View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19589_high_5 (Length: 707)

Name: NF19589_high_5
Description: NF19589
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19589_high_5
NF19589_high_5
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (1-691)||(54473411-54474102)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 676; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 676; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 691
Target Start/End: Original strand, 54473411 - 54474102
Alignment:
Q  1 ctatcttgtctcgcttgttggctattgcatttctgaatctaaaaagcttcttgtttatgaatttgttcccaacaagacccttgattatcaccttcatggt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54473411 ctatcttgtctcgcttgttggctattgcatttctgaatctaaaaagcttcttgtttatgaattcgttcccaacaagacccttgattatcaccttcatggt 54473510  T
Q  101 aagctatctttcaaactataattaatattacttgtttgttggatttaatttgacactcttgtatgtaatattaattttttgcaggaaagggtcgacctgt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54473511 aagctatctttcaaactataattaatattacttgtttgttggatttaatttgacactcttgtatgtaatattaattttttgcaggaaagggtcgacctgt 54473610  T
Q  201 gatggattgggccacaaggcttaaaattgcggttggatccgccaaaggacttgcttatttacatgaggactgtaagttactatgtgcttgtaatctaatt 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54473611 gatggattgggccacaaggcttaaaattgcggttggatccgccaaaggacttgcttatttacacgaggactgtaagttactatgtgcttgtaatctaatt 54473710  T
Q  301 ttgacaaatgactaaaatacatttttatggatgaatccgtagagagaactcaaattcgaatatggcgagaatattcattgaccagaatttaccctcttcc 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54473711 ttgacaaatgactaaaatacatttttatggatgaatccgtagagagaactcaaattcgaatatggcgagaatattcattgaccagaatttaccctcttcc 54473810  T
Q  401 ccccaaaaactaga-ggttaagcccgaaaaactaacattatcattaataacttgttcaaacaataacctgcaggtcaccctagaatcattcaccgagaca 499  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54473811 ccccaaaaactagagggttaagcccgaaaaactaacattatcattaataacttgttcaaacaataacctgcaggtcaccctagaatcattcaccgagaca 54473910  T
Q  500 tcaagggtgcaaacattctaattgaaaacaactttgaagccaaagtacgtataatgatcatttactatatgtttagttattaaagaattgtaattatcaa 599  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54473911 tcaagggtgcaaacattctaattgaaaacaactttgaagccaaagtacgtataatgatcatttactatatgtttagttattaaagaattgtaattatcaa 54474010  T
Q  600 gtgattctatccatttaggtggcagattttggattggcaaaatttactcaagacactaacactcatgtttctactcgtgtgatgggaacatt 691  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54474011 gtgattctatccatttaggtggcagattttggattggcaaaatttactcaagacactaacactcatgtttctactcgtgtgatgggaacatt 54474102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University