View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19592_low_11 (Length: 238)

Name: NF19592_low_11
Description: NF19592
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19592_low_11
NF19592_low_11
[»] chr5 (13 HSPs)
chr5 (18-223)||(41286949-41287153)
chr5 (19-223)||(41332756-41332960)
chr5 (19-219)||(41366939-41367139)
chr5 (19-223)||(41328823-41329027)
chr5 (19-223)||(41316782-41316986)
chr5 (28-223)||(31177859-31178054)
chr5 (19-223)||(41324846-41325050)
chr5 (28-223)||(31187922-31188117)
chr5 (42-223)||(41310983-41311168)
chr5 (62-218)||(41337568-41337724)
chr5 (108-215)||(41432005-41432112)
chr5 (28-223)||(31225661-31225856)
chr5 (163-215)||(14235910-14235962)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (62-223)||(17248773-17248934)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 158; Significance: 3e-84; HSPs: 13)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 158; E-Value: 3e-84
Query Start/End: Original strand, 18 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 41287153 - 41286949
Alignment:
Q  18 agtcttggccgggatatcatatccattaatttggcatggcttcatactttctcttggaatcaacaatggtatggcatgatgcaacctcaatgtttctttg 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||    
T  41287153 agtcttggccgggatatcatatccattaatttggcatggcttcatactttctcttggaatcaacaatggtatagcaggatgcaacctcattgtttctttg 41287054  T
Q  118 ataacagacttcaagtatatcaattggtgcaactctgactcatccacatacccctttttatcaaacattcttcttgcttcagcttgtgcttcttccatta 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||| | ||||||||||||| |||||| |    
T  41287053 ataacagacttcaagtatatcaattggtgcaactctgtctcaaccacatacccctttctatcaaacactcttcttacctcagcttgtgctt-ttccatca 41286955  T
Q  218 cctttg 223  Q
    ||||||    
T  41286954 cctttg 41286949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 121; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 19 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 41332960 - 41332756
Alignment:
Q  19 gtcttggccgggatatcatatccattaatttggcatggcttcatactttctcttggaatcaacaatggtatggcatgatgcaacctcaatgtttctttga 118  Q
    ||||| || ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    |  |||| |||||||||||||||||||    
T  41332960 gtcttagctgggatttcatacccattaatttggcatggcttcatactttctcttggaattaacaatggtgcaacgggatgtaacctcaatgtttctttga 41332861  T
Q  119 taacagacttcaagtatatcaattggtgcaactctgactcatccacatacccctttttatcaaacattcttcttgcttcagcttgtgcttcttccattac 218  Q
      |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||   ||||||||||||| |||    
T  41332860 cgacagactttaagtatatcaattggtgcaactctgactcatccacatacccctttttatcaaacactcttcttacttcaatctgtgcttcttccaatac 41332761  T
Q  219 ctttg 223  Q
    |||||    
T  41332760 ctttg 41332756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 113; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 19 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 41367139 - 41366939
Alignment:
Q  19 gtcttggccgggatatcatatccattaatttggcatggcttcatactttctcttggaatcaacaatggtatggcatgatgcaacctcaatgtttctttga 118  Q
    ||||| || ||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| | | |||||||||||| |||||||||||    
T  41367139 gtcttagctgggatatcatatctatttatttggcatggcttcgtactttctcttggaatcaataatggtatagaaggatgcaacctcattgtttctttga 41367040  T
Q  119 taacagacttcaagtatatcaattggtgcaactctgactcatccacatacccctttttatcaaacattcttcttgcttcagcttgtgcttcttccattac 218  Q
    | || || || ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||| | ||| |||||||| ||||||||||    
T  41367039 tgacggattttaagtatatcaattggtgcaactctgtctcattcacatatccctttttatcaaacactcttcttacctcaacttgtgctgcttccattac 41366940  T
Q  219 c 219  Q
    |    
T  41366939 c 41366939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 101; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 19 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 41329027 - 41328823
Alignment:
Q  19 gtcttggccgggatatcatatccattaatttggcatggcttcatactttctcttggaatcaacaatggtatggcatgatgcaacctcaatgtttctttga 118  Q
    ||||| || ||||| ||||| ||||| |||||||||  || | |||||||||||||||  |||||||||    |  ||||||||||||||||||||||||    
