View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1958_low_9 (Length: 310)

Name: NF1958_low_9
Description: NF1958
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1958_low_9
NF1958_low_9
[»] chr3 (19 HSPs)
chr3 (43-310)||(36025366-36025633)
chr3 (43-310)||(36004605-36004872)
chr3 (43-310)||(36017268-36017538)
chr3 (43-310)||(23480659-23480929)
chr3 (43-309)||(23406649-23406918)
chr3 (100-310)||(36034174-36034388)
chr3 (43-310)||(23465302-23465572)
chr3 (46-292)||(36009671-36009917)
chr3 (43-310)||(23449169-23449439)
chr3 (43-310)||(23500932-23501202)
chr3 (43-310)||(23353799-23354069)
chr3 (43-310)||(23474311-23474581)
chr3 (43-258)||(23435419-23435637)
chr3 (43-310)||(23441779-23442049)
chr3 (118-307)||(21088477-21088666)
chr3 (43-290)||(23388308-23388558)
chr3 (43-286)||(21087310-21087556)
chr3 (43-290)||(23455953-23456203)
chr3 (250-310)||(35766334-35766394)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (43-310)||(12894560-12894827)
chr4 (191-228)||(31159947-31159984)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (43-308)||(16334599-16334867)
chr2 (43-308)||(16124784-16125052)
chr2 (43-308)||(16126937-16127205)
[»] scaffold0201 (1 HSPs)
scaffold0201 (43-290)||(13496-13746)
[»] scaffold0570 (2 HSPs)
scaffold0570 (43-290)||(9594-9844)
scaffold0570 (190-308)||(3309-3427)
[»] scaffold0022 (1 HSPs)
scaffold0022 (117-233)||(167561-167677)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (193-242)||(6097884-6097933)
chr8 (212-294)||(6047171-6047253)
chr8 (193-310)||(6179786-6179903)
chr8 (193-310)||(6188560-6188677)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 260; Significance: 1e-145; HSPs: 19)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 260; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 43 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 36025633 - 36025366
Alignment:
Q  43 gatactcgtagaaacttcacaagccatatttatgaagctctgagcaagaaagttataacatttatagatgacaatgagcttgaaaaaggagacgagatct 142  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36025633 gatactcgtagaaacttcacaagccatctttatgaagctctgagcaagaaagttataacatttatagatgacaatgagcttgaaaaaggagacgagatct 36025534  T
Q  143 cgtcagcactgatcaaagctattgagaagtcgtctgcatctatcgtcatcttctcaaaagactatgcttcctcaaaatggtgcttgaatgaactcctcaa 242  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  36025533 cgtcagcactgatcaaagctattgagaagtcgtctgcatctatcgtcatcttctcaaaagactatgcttcctcaaaatggtgcttgaatgaactcgtcaa 36025434  T
Q  243 gattctagaatgcaagaaagataatggacagattgtgatacctgttttctatgaaatagatccatcac 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36025433 gattctagaatgcaagaaagataatggacagattgtgatacctgttttctatgaaatagatccatcac 36025366  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 208; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 43 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 36004872 - 36004605
Alignment:
Q  43 gatactcgtagaaacttcacaagccatatttatgaagctctgagcaagaaagttataacatttatagatgacaatgagcttgaaaaaggagacgagatct 142  Q
    |||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36004872 gatactggtagaaagttcacaagccatctttatgaagctctgagcaagaaaattataacatttatagatgacaatgagcttgaaaaaggagacgagatct 36004773  T
Q  143 cgtcagcactgatcaaagctattgagaagtcgtctgcatctatcgtcatcttctcaaaagactatgcttcctcaaaatggtgcttgaatgaactcctcaa 242  Q
    |||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  36004772 cgtcagcactgatcaaagctattgaagattcgtctgcatctatcgtcatcttctcaaaagactacgcttcctcaaaatggtgcttgaatgaactcgtcaa 36004673  T
Q  243 gattctagaatgcaagaaagataatggacagattgtgatacctgttttctatgaaatagatccatcac 310  Q
    |||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||    
T  36004672 gattctagaatgtaagaaagatcagggacagattgtgataccgattttctacgaaatagatccatcac 36004605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 43 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 36017538 - 36017268
Alignment:
Q  43 gatactcgtagaaacttcacaagccatatttatgaagctctgagcaagaaag---ttataacatttatagatgacaatgagcttgaaaaaggagacgaga 139  Q
