcaccaatgctatcatttaaaatattattgtcctnnnnnnnntgctattatt |
716 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
12814751 |
atattgggaagatggggatatgccttaaatcactagtaatatttatcatcaccaatgctatcatttaaaatattattgtcc-aaaaaaaatgctattatt |
12814849 |
T |
|
| Q |
717 |
taaaatattatagtacaacatctttgaccacgatttctatttgtatctgttcttctcatgcataatggaacagggtgtgccatgtcatgactatacaatt |
816 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
12814850 |
taaaatattatagtacaacatccttgaccacgatttctatttgtatctgttctactcatgcataatggaacagggtgtgccatgtcatgactatacaatt |
12814949 |
T |
|
| Q |
817 |
tggctggaggtattggttttaacaagaagaccagagataaaggtattttcaccccaaaaaaccaagtacacagccaaatgtctaaagtcaaagactattc |
916 |
Q |
| |
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|
| T |
12814950 |
tggctggaggtattggttttaacaaaaagaccacagataaaggtattttcaccccaaaaaaccaagtacacagccaaatgcctaaagtcaaagactattc |
12815049 |
T |
|
| Q |
917 |
actgtgaaactccggctgccacagggtagcttccgacagaagcatggcctgatttcttgcgagcactgctgctgtctttgtcagaatgcgatgaaccagt |
1016 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
12815050 |
actgtgaaactccggctgccacagggtagcttccgacagaagcatggcctgatttcttgcgagcactgctgctgtctttgtcagaatgcgatgaaccagt |
12815149 |
T |
|
| Q |
1017 |
cttttttctcttgttttctggagaatcaccaagtaagtccaaaaatgcacctctccttgaaccaggcatattcctaacatatgccctggcagctttattt |
1116 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
12815150 |
cttttttctcttgttttctggagaatcaccaagtaagtccaaaaatgcacctctccttgaaccaggcatattcctaacatatgccctggcagctttattt |
12815249 |
T |
|
| Q |
1117 |
tgaggattatccgaagacttgcctgatgatg |
1147 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
12815250 |
tgaggattatccgaagacttgcctgatgatg |
12815280 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6 (Bit Score: 53; Significance: 8e-21; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 53; E-Value: 8e-21
Query Start/End: Original strand, 966 - 1117
Target Start/End: Complemental strand, 7779469 - 7779318
Alignment:
| Q |
966 |
tgatttcttgcgagcactgctgctgtctttgtcagaatgcgatgaaccagtcttttttctcttgtttt-ctggagaatcaccaagtaagtccaaaaatgc |
1064 |
Q |
| |
|
|||||||||| |||||||| ||| | |||||||||| ||||||||| | ||||||||||||| |||| |||| |||||||||| || || ||||||||| |
|
|
| T |
7779469 |
tgatttcttgggagcactgttgcggcctttgtcagactgcgatgaatcgatcttttttctcttatttttctgg-gaatcaccaattatgttcaaaaatgc |
7779371 |
T |
|
| Q |
1065 |
acctctccttgaaccaggcatattcctaacatatgccctggcagctttatttt |
1117 |
Q |
| |
|
| |||||||||||| | |||||||| ||| | | || ||||||||||||||| |
|
|
| T |
7779370 |
atctctccttgaactatgcatattcttaatacacgcaatggcagctttatttt |
7779318 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 49; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 966 - 1124
Target Start/End: Complemental strand, 7774658 - 7774503
Alignment:
| Q |
966 |
tgatttcttgcgagcactgctgctgtctttgtcagaatgcgatgaaccagtcttttttctcttgttttctggagaatcaccaagtaagtccaaaaatgca |
1065 |
Q |
| |
|
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| T |
7774658 |
tgatttcttgggagcactgtcgctgcctttgtcagactgcgacgaatccatcttt---ctcttgttttctggggatgcaccgattaagtccaaaaatcga |
7774562 |
T |
|
| Q |
1066 |
cctctccttgaaccaggcatattcctaacatatgccctggcagctttattttgaggatt |
1124 |
Q |
| |
|
||||| ||||||||| ||||||| ||| |||||| || ||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
7774561 |
cctcttcttgaaccattcatattcttaagatatgcaatgtcagctttattttgaggatt |
7774503 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 1056 - 1124
Target Start/End: Complemental strand, 7768370 - 7768302
Alignment:
| Q |
1056 |
caaaaatgcacctctccttgaaccaggcatattcctaacatatgccctggcagctttattttgaggatt |
1124 |
Q |
| |
|
|||||||||| |||||||||||||| |||||||| | ||||| | ||||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
7768370 |
caaaaatgcatctctccttgaaccatgcatattcttcacataagaaatggcagctttattttcaggatt |
7768302 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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