T  41329027 gtcttagctgggatttcatacccattgatttggcatctctccctactttctcttggaactaacaatggtgcaacgggatgcaacctcaatgtttctttga 41328928  T
Q  119 taacagacttcaagtatatcaattggtgcaactctgactcatccacatacccctttttatcaaacattcttcttgcttcagcttgtgcttcttccattac 218  Q
    | || ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  41328927 tgacggactttaagtatatcaattggtgcaactctgtctcatccacatactcctttttatcaaacactctacttacttcatcttgtgcttcttccattac 41328828  T
Q  219 ctttg 223  Q
    |||||    
T  41328827 ctttg 41328823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 97; E-Value: 8e-48
Query Start/End: Original strand, 19 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 41316986 - 41316782
Alignment:
Q  19 gtcttggccgggatatcatatccattaatttggcatggcttcatactttctcttggaatcaacaatggtatggcatgatgcaacctcaatgtttctttga 118  Q
    |||||||| || || ||||| ||||| |||||||||  || | |||||||||||||||  ||||||||     || ||| ||||||||||||||||||||    
T  41316986 gtcttggctggaatctcataaccattgatttggcatctctccctactttctcttggaactaacaatggagcaacaggatacaacctcaatgtttctttga 41316887  T
Q  119 taacagacttcaagtatatcaattggtgcaactctgactcatccacatacccctttttatcaaacattcttcttgcttcagcttgtgcttcttccattac 218  Q
    | |||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  41316886 tgacagactttaagtatatcaattggtacaactctgtctcatccacatatccctttttatcaaacactcttcttacttcagcttgtgcttgttccattac 41316787  T
Q  219 ctttg 223  Q
     ||||    
T  41316786 atttg 41316782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 84; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 28 - 223
Target Start/End: Original strand, 31177859 - 31178054
Alignment:
Q  28 gggatatcatatccattaatttggcatggcttcatactttctcttggaatcaacaatggtatggcatgatgcaacctcaatgtttctttgataacagact 127  Q
    ||||| ||||| ||||| |||||||||  ||   |||||||||||||||||||||| ||||  | | |||||||||| |||||||||||||| | |||||    
T  31177859 gggatttcatacccattgatttggcatctctctctactttctcttggaatcaacaaaggtaaagaaggatgcaaccttaatgtttctttgattatagact 31177958  T
Q  128 tcaagtatatcaattggtgcaactctgactcatccacatacccctttttatcaaacattcttcttgcttcagcttgtgcttcttccattacctttg 223  Q
    | ||||||||||| |||||||||||||  ||||| |||| ||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||| | ||||| |||||    
T  31177959 ttaagtatatcaaatggtgcaactctgtttcatcgacatgcccctttttatcaaacacttttcttacttcagcttgtgcttccttcattatctttg 31178054  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 77; E-Value: 7e-36
Query Start/End: Original strand, 19 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 41325050 - 41324846
Alignment:
Q  19 gtcttggccgggatatcatatccattaatttggcatggcttcatactttctcttggaatcaacaatggtatggcatgatgcaacctcaatgtttctttga 118  Q
    ||||| || ||||| ||||| ||||| |||||||||  || | |||||||||||||||  ||||| |||| ||   |||| | ||||| |||||| ||||    
T  41325050 gtcttagctgggatttcatacccattgatttggcatctctccctactttctcttggaagtaacaacggtacggttggatgtagcctcattgtttccttga 41324951  T
Q  119 taacagacttcaagtatatcaattggtgcaactctgactcatccacatacccctttttatcaaacattcttcttgcttcagcttgtgcttcttccattac 218  Q
    | ||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||  ||||||| | ||||||| | |||||||||||||||||||| ||    
T  41324950 tcacagattttaagtatatcaattggtgcaactctgtctcatccacaaaccccttcctatcaaaaactcttcttacctcagcttgtgcttcttccatcac 41324851  T
Q  219 ctttg 223  Q
    |||||    
T  41324850 ctttg 41324846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 28 - 223
Target Start/End: Original strand, 31187922 - 31188117
Alignment:
Q  28 gggatatcatatccattaatttggcatggcttcatactttctcttggaatcaacaatggtatggcatgatgcaacctcaatgtttctttgataacagact 127  Q
    ||||| ||||| ||||| |||||||||  ||   ||||||||||||||| |||||| || |  | | |||| | ||||||||||||| |||| | |||||    
T  31187922 gggatttcatacccattgatttggcatctctctctactttctcttggaaccaacaaaggcacagaaggatgtagcctcaatgtttctctgattatagact 31188021  T
Q  128 tcaagtatatcaattggtgcaactctgactcatccacatacccctttttatcaaacattcttcttgcttcagcttgtgcttcttccattacctttg 223  Q
    | |||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||  ||||||| |||||    
T  31188022 ttaagtatatcaattggtgcaactctgtttcatcgacatacccctttttatcaaacacttttcttacttcagcttgtgctttctccattatctttg 31188117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 42 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 41311168 - 41310983