    ||||||||||| || |||||||||||| || ||||||||||||  | ||  |   |||  |||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  36017538 gatactcgtagcaaattcacaagccatcttaatgaagctctgaaaaggagtggcgttaggacatttgtagatgacagcgagcttgaaaaaggagacgaga 36017439  T
Q  140 tctcgtcagcactgatcaaagctattgagaagtcgtctgcatctatcgtcatcttctcaaaagactatgcttcctcaaaatggtgcttgaatgaactcct 239  Q
    |||| ||||||||||||||||| |||||| ||||   ||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||| |    
T  36017438 tctcatcagcactgatcaaagccattgaggagtcagatgcatctatagtcatattctcgaaagactatgcttcttctaaatgatgcttgaatgaactcgt 36017339  T
Q  240 caagattctagaatgcaagaaagataatggacagattgtgatacctgttttctatgaaatagatccatcac 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||    
T  36017338 caagattctagaatgcaagaaagatcagggacaaattgtgataccgattttctacgaaatagatccatcac 36017268  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 43 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 23480929 - 23480659
Alignment:
Q  43 gatactcgtagaaacttcacaagccatatttatgaagctctgagc---aagaaagttataacatttatagatgacaatgagcttgaaaaaggagacgaga 139  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||   |||||||||  ||| ||||||||  ||||| ||||| |||||||||| ||||    
T  23480929 gatactcgcagaaacttcaccagccatctttatgatgctctgagccgaaagaaagttgaaacctttatagacaacaataagcttcaaaaaggagatgaga 23480830  T
Q  140 tctcgtcagcactgatcaaagctattgagaagtcgtctgcatctatcgtcatcttctcaaaagactatgcttcctcaaaatggtgcttgaatgaactcct 239  Q
    ||||| ||||||| |||||||| |||||||||||   ||||||||| |||||||||||| || |||||||||| |||||||||||||||||||| |||      
T  23480829 tctcgccagcactcatcaaagccattgagaagtcacatgcatctattgtcatcttctcagaaaactatgcttcttcaaaatggtgcttgaatgagctcaa 23480730  T
Q  240 caagattctagaatgcaagaaagataatggacagattgtgatacctgttttctatgaaatagatccatcac 310  Q
     |||||||| |||||||||||| |||| | ||| ||||||||||| ||||| ||  |||||||||||||||    
T  23480729 gaagattcttgaatgcaagaaatataaggaacacattgtgataccagttttttacaaaatagatccatcac 23480659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 116; E-Value: 5e-59
Query Start/End: Original strand, 43 - 309
Target Start/End: Complemental strand, 23406918 - 23406649
Alignment:
Q  43 gatactcgtagaaacttcacaagccatatttatgaagctctgagc---aagaaagttataacatttatagatgacaatgagcttgaaaaaggagacgaga 139  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||   |||||| ||| ||  ||||||||  ||||||||||| |||||||||| ||||    
T  23406918 gatactcgcagaaacttcactagccatctttatgacgctctgagccgaaagaaaattaaaatctttatagacaacaatgagcttcaaaaaggagatgaga 23406819  T
Q  140 tctcgtcagcactgatcaaagctattgagaagtcgtctgcatctatcgtcatcttctcaaaagactatgcttcctcaaaatggtgcttgaatgaactcct 239  Q
    ||||| ||||||| |||||||| |||||| ||||   ||||||||| |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||      
T  23406818 tctcggcagcactcatcaaagccattgaggagtcacatgcatctattgtcatcttctcagaaaactatgcttcctcaaaatggtgcttgaatgagctcaa 23406719  T
Q  240 caagattctagaatgcaagaaagataatggacagattgtgatacctgttttctatgaaatagatccatca 309  Q
     |||||||| |||||||||||| |||  | ||||||||||||||||||||| ||  | ||||||||||||    
T  23406718 aaagattcttgaatgcaagaaatatatggaacagattgtgatacctgttttttacaacatagatccatca 23406649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 114; E-Value: 8e-58
Query Start/End: Original strand, 100 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 36034388 - 36034174
Alignment:
Q  100 acatttatagatgacaatgagcttgaaaaaggagacgagatctcgtcagcactgatcaaagctattgagaagtcgtctgcatct----atcgtcatcttc 195  Q
    ||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||   |||||||    ||  |||| |||    
T  36034388 acatttatagacgacagcgagcttgaaaaaggagacgagatctcatcagcactgatcaaagccattgaggagtcagatgcatctctatatattcatattc 36034289  T
Q  196 tcaaaagactatgcttcctcaaaatggtgcttgaatgaactcctcaagattctagaatgcaagaaagataatggacagattgtgatacctgttttctatg 295  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||  ||||||| |    
T  36034288 tcaaaagactatgcttcttcaaaatggtatttgaatgaactcgtcaagattctagaatgcaagaaagatcatgggcagattgtgataccgattttctacg 36034189  T
Q  296 aaatagatccatcac 310  Q
    |||||||||||||||    
