View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF19589_high_11 (Length: 556)
Name: NF19589_high_11
Description: NF19589
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF19589_high_11 |
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Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 474; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 474; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 541
Target Start/End: Original strand, 52998331 - 52998874
Alignment:
| Q |
1 |
atattgggggcggaatatatgcacatgcagtactactcctcatatatatcccacatttagaatgcatattataagagataagggattggctgcatacaat |
100 |
Q |
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| T |
52998331 |
atattgggtgcggaatatatgcacatgcagtactactcctcat------cccacatttagaatgcatattataagagataagggattggctgcatacaat |
52998424 |
T |
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| Q |
101 |
gtggtcctcgttctatctacaatatattata------tagagatatagcagaatgatagtcatattcagatataaattttggtcgataaaatattaattg |
194 |
Q |
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| T |
52998425 |
gtggtcctcgttctatctgcaatatattatatatatatagagatatagcagaatgatagtcatattcagatataaattttggtcgataaaatattaattg |
52998524 |
T |
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| Q |
195 |
gtagagaatcatattgatatggaggattggtatttctatctgcagaattaactactagctagttagacatttttgtttttcattcaattcccatgttcta |
294 |
Q |
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| T |
52998525 |
gtagagaatcatattgatatggaggattggtatttctatctgcagaattaactactagctagttagacatttttgtttttcattcaattcccatgttcta |
52998624 |
T |
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| Q |
295 |
aggtcaatattaatcccaaatatatacaatctcatcatgtagctaatgcaaccgcgtcttgttctttgttcttctcttcctctcattgcatttatactag |
394 |
Q |
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| T |
52998625 |
aggtcaatattaatcccaaatatatacaatctcatcatgtacctaatgcaaccgcgtcttgttctttgttcttctcttcctctcattgcatttatactag |
52998724 |
T |
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| Q |
395 |
cattaatta---aactttgattctcaatcactaatttattacatacatattttcatatctcataatcaaccagtaccctagttgtacgtacatgtacatg |
491 |
Q |
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| T |
52998725 |
cattaattaatgaactttgattctcaatcactaatttattacatacatattttcatatctcataatcaaccagtaccctagttgtacgtacatgtacatg |
52998824 |
T |
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| Q |
492 |
tgtgtatgtctatgaaaaggcatagcatgtgatgatctatcatacatttg |
541 |
Q |
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| T |
52998825 |
tgtgtatgtctatgaaaaggcatagcatgtgataatctatcatacatttg |
52998874 |
T |
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