View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19589_low_25 (Length: 448)

Name: NF19589_low_25
Description: NF19589
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19589_low_25
NF19589_low_25
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (1-431)||(6351006-6351427)
chr6 (1-431)||(6328463-6328884)
chr6 (1-431)||(6336021-6336442)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 363; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 363; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 431
Target Start/End: Complemental strand, 6351427 - 6351006
Alignment:
Q  1 ttcttgtttttgaatggcaactcgtgtggtcccgcaaaaaatcatcaagaatctccgtttcaaaaccactacaaagccattaaactcctcccatccttca 100  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||     
T  6351427 ttcttgttattgaatggcaactcgtgtggtcccacaaaagatcatcaagaatctccgtttcaaaaccaccacaaaaccattaaactcctcccatccttcg 6351328  T
Q  101 gccaccgccggcgtcgcttcccttctcgaaagagaacaaccttctccaccaccacaaccacaaccgtcacaccaacaaccgtcttatcttgacctaaacg 200  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  6351327 gccaccgccgccgtcgcttcccttctcgaaagagaacaaccttctccaccac---------aaccgtcacaccaacaaccatcttatcttgacctaaacg 6351237  T
Q  201 acggtgagagattattctcagctgttccaacgtccacgctgataagatcctcagccgttctgcatgcaacggctataggacctgtcgtggacgttggaat 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  6351236 acggtgagagattattctcagctgttccaacgtccacgctgataagatcctcagccgttctgcatgcaacggctataggacctgtagtggacgttggaat 6351137  T
Q  301 atgggctatgcaatcaaaattgttacaaacgggaatattgaaagatgcagttatggcagttacaaagagaacattctatgaacatttttgtgctggagaa 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6351136 atgggctatgcaatcaaaattgttacaaacgggaatattgaaagatgcagttatggcagttacaaagagaacattctatgaacatttttgtgctggagaa 6351037  T
Q  401 gatgctattactgctggaaagagtataaggt 431  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6351036 gatgctattactgctggaaagagtataaggt 6351006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 359; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 431
Target Start/End: Complemental strand, 6328884 - 6328463
Alignment:
Q  1 ttcttgtttttgaatggcaactcgtgtggtcccgcaaaaaatcatcaagaatctccgtttcaaaaccactacaaagccattaaactcctcccatccttca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||    
T  6328884 ttcttgtttttgaatggcaactcgtgtggtcccacaaaaaatcatcaagaatctccgtttcaaaaccaccacaaaaccattaaactcctaccatccttca 6328785  T
Q  101 gccaccgccggcgtcgcttcccttctcgaaagagaacaaccttctccaccaccacaaccacaaccgtcacaccaacaaccgtcttatcttgacctaaacg 200  Q
    |||||||||  |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||         ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  6328784 gccaccgccaccgtcgcctccattctcgaaagagaacaaccttctccaccac---------aaccgtcacaccaacaaccatcttatcttgacctaaacg 6328694  T
Q  201 acggtgagagattattctcagctgttccaacgtccacgctgataagatcctcagccgttctgcatgcaacggctataggacctgtcgtggacgttggaat 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6328693 acggtgagagattattctcagctgttccaacgtccacgctgataagatcctcagccgttctgcatgcaacggctataggacctgtcgtggacgttggaat 6328594  T
Q  301 atgggctatgcaatcaaaattgttacaaacgggaatattgaaagatgcagttatggcagttacaaagagaacattctatgaacatttttgtgctggagaa 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6328593 atgggctatgcaatcaaaattgttacaaacgggaatcttgaaagatgcagttatggcagttacaaagagaacattctatgaacatttttgtgctggagaa 6328494  T
Q  401 gatgctattactgctggaaagagtataaggt 431  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6328493 gatgctattactgctggaaagagtataaggt 6328463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 355; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 431
Target Start/End: Complemental strand, 6336442 - 6336021
Alignment:
Q  1 ttcttgtttttgaatggcaactcgtgtggtcccgcaaaaaatcatcaagaatctccgtttcaaaaccactacaaagccattaaactcctcccatccttca 100  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||     
T  6336442 ttcttgttattgaatggcaactcgtgtggtcccacaaaagatcatcaagaatctccgtttcaaaaccaccacaaaaccattaaactcctcccatccttcg 6336343  T
Q  101 gccaccgccggcgtcgcttcccttctcgaaagagaacaaccttctccaccaccacaaccacaaccgtcacaccaacaaccgtcttatcttgacctaaacg 200  Q
    |||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||         ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  6336342 gccaccgccgccgtcgcttcccttattgaaagagaacaaccttctccaccac---------aaccgtcacaccaacaaccatcttatcttgacctaaacg 6336252  T
Q  201 acggtgagagattattctcagctgttccaacgtccacgctgataagatcctcagccgttctgcatgcaacggctataggacctgtcgtggacgttggaat 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6336251 acggtgagagattattctcagctgttccaacgtccacgctgataagatcctcagccgttctgcatgcaacggctataggacctgtcgtggacgttggaat 6336152  T
Q  301 atgggctatgcaatcaaaattgttacaaacgggaatattgaaagatgcagttatggcagttacaaagagaacattctatgaacatttttgtgctggagaa 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6336151 atgggctatgcaatcaaaattgttacaaacgggaatcttgaaagatgcagttatggcagttacaaagagaacattctatgaacatttttgtgctggagaa 6336052  T
Q  401 gatgctattactgctggaaagagtataaggt 431  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6336051 gatgctattactgctggaaagagtataaggt 6336021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University