T  36034188 aaatagatccatcac 36034174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 113; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 43 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 23465572 - 23465302
Alignment:
Q  43 gatactcgtagaaacttcacaagccatatttatgaagctctgagc---aagaaagttataacatttatagatgacaatgagcttgaaaaaggagacgaga 139  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||| |||| || |||||||||   |||||||||  ||| ||||||||  ||||||||||| |||||||||| ||||    
T  23465572 gatactcgcagaaacttcactagccatctttacgacgctctgagccgaaagaaagttgaaacctttatagacaacaatgagcttcaaaaaggagatgaga 23465473  T
Q  140 tctcgtcagcactgatcaaagctattgagaagtcgtctgcatctatcgtcatcttctcaaaagactatgcttcctcaaaatggtgcttgaatgaactcct 239  Q
    ||||| ||||||| |||||||| |||||| ||||   ||||||||| |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||      
T  23465472 tctcggcagcactcatcaaagccattgaggagtcacatgcatctattgtcatcttctcagaaaactatgcttcctcaaaatggtgcttgaatgagctcaa 23465373  T
Q  240 caagattctagaatgcaagaaagataatggacagattgtgatacctgttttctatgaaatagatccatcac 310  Q
     |||||||| |||||||||||| |||  | ||||||||||||||| ||||| ||  | |||||||||||||    
T  23465372 aaagattcttgaatgcaagaaatatatggaacagattgtgataccagttttttacaacatagatccatcac 23465302  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 111; E-Value: 5e-56
Query Start/End: Original strand, 46 - 292
Target Start/End: Complemental strand, 36009917 - 36009671
Alignment:
Q  46 actcgtagaaacttcacaagccatatttatgaagctctgagcaagaaagttataacatttatagatgacaatgagcttgaaaaaggagacgagatctcgt 145  Q
    |||||||||||||||||| ||||| | || || |||||||||||||| ||||||| |||||| || |||  ||| |||||||||||||| ||||| || |    
T  36009917 actcgtagaaacttcacaggccatctctacgatgctctgagcaagaaggttataatatttatggacgacggtgatcttgaaaaaggagatgagatatcat 36009818  T
Q  146 cagcactgatcaaagctattgagaagtcgtctgcatctatcgtcatcttctcaaaagactatgcttcctcaaaatggtgcttgaatgaactcctcaagat 245  Q
    || |||| |||||||| |||||| |||| |   ||||||| |||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||    
T  36009817 catcactaatcaaagccattgaggagtcatacacatctatagtcatcttttcaaaagattatgcttcttcaaaatggtgcttgaatgaactcgtcaaaat 36009718  T
Q  246 tctagaatgcaagaaagataatggacagattgtgatacctgttttct 292  Q
    |||||||||||| ||||||   ||||| |||||||||||||||||||    
T  36009717 tctagaatgcaaaaaagatttgggacaaattgtgatacctgttttct 36009671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 109; E-Value: 8e-55
Query Start/End: Original strand, 43 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 23449439 - 23449169
Alignment:
Q  43 gatactcgtagaaacttcacaagccatatttatgaagctctgagc---aagaaagttataacatttatagatgacaatgagcttgaaaaaggagacgaga 139  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||| ||||||| ||| |||||   |||||||||  ||||||||||||  |||||||||||  ||||||||| ||||    
T  23449439 gatactcgcagaaacttcactagccatctttatgatgctttgagccgaaagaaagttgaaacatttatagacaacaatgagcttcgaaaaggagatgaga 23449340  T
Q  140 tctcgtcagcactgatcaaagctattgagaagtcgtctgcatctatcgtcatcttctcaaaagactatgcttcctcaaaatggtgcttgaatgaactcct 239  Q
    ||||| ||||||| |||||||| |||||| ||||   ||||||||| |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||      
T  23449339 tctcggcagcactcatcaaagccattgaggagtcacatgcatctattgtcatcttctcagaaaactatgcttcctcaaaatggtgcttgaatgagctcaa 23449240  T
Q  240 caagattctagaatgcaagaaagataatggacagattgtgatacctgttttctatgaaatagatccatcac 310  Q
     |||||||| |||||||||||| |||    ||||||||||||||| ||||| ||  | |||||||||||||    
T  23449239 aaagattcttgaatgcaagaaatatatgcaacagattgtgataccagttttttacaacatagatccatcac 23449169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 43 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 23501202 - 23500932
Alignment:
Q  43 gatactcgtagaaacttcacaagccatatttatgaagctctgagc---aagaaagttataacatttatagatgacaatgagcttgaaaaaggagacgaga 139  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||| |||| || |||||||||   |||||||||  ||| ||||||||  ||||||||||| |||||||||| ||||    
T  23501202 gatactcgcagaaacttcactagccatctttacgacgctctgagccgaaagaaagttgaaacctttatagacaacaatgagcttcaaaaaggagatgaga 23501103  T
Q  140 tctcgtcagcactgatcaaagctattgagaagtcgtctgcatctatcgtcatcttctcaaaagactatgcttcctcaaaatggtgcttgaatgaactcct 239  Q