Alignment:
Q  42 attaatttggcatggcttcatactttctcttggaatcaacaatggtatggcatgatgcaacctcaatgtttctttgataacagacttcaagtatatcaat 141  Q
    |||||||||||||  || | |||||||||||||||  |||||||||    |  |||||||||||| |||||||||||| ||| |||| |||||||||||     
T  41311168 attaatttggcatctctccctactttctcttggaactaacaatggtgcaactggatgcaacctcagtgtttctttgatgacaaactttaagtatatcaac 41311069  T
Q  142 tggtgcaactctgactcatccacata----cccctttttatcaaacattcttcttgcttcagcttgtgcttcttccattacctttg 223  Q
     ||||||||||   ||||||||||||    ||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  41311068 aggtgcaactccatctcatccacatatatacccctttttatcaaacactcttcttacttcaacttgtgcttcttccattacctttg 41310983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 69; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 62 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 41337724 - 41337568
Alignment:
Q  62 tactttctcttggaatcaacaatggtatggcatgatgcaacctcaatgtttctttgataacagacttcaagtatatcaattggtgcaactctgactcatc 161  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||  | | |||| | ||| |||||||||||||| ||| |||| |||||| |||| || |||||||||| ||| ||    
T  41337724 tactttctcttggaaccaacaaaggtacagtaggatgtagcctaaatgtttctttgatgacacactttaagtatgtcaactgttgcaactctgtctcgtc 41337625  T
Q  162 cacatacccctttttatcaaacattcttcttgcttcagcttgtgcttcttccattac 218  Q
     |||||||||||||||||||||| ||||||| | ||| |||||||||||||||||||    
T  41337624 tacatacccctttttatcaaacactcttcttacctcaacttgtgcttcttccattac 41337568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 108 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 41432112 - 41432005
Alignment:
Q  108 tgtttctttgataacagacttcaagtatatcaattggtgcaactctgactcatccacatacccctttttatcaaacattcttcttgcttcagcttgtgct 207  Q
    |||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||| ||  ||||||||| ||||||| | ||||||||||||    
T  41432112 tgtttctttgatgatagacttcaagtatatcaattagtgcaactcagtctcatccacataccctttcatatcaaacactcttcttacctcagcttgtgct 41432013  T
Q  208 tcttccat 215  Q
    ||||||||    
T  41432012 tcttccat 41432005  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 28 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 31225856 - 31225661
Alignment:
Q  28 gggatatcatatccattaatttggcatggcttcatactttctcttggaatcaacaatggtatggcatgatgcaacctcaatgtttctttgataacagact 127  Q
    ||||| ||||| ||||| |||||||||  ||   ||||||||||||||| |||||| |||   |   |||| || |||||||||||| | || | |||||    
T  31225856 gggatttcatacccattgatttggcatctctctctactttctcttggaaccaacaaaggtgcagatggatgtaatctcaatgtttctctaattatagact 31225757  T
Q  128 tcaagtatatcaattggtgcaactctgactcatccacatacccctttttatcaaacattcttcttgcttcagcttgtgcttcttccattacctttg 223  Q
    | |||||||| ||||||||||||||||  ||||| ||||  |||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  31225756 ttaagtatattaattggtgcaactctgtttcatcgacatgtccctttttatcaaacatgtttcttacttcagcttgtgcttcctccattatctttg 31225661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 163 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 14235962 - 14235910
Alignment:
Q  163 acatacccctttttatcaaacattcttcttgcttcagcttgtgcttcttccat 215  Q
    |||||||||||| ||||||||   |||||| | ||||||||||||||||||||    
T  14235962 acatacccctttctatcaaactcccttcttacctcagcttgtgcttcttccat 14235910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 54; Significance: 4e-22; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 62 - 223
Target Start/End: Original strand, 17248773 - 17248934
Alignment:
Q  62 tactttctcttggaatcaacaatggtatggcatgatgcaacctcaatgtttctttgataacagacttcaagtatatcaattggtgcaactctgactcatc 161  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||||    | |||||| ||||| |||||||||||| ||||| || |||||||| ||||| | |||||| |  |||||    
T  17248773 tactttgtctaggaatcaacaatggtacaataggatgcagcctcagtgtttctttgatgacagaatttaagtatattaattgatccaactccgtttcatc 17248872  T
Q  162 cacatacccctttttatcaaacattcttcttgcttcagcttgtgcttcttccattacctttg 223  Q
     |||||||||||| ||||||| |  |||||| | |||||||||||| ||||||| |||||||    
T  17248873 tacatacccctttctatcaaaaacacttcttacctcagcttgtgctgcttccatcacctttg 17248934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University