    ||||| ||||||| |||||||| |||||| ||||   ||||||||| |||||||||||| || |||||||||| |||||||||||||||||||| |||      
T  23501102 tctcggcagcactcatcaaagccattgaggagtcacatgcatctattgtcatcttctcagaaaactatgcttcgtcaaaatggtgcttgaatgagctcaa 23501003  T
Q  240 caagattctagaatgcaagaaagataatgga-cagattgtgatacctgttttctatgaaatagatccatcac 310  Q
     |||||||| ||||| |||||| ||| |||| |||||||||||||| ||||| ||  | |||||||||||||    
T  23501002 aaagattcttgaatgtaagaaatata-tggagcagattgtgataccagttttttacaacatagatccatcac 23500932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 101; E-Value: 5e-50
Query Start/End: Original strand, 43 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 23354069 - 23353799
Alignment:
Q  43 gatactcgtagaaacttcacaagccatatttatgaagctctgagc---aagaaagttataacatttatagatgacaatgagcttgaaaaaggagacgaga 139  Q
    ||||| || ||||||||||| |||||| ||||||| ||||| |||   |||| ||||  ||| ||||||||  ||||||||||| |||||||||| ||||    
T  23354069 gatacccgcagaaacttcacgagccatctttatgatgctctaagccgaaagacagttgaaacctttatagacaacaatgagcttcaaaaaggagatgaga 23353970  T
Q  140 tctcgtcagcactgatcaaagctattgagaagtcgtctgcatctatcgtcatcttctcaaaagactatgcttcctcaaaatggtgcttgaatgaactcct 239  Q
    ||||| ||||||| |||||||| |||||| ||||   ||||||||| |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||      
T  23353969 tctcggcagcactcatcaaagccattgaggagtcacatgcatctattgtcatcttctcagaaaactatgcttcctcaaaatggtgcttgaatgagctcaa 23353870  T
Q  240 caagattctagaatgcaagaaagataatggacagattgtgatacctgttttctatgaaatagatccatcac 310  Q
     |||||||| |||||||||||| |||    ||||||||||||||| ||||| ||  | |||||||||||||    
T  23353869 aaagattcttgaatgcaagaaatatatgtaacagattgtgataccagttttttacaacatagatccatcac 23353799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 43 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 23474581 - 23474311
Alignment:
Q  43 gatactcgtagaaacttcacaagccatatttatgaagctctgagc---aagaaagttataacatttatagatgacaatgagcttgaaaaaggagacgaga 139  Q
    ||||| || |||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||   |||||||||  ||| ||||||||  ||||||||||| ||||||||||  |||    
T  23474581 gatacccgcagaaacttcacatgccatctttatgatgctctgagccgaaagaaagttgaaacctttatagacaacaatgagcttcaaaaaggagataaga 23474482  T
Q  140 tctcgtcagcactgatcaaagctattgagaagtcgtctgcatctatcgtcatcttctcaaaagactatgcttcctcaaaatggtgcttgaatgaactcct 239  Q
    | ||| ||||||| |||| ||| |||||| ||||   ||  ||||| |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||      
T  23474481 tatcgccagcactcatcagagccattgaggagtcacatgtgtctattgtcatcttctcagaaaactatgcttcctcaaaatggtgcttgaatgagctcaa 23474382  T
Q  240 caagattctagaatgcaagaaagataatggacagattgtgatacctgttttctatgaaatagatccatcac 310  Q
     |||||||| |||||||||||| |||  | ||||||||||||||||||||| ||  | |||||||||||||    
T  23474381 aaagattcttgaatgcaagaaatatatggtacagattgtgatacctgttttttacaacatagatccatcac 23474311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 43 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 23435637 - 23435419
Alignment:
Q  43 gatactcgtagaaacttcacaagccatatttatgaagctctgagc---aagaaagttataacatttatagatgacaatgagcttgaaaaaggagacgaga 139  Q
    ||||| || |||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||   |||||||||  ||| ||||||||  ||||||||||| |||||||||| ||||    
T  23435637 gatacccgcagaaacttcacatgccatctttatgatgctctgagccgaaagaaagttgaaacctttatagacaacaatgagcttcaaaaaggagatgaga 23435538  T
Q  140 tctcgtcagcactgatcaaagctattgagaagtcgtctgcatctatcgtcatcttctcaaaagactatgcttcctcaaaatggtgcttgaatgaactcct 239  Q
    ||||| ||||||| |||||||| |||||| ||||   ||||||||| |||||||||||| || |||||||||| |||||||||||||| ||||| |||      
T  23435537 tctcgccagcactcatcaaagccattgaggagtcacatgcatctattgtcatcttctcagaaaactatgcttcttcaaaatggtgcttaaatgagctcaa 23435438  T
Q  240 caagattctagaatgcaag 258  Q
     ||||||||||||||||||    
T  23435437 aaagattctagaatgcaag 23435419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 43 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 23442049 - 23441779
Alignment:
Q  43 gatactcgtagaaacttcacaagccatatttatgaagctctgagc---aagaaagttataacatttatagatgacaatgagcttgaaaaaggagacgaga 139  Q
    ||||| || |||||||||||| ||||| ||||||| |||| ||||   |||||||||  ||| ||||||||  ||||||||||| ||||||||||  |||    
T  23442049 gatacccgcagaaacttcacatgccatctttatgatgctcggagccgaaagaaagttgaaacctttatagacaacaatgagcttcaaaaaggagataaga 23441950  T
Q  140 tctcgtcagcactgatcaaagctattgagaagtcgtctgcatctatcgtcatcttctcaaaagactatgcttcctcaaaatggtgcttgaatgaactcct 239  Q
    | ||| ||||||| |||| ||| |||||| ||||   ||  ||||| |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||      
T  23441949 tatcgccagcactcatcagagccattgaggagtcacatgtgtctattgtcatcttctcagaaaactatgcttcctcaaaatggtgcttgaatgagctcaa 23441850  T
Q  240 caagattctagaatgcaagaaagataatggacagattgtgatacctgttttctatgaaatagatccatcac 310  Q
     |||||||| |||||||||||| |||  | ||||||||||||||||||||| ||  | |||||||||||||    
T  23441849 aaagattcttgaatgcaagaaatatatggtacagattgtgatacctgttttttacaacatagatccatcac 23441779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 118 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 21088666 - 21088477
Alignment:
Q  118 gagcttgaaaaaggagacgagatctcgtcagcactgatcaaagctattgagaagtcgtctgcatctatcgtcatcttctcaaaagactatgcttcctcaa 217  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| ||||| | ||| ||||||||||| ||||   || |||||| || ||||| ||| || |||||||||||||||    
T  21088666 gagcttaaaaaaggagacgagatctcgccagcattcatcgaagctattgaggagtcacgtgtatctattgttatcttttcagaaaactatgcttcctcaa 21088567  T
Q  218 aatggtgcttgaatgaactcctcaagattctagaatgcaagaaagataatggacagattgtgatacctgttttctatgaaatagatccat 307  Q
    |||||||||||||||| |||   ||||||| |||||||||||||  ||  | ||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||    
T  21088566 aatggtgcttgaatgagctcaaaaagattcaagaatgcaagaaatttatggaacagattgtgatacctgttttttacaaaatagatccat 21088477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 43 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 23388558 - 23388308
Alignment:
Q  43 gatactcgtagaaacttcacaagccatatttatgaagctctgagc---aagaaagttataacatttatagatgacaatgagcttgaaaaaggagacgaga 139  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||| |||||||  ||||||||   || ||||||  ||| ||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||    
T  23388558 gatactcgcagaaacttcacgagccatctttatgatactctgagccgaaaaaaagttgaaacctttatagacaacaatgagcttgaaaaaggagatgaga 23388459  T
Q  140 tctcgtcagcactgatcaaagctattgagaagtcgtctgcatctatcgtcatcttctcaaaagactatgcttcctcaaaatggtgcttgaatgaactcct 239  Q
    ||||  ||||||| |||||||| |||||| ||||    |  || ||  ||||||||||| || | ||||||||||||||||||||||||||||| |||      
T  23388458 tctcaccagcactcatcaaagccattgaggagtcacacgtgtcaattatcatcttctcagaaaattatgcttcctcaaaatggtgcttgaatgagctcaa 23388359  T
Q  240 caagattctagaatgcaagaaagataatggacagattgtgatacctgtttt 290  Q
     ||||||||  ||||||||||| |||    |||||||||||||||||||||    
T  23388358 gaagattcttcaatgcaagaaatatatgcaacagattgtgatacctgtttt 23388308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 69; E-Value: 6e-31
Query Start/End: Original strand, 43 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 21087556 - 21087310
Alignment:
Q  43 gatactcgtagaaacttcacaagccatatttatgaagctctgagc---aagaaagttataacatttatagatgacaatgagcttgaaaaaggagacgaga 139  Q
    |||||||| | |||| ||||||||||| ||||||| |||||||||   || || |||  ||| ||||||||  ||||| ||||| ||||||||||  |||    
T  21087556 gatactcgcaaaaacatcacaagccatctttatgatgctctgagccaaaataatgttcaaacctttatagacaacaataagcttaaaaaaggagataaga 21087457  T
Q  140 tctcgtcagcactgatcaaagctattgagaagtcgtctgcatctatcgtcatcttctcaaaagactatgcttcctcaaaatggtgcttgaatgaactcct 239  Q
    || |  ||| ||| |||||||| |||||  ||||   |||||| || | |||||||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||| |||      
T  21087456 tcacaccagaactcatcaaagccattgaagagtcacatgcatcgattgacatcttctcagaaaactacgcttcctcaaaatggtgcttgaatgagctcaa 21087357  T
Q  240 caagattctagaatgcaagaaagataatggacagattgtgatacctg 286  Q
     ||||||||||||||||||||| |||| | ||| |||||||||||||    
T  21087356 aaagattctagaatgcaagaaatataaggaacaaattgtgatacctg 21087310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 69; E-Value: 6e-31
Query Start/End: Original strand, 43 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 23456203 - 23455953
Alignment:
Q  43 gatactcgtagaaacttcacaagccatatttatgaagctctgagc---aagaaagttataacatttatagatgacaatgagcttgaaaaaggagacgaga 139  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||    |||||||||  ||| || |||||  ||||||| ||| |||||||||| ||||    
T  23456203 gatactcgcagaaacttcacaagccatctttatgatgctttgagtcgaaagaaagttgaaaccttcatagacaacaatgaccttcaaaaaggagatgaga 23456104  T
Q  140 tctcgtcagcactgatcaaagctattgagaagtcgtctgcatctatcgtcatcttctcaaaagactatgcttcctcaaaatggtgcttgaatgaactcct 239  Q
    ||||  || |||| |||||| | |||||| ||||   ||  ||||| |||||||||||| || |||| ||||||||||||||||| |||||||| |||      
T  23456103 tctcaccaacactcatcaaaaccattgaggagtcacatgtgtctattgtcatcttctcagaaaactacgcttcctcaaaatggtgtttgaatgatctcaa 23456004  T
Q  240 caagattctagaatgcaagaaagataatggacagattgtgatacctgtttt 290  Q
     |||||||||||||||||| || |||  | |||||| ||||||||| ||||    
T  23456003 aaagattctagaatgcaagcaatatatggaacagatcgtgatacctatttt 23455953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 250 - 310
Target Start/End: Original strand, 35766334 - 35766394
Alignment:
Q  250 gaatgcaagaaagataatggacagattgtgatacctgttttctatgaaatagatccatcac 310  Q
    ||||| |||||||||   ||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||    
T  35766334 gaatgtaagaaagatcggggacaaattgtgatacctgtgttctataaaatagatccatcac 35766394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 176; Significance: 8e-95; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 176; E-Value: 8e-95
Query Start/End: Original strand, 43 - 310
Target Start/End: Original strand, 12894560 - 12894827
Alignment:
Q  43 gatactcgtagaaacttcacaagccatatttatgaagctctgagcaagaaagttataacatttatagatgacaatgagcttgaaaaaggagacgagatct 142  Q
    ||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |    
T  12894560 gatactcgtagaagcttcacaagtcatctttatgatgctttgagcaagaaagttataacctttatagatgacaatgagcttcaaaaaggagatgagatat 12894659  T
Q  143 cgtcagcactgatcaaagctattgagaagtcgtctgcatctatcgtcatcttctcaaaagactatgcttcctcaaaatggtgcttgaatgaactcctcaa 242  Q
    | |||||| |||||||||| |||||| |||| | ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  12894660 cctcagcattgatcaaagccattgaggagtcatatgcatctattgtcatcttctcaatagactatgcttcctcaaaatggtgtttgaatgaactcgtcaa 12894759  T
Q  243 gattctagaatgcaagaaagataatggacagattgtgatacctgttttctatgaaatagatccatcac 310  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  12894760 gattctagaatgcaagaaagatcatggacaaattgtgatacctgttttttacgaaatagatccatcac 12894827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 191 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 31159984 - 31159947
Alignment:
Q  191 tcttctcaaaagactatgcttcctcaaaatggtgcttg 228  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  31159984 tcttctcaaaaaactatgcttcctcaacatggtgcttg 31159947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 139; Significance: 1e-72; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 43 - 308
Target Start/End: Original strand, 16334599 - 16334867
Alignment:
Q  43 gatactcgtagaaacttcacaagccatatttatgaagctctgagcaagaaag---ttataacatttatagatgacaatgagcttgaaaaaggagacgaga 139  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| || |||||||| |||  ||||  |   |||  ||||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||    
T  16334599 gatactcgtagaaaattcacaagccatcttaatgaagctttgaaaaagagcggccttaagacatttatagatgacaacgagcttaaaaaaggagatgaga 16334698  T
Q  140 tctcgtcagcactgatcaaagctattgagaagtcgtctgcatctatcgtcatcttctcaaaagactatgcttcctcaaaatggtgcttgaatgaactcct 239  Q
    |||| ||||||||||||||||| |||||  |||| | ||||||||| |||||||| ||| || |||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |    
T  16334699 tctcatcagcactgatcaaagccattgaagagtcatgtgcatctatagtcatcttatcagaaaactatgcttcttcaaaatggtgtttgaatgaactcgt 16334798  T
Q  240 caagattctagaatgcaagaaagataatggacagattgtgatacctgttttctatgaaatagatccatc 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  16334799 caagattctagaatgcaagaaagataatggacaaattgtgataccaattttctatgaaatagatccatc 16334867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 43 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 16125052 - 16124784
Alignment:
Q  43 gatactcgtagaaacttcacaagccatatttatgaagctctgagcaagaaag---ttataacatttatagatgacaatgagcttgaaaaaggagacgaga 139  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| || |||||||| |||  ||||  |   |||  ||||||||||| ||||  |||||| |||||||||| ||||    
T  16125052 gatactcgtagaaaattcacaagccatcttaatgaagctttgaaaaagagcggtgttaagacatttatagacgacagcgagcttaaaaaaggagatgaga 16124953  T
Q  140 tctcgtcagcactgatcaaagctattgagaagtcgtctgcatctatcgtcatcttctcaaaagactatgcttcctcaaaatggtgcttgaatgaactcct 239  Q
    |||| ||||||||||||||||| |||||  |||| | ||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |    
T  16124952 tctcatcagcactgatcaaagccattgaagagtcatgtgcatctatagtcatcttttcagaagactatgcttcttcaaaatggtgtttgaatgaactcgt 16124853  T
Q  240 caagattctagaatgcaagaaagataatggacagattgtgatacctgttttctatgaaatagatccatc 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  16124852 caagattctagaatgcaagaaagataatggacaaattgtgataccaattttctatgaaatagatccatc 16124784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 43 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 16127205 - 16126937
Alignment:
Q  43 gatactcgtagaaacttcacaagccatatttatgaagctctgagcaagaaag---ttataacatttatagatgacaatgagcttgaaaaaggagacgaga 139  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| || |||||||| |||  ||||  |   |||  ||||||||||| ||||  |||||| |||||||||| ||||    
T  16127205 gatactcgtagaaaattcacaagccatcttaatgaagctttgaaaaagagcggtgttaagacatttatagacgacagcgagcttaaaaaaggagatgaga 16127106  T
Q  140 tctcgtcagcactgatcaaagctattgagaagtcgtctgcatctatcgtcatcttctcaaaagactatgcttcctcaaaatggtgcttgaatgaactcct 239  Q
    |||| ||||||||||||||||| |||||  |||| | ||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |    
T  16127105 tctcatcagcactgatcaaagccattgaagagtcatgtgcatctatagtcatcttttcagaagactatgcttcttcaaaatggtgtttgaatgaactcgt 16127006  T
Q  240 caagattctagaatgcaagaaagataatggacagattgtgatacctgttttctatgaaatagatccatc 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  16127005 caagattctagaatgcaagaaagataatggacaaattgtgataccaattttctatgaaatagatccatc 16126937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0201 (Bit Score: 97; Significance: 1e-47; HSPs: 1)
Name: scaffold0201
Description:

Target: scaffold0201; HSP #1
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 43 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 13746 - 13496
Alignment:
Q  43 gatactcgtagaaacttcacaagccatatttatgaagctctgagc---aagaaagttataacatttatagatgacaatgagcttgaaaaaggagacgaga 139  Q
    |||| ||| |||||||||| ||||||| ||||||| ||||||| |   |||||| ||  ||| ||||| ||  ||||||||||| |||||||||| ||||    
T  13746 gatattcgcagaaacttcagaagccatctttatgatgctctgatccgaaagaaaattgaaacctttatggacaacaatgagcttcaaaaaggagatgaga 13647  T
Q  140 tctcgtcagcactgatcaaagctattgagaagtcgtctgcatctatcgtcatcttctcaaaagactatgcttcctcaaaatggtgcttgaatgaactcct 239  Q
    ||||| ||||||| |||||||| |||||| ||||   ||||||||| |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||      
T  13646 tctcggcagcactcatcaaagccattgaggagtcacatgcatctattgtcatcttctcagaaaactatgcttcctcaaaatggtgcttaaatgagctcaa 13547  T
Q  240 caagattctagaatgcaagaaagataatggacagattgtgatacctgtttt 290  Q
     |||||||| |||||||||||| |||  | |||||||||||||||||||||    
T  13546 aaagattcttgaatgcaagaaatatatggaacagattgtgatacctgtttt 13496  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0570 (Bit Score: 93; Significance: 3e-45; HSPs: 2)
Name: scaffold0570
Description:

Target: scaffold0570; HSP #1
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 43 - 290
Target Start/End: Original strand, 9594 - 9844
Alignment:
Q  43 gatactcgtagaaacttcacaagccatatttatgaagctctgagc---aagaaagttataacatttatagatgacaatgagcttgaaaaaggagacgaga 139  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||   |||||| ||  ||| ||||| ||  ||||||||||| |||||||||| ||||    
T  9594 gatactcgcagaaacttaacaagccatctttatgatgctctgagccgaaagaaaattgaaacctttatggacaacaatgagcttcaaaaaggagatgaga 9693  T
Q  140 tctcgtcagcactgatcaaagctattgagaagtcgtctgcatctatcgtcatcttctcaaaagactatgcttcctcaaaatggtgcttgaatgaactcct 239  Q
    ||||| ||||||| |||||||| |||||| ||||   ||||||||| || ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||      
T  9694 tctcggcagcactcatcaaagccattgaggagtcacatgcatctattgtaatcttctcagaaaactatgcttcctcaaaatggtgcttaaatgagctcaa 9793  T
Q  240 caagattctagaatgcaagaaagataatggacagattgtgatacctgtttt 290  Q
     |||||||| ||||||||| || |||  | |||||| ||||||||||||||    
T  9794 aaagattcttgaatgcaagcaatatatggaacagatggtgatacctgtttt 9844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0570; HSP #2
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 190 - 308
Target Start/End: Original strand, 3309 - 3427
Alignment:
Q  190 atcttctcaaaagactatgcttcctcaaaatggtgcttgaatgaactcctcaagattctagaatgcaagaaagataatggacagattgtgatacctgttt 289  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||   |||||| |||||||| ||||| |||  | ||||||||| ||  ||||||    
T  3309 atcttctcataaaactatgcttcctcaaaatgatgcttgaatgagctcaaaaagattatagaatgctagaaatatatggaacagattgtaatgtctgttt 3408  T
Q  290 tctatgaaatagatccatc 308  Q
    | || || |||||||||||    
T  3409 tttacgacatagatccatc 3427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0022 (Bit Score: 57; Significance: 8e-24; HSPs: 1)
Name: scaffold0022
Description:

Target: scaffold0022; HSP #1
Raw Score: 57; E-Value: 8e-24
Query Start/End: Original strand, 117 - 233
Target Start/End: Original strand, 167561 - 167677
Alignment:
Q  117 tgagcttgaaaaaggagacgagatctcgtcagcactgatcaaagctattgagaagtcgtctgcatctatcgtcatcttctcaaaagactatgcttcctca 216  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||||| || |||| |||||||| |||||| |||    ||||||||| |||||||||||| || ||||||||||||||    
T  167561 tgagcttcaaaaaggagatgagatctcgccaacactcatcaaagccattgaggagtaacatgcatctattgtcatcttctcagaaaactatgcttcctca 167660  T
Q  217 aaatggtgcttgaatga 233  Q
     ||||||||||||||||    
T  167661 taatggtgcttgaatga 167677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 34; Significance: 0.0000000004; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 193 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 6097933 - 6097884
Alignment:
Q  193 ttctcaaaagactatgcttcctcaaaatggtgcttgaatgaactcctcaa 242  Q
    |||||| || |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  6097933 ttctcagaaaactatgcttcctcaaaatggtgtttggatgaactcctcaa 6097884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 212 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 6047253 - 6047171
Alignment:
Q  212 cctcaaaatggtgcttgaatgaactcctcaagattctagaatgcaagaaagataatggacagattgtgatacctgttttctat 294  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||| || || |||||||| |||  | |||| ||  |||| |||||||| ||||||    
T  6047253 cctcaaagtggtgcttgaatgaactcctcaaaatacttgaatgcaaaaaacttcatggtcaagttgttatacctgtgttctat 6047171  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 193 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 6179903 - 6179786
Alignment:
Q  193 ttctcaaaagactatgcttcctcaaaatggtgcttgaatgaactcctcaagattctagaatgcaagaaagataatggacagattgtgatacctgttttct 292  Q
    |||||| || |||||||  ||||||| ||||||||| ||||||||||| | || ||| ||||||  ||| || |||| ||| | || |||||||| ||||    
T  6179903 ttctcagaaaactatgcaacctcaaagtggtgcttggatgaactcctccatatactacaatgcagaaaacatcatggtcaggtagtaatacctgtgttct 6179804  T
Q  293 atgaaatagatccatcac 310  Q
    || | |||||||| ||||    
T  6179803 ataacatagatccttcac 6179786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 193 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 6188677 - 6188560
Alignment:
Q  193 ttctcaaaagactatgcttcctcaaaatggtgcttgaatgaactcctcaagattctagaatgcaagaaagataatggacagattgtgatacctgttttct 292  Q
    |||||||||||||||||  | ||||| ||||||||| |||||||| || | || ||  ||||||  |||  |||||||||  | || |||||||| ||||    
T  6188677 ttctcaaaagactatgcaacttcaaagtggtgcttggatgaactcgtccacatacttcaatgcagaaaacttaatggacatgtagttatacctgtgttct 6188578  T
Q  293 atgaaatagatccatcac 310  Q
    || | |||||||||||||    
T  6188577 ataacatagatccatcac 6188560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University